Strain
Murine_MH687972
(Region: Viet Nam; Strain: Betacoronavirus sp. strain VZ_BetaCoV_20724_38, complete genome.; Date: 12-Nov-14)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGTTATAATTTTTTTGCTCTTATTCGCCGAACCTGTCTTTTGTGTTATTGGCGATTTTAAGTGCACTCAAAGTTGGATTAATAGTGCCGCCTCACCACAGCCGCCAATCTCCACTGAAGTTGTTGATGTGTCTAAGGGTGTTGGCACGTACTATGTCCTAAATCGTGTTTATTTGAATACTAGTTTGTTGCTCACTGGTTATTACCCTGTTTCAGGTTCTACCTACCGTAACCTGCTACTTAAGGGGACCCAATGGTTGAGCACTAACTGGTTTCTTCCACCATTTTTGTCAGAATTTAATTCTGGTATATTTGTTAAAGCTAGAAATAGCAAACCTGTGTTGAATGGCATCACTCATTCTGAGTTCGGGACTATAGTTCTTGGTACTTCCTTTGTGAATACTACTTATACTATAGTTATAGAGCCGTCCACACAGATCATTAATGGTAAGCTAATTGGCACCTTGAGTGCTTCTGTATGCCAATATACTATGTGTGAATACCCTAACACGGCTTGTAATCCAGCCTTGGGTAATGGAAGACCTAGTCTATGGCATGCATCTACAGGCATTGTTCCTTGTCTATATCAGCGCAATTTTACATATAATGTGGCTGCTGATAATATTTATTTTCATTTCTATCAAGATGGTGGAACTTTTTATGCGTATGTAGGTGACAAGAGTCCCATTACAACGCTTTTGTTTCAAGTATATTTAGGTACTGTCGTTACACACTATTATGTGTTGCCACTTGTGTGTAACGCCAGGGAAACTTATGAGTATTGGGTCACACCTCTGACTAAGAGGGAATATCTTCTAGTCTTCGATGGCAATGGTGCAATTACTAATGCTGTCGATTGTGCTAGTGATCATATGAGTGAAATTCAGTGCATGACTCAAAATATAAAACCTGTTACAGGAGTATACGAGCTCACTGGATACACTGTTCAACCAATAGCAGATGTGTACAGGCGTATACCCAATCTCCCCGATTGTGAGATTGAACAGTGGTTAAATGATCCACAGGTACCATCTCCAATCTCATGGGAGCGTAAAACATTTAGTAATTGTAATTTTAATATGAGTAGTCTCCTCAGCAAGGTGAGGGCTACTTCTTTTTCTTGTAATAACATTGATGCTTCCAAGATATATGATATGTGTTTTGGTAGCATAACTATAGATAAATTTGCCATTCCAAATAGTAGAAAGGTTGATCTACAGTTTGGAAGTTCAGGGTACATTCAGAATTACAATTATAGGTTGGACCAGTCCGCTACTTCTTGTCAATTGTATTATGGCATTCCTGCCAATAATGTAACAGTTACCAGGAAGAATCCTAGCGGTTGGAACAGTCGCTATGGCTTTGTTGAATTCAAGCCTCTTAATAGTGGTCAGAACTATAATAAATATAGTGCGATTTATTCCACTATGTGTTTTAATGTACCCAATGATTATTGTCCGTGTAAACTTGGTTGCCCCACTGGTACTGTTGAACGACCTCAAATTGGTACTTCAACCAGTGGACAACCTATATATGATTGTCCTGGTTATCCTTGGTTAACCAGTTCATCATGTAAACAAACACCAGCCATTGTGGGTGTAGGACAACATTGTCCTGGTGTGGGCGTTTTGGCAGACCAATGTGCGCCATCCATGCCAGGCAATTCTATCCTCACATGTTCGTGTTCTAATACTCAGTATAGTGCAGGCACTAGTCAATCTTATTACTATGCCTGGACTTCTTTTGGCGCCGACACTTGTTTGTCGGGCGGTAATTGTCAAGTCTTTGCAAATGTTCTGCTTAATAATGTAAATAGCGGTACCACATGTGCCACGGATTTACAGAAAGCAAACACTGAAATCATAGTAGGTGTTTGTGTTAAATATGACCTTTATGGCATCTCAGGTCAGGGCATTTTTACTGAGGTTAATGCTACCTATTATAATAGTTGGCAGAACCTTCTTTATGATTCTAATGGTGGTCTTTATGGTTTTAAAGACTTTCTCACCAATAGAACTTATATGATACGTAGTTGTTATAGCGGACGTGTAAGTGCCGCATACCATTCTGATACAGATGAGCCTGCTCTTCTGTACAGAAATCTTAAATGCAGCTACGTGTTTAATAATAGTATTTCTATGTCACGCTCAGTCATTAGGTACTTTGATAGTTACCTTGGCTGTGTGGTTAATGCCGATGACGATATCGCCCAAGCCGTTGGTTCTTGTAATCTCACTGTAGGCAGTGGTTATTGCGTGGACTATTCAGCTACTCGGCGTGCCAAGAGAGATTTAAACACTGGTTATCGGCTTACTAACTTTGAACCTTTCGTTCCTACTCTCGTGAACGATAGTGTTGAATCTGTTGGTGGTCTCTATGAGATTCAAATTCCGACAGAATTTACTATAGGTAACCTAGAAGAATTTGTACAAACAACTTCCCCTAAGGTAACCATTGATTGTGCTGCGTTTGTCTGTGGGGACTATGCGGCTTGTAGAGAACAATTAGTAGAGTATGGTAGTTTCTGTGATAACATTAACACCATACTAAATGAAGTTAATAGCATGATTGACACCTCCCAGTATCAATTAGCTAGTACATTAATGAATGGTGTCACACTCAGCAGTAGGCTTAAGGATGGCATCAGTTTCAATCAAGACGACATCAACTTTTCTTCTGTTATGGGCTGTGTGGGTAGCAACTGCATATCGCACCGCTCCGCAATAGAAGATATACTTTTTAATAAAGTGAAATTGTCTGATGTTGGTTTTGTGGACGCTTATAACAACTGCACTCAAGGGTCTGAAATCAGAGATCTAGTTTGTGTGCAGAGTTTTAATGGTATTAAAGTACTACCACCTGTTCTATCAGAGTCCCAGATGTCTGGTTATGCCACAGGTGTAGGGCTATCCATGCTCTTCCCACCTTTTTCGGCGGCAGCAGGTGTCCCATTTACTATGAGTGTTCAATATAGAATTAATGGTCTTGGTGTCACTATGGATGTTTTGAACCAGAACCAGAAAATGATTGCTAATGCCTTCAACAACGCACTGACTGCTATTCAGAATGGGTTCGATGCAACCAATTCTGCTCTAGCTAAGATCCAGTCCGTTGTGAATGCAAATGCAGAAGCTTTAAATAACTTATTGCAGCAGCTCTCTAATAGATTTGGTGCGATTAGTTCCTCTTTACAAGAAATTCTCTCTAGGTTGGATGCCCTTGAGGCACAAGTCCAAATAGATAGATTAATTAATGGCAGACTTACTGCTCTTAATGCCTATGTGTCGCAACAACTTAGCGACATAACGCTTGTTAAGTTCAGTGCTTCCCAGGCCATTGAGAAGATTAATGAATGTGTTAAAAGTCAGTCAATGCGCGTAAATTTCTGTGGCAAGGGTAATCACATATTATCCCTTGTCCAGAACGCGCCATATGGATTATATTTTATTCACTTTAGCTACCAACCAACTAAATACACCACTGCACACGTGAGCCCTGGCTTATGTTTGGCTGGTGATGTTGGAGTAGCGCCCAAGAGTGGATACTTTATTAAGGTTAATGATAAATGGATGTTCACTGGTAGTGGCTACTACCATCCTGAACCCATTACTAATGATAATGTCATAATGATGAGTAATTGCGCTGTGAATTTCACAAAAGCGCCTGATGTAGTTTTGAACACATCAATACCAAATCTCCCCGATTTTAAGGAGGAGTTAGACAAATGGTTTAAAAACCAAAGTTCAGTGGCACCTGATCTGTCGCTGGATCTTGAAAGAATTAATGTTACCTTCTTGGACCTCCAAGAAGAGATGGATAGGATTCAGGATGCTATTAAGAAGTTAAATGACAGTTACATCAACCTAAAGGAGATTGGTACGTACGAGATGTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTTCTAATTGGCCTTGCAGGTGTAGCTGTCTTAGTACTCCTATTCTTTGTATGCTGTTGCACAGGATGTGGAGCTAGTTGTTTTAAGAAGTGTGCAAGTTGTTGTGATGATTATGGTGGTCATCAAGATATAGTGGTTAAAACCACTCATGATGATTAA
