Strain
Horse_MG996765
(Region: Switzerland: Berne; Strain: Berne virus isolate P138/72, complete genome.; Date: 1972)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTACCAGTTCCAGTATTTTGGACATCCCTTCAAAAATGTTCAGGATCTTAAAAAACAACACCAGAGAAACCGAGCAGCATTTGTCCTCAAGTACCTTGGACCTAATTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGCCCAGTGTTTCGATACACAAGAAATAATGGCATCGCTTTCAAAAACGGTGCGATCTATCTTGGAGTCTCAGAACTTGGAACACAAATCCACATTAACCCCTTACAACTCTTCACAAAGTTTACAGTTACTTGTGATGAACACCTCGTGCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTACCTCGAGTGTGAAGGCTCTGTTGGAGAAAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATATTACCCCAAAAAGCAATTATGTGGAGCTATCACTGCTGACCCCTTCAATTTTGATTGGGAACGAAACATCCACAACTACTACTTTACCAGAAATACCCTTAGATATGGAACAAAGTATTATCAGTTGTGTGGAAAACACCTTATTGAAAGAAGTTCAGGCATTGAGCGGACAGGAATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAGTGCCAATTACCAATCCTTGATACCACCGCAAGTGCTGCTGAATTTGATGAAGATGTCATCTGTTGTGGATTTGAGTCCCTTGACATTACCGAACACCCGACTTTGGCTGAAACTCAGCCCTTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGTTATGCAACTCAAATTAAGGGTTATGCTAATTGTGCTAGAAGAGAAGAAAAATGTTTGAAGAACCGCTTGACAAAAAAGCAAAAGAACCAGGAAAAGGGTAGTTTTGATGCACGTAGTGTGATAACTCTTGGTGGTAAGATGTACCGTTATAAAGTGGTAGTTTTGAGGTGTGAAGATCAGAGTGATAATTTGAGTGAGTTGCAGTTTGAGCCCCAGGTAGAGTACACAATGGATATGGTACCTCATTGCTGGAAAGAGTTGGTGAAGAAACGCCTAATTAGAGCAAAAGGCACATGGGATCTTTCGTGTGTTGAGGACCTTGATTTAGACCATGTGGAAGTAAGAGGTGACTCATTACTACACAGATCAAGTGTGGTACATGATTTAACATCTATTGTGGATGACACATTACAAGAGAAACTCTTTTCAAGAACATGGCTCAGACAGTCATTGAAATATTCAGGTAATATACTGCAACGCCTATCAAGTCTTTTTGCCACTGAGGGTTTAAAAAAAATAACATTAGTAAACTCTGACATAACACCAGTTCAGGTCGGTGATAAGTGGTTAAATTTTGTTGACTTTGGAAAGTCAACAGTTTTTTTTGTAAAAACACTAAACAACATCCACCTGGCAATGACACGACAAAGAGAGAGTTGTAATTATATTCATGAAAAATTTGGTCGTGTTCGTTGGTTAGGTGCAAAACCTGAACAAGGTGCAATTGTTAAAGTTTTTGCATGGTGTTTAAATAAGAAAGAGTTTAAATTTAGAGACAATCAATTAAAACAATATGTTTGTAGACAGGGTGTTATAAAACATGAACCATGTGAATATTTGAATGTTGAAGTTTTAGATGAGTTTGTTGCTTTAAATAATGATTTAAATTGTGTTCAAAAGATTAAGACATATTTGGCTGCATATTTTGGTTTAAAAAAGGTAAAATTAACACAGAAGAATTTTATGACACCACTTATAACTAAGAAACAAGAGTTAGTTTTTCAACCCTGTAATTGCCCAAACCATCAGTTTTATGTAGCCCAATTTGATAAACATGTTACATTAGGGCTGGGAAGAAAGGATGGTATACTTTTTGCAGAGCAAGTACCTTCTTATGCTATTATTTTGGCAGTCGGATTTGGCACAGTTGAAACACAGTTAGTAACACACTACTATTCAGAGATGAGACGTGTTTACCACCCGCTGGACTTTCAGTCAAACACTTTTGTTTTTGATCATCAAGGTGTTATGCTTGAAGATATAAGTCCTGCAGATTATAATGATGTGGGTGAAGAAGATTATCAGTTAGAGTATAGTGGTGGTTTTGACCAACCCTTTCAGAATTATCATTCTGATGATGAAGATCAAGCATTTCCAGATTTTGAAGATGAACGTCATCCTGATGAAGAAAATTGGGCTAGACCAATTATTTCAAGTGGTGAAAGTAGTGTGGTTTCAAGCCGCCCATCTTCTCCTTTAGTTTACTCTTCTTTGGTACCAGTAGCATCACCCTTTGGATATATGAATGGAATTAGAGTTTTTGATATTTGTTTAGCTGATGATTTAGATTTTTTACAGATTCATGGACAATGCCCCTGTGCACGTTGTAAAGGTTTGTATTTTTACCAACCAATTCGACCAAGGGGTTTTACCATTTTTGAAAATGTGGTAGAGTTCTTTTCTTTTGTAGAAAAATGTGAGGTTTTTGAGGAAATTGGACCATTTTTTAAGATGATAGAGTATAGTATGTTATATAATGAGTATAATATTTTTTATGGGTTAGGAAAAAAAATTTATCAGTCAGATTTGGTGTTACCTGTTAAGCATTTAGATCAACTTTGGAAACGTGCACAGCTTGATATAGATGTTGTTAGTGAGTTTGAAAATTTTAAGAATAGTTTGCAGAATATAAATAATGTTGTGTATATAGCTCCATATTTTAATGATCAAGGGGAATGGAATGATATATTTGATGGGTATGAATTTAATTTAAATGATAATCAATTTTGGTTTCAGGCAAAGCCTGTGTATGATTTAGTTTGTTATATTTATCAGGGTTTTTTTAGTGATAGTCGGCCTTTAGAGAAATTGTATCAAAAGTTATGCTTAGATTATCATACAAGTGCAATGTTACATACCCAAACCCATCTTAAGTATTGTTATGTGGCATTGTTACATAGTGAAAGAGCTTTTCAGATGTCAATTAATCTTGACAGCCTTGATAATGAACAGTTGCATTTTTTGGCAACCATGGGAATGGGCGATGCTTCTCTTGTTGGACCCACATATTTAAGTGAGTACCATAGTAACTTTAATTGGTATTCAATAATGTCAAAGGCTTGTCATTATGTTAAATTGGAACAACTAGTGGGTTTGACTTATCAAGAAAAGCGGTTGATGATTTTATCCCGTGTTCAAGAATTTTATGAGCAGCAGCATAGAGGACCTATTCAACTTATTTTGTCACCACTTAAGGTTGTCAATTTACCGCCAATTACATGCACTGAAGGTTATTGTTACCAACCAGTGACTAGATTATTTGATACTTGTGTAATGCCAGATATTATGAAGAAGTTGTCTAGAAAGAGAACGTCGGTATCTGATGTTTTTGGTATTTTAGCTGATTACTTTAAAAGGACATTAAGTTACCGGTGTTTTAAAGTTCATGAATTTTGTGGTATTGAGAGACAGCAAGAATTTTCAGATATGACAACTTTGAAGTTAGTTACGGATTGGTGCCAAGATACCTATTATTTTTATAATGAATATGCTACTATGACTGATGTTGAACCTAAAGTTCAAGTTAGTTCAGATTATTATTTAAAGATTCCATCTGAGGTTGTAGAGCATATTCGTCAGTTTTTACCTCACAATGTTAATGTTGGTTTGATGAATTATGTTAGTAGTAATTGTGATTTTGATCAGTGTAAGTTTGAATTTTGTTTAAGTGGTAAAGGTTATGTGTTAGGTAATATGTTTTTTAATAGGTGTGCTATTCAGTATGTAAAGACAAATTTATTTATAGTTTTGTTTAAGAGTAGGCCTTTATTGTATATAACACAAGAATCAATTTATTTAAGTGATTTTAATGTATTGCAAGCTCAATGTTTGACAGGTGAATTTTGTTTAGATTTTGAACCAGTACAAGGAAAAACGCTGTTTGGTGTTTATTTTACTAACGGACAGCGTTATGGTCAACAGTGGGAGACGTTGCCCCGTTTCTCACTAAAACCTTTAAATTCACCCAGAAAACGAGTGCCTACACAGCCATTTGAAGAACTGGCAGAGGTATGTATTTTTAAGCAAAAGTTAAAGTTAACTCAATTACATAATGATTGTAGTGTTACACCCAGGGTTTGTAGTATTCCACAAACAATAACTGCAACATTTCAGCCATACTATTGTTTAGAAAATTTTTATGGTGTTAAAGCCCCTAAGGTTATAGTTTCTGGACATTTAGCAACACACTATGTTAAACTTACACATAAAATTTCAAAGTGTGTTCTTGTAACCAAGCTTGCAGTAGCTCGTGCTTTTTATTTTACACCAACATCAATGGGCTCTCATTACCATTTAGATCCCATGGAGGGCATAAGCTTTGGCAAGAGGGCAACTGTACAATTTGAACCTGTAGGATTAATAAAGGATGTTAATCTTTTAGTTTATCAGTTTGGTTCACATGTTTCCATACAATTTTTTCCTGAAGCACCATGTATTGTGGCAGATGGTCACTATCCTAGTAAATATTCTGGAGTGTGGTTAGGATACTTGCCATCAGTTGAGGAATGCAAAATTGCACAAGTTAATCATCGTGTTTATGTACCAACAATATTGAGGACATCAAAGAGTGCACCATTTCATATTATTCAAAATGGTGATATGGGTAGAGGGCCTATTACAGTTACATACCATTATGCAAAAAATTTTGATAATAAATCGTTAACACCTATGTTTAAAATGTTTCAGCAAGTGTTTGAGAAATCAAAAGATGATATTTTTAAGGCATTTAATACTATGAGTTTAGAACAGAAAAAAGTGTTATCTCATTTTTGTGGTGAGTTTGATGAAGCATATACTCTTCAGACTATGTCAGATGAAATATCTTTTGAATCCTCTGCTTACCCTGATGTTGTTGCTTGTTCCCTTGCTTATATTTTAGGTTATGAAATGTGTTTAACTGTGAAAGTTAATGCAAAGAATGAGAAACTTGATATTGGTTCTCAGTGTGAAAGGGTTTTTGTGGATTATGATGTGAAAAAGAATGAGTGGACACTTTCACCGGAAGA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Protein
MSTSSSILDIPSKMFRILKNNTRETEQHLSSSTLDLISKSQLLAQCFDTQEIMASLSKTVRSILESQNLEHKSTLTPYNSSQSLQLLVMNTSCTQFKWTTGSTSSVKALLEKELCRGLVPLNDITPKSNYVELSLLTPSILIGNETSTTTTLPEIPLDMEQSIISCVENTLLKEVQALSGQESCQEYFLSANYQSLIPPQVLLNLMKMSSVVDLSPLTLPNTRLWLKLSPFHGGTSVSYATQIKGYANCARREEKCLKNRLTKKQKNQEKGSFDARSVITLGGKMYRYKVVVLRCEDQSDNLSELQFEPQVEYTMDMVPHCWKELVKKRLIRAKGTWDLSCVEDLDLDHVEVRGDSLLHRSSVVHDLTSIVDDTLQEKLFSRTWLRQSLKYSGNILQRLSSLFATEGLKKITLVNSDITPVQVGDKWLNFVDFGKSTVFFVKTLNNIHLAMTRQRESCNYIHEKFGRVRWLGAKPEQGAIVKVFAWCLNKKEFKFRDNQLKQYVCRQGVIKHEPCEYLNVEVLDEFVALNNDLNCVQKIKTYLAAYFGLKKVKLTQKNFMTPLITKKQELVFQPCNCPNHQFYVAQFDKHVTLGLGRKDGILFAEQVPSYAIILAVGFGTVETQLVTHYYSEMRRVYHPLDFQSNTFVFDHQGVMLEDISPADYNDVGEEDYQLEYSGGFDQPFQNYHSDDEDQAFPDFEDERHPDEENWARPIISSGESSVVSSRPSSPLVYSSLVPVASPFGYMNGIRVFDICLADDLDFLQIHGQCPCARCKGLYFYQPIRPRGFTIFENVVEFFSFVEKCEVFEEIGPFFKMIEYSMLYNEYNIFYGLGKKIYQSDLVLPVKHLDQLWKRAQLDIDVVSEFENFKNSLQNINNVVYIAPYFNDQGEWNDIFDGYEFNLNDNQFWFQAKPVYDLVCYIYQGFFSDSRPLEKLYQKLCLDYHTSAMLHTQTHLKYCYVALLHSERAFQMSINLDSLDNEQLHFLATMGMGDASLVGPTYLSEYHSNFNWYSIMSKACHYVKLEQLVGLTYQEKRLMILSRVQEFYEQQHRGPIQLILSPLKVVNLPPITCTEGYCYQPVTRLFDTCVMPDIMKKLSRKRTSVSDVFGILADYFKRTLSYRCFKVHEFCGIERQQEFSDMTTLKLVTDWCQDTYYFYNEYATMTDVEPKVQVSSDYYLKIPSEVVEHIRQFLPHNVNVGLMNYVSSNCDFDQCKFEFCLSGKGYVLGNMFFNRCAIQYVKTNLFIVLFKSRPLLYITQESIYLSDFNVLQAQCLTGEFCLDFEPVQGKTLFGVYFTNGQRYGQQWETLPRFSLKPLNSPRKRVPTQPFEELAEVCIFKQKLKLTQLHNDCSVTPRVCSIPQTITATFQPYYCLENFYGVKAPKVIVSGHLATHYVKLTHKISKCVLVTKLAVARAFYFTPTSMGSHYHLDPMEGISFGKRATVQFEPVGLIKDVNLLVYQFGSHVSIQFFPEAPCIVADGHYPSKYSGVWLGYLPSVEECKIAQVNHRVYVPTILRTSKSAPFHIIQNGDMGRGPITVTYHYAKNFDNKSLTPMFKMFQQVFEKSKDDIFKAFNTMSLEQKKVLSHFCGEFDEAYTLQTMSDEISFESSAYPDVVACSLAYILGYEMCLTVKVNAKNEKLDIGSQCERVFVDYDVKKNEWTLSPEEGEDSDDNLDLPFEQYYEFKIGQTNVVLVQDDFKSVFEFLKSEQGVDYVVNPANSQLKHGGGIAKVISCMCGPKLQAWSNNYITKNKTVPVTKAIKSPGFQLGKKVNIIHAVGPRVSDGDVFQKLDQAWRSVFDLCEDQHTILTSMLSTGIFGCTVNDSFNTFLSNVARLDKSLVVFVVTNMVEQYNQAFAVIKMYQQYHGLPNFGNTCWFNALYQLLKSFSEKEQCVNDLLNCFDDFYDCPTSQCVEWVCEQLGVQFGQQQDAVEMLMKVFDVFKCDVRVGFDCLSRLQQVNCGFCVEVPAQAVLMFSGKDQCGHWTAARKIVDKWYTFDDNHVVQKDPVWQNVVLVLRDRGIFRSADFERKPARRRRVSHRVPRDTLSQDAITYIEDLRFSSGTCLSRYFVESVESFVSGDNVSEVSDEQTCVEVAIEESDGHVEQICQSSVDCVGMPESFQFTFSMPLQTFVQECDQKCEDDFSQEHVECDQQFEPVEQVGQGGQQDGQVDQQIKESEQVVEPSAPSGQESPQALLQQVVDEVVYQIEQVKCDQKQDQDSVQCDEIEEINSRGEQTVQQQLQPILGHDLNENEGPTLSVGAGKLVRCRSLAVTESNLSTSNTIFVWSEVLTHQYIGFKTDLMGLTYNIKFKLICYVLFLWFGVLCCTSHNTPFYMRLCIYLVLLWLSLMIWNASQINVKTGWNELYVLKLLTSIKLPNIVKFRCELVQWFVLKCLFVSFYVYDYVVKVCVSIFQMPQLRPFTWPFIKLGFVDTFLSHHILAFPEKVANQSTLPTCGDKRYYVYVPSWCRASFTSLVMRARELTSTGRSKTLDNWHYQCCSKTAKPLSCFNVREFVFDQDCKHEAYGFLSSLCVYLLFYSGFLTFWLPLFCYYYVLFMCTFKNLPVDITKPIKWTVLQQVVNDVLSLVTKPLFGRPVCPPLTTYLTSTTADEAVKVSRSLLGRFCTPLGFQQPVMNVENGVTVSNFGFFNPLMWPLFVVVLLDNRFIWFFNVLSYVMMPVFVIILFYFYLKKICGCINFKGLSKCCTKHFNQFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQEHWCDRHSWYCPKEEHYMTPDMAVYIKNYYNLACAPTADLVWCDYTKSAPTMTWSNFKYSSYKAKETVLCAPSSHADSMLMAWYALLHNVRFTVNPNVVDLPPAVNTIYVSSDSEDSVQDKSQPDVKLRPKKPKGNFKKQSVAYFSREPVDIWYYTTLVIVMGVLFMFMYSCLMVGQYVVMPRDKFFGVNPTGYSYVNAPPYLHAAPPVLQNSDGMILATQLKVPSITYSVYRLLSGHLYFTKLIVSDNECTPPFGAARLSNEFSCNGFTYVLPAHLRFFNRYVMLIHPDQLHMLPFEVEYGSHTRVCYTTGSNSVECLPTFEIISPYVFVFIVVIFTVIFLILIRLYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNIIMVLFVVCLPPLVPGVVFVLALWLCDSVMFLLYLAFLSLFILPWFYVLFFLFMVGGFVFWWMMRSADVVHLTTDGLTFNGTFEQISKCVFPLNPLIVNRMLLDCQMSHSDLVEKSKLKTTEGKLANEMMKVFMTGETSYYQPSNFSFQSVFSKATSPFTLHARPPMPMFKLYVHFTGSCVGSTSTGTGFAIDDNTIVTAKHLFEYDDLKPTHVSVEIVTRSHSARSASIIWKEPDVKGWTFKGENAYIQVENLKDFYIEDFKYLPFQQIEKDFYKRMEPVTIYSVKYGSEFATQAWQTVNGHFVCYNTEGGDSGAPLVCNGRIVGVHQGLCDNFKTTLASDFEGKMMTEVKGHHVDPPVYYKPIIISAAYNKFVAGEDSSVGDGKNYHKFENEDFACMCKELESVTFGDQLRRYCYNLPQFLEPLQYFHVPSFWQPFKKQSVSNNVSWVVEHLHFIFSIYFLICDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFIVQLLSTVFLKNVLFWTTSYLITLAVTFYIHSEVAESMFLLGFLSDRVVNRMSLIIVVAIMCLFVVVRVVVNVKRAIFVFVVSVVLIFVHICLGIVQFNSFVNVVLFDVYAVFTALLTPQPVVAIIMLLLFDTKMLMSFAFIVIVLSFRVFKDYKFVKVLHNFCNFDFVLSQVSLFRYRHRNQGNDPTHYEALWLFLKELYYGIQDAKYEVFSPQAGSYNVKFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFNIVQDKASPRLVLYSKTIEFIKDQIQQQRAVGANPFIITTLTSNDIGLDNVEVHNPANFKPEDLQAHMWFFSKSPVFIGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQNAAITLSLFEKCTQFLESELGEVPTLMWQAEDVADIKHLESQIENLRKVLDGMQFGTTEYKATRKQLNICQSQLDQAKAFERKLAKFLEKVDQQQAITNETAKQLSAFKNLVKQVYESYMSSLKVKVLEANDASCLLTSTDLPRKLVLMRPITGVDGIKIVEKANGCEITAFGTTFNTGHGSNLAGLAYSTTQPLSAYPFIFNLEGIFKQQANIGYKTVECNMSSHNGSVLYKGKVVAVPSDDNPDFVVCGKGYKLDCGINVLMIPSIVRYITLNLTDHLQKQSLKPRRRLQYRQQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISTVGYTTWVSSTVCRDNTHKHPWFVQIPVNEKDPEWFMHNTQLKDNQWVVDLKPTHWLVNADTGEQLFALSLTDEQALKAEAILQKWSPITQDVECWFKDLKGYYTVSGFQPLWPVCPVNICNVRLDPVFKPQSIVYADDPTHFLSLPVVNKNFLAAFYDLQEGFPGKKQVAPHISLTMLKLSDEDIEKVEDILDEMVLPNSWVTITNPHMMGKHYVCDVEGLDSLHDEVVSVLREHGIACDQKRLWKPHLTIGELNDVSFDKFKDFAISCKLEDCDFVKLGAPKANARYEFITTLPLGDLNLLRGAWSACRHLCFQNGAYQSSRSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEYQSKRFMIKRVKDQSEFALAKTAFLPSIIPHHMEKQNGEWFLIRGPTSQWSLGDLVYAIWLGDQDYLSECGFVFNPSRDEFLDDANQRSFLANLLEPAILNFSHIYWQVKMCKVPYKLTLDNVDLNGQLYDFGDYPCPNSVDNQSALFVLAEVWSMTRRPFPVAFARLLANEMEIPTDYQMFFQNILLSGSYLDKALCLNNVRPFLSDPANLTTTPFFSQHNGVWTHFYNPIYGLVECNLDEFAELPEVLQQLVTVQGPITNNMTPAISVGEGVYAANVPSASATKQKIPFYDVGLCQELTDAGVDCGEAFKYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTECYRINERFTYEQAKPRKSSMGINITGY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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009466 NSP11
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=2e-26 Score= 120 Identity=24.74%
Cov(Q)=7.07% Cov(P)=50.79%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
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GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6857
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
390.870249999995
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00004
outside
1 - 2300
TMhelix
2301 - 2323
inside
2324 - 2335
TMhelix
2336 - 2355
outside
2356 - 2384
TMhelix
2385 - 2407
inside
2408 - 2532
TMhelix
2533 - 2555
outside
2556 - 2637
TMhelix
2638 - 2660
inside
2661 - 2664
TMhelix
2665 - 2687
outside
2688 - 2885
TMhelix
2886 - 2908
inside
2909 - 3060
TMhelix
3061 - 3083
outside
3084 - 3089
TMhelix
3090 - 3112
inside
3113 - 3116
TMhelix
3117 - 3139
outside
3140 - 3142
TMhelix
3143 - 3165
inside
3166 - 3555
TMhelix
3556 - 3575
outside
3576 - 3579
TMhelix
3580 - 3602
inside
3603 - 3608
TMhelix
3609 - 3631
outside
3632 - 3634
TMhelix
3635 - 3657
inside
3658 - 3663
TMhelix
3664 - 3686
outside
3687 - 3695
TMhelix
3696 - 3718
inside
3719 - 3722
TMhelix
3723 - 3738
outside
3739 - 6857
