Strain
Bat_MG916904
(Region: China; Strain: Bat coronavirus BtCoV/Rh/YN2012 isolate BtCoV/Rh/YN2012_Ra13591, complete genome.; Date: 1-Jun-13)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGATTGCAACCAAATAACGTTGGCTTTTGCCAATGACTCAGAGATTTCAGCTTTTGGATTTGGCACCGTCGAAGAGGCCGTCTCACATTATAGTGAGGCCGCTGCTGATGGTTTTACCAAATGCCGATTTGTCACTGCGAGTCTTCTGGATATAGTCACGGGAGTGTTGGATGATGAGTATGTCCTCTGTATTAGTGGTCTTCATCAACTAACAGCTCGCATTGGTAAATTCGGTGACCGCCCGAGTAACTTTAGGGGCTGGTTGCTGTTCTCCAACTCTAACTATTTTCTTTCGGAGTTGGATCTTGTCTTCGGAGGACGTGGTGGTAACACTGTCTACGTAGACAACTATATGTGTGGTGCCAATGGTCTTCCCGTATTGTCTGAGGACATATGGGAGTTTAAAGACTATTTTGGTGAACTAACAGAGATGTGTGTGAATGGCACCACATATACTAAGGCTTGGAATGTTGACCGTGTTGATGTTCCTTTTAAAAGCCAGAACTTGTTGGCTATTAATGCCATTACCTGGTGTCTCGATGTCCCTCATACTTTGCCTGATGGTGCCACCACTACCACTGCACCCCCTGTACGTAAAAATAAGGCTGTTGTGCTTGATAAGTACTATGCCAAACTTTACGATGCTGTTGGAGTGCCTTTTGTGCGTAATGGTAATGTATTGAAGGATGTTGTGGCCAAACCAGTGTTTTTACATGCACTTATCAAGTGTCATTGTGGTGTCACTAGCTGGACAGTGGGAGACTGGGGTTGTTACAAGTCCACCTGTTGCGGTGTGTCTTGTAAACCAATTTGCGTCTCTAGTGGTGATGTCCGTGCTGGTGATGTTGTTTTTACAACTAACAAGGTTTCACCTACTGGCTCTAAGTACTATAATGGTATGGTGCTTAAATTTGTTGACACTGTTGATGGTGTGCACTTGTGGCGTGTCATTAAATTACAGAGTGTCAACGGGTTAGTTGCGTCAGCCAACTATGATGCAGCTGAGTACGTCTACTTGAATGAACACATTTGCAGTCCAGCTAACATGCTTGAGCTAGCCTTTTGCTTTAAGTTTGGAATGCTTAGTGGTGTGTTCGATGATGATGTGAGAAATGCTGTGGTTAATGGTACTATTGTAGTCAGCAATGTTATCCTTGATGTTACAGACACTGTACTTGTCAAACCTTGGTTTGTTCGTAACTTGTCTGAGTTGATTGGCAGTGCTTGGAACACTTTTGTGACTGGTGTAAAGCAGTTGTGTTACACTAGTGCACAATTGATAGAACTTGTTAAGGCTTTTGCTAAGGCAACTTTAGTTGCAACTAGTGAAGGCTTAAAATTCACAGCTGTGGTGCCAGAGTGTTTCAAAACCTGCTTTGAAATTTTCAAAGAATTTGTTAATGGTGTGTTTGATCTCACTGTTAAAACTTTTAAAGTTGCTGGTGTCTCTTTTAAAAGCGTAGGATCTTATATTTTGTTGAACAATGCTTTGGTGAAGCTTGTTTCAGTTAAAGTTAAAGGTCTACGTGAAGCTGGTTTGACTAGTGCCCAGTATGCCGAAGTGGTCTTGGGTAAGACTACTAAGGTGAGAGCAAAGAGACTAGAAGCATCTAATGTTAACCTTAAACTTGTTGAGAATCAGCCAGTTGTAAAAGAGGGCATTGCTAAGATCATTGGTGGTATTACCTTCTTTGAAAGTGGTGGTTACTACAGATTCATGAGTGATCATGATGTTGTTCTCAACACACCCGTTTTTCAGGCTGTAGTATCTTACACACCAGTCTTTGAGTGTGTTAAGCCAAAAGACTTTGTCACACCTACTTGTGACACATTACCTGAACTTGTTACTGCAACAGTCACTGAGTTGTTAAAGTTGAACACACCTTATAGAGTTTACGATGTTAAAGTTGTGAACAATAAGTGTGTTGTCACTTGCCGTTATACATTCAGAGCTCCGTCTTATATCACAAATGTTGATGCTTTTATAAAGGCATGTGAGTGTTGTGTGGACAAAGAAGGCTTTGAAGATTTCTATGTCAATGCACATGCTAATACTATGTTGGCATCTTTTGAGCCTGTCTTTGACGAATTTAAACAATTCACTATGCCTGCTGTTTGTGCTCCACCTTTGCTTGAAGAAATTGATGGTGGTTCTATCTGGAGTTCGTTCATTAAGACTGTTGCTAATGCTGTTGATTTTGCTAAAAACTTAACTGTTAGTTTTGATCTGAGTGGTATAGTTTTCAAGACTGTAAAGCGCTTTAAGCGATTTGCATCTGTTTTGACTAACCTCTACAGAGAGTTCATTGCTACAGTTACACAGGCGATTAGTATTGGTGGTGTCACATTTACTTACTATGCCTTCAATGTTCCCAAAGTCTTCATTTCAGGAGTTTTACACACTGTTAGACGTGTTTCATTAAGTTCCTTCAACATACCTGTAGAGGATGTTGGAACTGATGTGCATGTCTTTGATGGTACCTCTATACCAATAACAGCGGTTAGAGTTGAGCAAGTTGTTGTTAAATTTGAGGAATCAGACTTTGTACAACCTGCTTCTAATGGTGTGTTGGCAGTCATTGATAATCATACATTTTATAACACTGGCAATTATTACTACCCTGCTAATGAAACTGCAATTTTGCCTATTTGTTTCAAACGTAGTGGTGGTGGTGTTGTCCAGTTTGCTGAGACAGTGGCTGTTAAAGAAATTGAACCTGTTTATAAAGTTAAGCTTGACTTTGAATTTGAAGACGAGAATATAATGGCTGTCTGTAAGAAAGTTATTGGTCGTGTTCTAACCTGTGATGGTGATGACTGGGATGCAATGTGTACTCAAATAGACACAGTCATGACAGTCATCAATGAACACTTACCAGTACCCAAGTACTTCATATATGATGAAGAAGGTGGTAAAGACCTTACTAAAACAGTTATGATATCACAATGGGCCATTGAAGAGCCAGTAAATGAAGGAATTGTTGTCTCACCTGTATCTGATGATATACAACAGGTTGAAAAGGCTTTATCTTTCATAGAGGATGTTAAAATGGAAACAACACCAAAAAGTGTTTTTGCATTTGAGTTCTATGAAATTAATGGATTAAAAGTCTTGCAACAGTCTGCTAACAATTGCTGGGTTGCATCTACATTAGTGCAGCTGCAATTGATAGATTGTTATGAAAGTACTGCTTTTGATTTGTTTAAGGCTGGTCGTGTTGCACCTATGGTACAGAAGTGTTATGAAGCCACAAATAACATCTGGGGTAGCCTTGGTGACGTTTCTCATTGTCTAGAAGTCCTACTTAAAGATCTACACACAATGTTTATACATTGTTCTGTGGAATGTAAGTGTGGACAGACATTTGATGATTTGAGTGGTTGCTTGTTTCGCTTTATACCTACTAACAAACCATTCCCTTATGGTGGTTGTTATAATTGTGGTGCCACACGCATGTACACAATACTTTCGATGAAGGGTACAGGTGTTTTCTGTCAAGAGCCAGTTCCTCTTGATGTTAGTACGCTATTATTAGAACCTCTTTGTGCCTCAGTTTTTATGGGTAGTCATTATAAGACTAACATCTACAAGTACAATGTCTGTGTAGATGGTAGTGGTCGTCAGCAGATAGGTTGGAATACCATTAACACTGTCTGCTTTAAAGATGTTGACTACTGCAAGGTTGCTGAACCCAAACCATTTTTAGTTCACAAGAATGTCTCATTCTTTCAAGGTGAGATTAAAGACTTACTTAGTATTCCGCATGATTTTATAGTTAACGCTGCCAACGAAAACCTTAGCCATGGAGGTGGTGTAGCTGCAGCAATTGATAATTTGACCAAGGGTCAATTACAAAAATTGTCTACAGCACATGTTAAAGCCAATGGCAAAGTGAAGGTTGGTGGTGGTGTCATGCTCAAGTGTGAGAAACACTCAGTACTGAATGTTGTGGGTCCTCGCAATGGTAAACATGCACCTACATTGCTAGAAAAAGCTTATGGTACCGTTTTTAATGAATCCGGTATACCATTAACACCCTTGTTGAGTGTTGGTATATTTAAAGTACCACTTGAGACATCTTTAGACGCTCTTTTCAATGTTGTGGGTGATAAAGTTGTTAAATGCTTTTGTTACACTGATGTGGAGCGTGAAAAGATTGTTAAATATGTGAGTACAAAGGTACCGGCTGTTATTAGCACATATGATGTGTGTACTACTGCTGTTGTACAAACTGCACCATTGATGGTTGCAGAGGTTGTTCAGCCTGAAGTGGTTGCAGAATTGCCACAACCATATAGAAGTGAAGGAAAATTTGATTTTTACGATGTGAGTGTCAATTCTTTACTTTCACTTAAACCTGATAGGTTTGTCTTTTACACAGATTCTACATTTATCTTAGACACTATTGCCAAAGAGTTTGATGCTTTGGTTGAAGGTGGTCTTAGTGCATGTTTAGAGGCTTATAAGAAGGACAATAATTTAACTCCGCCAGGTAACCTTGTGTCTTTTAAATGTGACAATGCTGTTACTGTTAGTTTTGCTATCTTACCTAAAAGTGATGATGTCACTTATGACAAGAATGTCATGCGCACAGTCACTAAGATTTCAAAACTTAAAGGTCGTGTTTTGTCAACTGTGCCAACACTAGATGTCTTACGTAAAGTCTTAAAGTGTTGTACTTTAGCTTTTGTCACAGATGCTGTTACTAAAGATGTTGTGTCAGAGTGTTTTGACATTCAGGATGTTACAGTTAAGGTTACAGAAAATGGTAGAGATGTTAAGAATGTTACTGTCACTAGTGCTGTGGTTATTGATGCGCAAGTTGGTGCTTGTAGCATGAATAACTTCGATCTCACTGGTGTTAAACCTGACAACGCAATTACAGATGTTGTTAGTACAGCACCAGATGTCGATTGGATTGCTTATTACGGTTTTCCACGAGCAGATGTGTGGCACACCCTAAATCATGATGCTTACAATTTTGATAATAAGGAATT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Protein
MDCNQITLAFANDSEISAFGFGTVEEAVSHYSEAAADGFTKCRFVTASLLDIVTGVLDDEYVLCISGLHQLTARIGKFGDRPSNFRGWLLFSNSNYFLSELDLVFGGRGGNTVYVDNYMCGANGLPVLSEDIWEFKDYFGELTEMCVNGTTYTKAWNVDRVDVPFKSQNLLAINAITWCLDVPHTLPDGATTTTAPPVRKNKAVVLDKYYAKLYDAVGVPFVRNGNVLKDVVAKPVFLHALIKCHCGVTSWTVGDWGCYKSTCCGVSCKPICVSSGDVRAGDVVFTTNKVSPTGSKYYNGMVLKFVDTVDGVHLWRVIKLQSVNGLVASANYDAAEYVYLNEHICSPANMLELAFCFKFGMLSGVFDDDVRNAVVNGTIVVSNVILDVTDTVLVKPWFVRNLSELIGSAWNTFVTGVKQLCYTSAQLIELVKAFAKATLVATSEGLKFTAVVPECFKTCFEIFKEFVNGVFDLTVKTFKVAGVSFKSVGSYILLNNALVKLVSVKVKGLREAGLTSAQYAEVVLGKTTKVRAKRLEASNVNLKLVENQPVVKEGIAKIIGGITFFESGGYYRFMSDHDVVLNTPVFQAVVSYTPVFECVKPKDFVTPTCDTLPELVTATVTELLKLNTPYRVYDVKVVNNKCVVTCRYTFRAPSYITNVDAFIKACECCVDKEGFEDFYVNAHANTMLASFEPVFDEFKQFTMPAVCAPPLLEEIDGGSIWSSFIKTVANAVDFAKNLTVSFDLSGIVFKTVKRFKRFASVLTNLYREFIATVTQAISIGGVTFTYYAFNVPKVFISGVLHTVRRVSLSSFNIPVEDVGTDVHVFDGTSIPITAVRVEQVVVKFEESDFVQPASNGVLAVIDNHTFYNTGNYYYPANETAILPICFKRSGGGVVQFAETVAVKEIEPVYKVKLDFEFEDENIMAVCKKVIGRVLTCDGDDWDAMCTQIDTVMTVINEHLPVPKYFIYDEEGGKDLTKTVMISQWAIEEPVNEGIVVSPVSDDIQQVEKALSFIEDVKMETTPKSVFAFEFYEINGLKVLQQSANNCWVASTLVQLQLIDCYESTAFDLFKAGRVAPMVQKCYEATNNIWGSLGDVSHCLEVLLKDLHTMFIHCSVECKCGQTFDDLSGCLFRFIPTNKPFPYGGCYNCGATRMYTILSMKGTGVFCQEPVPLDVSTLLLEPLCASVFMGSHYKTNIYKYNVCVDGSGRQQIGWNTINTVCFKDVDYCKVAEPKPFLVHKNVSFFQGEIKDLLSIPHDFIVNAANENLSHGGGVAAAIDNLTKGQLQKLSTAHVKANGKVKVGGGVMLKCEKHSVLNVVGPRNGKHAPTLLEKAYGTVFNESGIPLTPLLSVGIFKVPLETSLDALFNVVGDKVVKCFCYTDVEREKIVKYVSTKVPAVISTYDVCTTAVVQTAPLMVAEVVQPEVVAELPQPYRSEGKFDFYDVSVNSLLSLKPDRFVFYTDSTFILDTIAKEFDALVEGGLSACLEAYKKDNNLTPPGNLVSFKCDNAVTVSFAILPKSDDVTYDKNVMRTVTKISKLKGRVLSTVPTLDVLRKVLKCCTLAFVTDAVTKDVVSECFDIQDVTVKVTENGRDVKNVTVTSAVVIDAQVGACSMNNFDLTGVKPDNAITDVVSTAPDVDWIAYYGFPRADVWHTLNHDAYNFDNKELDGMRVLKFSDNNCWVNAVCIQLQKAKTLFKTEGIQNMWNDFLVGNVAKFVHWLYWYQDAGKGDSGDVEYTLNTLTRYMVNSGKITVVRSTSSKCCNKSRTYTTPVFSASVLRAGYEDGVCAHGETIHCSVTEVSGTVVIVSPSRPTVHNANLLLRGDSYTVYSGDVKDGHYSVFVHGGRIYDGDTVSGGNDLSLCAVTSVVVTNFLNTVKPVAVRSAPTVIETLDSASEKFFTFGDVVTRNMATAFVWLFSMFSLCVKAFKNKDFKVLAKAPERTGVILGRSFKYNFKASKQFLLSRVLWVKLFGKFLLALFAVYAVWFLMVRFGPLNDVMCTSYVEGYAKSNFDKNSYCDSVTCRTCLYGYQQLSDFPHTSIVWEHVRDPLFRRVVPMFYMAFLLIFGGVIMRACMLYFVAQYVNGIGVLFGLQDNVALLQLIPFDVFGDEIVVMFVVFKCLLFVKHIFLGCDKPSCVACTKSARLTRIPLQTIVNGSSKSFYVFANGGKKFCSKHNFFCVNCDSYGSGNTFINDVVASEVSNVTKTSVLPTGPATIDISRVEFSNGFYYLYGADGSKFWRYNFDITESKYSCKEVIKNGNVLSDFIVYNNTGSNVTQVRNACVYFSQLLCKPIKLVDSALLATLNVDFNGALHSAFVDVLKESFNKDLSSCTTMSDCKVALDIDAEDEDFVNCVSNAHRFNVLLTDLSFNNFVTSYAKPDEKLSTHDIAACMRGGAKVVNHNVLVKEQVPVVWLARDFNMLSEEGRKYVVKTAKLKGVNFMLTFNTNRMQTSIPAISVAGKNGSGIKRCYNYVWWLCACAVFLFFAVGLLDFTSTVASATDYDFKYIKGGKLHTFDSGLDCVHNVFSNFNEWFHAKFGYVPRNSKSCPIIVGVSDEARTVPNIPSGVYLFDKTLVFATKTVFSPSTNCYDIRGPSDAAECVFNSACTTLSGLGGLVTYCFKHGLVENSKLYTDLLPHNHYSTADGGFIKLPEVITSGFGFRTVRTKETTYCRMGQCIDSKAGVCFGADRFLVYSAESGSDFVCGTGLWSLLLNVLGIFSSSFSVMAMSGQIMFNCFVAFLVVVSCLMITKFKRMFGELSFGVCTVVCVALVNNISYIVTQNILVMVCYAVLYFLCTRTFRYAWIWHIGYCIAYATMAPWWLIFWYLCSALTGLIPSLLKLKVTTQLFDGDKFIGTFETAAAGTFVLDMHSYQRLVNSIAPEKLKQYAASYNRYKYYSGSASEADYRCACYAHLAKAMLDYGTNHQDILYSPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCVVRVCYGNMVLNGLWLGDTVLCPRHVIASSTTNVIDYDHEYNIMRLHNFSVSVGNVFLGVIGVTMKGTLLHIKVNQTNVNTPNYVFKTLKQGDTFNILACYDGVPSGVYGVTLRTNHTIRGSFINGACGSPGYNLNNGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSTMDGTMYGNFDDQPTLQIEGANHLVTVNVLAFLYGALLNGVNWWLTGDRVTVESFNEWCLNNGFTTLTCVDSFAMLAAKTGVDVQRLLAAVQRLHKGFGGKNILGFTTLTDEFTIGEVIKQMYGVTLQSNKISGSFSNLAIVGVFLTMFWSELLHYTAFFWVSPGFVTPVFFVLLFVSILFMCLLKHKMLYLYTFLIPAVVVISCCNFAWDWYVTSILAEIFDHHVSLISLDIQGVLNILTCVFVTLLHTYRFFRSNSSVTTYVLSLCFMAYGFYIGSDALSMVMMILFNFTTNWYIGAIAYKIAFYLVQYTMWPNLLGSVKAIMLCYVLIGYICCVYYGLLYWINRFFKLTLGVYDFKVSANEFKYMVANGLQAPKGVFDAVALSIKLIGIGGDKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWAYCVELHNKINLCDDPEVAQELLLALLAFFLSKQKDFGVDDLLDSYFSTGSILQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEDALNTDASPQLIKQLKRAMNIAKAEFDHEASVQKKISRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLARDGVVPLSIIPAACATKLNVVSADLDSYLKICKDSCVHYAGVVWNVIDIRDNDGKIVHMKEVTQENSDSLAWPLFLNCERVVKLQNNEIMPGKLKQRAVKAEGDGFSADGKALYNNESGKTFMYAFVADKPDLKYVKWEFDGGCNTIELEPPCKFAVETTNGTVIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAVNSSLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGVKPVGNCIKMLSNGAGTGQAITTGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGRCKFKGRYVQVPLGTIDPIRFCLENDTCKVCMCWLNNGCACDRFSSVQSLDTGYFKRAGGSSGAQLEPCNGTNTDHCVRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRFRNVMVKDAYFVIKKCPKSVMEHEQSIYDILKDCGAVATHDFFTWKDSRAIYGNISRQDLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVLTGSCDESYFENKVWYDPVENEDIHRVYAKLGKIIANSMLKCVRLCDAMVENGIVGVITLDNQDLNGNFYDFGDFARTLPGMGVPLCTSYYSYMMPAMGMTNCMAGECFMKSDIFGDDFKTFDLLHYDFTDHKEALFNKYFKYWGQDYHPNCVDCHDEMCIIHCANFNTLFSTTIPITAFGPLCRKVFVDGVPLVVTAGYHFKQLGIVWNKDLSTHSTRLSINELLQFVTDPSLLVASSPALVDQRTVCFSIAALSTGMTKQTVQPGHFNKEFYDFLRAQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNRPTVLDICQARVTYKLVSRYFEIYEGGCITAREVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLTYEEQDALYAVTKRNVLPTMTQLNLKYSISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLKTLIDGVDNPRLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCNTDERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLSIDSNVCNNVSVKALQRELYDNCYRSSGIDDSFIDKYYCYLRKHFSIMILSDDGVVCYNKDYAELGYVADISAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEDDVNKGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVSLLERYVSLAIDAYPLSKHSNPEYRKVFYALLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDASSKFWDESFYASMYEKSTVLQAAGLCVVCNSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDH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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1159 Identity=59.29%
Cov(Q)=13.77% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6723
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
397.500519999995
Exp number, first 60 AAs:
0.00271
Total prob of N-in:
0.00072
outside
1 - 1904
TMhelix
1905 - 1927
inside
1928 - 1964
TMhelix
1965 - 1987
outside
1988 - 2056
TMhelix
2057 - 2079
inside
2080 - 2470
TMhelix
2471 - 2493
outside
2494 - 2724
TMhelix
2725 - 2747
inside
2748 - 2753
TMhelix
2754 - 2771
outside
2772 - 2774
TMhelix
2775 - 2794
inside
2795 - 2800
TMhelix
2801 - 2823
outside
2824 - 3137
TMhelix
3138 - 3160
inside
3161 - 3245
TMhelix
3246 - 3265
outside
3266 - 3279
TMhelix
3280 - 3299
inside
3300 - 3305
TMhelix
3306 - 3328
outside
3329 - 3342
TMhelix
3343 - 3365
inside
3366 - 3376
TMhelix
3377 - 3399
outside
3400 - 3408
TMhelix
3409 - 3431
inside
3432 - 3437
TMhelix
3438 - 3460
outside
3461 - 6723
