Strain
Bat_MK472068
(Region: Australia; Strain: Alphacoronavirus sp. isolate WA2028, complete genome.; Date: 2018)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCAAGCAGTCCTGTTCCCGTGGCCATTGCCACTGGTGCTGAAATTTCATGTGTTGGCTTCCTTGACGTTGGTGAAGCCGTCTCACATTACAGTGAGGCCGCAACTAACGGTTTCCAAGGTTGCCGTTTCATACCTCTTGATTCTGGAACCAATGTCGATTCACTGTTGGACGATGATGTCGTTTGCATGGTGATCGGTGTTGAGTACCAGCTGAAAATTGGTGCATTTGGTGAGCGTCCTGACGGTCTTCGTGGCTGGTTGGTGTTCTCCAATTGTCCTTCAAATGGTTTTGTCAACATTAGCCTTTCTGGTTTTGCTGGCAACCCTGTCAATGTGGACAACTATCTTTGTGACCATACTGGTCGTCCTGTTGTGCCTGAAAATGAATGGGCTTTCCAGGACTACTTTGGTGACAATGATACTGTAACACTTAATGGTGTTGCATACTTTAAGGCATGGGAAGTCATTCGTGATGATGTGCCTTACAAACAGCAAACACTTATGGCTATTAGTTCCATCGCTTGGCTTGGTGAAGCAGCACATACCCTACCTAGTGGTACTGTGCGTAACACTGCCAAGGGTGTCACTAAGAGCAAAGTTGTTGTGCTTGCTGAGCCTTATTCTGGCATTTATGCCAATGTGGGCAGCCCTTTCATGACAAATGGAACTTCTATCCTTGATGTTGTGCCAAAACCGTGCTTCTTGCATGCATATGTGAGTTGCAAGTGTGGCAGCAACAAACATTGGGTGGTTGGTGATTGGCATATGGGTTATAAATCTATGTGCTGTGGCACCAAGTGTACGCCCATTTGCTACTCTGCTGGATATGTGGAACCAGGCGATGTCCTTTTCACATCTGTTGGAGCTGGCAAGGGTGTTAAGTTCTACAAAGGGCTCACACTCAAACATGTCGGCATTGCTGACAAAGTTGCTGTCTGGCGTGTTACCACCACATTTGATGTGGATGGTTTTGTTAGCTGCAACCGCTTTGAAGATGACTTCGTCAATTCCTTTGACACTTGCAGCGTCGAAAACACAACTTCCCTTGCATGCTCACTTAAGTATGGTGTACTGAGTGGTGAGTACAATGAGAAAGTTGTGGACGCAGTGAGAAATGGATTGGTTGACATGTCACTTTCGTTTCTTGATGTCTTTGATGAGCTGCTGTCATTGCCAAAGTTTCTCCATAAACTTGGTGATCTTGGTACTGGCATCTGGAACAGTTTCAAAGACTTTGTGCGTGGTGTGATCAAACGCACGTCTCAGTTACATGAACTTGCAAGTGCTATGTCCAGTGCCACCTTAGTGGTGGTCAATGGTACTTTCAAGCTGCTTGCACATGTACCAGAGTGGATGACTTCTTTCGTGGCAAAACTCCAGGAACTTATTGTCGCCGTGACAGAGTTCTTCGTTGACGAGCTCAAAGTTGCTGGAACTGCATTCAAGAAGTTTGGTGATTATGTACTCTTTGACAATGCGCTTTGCCGGTTGGTTAGTGCGAAAATCAAGGGTGCAAAACAACATGGTCTCAAGAATGCTAACTATGTTAGCATTGTTTGTGGACCTACAAAGAAGGTGAAGGTGTCACGTGTTGAAGCAATGAGCCTTAATCTGGTTCTTGCTACTGACACCACACCTTCTCAGAGTGGTCGTGCTGTCGTTGTTGGTGATCAAGTGTTTTACACAGATGGTGATAACTATTGGTTTATGACTGATAGTGATGCTGTCCTCGAGACACCAACATTCACAACAGTGCAACCTGCTTGTGCAGATACACCCACTGTCGACAAAAATGGTGGTGGTGTGTCTTTCAGTGAAGTCGATGAAGTCCGTGAAATTGTGCCTGTTCATAAGGTGTACGTTACCTTTGAGTTTGAGGATGATGTAATTAACACCGTTCTCAAAACTGCGATTGGACACAAGTTCACCTTTGAAGGAGAAACTTGGAATGACATGCTTAATGTGGTGAATGCATTTATGGATGCTGTTGCTGCACAAGTTCAAGTCCCCAAGTACTATGTCTATGACGAAGAAGGTGGTGAAGATTTCACACTTCCAATCATGGTGTCTCAATGGCCTTTGACTCAGCCTTCTGAAGAACCCGTGGAAGAAGTTCCATGTGAGGAATTGTCAGATGTTGCTGAGGTTAATAAGGCTTTGGACTTCATCGTGGAAACACCTCCCATTGCAGTTGAAAGTCCTATTTTTGAACACATCAAGTATGGTGACTTGATTGTGTTCAAACAAAAGGACAATAACTGCTGGGTGACTTCAACTTGCTTACATCTCCAAGTTTTGGAGTTGTTGCAAGATTCTGCTTTTGACCTTTTTAAGGTTGGCAGAACAAATGCACTTGTGAAACGCTGCTATGAGGCTTCTAAGCTCATAGTTGGTTCCATGGGTGATGTTTCTGAGTGTCTTGAGGCTCTTTTGCGTGGTGTAAACACTTGCAAAATTGTCTGTGACGCTTCATGTGATTGTGGTGACTCGGATTACGTAATGGAAGGCTGTGTATTCAGCTTTTTCCCTACGTCAGAACCTTTTGAGAGATATTGCAAAAAGTGTGGTATGAACCGCTTTTGCACTATAAAATCCATTGAGGGCACTGCAATCTTTTGTCAAAACCCAGGTCCTATGCCTGATGTCTATGTTCAACCAGTTGTGTCTAGTGCGTTCTTTGGTAACATTGGTAGCGGTCATTACCGTACCAATTTACACCAACGCAACCAGGCTGTTGATGGTTTTGGTACTCATGCAATGTCACTGGACTGTGTTCACACGATGGGTGTGAAAAATGTCAAGTGGCAACTGCAGCGTCCAGAACCTGTGCTGAAGAACAAACCAGACAAGGACAAGCCTAAAAAGACACCTGTACAGGATTTACCTGCTAAGGTGGAAGTTACACCTTTCTGTTCATATAAAAATGTACAGTTTTACAGAGGTGATTTTAAAGATTTGGTTTGCATTCCTCATGATTTCGTGGTTAATGCAGCCAATGAACAACTACAGCATGGTGGAGGTGTCGCCAAGGCCATTGATGATTACACCAGTGGCTTGCTTCAAGAAGTTTCCAACAAATACATAAAAACAAATGGCCCTCTGAAGAAGGGACAGGGTGTTATGCTTGAATGCAATAACACTAAAGTTTTGAATGTTGTTGGACCCCGAAAGAAGAAGTCATCCCTTAGTGCTTGCAAAAATGCACTTAGGGAAGCGTACAACACTGTGTTTTCTCACAGTGGTGTGCCTCTTACACCTTTGCTTAGTATAGGCATTTTTGGTGTTCCACTTGAGGCTTCTCTAGAGGTTTTTCTTGACGTTGTTGGTGACAAACAGTGTGCATGTTTTTGCTACACAGAGGCTGAAGCTGATGGTATCAAACAACATGTTATTAAAAATACACCGGCTGCAGTACCAGAAAAAGCTCTTCAGGTGACGTCTGATGTTCAAACGCCACATGTTGAGGACAAACCCTGTGTTGAACCTTACAACGTACAGGGTGATGTTAAATTCTTTCAATGTTCGGCCCAACAAATCACCACACTCACATTTGACCGATTTGTTTTCTTCATTGAAGAGGACAAGGTTATGTGTGAGCTTATGTGTGATTTTGACTTGAAAGTTGGCGGTGCATTGAAAGATGCTCTTACAAATCGTGGCCCTTTACCAGCTGGTAATGCATTGACAATTCGTGTTGAGGGTGATGTAGCACTTGTGTGTTCAATTTTAGTTGTACCCACAATCGGCTCCAAGTCCTATGACAAAAATTGTCAGCGTGTGGTTAATAAAGTTTGTAAATATACAAACTTTGTTGCTACCGTTCCCCCAGCTGAGATCTTTTCAAAGGTCTTGCTTAAAGCAAGTGCTTTTTGGGTCACTCAAAAGTCAAAACTCATTGTTGACGCTCACTACAATAAAGAGAGGGTTACTGTCGTTGTTACACATGACAATTGTAACTATGAAACTTTCACCCTCGACACATCACAAACTTTTGATTGTCAATTAGGTGTTTGTACCGTCAACAATGTTGACGTTACATACAAAACAGCCACAGCAGTAGAAAATACTGTTGTTGTTGCACCTGATGTTGACTGGGATTCCTATTACGGTTTTCCAGATGCTGCTGTGTTTGAGACAATGGACCATTCAGCTTATGCTTTTGAAAGCAAAGTTGTAGATGGTATCCGTCTGCTTAAAAGCTCTGACAACAATTGTTGGGTTAATGTGACTTGTGTACAATTGCAATACATGAGCGCCAAATTTGTTAGCAATGGTATCAATGCCATGTGGGATTCCTACTTGGTTGGTGACGTTGCTAAATTTGTGCATTGGCTTTACATCATTGCCGGTCTTAATAAGAACGACAAGTGTGATTCTGAAGTGCTGCTGCTCAAGATTGCTAAATACCTCGTCTCTACTACAACGTTTGTTGTTGAAAAGCAAACAGAAACAGGTTGTTGTGATGAGCGTCATCCTGTCAAATGTCCGGTTCTAAGTGCTAGTGTGCTTAGAAGTGGTGACGTTGATGGTGTTTGTAAGCATGGCCTTAATATGTACAAGAAGGTTGTCTCAGTTGAGTCTGAGGGTGGTACAGGCATTGTTGTTAATGTCAACAAGCCTCAACCAGTACCCAAAAATGCCTTGCTCGAAGGAGTGTCTTACACAGCCTACGTTGGTGACGTTGGTAGTGGGCACTATGTTGTTGTGGACAAAGAGGGTACATCTTTTGATGGTGATGAAGTGAAACCAGCTTCATTATCTGACTTGGGTGTTACTGCTGTCGTTGTCAAGTCCTTTAAGTTTGTTAAACAAGCTAAAAAGGAAGTGCAAAAACCACTGCCTGTGGAACCACAAGTTTCTAAATTAGAAACAATTGGAGCTGCCACTGTCACAATGGCTACAACCTTCTTCACTGTTGGAGATTTTCTTTTTAAGAACCTCTTTACAGTGTTTTATTGGCTAATTAGTATGTTTTGCATACTATTTAAAAGTGTGAA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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR014829 NSP8
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037227 EndoU-like
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1142 Identity=59.07%
Cov(Q)=14.35% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6451
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
423.157979999996
Exp number, first 60 AAs:
0.01677
Total prob of N-in:
0.00099
outside
1 - 1646
TMhelix
1647 - 1666
inside
1667 - 1713
TMhelix
1714 - 1733
outside
1734 - 1782
TMhelix
1783 - 1805
inside
1806 - 1811
TMhelix
1812 - 1834
outside
1835 - 1848
TMhelix
1849 - 1868
inside
1869 - 2206
TMhelix
2207 - 2229
outside
2230 - 2462
TMhelix
2463 - 2485
inside
2486 - 2496
TMhelix
2497 - 2514
outside
2515 - 2518
TMhelix
2519 - 2541
inside
2542 - 2547
TMhelix
2548 - 2570
outside
2571 - 2874
TMhelix
2875 - 2897
inside
2898 - 2983
TMhelix
2984 - 3001
outside
3002 - 3010
TMhelix
3011 - 3033
inside
3034 - 3039
TMhelix
3040 - 3059
outside
3060 - 3078
TMhelix
3079 - 3101
inside
3102 - 3107
TMhelix
3108 - 3130
outside
3131 - 3149
TMhelix
3150 - 3172
inside
3173 - 3176
TMhelix
3177 - 3199
outside
3200 - 6451