Protein
MVIIFLLLFAEPVFCVIGDFKCTQSWINSAASPQPPISTEVVDVSKGVGTYYVLNRVYLNTSLLLTGYYPVSGSTYRNLLLKGTQWLSTNWFLPPFLSEFNSGIFVKARNSKPVLNGITHSEFGTIVLGTSFVNTTYTIVIEPSTQIINGKLIGTLSASVCQYTMCEYPNTACNPALGNGRPSLWHASTGIVPCLYQRNFTYNVAADNIYFHFYQDGGTFYAYVGDKSPITTLLFQVYLGTVVTHYYVLPLVCNARETYEYWVTPLTKREYLLVFDGNGAITNAVDCASDHMSEIQCMTQNIKPVTGVYELTGYTVQPIADVYRRIPNLPDCEIEQWLNDPQVPSPISWERKTFSNCNFNMSSLLSKVRATSFSCNNIDASKIYDMCFGSITIDKFAIPNSRKVDLQFGSSGYIQNYNYRLDQSATSCQLYYGIPANNVTVTRKNPSGWNSRYGFVEFKPLNSGQNYNKYSAIYSTMCFNVPNDYCPCKLGCPTGTVERPQIGTSTSGQPIYDCPGYPWLTSSSCKQTPAIVGVGQHCPGVGVLADQCAPSMPGNSILTCSCSNTQYSAGTSQSYYYAWTSFGADTCLSGGNCQVFANVLLNNVNSGTTCATDLQKANTEIIVGVCVKYDLYGISGQGIFTEVNATYYNSWQNLLYDSNGGLYGFKDFLTNRTYMIRSCYSGRVSAAYHSDTDEPALLYRNLKCSYVFNNSISMSRSVIRYFDSYLGCVVNADDDIAQAVGSCNLTVGSGYCVDYSATRRAKRDLNTGYRLTNFEPFVPTLVNDSVESVGGLYEIQIPTEFTIGNLEEFVQTTSPKVTIDCAAFVCGDYAACREQLVEYGSFCDNINTILNEVNSMIDTSQYQLASTLMNGVTLSSRLKDGISFNQDDINFSSVMGCVGSNCISHRSAIEDILFNKVKLSDVGFVDAYNNCTQGSEIRDLVCVQSFNGIKVLPPVLSESQMSGYATGVGLSMLFPPFSAAAGVPFTMSVQYRINGLGVTMDVLNQNQKMIANAFNNALTAIQNGFDATNSALAKIQSVVNANAEALNNLLQQLSNRFGAISSSLQEILSRLDALEAQVQIDRLINGRLTALNAYVSQQLSDITLVKFSASQAIEKINECVKSQSMRVNFCGKGNHILSLVQNAPYGLYFIHFSYQPTKYTTAHVSPGLCLAGDVGVAPKSGYFIKVNDKWMFTGSGYYHPEPITNDNVIMMSNCAVNFTKAPDVVLNTSIPNLPDFKEELDKWFKNQSSVAPDLSLDLERINVTFLDLQEEMDRIQDAIKKLNDSYINLKEIGTYEMYVKWPWYVWLLIGLAGVAVLVLLFFVCCCTGCGASCFKKCASCCDDYGGHQDIVVKTTHDD
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
ProteinModelPortal
PDB
6OHW
E-value=0.0 Score=1731 Identity=65.81%
Cov(Q)=97.13% Cov(P)=99.77%
3D Structure
Ontologies
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
1358
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
23.49024
Exp number, first 60 AAs:
0.07389
Total prob of N-in:
0.00527
outside
1 - 1302
TMhelix
1303 - 1325
inside
1326 - 1358
