Strain
Fish_MH938449
(Region: Italy; Strain: Alphacoronavirus Bat-CoV/P.kuhlii/Italy/3398-19/2015, complete genome.; Date: 2015)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTCGCAACCCAATTACGGTGGCCACGGCTGCTGTTGCTGAAATTTCAACTTTTGGCTTTGCTGGTGTCGCAGAAGCCGTGCAACAATTTAGTTGTGCCGCTGGCGACGGTTTTAAGCAATGCCGGTTTGTGCATGTAAAGGATGTTCAAACCATTAAGGGTGTCAATGAGAATGACTTTGTTCTTACTGTTACAGGTGAGAACTATGTCATTAAGATTGACACTTTTTCTGCGCGTCCAAACCTTCTTAAAGGTTGGATTGTGTTTTCTAGTTGTCCTTGCGATGGGATTGTCTTTTGCTCACTTGATGGGCGTGGAGGCACTCAAATCCCTGCTGACAACTACATGTGTGGCCGTGATGGTAAACCACTTCTCTCAGGTGAGGAATGGGAGTACAAAGACTACTTTGATGAAAATGACACTTTTGAATATGATGGTGTCGTTTACTTCAAAGCATGGAATGTTACTCGTACCGACGTGCCTTATCAATTTCAAACTGTGACTGCCATTACTTCTATTAGTTACGTGGGTGATACTGTGCATGTTTTGCCTGATGGCACGACACTCAGTATCTCCAAAAATGTGGCTAAGAGTAAAGTGGTTGTTCTTTCTGAGCCCTATTCGTCTTTGTATGAGCAGATTGGTAGTCCATTTATGAATAATGGAACTAATCTGCTTGACATGTTGACTAACCCTAAATTCTTTCATGGTTATGTCAAATGCACTTGTGGAAACAAACATTGGACTGTAGGAGATTGGCATCATGGATACAATTCTGTATGCTGTGGTGTCTCTTGCAATCCAATAAGTGTGGCTGCTGGTTATGTAGAACCAGGTGATGTCTTGTTGACTGCCACCGGTGCAGGAAAAGGGCTTAAATACTACAAAGGGCTCTCTCTTAAGTATGTGGGGGATGCTGAAAATGTTTCAGTCTGGCGTATTATCAAGACACACAACGTTGATGGTTTTGTGTCTGATAATCGCTTTCAAGATGACTATGTTGCCAATATGGACTCATGTAGTGTTGAAAACACTACTACATTGTCCATAGGCCTTAAGTTTACCATCATTGGGGGTGATTGCAATTCTTCCGTCAGGAGTGCCATAGTTGATGGCATTTTTGATGTGAGTTTTAAAATTTGCAACCTCTTTGATGAGATTTTCATTGCACCGAAATGGCTTGTAAAAATTGGAAACCTAGGTGTTGAGCTTTGGAATAGATTCAAGGCTTTTGCCAAGGAACGTTTTATAAGCTCTAGTAAACTAGTTGATTTTATCAAGAGCATTGCTAATGCAACTTTTGTCGTTGTTGGTGGTGCTTTTGACATTGTTGCTAGTGTACCAAAGCACTTTGCAGAAGCGTTTGAATACTTGCGTAAGCTGATCAAACGCTGTGCTGAATTCTTCATTGAAGAATTCAAAGTTGCAGGTGTTGTATTTAAGAGCTTTGGCGACTATGTGCTTTTTGATAATGCACTGTGTCGTATTGTGCAGGCCAAAATTAAAGGTGCAAAGCAAGCTGGACTTAAGGAGGCTAAATATGTTAGTCTTGTGTCTGGACCTGCTACGCATGTCTCTGTGAAACGTGTCGAAAAATCTGATGCTAATTTAACTCTATTTGATAACGTCGTTCCACCAAGTGATGGTAACGCCGTTATTATTGGAGGTTTGGCATTTTATACCGATGGTGTACACTATTGGTTTATGGCAGACTCTGACACTGTTTTGGAGAACCCAGTTTTTACAACAGGTAAAGTTGACTGTCCTAAAGAGTTTGAACAGGTTGATGGTGGTAACATCTTTCATAAGTTTGTTGCAGGTGTTGCTGATGCAGTTGAATTCTGTCGTTCACTCACAGTCACATTTGGACTTGAGGGTTTTGTTGTATCAGCTGCTAAGAAGTTTAAGGCTCTTGCCAAGGCACTTGCAGAACTCTATAATGAGTTTGCTGCTAGTGTAGCTAATATAGTGAAACTGGCTGGTGTTACTTTCACTCATTATGCTTTTACTGTGCCTGTGATAGCCTTTAATGGTGTTTTGTTTCCTGTTAAAGAGAGTAAACCACCAGCGGGCGTTCCTGTTGAGAGCTCTATTAAAGACTTTATGTCTTTTAAGAATGCTGATGTTCGTGTTAAACCTACTCGTGTTGAGCGCGAATGTTGTGAGTTGCAGGAAGTTGATTTTGTGCCCCCGAAAGATGGTGGTATTTTGAAGGTCATTGACGGTTACGCGTTTTATAATGTAGGCAACAATTACTACCCGGCTTCTTGTGATGGCATTGTTAGTGTCATGTTTAACAAGAAGGGTGGTGGTGTTGTTTCTTTTAGTGAAAATGTCACTGTTAAAGAAATTGCTCCCGTTCGTAAAGTTTATATTGACTTTGAGTTTGAAGATGAAGTCATAGCGAACGTGCTCAAGGAGGCTGTCGGACGTAAAATTATGTTTGAGGGTGATTCTTGGGAAGAGCTTGTTGCCATTGTTAGAAGTCTTATGGATGTGATTGGTGAACAGCTTACGCTGCCGCCTTACTTTATCTATGATGAAGAAGGTGGTACTGATTTTACAAAACCTGTTATGGTTAGTCAATGGCCCATTGTTGAGCCCAGTCAAGAGGAGGCTGTTGATGTTGTTACAGACGTTGACACGACACCTGAAGACGTTGTGGCTTGCAATGATGATCTCAAAGAAGTTAATGAGGCTTTGTCCTTTATAGTGGAAAAACCTGCACTTAAGCCTAGTGTGTTTGCTTATGAATTTTATGACTTTGATGGTCTTAAAGTTCTTAAGCAGGATAGCAACAATTGTTGGGTGGCAAGTGTTTGTGTACATCTCCAGCTTTTGGACTGCCTAGAAGACCCTGCTCTAGATTTATTTAGAGTTGGTCGTGTTGCACCTCTTGTACAAAAGTGCTATGAGGTTGTGAAACTTCTAAAAGGTTCAATGGGCGATGTTACTGAATGTCTTGAACATCTTCTTAAAGGTGTTAAATCTTGTACTATCACTTGTGATAGTTGCTGTGAGTGTGGCAATAGTGAAACTGTTATCACAGGTTGTGTTTTCAGATTCATGCCTACTTCTGACTTCATTGAACGCCCTTGTGAATCTTGCGGTTTTGTTAAGTACTGTACCATTAAAAGTATTAAGGGCACAGCTGTCTTTTGTCAAAACCCAGGACCTGTTAATGGAGCCATTGTCAAGCCAATTTGTTCTGCTATGTTTGTTGGTAGTACAAGTAGTGGTCACTACCGTACCAACTTATATCTAGCAAACAAGGCTGTTGATGGTTTTGGTTTTCATAAAATTGACAACAAGTCTTTGCATACGTATTGTGTTAAAGATGTTGATTGGTCAAGGCCTCTTGAAAGTGTAAAGAAGGCAGCACCTAAGAAGGTTGAGCCTAAGGTTGAAATCAAACCTGCTGAACCTGAGGTTAAGCCTAAGAAGGCAGAACCTAAGAAGCCTACGAAGGCAGAATCAAAAGTTGCACCTTTTTGTACATATAAAGGTGTTGAGTTTTATCAGGGTGACTTTAAAAACCTTGTTGTTTTAGAGCATGACTTTGTTGTCAACGCGGCTAATAGTGAACTTAAACATGGTGGTGGTGTTGCTGCTGCTATAAATGTGTTCACTAAAGGATTACTGCAAGACCTTTCTAACAAACATATAGCAATGCATGGTCCTATTAAAGTGGGTGATGGTGTTATGATTGTTTGTGGTGACATAAACGTCTTTAACGTTGTTGGTCCACGTAAGGGAAAATTTGCTAGTGAATTGTTAGTCAAGGCGTACAAGTCTGTGCTATCTAACCAAGGTACACCTTTGATGCCTATGATAAGTGTGGGTATTTTTGGTATTGACATGGTTACATCTATGGATGCATTTTTCTCAGTTGTTGGTGACAGACACTGTAAGTGTTTTTGTTACACAAATGAGGAAGTAACACTAGTTACTAACCATGTTAAATCACTTGAACCTGTTGCTGAAGATGCTACTGAATTTTTGGATTTAGTAGTTGAAGCATGTTCGGTTGCAGAGCCTTATTTGGTAGAAGGTAAGACAGCTTTTTATAGAGATGATGTAAATGCTATGATCAAACTTAATTTTGAGCGTTACATCTTCTTTGTCGATGAAACTTTGTCATTCTGCCAATTGGCCAAAGCCCTAGACAAATTGTTGCAAGGTGCCATTTCTGCGGCTGCAAAAAGTGCGGGAAAAGTGCCTGCTGGTAACCTTGTTACATTAAGGAGTGAGGTCAGTGGTGCTCCTTTAGTCACTTTTGCTGTAGTGCCTGCAGTAGGTTCTCCTAATTATGACAAGAACTTATTACGTGTCGTTAATAAGTTGTCTAAATTGAAGGAGAATTTGCTTATGACAGTACCAGCACCTGATGTGTTTGCCAAATTGCTTCTTAGTGTTAACACTTCTTATTGGGTTTGTGATGAAACTGCACTAGTTGTTACTAGACAGTTTGTTAAGAAAGATGTTAATGTTGTCATCACCGAAAATGGTCGGGACTTTACTAACATCTCACTGGACTCGTCTAAGACTTTTGAAGAACAACTTGGTGTCTGCACCGTTGCTAACACAGATGTGACTACTAGTGTGGTTACACCAGTGGAAGATGTCGTGCAAGTTGCGCCTGTAGTTGATTGGAAGCAATTCTATGGCTTTGAAGGAGCAGATGTCTTTCAGACTCTAGACCATTCAGCCTATGCCTTTGAAAACAAACTTGTTGAAGGTAAGCGTGTGCTTAAAACATCTGACAATAATTGTTGGGTTAATGCCACATGTTTACAATTGCAATATATGGGTGCACAATTTACAACACAAGGTCTTTCTAATATGTGGGATTCTTACATAGTGGGAGACGTTGCTAGTTTTGTGCACTGGCTGTATTGGCTTGTTGGTCTTAAGAAAAATGATCGTGGTGATTCTGAGAGTGTTTTACTCAGACTTTCCACACATCTTAAGCAATCAGGCCGTTTTGTTGTTGAGCG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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1153 Identity=59.83%
Cov(Q)=13.96% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6631
Number of predicted TMHs:
20
Exp number of AAs in TMHs:
433.301749999995
Exp number, first 60 AAs:
1.7265
Total prob of N-in:
0.08417
outside
1 - 1820
TMhelix
1821 - 1840
inside
1841 - 1882
TMhelix
1883 - 1905
outside
1906 - 1956
TMhelix
1957 - 1979
inside
1980 - 1985
TMhelix
1986 - 2008
outside
2009 - 2022
TMhelix
2023 - 2042
inside
2043 - 2380
TMhelix
2381 - 2403
outside
2404 - 2502
TMhelix
2503 - 2525
inside
2526 - 2599
TMhelix
2600 - 2622
outside
2623 - 2636
TMhelix
2637 - 2659
inside
2660 - 2671
TMhelix
2672 - 2689
outside
2690 - 2698
TMhelix
2699 - 2721
inside
2722 - 2725
TMhelix
2726 - 2748
outside
2749 - 3048
TMhelix
3049 - 3071
inside
3072 - 3159
TMhelix
3160 - 3179
outside
3180 - 3182
TMhelix
3183 - 3205
inside
3206 - 3216
TMhelix
3217 - 3239
outside
3240 - 3253
TMhelix
3254 - 3276
inside
3277 - 3282
TMhelix
3283 - 3302
outside
3303 - 3321
TMhelix
3322 - 3344
inside
3345 - 3350
TMhelix
3351 - 3373
outside
3374 - 6631
