Strain
Porcine_MK140814
(Region: China; Strain: Porcine epidemic diarrhea virus isolate CH/TP-4-4/2018, complete genome.; Date: 2018)
Gene
polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAGCAACCATGTTACATTGGCTTTTGCCAATGATGCAGAAATTTCAGCTTTTGGCTTTTGCACTGCTAGTGAAGCCGTCTCATACTATTCTGAGGCCGCCGCTAGTGGATTTATGCAATGCCGTTTCGTGTCCTTCGATCTCGCTGACACTGTTGAGGGATTGCTTCCCGAAGACTATGTCATGGTGGTGGTCGGCACTACCAAGCTTAGTGCGTATGTGGACACTTTTGGTAGCCGCCCCAAAAACATTTGTGGTTGGCTGTTATTTTCTAACTGTAATTACTTCCTCGAAGAGTTAGAGCTTACTTTTGGTCGTCGTGGTGGTAACATCGTGCCAGTTGACCAATACATGTGTGGCGCTGACGGTAAACCTGTTCTTCAGGAATCCGAATGGGAGTATACAGATTTCTTTGCTGACTCCGAAGACGGTCAACTCAACATTGCTGGTATCACTTATGTGAAGGCCTGGATTGTAGAGCGATCGGATGTCTCTTATGCGAGTCAGAATTTAACATCTATTAAGTCTATTACTTACTGTTCAACCTATGAGCATACTTTTCCTGATGGTACTGCCATGAAGGTTGCACGTACTCCAAAGATTAAGAAGACTGTTGTCTTGTCTGAGCCACTTGCTACTATCTACAGGGAAATTGGTTCTCCTTTTGTGGATAATGGGAGCGATGCTCGTTCTATCATTAAGAGACCAGTGTTCCTCCACGCTTTTGTTAAGTGTAAGTGTGGTAGTTATCATTGGACTGTTGGTGATTGGACTTCCTATGTCTCCACTTGCTGTGGCTTTAAGTGTAAGCCAGTCCTTGTGGCTTCATGCTCTGCTACGCCTGGTTCTGTTGTGGTTACGCGCGCTGGTGCTGGCACTGGTGTTATTAGTATTACAACAACATGGTTCCTGCGCCATGTGGCAGACATTGATGGGTTGGCATTCTGGCGAATTTTCAAGGTGCAGTCCAAAGACGACCTCGCTTGCTCTGGTAAATTCCTTGAACACCATGAGGAAGGTTTCACAGATCCTTGCTACTTTTTGAATGACTCGAGCATTGCTACTAAGCTCAAGTTTGACATCCTTAGTGGCAAGTTTTCTGATGAAGTCAAACAAGCTATCTTTGCTGGTCATGTTGTTGTTGGCAGCGCGCTCGTTGACATTGTTGACGATGCACTGGGACAGCCTTGGTTTATACGTAAGCTTGGTGACCTTGCAAGTGCAGCTTGGGAGCAGCTTAAGGCTGTCGTTAGAGGCCTTAACCTCCTGTCTGATGAGGTCGTGCTCTTTGGCAAAAGACTTAGCTGTGCCACTCTTAGTATCGTTAACGGTGTTTTTGAGTTCATCGCCGAAGTGCCTGAGAAGTTGGCTGCGGCTGTTACAGTTTTTGTCAACTTCTTGAATGAGCTTTTTGAGTCTGCCTGTGACTGCTTAAAGGTCGGAGGTAAAACCTTTAACAAGGTTGGCTCTTATGTTCTTTTTGACAACGCATTGGTTAAGCTTGTCAAGGCAAAAGTTCGCGGCTCACGACAGGCAGGTGTTTGTGAAGTTCGTTACACAAGCCTTGTTATTGGGAGTACTACCAAGGTGGTTTCCAAGCGCGTTGAAAATGCCAATGTGAATCTCGTCGTCGTTGACGAGGATGTGACCCTCAACACCACTGGTCGTACAGTAGTTGTTGACGGACTTGCATTCTTCGAGAGTGACGGGTTTTACAGACATCTTGCTGATGCTGACGTTGTCATTGAACATCCTGTCTATAAGTCTGCTTGTGAGCTCAAGCCAGTTTTTGAGTGTGACCCAATACCTGATTTTCCTATGCCTGTGGCCGCTAGTGTTGCAGAGCTTTGTGTGCAAACTGATCTGTTGCTTAAAAATTACAACACTCCTTATAAAACTTACAGCTGCGTTGTGAGAGGTGATAAGTGTTGCATCACTTGCACCTTACATATCACAGCACCAAGTTATATGGAGGATGCTGCTAATTTTGTAGACCTCTGTACCAAGAACATTGGTACTGCTGGTTTTCATGAGTTTTACATTACGGCCCATGAACAACAGGATCTGCAAGGGTTCGTAACCACTTGTTGCACGATGTCAGGTTTTGAGTGTTTTATGCCTATAATCCCACAGTGTCCAGCAGTGCTTGAAGAGATTGATGGTGGTAGCATCTGGCGGTCTTTTATCACTGGTCTTAATACAATGTGGGATTTTTGCAAGCATTTTAAAGTCAGCTTTGGACTAGATGGGATTGTTGTCACTGTAGCACGCAAATTTAAACGACTTGGTGCTCGCTTGGCAGAAATGTACAACACTTACCTTTCAACTGTGGTGGAAAACTTGGTACTGGCCGGTGTTAGCTTCAAGTATTATGCCACCAGTGTCCCAAAAATTGTTTTGGGCTGTTGTTTTCACAGTGTTAAAAGTGTTCTTGCAAGTGCCTTCCAGATTCCTGTCCAGGCAGGCGTTGAGAAGTTTAAAGTCTTCCTTAACTGTGTTCACCCTGTTGTACCACGCGTCATTGAAACTTCTTTTGTGGAATTAGAAGAGACGACATTTAAACCACCAGCACTCAATGGTAGTATTGCTATTGTTGATGGCTTTGCTTTCTATTATGATGGAACACTATACTATCCCACCGATGGTAATAGCGTTGTTCCTATCTGCTTTAAGAAGAAAGGTGGTGGTGATGTCAAATTCTCTGATGAAGTCTCTGTTAAAACCATTGACCCAGTTTATAAGGTCTCCCTTGAATTTGAGTTCGAGTCTGAGACTATTATGGCTGTGCTTAATAAGGCTGTTGGTAATCGTATCAAGGTTACAGGTGGTTGGGACGATGTTGTTGAGTATATCAACGTTGCCATTGAGGTTCTTAAAGATCACATCGATGTGCCTAAGTACTACATCTATGATGAGGAAGGTGGCACCGATCCTAATCTGCCCGTAATGGTTTCTCAGTGGCCGTTGAATGATGACACGCTTTTACAGGATCTGCTTGATGTTGAAGTTGTTACTGATGCGCCAGTTGATTTCGAAGGTGATGAAGTAGACTCCTCTGACCCTGATAAGGTGGCAGATGTGGCTAACTCTGAGCCTGAGGATGATGGTCTTAATGTGGCTCCTGAAACAAATGTAGAGTCTGAAGTTGAGGAAGTTGCCGCAACCTTGTCCTTTATTAAAGACACACCTTCCACAGTTACTAAGGATCCCTTTGCTTTTGACTTTGCAAGCTATGGAGGACTTAAGGTTTTAAGACAATCTCATAACAATTGCTGGGTTACTTCTACCTTGGTGCAGCTACAATTGCTTGGCATCCTTGATGACCCTGCAATGGAGCTTTTTAGTGCTGGTAGAGTTGGTCCAATGGTTCGCAAATGCTATGAGTCACAAAAGGCTATCTTGGGATCTTTGGGTGATGTGTCGGCTTGCCTAGAGTCTCTGACTAAGGACCTACACACACTTAAGATTACCTGTTCTGTAGTCTGTGGTTGTGGTACTGGTGAACGTATTTATGAGGGTTGTGCTTTTCGTATGACGCCAACTTTGGAACCGTTCCCATATGGTGCTTGTGCTCAGTGTGCTCAAGTTTTGATGCACACTTTTAAAAGTATTGTTGGCACCGGCATCTTTTGTCGAGATACTACTGCTCTCTCCTTGGATTCTTTGGTTGTAAAACCTCTTTGTGCGGCTGCTTTTATAGGCAAGGATAGTGGTCATTATGTCACTAACTTTTATGATGCTGCTATGGCTATTGATGGTTATGGTCGTCATCAGATAAAGTATGACACACTGAACACTATTTGTGTTAAAGACGCTAATTGGACAGCACCTTTTGTCCCAGACGTTGAGCCTGTATTGGAGCCTGTTGTCAAACCTTTCTATTCTTATAAGAATGTTGATTTTTACCAAGGAGATTTTGGTGACCTTGTTAAACTTCCATGTGATTTTGTTGTTAATGCTGCAAATGAGAATTTGTCTCACGGTGGCGGCATAGCAAAGGCCATTGATGTTTATACCAAGGGCATGTTGCAGAAGTGCTCGAATGATTACATTAAAGCACACGGTCCTATTAAAGTTGGACGTGGTGTCATGTTGGAGGCATTAGGTCTTAAGGTCTTTAATGTTGTTGGTCCACGTAAGGGTAAGCATGCACCTGAGCTTCTTGTTAAGGCTTATAAGTCCGTTTTTGCTAATTCAGGTGTTGCTCTTACACCTTTGATTAGTGTTGGAATTTTTAGTGTTCCTTTGGAAGAATCTTTATCTGCTTTTCTTGCATGTGTTGGTGATCGCCACTGTAAGTGCTTTTGTTATAGTGACAAAGAGCGCGAGGCGATCATTAATTACATGGATGGCTTGGTAGATGCTATTTTCAAAGATGCGCTTGTTGATACTACTCCTGTCCAGGAAGATGTTCAACAAGTTTCACAAAAACCAGTTTTGCCTAATTTTGAACCTTTCAGGATTGAAGGTGCTCATGCTTTCTATGAGTGCAACCCTGAAGGTTTGATGTCATTAGGTGCTGACAAGCTGGTGTTGTTTACAAATTCCAATTTGGATTTTTGTAGCGTTGGTAAGTGTCTTAACAATGTGACCGGCGGTGCATTGCTTGAAGCCATAAATGTATTTAAAAAGAGTAATAAAACAGTGCCTGCTGGCAACTGTGTTACTTTTGAGTGTGCAGACATGATTTCTATTACTATGGTAGTATTGCCATCTGATGGTGATGCTAATTATGACAAAAATTATGCACGCGCCGTCGTCAAGGTATCTAAGCTTAAAGGCAAGTTATTGCTTGCTGTTGGTGATGCCACGTTGTATTCCAAGTTGTCCCACCTCAGCGTGGTGGGTTTCATATCCACACCTGGTGATGTGGAGCGTTTCTACGCAAATAAGAGTGTGGTTATTAAAGTTACTGAGGATACACGTAGTGTTAAGGCTGTTAAAGTAGAATCCACTGTTACTTATGGACAACAAATTGGACCTTGTCTTGTTAATGA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TAAATCCTGGCTATGTCACACCTATGTTTGCGTGTTTGTCATTGCTGTCCTCACTTTTGATGTTCACACTCAAGCATAAGACATTGTTTTTCCAGGTCTTTCTAATACCTGCTCTGATTGTTACATCTTGCATTAATTTGGCATTTGATGTTGAAGTCTACAACTATTTGGCAGAGCATTTTGATTACCATGTTTCTCTCATGGGTTTTAATGCACAAGGTCTTGTTAACATCTTTGTCTGCTTTGTTGTTACCATTTTACACGGCACATACACATGGCGCTTTTTTAACACACCTGTGAGTTCTGTCACTTATGTGGTAGCTTTGCTGACTGCGGCATATAACTATTTTTACGCTAGTGACATTCTTAGTTGTGCTATGACACTATTTGCTAGTGTGACTGGCAACTGGTTCGTTGGTGCCGTTTGTTATAAAGCTGCTGTTTATATGGCCTTGAGATTTCCTACTTTTGTGGCTATTTTTGGTGATATTAAGAGTGTTATGTTCTGTTACCTTGTGTTGGGTTATTTTACCTGTTGCTTCTACGGTATTCTCTACTGGTTCAACAGGTTCTTTAAGGTTAGTGTAGGTGTCTATGACTATACTGTTAGTGCTGCTGAGTTTAAGTATATGGTTGCTAACGGCCTACGTGCACCAACTGGAACACTTGATTCACTACTTCTGTCTGCCAAATTGATTGGTATTGGTGGTGAGCGGAATATTAAGATTTCTTCCGTTCAGTCTAAACTGACTGATATTAAGTGTAGTAACGTTGTGCTTTTAGGCTGTCTCTCTAGCATGAATGTCTCAGCAAATTCAACAGAATGGGCCTATTGTGTTGACTTGCATAACAAGATCAACCTGTGTAATGACCCAGAAAAAGCGCAGGAAATGCTACTTGCTTTGTTGGCATTTTTCCTTAGTAAGAATAGTGCTTTTGGTTTAGATGACTTATTGGAATCCTATTTTAATGACAATAGTATGTTGCAGAGTGTTGCATCTACTTATGTCGGTTTGCCTTCTTATGTCATTTATGAAAATGCACGCCAACAGTATGAAGATGCTGTTAATAATGGTTCTCCACCTCAGTTGGTTAAGCAATTGCGCCATGCTATGAATGTGGCAAAGAGTGAATTTGACCGTGAGGCTTCTACTCAGCGTAAGCTTGATAGAATGGCGGAGCAGGCTGCAGCACAGATGTACAAAGAGGCAAGAGCGGTTAATAGGAAGTCCAAAGTTGTAAGTGCTATGCATTCACTGCTTTTTGGTATGTTGAGACGTTTGGATATGTCTTCTGTAGACACTATTCTCAACTTGGCAAAGGATGGGGTTGTACCTCTGTCTGTCATACCGGCAGTCAGTGCTACTAAGCTTAACATTGTTACTTCTGATATCGATTCTTATAATCGTATCCAGCGTGAGGGATGTGTCCACTACGCTGGTACCATTTGGAATATAATTGATATCAAGGACAATGATGGCAAGGTGGTACACGTTAAGGAGGTAACCGCACAGAATGCTGAGTCCCTGTCATGGCCCCTGGTCCTTGGGTGTGAGCGTATTGTCAAGCTCCAGAATAATGAAATTATTCCTGGTAAGCTGAAGCAGCGCTCCATTAAGGCAGAAGGAGATGGCATAGTTGGAGAAGGTAAGGCACTTTACAATAATGAGGGTGGACGTACTTTTATGTATGCTTTCATCTCGGACAAACCGGACCTGCGTGTAGTTAAGTGGGAGTTCGATGGTGGTTGTAACACTATTGAGCTAGAACCACCACGTAAGTTCTTGGTAGATTCTCCTAATGGTGCACAGATCAAGTATCTCTACTTTGTTCGTAACCTTAACACGTTACGTAGGGGTGCTGTTCTCGGCTACATAGGTGCCACTGTACGCTTGCAGGCTGGTAAACAAACAGAACAGGCTATTAACTCTTCATTGTTGACACTTTGCGCTTTCGCTGTGGATCCTGCTAAGACCTACATCGATGCTGTCAAAAGTGGTCACAAACCAGTAGGTAACTGTGTTAAGATGTTGGCCAATGGTTCTGGTAATGGACAAGCTGTTACTAATGGTGTGGAGGCTAGTACTAACCAGGATTCATACGGTGGTGCGTCCGTGTGTCTATATTGTAGAGCACATGTTGAGCATCCATCTATGGATGGTTTTTGCAGACTGAAAGGCAAGTACGTACAGGTTCCACTAGGTACAGTGGATCCTATACGTTTTGTACTTGAGAATGACGTTTGCAAGGTTTGTGGTTGTTGGCTGTCTAATGGCTGCACTTGTGACAGATCCATTATGCAAAGCACTGATATGGCTTATTTAAACGAGTACGGGGCTCTAGTGCAGCTCGACTAG
Protein
