CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Feline_MG893511 (Region: Germany;  Strain: Feline coronavirus isolate Felix, complete genome.;  Date: 12-Jul)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein 1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGAGTTCCAAACAATTTAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCTTTTCCGTGACGTACTGCATGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTGCCTGAATACCGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTTTAGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTACCGAACCTTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATTGTTAGAGCTAATTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGTGCCATATATGTAGACCAATATATGTGTGGTGCTGATGGAAAGCCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGACTATTTCGGTGATGAGGACGTTGTCATTTATGAAGGAGAGGAGTACCATTGTGCCTGGCTAACAGTGCGCGATGAAAAACCTTTGTGTCAACAAAATCTCCTCACAATTAGGGAAATTCAATACAATCTGGATATCCCACATAAGTTGCCAAATTGTGCTATTAGAGATGTAGCACCACCAGTCAAAAAGAACTCTAAGGTTGTTCTTTCCGAAGAGTACAGAAAACTCTACGACATCTTTGGTTCACCATTTATGGGTAATGGAGATAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCATTTCATTGCTGCTGCTCTTAAGTGTCCTTGTGGTGCTGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGATTCAAGACCTCTTGTTGTGGTCTTCCTGGCAAAGTTAAAGGTGTCACACTAGGTAATGTTAAACCCGGTGATGCTGTCATCACTAGCATGAGTGCTGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATACTGTGCTCCAATATGCTGGTGATGTAGAGAGTGTCTCTGTTTGGAAAGTGATTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACCGCTTGCACTACCGATTTTGAAGGAGAATTGAATGACTTCATTAAACCAGAGAGTACTTCACCTGTTTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTCATTACTGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTGTCACTGGAAAGTTGGATCTTAGTACTAATCTTTTTGGTAGTGCTAGCCTACTTTTTAAGAAAACCCCCTGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCAATCTTTGCTGATGCTTGGAAAGTTATTGAGGAACTGCTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTACGATGTAGTAGCATCACTCTGCACTTCTGCCTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTGTTTGTAGTTTCGTCTAATAGTGTTAAAGATCTTGTTGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAGGCTTTCGATGTTTTCACACAGAAGATCACAATTGCAGGTGTAGAGGCTAAGTGCTTTATACTTGGTTCTAAATACTTGCTGTTTAATAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTCGATAGTGCATTCTTTGCTACTAATTTGATTGGTGCTACTGTGAATGTGACACCACAGAGGACTGAGGCTGCTAATATTAGCCTGAATAAGGTAGATGATGTTGTCACACCAGGTGAGGGTCATATTGTCATTGTTGGTGATATGGCCTTTTACAAGAGTGGTGAGCATTATTTTATGATGGCGAGTCCCGATTCAGTTCTCATTAATAATGTTTTTAAAGCAGCTCGAGTGCCATCTTATAACATCATCTACGATGTTGATGACGACACCAAGAGTAAGATGGTAGTTAAAATCGGAACATCATTTGATTTCGATGGCGACCTTGATGCTGCTATTGATAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACAAGAAAAGTTATGTTTCAGAGCACTTAAGGATGTTGAAAATATTTTAGTTGAGGCATACCTTAAGAAATACAAGATGCCAGTTTGTCTTAAAAACCATGTTGGTTTATGGGACATTATAAGGCAAGATTCCAACAAGAAGGGTTTTCTTAACACCTTCAATCATCTTAATGAATTGGAGGATGTTAGGGATACAAATGTTCAGGCCATTAAAAGTATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTTGAATTGGACTTTGGTGCAATCTGGTATAGATGTATGCCAACCTGCTCTGATGTGTCTATTTTGGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGTTGTCATAGCTTTGCTAACCGTCTAACAGTTAATTACAATAAACTGTGTGACACAGCTCGTAAAGATGTCAAAATTGGCGGTATACCATTTTCTACCTTTAAAACACCATCTAGCAGCTTCATTGACATGAAAGATGCCATCTATTCTGTAGTTGAATACGGTGAAGCATTTTCTTTTAAGACTGCAAGTGTGCCTGTAACTAATAGTGGCACTGTTACAACTGATGATTGGTCAGACCCCATCTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTCGAACCTAAAGCCAATGGTGAATTGATTGTCATTGCTGGATACACTTTTTACAAGGATGAAGATGATCATTTTTATCCATATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAGATGTACAACAAGATGGGCGGTGGTGACAAGTCGGTTTCTTTTTCAGATAATGTTAATGTTAGAGAGATAGAACCTGTTACACGTGTTAAGCTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTGGTAACACAGGTACTTGAAAAAGTCATTGGTACCAAATACAAGTTTACAGGTGCCACTTGGGAAGAGTTTGAAGATTCTATCTCTGAGAAACTTGACAAAATCTTTGACACGCTTGCTGAACAGGGTGTAGAACTTGAAGGTTATTTCATTTATGACACCTGCGGTGGATTTGACATTAACAACCCAGACGGTGTTATGATTTCACAATACGATCTTAACACAGTTGTTGATGACAAAATTGATTCTGATGCAAGCGCTGAAGACACCTCTTCAATCTCTGATAACGAAGATGTTGAGCAAATTGAAGAGGGTAATACTTCAACTGCTGATGCCGAAGATGTCTCGTCTGTTGAAGGAGAAACTGTGTCAGTTGTTGATGTTGAACAAGTTTCTCTCGTAGAAGAAAATAGTGTTTCAACTCCTACTGTAAACCCTGAAGAGCAATTTTCCCCAGTAGCGGAAAAAGTTGAAGTTTCTGCTAAAAATGACCCGTGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTAAACCTTCCTTGACCCCATTTAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAAACAACAAGATAATAATTGTTGGGTAAACGCTTGCTGTTACCAATTGCAAGCTTTTGATTTCTTTAACCATGATTTTTGGGATGATTTTAAGAAAGAGGACGTTATGCCTTTCGTGAATTCTTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGTGATTCAGGGGATGCAGAATATCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACCGCTAAAGTCACACTTAGTGCTAAGTGCGGCTGTGGTGTTAAAGAGATAGTTTTAGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAGGACTGAGTTTAAATATGGCGTCTGTGGTGACTGTAAACAAATTAACATGTGTAAGTTTGCTAGTGTAGAGGGTTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTAAGAAACAAACGCCTGCATCACAATTTATTGTGCAACCTACTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAATGGTCATTATATGGTTGAAGATTGCACTCATGATTATTGTGTGGATGGTATGGGAATTAAACCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCCACTTTGTTTCTTAATGCAAATGTAATGACAGCTGAATCTAAAACTAGAATTGAACAATGTGTGACCGCTAATGGTAAGTGTGTAGCAGAAGAACGTCAAAGTCCTAAAGATATCTTAACACCCTTTTATACAGCGGGAAAAGTTTCATTTTACCAAGGAGAGCTAGATGTTTTGATTAACTTTCTCGAGCCTGATGTCGTTGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTCAAGCACATGGGTGGCGTTGCTAAAGCTATTGATGCATTCACAGGTGGTAAGTTGACAAAACGTTCTAAAGACTACCTTAAAGACAATAAATCAATAACTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAACGTACTTGAGCATCTTAGTGTTTTGAATGCTGTAGGACCACGTAATGGTGATAGTAGAGTTGAAGGTAAACTTTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCCAAGTGCGATGGTAAAATACTAACACCACTTATCAGTGTTGGTATCTTTAAAGTCAAACTGGAAGTTTCATTACAGTGTCTACTTAAAACTGTCACGGATAGAGATTTAAATGTCTTTGTTTACACTGACCAAGAGAGAATTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCTGTCAAGGTAACGGAAGACACTGTGAATCAAAAGCGTGTGTCTGTGGCACTTGATAAAACTTATGGTGAACAACTTAAAGGAACTGTTGTCATTAAAGACAAAGACGTCACTAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGCTGGTGAAAAAGTCGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTATTATGGCTTTTCAAATGCAGCAGCTTTTAGCGCCAGTTCCCATGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGATAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTACAGAGGCTTAAACCTACATGGAAATTTCCTGGTGTTAAAAGTTTGTGGGATACTTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGTGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTTGGTGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGTAGT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GAACTAAATGACATGGTTATAGGATTGCTAAGGAAGGGTAAAATACTCATTAGAAACAATGGTAAGTTACTAAACTTTGGTAATCACTTTGTTAATACACCATGA
Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLLFRDVLHEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDEDVVIYEGEEYHCAWLTVRDEKPLCQQNLLTIREIQYNLDIPHKLPNCAIRDVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAAALKCPCGAESSGVGDWTGFKTSCCGLPGKVKGVTLGNVKPGDAVITSMSAGKGVKFFANTVLQYAGDVESVSVWKVIKTFTVNETACTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIVTGKLDLSTNLFGSASLLFKKTPWFVQKCGAIFADAWKVIEELLCSLKLTYKQIYDVVASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQKITIAGVEAKCFILGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIVGDMAFYKSGEHYFMMASPDSVLINNVFKAARVPSYNIIYDVDDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIDKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDVENILVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRQDSNKKGFLNTFNHLNELEDVRDTNVQAIKSILCPDLLLELDFGAIWYRCMPTCSDVSILGNVKIMLGNGVKVICDGCHSFANRLTVNYNKLCDTARKDVKIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVTTDDWSDPILLEPADYVEPKANGELIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGDKSVSFSDNVNVREIEPVTRVKLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTKYKFTGATWEEFEDSISEKLDKIFDTLAEQGVELEGYFIYDTCGGFDINNPDGVMISQYDLNTVVDDKIDSDASAEDTSSISDNEDVEQIEEGNTSTADAEDVSSVEGETVSVVDVEQVSLVEENSVSTPTVNPEEQFSPVAEKVEVSAKNDPWAAAVDEQEAEQPKPSLTPFKTTNLNGKIILKQQDNNCWVNACCYQLQAFDFFNHDFWDDFKKEDVMPFVNSCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGVKEIVLERTVFKLTPLRTEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIKKQTPASQFIVQPTMHAVYTGTTQNGHYMVEDCTHDYCVDGMGIKPRKHKFYTSTLFLNANVMTAESKTRIEQCVTANGKCVAEERQSPKDILTPFYTAGKVSFYQGELDVLINFLEPDVVVNAANGDLKHMGGVAKAIDAFTGGKLTKRSKDYLKDNKSITPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGIFKVKLEVSLQCLLKTVTDRDLNVFVYTDQERITIENFFNGTIPVKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWNAYYGFSNAAAFSASSHDAYKFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWKFPGVKSLWDTFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSVVTVTHTTACDKCAKTETFTGPVIAAPLLIHGTDETCVHGVSVNVKVTSISGTVAITSLIGPVVGDVIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDNRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFVVKASKTELLPKNHVKESSKTCVFSEVEEAPKNIVREQKLLAIESGADYTITTLGKYADVFFMTGDKILRFLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPHVFKDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYIKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVMHKLACSGSVQAYSNSSFVKSEVCGNSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFIFLAVFGNNYVRVFLMYFVTQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFFPCSNPSCKTCSKIARQTRIPVQVVVNGSMKTVYVHANGNGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSSSIKQTVYATDRSYQEVTKVECSDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVVKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAINNAHRFGILITDRSFNNFWPSKIKPGSSGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKNGSGFFDVLKQLKQIFWCLVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKGFVGWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHMGASVSKNSYFDTCVFNSACTTLTGLGGTVVYCAKQGLIDGAKLYSELLPDYYYEHASGNMVKIPTIVRGFGLRFVKTQATTYCRVGECIESQAGFCFGGDNWFVYDKDFGDGYICGSSALGFFKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIIIACLAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLVVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIIYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYLNMAPWYVLVLYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGVVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGVLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNVSMSLESYNAWAKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGFSVEKLLECIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVMTAMAILFSFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVILAITTIVSVILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVILVTVHNLVWDLTYYESLQVLVENVNTTFLPVDMQGIMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFVTTIFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDYILLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVFASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDFGFVKCVSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGIYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDPEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIESYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKIRQENNVHYAGAIWSIVEVKDANGALVHVKEITAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAYGSGKALMASECGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGSTIDQSYLNECGVLVQLDLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDKHDAYYVVKRCTKSVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFLYKEGRCEFGNVARKDLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTLGACNESFFENKDWFDPVENEAIHEVYARLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGIITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSDIYGSDYKQYDLLAYDFTDHKEKLFQKYFKHWDRTYHPNCADCTSDDCIIHCANFNTLFSMTIPNTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTMKLTMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQALFVYKIVCKYFDCYDGGCITAREVVVTNYDKSAGFPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQMNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKQLKSIAATRNATVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMVLGSKHIGCCTHSDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYIKPGGTTSGDGTTAYANSAFNIFQAVSANVNKLLGVDSNTCNNVTVKSIQRKIYDNCYRSSSVDDDFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADINAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDLNVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQRVFYALLDWVKHLQKTLNAGILDSFSVTMLEDGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSYNGCNVNDVTKLFLGGLNYYCTEHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAIGSEDVDDFNKLAVSEWTNVEDYKLANNVKESLKIFAAETVKSKEESVKAEYAYAILKEVVGPKEVVLQWESSKIKPPLNRNSVFTCFQINKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTTKLTPGMIFVLTSHNVSPLKANILVNQEKYNTISKLYPTFNIADAYTTLVPYYQMIGKQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKASKNFNVDKCSRIIPQRIRVDCYTGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEANCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGTLQPEDYNVVTQRMCKLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFLPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLAHNPKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHAINVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRKMYDNLDFYELKDSKIGLQAKPEICGLFKDCSKNDSYIPPAYATTYMSLSDNFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANVPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNIGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVVTEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRRGQSWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGKPQKCECGKIATCYSSSQCVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKRVDWSIVYPFIENEEKINKAGRIVQSHVMRAALKVFNPAAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLEYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDESDCEFIDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRAYVEDYNVFVQAGFTIWCPQNFDTYMLWQGFVNGKALQSLENVAFNVVKKGAFADLKGDLPTAVIADKIIVRDGPTDKCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATHKFVLWDYEAECPFSNFTKQVCAYTDLDSEVVTCFDNSVSGSFERFTTTKDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFMNNSDSTLKSCCITYADDPSSKSVCTYMDILLDDFVTIVKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENSQIKTFYPQLQSSEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVRLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGANGVAPGTTVLRRWLPDDAILVDNDMRDYVSDADFSVTGDCTNLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFINEKLALGGSVAIKITEFSWNKSLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALVVNLKERELNDMVIGLLRKGKILIRNNGKLLNFGNHFVNTP

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF09401   NSP10
PF01661   Macro
PF13087   AAA_12
PF08710   nsp9
PF06471   NSP11
PF16348   Corona_NSP4_C
PF06478   Corona_RPol_N
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF08715   Viral_protease
PF05409   Peptidase_C30
PF16688   CNV-Replicase_N
PF06460   NSP16
Interpro
IPR002589   Macro_dom
IPR036499   NSP9_sf
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR036333   NSP10_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR038634   A-CoV_nsp1_sf
IPR042515   Nsp15_N
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR032039   A-CoV_nsp1
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR014827   Viral_protease
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR014822   NSP9
IPR009466   NSP11
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR014828   NSP7
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829   NSP8
IPR037227   EndoU-like
IPR027352   CV_ZBD
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
SUPFAM
SSF144246   SSF144246
SSF53335   SSF53335
SSF50494   SSF50494
SSF101816   SSF101816
SSF143076   SSF143076
SSF140367   SSF140367
SSF142877   SSF142877
SSF52540   SSF52540
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1105     Identity=59.10%     Cov(Q)=13.94%     Cov(P)=97.80%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host membrane  

Topology

Length:
6701
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
434.695349999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00033
Total prob of N-in:
0.00030
outside
1  -  1851
TMhelix
1852  -  1870
inside
1871  -  1909
TMhelix
1910  -  1932
outside
1933  -  1987
TMhelix
1988  -  2005
inside
2006  -  2011
TMhelix
2012  -  2031
outside
2032  -  2045
TMhelix
2046  -  2068
inside
2069  -  2417
TMhelix
2418  -  2440
outside
2441  -  2512
TMhelix
2513  -  2535
inside
2536  -  2675
TMhelix
2676  -  2698
outside
2699  -  2707
TMhelix
2708  -  2730
inside
2731  -  2736
TMhelix
2737  -  2759
outside
2760  -  2762
TMhelix
2763  -  2785
inside
2786  -  3202
TMhelix
3203  -  3225
outside
3226  -  3229
TMhelix
3230  -  3252
inside
3253  -  3258
TMhelix
3259  -  3281
outside
3282  -  3300
TMhelix
3301  -  3323
inside
3324  -  3329
TMhelix
3330  -  3352
outside
3353  -  3378
TMhelix
3379  -  3397
inside
3398  -  3409
TMhelix
3410  -  3432
outside
3433  -  6701
 
 
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