Strain
Bat_MG916903
(Region: China; Strain: Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Rs4259, complete genome.; Date: 17-Apr-13)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTGCAACCAGCTTTCGTTGGCTTTTGCCAATGATTCAGAGATTTCAGCTACTGGCTGTTGTACCTTCGAAGAAGCCGTCTTGCGCTATAGTGAGGCCGCTGTCGATGGTTTTGTCAACTGCCGATTTGTCGCTGCGGGTCTTCAGGACATCGTTATCGGAGTTAGTGATGATGATTATGTTATGTGTGTCACAGGCATACATCAGCTCACTGCCCGCATTGGCAAATTCGGTGACCATCCACGAAATCTACGTGGTTGGTTGCTGTTCTCTAACTCTAACTACTTTTTGGGGGAGTTAGAAATTGTCTTTGGTGGACGTGGTGGTTCCACTGTCTACGTTGACAACTTTATGTGTGACGCTAATGGTAAGCCTGTATTGGCTGAAGATATCTGGGAGTGCAAAGATTATTTTGGCGAACTCTCAGAGATTTTAATTGATGGTGTCACCTATGTTAAGGCCTGGAATGTTGATCGTACCGATGGCCCGTTTGCAAGTCAAACCTTGCTGTCTATTAATGCTATCACTTGGTGTGGAAATGTCCCACACACACTTGCTGATGGCACCACTACGGCTGTTGCTTCACCTGTACGTAAGAGTAAGACTGTTGTCCTCGATAAGTACTATGAGAAGTTAAACAATGCCGTTGGTGCCCCCTTCATCCGTAATGGCAAAACCCTTAAGGATGTAATTGCAACACCAATATTCTGTCATGCACTTGTTAAGTGCCATTGTGGTGTTACCAGTTGGACTGTTGGTGATTGGAGTTGTTACAAGTCTATCTGTTGTGGTAGTGCTTGTAAGCCAATTTGCATTGCCAGCGGTAATGTTCAACCTGGTGACGTCCTTGCTACCACCAACCAGGTGTCTAACACAGGAGTTAAATACTATAATGGCATGGTGCTCAAGTTCATTGACACGCTGGATGGTTTACATCTGTGGCGTGTTGTCAAATTGCAGAGTGTCGAAGGTTTCGTGGCTTCGGCTAACTTCGACAAAAATGAGTACACCTACCTGTCAGAACACATTTGCAGCCCTACAAACATGGAGGAAGTCTCTTTCAGTTTCAAGTTTGGGTTGTTGACTGGTGTGTATGCAGATGATGTTAAAGCAGCTATTGCTGAAGGTAAAATCACAGTTGGGAACTGTATTCTTGATGTGCTTGACGACTTGCTCGTAGAACCTTGGTTTGTACGCAAGCTAAAGGATTTAATCGGAGCTGCCTGGGAAGCTTTTGTTAAGGGCATTAAGTGTTTGAGCTACACTAGCGCTCATGTTATTGAGCTAACCAAGGCATTGTCTAAAGCTGTCTTGACTGTGACTAGAGAAGGTCTTAACTTTGTAGCCACGGTGCCTGAATGCTTCAGAACTTGTTTTGAAGTATTTAGAGAATTCGTGCTCAGTGTTTTTGATTTCACAGTTAACACAGTTAAGATTGCTGGGCAACAGTTCAAGTGTGTAGGGTCTTACATTTTATTGGACAACGCGCTTGTTAAGTTTGCCGATGGTAAACTAAAGAGTCCACGTCAAGCAGGGTTAAAGAAAATTCAGTATGCTAATGCTGTTCTTGGTAAAACGACCAGAGTTGTTGTTAAGAAGGTTGAAGTTTCTGATGCAGATTTAACTCTTGTTGAAGAACCTGTCACTCTTGTTAAAGATGGTGTCACCAAGGTTATTGGTAGCCAAGCTTTCTTTTGTAGTGGCGGTTACTATAGACTGATGAGTGACTCCGATGTTGTCCTGGACATACCTGTGTTTAAGGCTGTGGAGTCATACAGTCCTGTCTTTGAGTGTGCTGTACCCACGGGTTTTGTGCCACCTACATGTGATTCTTTGCCAGCTTTGGTAACTGCCACTGTTAGCCAATTAGCTGCATTTAATACACCATATCGTGTGTATAATGTCAGCGTGGTTAAACAACAGTGTGTTGTTACCGTTAGCTATACCTTCAGAGCACCAAGTTATCTAGGTGATTCACAGGAATTTCGCGACGCGTGTCTTGCTTGCGTTGACAGAGAAGGTTTTGATGCCTTTTATGTGAATGCACATGCGGCAGAGTCGTTAGTGTCATTTGAGCCTGTTTTCCCAGAGTTTTTCCAATTTGCTACAAGCGTGTCGTGTCCCGACTTATTGTTGGAGATAGACGGCGGTGGTATTTGGAAAACTTTTATTCGAACTGTTGGCAATGCGAGTGATTTTGTTAGATCACTGTCTCTTAGTTTTGATCTTAATGGACTTGTTATTAAGACAACTAAGAGATTTAAACGCTTTGCTGCTGCATTAACAAATCTTTACAGGGAGTTTGTTGCTACAGTAACTGAGGTTATTAGAATTGGTAGTGTTGCATTCACCTACTATGCATTTAATGTGCCTAAAGTTCTTGTTTCAGGTGTCTTACACAGTGTCAGACGTGTGAAAGCTGATGAACTGTCTATGTCTGTTGAAGACGTTATAGCTGAGTTCACAGTTTTTGACGGTGCCACTATTGCTGTTTCACCAGTTAGAGTTGAGAAGTCTCACGTACAACTGGAAGAGGCAGATTTTGTGCAACCTGCTGATGGTGGTGTACTCACTGTTGTGGATGAATTTGCGTTTTACAATAGTGGGGATCTCTACTATCCAGCCAATGAAAGTGCTGTGTTACCAGTCTGCTACAAACGTAGTGGTGGTGGTGTTATACAGTTTTCTGACACTGTTGAAGTCAAGGAGATAGATCCTGTCTACAAAGTCAAACTTGATTTTGAGTTTGAGAGTGAAGAGCTTGTGGCAGTCTGCAAGAAGGTCATTGGCCGTTCTATTGAATACAATGGGTCCGACTGGGAAGGACTGTGTGAACAGATCAGTTCAGTCATGACAGTTGTTAGTGACTTTCTTGATGTGCCCACCTATTACGTTTATGACGAAGAGGGTGGACAAGACTTAACTAAGGTCGTCATGGTGTCACAGTGGGCTATAGACACTGAAGCAACAGATGTTGTAGAAGTGGAACAGCCAAATGTTGACACTGATGAAGTACAAGAAGTTGCGGAGGCTCTTTCTTTTATTGTAGAGACAGTTCAACCAACTCCTAAACCTGTTAGTAGCCCCTTTGCCTTTGAATTCTACGACCTTAATGGCGTAAAGGTTTTAAGACAAGCAGCAAACAACTGTTGGGCAGCTTCTGCACTTGTTCAGTTACAGCTATTGGGTTGTTATGAGAGTGATGCTTTTGATCTTTTTAAAGTTGGAAGGGTGGCTCCTATGACACAGCAATGCTATACTGCTACAGGTAATATTTGGGGTAGTATGGGTGATGCTTCGCACTGTCTGGAAGCTTTGCTTAAGGAGACTTACACAATGTTTATACGTTGTGAAGTCACTTGTAAGTGCGGCACCAGCTTTGAAGAACTTAGTGGTTGTGTGTTTAGGTTTGTGCCTACTGAAAAACCATTCCCGTATGGCTGTTGTGGACAATGTCGTAAGACTAAAATGTTCACAATTTTGTCGATGCAGGGGACTGGTGTGTTTTGCCAAGAACCAAGTGAGTTTGACGTTAGTACACTCCTTTGTGAACCACTATGTGCTTCAGTGTTTAAGGGTAACCATTACAAGACTAACATCTACGCACATAATGTGTGTGTGGATGGTAATGGTAAGAGTCCTATTACGTGGAACACAATTAATACGGTTTGCTTTAGGGATGTTAAGTACAGCAAGGTTGTTGAACCTGTTCCATTTGCTACACATCAGAATATTGCTTTCTATCAGGGCGACCTTAACGATGTTAAGTCTGTTACACATGACTTTATTGTTAATGCGGCGAACGAAAGCTTGAGTCATGGTGGTGGCATTGCACAAGCACTTAATAAGATGACTGGTGGTAAGCTTCAACAGTTGTCTGACAAACATATTAGTTTGAATGGCAAACTCAAGGTAGGTACGGGTGTTATGATTGATTGTGATGGTACACCAATATTCAATGTTGTTGGTCCACGCAAAGGCAAGCATGCCACGCCGTTACTTGAGAAAGCTTACCAGTCTATCTTTGCTAATCCTGGTGTTCCTTTGACACCCTTAATTAGCATAGGTATCTTTAAAGTGCCGCTTGAAGATTCTCTAGCTGCTTTAATAAAATCTGCAGCAGGTAGAGTTGTCAAGTGTTTCTGTTACCTTGATGCTGAGCGCGACAAAATAATGTCGTACTTAGAGTCTCTTAAGAATGTTGATGTAGCTACCCCTGTAGAGGAAATTGCTCAACTCGTAGAGGCTCCCACAATTTTGCCTAAGCCATATCGTAGCGAGGGACGTTTTGACTTTTACGATGTGAAGGTTAGTGACATTCCTGCTATGAAGCCGGACAGACTTGTTATATTTACAGACTCAGACTTCACCTTTAGTGAGTTTGCCTGTAATTTTGACAAGCATGTTGACGGTGGCTTAACAGCATGTGTGGATGCATACAAGGCTGAGAATAAGGCCGTACCAGCTGGTAATATCATCACATTTAAGTGTGATGCATTCTTGGCTGTTAGCTTTGCTATTTTGCCACGCATTGATGATGCCTCGTATGAGAAAAACCTCATGCGTACTATCACCAAGGTCGCCAAACTTAAAGGTGTTGTACTTTCTACCGTTCCAGCACTAGATGTTTTGCGGAAAGTTTTGAAGTGTTGTGACTGTGCATTTGTTGTGGACACACAATCTAAGAGCGTAGTGACAGAGTGTTTTGACGTTCAGAGTGTCCTTGTCAAAGTCACAGAAAACGGTAGAGATGTAAAGGATGTGGTAGTTTCCAGTGCTGAGGTTATTGATGCACAAGTAGGTCCTTGTAGCATGAACAATTTTGATCTCACGGGTGTGAAACCTGACTCAGCTATTGCAGATGTTGTCAGTGCAGCCCCAGATGTCGATTGGTTGTCATTTTATGGCTTTCCTAGAGCAGATGTGTGGCATACGCTGGATCATAGTGCATATGAGTATGACAACAAAGAGATTGATGGTATCCGTGTTCTTAAATT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Protein
MACNQLSLAFANDSEISATGCCTFEEAVLRYSEAAVDGFVNCRFVAAGLQDIVIGVSDDDYVMCVTGIHQLTARIGKFGDHPRNLRGWLLFSNSNYFLGELEIVFGGRGGSTVYVDNFMCDANGKPVLAEDIWECKDYFGELSEILIDGVTYVKAWNVDRTDGPFASQTLLSINAITWCGNVPHTLADGTTTAVASPVRKSKTVVLDKYYEKLNNAVGAPFIRNGKTLKDVIATPIFCHALVKCHCGVTSWTVGDWSCYKSICCGSACKPICIASGNVQPGDVLATTNQVSNTGVKYYNGMVLKFIDTLDGLHLWRVVKLQSVEGFVASANFDKNEYTYLSEHICSPTNMEEVSFSFKFGLLTGVYADDVKAAIAEGKITVGNCILDVLDDLLVEPWFVRKLKDLIGAAWEAFVKGIKCLSYTSAHVIELTKALSKAVLTVTREGLNFVATVPECFRTCFEVFREFVLSVFDFTVNTVKIAGQQFKCVGSYILLDNALVKFADGKLKSPRQAGLKKIQYANAVLGKTTRVVVKKVEVSDADLTLVEEPVTLVKDGVTKVIGSQAFFCSGGYYRLMSDSDVVLDIPVFKAVESYSPVFECAVPTGFVPPTCDSLPALVTATVSQLAAFNTPYRVYNVSVVKQQCVVTVSYTFRAPSYLGDSQEFRDACLACVDREGFDAFYVNAHAAESLVSFEPVFPEFFQFATSVSCPDLLLEIDGGGIWKTFIRTVGNASDFVRSLSLSFDLNGLVIKTTKRFKRFAAALTNLYREFVATVTEVIRIGSVAFTYYAFNVPKVLVSGVLHSVRRVKADELSMSVEDVIAEFTVFDGATIAVSPVRVEKSHVQLEEADFVQPADGGVLTVVDEFAFYNSGDLYYPANESAVLPVCYKRSGGGVIQFSDTVEVKEIDPVYKVKLDFEFESEELVAVCKKVIGRSIEYNGSDWEGLCEQISSVMTVVSDFLDVPTYYVYDEEGGQDLTKVVMVSQWAIDTEATDVVEVEQPNVDTDEVQEVAEALSFIVETVQPTPKPVSSPFAFEFYDLNGVKVLRQAANNCWAASALVQLQLLGCYESDAFDLFKVGRVAPMTQQCYTATGNIWGSMGDASHCLEALLKETYTMFIRCEVTCKCGTSFEELSGCVFRFVPTEKPFPYGCCGQCRKTKMFTILSMQGTGVFCQEPSEFDVSTLLCEPLCASVFKGNHYKTNIYAHNVCVDGNGKSPITWNTINTVCFRDVKYSKVVEPVPFATHQNIAFYQGDLNDVKSVTHDFIVNAANESLSHGGGIAQALNKMTGGKLQQLSDKHISLNGKLKVGTGVMIDCDGTPIFNVVGPRKGKHATPLLEKAYQSIFANPGVPLTPLISIGIFKVPLEDSLAALIKSAAGRVVKCFCYLDAERDKIMSYLESLKNVDVATPVEEIAQLVEAPTILPKPYRSEGRFDFYDVKVSDIPAMKPDRLVIFTDSDFTFSEFACNFDKHVDGGLTACVDAYKAENKAVPAGNIITFKCDAFLAVSFAILPRIDDASYEKNLMRTITKVAKLKGVVLSTVPALDVLRKVLKCCDCAFVVDTQSKSVVTECFDVQSVLVKVTENGRDVKDVVVSSAEVIDAQVGPCSMNNFDLTGVKPDSAIADVVSAAPDVDWLSFYGFPRADVWHTLDHSAYEYDNKEIDGIRVLKFSDNNCWVNATCIQLQQAKVIFKSEGLQGMWNDFLVGKVSKFVHWLYWYQNSSKGEPGDVEYTLNTIARYMVNSGKVTVTRSTVSDCCNSKRVVTTPVYNASVLRSGYEDGVCTHGDTIQCRVVEVHGTVIITTSSRPVAHPANALIKGESYTTYAGDVKDGHYTVFSGGKVYDGDTVSSGNDLSLQAVTSVVVTDKVITAPVQKEEKQTSVVEKLDNASEKFFTFGDVVARNMAAIFVWLFSMLSLLFKAFKQKDVKVFALAPERTGVILSRSFKYNFKASRQVLKSKIKWVKLFGKLLLTLFALYSTWFMLVRFGPLNDTLCTEYVKGYADSNFNKGEFCDGVTCRTCLYGYQELSDFPHTSTVWEHVKDPLFKKVMPLFYMAFLLIFGGVVTRACMLYFVAQYVNSAGVMLGLQDNVWVLQFVPFDVFGDELVVMFVVIKCLLFFKHILFGCEKPSCVACTKSARLTRVPMQTIVNGSSKSFYVVANGGKKFCTKHNFFCVNCDSYGPGNTFINDVVAAEVSNVVKTSVCPTAPATIEVSKVEFSNGFYYLYDASGNKFWRYNFDITESKYSCKEVLKSCNVLSDFIVYNNTGSNVTQVRNACVYFSQLLCKPIKLVDSSLLATLNVDFNGALHSAFVDVLKESFGKDLSSCTTMADCKVALDIDADDEDFVNCVSNAHRFNVLLTDLSFNNFVTSYAKPEEKLSTHDVAACMRGGAKVVNHNVLIKEQVPIVWLAKDFNMLSEEGRKYVVKTAKLKGVNFMLTFNNNRMQTTIPVVSVASKQGSGLRRCYNFIWWFCAMLVFAFFAVGFLDFSTMVPSDSEYDFKYIKGGKLHTFDTSLDCVHNVFSNFDTWFQAKFGFLPRNSKSCPIVVGVSDTARVVPGIPSGVTLVDKTLVFATKSVFADSNTCYDIRGPASAEKCVFNSACTTLNGLGGLVTYCFKNGLVEGAKLYTDLLSHSHYSTADGGYVRLPEVLTSGFGFRTVRTQATTYCRVGQCIESKAGVCFGADRFLVYNEESGPDFVCGTGLWSLLLNVVSIFSSSFSVMAMSGQILFNCFVAFLAVMSCLLVTKFKRMFGELSLGVCTVVCVAIVNNLSYIVTQNVIMMVAYAVLYFLCTRTFKYSWIWHLGFCVAYFTLAPWWLVFWYLCSALTGLIPSILKLKVTTQLFDGDKFVGTFETAAAGTFVLDMHSYQRLVNSVAPEKLKQYAASYNKYKYYSGSASEADYRLACYAHLAKAMLDYGTNHQDMLYSPPTVSYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMVLNGLWLGDTVICPRHVIASSTTTTIDYDHEYTVMRLHNFSVSVGNVFLGVVGATMKGTTLHIKVNQTNVNTPSYCFKTLKQGDSFNILACYDGAPAGVYGVTLRTNNTIKGSFINGACGSPGYNLANGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSNMDGVMYGGFEDQPTLQVEGANHLVTVNVVAFLYGALLNGINWWLNSDRVTVEAFNEWAFSNGYTAFNGVDSFAMLAAKTGVDVQRILAAVQRLHKGFGGKNILGFTTLTDEFTISEVVKQMYGVNLQSTRVSSSISNLAIVGVFLTMFWSELLHYTAFFWVSPGFVTPVFFMLLTVSVLLMGLLKHKILFLYTFLIPAVVVTSFYNFAWDWHVTSVLAEVFDHHVSLISLDIQGVLNIITCVFVTLLHTYRFFKSNASITTYVLSLLFMAYGFYVGTDVLSMVMMVLFNFTTNWYVGAFAYKVAFYVVQYTVLPILVGQVKAVMLCYVVVGYFCCTYYGLLYWINRFCKLTLGVYDFKVSANEFKYMVANGLHAPRGVFDALTLSIKLIGIGGDKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIASNTKEWAYCVELHNKINLCDDPETAQEMLLALLAFFLSKQKDFGVDDLLESYFSSGTMLQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEEALNTDAAPQLVKQLKRAMNIAKSEFDHEASVQKKITRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSIIPAACATKLTVVSADLESYLKICKDGCVHYAGVVWNVIDIRDNDGKVVHQKEVTQENFETLAWPLFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRAVRAEGEGFSADGKALYNNESGKTFMYAFIADKPDLKFVKWEFDGGCNTIELETPCKFAVETTNGPVIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAVNSSLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGVKPVGNCIKMLSNGSGTGQAITVGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGRCRLKGRYVQVPLGTIDPIRFCLENETCKVCMCWLNNGCTCDRVSSVQALDTGYLNEHGALVMLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
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IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=1e-157 Score= 489 Identity=74.75%
Cov(Q)=7.44% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0008270 F:zinc ion binding
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GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0003724 F:RNA helicase activity
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GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4048
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
364.023469999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00081
Total prob of N-in:
0.00044
outside
1 - 1895
TMhelix
1896 - 1915
inside
1916 - 1957
TMhelix
1958 - 1980
outside
1981 - 2046
TMhelix
2047 - 2069
inside
2070 - 2461
TMhelix
2462 - 2484
outside
2485 - 2715
TMhelix
2716 - 2738
inside
2739 - 2744
TMhelix
2745 - 2762
outside
2763 - 2765
TMhelix
2766 - 2785
inside
2786 - 2791
TMhelix
2792 - 2814
outside
2815 - 3128
TMhelix
3129 - 3151
inside
3152 - 3236
TMhelix
3237 - 3255
outside
3256 - 3264
TMhelix
3265 - 3287
inside
3288 - 3293
TMhelix
3294 - 3313
outside
3314 - 3332
TMhelix
3333 - 3355
inside
3356 - 3367
TMhelix
3368 - 3390
outside
3391 - 3399
TMhelix
3400 - 3422
inside
3423 - 3428
TMhelix
3429 - 3451
outside
3452 - 4048
