Strain
Bat_MG916901
(Region: China; Strain: Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Rs3376, complete genome.; Date: 19-May-12)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTCGTAACCATCTTTCTTTGGCTTTTGCCAATGATTCAGAGATTTCAGCTTCTGGCTGTTGCACCTTCGAAGATGCCGTCTTACAATATAGTGAGGCCGCTGTCGATGGTTTTGTCAACTGCCGATTTGTCGCTGCGGGTTTACAAGACACCGTTATTGGTGTTAGTGATTCTGATTTTGTCATGTGTGTTACTGGCATTCATCAGCTCACAGCCCGTATAGGCAGATTCGGTGACCGACCTACTAATCTTAGGGGTTGGTTGCTGTTCTCTAACTCAAATTATTTTCTGGATGAGTTAGATATTGTCTTTGGTGGACGTGGTGGTAACACTGTCCATGTGGACAATTATATGTGTGATGCCAATGGTAAACCTGTTTTGCCAGAAAATGTATGGGAGTGTAAGGATTACTTTGGTGAACTCTCCGAGATTCTGGTTAATGGCACCACATATGTTAAGGCCTGGATCGTTGATCGTTCCCCAGGTCCTTTTGCAAGTCAATCCTTGCTTTCAATTAAAGCTATCACTTGGTGTGGCACTGTAGCGCATACTCTAGCTGATGGTGCTACTTTGAGTGTTGCAGCCCCTGCTCGTAAGAGTAAGACTGTTGTCCTCGATAAGTATTACAGCAAGTTGTATGATGCTGTTGGAGTGCCATTCGTTCGCAATGGTAAAACATTGAAGGACGTCATAACAAATCCTGTTTTCTGTCATGCTCTTATTAAGTGTCATTGTGGTATTACTAGCTGGACTGTTGGTGATTGGAGTAGTTATAAGTCCACCTGTTGTGGTGTGGCTTGTAAGCCAATTTGCATAGCCAGTGGTGTTGTTAAGCCAGGTAGTGTCCTTGTTACTAGTAATAAGGTCTCTACTGATGGTGTTAAGTATTACAATGGCATGGTACTGAAGTTTATTGACACCCTGGATGGTTTACATCTGTGGCGTGTTGTTAAACTTCAAAGTGTCAAAGGCTTTGTGGCCTCGGCTAACTTTGACAGAGATGAGTATGTTTATCTTTCCAACCATGCATGTAGTCCTGCTAATGACGAAGAAGTTGCTATCAGCTTTAGGTTCTCGCTCCTCAATGGTGTTTTTACTGCTGATGTAAGGACGGCTATTGCTGAGGGAGCCATTATTGTTGGTAGTTGCATTTGCGACATACTTGATGAGGTTCTTGTTGAGCCATGGTTTGTCCGTAAGCTCAAAGATCTCATAGGCAGTGCATGGGAATCATTTGTGTCAGGCATTAGGTGTGTTGGTTACACTAGTGTACAGGCTATACAGCTTGCTACGTCTTTAGCTAGTGCAACTTTACAAGTTTCTAGAGATGGCATTACTCTCATGGCTACTGTACCTGATTGTTTCAAACGTTGTTTCGAAGCATTTAGGGACTTCGTGGTAGGAGTTTTTGACCTTACTGTGAGTACTATCAAGATTGCTGGTTGTAACTTTAAGTGCGTTGGTTCCTACGTGTTGTTGGACAATGCACTTGTGAAGTTAGTGGCTGGTAAGTTTAGAGGGCCTAAACAATCCGGTCTAAAGAAGGTTCAGTATGCTAGTACCATTCTCGGTAAGACGACGAGAGTCGTCTCAAAGAGGGTGGAGCTTTCTGAGGCTAATTTGACCGTTGTGGAGGAACCAGCTTCTCTTATTAAAGAGGGCGTTACCAAGGTTATAGGTGGACAGGCATTCTTTTGTAGTGGAGACTATTATAGACTCCTTAGTGATGCTGACATTGTACTGGATGAACCGGTCTATAGGGCCACGGCTTCTTATAGTCCCGTTTTTGAGTGTATACCACCTAAAGGTTTTACGCCACCAGTCTGTGACTCGTTACCAAGTCTTGTGACAAGTACTGTTAGTCAGTTGCTTCCATTTAACACACCATATCGTGTGTATAATGTTAGCGTTGCTAACGATCAGTGTGTTGTCACTGTGAGTCACAACTTTAGAGCACCTGCCTATATTAATGACACAGTTGCATTTACAGATGCTTGCTTAGTTTGTGTTAACAGAGATGGCTTTGATTCGTTCTATGTTAATGCACATGCTGCGAGTTCTCTTGTTGCATTTGACCCTGTTTTTCCTGAATTTTTCACGTTTAAGACTGTTGCAGATCTTTTTACTAGTGTTGTTGCTTGTCCAGAGTTTCTGGAGGAGATAGATGGTGGTGGGATCTGGAACACCTTTATTAAAACGGTGAATAATGCAGTTGAGTTTGCTAAGTCTTTGTCCTTTAGTTTTGATCTTAGTGGTATTGTCATTAGGACAACTAAGAGATTTAGGCGGTTTGCTGCAGCATTAACAAATTTATATAGGGAATTTATTGCCACTGTTACTAGAGTCGTTAGTGTTGGCAGTGTTGCATTTACATATTATGCCTTCAGTGTACCAAAAGTCTTTGTTTCTGGTGTCCTACATAGTGTCAGGCGTGTTAAGGCCACTGACCTGTCCATGTCCGTAGAGGATGTGATAGCAGAATTTAGTGTCTTTGATGGGGCTATGATACCTGTTGAGCCATCTAGAGTTGAGTCTGCCACTGTTCAGTTTGAGGAGGTAGATTTTGTCCAGCCTGCTAGTGGTGGTATTCTTGCTATTGTGGATGATTTCTCCTTTTATAATACAGGAGACCTCTATTATCCATCTAATGAGAGTGCAGTTGTACCTGTCTGCTACAAGCGTTGTGGTGGCGGTGTCATTCAGTTTTCTGACACTGTGGATGTTAAGGAAATAGATCCTGTTTACAAGGTTAAGCTTGACTTCGAATTTGAGAGTGAAGAACTCGTTGCTGTCTGTAAGAAGGTCACCGGCCGTTATATTGAGTATAATGGTTCTGACTGGGAAGGTTTGCGTGAGCAGATTGACTCCGTTATGAATGCTGTTGGTGACTTTCTTGAAGTTCCTACTTATTACGTCTATGACGAAGAGGGCGGACAAGATATGAACAAGATTGTTATGGTTTCGCAGTGGGCTATAAGTTCTGATGCAACGAGTGTTGATGTAGTGACTGAGCCTATCGTAGAAGCTACACAAGATGAAGTTCAAGAAGTTGAAGAAGCTCTATCCTTTATTGTTGAATCTGTACAACCACCTGCAAAACCTGTTAATAGCCCCTTTGCTTTTGAATTTTATGACCTTAGTGGCATAAAAGTTTTAAGGCAAGCAGCAAATAATTGCTGGGCCACTGCTGCACTCGTTCAATTACAATTGTTGGATTGCTATGAGAGTGATGCTTTTAATCTTTTTAAGGTTGGAAGAGTTGCTCCCATGACTCAACAGTGCTATACTGCCACAGGTAATATTTGGGGTAGTATGGGTGACACATCACATTGTTTGGAGGCCTTGCTTAAAGACACTTACACGATGTTTGTGCGCTGTGAGGTTGAATGTAAGTGTGGTACTAGCTTTGAAGAGCTTAGTGGTTGTGTGTTTAGATTTATGCCTACTGACAATCCTTTCCCCTATGGTTGTTGTGGACAATGTCGTAAGACAAGGATGTTCACAATTGTATCGATGCAGGGGACTGGTGTATTTTGTCAAGAACCAAGTGAGTTTGATGTTAGTAAACTCCTTTGTGAGCCATTATGTGCCTCAGTCTTTAAGGGTAACCATTATAAAACCAACATTTACACTCATAATGTGTGTGTTGATGGTAATGGTAAAGGGCCTATCGACTGGAACACAATTAACACAGTTTGCTTTAAGGATGTTAATTATAGCAAGGTTGTTGAACCCGTGCCTTTTACCACCTACCAGAATATCGCTTTCTACCAGGGCGACCTTAATGATGTTAAGTCCGTGTCACATGACTTTATTGTTAATGCGGCAAATGAGAATTTGAGTCATGGTGGTGGTATTGCACAAGCACTTAATAAGATGACTAGTGGTAAGCTGCAAAAGTTGTCTGATAAATATATTGGTTTGAATGGCAAACTTAAAGTTGGTACTGGTGTTATGATTGACTGTGATGGCACACCAATATTTAATGTTGTTGGTCCTCGCAAGGGCAAGCATGCTACACCCTTACTTGAAAAAGCATACCAGTCTATTTTTTCTAATCCAGGTGTCCCATTGACACCTTTGATTAGTATTGGGATCTTCAAAGTGCCTTTGGAAGATTCGCTATCTGCTTTAGTAAAGACTGCAGCGGGTAGGGTCGTTAAGTGCTTTTGCTACCTTGATGCCGAGCGTGACAAAATAATGTCACACTTAGAGTCTCTAAAAAGTGTCGGTGTTGCTACTCCTGTAGAGGAAGTTGCACCACCTGTAGAGACCGCCGTAATTGTACCCAAGCCATATCGTAGTGAGGGACGTTTTGACTTTTATGATGTAAAGGTTAGTGACATCCCTGCGCTGAAACCCGACAAGCTTGTCATATTTACAGATCCAGACTTCACTTTTAGTGAGTTTGCGTGTAATTTTGACAAGCATGTTGATGGAGGTTTAACGGCGTGTGTTGAAGCATACAAGGCAGAAAATAAGACTGTACCAGCCGGTAATATCATTACATTTAAGTGTGATGCATTTCTGGCTGTTAGCTTTGCAGTTTTACCCCGCATTGATGATGTCTCGTATGAGAAAAATCTCATGCGTACTATTACCAAGGTCGCCAAACTCAAGGGTGTTGTAATTTCTACCATTCCTGCACTAGATGTTTTGCGGAAATTATTGAAGTGCTGTGATTGTGCGTTTGTTGTGGACACTCAATCTAAGAGCGTTGTGACAGAGTGTTTTGACGTTCAGAGTGTTCTCGTCAAGGTCACGGAAAATGGTAGAGATGTTAAAGATGTGGTAGTTTCCAGTGACGAAGTTATTGATGCCCAAGTTGGTGCTTGTAGTCTTAATAATTTTGATCTTACTGGTGTGAAACCTGATTCCGCTATTACAGATGTTGTTAGTGCGGCACCAGATGCTGATTGGATAACATTTTATGGCTTTCCTAGAGCGGATGTTTGGCACACTTTAGATCATAGTGCATACGCCTATGACAGTAAGGA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Protein
MARNHLSLAFANDSEISASGCCTFEDAVLQYSEAAVDGFVNCRFVAAGLQDTVIGVSDSDFVMCVTGIHQLTARIGRFGDRPTNLRGWLLFSNSNYFLDELDIVFGGRGGNTVHVDNYMCDANGKPVLPENVWECKDYFGELSEILVNGTTYVKAWIVDRSPGPFASQSLLSIKAITWCGTVAHTLADGATLSVAAPARKSKTVVLDKYYSKLYDAVGVPFVRNGKTLKDVITNPVFCHALIKCHCGITSWTVGDWSSYKSTCCGVACKPICIASGVVKPGSVLVTSNKVSTDGVKYYNGMVLKFIDTLDGLHLWRVVKLQSVKGFVASANFDRDEYVYLSNHACSPANDEEVAISFRFSLLNGVFTADVRTAIAEGAIIVGSCICDILDEVLVEPWFVRKLKDLIGSAWESFVSGIRCVGYTSVQAIQLATSLASATLQVSRDGITLMATVPDCFKRCFEAFRDFVVGVFDLTVSTIKIAGCNFKCVGSYVLLDNALVKLVAGKFRGPKQSGLKKVQYASTILGKTTRVVSKRVELSEANLTVVEEPASLIKEGVTKVIGGQAFFCSGDYYRLLSDADIVLDEPVYRATASYSPVFECIPPKGFTPPVCDSLPSLVTSTVSQLLPFNTPYRVYNVSVANDQCVVTVSHNFRAPAYINDTVAFTDACLVCVNRDGFDSFYVNAHAASSLVAFDPVFPEFFTFKTVADLFTSVVACPEFLEEIDGGGIWNTFIKTVNNAVEFAKSLSFSFDLSGIVIRTTKRFRRFAAALTNLYREFIATVTRVVSVGSVAFTYYAFSVPKVFVSGVLHSVRRVKATDLSMSVEDVIAEFSVFDGAMIPVEPSRVESATVQFEEVDFVQPASGGILAIVDDFSFYNTGDLYYPSNESAVVPVCYKRCGGGVIQFSDTVDVKEIDPVYKVKLDFEFESEELVAVCKKVTGRYIEYNGSDWEGLREQIDSVMNAVGDFLEVPTYYVYDEEGGQDMNKIVMVSQWAISSDATSVDVVTEPIVEATQDEVQEVEEALSFIVESVQPPAKPVNSPFAFEFYDLSGIKVLRQAANNCWATAALVQLQLLDCYESDAFNLFKVGRVAPMTQQCYTATGNIWGSMGDTSHCLEALLKDTYTMFVRCEVECKCGTSFEELSGCVFRFMPTDNPFPYGCCGQCRKTRMFTIVSMQGTGVFCQEPSEFDVSKLLCEPLCASVFKGNHYKTNIYTHNVCVDGNGKGPIDWNTINTVCFKDVNYSKVVEPVPFTTYQNIAFYQGDLNDVKSVSHDFIVNAANENLSHGGGIAQALNKMTSGKLQKLSDKYIGLNGKLKVGTGVMIDCDGTPIFNVVGPRKGKHATPLLEKAYQSIFSNPGVPLTPLISIGIFKVPLEDSLSALVKTAAGRVVKCFCYLDAERDKIMSHLESLKSVGVATPVEEVAPPVETAVIVPKPYRSEGRFDFYDVKVSDIPALKPDKLVIFTDPDFTFSEFACNFDKHVDGGLTACVEAYKAENKTVPAGNIITFKCDAFLAVSFAVLPRIDDVSYEKNLMRTITKVAKLKGVVISTIPALDVLRKLLKCCDCAFVVDTQSKSVVTECFDVQSVLVKVTENGRDVKDVVVSSDEVIDAQVGACSLNNFDLTGVKPDSAITDVVSAAPDADWITFYGFPRADVWHTLDHSAYAYDSKELDGLRVLKFSDNNCWVNATCIQLQKAKATFKSEGLQCMWDEFLVGKVSKFVHWLYWYQNSSKGEPGDVEYTLNTISRYMVNSGKVTVTRSTTSDCCNTKRVVSTPVYNASVLRSGYEDGVCTHGDTIRCRVVEVHGTVIITTSSRPEAYPANALIKGESYTTYAGDIKDGHYTVFASCGKVYDGDTVSSGNDLSLQAVTSVVVTDTVINAPSQKEVKQSSVIEKLDNASEKFFSFGDVVSRNLAAIFVWLFSMFGLLFKAFKQRDVKVFAAAPERTGIILSRSIKYNFKASRQVLISKIKWVKLFGKFLLSLFALYSTWFMLVRFGPLNDNLCTDYVKGYADSNFNKGDYCDSVTCRTCLYGYQELSDFPHTSTVWEHVRDPLFKKVMPLFYMAFLLIFGGVVTRACMLYFVAQYVNSAGVMLGLQDNVWVLQFIPFDIFGDELVVMFIVIKCLLFFKHVLFGCEKPSCVACTKSARLTRVPMQTIVNGSSKSFYVVANGGKKFCTKHNFFCVNCDSYGPGNTFINDVVAAEVSNVVKTSVSPTAPATIEVSKVEFSNGFYYLYDASGNKFWRYNFDITESKFSCKEVLKSCNVLADFIVYNNTGSNVTQVRNACVYFSQLLCKPIKLVDSSLLATLNVDFNGALHSAFVDVLKESFGKDLSSCTTMADCKVALDIDADDEDFVNCVSNAHRFNVLLTDVSFNNFVTSYAKPEEKLSTHDVAACMRGGAKVVNHNVLIKEQVPIVWLAKDFNMLSEEGRKYVVKTAKLKGVNFMLTFNSNRMQTTIPVVSVASKQGSGLRRCYNFIWWFCAMLVFAFFAVGLLDFSTMVPSDSEYDFKYIEGGKLHTFDNGLDCVHNVFSNFNTWFQAKFGFLPRNSKSCPIIVGVSDAARVVPGIPSGVTLVDKTLVFATKSVFADSNTCYDIRGPASAEKCVFNSACTNLNGLGGLATYCFKNGLVEGAKLYTELLPHSHYSTADGGYVRLPEVLTSGFGFRTVRTQATTYCRVGQCIESKAGVCFGADRFFVYNEESGSDFVCGTGLWSLLLNVISIFSSSFSVMAMSGQILFNCVVAFLAVMSCLLVTKFKRMFGELSLGVCTVVCVAIVNNLSYILTQNILMMVAYAVLYFLCTRTFRYSWIWHIGFCVAYLTMAPWWLVFWYLCSALTGLIPSLVKLKVTTQLFDGDKFVGTFETAAAGTFVLDMHSYQRLVNSIAPEKLKQYAASYNRYKYYSGSASEADYRLACYAHLAKAMLDYGTNHQDMLYSPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCVVRVCYGNMVLNGLWLGDTVICPRHVIASSTTSTIDYEHEYTVMRLHNFSVSVGNVFLGVVGVTMKGATLHIKVNQTNVNTPNYCFKTLKQGDSFNILACYDGVASGVYGVTLRTNNTIRGSFINGACGSPGYNLTSGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSSMDGVMYGGFEDQPTLQVEGANHLVTVNVVAFLYGALLNGVNWWLSNERVTMEAFNEWAFNNGYTAFSGLDSFAMLAAKTGVDVQRLLAAVQRLHKGFGGKNILGFTTLTDEFTIGEVVKQMYGVTLQSTRVSRTFSNLAIVGVFLTMFWSELLHYTAFFWVSPGFVTPVFFMLLTVSVLLMGLLKHKMLFLYTFLVPAVIVISSYNFAWDWHVTSMLAELFDHHVSLISLDIQGILNIITCVFVTLLHTYRFFKSNSSITTYVLSLLFMAYGFYMGTDVLSMIMMVLFNFTTNWYVGAFAYKMAFYAVQYTELPVLMGHVKSVMLCYVVVGYFCCVYYGLLYWVNRFFKLTLGVYDFKVSANEFKYMVANGLHAPRGIFDALTLSVKLIGIGGDKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWAYCVELHNKINLCDDPETAQEMLLALLAFFLSKQKDFGVDDLLESYFSNGTMLQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEEALNTDAAPQLVKQLKRAMNIAKAEFDHEASVQKKITRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSIIPAACATKLTVVSADLDSYLKICKDGCVHYAGVVWNVIDIRDNDGKVVHQKEVTQENFETLAWPLFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRAVRAEGEGFSADGKALYNNESGKTFMYAFIADKPDLKFVKWEFDGGCNTIELETPCKFAVETTNGTVIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAVNSSLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGVKPVGNCVKMLSNGAGTGQAITVGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGRCRLKGKYVQVPLGTLDPIRFCLENETCKVCMCWLNNGCTCDRVSTVQSLDAGYFKRARGSSDARLEPCNGTDTDHCVRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRFRNTEKHDAYFVIKRCPKSVMEHEQSIYDTLKNCGAVATHDFFTWKDGRSIYGNISRQDLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVLTGSCDESYFENKVWYDPVENEDIHRVYATLGKVIANSMLKCVRLCDAMVENGIVGVITLDNQDLNGDFYDFGDFARTLPGMGVPLCTSYYSYMMPAMGMTNCMAGECFMKSDVFGDDFKTFDLLHYDFTEHKEALFMKYFKYWGQDYHPNCVDCHDEMCIIHCANFNTLFSTTIPATAFGPLCRKVFVDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSTRLSINELLQFVTDPALLVASSPALVDQRTVCFSVAALSTGMTKQTVQPGHFNKEFYDFLRSQGFFDEGSELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNRPTVLDICQARVTYKLVSRYFEIYEGGCITAREVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLTYEEQDALYAITKRNVLPTMTQLNLKYSISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLKTLIDGVDNPRLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCNTGERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLTIDSNVCNNIGVKSLQRELYDNCYRSSTVDDSFIDKYYCYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYAELGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEDDISKGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHSNPEYRKVFYALLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDSSSKFWDESFYASMYEKSTILQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYD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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1167 Identity=59.66%
Cov(Q)=13.86% Cov(P)=97.59%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6722
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
377.744699999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00099
Total prob of N-in:
0.00031
outside
1 - 1908
TMhelix
1909 - 1928
inside
1929 - 1967
TMhelix
1968 - 1990
outside
1991 - 2056
TMhelix
2057 - 2079
inside
2080 - 2471
TMhelix
2472 - 2494
outside
2495 - 2725
TMhelix
2726 - 2748
inside
2749 - 2754
TMhelix
2755 - 2772
outside
2773 - 2775
TMhelix
2776 - 2795
inside
2796 - 2801
TMhelix
2802 - 2824
outside
2825 - 3138
TMhelix
3139 - 3161
inside
3162 - 3246
TMhelix
3247 - 3265
outside
3266 - 3274
TMhelix
3275 - 3297
inside
3298 - 3303
TMhelix
3304 - 3326
outside
3327 - 3340
TMhelix
3341 - 3363
inside
3364 - 3367
TMhelix
3368 - 3390
outside
3391 - 3394
TMhelix
3395 - 3417
inside
3418 - 3437
TMhelix
3438 - 3460
outside
3461 - 6722
