CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Porcine_MH603532 (Region: China;  Strain: Porcine torovirus isolate HB1, complete genome.;  Date: 2018)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein 1a
Location
MH603532(+):797-14020
GenBank Accession
QBK95467.1
 

Sequence

CDS
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Protein
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Summary

Uniprot
A0A0A7UXD3  
Pubmed
25552712   
EMBL
KM349742    AJA91203.1   
Proteomes
UP000153628   
Pfam
PF05213   Corona_NS2A
Interpro
IPR039573   NS2A-like
ProteinModelPortal
A0A0A7UXD3  
PDB
4Z5V     E-value=7e-21     Score=94.0     Identity=32.76%     Cov(Q)=3.95%     Cov(P)=83.65%
3D Structure

Ontologies

KEGG
vg:22807879    

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
4407
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
380.86057
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00024
outside
1  -  2154
TMhelix
2155  -  2177
inside
2178  -  2237
TMhelix
2238  -  2260
outside
2261  -  2375
TMhelix
2376  -  2398
inside
2399  -  2483
TMhelix
2484  -  2506
outside
2507  -  2510
TMhelix
2511  -  2533
inside
2534  -  2734
TMhelix
2735  -  2757
outside
2758  -  2904
TMhelix
2905  -  2927
inside
2928  -  2933
TMhelix
2934  -  2956
outside
2957  -  2959
TMhelix
2960  -  2982
inside
2983  -  2986
TMhelix
2987  -  3009
outside
3010  -  3390
TMhelix
3391  -  3413
inside
3414  -  3419
TMhelix
3420  -  3442
outside
3443  -  3473
TMhelix
3474  -  3496
inside
3497  -  3502
TMhelix
3503  -  3525
outside
3526  -  3534
TMhelix
3535  -  3557
inside
3558  -  3561
TMhelix
3562  -  3577
outside
3578  -  4407
 
 
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