Strain
Hedgehog_MK907286
(Region: China; Strain: Erinaceus hedgehog coronavirus HKU31 strain F6, complete genome.; Date: 14-Aug)
Gene
replicase polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGCGACTGGTGTGGGTTCTCAAGGTGCGAGAGCCACGTATAGAGCAGCGCTCAACAATGAAAAACGTCAAGACCATACAACCCTAACTGTGCCATGCTGTGGTACAGGGGTTAAGGTTTCAAGTCTTTCACCTTGGTTCATGGATGGTGAAACTGCCTATAGAACCGTGAAAGATGCACTCCTTAAAGGAGAAAAACTTCTGTTCGCTCCAAGTAATTTGAGTGGATATATTAAGCATCTCCCAGGCCCACGTGTATACCTGGTTGAGAGGCTCACTGGAGGTAATTACTCCGAACCTTTCATTGTTAACCAACTTGCTTGGGCTGAAGATCAGCATGGACCAATTTTTGGTACAACCATGCAGGGCAAGCCTGTTGGGTGTTTCTTTCCTTATGACGCATGCCTTGAAACTGGTACCTATACCTTCAAGCTGCGTAAGAATGGGCTTGGCGGACAATTGTTTCGCGAAAGACCCATGTATGAATGCAACGATTTTCGTGGCATACCTGATTTTTCAGCTTTTGTTGATGACTTGCAGGAAAATCCTAAAGGCAAGTTTTCTAACAATTTGTTTAAGAAATTGACAGGTGGAGATTTCATTCCTGTCGATCAGTATATGTGTGGATTTGACGGTCAGCCCGTTAAAGCCTACTTGTCATTGGTCACCAAAGAAGGTTTAACCACTTTGTCTGACATTGAAGCCGATGTACGTTCACGTGTGGACAAACAGGGGTTTCTAATTTTTAAAGGAAAAACTTATAGAGTTGTCTGGTTTACCGAGCGCAAGGATGTAGCATACGATAAACAGACACTTTTTACGGTGAATTGTGTGATGCAACGTAATGGACTAAAGTGTGTCCCTGCACACCCCTTCACATTAGGGGGGCGCGTGAATGTTCTTAAACCACGCGTAGTCAAAGGAAACTTAGTAGACCTTACATTGAAGTCAAAAATCTTGTTTACAATGTATGGTGAAGGTGCAATTGATGACCCTTCATACATTTACCATTCTGCATTTGTGGATTGTTCAGAATGTGGTGAAGGTGTGTGGTGCACAGGTAATGCTGTGTCAGGGTTTGCGTGTGAGTGTGGAGCTCAGTACAAGTCAACTGAAGTTCTGCTACAATCTTCAGGTTTAGTTAAACCTAATGCCATCTTTTGTGCAACTTGTCCTTTTGCTGAAGGTGATAGCTGTACTTCTGAATGCAAGCATACTATTGCTCAAGTCATTAGTAATTTGAGTGATAAGTGTGTTGTTTTCCCTCAGGGTAAGAGTTTTGTGCTAATATATGGGGGTGTAGTTTATGCCTACATGGGCTGTGCACAAGGAACTATGTATTTTGTACCACGTGCTACATCTGTTGTTTCAAGAATTGGAGATTCTTGTTTCACAGGTTGTGTTGGTGTTTGGTCTAAAGTGCAACAAATAGCAAACCTATTTACGGAAAAAGCACAGCAGCACTTGAATTTTGTTAACAACTTTGTTGTTAGCGATGTTGTTGTCGCATTGTTAACAGGCACAACATCGAGTGTTGAGAAGTTGCATGATCTTTTAGAGAACGTTACTTTCGAGAAGGTTCGCAACCATTTTGCAGCACATGGGATAAAGGTAACCATGGGAAATTATGTTGAAAGTGCTATTAATGTTGGATTGTCAAGCTTGACAACTGCTGCTATTAATGCACCTTTTATGGTTCTATCTAATTTAGGTGAGACTTTTAAGAAATGTGCTGCAGTGCCGTTTAAAAAATGTGGCTCATTTATGCAAATGTGTAAACACCTGTCAGACTCTGTAGTCTTTAGAGTGTTACCTTATGATTTACAATCTTCACAAGATTTCTTTGATTTGTTGCTGAATTGCGTACAACTTTCGGCAGCATCATTGTATTTCGCATCGCAGAGTGTCACTACTAGAGCCTTTGTTATGCTAGATGCATTACCAGTGTCTGTGAAGAATGTTGCTAGGACATTTATTGAGACTTGTCTAGGCGCTGCAAACTTCACACTTAAAGTCCTTTGTGAATTAGTTAACCTTGTAAAAGTTATTTTTTCCAAGGCCTATGTTTATACTAGAGCTGGATTTGTTGCTACGATGGAGTATGTTTCTCCTTTGACACAACGTCTCCTAGATGCTCTATCTAAAGCTATGCGCTTGTTGCATAAGAAAGTATCATGGGCAGGTTCTAAAGTCCATGCTGTTATTTTTGAGGGTAAAGATGCACTAGTCTTTCCCTCCGGCACATATCATTGTGTCACGGCCCCTGGTAGTGTTGTGGGTGCACACCTAGATGCAACTATACCAGGTGATTTTACTAAAAAGCAGCTCTCAATGCTGTCAGTTATAGGACATTCATCAACTGTGGATGTGCGACCTAAAACTAGAACGTTAGAAGTGGTTTATGGTCAGCTTGAAGAAACTAACACACATAGTCCACCTATTGTTGTTGGTGACTTTGTTGTTGTTAGTGATAAGGTGTTTGTGCGCAGTGAAGAGGAGGGGCAACCAGTTTTCTATCCTATGTGTACAAATGGTCGTGCTGTACCAACCTTATTTAAATTAAAGGGTGGTGCTCCTATTAAGAAAGTCACTTTTGGTGAAGACCAAGTAAAAGAAGTGGCTGCAGTTAGAACTGTTACTGTAGAGTATAACATTCACCCAGTGTTGAATGTGTTGCTCGGTAACACGGATCTTAAAACATTTGTTGTTGCTAAGGATCTTTCCGTATCAGAATTTAGTAGCGTTGTGCAAGAAGAGGTTGCTAGTTTATTGGCAAAACTCTTGCATGGCGTGGAGATAGATGATTTTGATTTGGAAGAGTTTATAGAAACTCAGTGCTATGTCTTCAACCAAGAAGGTGATGAAGAATGGAAATCTAATATGGTCTTTTCTGTTCATCCAGTAGAGTGTGATGAAGAGGAAGATTATGAGTCTGAGAATGAAGAAGATTCACCGATTGTTGGTGGTGAGGAAGACTCTTGGGCTTCAATTGTAGATGCTGTTTTTCCAATAGATGAGACAGATGTTAATGACCAACAACAAAATGATGTTGTACAAGGCTTTGATGATGGTGTCTTATGTGATACTATTATTTCAGAAAACCAAGAGGATGTAAAACCGAAAGGAGATGCACCGCCTGTTGATCTCACTCCTAAAAAAGCAACTGTTGAGGCTAAAGCACTCACAGCAACTCCGGAGCTTGAGACACAGGAAGTAAGTGTCAACCCAGAGTTGCCATCTTCAACTGGTTTAAAAAGTCATGAGGATGCAGAATTAAAAGACGTTGCATCTTCTGTTGAACAGGTTTTTAATAAGTTGGAACCTGAAAAACAGGTAAGAGAGCATGTTAAAAACACTAAGTGTGCTCAAGTAGAACCTATTTTTAGGTATAAACATAAGGTCTTGGATGGTTGTGTCACTATAGTGCTCGCAGATGCTATTCAAGTGTCTAAAAGCTATTCCGATAGTGTTTTGGTAAATGCGGCTAATATACACCTGAGACATTCTGGTGGTATAGCAGCCGCTATTAACAACGCATCTAAAGATGCTGTGCAAAAGGAGTCAGATGCTTATATTAAAGCTAATGGCAACTTAGCTGTAGGTGATGCAATCTTATTAGATGGTCACGGCATAGCGAAGAACATCCTGCATGTTGTAGGCCCTGATGCCAGACAGAATCAGGATGTTACTTTGTTAACGAGGTGTTATAAGGCTATGAATGCCTATCCTTTAATAGTTACACCCTTAGTCTCATCAGGTATATTTGGTGTAGACCCTAGTGTGTCATTACAAATGTTGCAGAGTGTTGCTAAAACTAGGTTTTTAGTTTGTGTAAATTCTGAGACTGTTTATAATAAGTTGACAAAAGTTGTTGTACCAACAGGTTTGACTTATTCATTTGAAGGCATGCGAGGTGCTGTGTCTAAAGCGCGCGAATATGATTTTACTCTGTTTGTGTGCGTAGAACATGCAGCTAATGTTAAACTTTTGAGGAGACTAGGTGTTAATCCTAGTGTTAAGAAATCGACAGTAGATGGTGTACGGTATTATTGTTATAATGCAAAAGACCCCATTGCTAATATTGTTGAGGCTGCCAATAAAACTAAAGGCATAGTAGCAATGCCATTGGGTTATATTACCCATGGTTTTGACTTGATCCAAGCAAGAGCCATTGTTAATATGGTAACAGTGCCTTATGTGTGTTTATTAGCAAGCAAGGACCAATTAGCCATGATGCAAGGTGATGACATGAATGGCAGTCCTCTTGCAGATTTTGTTAGTAGTATTAAAGGCCATAAGGGTTATGCACATTGGCATTTAGTCCAGGGTGAAATTCTTGTTAATGGCACTTCATATAGTAAGCTTTTGCATTGGTCTGATCAAACCATAGTTTGTAGTAAGGATAAATTATTCGTTTTGAAAAACGATAATTTATTGCCTTTTGAAAATGTTGAGCAGTGTAGATCTTATTTGAAATCAAGGACTACACAGCAATTGGACATCGAAGTGCTTGTTACTATCGATGGTGTTAATTTTAGATCTGCAAGATTAAATAATAAAGCAACATTTAGAAGCCAGTTAGGTGCAGTGTTTCTGAATGGTGTTGATATTTCAGATACTATACCAGATGTCAAGTGCAATGGTGTTAGTGTTTATTTAGCAGACAATTTGTCATCTAATGAAATGGAGGCTCTGACGGAAACATATGGTTTTAATGAGCCATCATTTTTGTATAAGTATTATTCCATACGTGCACAGGTTGCAAAATGGAAGATGAGCATGTGTGAAGGGACACCCTCTCTTTGTCTCAATAGTAACAACTGCTATATTAATGCAGCTGTTATGATGTTGGACTGTTTGAGAGATATTAAATTCAATGTACCTGCCCTCCAAGCAGCGTATATGAAATTTAAAGGTGGTGATCCTTGTGATTTTATTGCACTTTTGATGGTGTATGGTAATTGCACTTATGGTGCTCCTGATGATGCATCCAT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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009469
RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009466 NSP11
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR042570 NAR_sf
IPR014828 NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR024375 Nsp3_coronavir
IPR036333 NSP10_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR038083 R1a/1ab
IPR036499 NSP9_sf
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1443 Identity=71.94%
Cov(Q)=13.13% Cov(P)=97.38%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7084
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
366.163049999996
Exp number, first 60 AAs:
0.01102
Total prob of N-in:
0.04240
outside
1 - 2148
TMhelix
2149 - 2171
inside
2172 - 2183
TMhelix
2184 - 2206
outside
2207 - 2296
TMhelix
2297 - 2319
inside
2320 - 2339
TMhelix
2340 - 2362
outside
2363 - 2762
TMhelix
2763 - 2785
inside
2786 - 3035
TMhelix
3036 - 3055
outside
3056 - 3069
TMhelix
3070 - 3092
inside
3093 - 3098
TMhelix
3099 - 3121
outside
3122 - 3125
TMhelix
3126 - 3148
inside
3149 - 3568
TMhelix
3569 - 3586
outside
3587 - 3595
TMhelix
3596 - 3618
inside
3619 - 3624
TMhelix
3625 - 3644
outside
3645 - 3670
TMhelix
3671 - 3690
inside
3691 - 3696
TMhelix
3697 - 3717
outside
3718 - 3736
TMhelix
3737 - 3759
inside
3760 - 3770
TMhelix
3771 - 3793
outside
3794 - 7084
