Strain
Fish_MH938450
(Region: Italy; Strain: Alphacoronavirus Bat-CoV/P.kuhlii/Italy/206679-3/2010, complete genome.; Date: 2010)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTCGCAACCCAATTACGGTGGCCACGGCTGCTGTTGCTGAAATTTCAACTTTTGGCTTTGCTGGTGTCGCAGAGGCCGTGCAACAATTTAGTTGTGCCGCTGGCGACGGTTTTAAGCAATGCCGGTTTGTGCATGTAAAGGATGTCCAAACCATTAAGGGTGTTAATGATAATGATTTTGTTCTTACTGTTACAGGTGAGAACTATGTCATTAAGATTGACACTTTTTCTGCACGTCCAAACCTTCTTAAAGGTTGGATTGTGTTTTCTAGTTGTCCTTGCGATGGGATTGTCTTTTGCTCACTTGATGGGCGTGGAGGCACTCAAATTCCTGCTGACAACTACATGTGTGGCCGTGATGGTAAACCACTTCTCTCAGGTGAGGAATGGGAGTACAAAGACTACTTTGATGAAAATGACACTTTTGAACATGATGGTGTCGTTTACTTCAAAGCATGGAATGTCACTCGTACCGACGTGCCTTATCAATTTCAAACTGTGACTGCCATTACTTCTATTAGTTACGTGGGTGATACTGTGCATGTTTTGCCTGATGGCACGACACTCAGTATCTCCAAAAATGTGGCTAAGAGTAAAGTGGTTGTTCTTTCTGAGCCTTATTCTTCTTTGTATGAGCAGATTGGTAGTCCATTTATGAATAATGGAACTAATCTGCTTGACATGCTGACTAACCCTAAGTTTTTCCATGGTTATGTCAAATGTACCTGTGGAAACAAACATTGGACTGTAGGAGATTGGCATCATGGATACAATTCTGTATGCTGTGGTGTCTCTTGCAATCCCATAAGTGTGGTGGCTGGTTATGTAGAACCAGGTGATGTCTTGTTGACTGCCACAGGTGCAGGAAAAGGGCTTAAATACTACAAAGGGCTCTCTCTTAAGTATGTGGGAGATGCTGAAAATGTCTCAGTTTGGCGTATTATCAAGACACACAACGTCGATGGTTTTGTGTCTGATAATCGCTTTCAAGATGACTATGTTGCCAATATGGACTCGTGTAGTGTTGAAAACACTACTACATTGTCCATAGGCCTTAAGTTTACCATCATTGGGGGTGATTGCAATTCTTCCGTCAGGAGTGCCATAGTTGATGGCATTTTTAATGTGAGTTTTAAAATTTGCAACCTCTTTGATGAGATTTTTATTGCACCGAAATGGCTTGTAAAAATTGGAAACCTAGGTGTTGAGCTTTGGAATAGGTTCAAGGCTTTTGCCAAGGAACGTTTTATAAGCTCGAGTAAACTAGTTGATTTTATCAAGAGCATTGCTAATGCAACTTTTGTTGTTGTTGGTGGTGCTTTTGACATTGTTGCCAGTGTACCAAAGCACTTTGCAGAAGCGTTTGAATATTTGCGTAAGCTGATCAAACGCTGTGTTGAATTCTTCATTGAAGAATTCAAAATTGCAGGTGTTGTATTTAAGAGCTTTGGCGACTATGTGCTTTTTGACAATGCACTGTGTCGTATTGTGCAGGCCAAAATTAAAGGTGCAAAGCAAGCTGGACTTAGGGAGGCTAAATATGTTAGTCTTGTGTCTGGACCTGCTACGCATGTCTCTGTGAAACGTGTCGAGAAATCTGATGCTAATTTAACTCTATTTGATAATGTCGTTCCACCAAGTGATGGTAACGCTGTTATTATTGGAGGTTTGGCATTCTATACCGATGGTGTACACTATTGGTTTATGGCAGACTCTGACACTGTTTTGGAGAGCCCAGTTTTTACAACAGGTAAAGTTGACTGCCCTAAAGAGTTTGAACAGGTTGATGGTGGCAACATCTTTCACAAGTTTGTTGCAGGTGTTGCTGATGCTGTTGAATTCTGTCGTTCACTCACAGTCACATTTGGACTTGAGGGTTTTGTTGTATCAGCTGCTAAGAAGTTTAAGGCTCTTGCCAAGGCACTTGCAGAACTCTATAATGAGTTTGCTGCTAGTGTAGCTAATATAGTGAAACTGGCTGGTGTTACTTTCACTCATTATGCTTTTACTGTGCCTGTGATAGCCTTTAATGGTGTTTTGTTTCCTGTTAAAGAGAGTAAACCACCGGCGGGCGTTCCTGTTGAGAGCTCTATTAAAGACTTTATGTCTTTTAAGAATGCTGATGTTCGTGTTAAACCTATTCGTGTTGAGCGCGAATGTTGTGAGTTGCAGGAAGTTGATTTTGTACCCCCTAAAGATGGTGGTATTTTGAAGGTCATTGACGGTTATGCGTTTTACAATGTAGGCAACAATTACTACCCGTCTTCTTGTGATGGCATTGTTAGTGTCATGTTTAACAAGAAGGGTGGTGGTGTTGTTTCTTTCAGTGAAAACGTCACTGTTAAAGAAATTGCTCCCGTTCGTAAAGTCTATATTGACTTTGAGTTTGAAGATGAAGTCATAGCGAACGTGCTCAAGGAGGCTGTCGGACGTAAAATTATGTTTGAGGGTGATTCTTGGGAGGAGCTTGTTGCCATTGTTAGAAGCCTTATGGATGTGATTGGTGAACAGCTTACGCTGCCGCCTTACTTTATCTATGATGAAGAAGGTGGTACTGATTTCACAAAACCAGTCATGATTAGTCAATGGCCCATTGTTGAGCTTAGTCAAGAGGAGGTTGTCGATGTTGTTACAGACGTTGACACGACACCTGAAGACGTTGCGGCTTGCAATGATGATCTCAAAGAAGTTAATGAGGCTTTGTCCTTTATAGTGGAAAGACCTGCACTTAAGCCTAGTGTGTTTGCTTATGAATTTTATGACTTTGATGGTCTTAAAGTTCTTAAGCAGGACAGCAACAATTGTTGGGTGGCAAGTGTTTGTGTACATCTCCAGCTTTTGGACTGCCTTGAAGACCCTGCTCTAGATTTATTTAGAGTTGGTCGTGTTGCACCTCTTGTACAAAAGTGTTATGAGGTTGTGAAACTTCTAAAAGGTTCAATGGGCGACGTTACGGAATGTCTTGAACATCTTCTTAAAGGTGTTAAATCCTGCACTATCACATGTGATAGTTGTTGTGAATGTGGCAATGGTGAAACTGTTATCACAGGTTGTGTTTTCAGATTCATGCCTACGTCTGACTTCATTGAGCATCCTTGTGAATCTTGTGGTTTTGTTAAGTATTGTACCATTAAAAGTATTAAGGGCACAGCTGTCTTTTGTCAAAACCCAGGACCTGTTAATGGAGCCATTGTCAAGCCTATTTGTTCTGCTATGTTTGTTGGTAGTACAAGTAGTGGACACTACCGTACTAACTTATATTTAGCAAACAAGGCCGTTGATGGTTTTGGTTTTCACAAAATTGACAACAAGTCTTTGCATACGTATTGTGTTAAAGATGTTGATTGGTCAAAGCCTCTTGAAAGTGTAAGGAAGGCAGAACCTAAGAAGGTTGAGCCTAAGGTTGAAATCAAACCTGCTGAACCTGAGGTTAAGCCTAAGAAGGCAGAACCTAAGAAGGTTGAGCCTAAGGTTGAAATCAAACCTGTTGAACTTGTTGTTAAGCCTACTAAGGCAGAATCAAAAGTTGCACCTTTTTGTACACATAGAGGTGTTGAGTTTTACCAGGGTGATTTTAAAAACCTTGTTGGTTTAGAGCATGACTTTGTTGTTAATGCGGCTAATAGTGAACTTAAACATGGTGGTGGTGTCGCTGCTGCCATAAATGTGTTCACTAAAGGGTTACTGCAAGACCTTTCTAACAAACACATAGCTATTCATGGTCCTGTTAAAGTAGGTGATGGTGTTATGATCGTTTGTGGTGACATAAACGTTTTTAACGTTGTTGGTCCACGTAAGGGAAAATTTGCTAGTGAATTGTTAGTTAAGGCTTACAAGTCTGTGTTATCTAACCAAGGTACACCTTTGATGCCTATGATAAGTGTGGGTATTTTTGGTATTGACATGGTTACATCTATGGATGCATTCTTCTCAGTTGTTGGTGACAGACACTGTAAGTGTTTTTGTTACACAAATGAGGAAGTAACACTAGTTACTAGCCATGTTAAATCACTTGAACCTGTTGCTGAAGATGCTACTGAATTTTTGGATTTAGTAATTGAAGCATGTTCGATTGCAGAGCCTTATTTGGTAGAAGGTAAGACAGCTTTTTATAGAGATGATGTTAGTGCTATGATCAAACTTAATTTTGATCGTTACATCTTCTTTGTGGATGAAACTCTGTCATTCTGCCAATTGGCTAAAGCTCTAGACAAATTGTTGCAAGGTGCCATTTCAGCTGCTGCAAAGAGTTCGGGAAAAGTGCCTGCTGGTAACCTCGTTACGTTAAGAAGTGAGGTCAGTGGTGCTCCTTTAGTCACTTTTGCTGTTGTGCCTACAGTAGGTTCTCCTAATTATGACAAGAACTTATTACGTGTTGTTAATAAGTTGTCTAAATTGAAGGAGAATCTGCTTATGACAGTACCAGCACCTGATGTGTTTGCCAAATTGCTTCTCAGTGTTAACACTTCTTATTGGGTTTGTGATGAAACTGCACTAGTTGTTACTAGACAGTTTGTTAAGAAAGATGTTAATGTTGTCATTACCGAAAATGGTCGTGACTTTACTAACATCTCACTGGACTCGTCTAAGACTTTTGAAGAACAACTTGGTGTCTGCACCGTTGCTAACACAGATGTGACTACTAGTGTGGTTACACCAGTAGAAGATGTTGTGCAAGTCGCGCCTGTAGTTGATTGGAAGCAATTCTATGGCTTTGAAGGAGCAGACGTCTTTCAGACTCTAGACCATTCAGCCTATGCCTTTGAAAACAAACTTGTTGAAGGTAAGCGTGTGCTTAAAACATCTGACAATAATTGTTGGGTTAATGCCACATGTTTACAATTGCAATATATGGGTGCACAATTTACAACACAAGGTCTTTCTAATATGTGGGATTCTTACATAGTGGGAGACGTTGCTAGTTTTGTGCACTGGCTGTATTGGCTTGTTGGTCTTAAGAAAAATGATCGTGGTGATTCTGAGAGTGTTTTACTCAG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Protein
MARNPITVATAAVAEISTFGFAGVAEAVQQFSCAAGDGFKQCRFVHVKDVQTIKGVNDNDFVLTVTGENYVIKIDTFSARPNLLKGWIVFSSCPCDGIVFCSLDGRGGTQIPADNYMCGRDGKPLLSGEEWEYKDYFDENDTFEHDGVVYFKAWNVTRTDVPYQFQTVTAITSISYVGDTVHVLPDGTTLSISKNVAKSKVVVLSEPYSSLYEQIGSPFMNNGTNLLDMLTNPKFFHGYVKCTCGNKHWTVGDWHHGYNSVCCGVSCNPISVVAGYVEPGDVLLTATGAGKGLKYYKGLSLKYVGDAENVSVWRIIKTHNVDGFVSDNRFQDDYVANMDSCSVENTTTLSIGLKFTIIGGDCNSSVRSAIVDGIFNVSFKICNLFDEIFIAPKWLVKIGNLGVELWNRFKAFAKERFISSSKLVDFIKSIANATFVVVGGAFDIVASVPKHFAEAFEYLRKLIKRCVEFFIEEFKIAGVVFKSFGDYVLFDNALCRIVQAKIKGAKQAGLREAKYVSLVSGPATHVSVKRVEKSDANLTLFDNVVPPSDGNAVIIGGLAFYTDGVHYWFMADSDTVLESPVFTTGKVDCPKEFEQVDGGNIFHKFVAGVADAVEFCRSLTVTFGLEGFVVSAAKKFKALAKALAELYNEFAASVANIVKLAGVTFTHYAFTVPVIAFNGVLFPVKESKPPAGVPVESSIKDFMSFKNADVRVKPIRVERECCELQEVDFVPPKDGGILKVIDGYAFYNVGNNYYPSSCDGIVSVMFNKKGGGVVSFSENVTVKEIAPVRKVYIDFEFEDEVIANVLKEAVGRKIMFEGDSWEELVAIVRSLMDVIGEQLTLPPYFIYDEEGGTDFTKPVMISQWPIVELSQEEVVDVVTDVDTTPEDVAACNDDLKEVNEALSFIVERPALKPSVFAYEFYDFDGLKVLKQDSNNCWVASVCVHLQLLDCLEDPALDLFRVGRVAPLVQKCYEVVKLLKGSMGDVTECLEHLLKGVKSCTITCDSCCECGNGETVITGCVFRFMPTSDFIEHPCESCGFVKYCTIKSIKGTAVFCQNPGPVNGAIVKPICSAMFVGSTSSGHYRTNLYLANKAVDGFGFHKIDNKSLHTYCVKDVDWSKPLESVRKAEPKKVEPKVEIKPAEPEVKPKKAEPKKVEPKVEIKPVELVVKPTKAESKVAPFCTHRGVEFYQGDFKNLVGLEHDFVVNAANSELKHGGGVAAAINVFTKGLLQDLSNKHIAIHGPVKVGDGVMIVCGDINVFNVVGPRKGKFASELLVKAYKSVLSNQGTPLMPMISVGIFGIDMVTSMDAFFSVVGDRHCKCFCYTNEEVTLVTSHVKSLEPVAEDATEFLDLVIEACSIAEPYLVEGKTAFYRDDVSAMIKLNFDRYIFFVDETLSFCQLAKALDKLLQGAISAAAKSSGKVPAGNLVTLRSEVSGAPLVTFAVVPTVGSPNYDKNLLRVVNKLSKLKENLLMTVPAPDVFAKLLLSVNTSYWVCDETALVVTRQFVKKDVNVVITENGRDFTNISLDSSKTFEEQLGVCTVANTDVTTSVVTPVEDVVQVAPVVDWKQFYGFEGADVFQTLDHSAYAFENKLVEGKRVLKTSDNNCWVNATCLQLQYMGAQFTTQGLSNMWDSYIVGDVASFVHWLYWLVGLKKNDRGDSESVLLRLSTHLKQSGRFVVERVTDSECCNERRVVNGAVVSASVLKNGSSDGFCKHGDSYTARIAAVSGTGVVVNVDKPDVVSKSMLIDGISYTTFVGDVGQGHYAVVDKNAKLSIDGDEVKPAALSSVSVTAVVVKTTVFSRFVKPVKKDTVSGFEKLNDAANSFFSLGDVVSKNIIMFFVWLTSMFMLLFKAFKKQDFSVIALAPERTGVIFKRSLKYNCKAAAKYISAKWTTFKLLLKVFAGIYVAYALLFLLIRFGPLNSYMCDDHVAGYANSTFVKDDYCSGIVCKICLYGYQELKDLTHLGVQWEFVSHPLLSSLMPACYMLFLLCFGNTFMRLFMCYFVFQYINVVGTTLGLQDSIWALHLVPFDIFCDEIVVAYVVYVILAFLKHIFFGCEKPNCIACSKSCRMTRIAVQTIVNGSNKMVYVTASGGNKPFCKKHNFFCVNCDSYGTGNTFINEHVARELSNVVKTSVQPTGEAYIVIDKVEFQNGFYYIYSGETFWRYNFDITEAKYGCKEVLKSCNILSDFIVFNNNGSNVTQVHNLCVYLSQLLCKPIKLVDSALLSTLSVDFNGALHSAFVELLTNSFNKDFSDCATMTDCKNLLGFDVSDEDFYNTVSDAHRFNVLMTDTSFNNLITTYAKPEEKLATHDAAVCMRSGAKVVNHNVIVKENMPIVWSARDFHALSEDCRKYIVKTTKQKGINFMLSLNETRMHTTVPAVNFVCKKGGAVGARSWFFIIVGLILTLYFSVGFINFTDTASSFEGFDFKYIENGHLRDFDKPLDCVYNVFDNFAAWFESKFGFLPSHSVKCPIIVGVLDDVRTVPDVPAGVKLVGKTLVFGVKTIFGDSGNCYDLQGVANVASCLFTSACTILTGIGGTHTYCYKDGVMDGARTYSELLYNTHYKLQDGQYVKFPEVLVKGVGFRVVRTMATTYCRVGQCVDSKAGVCFGADRFLVYNSEAGVDFVCGTGLLSLFYNIFSMFSNSFSVAALSGQIVFNMIVAALAVFICFIVVKFKRMFGDMSRGVCVVVATVVINNVSYVVTQNSLGMIAYALVYFLATRGVTYSWIWYVGYVVAYFNIAPWWLVTWFLVVGLTGIVPSFLKLKVTSQLFDGDRFVGTFDNAAMGTFVLDMRSYEKLVNSISADKLKQYAANFNRYKYYNGGANEADYRLACFSHLAKAMMDFGANHADMLYTPPTISYNSTLQAGLRKMAQPSGIVEQCIVRVSYGNMVLNGVWLGDEVICPRHVIAESTTTLIDYDKAFSLIRLHNFSVSVGNIFLGVLSAKMRGALLYIKVNQSNVNTPNYSFKVLKPGDSFNILTCYEGVPSGVYGVTMRTNYTIRGSFINGACGSPGYNVNNGNVEFCYFHQLELGSGCHVGCDSNGQMYGGFEDQPTLQIEGANRLHTPNVLAFLYGALLNGCNWWLTSDRMNLEAFNDWATSNDFTPVTSIDTYTILSAKTGVDVQRLLAAITRLTKGFGGKKVLGYSSLNDEFTIAEVIRQMYGVSIQSSKKARLAGNLLVMGLFMFMFWSELLSYSLVFWINASVMTPIFMLLCGFSVFATGFLKHKLLFLYTFLIPTVTLLSFINLSWGYYLRVFLANFMDYHTSIMSFDMQGVVNVIVCFVVSSLHLYRFSTSTVGSFATLLMSLGATVYNYFYVTDYAALAMMFLLNMSNTWYLGAVVYKIATFVTPYVPVVVIATFGSTKTTLLVYVTLGYFCCVYYGVCYWVNKLLKFPLGVYDYKVSAAEFKYMVANGLNAPRNVLDTLYLSFRLMGVGGERTIKIASVQSKLTDLKCANVVLLGCLSSMNVSANTKEWAYCVDLHNKINLADDPEKAQEMLLALLAFFLSKQKDFGIDELLDSYFANNTLLQSVAATFVNMPSYIAYENARSQYEDALNNGSTQQVVKQLKRAMNIAKSEFDKEASVQRKINRMAEAAATQMYKEARAVNKKSKVISSLHAMLFSMLRRLDMSSIDNILTLARDGTVPLSIIPTACATKLTVVCSDLESFSKVVFDNCVQYAGVVWNIIDIRDGDGKVVHLREVTRDNVETLAWPLFIGCERMVKLQNNEIMPGKLKQKAVRAEGEGVVCDGKALYNTEGGKTFMYAFLADKPDLKYVKWEFDGGCNVIELEPPCKFAIDTTNGTQIRYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTEIAANSGLLTLCAFSPDPAKMYLDAVKSGIKPVGNCVKMLSNGAGNGQAITVGVEANTNQDSFGGASVCLYCRAHVEHPAMDGRCQFKGRYVQIPVGTVDPIRFCLENKPCTVCGCWMNNGCTCDRTSLQTVDQAYLNRARGSSGARLEPCNGSDTDHVVRAFDIYNKDVACIGKFLKVNCVRLRNLDSNDAFFVVKRCTKSVMDHEQAIYDTLKYCNALASHDFYVWKDGRSIYGNISRQNLTKYTMMDLAFALRNFDERNCETLKEILVLTGACDSSYFDNKNWYDPVENEDIHRVYASLGRIVANALLKCVQVCDAMVEKGIVGVLTLDNQDLNGDFYDFGDFSFTIAGMGVPCCTSYYSYLMPVMGMTNCLASECFVKSDIFGSDFKTFELLHYDFTEHKEKLFNKYFKHWGQTYHPNCVDCHDDMCIVHCANFNTLFATTIPITAFGPLCRKVFIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSTRLSINELLQFVADPALLVASSPALVDQRTCCFSVAALGTGMTSQTVKPGHFNREFYDFLRGQGFFEEGSDLTLKHFFFAQKGDAAIKDFDFYRYNRPTMLDICQAKVTYNIVKRYFDIYDGGCITAREVVVVNLNKSAGYPFNKLGKAGLYYESLSYEEQDQLYAVTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLRTLIDGVDNACLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHVNCCTSSDRFYRLSNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLSIDSNTCNNLNVKNMQRRLYDNCYRASNIDDEFVNDYYCYLQKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADINAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDVNKGPHEFCSQHTMQVVDSNGKYFLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDPVILLERYVSLAIDAYPLSKHENVEYRKVFYALLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDQSAKFWDETFYASMYEKSTALQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVVCTPHKFILSITPYVCNAAGCTVNDVTRLYLGGLSYYCVDHKPQLSFPLCSAGNVFGLYKSSATGSPDVDTFNILATCDWSDVAHYKLANTCKDSLRLFAAETVKAKXECVKSSYACATLREVLGPKELLLSWEPGKARPPLNRNSVFTCFQISKDSKFQVGEFTFEKLDYDSEAVSYKASTTNKLSPGMIFVLTSHNVMPLRAPTMANQERYSTIYKLRPAFNIGDAYANLVPYYQMIGKQRITTIQGPPGSGKSHCVVGLGLYFPGARILYAACSHAAVDSLCVKAITAFNVDSCTRIVPARARVECFNGFKANNNSAQYIFSTVNAVPEVNVDIVVLDEVSMCTNYDLSIVNQRVSYRHIVYVGDPQQLPAPRTMITKGILEPKDYNVVTQRMCAVGPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSELVYENKFQPVHPDSKECFKLYCKGSVHVDNGSSVNKRQLDVVRMFLARNQKWAKAVFISPYNSQNYVASRVLGLQTQTVDSSQGSEYDYVIYTQTSDTAHACNVNRFNVAITRAKKGIFCIMCDKNLFDSLKFYELKLSDLQAGETCGLFKDCYRGNDSLPPSHAPTFVSLSDSYKTDKDLAVQIGHTGPIKYEHVISFMGFRFDVGVPGYHNLFCTRDFAMRNVRGWLGMDVEGAHVCGENIGTNVPLQIGFSNGVDFVVQPEGCVITAEGNKITAVKARAPPGEQFTHLIPLMRKGQPWPVVRKRIVQMCCDYLAGLSDFIVFVLWAGGLELTTMRYFVRIGPVMRCHCGKEATCYNSVAHAYYCFKHALGCDYLYNPFVIDIQQWGYTGSLSFNHHQYCNVHHNEHVASGDAIMTRCLAVYDCFVKNVDWSIVYPFISNEHAINKSGRVVQSHVVKAALKLYNPTAIHDIGNPKGIRCASTPISWYCYDKQPLNDNVKLMEYDYIVHGQLNGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRCRSVLNLEGVNGGSLYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLQPAPFFFYDDSACDIVQGETNYVPLRSSSCITRCNVGGAVCSKHSNMYHAYVNAYNTFTQAGFTVWVPKSFDLFNLWQTLLDSNLQGLENIAFNVVKKGSFVGAEGELPVAIVGDRVLVREGIADDVVFSNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPLTILRNLGVVCTYKFTLWDYEAERPLTSFTKSVCSYTDFEEDVLTCFDESVPGSLERFTLAKNAVLFSTRAIKKLKGFKINYGFLNGVPVCSHENKPVCWYFYVRNDSVNLDYVDGYYTQGRTITTFQPRSQMEEDFLSMDESFFISKYGLEDYAFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLGRMGVLAVDDFVSSSDSTLKSCTVTYANDPSSKMVCTYVDVLLDDFVSILKSLDLSVVSKVHEVVLDCKVWRWMLWCKDNKVQTFYPQLQSAEWKCGYSMPALYKIQRMCLEPCNLYNYGDGLRLPDGIMFNTIKYTQLCQYLNSTTMCVPHNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPTDAVIVDNDINDYVSDADMSHVGDCSSLYLTDKFDLIISDMYDGRTKAVDGENVSKDGFFTYVNGVICEKLSLGGTIAIKITEYSWNKRLYELAQKFSYWTMFCTSVNTSSSEAFLIGVNYLGDFNDKPVVDGVTCHANYIFWRNSTMMAMSYNSVLDLTRFDCKHKATVVVTLKEQDINEVVLGLVKNGKLLVRNTGAIYSYSSQLK
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1152 Identity=59.83%
Cov(Q)=13.93% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6646
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
434.639079999994
Exp number, first 60 AAs:
1.72648
Total prob of N-in:
0.08422
outside
1 - 1835
TMhelix
1836 - 1855
inside
1856 - 1897
TMhelix
1898 - 1920
outside
1921 - 1971
TMhelix
1972 - 1994
inside
1995 - 2000
TMhelix
2001 - 2023
outside
2024 - 2037
TMhelix
2038 - 2057
inside
2058 - 2395
TMhelix
2396 - 2418
outside
2419 - 2517
TMhelix
2518 - 2540
inside
2541 - 2614
TMhelix
2615 - 2637
outside
2638 - 2651
TMhelix
2652 - 2674
inside
2675 - 2708
TMhelix
2709 - 2731
outside
2732 - 2740
TMhelix
2741 - 2763
inside
2764 - 3174
TMhelix
3175 - 3194
outside
3195 - 3197
TMhelix
3198 - 3220
inside
3221 - 3231
TMhelix
3232 - 3254
outside
3255 - 3268
TMhelix
3269 - 3291
inside
3292 - 3297
TMhelix
3298 - 3317
outside
3318 - 3336
TMhelix
3337 - 3359
inside
3360 - 3365
TMhelix
3366 - 3388
outside
3389 - 6646