MASNHVTLAFANDAEISAFGFCTASEAVSYYSEAAASGFMQCRFVSFDLADTVEGLLPEDYVMVVVGTTKLSAYVDTFGSRPKNICGWLLFSNCNYFLEELELTFGRRGGNIVPVDQYMCGADGKPVLQESEWEYTDFFADSEDGQLNIAGITYVKAWIVERSDVSYASQNLTSIKSITYCSTYEHTFPDGTAMKVARTPKIKKTVVLSEPLATIYREIGSPFVDNGSDARSIIKRPVFLHAFVKCKCGSYHWTVGDWTSYVSTCCGFKCKPVLVASCSATPGSVVVTRAGAGTGVISITTTWFLRHVADIDGLAFWRIFKVQSKDDLACSGKFLEHHEEGFTDPCYFLNDSSIATKLKFDILSGKFSDEVKQAIFAGHVVVGSALVDIVDDALGQPWFIRKLGDLASAAWEQLKAVVRGLNLLSDEVVLFGKRLSCATLSIVNGVFEFIAEVPEKLAAAVTVFVNFLNELFESACDCLKVGGKTFNKVGSYVLFDNALVKLVKAKVRGSRQAGVCEVRYTSLVIGSTTKVVSKRVENANVNLVVVDEDVTLNTTGRTVVVDGLAFFESDGFYRHLADADVVIEHPVYKSACELKPVFECDPIPDFPMPVAASVAELCVQTDLLLKNYNTPYKTYSCVVRGDKCCITCTLHITAPSYMEDAANFVDLCTKNIGTAGFHEFYITAHEQQDLQGFVTTCCTMSGFECFMPIIPQCPAVLEEIDGGSIWRSFITGLNTMWDFCKHFKVSFGLDGIVVTVARKFKRLGARLAEMYNTYLSTVVENLVLAGVSFKYYATSVPKIVLGCCFHSVKSVLASAFQIPVQAGVEKFKVFLNCVHPVVPRVIETSFVELEETTFKPPALNGSIAIVDGFAFYYDGTLYYPTDGNSVVPICFKKKGGGDVKFSDEVSVKTIDPVYKVSLEFEFESETIMAVLNKAVGNRIKVTGGWDDVVEYINVAIEVLKDHIDVPKYYIYDEEGGTDPNLPVMVSQWPLNDDTLLQDLLDVEVVTDAPVDFEGDEVDSSDPDKVADVANSEPEDDGLNVAPETNVESEVEEVAATLSFIKDTPSTVTKDPFAFDFASYGGLKVLRQSHNNCWVTSTLVQLQLLGILDDPAMELFSAGRVGPMVRKCYESQKAILGSLGDVSACLESLTKDLHTLKITCSVVCGCGTGERIYEGCAFRMTPTLEPFPYGACAQCAQVLMHTFKSIVGTGIFCRDTTALSLDSLVVKPLCAAAFIGKDSGHYVTNFYDAAMAIDGYGRHQIKYDTLNTICVKDANWTAPFVPDVEPVLEPVVKPFYSYKNVDFYQGDFGDLVKLPCDFVVNAANENLSHGGGIAKAIDVYTKGMLQKCSNDYIKAHGPIKVGRGVMLEALGLKVFNVVGPRKGKHAPELLVKAYKSVFANSGVALTPLISVGIFSVPLEESLSAFLACVGDRHCKCFCYSDKEREAIINYMDGLVDAIFKDALVDTTPVQEDVQQVSQKPVLPNFEPFRIEGAHAFYECNPEGLMSLGADKLVLFTNSNLDFCSVGKCLNNVTGGALLEAINVFKKSNKTVPAGNCVTFECADMISITMVVLPSDGDANYDKNYARAVVKVSKLKGKLLLAVGDATLYSKLSHLSVVGFISTPGDVERFYANKSVVIKVTEDTRSVKAVKVESTVTYGQQIGPCLVNDTVVTDNKPVVADVVAKVVPSANWDSHYGFDKAGEFHMLDHTGFAFPSEVVNGRRVLKTTDNNCWVNVTCLQLQFARFRFKSAGLQAMWESYCTGDVAMFVHWLYWLTGVDKGQPSDSENALNMLSKYIVSAGSVTIERVTHDGCCCSKRVVTAPVVNASILKLGVEDGLCPHGLNYIDKVVVVKGTTIVVNVGKPVVAPSHLFLKGVSYTTFLDNGNGVVGHYTVFDHDTGMVHDGDVFVPGDLNVSPVTNVVVSEQTAVVIKDPVKKVELDATKLLDTMNYASERFFSFGDFMSRNLITVFLYILSILGLCFRAFRKRDVKVLAGVPQRTGIILRKSVRYNAKALGVFFKLKLYWFKVLGKFSLGIYALYALLFMTIRFTPIGGPVCDDVVAGYANSSFDKNEYCNSVICKVCLYGYQELSDFSHTQVVWQHLRDPLIGNVMPFFYLAFLAIFGGVYVKAITLYFIFQYLNILGVFLGLQQSIWFLQLVPFDVFGDEIVVFFIVTRVLMFLKHVFLGCDKASCVACSKSARLKRVPVQTIFQGTSKSFYVHANGGSKFCKKHNFFCLNCDSYGPGCTFINDVIATEVGNVVKLNVQPTGPATILIDKVEFSNGFYYLYSGDTFWKYNFDITDSKYTCKESLKNCSIITDFIVFNNNGSNVNQVKNACVYFSQMLCKPVKLVDSALLASLSVDFGASLHSAFVSVLSNSFGKDLSSCNDMQDCKSTLGFDDVPLDTFNAAVAEAHRYDVLLTDMSFNNFTTSYAKPEEKLPVHDIATCMRVGAKIVNHNVLVKDSIPVVWLVRDFIALSEETRKYIIRTTKVKGITFMLTFNDCRMHTTIPTVCIANKKGAGLPSFSKVKKFFWFLCLFIVAVFFALSFLDFSTQVSSDSDYDFKYIESGQLKTFDNPLSCVHNVFSNFDQWHDAKFGFTPVNNPSCPIVVGVSDEARTVPGIPAGVYLAGKTLVFAINTIFGTSGLCFDASGVADKGACIFNSACTTLSGLGGTAVYCYKNGLVEGAKLYSELAPHSYYKMVDGNAVSLPEVISRGFGIRTIRTKAMTYCRVGQCVQSAEGVCFGADRFFVYNAESGSDFVCGTGLFTLLMNVISVFSKTVPVTVLSGQILFNCIIAFAAVAVCFLFTKFKRMFGDMSVGVFTVGACTLLNNVSYIVTQNTLGMLGYATLYFLCTKGVRYMWIWHLGFLISYILIAPWWVLMVYAFSAIFEFMPNLFKLKVSTQLFEGDKFVGSFENAAAGTFVLDMHAYERLANSISTEKLRQYASTYNKYKYYSGSASEADYRLACFAHLAKAMMDYASNHNDTLYTPPTVSYNSTLQAGLRKMAQPSGVVEKCIVRVCYGNMALNGLWLGDTVICPRHVIASSTTSTIDYEYALSVLRLHNFSISSGNVFLGVVGVTMRGALLQIKVNQNNVHTPKYTYRTVRPGESFNILACYDGSAAGVYGVNMRSNYTIRGSFINGACGSPGYNINNGTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDLDGVMYGGYEDQPTLQVEGASSLFTENVLAFLYAALINGSTWWLSSSRIAVDRFNEWAVHNGMTTVVNTDCFSILAAKTGVDVQRLLASIQSLHKNFGGKQILGYTSLTDEFTTGEVIRQMYGVNLQSGYVSRACRNVLLVGSFLTFFWSELVSYTKFFWVNPGYVTPMFACLSLLSSLLMFTLKHKTLFFQVFLIPALIVTSCINLAFDVEVYNYLAEHFDYHVSLMGFNAQGLVNIFVCFVVTILHGTYTWRFFNTPVSSVTYVVALLTAAYNYFYASDILSCAMTLFASVTGNWFVGAVCYKAAVYMALRFPTFVAIFGDIKSVMFCYLVLGYFTCCFYGILYWFNRFFKVSVGVYDYTVSAAEFKYMVANGLRAPTGTLDSLLLSAKLIGIGGERNIKISSVQSKLTDIKCSNVVLLGCLSSMNVSANSTEWAYCVDLHNKINLCNDPEKAQEMLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLESYFNDNSMLQSVASTYVGLPSYVIYENARQQYEDAVNNGSPPQLVKQLRHAMNVAKSEFDREASTQRKLDRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVVSAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPAVSATKLNIVTSDIDSYNRIQREGCVHYAGTIWNIIDIKDNDGKVVHVKEVTAQNAESLSWPLVLGCERIVKLQNNEIIPGKLKQRSIKAEGDGIVGEGKALYNNEGGRTFMYAFISDKPDLRVVKWEFDGGCNTIELEPPRKFLVDSPNGAQIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEQAINSSLLTLCAFAVDPAKTYIDAVKSGHKPVGNCVKMLANGSGNGQAVTNGVEASTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGFCRLKGKYVQVPLGTVDPIRFVLENDVCKVCGCWLSNGCTCDRSIMQSTDMAYLNEYGALVQLD
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027352
CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR009466 NSP11
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
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IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
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IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=0.0 Score= 623 Identity=99.67%
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3D Structure
Ontologies
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4118
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
417.841789999998
Exp number, first 60 AAs:
0.01385
Total prob of N-in:
0.00128
outside
1 - 1963
TMhelix
1964 - 1983
inside
1984 - 2020
TMhelix
2021 - 2043
outside
2044 - 2103
TMhelix
2104 - 2126
inside
2127 - 2130
TMhelix
2131 - 2153
outside
2154 - 2165
TMhelix
2166 - 2185
inside
2186 - 2528
TMhelix
2529 - 2551
outside
2552 - 2623
TMhelix
2624 - 2646
inside
2647 - 2657
TMhelix
2658 - 2677
outside
2678 - 2753
TMhelix
2754 - 2776
inside
2777 - 2782
TMhelix
2783 - 2805
outside
2806 - 2830
TMhelix
2831 - 2853
inside
2854 - 2865
TMhelix
2866 - 2888
outside
2889 - 3332
TMhelix
3333 - 3355
inside
3356 - 3361
TMhelix
3362 - 3384
outside
3385 - 3398
TMhelix
3399 - 3421
inside
3422 - 3427
TMhelix
3428 - 3450
outside
3451 - 3459
TMhelix
3460 - 3482
inside
3483 - 3501
TMhelix
3502 - 3521
outside
3522 - 4118
