Strain
Camel_MG923474
(Region: Nigeria; Strain: Middle East respiratory syndrome-related coronavirus isolate MERS-CoV camel/Nigeria/NV1405/2016, complete genome.; Date: 24-Jan-16)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTTCGTGGCTGGTGTGACCGCGCAAGGTGCGCGCGGTACGTATCGAGCAGCGCTCAACTCTGAAAAACATCAAGACCATGTGTCTCTAACTGTGCCACTCTGTGGTTCAGGAAACCTGGTTGAAAAACTTTCACCATGGTTCATGGATGGCGAAAATGCCTATGAAGTGGTGAAGGCCATGTTACTTAAAAAGGAGCCACTTCTCTATGTGCCCATCCGGCTGGCTGGACACACCAGACACCTCCCAGGTCCTCGTGTGTACCTGGTTGAGAGGCTCATTGCTTGTGAAAATCCATTCATGGTCAACCAATTGGCTTATAGCTCTAGTGCAAATGGCAGCCTGGTTGGCACAACTTTGCAGGGCAAGCCTATTGGTATGTTCTTCCCTTATGACATCGAACTTGTCACAGGAAAGCAAAATATTCTCCTGCGCAAGTATGGCCGTGGTGGTTATCACTACACCCCATTCCACTATGAGCGAAACAACACCTCTTGCCCTGAGTGGATGGACGATTTTGAGGCGGATCCTAAAGGCAAATATGCCCAGAATCTGCTTAAGAAGTTGATTGGCGGTGATGTCACTCCAGTTGACCAATACATGTGTGGTGTTGATGGAAAACCCATTAGTGCCTACGCATTTTTAATGGCCAAGGATGGAATAACCAAACTGGCTGATGTTGAAGCGGACGTCGCAGCACGTGCTGACGACGAAGGCTTCATCACATTAAAGAACAATCTATATAGATTGGTTTGGCATGTTGAGCGTAAAGACGTTCCATATCCTAAGCAATCTATTTTTACTATTAATAGTGTGGTCCAAAAGGATGGTGTTGAAAACACTCCTCCTCACTATTTTACTCTTGGATGCAAAATTTTAACGCTCACCCCACGCAACAAGTGGAGTGGCGTTTCTGACTTGTCCCTCAAACAAAAACTCCTTTACACCTTCTATGGTAAGGAGTCACTTGAGAACCCAACCTACATTTACCACTCCGCATTCATTGAGTGTGGAAGTTGTGGTAATGATTCCTGGCTTACAGGGAATGCTATCCAAGGGTTTGCCTGTGGATGTGGGGCATCATATACAGCTAATGATGTCGAAGTCCAATCATCTGGCATGATTAAGCCAAATGCTCTTCTTTGTGCTACTTGCCCCTTTGCTAAGGGTGATAGCTGTTCTTCTAATTGCAAACATTCAGTTGCTCAGTTGGTTAGTTACCTTTCTGAACGCTGTAATGTTATTGCTGATTCTAAGTCCTTCACACTTATCTTTGGTGGCGTAGCTTACGCCTACTTTGGATGTGAGGAAGGTACTATGTACTTTGTGCCTAGAGCTAAGTCTGTTGTCTCAAGGATTGGAGACTCCATTTTTACAGGCTGTACTGGCTCTTGGAACAAGGTCACTCAAATTGCTAACATGTTCTTGGAACAGACTCAGCATTCCCTTAACTTTGTGGGAGAGTTCGTTGTCAACGATGTTGTCCTCGCAATTCTCTCTGGAACCACAACTAATGTGGACAAAATACGCCAGCTTCTCAAAGGTGTCACCCTTGACAAGTTGCGTGATTATTTAGCTGACTATGACGTAGCAGTCACTGCAGGCCCATTCATGGATAATGCTATTAATGTTGGTGGTACAGGATTACAGTATGCCGCCATTACTGCACCTTATGTAGTTCTCACTGGCTTAGGTGAGTCCTTTAAGAAAGTTGCAACCATACCGTACAAGGTTTGCTACTCTGTTAAGGATACTCTGGCTTATTATGCTCACAGCGTGTTGTACAGAGTTTTTCCTTATGACATGGATTCTGGTGTGTCATCCTTTAGTGAACTACTTTTTGATTGCGTTGATCTTTCAGTAACTTCTATCTATTTTTTAGTCCGCCTCTTGCAAGATAAGACTGGCGACTTTATGTCTACAATTATTACTTCCTGCCAAACTGCTGTTAGTAAGTTTCTAGATACATGTTTTGAAGCTACAGAAGCAACATTTAACTTCTTGTTAGATTTGGCAGGATTGTTCAGAATCTTTCTCCGCAATGCCTATGTGTACACTTCACAAGGGTTTGTGGTTGTCAATGGCAAAGTTTCTACACTTGTCAAACAAGTGTTAGACTTGCTTAATAAGGGTATGCAACTTTTGCATACAAAGGTCTCCTGGGCTGGTTCTAAAATCAGTGCTGTTATCTACAGCGGCAGGGAGTCTCTAATATTCCCATCGGGAACTTATTACTGTGTCACCACTAAGGCTAAGTCCGTTCAACAAGATCTTGACGTTATTTTGCCTGGTGAGTTTTCCAAGAAGCAGTTAGGACTGCTCCAACCTACTGACAATTCTACAACTGTTAGTGTTACTGTATCCAGTAACATGGTTGAAACTGTTGTGGGTCAACTTGAGCAAACTAATATGCATAGTCCTGATGTTATAGTAGGTGACTATGTCATTATTAGTGAAAAATTGTTTGTGCGTAGTAAGGAAGAAGACGGATTTGCCTTCTACCCTGCTTGCACTAATGGTCATGCTGTACCGACTCTCTTTAGACTTAAGGGAGGTGCACCTGTAAAAAAAGTAGCCTTTGGCGGTGATCAAGTACATGAGGTTGCTGCTGTAAGAAGTGTTACTGTCGAGTACAACATTCATGCTGTATTAGACACACTACTTGCTTCTTCTAGTCTTAGAACCTTCGTTGTAGATAAGTCTTTGTCAATTGAGGAGTTTGCTGACGTAGTAAAGGAACAAGTCTCAGACTTGCTTGTTAAATTACTGCGTGGAATGCCGATTCCAGATTTTGATTTAGACGATTTTATTGACGCACCATGCTATTGCTTTAACGCTGAGGGTGATGCATCCTGGTCTTCTACTATGATCTTCTCTCTTCACCCCGTCGAGTGTGACGAGGAGTGTTCTGAAGTAGAGGCTTCAGATTTAGAAGAAGGTGAATCAGAGTGCATTTCTGAGACTTCAACTGAACAAGTTGACGTTTCTCATGAGACTTCTGACGACGATTGGACTGCTGCAGTTGATGAAGCGTTCCCTCTCGATGAAGCAGAAGATGTTACTGAATTTGTGCAAGAAGAAGCACAACCAGTAGAAGCACCTGTTGAAGATATTGCGCAGGTTGTCATAGCTGACACCTTACAGGAAACTCCTGTTGTGCCTGATATTGTTGAAGTCCCACCGCAAGTGGTGGAACTTCTGTCTGAACCTCAGACTATCCAGCCCGAGGTAAAAGAAGTTGCACCTGTCTATGAGGCTGATACCGAACAGACACAGAGTGTTATTGTTAAACCTAAGAGGTTACGCAAAAAGCGTAATGTTGACCCTTTGTCCAATTTTGAACATAAGGTTATTACAGAGTGCGTTACCATAGTTTTAGGTGACGCAATTCAAGTAGCCAAGTGCTATGGGGAGCCTGTGTTAGTTAATGCTGCTAACACACATCTTAAGCATGGCGGTGGTATCGCTGGTGCTATTAATGCGGCTTCAAAAGGGGCTGTCCAAAAAGAGTCAGATGAGTATATTCTGGCTAAAGGGCCGTTACAAGTAGGAGATTCAGTTCTCTTGCAAGGCCATTCTCTAGCTAAGAATATCCTGCATGTCGTAGGCCCAGATGCCCGCGCTAAACAGGATGTTTCTCTCCTTAGTAAGTGCTATAGGGCTATGAATGCATATCCTCTTGTAGTCACTCCTCTTGTTTCAGCAGGCATATTTGGTGTAAAACCAGCTGTGTCTTTTGATTATCTTATTAGGGAGGCTAAGACTAGAGTTTTAGTCGTTGTTAATTCCCAAGATGTCTATAAGAGTCTTACCATAGTTGACATTCCACAGAGTTTGACTTTTTCATATGATGGGTTACGTGGCGCAATACGTAAAGCTAAAGATTATGGTTTTACTGTTTTTGTGTGCACAGACAACTCTGCTAACACTAAAGTTCTTAGGAACAAGGGTGTTGATTATACTAAGAAGTTTCTTACAGTTGACGGTGTGCAATATTATTGCTACACGTCTAAGGACACTTTAGATGATATCTTACAACAGGCTAATAAGTCTGTTGGTATTATATCTATGCCTTTGGGATATGTGTCTCATGGTTTAGACTTAATGCAAGCAGGGAGTGTCGTGCGTAGAGTTAACGTGCCCTACGTGTGTCTCCTAGCTAATAAAGAGCAAGAAGCTATTTTGATGTCTGAAGACGTTAAGTTAAACCCTTCAGAAGATTTTATAAAGCACGTCCGCACTAATGGTGGTTACAATTCTTGGCATTTAGTCGAGGGTGAACTATTGGTGCAAGACTTACGCTTAAATAAGCTCCTGCATTGGTCTGATCAAACCATATGCTACAAGGATAGTGTGTTTTATGTTGTAAAGAATAGTACAGCTTTTCCATTTGAAACACTTTCAGCATGTCGTGCGTATTTGGATTCACGCACGACACAGCAGTTAACAATCGAAGTCTTAGTGACTGTCGATGGTGTAAATTTTAGAACAGTCGTTCTAAATAATAAGAACACTTATAGATCACAGCTTGGATGCGTTTTCTTTAATGGTGCTGATATTTCTGACACCATTCCTGATGAGAAACAGAATGGTCACAGTTTATATCTAGCAGACAATTTGACTGCTGATGAAACAAAGGCGCTTAAAGAGTTATATGGCCCCGTTGATCCTACTTTCTTACACAGATTCTATTCACTTAAGGCTGCAGTCCATAGGTGGAAGATGGTTGTGTGTGATAAGGTACGTTCTTTCAAATTGAGTGATAATAATTGTTATCTTAATGCAGTTATTATGACACTTGATTTATTGAAGGACATTAAATTTGTTATACCTGCTCTACAGCATGCATTTATGAAACATAAGGGCGGTGATTCAACTGACTTCATAGCCCTCATTATGGCTTATGGCAATTGCACATTTGGTGCTCCAGATGATGCCTCTCGGTTACTTCATACCGTGCTTGCAAAGGCTGAGTTATGCTGTTCTGCACGCATGGT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Protein
MSFVAGVTAQGARGTYRAALNSEKHQDHVSLTVPLCGSGNLVEKLSPWFMDGENAYEVVKAMLLKKEPLLYVPIRLAGHTRHLPGPRVYLVERLIACENPFMVNQLAYSSSANGSLVGTTLQGKPIGMFFPYDIELVTGKQNILLRKYGRGGYHYTPFHYERNNTSCPEWMDDFEADPKGKYAQNLLKKLIGGDVTPVDQYMCGVDGKPISAYAFLMAKDGITKLADVEADVAARADDEGFITLKNNLYRLVWHVERKDVPYPKQSIFTINSVVQKDGVENTPPHYFTLGCKILTLTPRNKWSGVSDLSLKQKLLYTFYGKESLENPTYIYHSAFIECGSCGNDSWLTGNAIQGFACGCGASYTANDVEVQSSGMIKPNALLCATCPFAKGDSCSSNCKHSVAQLVSYLSERCNVIADSKSFTLIFGGVAYAYFGCEEGTMYFVPRAKSVVSRIGDSIFTGCTGSWNKVTQIANMFLEQTQHSLNFVGEFVVNDVVLAILSGTTTNVDKIRQLLKGVTLDKLRDYLADYDVAVTAGPFMDNAINVGGTGLQYAAITAPYVVLTGLGESFKKVATIPYKVCYSVKDTLAYYAHSVLYRVFPYDMDSGVSSFSELLFDCVDLSVTSIYFLVRLLQDKTGDFMSTIITSCQTAVSKFLDTCFEATEATFNFLLDLAGLFRIFLRNAYVYTSQGFVVVNGKVSTLVKQVLDLLNKGMQLLHTKVSWAGSKISAVIYSGRESLIFPSGTYYCVTTKAKSVQQDLDVILPGEFSKKQLGLLQPTDNSTTVSVTVSSNMVETVVGQLEQTNMHSPDVIVGDYVIISEKLFVRSKEEDGFAFYPACTNGHAVPTLFRLKGGAPVKKVAFGGDQVHEVAAVRSVTVEYNIHAVLDTLLASSSLRTFVVDKSLSIEEFADVVKEQVSDLLVKLLRGMPIPDFDLDDFIDAPCYCFNAEGDASWSSTMIFSLHPVECDEECSEVEASDLEEGESECISETSTEQVDVSHETSDDDWTAAVDEAFPLDEAEDVTEFVQEEAQPVEAPVEDIAQVVIADTLQETPVVPDIVEVPPQVVELLSEPQTIQPEVKEVAPVYEADTEQTQSVIVKPKRLRKKRNVDPLSNFEHKVITECVTIVLGDAIQVAKCYGEPVLVNAANTHLKHGGGIAGAINAASKGAVQKESDEYILAKGPLQVGDSVLLQGHSLAKNILHVVGPDARAKQDVSLLSKCYRAMNAYPLVVTPLVSAGIFGVKPAVSFDYLIREAKTRVLVVVNSQDVYKSLTIVDIPQSLTFSYDGLRGAIRKAKDYGFTVFVCTDNSANTKVLRNKGVDYTKKFLTVDGVQYYCYTSKDTLDDILQQANKSVGIISMPLGYVSHGLDLMQAGSVVRRVNVPYVCLLANKEQEAILMSEDVKLNPSEDFIKHVRTNGGYNSWHLVEGELLVQDLRLNKLLHWSDQTICYKDSVFYVVKNSTAFPFETLSACRAYLDSRTTQQLTIEVLVTVDGVNFRTVVLNNKNTYRSQLGCVFFNGADISDTIPDEKQNGHSLYLADNLTADETKALKELYGPVDPTFLHRFYSLKAAVHRWKMVVCDKVRSFKLSDNNCYLNAVIMTLDLLKDIKFVIPALQHAFMKHKGGDSTDFIALIMAYGNCTFGAPDDASRLLHTVLAKAELCCSARMVWREWCNVCGIKDVVLQGLKACCYVGMQTVEDLRARMTYVCQCGGERHRQLVEHTTPWLLLSGTPNEKLVTTSTAPDFVAFNVFQGIETAVGHYVHARLKGGLILKFDSGTVTKTSDWKCKVTDVLFPGQKYSSDCNVVRYSLDGNFRTEVDPDLSAFYVKDGKYFTSEPPVTYSPATILAGSVYTNSCLVSSDGQPDGDAISLSFNNLLGFDSSKPVTKKYTYSFLPKEDGDVLLAEFDTYDPTYKNGAMYKGKPILWVNKASYDTNLNKFNXASLRQIFDVAPIELENKFTPLSVESTPVEPPTVDVVALQQEMTIVKCKGLNKPFVKDNVIFVADDSGTPVVECLSKEDLHTLYVDPKYQVIVLKDNVLSSMLRLHTVESGDINVVAASGSLTRKVKLLFRASFYFKEFATRTFTATTAVGSCIKSVVRHLGVTKGILTGCFSFVKMLFMLPLAYFSDSKLGTTEVKVSALKTAGVVTCNVVKQCCTAAVDLSMDKLCRVDWKSTLRLLLMLCTTMVLLSSVYHLYVFNQVLSSDVMFEDAQGLKKFYKEVRAYLGISSACDGLASAYRANSFDVPTFCANRSAMCNWCLISQDSITHYPALKMVQTHLSHYVLNIDWLWFAFETGLAYMLYTSAFNWLLLAGTLHYFFAQTSIFVDWRSYNYVVSSAFWLFTHIPMAGLVRMYNLLACLWLLRKFYQHVINGCKDTACLLCYKRNRLTRVEASTVVCGGKRTFYITANGGISFCRRHNWNCVDCDAAGVGNTFICEEVANDLTTALRRPINATDRSHYYVDSVTVKETVVQFNYRRDGQPCYEQFPLCAFTNLDKLKFKEVCKTTTGIPEYNFIIYDSSDRGQESLARSACVYYSQVLCKSILLVDSSLVTSVGDSSEIATKMFDSFVNSFVSLYNVTRDKLEKLISTARDGVRRGDNFHNVLTTFIDAARGPAGVESDVETNEIVDSVQYAHKHDIQLTNESYNNYVPSYVKPDSVSTSDLGSLIDCNAASVNQTVLRNSNGACIWNAAAYMKLSDALKRQIRIACRKCNLAFRLTTSKLRANDNILSVRFTAKIVGGAPIWFNALRDFTLKGYVLATIIVFLCAVLMYLCLPTFSMAPVEFYEDRILDFKVLDNGIIRDVNPDDKCFANKHRSFTQWYHEHVGGVYDNSITCPLTVAVIAGVAGARIPDVPTTLAWVNNQIIFFVSRVFANTGSVCYTPIDEIPYKSFSDSGCILPSECTMFRDAEGRMTPYCHDPTVLPGAFAYSQMRPHVRYDLYDGNMFIKFPEVVFESTLRITRTLSTQYCRFGSCEYAQEGVCITTNGSWAIFNDHHLNRPGVYCGSDFIDIVRRLAVSLFQPITYFQLTTSLVLGIGLCAFLTLLFYYINKVKRAFADYTQCAVIAVVAAVLNSLCICFVASIPLCIVPYTALYYYATFYFTNEPAFIMHVSWYIMFGPIVPIWMTCVYTVAMCFRHFFWVLAYFSKKHVEVFTDGKLNCSFQDAASNIFVINKDTYAALRNSLTNDAYSRFLGLFNKYKYFSGAMETAAYREAAACHLAKALQTYSETGSDLLYQPPNCSITSGVLQSGLVKMSHPSGDVEACMVQVTCGSMTLNGLWLDNTVWCPRHVMCPADQLSDPNYDALLISMTNHSFSVQKHIGAPANLRVVGHAMQGTLLKLTVDVANPSTPAYTFTTVKPGASFSVLACYNGRPTGTFTVVMRPNYTIKGSFLCGSCGSVGYTKEGSVINFCYMHQMELASGTHTGSAFDGTMYGAFMDKQVHQVQLTDKYCSVNVVAWLYAAILNGCAWFVKPNRTSVVSFNEWALANQFTEFVGTQSVDMLAVKTGVAIEQLLYAIQQLYTGFQGKQILGSTMLEDEFTPEDVNMQIMGVVMQSGVRKVTYGTAHWLFATLVSTYVIILQATKFTLWNYLFETIPTQFFPLLFVTMAFVMLLVKHKHTFLTLFLLPVAICLTYANIVYEPTTPISSALIAVANWLAPTNAYMRTTHTDIGVYISMSLVLVIVVKRLYNPSLSNFALALCSGVMWLYTYSIGEASSPIAYLIFVTTLTSDYTITVFVTVNLAKVCTYAIFAYSPQLTLVFPEVKMILLLYTCLGFMCTCYFGVFSLLNLKLRAPMGVYDFKVSTQEFRFMTANNLTAPRNSWEAMALNFKLIGIGGTPCIKVAAMQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSRAWAFCVKCHNDILAATDPSEAFEKFVSLFATLMTFSGNVDLDALASDIFDTPSVLQATLSEFSHLATFAELEAAQKAYQEAMDSGDTSPQVLKALQKAVNIAKNAYEKDKAVARKLERMADQAMTSMYKQARAEDKKAKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCIPLSVIPLCASNKLRVVIPDFTVWNQVVTYPSLNYAGALWDITVINNVDNEIVKSSDVVDSNENLTWPLVLECTRASTSAVKLQNNEIKPSGLKTMVVSAGQEQTNCNTSSLAYYEPVQGRKMLMALLSDNAYLKWARVEGKDGFVSVELQPPCKFLIAGPKGPEIRYLYFVKNLNNLHRGQVLGHIAATVRLQAGSNTEFASNSSVLSLVNFTVDPQKAYLDFVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESTADQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKYKGKFVQIPAQCVRDPVGFCLSNTPCNVCQYWIGYGCNCDSLRQAALPQSKDSNFLNESGVLL
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032505
Corona_NSP4_C
IPR032592 NAR_dom
IPR014829 NSP8
IPR014828 NSP7
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR038083 R1a/1ab
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR037204 NSP7_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR036499 NSP9_sf
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IPR014828 NSP7
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR014822 NSP9
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IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR038083 R1a/1ab
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
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IPR037230 NSP8_sf
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IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4R3D
E-value=0.0 Score= 691 Identity=98.19%
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3D Structure
Ontologies
GO
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0019079 P:viral genome replication
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4390
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
355.850679999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00122
outside
1 - 2174
TMhelix
2175 - 2197
inside
2198 - 2296
TMhelix
2297 - 2319
outside
2320 - 2338
TMhelix
2339 - 2361
inside
2362 - 2754
TMhelix
2755 - 2777
outside
2778 - 3025
TMhelix
3026 - 3048
inside
3049 - 3068
TMhelix
3069 - 3091
outside
3092 - 3110
TMhelix
3111 - 3133
inside
3134 - 3560
TMhelix
3561 - 3578
outside
3579 - 3592
TMhelix
3593 - 3611
inside
3612 - 3617
TMhelix
3618 - 3637
outside
3638 - 3662
TMhelix
3663 - 3682
inside
3683 - 3688
TMhelix
3689 - 3709
outside
3710 - 3728
TMhelix
3729 - 3751
inside
3752 - 3763
TMhelix
3764 - 3786
outside
3787 - 4390
