Strain
Porcine_MH004412
(Region: Mexico; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus strain PEDV/MEX/GTO/02/2016, complete genome.; Date: 19-Jul-16)
Gene
polyprotein ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTTACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCGGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCAATACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAAAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTTGAAGAGTTAGAGCTTACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCTCTGACGGTAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAATGGGAGTATACAGATTTCTTTGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGTATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGATGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATTAAGAAGACTGTTGTCTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGTAAGCCAGTCCTTGTGGCTTCATGCTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACGCGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTAAGTATTACAACAACATGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTCTCAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCATAGATCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCATTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGCGCGCTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAGCCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCCTGTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTCATCGCCGAAGTGCCTGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAAACCTTTAACAAGGTTGGCTCTTATGTTCTTTTTGACAACGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGTTCGCGGCCCACGACAGGCAGGTGTTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTTGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTTGTTGTTGACGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATTGAACATCCTGTTTATAAGTCTGCTTGTGAGCTGAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTTGTGAGAGGTGATAAGTGTTGTATCACTTGCACCTTACATTTCACAGCACCAAGTTATATGGAGGCTGCTGCTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTCGTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTTCAAGTATCTTAAAGTCAGCTTTGGACTAGATGGCATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCTCTTGGCAGAAATGTATAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCTGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCAAGTGCCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGTGTTGAGAAGTTTAAAGTCTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGTGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTTGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTAATAGCGTTGTTCCTATCTGCTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATTGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGACGATGTTGTTGAGTATATCAATGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACATCGATGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGATCTCACAGGATCTGCTTGATGTTGAAGTTGTTACTGATGCGCCAGTTGATTTCGAGGGTGATGAAGTAGACTCCTCCGACCCTGATAAGGTGGCAGACGTGGCTAACTCTGAGCCTGAGGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTCGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGATACACCTTCCACAGTTACTAAGGATCCTTTTGCTTTTGACTTTGCAAGCTATGGAGGACTTAAGGTTTTAAGACAATCTCACAACAACTGTTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCGTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATCTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATCTATGATGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGTCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACTAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACTATTTGTGTTAAAGACGTTAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCAGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCTTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTAGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGATTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCACGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCGAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCCATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGATGCGCTTGTTGATACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTACTTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCATTAGGTGCTGGTAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACTGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAACAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGATATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGACGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCATGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGTTAGGTTTCGTATCCACACCTGATGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTTACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGACTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGACACCGTTGTCACAGACAACAAACCTAT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Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSFDLADTVEGLLPEDYVMVVVGNTKLSAYVDTFGSRPKNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGSDGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVKYYNNMFLRHVADIDGLAFWRILKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFIDPCYFLNDSSIATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKVRGPRQAGVCEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHFTAPSYMEAAANFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFFKYLKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGALLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGCCFHSVKSVLASAFQIPVQAGVEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNCIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIDVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTISQDLLDVEVVTDAPVDFEGDEVDSSDPDKVADVANSEPEETNVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFDFASYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGIVDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYDGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDVNWTAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFSDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKDALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPTFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGAGKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECADMISITMVVLPSDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDAMLYSKLSHLSVLGFVSTPDDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKTVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPIVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVPVGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASVLKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVAGHYTVFDHDTGMVHDGDVFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGGPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNILGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFLGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDNKYTCKESLKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCSDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKLPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAVFFALSFFDFSTQVGSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEIISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYVLIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVICPRHVIASSTTSTIDYDYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGSAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVVNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTVEVIRQMYGVNLQSGCVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVSPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPVSSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSKEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVESPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLANGCTCDRSIMQSTDMAYLNEYGALVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR009466 NSP11
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
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IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=0.0 Score= 621 Identity=99.67%
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3D Structure
Ontologies
GO
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GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
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GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4109
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
416.013919999998
Exp number, first 60 AAs:
0.0136
Total prob of N-in:
0.00086
outside
1 - 1954
TMhelix
1955 - 1974
inside
1975 - 2011
TMhelix
2012 - 2034
outside
2035 - 2094
TMhelix
2095 - 2117
inside
2118 - 2121
TMhelix
2122 - 2144
outside
2145 - 2156
TMhelix
2157 - 2176
inside
2177 - 2519
TMhelix
2520 - 2542
outside
2543 - 2614
TMhelix
2615 - 2637
inside
2638 - 2648
TMhelix
2649 - 2668
outside
2669 - 2744
TMhelix
2745 - 2767
inside
2768 - 2773
TMhelix
2774 - 2796
outside
2797 - 2821
TMhelix
2822 - 2844
inside
2845 - 2856
TMhelix
2857 - 2879
outside
2880 - 3323
TMhelix
3324 - 3346
inside
3347 - 3352
TMhelix
3353 - 3375
outside
3376 - 3389
TMhelix
3390 - 3412
inside
3413 - 3418
TMhelix
3419 - 3441
outside
3442 - 3450
TMhelix
3451 - 3473
inside
3474 - 3492
TMhelix
3493 - 3512
outside
3513 - 4109
