CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Bat_MK472070 (Region: Australia;  Strain: Alphacoronavirus sp. isolate WA3607, complete genome.;  Date: 2018)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein 1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
CTGTTCCTTATGGCAAACAATCATATTTCGCTCGCCATTGCGAGTGATCAGGAAATTTCTGCATTGGGCTTTGTGTCTGTGGAAGAGGCCGTACAGCAGTATAGTTGTGCCGCTTCTCACGGGTTTAAGCCATGCCGTTTTGTCCCTTTCGGTCTTCAATCTTGTGTTGAAGGTGTTCTTGATGACGACTATGTGCTTGTTGTTACAGGTGTAGTTCGTCTCAATGCAAATATAGGGACTTTTGGAGCCCGACCTTCTAATATTAGAGGTTGGATTCTCTTTTCAAATTGTAACTACTTTTTGGAGAGTTTCGACATGACTTTTGGCCACCGTGGTGGTGATGTTGTTTATGTCGATCAATACATGTGTGATTCTACTGGTGCTCCTGCTTTGCAGGAGTCTGAGTGGGAATACACAGATTATTTTGGTGATCAGGAGGAAATTGATTACCATGGAATAACTTTTGTTAAAGCATGGCACGTTGAACGTCTTGCAGTGCCATACCAGAAACAGACTATCACTGCTATTACAAGCATTCAGTGGTGTGGTACAGTACCTCACACATTGAATGACGGTGTTACAACAGCAGTTGCACAACCACCAAAGCGTAGTAAGAATGTTGTCCTTGCTGATGCCTATGCTGTTCTTTATGATCAGATAGGTAGTCCTTTTATGACTAATGGTTCAAAACTACGTGAGTGTATTGTGAAGCCTGTGTTTCTTCATGCTCTTGTACAGTGCAAGTGTGGTAACACACATTGGACTGTCGGAGACTGGAGTTGCTTCAAATCTCTGTGTTGTGGTTTGGTTTGTAAGCCAAAGTGCACAGTGAGTGGTGATGTTGTGCCTGGTGATGTTGTTTTGACGTCACAAAGTGTCTGTTCAGGTGTTAAGTACTACAATGGCATGATTCTCAAGTTTATTGAGAAGCGTGACGGTGTTAGTGTCTGGCGTGTTATTAGGGTCCAAGCTGTGGATGGCTTTGTTGCTTCATCCACCTTTGATCCATGGGAACACAGTCAGCCACTGTGTAGTACAGGATTTGACTCATGCAACTTTGACAATATGAGTAGTGTTGCCGTTGGTTTTAAGTTTGGCGTCCTAAGTGGCGTCTTTGACTCCGACGTTAAGGCTGCTGTGGCAACTGGGTTGTATGATGTTGGTAACTGCATTTGTGATGTCATTGATGACATACTTACAAAACCAAGTTTTGTGCGCCGACTGGAAGAACTTGTTGGTGGTGCTTGGGAAATATTTGTTAATGCAGTTAAAGTTGTAGGCTGTCGTGCTAGTGACTTTATCAAGTTGGTGAAGTCATTTTCTACAGCTGTGTTCTCAGTGGTCAACGGTGCTATTCACTTTGAGATGGATGTACCTGAGTGCTTTGCTAGTGCTTATAGTGCTTTCAGAGACTTTGTGTTGACACTGTTTGAATTGTCAGTTAAAACTGTCAATGTGGCAGGTGTAAAACTTCGCGCTGTTGGTGACTATGTGCTGTTTAACAATGCCATTGTTAAATTTGTCACTACTAAGGTTAAAGGTTTTAGACAACAGGGCATTAATTCTGTTGAGTATGCCACTGTTGTCTTTGGACCTACACAGCGTGTTGAGTCAAGCCGTGTTGAGGTTAGTAACGCTTCACTAGTTGTGGTTGATGAGGCTACTCCACTTGTTACACGAGGTGTTACTTGTGTTATTGGTGGTCGTGCCTTCTTTCATAGTGGTGGTTGTTACAGACTTATGGCTGATAATGATGCTGTGCTAGAGACACCTGTTTTTAGGTCTTTGTGCACATTGACACCTGTTTTTGACTGTCCTAAACCTGAAGGCTTTCCAGACATTGTTGCAACTGATGTTGCAGAACTTTGTGTTAAAGTTGAAGACGCACTTAAGGAGTTTTCAACACCTTACAGGACTTTTACTGTTAATGTCTATGATGAGCTCTGTGTTGTGAACCACGTTTTGGTTTTTGAAACACCGGGTGTTGTTGTGGACTCTGTTAAGTTCTGTGAATTGTGTAAATGCTCCTATCTTAAACCTGGGTTTGATTTGTTCTATCGTGAAGCTTTGGCTGTCACTGATGTGTCCAATTTCCCCAGTTTTGAAGGTTTTGAGTGTTTTTTGTGTCCACCGTGTCCTGATTTGCTTGTGCAGATTGATGATGGTGGTATCTGGAAGACCTTTGTTGCATCCTTGAGCAACGCTTTTGATTTTTGTAAGAGTCTCAAGATTTCTTTTGGCCTTGATGGTGTTGTTATAAGCACTGTTAAGCGTTTTAAGAAGGTTGCTGCTGCACTTACAACTGCCTATAACACTTTTGTTTCAAGTGTTAAGAGCGTGGTATATATTGCAGGTGTCAGTTTTGTACACTATGCTTTTACAACGCCTATGATTATGCTTGGCGGTTGTTTGCATGCAATTCGCCGTGTGACTACTAGTGACTTGTCCATCCTTGTTGAAGATGGTCTTGATGAGTTTGATGTCTTTGACGATTGTGTGGTGCCTGTCATTCCATCACGTGTTGAAACGCGTGTTTTGGAACTCGAGGAAACTGATTATGTTGAACCTCGAGGCAATGGTTTCCTCACAGTCGTTAATGGTTATACATTTTACTCAGATGGTACATACTTTTATCCTAGTAACATTGATGCAGTTGTGCCATTATGCTACCGTAAGGTTGGTGGTGGCAAGTTGCAGTTCAATGAGGATGTTAAAGTGTGTGAGATTAGTCCTGTGTACAAGGTCAAGTTGGACTTTGAGTTTGAGGACGATAATATTGTCACAGTTTGTAAGAAGTCACTCGGTAAGAGTTTGAAGTTTGATGGCACTACTTGGGAAGATTTTTGCGTTGTAATAGACACTGCTATGTCTGTTGTTGCGCAGCATATGTCTGTTCCCAAGTATTATATCTATGATGAAGAGGGTGGTACTGATTTTGAGAAAACAGTTATGATTTCTCAGTGGCCACTAGAGTCTGAGACTGAGGTCGGTGCTGACGTTGTTAGTACTGATGTTGAAAACTCAGATAGTGGTTTCGGTGACTCAGATAATTCGGATGTTGCTAGTGATGACACTGCGTCTGTGGAAGTCACTTCGGATGTTGAATCCGTTGAGATTGTAACAGATGCAGAAGAAGTTGCGCAAGCATTGTCTTTTATAGAGGAAAAGCCGTCTACTTTTGTTCCAAATCCTTTTGCATATGAGTTTCTTGAGCTTAACGGCATTAAGATTCTTAAGCAGGATAGTAACAATTGTTGGGTAGCATCTGCCTGTGTTCAATTGCAACTCTTGGATGTGTTGGAGGACACTGCGTTTGATCTTTTCAAGGTTGGACGTGTTGGACCATTCGTTCAGCGTTGTTATGAAGTCACTGGTAGTATTAAGGGTTCATTAGGTGATGTTGCATACTGTATGGAACAACTCCTCAAAGACTACCACACATTGCAGTTGGCATGTGATGTCAATTGTGATTGTGGTTCTAGTGTAGTCGAGATGAGTGGTTGTGTCTTTAGGTTTATGCCGACTGCTGAGCCATTCCCTTATGGTTTATGTGCTGTTTGTGGTCAAGTTTTGGTCCACAAGATAACACGTATGCAAGGTACTGGTGTGTTCTGCCAAGAGCCCGTAGATTGTCCACTTGACAGGTTACTTGTAGAGCCTATTTGTGCGTCAGTTTACAGTGGTTCTTTGAGTGGTGGACATTACCGTACTAATGTCTACCCACAAAAATTGTGTGTTGACGGTGTTGGACCACGTAAGATCAAGTCTAGTGTATTTAACACTGTTTGTGTTAAGGACGTCGATTTTGTGGTGTCAGCACCCGTTGTTGAGCTTGTTGCACCTGTCGTGCCTGTGGAGCCTGTTGTTGAAACTGTAGTGTCAACAGCTATTACACCTTTTGCTGTTTATAAGAATGTTGAGTTCTACCAAGGTGAACTCAAGGATTTGCTTGCGTTGAAACATGATTTTGTTGTTAACGCTGCAAATGAAAAGTTACAGCATGGTGGTGGTGTGGCTAAGGCTATTAATGATTTTACAGGCGGAAAACTCCAGACTGAGTCTAATAGATTCATTGCTGCCAATGGACCTGTTAAAGTTGGTAGTGGTGTTATGCTTGTTTGTGGTGACATGCACATTTTGAATGTTGTTGGTCCTCGCAAAGGCAAGCATGCATCAGAGCTACTTGTCAAGGCTTATGCAAATTTGTTTTCAAATGCAGGTGTTGCTCTTACACCATTGCTTAGCGTGGGAATTTTTAAAGTTCCTATTGAAGACTCACTTAGTGCTTTGTTCGCAGTTGCTGGTGATAGAGTTGTGCGCTGCTTTTGTTACACTGACACAGAACGTCAGTGTATTATTAAGTACGTACAAGGTCTTGAACCAACTGTTGAGCCTAAGATTGTGTCACCTGTAATGTCAGTTGAAGCTCCTCTAGAGCCTTTTAGAGTTGAAGGACGTACTGCGTTTTACAGGTGTGACATAAAGGGACTTGCTGCTCTAAAACCAGACAGGGTTGTTGTGTTTACAAATGAGACTCTTACATTTTGTCATGTAGCTAGTGCTTTTGACAAATTTGTTGATGGTGCCATTATTGCCTGCGTCAAAGAATTTATGAAATCTACACCTAAGGTTCCTGCTGGTAATATAGTGACCTTTAAGTGTGAAGACGTTGTTACTTTTGTCATGGCTGTTTTGCCTTCTGATGATGATAAGTCATATGACAAAAATTTGTCACGCACACTTAATAAGTTACAAAAGCTTAAAGGTAAAGTTTTTATGACTGTTCCCACACTTGAAGTTTTTAAGAAACTTCTCGACACTTGTAATGCTAGTTTCATCGTTGGTGATGACACCTCAGTGATTGATGCATGTTTTAGTGTTGAGAGTACTGTAATCAAAGTTACGTCGGATGGTCGTGATGTGCAGGATGCTGTAGTTTCTGGTAAAGAAACTATTGATGCACAATTGGGCCCCTGTACTGCTGAAAATAAAGATCTAAC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TCTTCTGAAGCGTTTTTAATAGGTGTTAATTATCTTGGTGATAATAGTTTGACGCCTATTATTGATGGTAACACAATGCACGCCAATTATATATTTTGGCGTAATTCCACAATAATGTCCATGTCTTATAATAGTGTTTTGGATTTGGCCAAATTTAGTTGTAAGCATAAAGCTACTGTGGTTGTTGCTCTTAAAGAGAATGATCTTAGCGATGTAATATTGGGGCTTATTAGAAATGGTAAGTTGCTTGTGAGGAAGAATGGTGTTGTTTGTGGTTATGGAAACCATTTGGTTTCAACCAAATAA
Protein
MFLMANNHISLAIASDQEISALGFVSVEEAVQQYSCAASHGFKPCRFVPFGLQSCVEGVLDDDYVLVVTGVVRLNANIGTFGARPSNIRGWILFSNCNYFLESFDMTFGHRGGDVVYVDQYMCDSTGAPALQESEWEYTDYFGDQEEIDYHGITFVKAWHVERLAVPYQKQTITAITSIQWCGTVPHTLNDGVTTAVAQPPKRSKNVVLADAYAVLYDQIGSPFMTNGSKLRECIVKPVFLHALVQCKCGNTHWTVGDWSCFKSLCCGLVCKPKCTVSGDVVPGDVVLTSQSVCSGVKYYNGMILKFIEKRDGVSVWRVIRVQAVDGFVASSTFDPWEHSQPLCSTGFDSCNFDNMSSVAVGFKFGVLSGVFDSDVKAAVATGLYDVGNCICDVIDDILTKPSFVRRLEELVGGAWEIFVNAVKVVGCRASDFIKLVKSFSTAVFSVVNGAIHFEMDVPECFASAYSAFRDFVLTLFELSVKTVNVAGVKLRAVGDYVLFNNAIVKFVTTKVKGFRQQGINSVEYATVVFGPTQRVESSRVEVSNASLVVVDEATPLVTRGVTCVIGGRAFFHSGGCYRLMADNDAVLETPVFRSLCTLTPVFDCPKPEGFPDIVATDVAELCVKVEDALKEFSTPYRTFTVNVYDELCVVNHVLVFETPGVVVDSVKFCELCKCSYLKPGFDLFYREALAVTDVSNFPSFEGFECFLCPPCPDLLVQIDDGGIWKTFVASLSNAFDFCKSLKISFGLDGVVISTVKRFKKVAAALTTAYNTFVSSVKSVVYIAGVSFVHYAFTTPMIMLGGCLHAIRRVTTSDLSILVEDGLDEFDVFDDCVVPVIPSRVETRVLELEETDYVEPRGNGFLTVVNGYTFYSDGTYFYPSNIDAVVPLCYRKVGGGKLQFNEDVKVCEISPVYKVKLDFEFEDDNIVTVCKKSLGKSLKFDGTTWEDFCVVIDTAMSVVAQHMSVPKYYIYDEEGGTDFEKTVMISQWPLESETEVGADVVSTDVENSDSGFGDSDNSDVASDDTASVEVTSDVESVEIVTDAEEVAQALSFIEEKPSTFVPNPFAYEFLELNGIKILKQDSNNCWVASACVQLQLLDVLEDTAFDLFKVGRVGPFVQRCYEVTGSIKGSLGDVAYCMEQLLKDYHTLQLACDVNCDCGSSVVEMSGCVFRFMPTAEPFPYGLCAVCGQVLVHKITRMQGTGVFCQEPVDCPLDRLLVEPICASVYSGSLSGGHYRTNVYPQKLCVDGVGPRKIKSSVFNTVCVKDVDFVVSAPVVELVAPVVPVEPVVETVVSTAITPFAVYKNVEFYQGELKDLLALKHDFVVNAANEKLQHGGGVAKAINDFTGGKLQTESNRFIAANGPVKVGSGVMLVCGDMHILNVVGPRKGKHASELLVKAYANLFSNAGVALTPLLSVGIFKVPIEDSLSALFAVAGDRVVRCFCYTDTERQCIIKYVQGLEPTVEPKIVSPVMSVEAPLEPFRVEGRTAFYRCDIKGLAALKPDRVVVFTNETLTFCHVASAFDKFVDGAIIACVKEFMKSTPKVPAGNIVTFKCEDVVTFVMAVLPSDDDKSYDKNLSRTLNKLQKLKGKVFMTVPTLEVFKKLLDTCNASFIVGDDTSVIDACFSVESTVIKVTSDGRDVQDAVVSGKETIDAQLGPCTAENKDLTGVLPNDGIKTVVSVAPPVDWRSFYGFDGCEIFHTLDHSNYAFDNEEVDNRRVLKFSDNNCWVNATCLQLQYAKAVFKHDGLQDMWVHYLVGDVEKFCHWLYWLNDCQKGSPGDVENTLNLVSKYLVTKCTVTLLRTTSDNCCPTRQCVNSSVVNASVLKLGYEDGVCAHGLKYVHRVESVNGSAIIVNVGKPKAFTQDALLSAVSYTGYVGSLDRGHYTVYDSETKKVHDGAEYVPGDLSALPVTSLVVRNKVFQDPVSRVERKAMNILNNLDAASENFFSIGDVISRNVITTLVWLFSMLSIVFKACRKKDFKVFALAPERTGVILSRSLRYNAKAVYHVATTKSRWVLLFLKLLLLLYTVYACMFLFVRFGPVNDYVCSDYVSGYTESNFDKNAFCSSPLCKACLYGYQELADFPHTNMVWEHLHDPLIDSVLPMCYLAFLAIFGGYVVRAMCLYFVAQYVNLFGSSFGLQDNVWLLQVVPFSVFGDEIVVCFVVFKILVFVRHVLFGCDKASCVACCRSARLERVPMQTIVNGATKSFYVTANGGKKFCNKHNFFCLNCDSYGVGNTFINEAIAKEVSNVVKTSVVPTGASMIQIDKVGFSNGFYYLYSGETFWKYNFDVTEAKYSCKEVLKNCNVVADFIVYNNNGSNVTQVRNACVYFSQLLCKPIKLVDSALLSSLNVDFNGSLHAAFVEVLTDSFSKDLSSCTTMADCKQVLGLDVSDEDFVNAVSNAHRYNVLLSDLAFNNFATSYAKPEEKLSTHDIATCMRSGAKVVNHNVLVKENMPVVWSAREFDLLSEEGRKYLVKTSKLKGVNFMLTFNENRMQTNVPVVSIAVKRGSGVIPDYTKLWWFCGLILGLFFCVGLFNFSETVVSASDFDFKYILNGKLNAIDTPLNCVHNVFENFEVWHEAKFGSVPTYSRKCPIVVGVNDDVRTIPGVPAGVMLVGKTLVFAVKSVFADSSFCFDMSGPTNGDRCVFNSACTVLSGLGGVVTYCYKHGLVEGSKLYADLLPNSHYKLPDGNFVKLPETLARGFGFRTIRTLATTYCRVGQCIDSKAGVCFGADRFFVYGSEVGPDYICGTGLFSLLYNVVSIFSSSFSVMAMSGQIMLNFSIAAFVVSICFLVTKFKRVFGDLSYGVFSVCATTAVNNISYIVTQNVFGMYFYAFLYIMATRSLKYAWIWHCGFVIAYSTMAPWWLVSWYVVAASVGLLPSLLKLKVSTTLFEGDKFVGTFESAAAGTFVMDMHSYQRLVNSIAPDKLKQYAASYNKYKYYSGGASEADYRLACFAHLAKAMLDYGSNHQDMLYTPPTVSYNSTLQSGLRKMAQPSGIVEKCVVRVSYGNMTLNGLWLGDTVICPRHVIASSTTTTIDYEHEASVMRLHNFSISVGSMFLGVVGVTMHGCNLRIKVNQSNVNTPKYVFKTIKPGDSFNILACYDGTPAGVYGVNLRTNNTVRGSFINGACGSPGYNLVNGVVEFVYLHQLELGSGCHVGSNIDGVMYGGFEDQPTLQVEGSSNLVTVNVIAFLYGALLNGVNWWLTQERVTSDAYNEWAVQNGFTTVSTLDCFTILAAKTGVDVNRVLAAVQRLQKGFGGKSILGFTSLSDEFTVTEVVQQMYGVTLQSTKVGSAFKNLFLVGGFFTMLWSELMMFTPFFWVSPGFVTPIFMILVSMSVFFTGFLKHKMLFFYTFLLPGVVVTSFTNFMWELEIYSWLTTVLDYHVSIVSIDMQGVINIIVCVIVALLHTMRFASAGFKTYVTYVFSLLVVLYNWWFHSDVLSLVMMLILNVSDSWFVGAAMYRVALWITACFPAAAIVIGNAKFVIFVYIVLGFLCCMYYGVLYWLNRFCKLTLGVYDFKVSANEFKYMVANGLRAPYGVFDSLLLSLKLVGIGGEKCIKVSTIQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWAHCVELHNKINLCDDPEQAQEMLLALLAFFISKQKDFGLDDLIESYFDSASVLQSVASTFVSMPSYIAYENARQSYEDAVSNGSSPQLVKQLKRAMNIAKAEFDHEASVQKKINRMAEQAAAQMFKEARAVNRKSKIISAMHSLLFSMLRRLDMSSVDTILNLAKDGVVPLSVIPATCATKLSIVSSDIESFAKIVKDGCVHYAGVVWSIADIADADGKAVHLKEVTVENAENITWPLFINCVRVVKLQNNEIIPGKLKQRVVKAEGDGFSVEGKALFNNEGGKTFMYAFVADKPDLKFVKWEFDGGCNTIELEPPCRFAVESPNGPIIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELASNSPLLTMCAFAVDPAKTYVDAVKKGVKPVGNCVKMLSNGSGTGQAITVGVEANTNQESYGGASVCLYCRAHVEHPTMDGACRFRGKYVQVPIGTPDPIRFCLENEPCKVCMCWLNNGCTCDRTVVQSCDQSYLNRARGSSAARLEPCNGTDTDHVVRAFDVYNKDVACIGKFLKVNCVRLKNLDSHDAFFVIKRCTKSVMEHEQSIYDRLKQSGAVAAHDFFLWKDGRSVYGNVSRQNLTKYTMMDLCFALRNFDERNCETLKEILILKGCCDESYFDNKYWFDPVENEDIHKVYAHLGQVVANAMLKCVRMCDAMIEQGIVGVLTLDNQDLNGDFYDFGDFVTTIPGMGVPLCTSYYSYMMPIMGMTNCLASECFMKSDIFGSDFKTYDLLAYDFTDHKVALFNKYFKHWGQDYHPNCSECYDELCVVHCANFNTLFSTTIPNTAFGPLCRKVFVDGVPLVSTAGYHFKQLGLVWNKDINTHSTRLSVNELLQFVTDPALLVASSPALVDQRTICFSVAALSTGMTNQTVKPGHFNKEFYDFLRSQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAVRDFDYYRYNRPTVLDICQARVTYKIVQRYFEVYEGGCIAAKDVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYDSLSYEEQDALYAITKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQFHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLKNLIDGVDNACLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHVTCCDSSDRYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANINKLLSIDSNVCNNVGVKALQRQLYDCCYRSSSVDDSFVDHYYCYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADINAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEPDINKGPHEFCSQHTMQIVDSDGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYRKVFYVLLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDASSKFWDESFYAGLYEKSTALQAAGLCVVCSSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVVSTNHKFILAITPYVCNASGCSVNDVTKLYLGGLSYWCIDHKPSLSFPLCSAGNVFGLYKNSATGSPDVEVFNTLATSDWTDVKDYKLANDVKDSLRLFAAETVKAKEESVKSSYACATLKEVIGPRELILSWECGKIKPPLNRNSVFTCFQITKDSKFQVGEFTFEKLDYGSDAVCFKSTATVKLVPGMIFVLTSHNVQPLRAPTLANQERYASIYKLHPTFNISDAYSNLVPYYQMIGKQRITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARMVFAACSHAAVDSLCVKAASAYSVDKCTRIIPARARVECYSGFKANNTQAQYIFSTVNALPESNVDIVVIDEVSMCTNYDLSVINQRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTMITKGVLEPRDYNVVTQRMCAVGPDVFLHKCYRCPAEIVRTVSEMVYENKFVPVHADSKQCFKLLCKGNVQVDNGSSINRRQLDVVKMFLAKNPKWSKAVFISPYNSQNYVASRALGLQIQTVDSSQGSEYEYVIYTQTSDTAHACNVNRFNVAITRAKKGILCVMCDKELFDALKFFEIKLTDLQAGDCCGLFKDCYRRDEDLPPSHASTYVALSDKFKVSGDLAAQIGFTGVCRYEHVISFMGFRFDINVPDFHSLFCTRDFAMRNVRGWLGMDVEGAHVVGDNVGTNVPLQVGFSNGVDFVVQPEGCVVTETGSKIVPVRARAPPGEQFTHLVPLLRKGQPWTVVRKRIVQMCCDYLSNLSDIVIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGPAKVCDCGKVATCYNSVTHAFYCFRHALGCDYLYNPYVIDIQQWDYKGSLSQNHHEHCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKNVDWSITYPFISNEHAINKSGRVVQSMVMKSALKLYKPKAIHDIGNPKGIRCAVTDAHWYCYDKQPLNSNVKLLEYDYITHGQMDGLCLFWNCNVDMYPEFSVVCRFDTRYRSNLNLEGVNGGSLYVNNHAFHTPAFDRRAMAKLKPMPFFFYDDTPCDRVQEQVNYVPLRASNCVTKCNIGGAVCSKHASMYHAYVNSYNTFTQAGFTIWVPSSFDLFNLWQTFADVNLQGLENIAFNVLKKGSFVGAEGELPVAIVNDKVLVREGTVDNLVFTNKTSLPTNVAFELFAKRKVGLTPPLAVLRNLGVVSTYKFVLWDYEADRPFTTFTKDVCKYTDFGEDVCTCYDNSIQGSFERFTVAVNAVLISNVAIKKLSGIRLNYGLLNGVPVAKTDDKPVSWYIYARKNGQFVEQLDGYFTQGRNSNDFLPRSTMESDFLDMDMGLFIAKYGLEDFAFEHIVYGDVSSTTLGGLHLLISQVRLSKMGVLKIDEFTTSDDSTLKSCTVTYANDPSSKMVCTYMDLLLDDFVTILKSLDLSVVSKVHEVIVDCKMWRWMLWCKDHKVQTFYPQLQSSEWKCGYSMPALYKIQRMCLEPCNLYNYGASLKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNCTTMCVPHNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPSDAIIVDNDVNDYVSDADFSVTGDCSTLYLQDKFDLVISDMYDGKIKQCDGANVSKDGFFTYVNGVITEKLSLGGTVAIKITEYSWNKRLYELIQKFEFWTLFCTSVNTSSSEAFLIGVNYLGDNSLTPIIDGNTMHANYIFWRNSTIMSMSYNSVLDLAKFSCKHKATVVVALKENDLSDVILGLIRNGKLLVRKNGVVCGYGNHLVSTK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Pfam
