Strain
Fish_MH938448
(Region: Italy; Strain: Alphacoronavirus Bat-CoV/P.kuhlii/Italy/206645-41/2011, complete genome.; Date: 2011)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTCGCAACCCCATTGCCGTTGCTAAAGCAACTGCTTGTGAAATTTCTGCCATAGGTTTTGGTGACATTGGTGATGCCGTCTTACACTACAGTGAGGCCGCCGCCAATGGTTTTGTCCAATGCCGCTTTGTACCTGTCTTTCTGGCTGATCGCATCGAGGGTCTTCTTGACGATGAATTCGTCGTTCTTGCTACCGGTGACATGCTGAAGCTGACTGTGGGTACTTTTGGAGAACGCCCTTTTGATCTTAAGGGCTGGCTGGTCTTTTCTAGTTGTGATGCTGATGGTACTGTGCGTGTGTCCTTTGATGGTCTTGCCGGTGCTGAAGTTTGTGTTGACAACTATATGTGTGACCAGTCCGGGAAACCAGTGCTCCCTGAGAGTGTCTGGAAATTCCAAGATTACTTTGGTGATGCTGAGACTATTGTTCTTGATGGCATTACCTATCGTAAGGCATGGAATGTTATGCGTTCCCCTGTGTCTTACAAGTCTCAGTCTGTGGCTTCTATTACTTATATTGAATGGTGTGGTGATGTCGCACACACGCTTCCTAGCGGTTCTGTGCTTGACCTCGCCAAACCAGTTTCAAAGAGTAAAGTCGTCGTTCTTGCTGAGCCTTTTGCCACTTTTTATGCCCAGGTTGGTAGTCCTTATTTGACTAATGGTACTGGCTTATTGGAAGTGGTTGTGAAACCTTGTTTTCTCCATGGTTATGTCAAGTGTCTTTGCGGCAGTTCTCAGTGGGTTGTCGGTGATTGGCATGCAGGCTATAAGTCTCTGTGCTGTGGTATTACTCGTACTCCTACTTGTGTTGCTGCTGGTTATGTGGAATCTGGAGATGTCCTGCTTACCACTATTGGTGCTGGCAAAGGACTGAAGTATTATAAGGGTCTCACCCTTAAATATTTGGGTGATGCTGAAAACGTTTCTCTTTGGCGTATTCAGAAACTTCAGCACGTTGACGGTTTTGTTTCATGTAACCGTTTTAAGGATGAGTATTGTGCCAGCACAGATTCCTGTAGTTTTGAGAATACCAGCTCACTTGCTGTGGCTCTTAAGTATGGGCTTCTGAGTGGCCAGTGCCTTGACAGCGTTAAAGATGCCATTGGTAATGGTCATGTTGACGTTGGCTTTGCTGTTTTTGACACATTTGACTCAATTTGCGACAAGCCTAAGTGGCTTTGCAAGTTGGGTTCTCTTGGTGAGTCAATCTGGTCACAGTTCAAAACCTTTGCACGTGAAGTCTTTAAGAGCTCGCTGGCACTTTTGGACCTTGTTAAATTCCTTCGTGAAGTTACATGTGTTGTCCTTAATGGTGCTTTTGAGCTCATTGCAAATGTTCCACCAACTTTTGCTTCATTGTTTGAGCATCTCAAGACTCTGTTGTGCTCCTGTGCTGAACTGTTCATTGAAGAGTGTAAGTTGGCTGGCGTTGCCTTTAAACGTTTTGGAGACTATGTTCTTTTTGACAATGCTTTGTGCCATTTTGTCAGTGTTAAGATCAAGGGTACTAAGCAGGATGGGCTGAAAAATGCTACGTATGCTAGTGCCATTTTTGGTCCTACTAAACGTGTTAAGGTAACACGTGTCGAAAAGTGTGATGTCAGTCTTGTTCTTCGTGACCATGTGCCACCGCCTGAAAGTGGTACTGCTAGTGTCATTGGTGGACAAGCCTTCTACACTGATGGTTCCAATTATTGGCTTATGTCTGACCATAATGCTGTTATGGAATCACCTGTTTTCAAAGTCGAAACCGTTATGTGCCCTGAGATTCTTGAGAATGTTGATGGCGGAGACATATTCCGACGTGTCGTGAGTACTGTCACTGATGTTGTTGACTTTTGCAAGTCTCTCAAAGTGCACTTTGGGCTTGAGGGCTTTGTTATTACGGCAGCTAAAAAGTTTAAGGCTTTAGCTCGTACACTCACCGAGTTGTACAATGAATTTGCAATTACTGTGTCAGCCATAGTGAAGGTCGCAAATCTGAACTTCACATATTATGCATTTGACAAGCCTATGGTCAACCTTAATGGTACATTGTGCCATGTTGAGTTGGTCGAGCCACCTAACACTTTGCTTACTGAGGCTGCAGTTGCTGATTTTATGGTGTTTAAGCAGCCAGATACTGCTGTTACACCTGTCAAAATTGAAACCGACTCTTGTGAACTTCAAGAAGTAGAGTTTGTTCAGCCAGCTGAAGGTGGTGGTATTAAGATAATAGATCACTATGCCTTCTATGAGAAGAATGGGTTTTATTATCCTGCATCATTTGATGGTGTGAAGAACATTGCCTATCGCAAGAAGGGTGGCGGTAATGTCTCTTTTGCAGAAGAAATGTCTGTTAGAGAGATTGACCCTGCTCACAAGGTTTATTTGACCTATGAATTTGAAGATGATACCATCATGAGTGTGCTTAAGCAGGCTGTTGGCCATAAGATCACATTTGAGGGCAACACATGGGAAGACTTTGAGAACACTCTTAAGGGTGTTCTTGATGTTGTCTCTAGTGAACTTCCACTTCCTACATACTATGTGTATGATGAGGAAGGTGGTTATGATTTTACTAAGACAGTAATGGTATCCCAATGGCCCATTCAGGTTGCTGCCGATGTGCCAGCTGATGAAGATGTTGAGGACTGTGTTGAAGAAACAGATCCTACAACTGAAGAGCCACCACCTGTTACAGAATTGGAAGAGGTTAATGCTGCTCTTTCATTCATCAAAGAAACACCTCCTGTGCCACTCAATCCATTTGCTTTTGAGGTTGTCGACTACAGCGGTGTTAAAATTCTTAAACAGGACAGTAATAACTGCTGGGCCGCATCTGCTTGTCTACACATGCAATTGTTGGACTTGCTGGATACGCCTGCAATGGCCCTGTATAAGTGTGGCCGCGTCGCACCTCTTGTGCAACAATGTTATGAAGCTGTTAAGCTCCTTAAGGGATCTATGGGTGATGTCACTGAGTGTCTCGAACGTATGCTTAAGGATGTTAAGTCCTGTGTTATAGTGTTTGAAGGCATTTGTGATTGTGGCACTGTTGACCGTCCAATGGAAGGTTGTGTCTTTAGGTTCATGCCTAATTCTGAGCCTATGGAGCAGTGGTGTGACAAGTGTAATAGCATGGCCGCTTGCACTATTAAGAGCATTAAAGGCACTGCTATTTTCTGTCAAAAACCTGGTCCTGCTAAAGACATGTACGTTAAACCGTACTGTGCAGCTTCTTTTACTGGTAGCGTTACTAGTGGTCATTACCGTACTAACGTCTACCACACTGGTAAGGCTGTTGATGGTTTTGGCACTCATCCTATTAATGATGAATGCTTGCATACCTTTGCAGTCAAGAATGTGGATTGGTGCAGACCTTCTGCACCTGCACCCATTGCTGTTGCACCAACACCTGCATCGACTAAGCCTTTTGTGGAACCGTTCTTGGAGTACAAGAATGTTAAATTCTACAAGGGTGATGTCAAGGATCTTGTTAGTCTTGAGCACGACTTCATTGTTAATGCTGCTAACGAGAACCTTCAGCATGGTGGTGGAGTTGCTAAGGCTATTAGCGTCTGCACAAAAGGTGAGCTTCAAAAGCTGTCTGATGCCTATGTTAAGCAAAATGGTAAGCTCAAAGTTGGTGCAGGTGTTATGCTTGATTGTGCACCTCTTAAAGTGTTTAATGTAGTTGGTCCGCGCAAAGGAAAACATGATCGTGACCTTCTTACTAAGGCTTATAAGAGTGTCTTTGCTAATGCTGGTGTTCCACTTACACCTTTGCTTAGTGTTGGCATCTTCAATGTTCCTCTTACTACATCATTGGAAGTTTTTCTCAAAGAGGTTGATGACAGAGTTTGCAAATGCTTTTGTTACTCTGATAAGGAGGTCAAGGCTATTTGCGACTATGTTGCATCATTTACACCCGTTGTTGAGACTCCAGTTGAAGAGACTGTGGCACCATTTGTTGTTGCTGAGCCTTACCTTGTAGAAGGTAAGACTGAGTTTTATGACTGTGACATTGATTCTCTAGTTCTTAAGCCATTTGATAGGTTTGTGTTCTTCATTTATGAAGACCTCAAACTTTCAGGTTTGGCTAAGAGCTTTGATGACTTTGTTGGAGGTGCTGTTGGCGATGCTTTACAACGTGCAGGTCCTCTTCCTGCTGGTAATATCGTCACTTATAAGAATCCTAGAGACAATGGTACGTTTTTCCTTGTGACTTTCGCATCGTTGCCGTACGTTGGCTCTAAGAATTATGATAAAAATTTAACTCGTGTTGTTAACAAGCTGTTTAAGTTGAAGGGTACAGCCGTTATGACTGTTCCTGGTCATGACGTGTTCCCTAAGGTTCTTCCTGCTTGTACTGCTTTTTGGGTTTGCGACGATACTAAGGATATTGTTGCGCGTCAATTTGTTAAGCAGGATGTGCCTGTTGTAGTCACTGAAAATGGTCGTGACTTTGAGACTGTAGTCCTTGACACTTCTAAGACTTTTGAAGAGCAGCTTGGTACTTGCACAGTTAACAATGTGGATGTAACACCTCTTGTAGTTTTGCCTGTTGAAGACGTGGTTTCAATTGCCTCAGTTGAGGTTGATTGGACTGCCTTCTATGGTTTCGACAATGCTAGTGTTTTCCACATACTTGACCACAGTGCTTTCAATTTTGCTAATAGTGTAGTTGAAGGCAAACGTGTTTTGAAGAGCTCTGATAATAACTGCTGGGTTAATGCTACCTGTTTGCAGTTGCAGTACATTGGTGCCAAGTTCACTAGCGACGGTCTTAATGCTATGTGGGATGACTATGTAGTTGGCGATGTTAGTAAGTTTGTGCATTGGCTGTACTGGTTAATGGGCCTTAATAAAAATGACAAGGGTGATTCTGAGGGCACTCTGCTGCGTATTTCAAAATACTTGCAGAGTGAATGCTCCTTCACCGTTGATCGAATTACGTCAACTTCATGCTGTAGCGAAAGCCGTATCTTTAACACTTGCATCTTGAGTGCTAG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Protein
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AAETVKAKEECIKSSYACATLREIVGPKELLLSWEAGKPRPPLNRNSVFTGFQIAKDSKVQLGEFTFEKLDYDSDAVTFKSTSTSKLSPGIIFVLTSHNVAPLRAPTIANQEKYSTIAKLRPAFNISDAYANLIPYYQLIGKQRITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARILYTACSHAAVDSLCVKASTAFNTDSCTRMVPARARVECFSGFKVNNAGAQYIFSTVNTIPEINVDIVVLDEVSMCTNYELSLLNQRVSYRHVVYVGDPQQLPAPRTMISKGVLEPKDYNVVTQRMCAVGPDVFLHKCYRCPAEIVNTVSELVYENKFKPVHSESKECFKLYCKGIVHVDNGSSVNKRQLDVVRMFLAKNPRWSKAVFISPYNSQNYVAGRVLGLQTQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTLHACNINRFNVAITRAKKGILCVMCDRQLFDALKFFELKLSDLQAGDGCGLFKDCYRGNDSLPPSHAPTYMALSDTFKTDKELAVQIGGKGPVKYEHVISFMGFRFDTNIPGYHNLFCTRDFAMRNVRGWIGMDVEGAHVSGENLGTNVPLQIGFSNGVDFVVQPEGCVITETGNKIVPVRARAPPGEQFAHLIPLMRKGQPWTVVRKRIVQMCCDYLSGLSDTIIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGPVMHCHCGKEATCYNGSAHAFYCFKHALGCDYLYNPFVIDIQQWGYTGSLSFNHHQYCNIHCNEHVASGDAIMTRCLAVYDCFVKNVDWSITYPFISNEHAINKGGRVVQSHIVRAALKLYNPKAIHDIGNPKGIRCANTSISWYCYDKQPLNSNVRLLEYDYITHGQMEGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRCRSSLNLEGVNGGSLYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLQPAPFFFYDDGDCDVIQGETNYVPLRSSNCITRCNVGGAVCSKHSNMYHSYVNAYNIFTQAGFTIWVPKSFDLFNLWQTLLDTKLQGLENIAFNVVKKGSFVGEAGELPVAIVNDRVLVRDGTSDNVVFTNKTSLPTNVAFELFAKRTVGLTPPLTILRNLGVVSTYKFCLWDYEAERPFTSFTKGVCKYTDFDEDVCICFDASIPGSLEKFTLTSNAVLFSKQAIKKLSGFKINYGFLNGVPVSTTEGKPVVWYFYVRTNGLNVDYVDGYYTQGRTINTFIPRSQMEEDFLSMDDGFFISKYGLEDYAFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLGKLGILQVEDFVSSSDSTLKSCAVTYANDPSSKMVCTYVDILLDDFVCLLKSLDLSVVSKVHEVVIDCKVWRWMLWCKDHKLQTFYPQLQSAEWKCGYSMPALYKIQRMCLDACNLYNYGDGIRLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTICIPHNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPSDAIILDNDVNPYVSDADFSHTGDCSTLYLTDKFDLVISDMYDGRIKAIDGTNVSKDGFFTYINGVITEKLALGGSIAIKVTEYSWNKRLYELAQKFAFWTMFCTSVNTSSSEAFLIGINYLGNFSENPIVDGAVCHANYIFWRNSTMMAMSYNSVLDLAKFECRHKATVVVTLKDSDVSEVVLGLVKSGRLLIRNTGVVCGYAQPTSYNGGV
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1150 Identity=59.29%
Cov(Q)=13.98% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6623
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
422.871209999996
Exp number, first 60 AAs:
0.04072
Total prob of N-in:
0.00285
outside
1 - 1804
TMhelix
1805 - 1824
inside
1825 - 1869
TMhelix
1870 - 1892
outside
1893 - 1943
TMhelix
1944 - 1966
inside
1967 - 1972
TMhelix
1973 - 1995
outside
1996 - 2366
TMhelix
2367 - 2389
inside
2390 - 2597
TMhelix
2598 - 2620
outside
2621 - 2623
TMhelix
2624 - 2646
inside
2647 - 2680
TMhelix
2681 - 2703
outside
2704 - 2712
TMhelix
2713 - 2735
inside
2736 - 3146
TMhelix
3147 - 3169
outside
3170 - 3173
TMhelix
3174 - 3196
inside
3197 - 3202
TMhelix
3203 - 3225
outside
3226 - 3239
TMhelix
3240 - 3262
inside
3263 - 3268
TMhelix
3269 - 3291
outside
3292 - 3310
TMhelix
3311 - 3333
inside
3334 - 3339
TMhelix
3340 - 3362
outside
3363 - 6623
