Strain
Feline_MH817484
(Region: Brazil; Strain: Feline Alphacoronavirus 1 strain FCoV-SB22, complete genome.; Date: 2015)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTCAAGATCCTCGTTAATGAGGACTATCAAGTCAACGTGCCTAGCCTTCCTTTCCGCGACGTGTTGCAGGAAATTAAGTACTGCTACCGTAACGGTTTTGATGGCTATGTTTTCGTACCCGAATACCGCCGTGACCTGGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATTGGTGTTCTGGGTAACGGAATAAGTGATCTTAAACCTGTTCTCCTTATCGAACCATCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATTGTTAAGGCTGGCTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCCCGTACTGGAAATGGCGCCATATATGTAGACCAATACATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTTATTGAAGGTGAGTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAGAACGTTATCATCTATGAAGGGGAGGAGTACCATCGTGCCTGGTCGACTGTGCGCGATGAACAACCTTTGTGTCAACAAAGCCTCCTCACAATTAGGGGAATCCAATACAATCTGGACATCCCACATAAATTGCCAAATTGTGCTATCAGAGAAGTAGCACCACCAGTCAAGAAGAATTCTAAAGTTGTTCTTTCTGAAGAGTATAGAAAACTTTATGACATCTTCGGTTCACCATTTATGGGTAATGGGGACAGTCTTAACAAGTGTTTTGACAGCCTCCACTTCATTGCTGCCACACTTAAGTGTCCATGTGGCTCAGAAAGTAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAGACTGCATGCTGTGGTCTTCATGGCAAAGTTAAAGGTGTCACACTAGGTGCTGTCAAACCAGGTGATGCTGTTGTCACTAGCATGAGTGCCGGCAAGGGTGTAAAATTCTTTGCTAATAGTGTACTCCAATATGCTGGTGATGTGGAAAACGTCTCTGTTTGGAAAGTGGTTAAAACTTTCACTGTTAATGAGACTGTTTGCACCACTGATTTTGAAGGCGAATTGAACGATTTCATCAAGCCAGAGAGTACTTCACCTGTTTCATGCTCCATTAAGAGAGCTTTTATCACAGGTGAAGTTGATGATGCAGTCCATGATTGTATTATCACAGGAAAGCTGGATCTTAGTACTAACCTTTTTGGTAGTGCTAACTTGCTTTTTAAGAAAACACCCTGGTTTGTGCAAAAGTGTGGTGCTATTTTTTCTGATGCTTGGAAAGTTGTTGAAGAATTACTTTGTTCTCTTAAACTTACATACAAGCAAATTTATGATGTGATTGCATCACTCTGCACTTCTGCTTTTACTATTATGGACTACAAACCTGTATTTGTAGTTTCATCTAATAGTGTTAAGGACCTTGTGGACAAGTGTGTTAAAATTCTTGTGAAAGCCTTCGATGTTTTCACACAGACAATTACAATTGCAGGTGTGGAGGCTAAATGCTTTGTGTTTGGTTCTAAATACTTGCTCTTTAACAACGCACTTGTCAAGCTTGTCAGTGTTAAAATACTTGGCAAGAGACAGAAAGGTCTTGATAGTGCATTTTTCGCCACTAATTTAATTGGTGCCACTGTTAATGTGACACCACAGAGGACCGAGGCTGCTAACATTAGCCTGAATAAGGTAGATGATGTTGTTACACCAGGTGAAGGTCACATCGTCATTATTGGCGATATGGCTTTTTACAAGAGTGAAGAATACTATTTTATGATGGCAAGTCCTGACTCGGTTCTTGTTAACAACGTTTTTAAAGCCGCGCGAGTGCCTTCCTATAGCATCGTTTATGATGTGAATGATGACACCAAGAGTAAAATGGTGGTTAAAATTGGAACATCATTTGATTTTGATGGTGACCTCGATGCGGCTATTGCTAAGGTTAATGACTTACTTATTGAGTTTAGACAGGAAAAGTTGTGTTTCAGAGCACTTAAGGATGGTGAAAACATCGTGGTTGAGGCATACCTTAAAAAGTACAAAATGCCAGTGTGTCTCAAAAACCATGTTGGTTTATGGGACATTATAAGACGAGATTCTGACAGGAAGGGTTTTCTTGACACCTTCAATCATCTTAATGATTTGGAGGATGTCAAGGACACAAAAATTCAGGCTATCAAAGACATTCTTTGTCCTGACCTTCTGCTGGAATTGGACTTTGGTGCAATTTGGTACAGATGTATGCCAGCCTGCTCTGATGCGTCTATCTTGGGTAATGTTAAAATCATGCTAGGTAATGGTGTTAAAGTGATTTGTGATGGCTGTCATAGCTTTGCTAACCGTTTAACAGTTAATTACAGCAAACTGTGTGACACAGCTCGTAAAGATGTTGAAATTGGTGGTATACCATTTTCCACCTTTAAAACACCATCTAGCAGCTTCATTGACATGAAAGACGCCATTTATTCTGTAGTTGAATACGGTGAAGCATTCTCTTTTAAGACTGCAAGTGTACCTGTAACTAACAGTGGCACTGTCACAACTGATGATTGGTCAGATCCCATTTTGTTAGAACCTGCAGATTATGTCAAACCTAAAGATAACGGCTATGTAATTGTCATTGCTGGATACACTTTTTATAAGGATGAAGATGATCATTTCTATCCGTATGGTTCTGGCATGGTTGTGCAGAAAATGTACAACAAGATGGGTGGTGGTGGCAAGTCCGTCTCGTTTTCAGACAATGTTAATGTTAGAGAGATAGAACCTGTTACACGTGTCAGACTAGAATTTGAGTTTGACAATGAGGTTGTAACACAAGTTCTTGAAAAAGTCATTGGTACTGAATATAAGTTTACAGGTACTACTTGGGAGGAGTTTGAAGATTCTATCTCTGAGAAAATTGATAACATCTTTGACACACTTGCTGAACGAGGTGTAGAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGACACTTGTGGTGGATTTGACATCACTAACCCAGATGGTGTTATGATTTCGCAGTACGATCTTAACACAACTGTTGATGAGAGAAGTGACTCTGATGCAAGTGTGGGAGATAGTTCTGACAACGAAGATGTTGAACAAATTGAAGCAGATAATACTTCAACCGCTGATGCCGAAGATGTCTTATTAGAAGAAGATAGTGTTTCAACTCCAGTTGTAAACCCTGATGAGCAACTTGCCTCATTGGAGGAAAAAGTTGAAGTCTCTGCAAAAGCTGATCCATGGGCTGCTGCTGTTGATGAACAGGAAGCTGAACAACCTATACCTTCCTTGGCACCATTTAAGACAACAAATCTTAATGGTAAAATCATACTTAGACAACAAGAAAATAATTGTTGGATAAACGCTTGCTGTTACCAATTGCAAGCTTTTGATTTCTTTAACCATGATTTGTGGGATGGTTTTAAGAAAGGTGATGTTATGCCTTTTGTAGACTTTTGTTATGCAGCTCTAACTTTGAAGCAGGGCGATTCAGGGGATGCAGAATATCTTTTGGAGACGATGCTCAATGATTATAGTACAGCTAAAGTTACGCTTAGTGCTAAGTGTGGCTGTGGTATTAAAGAAATAGTTTTAGAACGAACTGTGTTTAAGCTCACACCTCTTAAGGCTGAGTTTAAATATGGTGTCTGTGGTGACTGTAAGCAAATTAACATGTGTAAGTTTGCTAGCGTGGAAGGTTCTGGTGTTTTTGTTCATGATAGAATTGAAAAACAAATACCTATGTCACAATTTGTTGTGACACCTATTATGCATGCAGTTTACACAGGTACAACACAGAGTGGTCATTACATGATTGAAGATTGCATTCATGACTATTGTGTAGATGGTATGGGCCTTAAGCCTCGTAAACATAAGTTTTACACATCTACTTTATTTCTTAATGCCAATGTAATGATGGAGGCATCTAAAACTATCAAACCACCTGCACCGGTTAGAGAAGAATGTGTAGAAGAATGTCAAAGTCCTAAAGAGCTTATACTACCCTTTTACAAAGCAGGCAGAGTCTCATTTTACCAAGGAGATTTGGATGTCTTGATTAACCTTCTCGAGCCTGATGTCGTCGTTAACGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACTTGGGTGGCGTTGCCAAAGCTATTGATGTATTCACAGGTGGTAAGTTAACAAAACGTTCTAAAGAATACCTTAAGTACAACAAGTCCATAGCTCCTGGTAATGCTGTGCTTTTTGAAAATGTACTTGAGCATCTTAGTGTGTTGAATGCCGTAGGACCTCGTAATGGTGACAGTAGAGTTGAAGGTAAACTATGTAATGTCTACAAAGCAATTGCTAAGTGTGACGGTAAGATACTAACACCACTTATTAGTGTTGGTCTCTTCAAAGTCAAACTGGAAGTCTCATTACAGTGTCTACTTAAAACTGTCACAGACAAGGATTTAAATGTCTTTGTTTACACGGACCAAGAGAGAATTACCATAGAAAATTTCTTCAATGGTACTATCCCTATCAAGGTAACAGAAGACACAGTGAATCAAAAGCGTGTTTCTGTAGCACTTGATAAAACTTATGGTGAGCAACTCAAAGGAACAGTTGTTATTAAAGACAAAGATGTCACCAACCAGTTGCCAAGTGTGTCAGATGCTGGTGAAAAAGTTGTTAAGGCATTGGATGTTGATTGGAATGCTTATTATGGCTTTCCAGATGCCACGGCTTTTAGCGCCAGTTCCCACGATGCTTATAAATTTGATGTTGTAACACATAACAACTTCATTGTTCATAAGCAAACTGACAATAATTGTTGGGTTAATGCAATTTGTTTAGCATTGCAAAGACTTAAACCAACATGGAGATTTCCTGGTGTTAAAAGCCTGTGGGATGCTTTTCTCACTCGTAAAACTGCTGGATTTGTCCATATGCTATATCACATTTCAGGCTTAAAGAAAGGACAACCTGGCGATGCTGAGTTGACTTTACATAAGCTAGGCGAGTTGATGTCAAGTGATAGTGCAGTCACTGTCACACATACAACTGTATGTGATAAGTGTGCAAAAGTTGAAACTTTTACGGGTCCCGTGGT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Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPFRDVLQEIKYCYRNGFDGYVFVPEYRRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGISDLKPVLLIEPSVMLQGFIVKAGCNGVLEDFDLKIARTGNGAIYVDQYMCGADGKPVIEGEFKDYFGDENVIIYEGEEYHRAWSTVRDEQPLCQQSLLTIRGIQYNLDIPHKLPNCAIREVAPPVKKNSKVVLSEEYRKLYDIFGSPFMGNGDSLNKCFDSLHFIAATLKCPCGSESSGVGDWTGFKTACCGLHGKVKGVTLGAVKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANSVLQYAGDVENVSVWKVVKTFTVNETVCTTDFEGELNDFIKPESTSPVSCSIKRAFITGEVDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGSANLLFKKTPWFVQKCGAIFSDAWKVVEELLCSLKLTYKQIYDVIASLCTSAFTIMDYKPVFVVSSNSVKDLVDKCVKILVKAFDVFTQTITIAGVEAKCFVFGSKYLLFNNALVKLVSVKILGKRQKGLDSAFFATNLIGATVNVTPQRTEAANISLNKVDDVVTPGEGHIVIIGDMAFYKSEEYYFMMASPDSVLVNNVFKAARVPSYSIVYDVNDDTKSKMVVKIGTSFDFDGDLDAAIAKVNDLLIEFRQEKLCFRALKDGENIVVEAYLKKYKMPVCLKNHVGLWDIIRRDSDRKGFLDTFNHLNDLEDVKDTKIQAIKDILCPDLLLELDFGAIWYRCMPACSDASILGNVKIMLGNGVKVICDGCHSFANRLTVNYSKLCDTARKDVEIGGIPFSTFKTPSSSFIDMKDAIYSVVEYGEAFSFKTASVPVTNSGTVTTDDWSDPILLEPADYVKPKDNGYVIVIAGYTFYKDEDDHFYPYGSGMVVQKMYNKMGGGGKSVSFSDNVNVREIEPVTRVRLEFEFDNEVVTQVLEKVIGTEYKFTGTTWEEFEDSISEKIDNIFDTLAERGVELEGYFIYDTCGGFDITNPDGVMISQYDLNTTVDERSDSDASVGDSSDNEDVEQIEADNTSTADAEDVLLEEDSVSTPVVNPDEQLASLEEKVEVSAKADPWAAAVDEQEAEQPIPSLAPFKTTNLNGKIILRQQENNCWINACCYQLQAFDFFNHDLWDGFKKGDVMPFVDFCYAALTLKQGDSGDAEYLLETMLNDYSTAKVTLSAKCGCGIKEIVLERTVFKLTPLKAEFKYGVCGDCKQINMCKFASVEGSGVFVHDRIEKQIPMSQFVVTPIMHAVYTGTTQSGHYMIEDCIHDYCVDGMGLKPRKHKFYTSTLFLNANVMMEASKTIKPPAPVREECVEECQSPKELILPFYKAGRVSFYQGDLDVLINLLEPDVVVNAANGDLKHLGGVAKAIDVFTGGKLTKRSKEYLKYNKSIAPGNAVLFENVLEHLSVLNAVGPRNGDSRVEGKLCNVYKAIAKCDGKILTPLISVGLFKVKLEVSLQCLLKTVTDKDLNVFVYTDQERITIENFFNGTIPIKVTEDTVNQKRVSVALDKTYGEQLKGTVVIKDKDVTNQLPSVSDAGEKVVKALDVDWNAYYGFPDATAFSASSHDAYKFDVVTHNNFIVHKQTDNNCWVNAICLALQRLKPTWRFPGVKSLWDAFLTRKTAGFVHMLYHISGLKKGQPGDAELTLHKLGELMSSDSAVTVTHTTVCDKCAKVETFTGPVVAAPLLVYGTDETCVHGVSVNVKVTSVRGTVAITSLVGPVVGDIIDATGYICYTGLNSRGHYTYYDSRNGLMVDAEKAYHFEKNLLQVTTAIASNFTASTPKEKIVPTNPAKEPNMACVFSEVEETPKNIVRKEKLLAIESGADYTITTLGKYADIFFMTGDKILRLLLEVFKYLLVVFMCLRKSKMPKVKVKPPYAFRDLGAKVRTLNYVRQLNKPALWRYAKLVLLLIALYHFFYLFVSIPVVHKLVCSGSVQAYSNSSFVKSEVCGSSILCKACLASYDELADFDHLQVSWDYKSDPLWNRVIQLSYFIFLAVFGNNYVRCLLMYFVTQYLNLWLSYFGYVKYSWFLHVVNFESISVEFVIIVVVFKAVLALKHIFLPCNNPSCKTCSKIARQTRIPVQVVVNGSMKTVYVQANGTGKLCKKHNFYCKNCDSYGFDHTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSYQEVTRVECTDGFYRFYVGEEFTAYDYDVKHKKYSSQEVLKTMFLLDDFIVYSPSGSSLASVRNVCVYFSQLIGRPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLEECYKACNLDVTFSTFEMAINNAHRFGVLITDRSFNNFWPSKIKPGTAGVSAMDIGKCMTFDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFSALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDEDLPYERFTESVSAKNGSGFFDVLKQLKQLFWCIVLFITIYGLCSVYSVATQSYIDSAEGYDYMVIKNGVVQPFDDSINCVHNTYKDFAVWFKAKYGFVPTFDKSCPIVLGTVFDLGNMRPIPDVPAYVALVGRSLVFAINAAFGVTNVCYDHMGASVSKNSYFDTCVFSSACTTLTGLGGTIVYCAKQGLVEGAKLYSELMPDYYYEHASGNMVKIPAIIRGFGLRFVKTQATTYCRVGECIESQAGFCFGGDNWFVYDKEFGDGYICGSSSLGFVKNVFALFNSNMSVVATSGAMLANIVIACFAIAVCYGVLKFKKIFGDCTLLVVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIVYAIVYYFTTRKLAYPGILDAGFIIAYVNMAPWYVLVVYIMVFLYDSLPSLFKLKVTTNLFEGDKFVGSFESAAMGTFVIDMRSYETLVNSTSLDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVSRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGVVEPCIVRVAYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSRVINYDNELSSVRLHNFSIAKNNVFLGVVSAKYKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFRSVKPGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGVLYFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFVTNASMTVESYNAWSKTNSFTEIVSTDAFNMLAAKTGCSVEKLLECVVRLSKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVMRQMYGVNLQSGKVKSLFYPVLTAIAILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSVVLAITTLASAILVVGIKHKMLFFMSFVMPSVVLATAHNLVWDLTYYESLQVLVENVNTTFLPVDVQGVMLALFCVVVFVTYTIRFFTCKQSWFSLFATTVFVVFNIVKLLGMVGEPWTEDHISLCLVNMLTMLISLTTKDWFVVLASYKFAYYIVVYVMQPAFVQDLGFVKCLSIIYMACGYLFCCYYGILYWVNRFTCMTCGVYQFTVSPAELKYMTANNLSAPKTAYDAMILSVKLMGIGGERNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCDDTEVVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSDLIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIAYEKARADLEEAKKNDVSPQLLKQLTKACNIAKSEFERESSVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLIVVTPNLEVLSKVRQESNIHYAGAIWSIVEVKDANGSQVHLKEVTAANELSITWPLSITCERTTKLQNNEILPGKLKEKAVKASATIDGDAKGSGKALMASEGGKSFIYAFIASDSNLKYVKWESNNDVIPIELEAPLRFYVDGVNGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSGLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKKGMQPVTNCVKMLSNGAGNGMAITNGVESNTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRFKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENDVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQGATIDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002589
Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR014828 NSP7
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5EU8
E-value=0.0 Score= 608 Identity=96.03%
Cov(Q)=7.53% Cov(P)=98.37%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4012
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
428.78775
Exp number, first 60 AAs:
0.00101
Total prob of N-in:
0.00094
outside
1 - 1829
TMhelix
1830 - 1848
inside
1849 - 1887
TMhelix
1888 - 1910
outside
1911 - 1965
TMhelix
1966 - 1983
inside
1984 - 1989
TMhelix
1990 - 2009
outside
2010 - 2023
TMhelix
2024 - 2046
inside
2047 - 2395
TMhelix
2396 - 2418
outside
2419 - 2490
TMhelix
2491 - 2513
inside
2514 - 2653
TMhelix
2654 - 2676
outside
2677 - 2685
TMhelix
2686 - 2708
inside
2709 - 2714
TMhelix
2715 - 2737
outside
2738 - 2740
TMhelix
2741 - 2763
inside
2764 - 3180
TMhelix
3181 - 3203
outside
3204 - 3207
TMhelix
3208 - 3230
inside
3231 - 3236
TMhelix
3237 - 3259
outside
3260 - 3278
TMhelix
3279 - 3301
inside
3302 - 3307
TMhelix
3308 - 3330
outside
3331 - 3356
TMhelix
3357 - 3375
inside
3376 - 3387
TMhelix
3388 - 3410
outside
3411 - 4012