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF16348   Corona_NSP4_C
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF13087   AAA_12
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF06478   Corona_RPol_N
PF08715   Viral_protease
PF06460   NSP16
PF09401   NSP10
Interpro
IPR009466   NSP11
IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829   NSP8
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR014827   Viral_protease
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR036499   NSP9_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR027352   CV_ZBD
IPR014828   NSP7
IPR036333   NSP10_sf
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR037227   EndoU-like
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
SUPFAM
SSF51126   SSF51126
SSF101816   SSF101816
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
SSF144246   SSF144246
SSF52540   SSF52540
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1167     Identity=59.98%     Cov(Q)=13.70%     Cov(P)=97.07%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6768
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
431.966269999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00044
Total prob of N-in:
0.00089
outside
1  -  1952
TMhelix
1953  -  1972
inside
1973  -  2014
TMhelix
2015  -  2037
outside
2038  -  2104
TMhelix
2105  -  2127
inside
2128  -  2147
TMhelix
2148  -  2170
outside
2171  -  2770
TMhelix
2771  -  2793
inside
2794  -  2818
TMhelix
2819  -  2841
outside
2842  -  2860
TMhelix
2861  -  2883
inside
2884  -  3047
TMhelix
3048  -  3070
outside
3071  -  3183
TMhelix
3184  -  3206
inside
3207  -  3298
TMhelix
3299  -  3321
outside
3322  -  3324
TMhelix
3325  -  3344
inside
3345  -  3348
TMhelix
3349  -  3371
outside
3372  -  3385
TMhelix
3386  -  3408
inside
3409  -  3414
TMhelix
3415  -  3437
outside
3438  -  3456
TMhelix
3457  -  3479
inside
3480  -  3485
TMhelix
3486  -  3508
outside
3509  -  6768
 
 
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