Strain
Murine_MH687974
(Region: Viet Nam; Strain: Betacoronavirus sp. strain VZ_BetaCoV_20724_43, complete genome.; Date: 12-Nov-14)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAAGCGAGTCAACAAATACGGCCTCACGCTAAAATGGGCCCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGGTAACCCTGCTAGCGGAGATGGGGATGGGTTTTGCTCCCCAGTTAAGCAGAAAGAGGGATCGGTCAAAGATCATTTTGATAATCACGTTAAGATGGATTGTAGCATCCTATCTACTTATGATATGGTTGCGCAGTCTGCTTTGATACGTGATATAGTCCTTAAGACAGGACCGGAACATACCGAGTCTGTTTTAAAGCAAGCCTTGTTGTCCCGCGAGGCAGTTTTTGTGCGACCACCCCAGCACATGACTCTTGAATCATGTTATGCAGGAGGGTGTGTTCCTAAAGGATGGGTCATGGGTCAGTTCCGCCGATGCACAACCTGTACTACAGGGAATTGTGGTGTGGATAAACATGTATCCTATGAGCTCTACCTAATCAGCCCTCAAGGTGTTGGTTATGGTGCGGGCCGTTTTATGGGTTGGGTAGTACCAAAGAGTGTGCTGTCACCCAGAGCTCTTGCGCACTTGGAACCTTATGTTCTTAAGGTGCGCAAGACAGGAGTTAAAGGTGCTTATAGTCGTGGGCACTATGAACAGCCGGGTGAAGGTTCGAGTTTTGCCCTGGATAATGCCTGTGATGAAGTCATGAGTGCGCCAAAGGGCAAGTTCTCTGCCAAAGCCTATGCTCTTTTAAGACAGTATAGAGGCTTGAAACCTCTTGTTTTTGTGGACCAGTATGGGTGTGACTATACTGGCAGCCTTGCACAAGGTCTTTCCGCTTTTGGGGAATGCAGTGTGAAAGAGATGAGAGTTGGTACTTGGAAGTCTAGTGACCAATTTGAGTATGTGGTGGCATGGCGCACAGTTCGAGATGAAAGGTTTGTGATGAGTTTGCAAACGTGTGCTACTATACGTAGTATTGCATACGTAGCAGACCCAATGGATGATTTGGAAGGTGACCAGGTTGTTATGAAGGAGCCTGTCCATGTTCTAAGCGCCGATGCCACTGTAAAGAAGTTTGTTAAAATAGCAGACTTAATGCAGGTCACTGATGCTGTGTCTGTTATAGAAACTGTTTATAAAGTCCCCATAAAAGATTGTGGCTTTGTGATGCAGTTCGGTTATGTTCAGTGTGAGCACGACGATTGTGATTTTGTTGGGTGGATACCAGGTAATATGATAGATGGTTTTAAGTGCCCCGCTGGCAAGCTGTATGCAGCTAGCGAGGTTCAAGCTCAATCTTCTGGAGTTATACCACCTAATGCTGTGTTGTTTACTGAAAGTACTGCCTTGACCTCGCAGGATTCTTTTAAGATGTATGGTATGTCAGTTGTTCCTTTTGGTGGCTGTGTTTATTGGTCACCAGGAGCTGGAATCTGGTTGCCTATCATCATGTCATCTGTGAAGGCATATGATGGTATGATCTTTACAGGTTCTGTTGGTTTTAAAACCATTGTTCAAGAGACTGCTGCTATTTGTCATGCTTTGTATTTGGATTATGTTCAACATAAGTGTGCAGATATAAAACAACATGCCATCTTGGGTGTTGATGATCTTTGGCATAAGCAGCTGCTTCTTAATAGAGGTGATTATTCTCTCTTGTTAGAGAATGTGGATTATTTTATCATGCGCCGCGCTAAGTTTTCGGTGGATAACAGCTTGGTCTGTTCTGAGGGGTTTGCACCTTTCCTTATGGATGGTGTAGCCGCGCGTGCGTATTATTTAAATTGTTGTTTTAGTGCACCTGGCTTGTCAGATAGTTTATGCAGGCTAGGTATTGAAGTGGAGAGCTGGTGTCGGAGCACATTGTGTTTGTGTATTGACACAGTTCAGGGTGCCACTTCATTTGTGGTGAAGAATTTGAATGTCTTTTTGTCCAAGTTTTATATCTTTGGCAAAAAGTTTATTAAAAATGTTAAAAAGCTCGTAGAAGAGTGGGTTGAAAAGTCTGTTTGTGCTCTTGCTTGGGTTGTTCTGCATGTCATAAATGGTGCTTATTTAATTTTAGAAGATGGCTTCCATTTTATTGGAAGTGTGCCTGATTATGCTCGCAATTTTGTGAGGATACTTAGGGAGATGATTAATATGGTGTTGGATTGTATGAAACACACCATAATTAAGGGTCTACCTTGTTTTAAGGTGTCTGCTGAGTACATTGTCTTCTCTGGAAGCTTTGCATACAAATTGGGTTTGGCTATGATAGATAATCTAGTCCTACCTAGTGGTATGATACAGAGTGAACTTCTTGCCTTGCATGGTGATGTTACTCCTGTGACATTAGAAAGTGAGGTTGTGGAAGTTGTAAAACAACCACTAAAACCACTTGGCTATCGAAAGCCTCCAATGAAAGCAGCTCGGCTGTGTGTTGTAGATAATTTGTATATGGCTCAAAACGGTGACTGTCTATATCCTGTGATATTTGATGGTCAGCGTATTGGGTTACTGGATCAGGCTTGGCGCTTTCCCTGTGCGGGTAAGAGTGTGTCTTTCGCTGCAGAAGATGATGTTAAAATCATAGCTGCAAAGAAGAAGGTCACAGTTGAGTATGATCTAGATGTTGAATTTAACACCATCTTAAATACTGCTTGTAACAGTTTTGAGGTGGATGGTAGTGTTGATGCGGAAGAGCTTGCTGCTGTGATTGTTGATACAATCCAGGACAAGTTAGAATCTTGCAAGACACTTGAAGGAGTGGGTGAAAAAGTCTGTGCATTTTTGTGTAGGTTGGATGAAGAACCTATTTACCTGTTTGATGAGTGTGGTGATGAGAAACTTTCTTCTCATATGTTCTGCACATTCTGCCCACCAGAAGATGATGATGTTGTAATGTTTGAGTGTGAAGATGAAGGTTGTGACCTTAGTGAAGTGGAAACACCTGAAACAGTGGAAGCAGAACCAGCCAGCCAGTCAGACAGCCAAAATGGTGATGTCGATGGTAATGGTGTAGGCGACGTGAAAGCTGTGGATGCTGTGGAAACTGAAGCTGTGGTTGACTCTGAATCTGAACAAGATCAAACATTAATTGCAAATAAAGAGCTGCTTTGCGCAGTATTTGAAGAAGACGTAGAAGCCACAGAACCGGTCACTGTCACTGATTGCACTAGCAGCAGTGTTGCCAGTGAGGCTGAAGAAGTCTTTGACATAGCGACATGCGATGATCCTATTTTGCAGGAATTAGAGCAGGTCGTAAATGCTCAGTATCAGCTTCATGATAATGTCTGCGACTATGTTGCAGCTTATGAGGAAGCTGTTAGTGATTTTTGGACAGTACAGCAGGACGAGTTTATTTACGTCTGTGGTGTATTTGTTCCTAAAACTACCAGGACTAATTGCTGGTTGCGTTCTGTCCTGGCAGTGATGCAGAAAATACCTTGTGTATTTAAGGATAAGAAATTACAGAGTTTGTGGTGTTTGTACAAGAATCAGTATTCTTCTGATTTTGTAGATGCACTGTTGAAAAAGATTCCGGAAAATATTATTGTACCGGAAGGAGGCTATGTTGCTGATTTTGCTTATTGGTTTTTAACGCAGTGCAAATGGAATGCTAACTCCTATTGGCGCTGCTTGAATTGTGGGATTGATTGTGAGTACAGAGGCCTTGATGCCATGTTCTTCTATGGAGATGTAATCTCACAGCCATGTAAGACGTGTGGTCAGAGTATGGTGGCACTTAAGCTAGATGCACCATGCACCCTACACTTTTCATTGATCGACACCACATTTAGTGCGTTCTTTTCATTGAAGAGAGTGTACTTAGCAGCGTGTGTTGTTGATGTGCATAATCGACACTCATTGGCAGTGATTGATTATAATGGTTTAAAACAAGTTGATGGGATGCTTGTTACAAATGTTAGTAGTAACAAGTTTGATTTTATAGTTGGGCATCCTGTTAGTTTTTCTATGTCAACTTTCGAGATTGCTCAGCTTTATGGAACTTGTATAACACCAGATGTTTGTTTTGTAAAAGGTGATATTATAGATGTTGCTAAGAAGGTCTTTGCTGATGTTGTTGTGAACCCTGCCAATAGCCATATGGCGCATGGTGGCGGTGTAGCAAAAGCAATCGCAAGGGCAGCTGGCGATGCCTTTAATAAAGAGACTTCTGACATGGTAAAGTTGAGAGGTCCTTGTCCTGTGGGTGAATGTTATAAATCCACAGGTGGAAAATTGTGTAAGTTGGTGCTTAATGTTGTTGGTCCTGATGCGCGAGCACAGGGTAAACAATCTTACGCGCTACTTGAACGCGTCTATAAGACGTTTAATAAATATGAATGTTGTGTCACTACGTTAGTGTCAGCTGGTATATTTAGTGTACCATCTGATGTTTCGTTGACTTATTTGTTGGGGGCCACCACTAAAAAGGTAGTGTTGGTCAGTAATAATAAAGAAGATTTTAAGCTCATCGAGGGTTGTCAAACAACAGCCGTCGATGGTACTAAACAGTTGGCTGCTAGATTAACTCAACAGTTGGGTCGCCAGATTAAGTATGAAACCGATGCTATAGCTCTTCTTGATAAGGAGACAACTCTAGTATCGACTTATGATAAGCTGCAGGACATCTATTGTATGCAGCATGATATAAAGTTGGATGATGATGCCCGAGCTTATGTTCAGAGTATGTATCAATCCTTGCCAGAAGATTGGCGATCAGTCTTCAAATATGATGTTTGTGCTGGTGTTAGAGTTGTTAAATATTTTGAGTGCCCTGGCGGTATATTTATATGCAGTCAGGGTTCAGATTTTGGATATGTACAGGAGGGTACCTTTGTAAAGGCTACCGTCAAAGAGGTTCAGCAGCTTTTTAGGAATGCAGTTGAAGTCCTGCTTACTGTTGATGGTTTCAATTTCAAGACCAAGTCAGTTGTTTGTGGTGAAGCTTTTGGTAAGCAGGTGGGTAATGTGTTTTGTGAAAATGTTGATGTTACCAAGCACATTGTCACTAAAGAGCATGCAGGCAAAGTACTCTATCA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Protein
MAKRVNKYGLTLKWAPEFPWMFEDTEEKLGNPASGDGDGFCSPVKQKEGSVKDHFDNHVKMDCSILSTYDMVAQSALIRDIVLKTGPEHTESVLKQALLSREAVFVRPPQHMTLESCYAGGCVPKGWVMGQFRRCTTCTTGNCGVDKHVSYELYLISPQGVGYGAGRFMGWVVPKSVLSPRALAHLEPYVLKVRKTGVKGAYSRGHYEQPGEGSSFALDNACDEVMSAPKGKFSAKAYALLRQYRGLKPLVFVDQYGCDYTGSLAQGLSAFGECSVKEMRVGTWKSSDQFEYVVAWRTVRDERFVMSLQTCATIRSIAYVADPMDDLEGDQVVMKEPVHVLSADATVKKFVKIADLMQVTDAVSVIETVYKVPIKDCGFVMQFGYVQCEHDDCDFVGWIPGNMIDGFKCPAGKLYAASEVQAQSSGVIPPNAVLFTESTALTSQDSFKMYGMSVVPFGGCVYWSPGAGIWLPIIMSSVKAYDGMIFTGSVGFKTIVQETAAICHALYLDYVQHKCADIKQHAILGVDDLWHKQLLLNRGDYSLLLENVDYFIMRRAKFSVDNSLVCSEGFAPFLMDGVAARAYYLNCCFSAPGLSDSLCRLGIEVESWCRSTLCLCIDTVQGATSFVVKNLNVFLSKFYIFGKKFIKNVKKLVEEWVEKSVCALAWVVLHVINGAYLILEDGFHFIGSVPDYARNFVRILREMINMVLDCMKHTIIKGLPCFKVSAEYIVFSGSFAYKLGLAMIDNLVLPSGMIQSELLALHGDVTPVTLESEVVEVVKQPLKPLGYRKPPMKAARLCVVDNLYMAQNGDCLYPVIFDGQRIGLLDQAWRFPCAGKSVSFAAEDDVKIIAAKKKVTVEYDLDVEFNTILNTACNSFEVDGSVDAEELAAVIVDTIQDKLESCKTLEGVGEKVCAFLCRLDEEPIYLFDECGDEKLSSHMFCTFCPPEDDDVVMFECEDEGCDLSEVETPETVEAEPASQSDSQNGDVDGNGVGDVKAVDAVETEAVVDSESEQDQTLIANKELLCAVFEEDVEATEPVTVTDCTSSSVASEAEEVFDIATCDDPILQELEQVVNAQYQLHDNVCDYVAAYEEAVSDFWTVQQDEFIYVCGVFVPKTTRTNCWLRSVLAVMQKIPCVFKDKKLQSLWCLYKNQYSSDFVDALLKKIPENIIVPEGGYVADFAYWFLTQCKWNANSYWRCLNCGIDCEYRGLDAMFFYGDVISQPCKTCGQSMVALKLDAPCTLHFSLIDTTFSAFFSLKRVYLAACVVDVHNRHSLAVIDYNGLKQVDGMLVTNVSSNKFDFIVGHPVSFSMSTFEIAQLYGTCITPDVCFVKGDIIDVAKKVFADVVVNPANSHMAHGGGVAKAIARAAGDAFNKETSDMVKLRGPCPVGECYKSTGGKLCKLVLNVVGPDARAQGKQSYALLERVYKTFNKYECCVTTLVSAGIFSVPSDVSLTYLLGATTKKVVLVSNNKEDFKLIEGCQTTAVDGTKQLAARLTQQLGRQIKYETDAIALLDKETTLVSTYDKLQDIYCMQHDIKLDDDARAYVQSMYQSLPEDWRSVFKYDVCAGVRVVKYFECPGGIFICSQGSDFGYVQEGTFVKATVKEVQQLFRNAVEVLLTVDGFNFKTKSVVCGEAFGKQVGNVFCENVDVTKHIVTKEHAGKVLYQFENLSDTELDSVKQSFGFDQKQLLAYYSYRSCCKWEVVVQRKWFCFKQADNNCYCNAACLMLQNLNLTFKLQQWQEAWLEFRAGRPLRFVALVLAKGAFVYGQPADARDFMRVALSQADLSSASCEYEFICKCGVKVEKRDGIDAVMFYGTCDKQALEKGATIDCSCGPKTVHLLSMNVPFFIGSQAPAVGVLPNGCTAANLYRGGAVGHYTHVKNGKQLTCFDAHNVKKCTTLVDSVTDCLYINVPKQTFESCLTTYYLDDVKHVEYKPDLSQYYCEGGRYYTQRIVKAQFKTFEAVDGVYTNFELVGHALCDTLNVKLGFDSTKDSVQYKVTVWPDATGDVVLADDDLYVKRYKKGCITFGKPVIWQSHMEASLASLTYFNRPSLIDKNKFDVLTVEESTPEEKDESQQVGPFIIKKLKNVKKPISVDGVIIENDEKAEATLVKSLTLDDVIAMWVTGGRYVVRVANWLSKLVCTPTVREYAKRGLQKVKIPVELFLRRGDKCDVVQKSIKRVVLTPMNVLRWFYVLMCSWLKKPSDNKVVYTTEIVSKFSSKLFVKACGIALRNFKWGMLLRGFFIVATIFLLWFSVIFANVIFSDLYLPNIRFMPTFVGHVIARFKSTLGFWTLCDGIDVSGIGFIRDNCTSVACQFCLSGFDMIDTYKAIDFVQYHVAGFSGFDYKSFAVLVLELVISYVLYTVWFYPLFGLVCLQIFTTWFPGMFMITELHWFVRLFLYMANVLPFHVFLRLYIIVVFIFKMFKLFRHVVHGCNKPGCLFCYKRNKSVRVKCSTVVGGMLRYYDVMANGGINFCNKHQWNCIGCDSYKPGNTFITVEAAAELSKEFKRTINPTDVTHYVVECVQQVGCKMRLFYEKDGQRVYDDVNASMFVDFNGLLHSKVNGVPKTNVVIVDGDADKANFLNAVVFYAQSLFRPVLMVDKSLLTTASTGTNVSKTMFDVYVDTLLGMFEVERKSLNNFIQAAHKSLAEGVQLEKVLNTFIGCARKICSIDSDVDTGCLADTVMSTVAAGLDMTDESCNNLVPTYIKSDNIVAADLGVLIQNSCKHVQGNVAKMAGVSCIWHVDVFNQLSSDFQHKLKKACVKTGLKLKLTYNKQSANVSILTMPFSLKGGALVSNVLFKCFMASLIVFCTLWLFMPSYSVHKSDYELPAYASFKVIDNGVVRDVDVKDVCFANKYAQFDQWYESTFGLSYYSNHHSCPVVVAVIDKDIGSTVFNVPTKVLRFGYHVLHFITYAFSADGVQCYTPHEQISYSDFYSSGCVLSSACTMFASDNGASQAYCYTDGLVQNASLYSSLRPHVRYSLANTHGYIRFPEVLREGLVRVIRTKAMTYCRVGLCEPADEGICFTFNGSWALNNEYYRKMPGTFCGRDFMDIFNQFVVGLAQPIDFFSLTMSSVVGAVLAIIIVLIFYYLIKLKRAFGDYMAVVVVNVIVWFINFVMLFVFQVYPTFAVIYALCYFYVTLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPIWFCILYVAAVVSNHAFWVFSYFRKLHTGIRSDGTFEEMSLTTFMINKDTYCKLKNSLSEVAFNKYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKALDTFNHNNGNDVLYQPPTASVSTSFLQSGIAKIVCPTSKVEPCIVSVTYGNMTLNGLWLDNKVYCPRHVICAANDMVDPDYESLLCRVTSTDFVVMFDRMSLTVMSYQMQGAMLILTVTLQNTKTPKYTFGNVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSFTIKGSFLCGSCGSVGYVLMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGNFYGPYRDAQVVQLPIQDYVQSVNFVAWLYAAILNNCNWFIQSDICSVEDYNVWAMANGFSQFTMDLVIDALASMTGVPVEKCLAAIKRLNNGFQGRQILGSCVFEDELTPSDVYQQLAGVKLQSKRTRVFKGTLCWVFTSTVLFACILSAFVKWTMFMYVTLNVFSVTIGTLCLVACAMLFIKHKHLYLTMFILPVFLTLLYTNYLVVYKQSFRGYAYAWLSYVVPSVDYTYTYEVLYGCCAGLFMIFTTMRSINHDLFSIIIFITRAASVASMWYMGSNLEIEILLLVVSIFGTYTWTTIISLTVAKTMAWWLHANIFYLTDIPHVKILLMCYLLVGYIVCCYWGVFSLCNKLFRVPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPRNSFEALILNFKLLGIGGVPIIEVSQIQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLGVAFDKLAQLLIVLFANPAAVDTKCLTSIEDVCDDYVRDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEIAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTANSLTIIVPDKIVYDQVVDNVYIAYAGNVWHIQSIQDADGTVKQLNEINESVNWPIVITATRYNEVSTTVMQNNELMPAKLKTQVVSSGPDMNCNVPTQCYYNNSNKGRIIYAILSDTDGLKYTKIVKEDQSVVVLELDPPCKFTVQDAKGLKVKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGHATEYAANSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGSPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTNQDSYGGASVCIYCRARIEHPDIDGLCKLRGKFVQVPIGIKDPVSYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGSSATLQSKDTNFLNRVRGASVDARLVPCASGLSTDVQKRAFDICNANVAGIGLHYKVNCCRFQCAEEDGTLLDQYFVVKRTGLDIYEKEKACYERLKDCSVVAIHDFFTFDVEGSRVPHIVRKYLTKYTMLDLCYALRHFDRNDCSLLCDILCLYAECEQSYFTKKDWYDFVENPDIINVYKKLGPIFNRALLNTAKFADAMVEAGLVGVLTLDNQDLNGIWYDFGDFVLAAPGCGVAIADSYYSYMMPMLTMCHALDSELYVNGAYRQFDLVQYDFTDYKLELFNKYFKYWTMPYHPNTCDCEDDRCIIHCANFNILFSMVLPNTCFGPLVRQIFVDGVPFVVSIGYHYKELGVVMNMDVDTHRYRLSLKDLLLYAADPALHVASANALYDLRTCCFSVAAIASGVKFQTVKPGNFNQDFYDFILSKGLLKEGSSVDLKHFFFTQDGNAAITDYNYYKYNLPTMVDIKQLLFCLEVVFKYFEVYDGGCIPASQVIVNNYDKSAGYPFNKFGKARLYYEALSFEEQDDVYAYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTGRMFHQKCLKSIAATRGVPVVIGTTKFYGGWDDMLRRLIKGVDNPVLMGWDYPKCDRAMPNILRILSSLVLARKHDACCSQTDRFYRLANECAQVLSEIVMCGGCFYVKPGGTSSGDATTAFANSVFNICQAVSANVCALMSCNGNKIEDLSIRSLQRRLYSHVYRSDYVDPAFVNEFYEFLNKHFSMMILSDDGVVCYNSDYASKGYIANISAFQQVLYYQNNVFMSESKCWVENDVKNGPHEFCSQHTMLVKMDGDDVYLPYPDPSRILGAGCFVDDLLKTDSVLLIERFVSLAIDAYPLVYHENEEYQKVFRVYLEYIKKLYNDLGNQILDSYSVILSTCDGQKFTDESFYKNMYLRSAVMQSVGACVVCSSQTSLRCGSCIRKPLLCCKCCYDHVMSTDHKYVLSVSPYVCNAPGCDVNDVTKLYLGGMSYYCEDHKPQYSFKLVMNGMVFGLYKQSCTGSPFIDDFNRIASCKWTDVDDYILANECTERLKLFAAETQKATEEAFKQSYASATIQEIVSDRELILSWEIGKVRPPLNKNYVFTGYHFTKNGKTVLGEYVFDKSELTNGVYYRATTTYKLSVGDVFVLTSHSVANLSAPTLVPQEHYTSIKFPSVYSVPETFQGNVVNYQHIGMKRYCTVQGPPGTGKSHLAIGLAVYYCTARVVYTAASHAAVDALCEKAYKFLNLNDCTRIIPAKVRVECYDKFKINDTSRKYVFTTINALPEIVTDIVVVDEVSMLTNYELSVINARVRAKHYVYIGDPAQLPAPRVLLSKGTLEPKYFNTVTKLMCCLGPDIFLGTCYRCPKEIVDTVSALVYDNKLKAKNDKSSLCFKVYFKGQTTHESSSAVNMQQIYLISKFLKANPLWQKAVFISPYNSQNFAAKRILGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYSQTAETAHSVNVNRFNVAITRAKKGIFCVMSNMQLFEALDFMPLTLDKIPSKLQCVTNLFKDCSKSYVGYHPAHAPSFVAVDEKYKVSGDLAVCLDIADSTISYSRLISLMGFKLDITLDGYCKLFITKEEAVKRVRAWVGFDAEGAHATRDNIGTNLPLQLGFSTGIDFVVEAVGLLSERDSYKFSKVVARAPPGEQFKHLIPLMTRGQKWEVVRLRIVQMLSDHLVDLADSVVFVTWAANFELTCLRYFAKIGKETICNVCTNRATVYNSRTGYYGCWRHSLSCDYVYNPLIVDIQQWGYTGSLSSNHDMYCSVHKGAHVASSDAIMTRCLAVYDCFCNNVNWNLEYPIISNELVINSSCRALQRVMLKAAMLCNRYSLCYDIGNPKAIACVKDFDFKFYDAKPLVKAVKTLVYTYDAHKDSFKDGLCMFWNCNVDKYPSNAVVCRFDTRVLSKLNLPGCNGGSLYVNKHAFHTPPFTRAAFEYLKPMPFFYYSDTPCVYMEGIDVKQVDYVPLKSATCITRCNLGGAVCLKHAEEYREYLECYNTATTAGFTFWVYKTFEFYNLWNTFTQLQSLENVVYNLVKTGAFTGEAGEMPCAIRNDKVFAKIEQEDVLVFKNNTTFPTNVAVELFAKRSVRHHPELKLLRNLNVDVCWKHIIWDYVRESIFCTSTFGVCKYTDIKNISQLNVLYDGRDNGALEAFRNAQNGVYISTTKIKSLSMIKGPPRAELNGLVVDKVGKEDVSFYFAVRKEGQDVIFSQLTSLGVSPNWSPQGNPGGYAKPGNGAGNDALALGNLFTQSRQLETFEPRSEMERDFVQLEDELFIQKYGLEDYAFEHIVYGSFNQKIIGGLHLLIGLYRRQQTSKLEIQEFIEYDSSIHSYFITDQKSGSSKSVCTVIDLLLDDFVALVKSLDLNCVSKVVNVNVDFKDFQFMLWCNSDKVMTFYPRLQAASDWKPGYTMPVLYKYLNSSMERVDLWNYGKVIPLPMGCMMNVAKYTQLCQYLNTTTLAVPANMRVLHLGAGSDKGVAPGSAVLRQWLPAGTILVDNDLNPFVSDSVATYFGDCVTLPFDCQWDLIISDMYDPITKNIGEYNVSKDGFFTYICHLIRSKLALGGSVAIKITEFSWNAELYSLMGKFAFWTVFCANANASSSEGFLVGINYLGKSKVEIDGNVMHANYLFWRNSQMWNGGSYSLFDMTKFPLKLAGTAVVNLKADQINDMVYSLIEKGKLLVRDTNKECFIGDSLVNVSNLN
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032592
NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR036333 NSP10_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009466 NSP11
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
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IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1300 Identity=66.81%
Cov(Q)=13.00% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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GO:0032259 P:methylation
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7138
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
353.684689999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00018
Total prob of N-in:
0.06194
outside
1 - 2242
TMhelix
2243 - 2265
inside
2266 - 2358
TMhelix
2359 - 2381
outside
2382 - 2400
TMhelix
2401 - 2423
inside
2424 - 2795
TMhelix
2796 - 2818
outside
2819 - 3072
TMhelix
3073 - 3095
inside
3096 - 3107
TMhelix
3108 - 3127
outside
3128 - 3130
TMhelix
3131 - 3153
inside
3154 - 3157
TMhelix
3158 - 3180
outside
3181 - 3598
TMhelix
3599 - 3621
inside
3622 - 3629
TMhelix
3630 - 3652
outside
3653 - 3656
TMhelix
3657 - 3679
inside
3680 - 3727
TMhelix
3728 - 3745
outside
3746 - 3754
TMhelix
3755 - 3777
inside
3778 - 3796
TMhelix
3797 - 3819
outside
3820 - 7138
