Strain
Bat_MK211373
(Region: China; Strain: Coronavirus BtRs-AlphaCoV/YN2018, complete genome.; Date: 17-May)
Gene
ORF1ab
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGATTCAGAGATTTCAGCTTCTGGCTGTTGCACCTTCGAAAGCCGTCTTACAATATAGTGAGGCCGCTGTCGATGGTTTTGTCAACTGCCGATTTGTCGCTGCGGGTCTTCAAGACATCGTTATAGGTGTTAGTGATTCTGATTTTGTCATGTGTGTTACTGGCATTCATCAGCTCACAGCCCGTATAGGCAAATTCGGTGACCGACCCACTAATCTTAGGGGTTGGTTGCTGTTCTCTAACTCAAATTATTTTCTGGATGAGTTAGATATTGTCTTTGGTGGACGTGGTGGTAACACTGTCCATGTAGACAATTACATGTGTGATGCCAATGGTAAACCTGTTTTGCCAGAAAACGTATGGGAGTGCAAAGATTACTTTGGTGAACTCTCCGAGATTCTGGTTAATGGCACCACATATGTCAAGGCCTGGATCGTTGATCGTTCCCCGGGTCCTTTTGCAAGTCAATCCTTGCTTTCAATTAAAGCTATCACTTGGTGTGGCACTTTAGCGCATACTCTAGCTGATGGTGCTACTTTGAGTGTTGCAGCCCCTGCTCGTAAGAGTAAGACTGTAGTCCTCGATAAGTATTACAGCAAGTTGTATGATGCTGTTGGAGTGCCATTCGTTCGCAATGGTAAAACATTGAAGGACGTCATAACAAATCCTGTTTTCTGTCATGCTCTTATTAAGTGTCATTGTGGTATTACTAGCTGGACTGTTGGTGATTGGAGTAGTTATAAGTCCACCTGTTGTGGTGTGGCTTGTAAGCCAATTTGCATAGCCAGTGGTGTTGTTAAGCCAGGTAGTGTCCTTGTTACTAGTAATAAGGTCTCTACTGATGGTGTTAAGTATTACAATGGCATGGTACTGAAGTTTATTGACACCCTGGATGGTTTACATCTGTGGCGTGTTGTTAAACTTCAAAGTGTCAAAGGCTTTGTGGCCTCGGCTAACTTTGACAGAGATGAGTATGTTTATCTTTCCAATCATGCATGTAGTCCTGCTAATGACGAAGAAGTTGCTATCAGCTTTAGGTTCTCGCTCCTCAATGGTGTTTTTACTGCTGATGTAAGGACGGCTATTGCTGAGGGATTCATTATTGTTGGTAGTTGCATTTTCGACATACTTGATGAGGTTCTTGTTGAGCCATGGTTTGTCCGTAAGCTCAAAGATCTCATAGGCAGTGCATGGGAATCATTTGTGTCAGGCATTAGGTGTGTTGGTTACACTAGTGTACAGGCTATACAGCTTGCTACGTCTTTAGCTAGTGCAACTTTACAAGTTTCTAGAGATGGCATTACTCTCATGGCTACTGTACCTGATTGTTTCAAACGTTGTTTCGAAGCATTTAGGGACTTCGTGGTAGGAGTTTTTGACCTTACTGTGAGTACTATCAAGATTGCTGGTTGTAACTTTAAGTGCGTTGGTTCCTACGTGTTGTTGGACAATGCACTTGTGAAGTTAGTGGCTGGTAAGTTTAGAGGGCCTAAACAATCCGGTCTGAAGAAGGTTCAGTATGCTAGTACCATTCTCGGTAAGACGACGAGAGTTGTCTCAAAGAGGGTGGAGCTTTCTGAGGCTAATTTGACCGTTGTGGAGGAACCAGCTTCTCTTATTAAAGAGGGCGTTACCAAGGTTATAGGTGGACAGGCATTCTTTTGTAGTGGAGACTATTATAGACTCCTCAGTGATGCTGACATTGTACTGGATGAACCGGTCTATAGGGCCACGGCTTCTTATAGTCCCGTTTTTGAGTGTATACCACCTAAAGGTTTTACGCCACCAGTCTGTGACTCGTTACCAAGTCTTGTGACAAGTACTGTTAGTCAGTTGCTTCCATTTAACACACCATATCGTGTGTATAATGTTAGCGTTGCTAACGATCAGTGTGTTGTCACTGTGAGTCACAACTTTAGAGCACCTGCCTATATTAATGACACAGTTGCATTTACGGATGCTTGCTTAGTTTGTGTTAACAGAGATGGCTTTGATTCGTTCTATGTTAATGCACATGCTGCGAGTTCTCTTGTTGCATTTGACCCTGTTTTTCCTGAATTTTTCACGTTTAAGACTGTTGCAGATCTTTTTACTAGTGTTGTTGCTTGTCCAGAGCTTCTGGAGGAGATAGATGGTGGTGGGATCTGGAACACCTTTATTAAAACGGTGAATAATGCAGTTGAGTTTGCTAAGTCTTTGTCCTTTAGTTTTGATCTTAGTGGTATTGTCATTAGGACAACTAAGAGATTTAGGCGGTTTGCTGCAGCATTAACAAGTTTATATAGGGAATTTATTGCCACTGTTACTAGAGTCGTTAGTGTTGGCAGTGTTGCATTTACATATTATGCCTTCAGTGTACCAAAAGTCTTTGTTTCTGGTGTCCTACATAGTGTCAGGCGTGTTAAGGCCACTGACCTGTCCATGTCCGTAGAGGATGTGATAGCAGAATTTAGTGTCTTTGATGGGGCTATGATACCTGTTGAGCCATCTAGAGTTGAGTCTGCCACTGTTCAGTTTGAGGAGGTAGATTTTGTCCAGCCTGCTAGTGGTGGTATTCTTGCTATTGTGGATGATTTCTCCTTTTATAATACAGGAGACCTCTATTATCCATCTAATGAGAGTGCAGTTGTACCTGTCTGCTACAAGCGTTGTGGTGGCGGTGTCATTCAGTTTTCTGACACTGTGGATGTTAAGGAAATAGATCCTGTTTACAAGGTTAAGCTTGACTTCGAATTTGAGAGTGAAGAACTCGTCGCTGTTTGTAAGAAGGTCACCGGCCGTTATATTGAGTATAATGGTTCTGACTGGGAAGGTTTGCGTGAGCAGATTGACTCCGTTATGAATGCTGTTGGTGACTTTCTTGAAGTTCCTACTTATTACGTCTATGACGAAGAGGGCGGACAAGATATGAACAAGATTGTTATGGTTTCGCAGTGGGCTATAAGTTCTGATGCAACGAGTGTTGATGTAGTGACTGAGCCTATCGTAGAAGCTACACAAGATGAAGTTCAAGAAGTTGAAGAAGCTCTATCCTTTATTGTTGAATCTGTACAACCACCTGCAAAACCTGTTAATAGCCCCTTTGCTTTTGAATTTTATGACCTTAGTGGCATAAAAGTTTTAAGGCAAGCAGCAAATAATTGCTGGGCCACTGCTGCACTCGTTCAATTACAATTGTTGGATTGCTATGAGAGTGATGCTTTTAATCTTTTTAAGGTTGGAAGAGTTGCTCCCATGACTCAACAGTGCTATACTGCCACAGGTAATATTTGGGGTAGTATGGGTGACACATCACATTGTTTGGAGGCCTTGCTTAAAGACACTTACACGATGTTTGTGCGCTGTGAGGTTGAATGTAAGTGTGGTACTAGCTTTGAAGAGCTTAGTGGTTGTGTGTTTAGATTTATGCCTACTGACAATCCTTTCCCCTATGGTTGTTGTGGACAATGTCGTAAGACAAGGATGTTCACAATTGTATCGATGCAGGGGACTGGTGTATTTTGTCAAGAACCAAGTGAGTTTGATGTTAGTAAACTCCTTTGTGAGCCATTATGTGCCTCAGTCTTTAAGGGTAACCATTATAAAACCAACATTTACACTTATAATGTGTGTGTTGATGGTAATGGTAAAGGGCCTATCGAYTGGAACACAATTAACACAGTTTGCTTTAAGGATGTTAATTATAGCAAGGTTGTCGAACCCGTGCCTTTTACCACCTACCAGAATATCGCTTTCTACCAGGGCGACCTTAATGATGTTAAGTCCGTGTCACATGACTTTATTGTTAATGCGGCAAATGAGAATTTGAGTCATGGTGGTGGTATTGCACAAGCACTTAATAAGATGACTGATGGTAAGCTGCAAAAGCTGTCTGATAAATATATTGGTTTGAATGGCAAACTTAAAGTTGGTACTGGTGTTATGATTGACTGTGATGGCACACCAATATTTAATGTTGTTGGTCCTCGCAAGGGCAAGCATGCTACACCCTTACTTGAAAAAGCATACCAGTCTATTTTTTCTAATCCAGGTGTCCCATTGACACCTTTGATTAGTATTGGGATCTTCAAAGTGCCTTTGGAAGATTCGCTATCTGCTTTAGTAAAGACTGCAGCGGGTAGGGTCGTTAAGTGCTTTTGCTACCTTGATGCCGAGCGTGACAAAATAATGTCACACTTAGAGTCTCTAAAAAGTGTCGGTGTTGCTATTCCTGTAGAGGAAGTTGCACCACCTGTAGAGACCGCCATAATTGTACCCAGGCCATATCGTAGTGAGGGACGTTTTGACTTTTATGATGTGAAGGTTAGTGACATCCCTGCGCTGAAACCTGACAAGCTTGTCATATTTACAGATCCAGACTTCACTTTTAGTGAGTTTGCGTGTAATTTTGACAAGCATGTTGATGGAGGTTTAACGGCGTGTGTTGAAGCATACAAGGCAGAAAATAAGACTGTACCAGCCGGTAATATCATTACATTTAAGTGTGATGCATTTCTGGCTGTTAGCTTTGCAGTTTTACCCCGCATTGATGATGTCTCGTATGAGAAAAATCTCATGCGTACTATTACCAAGGTCGCCAAACTCAAGGGTGTTGTAATTTCTACCATTCCTGCACTAGATGTTTTGCGGAAATTATTGAAGTGCTGTGATTGTGCGTTTGTTGTGGACACTCAATCTAAGAGCGTTGTGACAGAGTGTTTTGACGTTCAGAGTGTTCTCGTCAAGGTCACGGAAAATGGTAGAGATGTTAAAGATGTGGTAGTTTCCAGTGACGAAGTTATTGATGCCCAAGTTGGTGCTTGTAGTCTTAATAATTTTGATCTTACTGGTGTGAAACCTGATTCCGCTATTATAGATGTTGTTAGTGCGGCACCAGATGCTGATTGGATAACATTTTATGGCTTCCCTAGAGCGGATGTTTGGCACACTTTAGATCATAGTGCATACGCCTATGACAGTAAGGAACTCGATGGCCTTCGTGTTTTAAAGTTTTCAGACAA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Protein
MIQRFQLLAVAPSKAVLQYSEAAVDGFVNCRFVAAGLQDIVIGVSDSDFVMCVTGIHQLTARIGKFGDRPTNLRGWLLFSNSNYFLDELDIVFGGRGGNTVHVDNYMCDANGKPVLPENVWECKDYFGELSEILVNGTTYVKAWIVDRSPGPFASQSLLSIKAITWCGTLAHTLADGATLSVAAPARKSKTVVLDKYYSKLYDAVGVPFVRNGKTLKDVITNPVFCHALIKCHCGITSWTVGDWSSYKSTCCGVACKPICIASGVVKPGSVLVTSNKVSTDGVKYYNGMVLKFIDTLDGLHLWRVVKLQSVKGFVASANFDRDEYVYLSNHACSPANDEEVAISFRFSLLNGVFTADVRTAIAEGFIIVGSCIFDILDEVLVEPWFVRKLKDLIGSAWESFVSGIRCVGYTSVQAIQLATSLASATLQVSRDGITLMATVPDCFKRCFEAFRDFVVGVFDLTVSTIKIAGCNFKCVGSYVLLDNALVKLVAGKFRGPKQSGLKKVQYASTILGKTTRVVSKRVELSEANLTVVEEPASLIKEGVTKVIGGQAFFCSGDYYRLLSDADIVLDEPVYRATASYSPVFECIPPKGFTPPVCDSLPSLVTSTVSQLLPFNTPYRVYNVSVANDQCVVTVSHNFRAPAYINDTVAFTDACLVCVNRDGFDSFYVNAHAASSLVAFDPVFPEFFTFKTVADLFTSVVACPELLEEIDGGGIWNTFIKTVNNAVEFAKSLSFSFDLSGIVIRTTKRFRRFAAALTSLYREFIATVTRVVSVGSVAFTYYAFSVPKVFVSGVLHSVRRVKATDLSMSVEDVIAEFSVFDGAMIPVEPSRVESATVQFEEVDFVQPASGGILAIVDDFSFYNTGDLYYPSNESAVVPVCYKRCGGGVIQFSDTVDVKEIDPVYKVKLDFEFESEELVAVCKKVTGRYIEYNGSDWEGLREQIDSVMNAVGDFLEVPTYYVYDEEGGQDMNKIVMVSQWAISSDATSVDVVTEPIVEATQDEVQEVEEALSFIVESVQPPAKPVNSPFAFEFYDLSGIKVLRQAANNCWATAALVQLQLLDCYESDAFNLFKVGRVAPMTQQCYTATGNIWGSMGDTSHCLEALLKDTYTMFVRCEVECKCGTSFEELSGCVFRFMPTDNPFPYGCCGQCRKTRMFTIVSMQGTGVFCQEPSEFDVSKLLCEPLCASVFKGNHYKTNIYTYNVCVDGNGKGPIDWNTINTVCFKDVNYSKVVEPVPFTTYQNIAFYQGDLNDVKSVSHDFIVNAANENLSHGGGIAQALNKMTDGKLQKLSDKYIGLNGKLKVGTGVMIDCDGTPIFNVVGPRKGKHATPLLEKAYQSIFSNPGVPLTPLISIGIFKVPLEDSLSALVKTAAGRVVKCFCYLDAERDKIMSHLESLKSVGVAIPVEEVAPPVETAIIVPRPYRSEGRFDFYDVKVSDIPALKPDKLVIFTDPDFTFSEFACNFDKHVDGGLTACVEAYKAENKTVPAGNIITFKCDAFLAVSFAVLPRIDDVSYEKNLMRTITKVAKLKGVVISTIPALDVLRKLLKCCDCAFVVDTQSKSVVTECFDVQSVLVKVTENGRDVKDVVVSSDEVIDAQVGACSLNNFDLTGVKPDSAIIDVVSAAPDADWITFYGFPRADVWHTLDHSAYAYDSKELDGLRVLKFSDNNCWVNATCIQLQKAKATFKSEGLQCMWDEFLVGKVSKFVHWLYWYQNSSKGEPGDVEYTLNTISRYMVNSGKVTVTRSTTSDCCNTKRVVNTPVYNASVLRSGYEDGVCPHGDTIRCRVVEVHGTVIITTSSRPEAYPANTLIKGESYTTYAGDIKDGHYTVFASCGKVYDGDTVSSGNDLSLQAVTSVVVTDTVINAPSQKEVKQSSVIEKLDNASEKFFSFGDVVSRNLAAIFVWLFSMFGLLFKAFKQKDVKVFAAAPERTGIILSRSIKYNFKASRQVLISKIKWVKLFGKFLLSLFALYSTWFMLVRFGPLNDNLCTDYVKGYADSNFNKGDYCNSVTCRTCLYGYQELSDFPHTSTVWEHVRDPLFKKVMPLFYMAFLLIFGGVVTRACMLYFVAQYVNSAGVMLGLQDNVWVLQFIPFDIFGDELVVMFIVIKCLLFFKHVLFGCEKPSCVACTKSARLTRVPMQTIVNGSSKSFYVVANGGKKFCTKHNFFCVNCDSYGPGNTFINDVVAAEVSNVVKTSVSPTAPATIEVSKVEFSNGFYYLYDASGNKFWRYNFDITESKFSCKEVLKSCNVLADFIVYNNTGSNVTQVRNACVYFSQLLCKPIKLVDSSLLATLNVDFNGALHSAFVEVLKESFGKDLSSCTTMADCKVALDIDADDEDFVNCVSNAHRFNVLLTDVSFNNFVTSYAKPEEKLSTHDVAACMRGGAKVVNHNVLIKEQVPIVWLAKDFNMLSEEGRKYVVKTAKLKGVNFMLTFNSNRMQTTIPVVSVASKQGSGLRRCYNFIWWFCAMLVFAFFVVGLLDFSTMVPSDSEYDFKYIEGGKLHTFDNGLDCVHNVFSNFNTWFQAKFGFLPRNSKSCPIIVGVSDAARVVPGIPSGVTLVDKTLVFATKSVFADSNTCYDIRGPASAEKCVFNSACTNLNGLGGLATYCFKNGLVEGAKLYTELLPHSHYSTADGGYVRLPEVLTSGFGFRTVRTQATTYCRVGQCIESKAGVCFGADRFFVYNEESGSDFVCGTGLWSLLLNVISIFSSSFSVMAMSGQILFNCVVAFLAVMSCLLVTKFKRMFGELSLGVCTVVCVAIVNNLSYILTQNILMMVAYAVLYFLCTRTFRYSWIWHIGFCVAYLTMAPWWLVFWYLCSALTGLIPSLVKLKVTTQLFDGDKFVGTFETAAAGTFVLDMHSYQRLVNSIAPEKLKQYAASYNRYKYYSGSASEADYRLACYAHLAKAMLDYGTNHQDMLYSPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCVVRVCYGNMVLNGLWLGDTVICPRHVIASSTTSTIDYEHEYTVMRLHNFSVSVGNVFLGVVGVTMKGATLHIKVNQTNVNTPNYCFKTLKQGDSFNILACYDGVASGVYGVTLRTNNTIRGSFINGACGSPGYNLTSGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSSMDGVMYGGFEDQPTLQVEGANHLVTVNVVAFLYGALLNGVNWWLSNERVTMEAFNEWAFNNGYTAFSGLDSFAMLAAKTGVDVQRLLAAVQRLHKGFGGKNILGFTTLTDEFTIGEVVKQMYGVTLQSTRVSRTFSNLAIVGVFLTMFWSELLHYTAFFWVSPGFVTPVFFMLLTVSVLLMGLLKHKMLFLYTFLVPAVIVISSYNFAWDWHVTSMLAELFDHHVSLISLDIQGILNIITCVFVTLLHTYRFFKSNSSITTYVLSLLFMAYGFYMGTDVLSMIMMVLFNFTTNWYVGAFAYKMAFYAVQYTELPVLMGHVKSVMLCYVVVGYFCCVYYGLLYWVNRFFKLTLGVYDFKVSANEFKYMVANGLHAPRGIFDALTLSVKLIGIGGDKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWAYCVELHNKINLCDDPETAQEMLLALLAFFLSKQKDFGVDDLLESYFSNGTMLQSVASTFVNMPSFIAYENARQAYEEALNTDAAPQLVKQLKRAMNIAKAEFDHEASVQKKITRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVISAMHSLLFGMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSIIPAACATKLTVVSADLDSYLKICKDGCVHYAGVVWNVIDIRDNDGKVVHQKEVTQENFETLAWPLFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRAVRAEGEGFSADGKALYNNESGKTFMYAFIADKPDLKFVXWWRSLDGGCNTIELETPCKFAVETTNGTVIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAVNSSLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGVKPVGNCVKMLSNGAGTGQAITVGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGRCRLKGKYVQVPLGTLDPIRFCLENETCKVCMCWLNNGCTCDRVSTVQSLDAGYLNRARGSSDARLEPCNGTDTDHCVRAFDIYNKDVACLGKFLKVNCVRFRNTEKHDAYFVIKRCPKSVMEHEQSIYDTLKNCGAVATHDFFTWKDGRSIYGNISRQDLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVLTGSCDESYFENKVWYDPVENEDIHRVYATLGKVIANSMLKCVRLCDAMVENGIVGVITLDNQDLNGDFYDFGDFARTLPGMGVPLCTSYYSYMMPAMGMTNCMAGECFMKSDVFGDDFKTFDLLHYDFTEHKEALFMKYFKYWGQDYHPNCVDCHDEMCIIHCANFNTLFSTTIPATAFGPLCRKVFVDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSTRLSINELLQFVTDPALLVASSPALVDQRTVCFSVAALSTGMTKQTVQPGHFNKEFYDFLRSQGFFDEGSELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNRPTVLDICQARVTYKLVSRYFEIYEGGCITAREVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLTYEEQDALYAITKRNVLPTMTQLNLKYSISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLKTLIDGVDNPRLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCNTGERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINRLLTIDSNVCNNIGVKSLQRELYDNCYRSSTVDDSFIDKYYCYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYAELGYVADIGAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEDDISKGPHEFCSQHTMQIVDENGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHSNPEYRKVFYALLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDSSSKFWDESFYASMYEKSTILQAAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVIATPHKFI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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1170 Identity=59.76%
Cov(Q)=13.89% Cov(P)=97.59%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6712
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
379.063559999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00928
Total prob of N-in:
0.00078
outside
1 - 1896
TMhelix
1897 - 1916
inside
1917 - 1955
TMhelix
1956 - 1978
outside
1979 - 2044
TMhelix
2045 - 2067
inside
2068 - 2459
TMhelix
2460 - 2482
outside
2483 - 2713
TMhelix
2714 - 2736
inside
2737 - 2742
TMhelix
2743 - 2760
outside
2761 - 2763
TMhelix
2764 - 2783
inside
2784 - 2789
TMhelix
2790 - 2812
outside
2813 - 3126
TMhelix
3127 - 3149
inside
3150 - 3234
TMhelix
3235 - 3253
outside
3254 - 3262
TMhelix
3263 - 3285
inside
3286 - 3291
TMhelix
3292 - 3314
outside
3315 - 3328
TMhelix
3329 - 3351
inside
3352 - 3355
TMhelix
3356 - 3378
outside
3379 - 3382
TMhelix
3383 - 3405
inside
3406 - 3425
TMhelix
3426 - 3448
outside
3449 - 6712
