Strain
Human_OC43_MN306043
(Region: USA; Strain: Human coronavirus OC43 strain SC0841, complete genome.; Date: 2019)
Gene
replicase polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCGAAGATCAACAAATACGGTCTCGAACTACACTGGGCTCCTGAATTTCCATGGATGTTTGAGGACGCAGAGGAGAAGTTGGACAACCCTAGTAGTTCAGAGGTGGATATGATTTGCTCCACCACTGCGCAAAAGCTGGAAACAGACGGAATTTGTCCTGAAAATCATGTGATGGTGGATTGTCGCCGACTTCTTAAACAAGAGTGTTGTGTGCAGTCTAGCCTAATACGTGAAATTGTTATGAATGCAAGTCCATATTATTTGGAGGTGCTACTTCAAGATGCTTTGCAGTCCCGTGAAGCAGTTTTGGTTACAACCCCCTTAGGTATGTCCTTAGAGGCATGCTATGTGAGAGGTTGTAATCCTAAAGGATGGACCATGGGTTTGTTTCGGCGTAGAAGTGTGTGTAACACTGGTCGTTGCACTGTTAATAAGCATGTGGCCTATCAGTTATATATGATTGATCCTGCGGGTGTCTGTCTTGGTGCAGGTCAATTCGTGGGTTGGGTCATACCCTTAGCTTTTATGCCTGTGCAATCCCGGAAATTTATTGTTCCATGGGTTATGTACTTGCGTAAGCGTGGCGAAAAGGGTGCTTACAATAAAGATCATGGATGTGGCGGTTTTGGACATGTTTATGATTTTAAAGTTGAAGATGCTTATGACCAGGTGCATGATGAGCCTAAGGGTAAGTTTTCTAAGAAGGCTTATGCTTTAATTAGAGGGTATCGTGGTGTTAAACCACTTCTCTATGTAGACCAGTATGGTTGTGATTATACTGGTAGTCTTGCAGATGGCTTAGAGGCTTATGCTGATAAGACATTGCAAGAAATGAAGGCATTATTTCCTACTTGGAGTCAGGAACTCCCTTTTGATGTAATTGTGGCATGGCATGTTGTGCGTGATCCACGTTATGTTATGAGATTGCAGAGTGCTGCTACTATATGTAGTGTTGCATATGTTGCTAATCCTACTGAAGACTTGTGTGATGGTTCTGTTGTTATAAAAGAACCTGTGCATGTTTATGCAGATGACTCTATTATTTTACGTCAATATAATTTATTTGACATTATGAGTCATTTTTATATGGAGGCAGATACAGTTGTAAATGCTTTTTATGGTGTTGCTTTGAAAGATTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGTTACATTGATTGCGAACAAGACTCTTGTGATTTTAAAGGTTGGATTCCTGGTAACATGATAGATGGTTTTGCTTGCACCACTTGTGGTCATGTTTATGAAGTAGGTGATTTGATAGCACAATCTTCAGGTGTTTTGCCTGTTAACCCTGTATTGCATACTAAGAGTGCAGCAGGTTATGGTGGTTTTGGTTGTAAAGATTCTTTTACTCTGTATGGCCAAACTGTATTTTATTTTGGAGGTTGTGTGTATTGGAGTCCAGCACGTAATATATGGATTCCTATATTAAAATCCTCTGTTAAGTCATATGACGGTTTGGTTTATACTGGAGTTTTAGGTTGCAAGGCTATTGTAAAGGAAACAAATCTCATTTGCAAAGCTCTGTACCTTGATTATGTTCAACACAAGTGTGGCAATTTACACCAACGGGAGTTGCTAGGTGTTTCAGATGTGTGGCATAAACAATTGCTAATAAATAGAGGTGTTTATAAACCCCTGTTAGAGAATATTGATTATTTTAATATGCGACGCGCTAAATTTAGTTTAGAAACTTTTACTGTTTGTGCAGATGGCTTTATGCCTTTTCTTTTAGATGATTTAGTTCCACGCGCATATTATTTGGCAGTAAGTGGTCAAGCATTTTGTGATTATGCAGATAAACTTTGCCATGCTGTTGTGTCTAAGAGTAAAGAGTTACTTGATGTGTCTCTGGATTCTTTAGGTGCAGCTATACATTATTTGAATTCTAAGATTGTTGATTTGGCTCAACATTTTAGTGATTTTGGAACAAGTTTTGTTTCTAAAATTGTTCATTTCTTTGAGACTTTTACTACTAGCACTGCTCTTGCATTTGCATGGGTTTTATTTCATGTTTTGCATGGTGCTTATATAGTAGTGGAGAGTGATATATATTTTGTTAAAAACATTCCTCGTTATGCTAGTGCTGTTGCACAAGCATTTCAGAGTGTTGCTAAAGTTGTACTGGACTCTTTAAGAGTTACTTTTATTGATGGCCTTTCTTGTTTTAAGATTGGACGTAGAAGAATTTGTCTTTCAGGCAGAAAAATTTATGAAGTTGCGCGTGGCTTGTTACATTCATCCCAATTGCCATTAGATGTTTATGATTTAACCATGCCTAGTCAAGTTCAGAAAGCCAAGCAAAAACCTATTTATTTAAAAGGTTCTGGTTCTGATTTTTCATTAGCAGATAGTGTGGTTGAAGTTGTTACAACTTCACTTACACCATGTGGCTATTCTGAACCACCTAAAGTTGCAGATAAAATTTGCATTGTGGATAATGTTTATATGGCCAAGGCTGGTGATAAATATTACCCTGTTGTGGTTGATGATCATGTTGGACTCTTGGATCAAGCATGGAGAGTTCCTTGTGCTGGACGGCGTGTTACATTTAAGGAACAGCCTACAGTAAAGGAGATTATAAGCATGCCTAAGATTATTAAGGTTTTTTATGAGCTTGACAATGATTTTAATACTATTTTAAATACTGCGTGTGGAGTGTTTGAAGTGGATGATACTGTTGATATGGAGGAATTTTATGCTGTGGTGATTGATGCCATAGAAGAGAAACTTTCTCCATGTAAGGAGCTTGAAGGTGTAGGTGCTAAAGTTAGTGCCTTTTTACAGAAATTAGAGGATAATCCCCTATTTTTATTTGATGAGGCTGGCGAAGAAGTTTTTGCTCCTAAATTGTATTGTGCCTTTACAGCTCCTGAAGATGATGACTTTCTTGAGGAAAGTGATGTTGAAGAAGATGATGTAGAAGGTGAGGAAACTGATTTAACTATCACAAGTGCTGGACAGCCTTGTGTTGCTAGTGAACAGGATGAATCTTCTGAAGTCTTAGAGGACACTTTGGATGATGGTCCAAGTGTGGAGACATCTGATTCACAAGTTGAAGAAGATGTAGAAATGTCGGATTTTGTTGATCTTGAATCTGTGATTCAGGATTATGAAAATGTTTGTTTTGAGTTTTATACTACAGAGCCAGAATTTGTTAAAGTTTTGGGTCTGTATGTGCCTAAAGCAACTCGCAACAATTGCTGGTTGCGATCAGTTTTGGCAGTGATGCAGAAATTGCCCTGTCAATTTAAAGATAAAAATTTGCAGGATCTTTGGGTGTTATACAAGCAACAGTATAGTCAGTTGTTTGTTGATACCTTGGTTAATAAGATACCTGCTAATATTGTACTTCCACAAGGTGGTTATGTTGCTGATTTTGCATATTGGTTTTTAACCTTATGTGATTGGCAGTGTGTTGCATACTGGAAATGCATTAAATGTGATTTAGCTCTTAAGCTTAAAGGCTTGGATGCTATGTTCTTTTATGGTGATGTTGTCTCACATATATGCAAGTGTGGTGAGTCTATGGTACTTATTGATGTTGATGTGCCATTTACAGCCCACTTTGCTCTTAAAGATAAGTTGTTTTGTGCATTTATTACTAAGCGTATTGTGTATAAAGCAGCTTGTGTTGTGGATGTTAATGATAGTCATTCTATGGCTGTTGTTGATGGTAAACAAATTGATGATCATCGTATCACTAGTATTACTAGTGATAAGTTTGATTTTATTATTGGGCATGGTATGTCATTTTCAATGACTACTTTTGAAATTGCCCAATTGTATGGTTCTTGTATAACACCTAATGTGTGTTTTGTTAAAGGTGATATAATTAAAGTGTCTAAGCTTGTTAAAGCAGAAGTTGTTGTAAACCCTGCTAATGGCCATATGGTACATGGTGGTGGTGTTGCAAAAGCTATTGCAGTAGCAGCTGGACAGCAGTTTGTTAAAGAGACTACCAATATGGTTAAGTCTAAAGGAGTTTGTGCTACTGGAGATTGTTATGTCTCTACAGGGGGCAAATTATGTAAAACTGTGCTTAATGTTGTTGGACCTGATGCGAGAACACAGGGTAAACAAAGTTATGTATTGTTAGAGCGTGTTTATAAACATTTTAACAACTATGACTGTGTTGTTACAACTTTGATCTCAGCTGGTATATTTAGTGTGCCTTCTGATGTGTCTTTAACATATCTACTTGGTACTGCTAAGAAACAAGTTGTTCTTGTTAGCAATAATCAAGAGGATTTTGATCTTATTTCTAAGTGTCAGATAACTGCTGTTGAGGGCACTAAGAAATTGGCAGCGCGTCTTTCCTTTAATGTTGGACGTTCCATTGTTTACGAAACAGATGCTAATAAGTTGATTTTAATCAATGATGTTGCATTTGTTTCGACATTTAATGTTTTACAGGATGTTTTATCCTTAAGACATGATATAGCACTTGATGATGATGCACGAACCTTCGTTCAGAGCAATGTTGATGTTCTACCTGAGGGTTGGCGTGTTGTCAATAAGTTTTATCAAATTAATGGTGTTAGAACCGTTAAGTATTTTGAGTGTACTGGAGGCATAGATATATGCAGCCAGGATAAAGTTTTTGGTTATGTACAGCAGGGTGTTTTTAATAAGGCTACTGTTGCTCAAATTAAAGCCTTGTTTTTGGATAAAGTGGACATCTTGCTAACTGTTGATGGTGTTAATTTCACTAATAGATTTGTGTCTGTTGGTGAAAGTTTTGGTAAGAGTCTAGGAAATGTGTTTTGTGATGGAGTTAATGTCACGAAGCATAAGTGTGATATAAATTATAAAGGTAAAGTCTTTTTCCAGTTTGATAATCTTTCTAGTGAAGATTTAAAGGCTGTAAGAAGTTCCTTTAATTTTGATCAGAAGGAATTGCTTGCCTATTACAACATGCTTGTTAATTGTTTTAAGTGGCAGGTTGTTGTTAATGGTAATTATTTCACTTTTAAGCAAGC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Protein
MSKINKYGLELHWAPEFPWMFEDAEEKLDNPSSSEVDMICSTTAQKLETDGICPENHVMVDCRRLLKQECCVQSSLIREIVMNASPYYLEVLLQDALQSREAVLVTTPLGMSLEACYVRGCNPKGWTMGLFRRRSVCNTGRCTVNKHVAYQLYMIDPAGVCLGAGQFVGWVIPLAFMPVQSRKFIVPWVMYLRKRGEKGAYNKDHGCGGFGHVYDFKVEDAYDQVHDEPKGKFSKKAYALIRGYRGVKPLLYVDQYGCDYTGSLADGLEAYADKTLQEMKALFPTWSQELPFDVIVAWHVVRDPRYVMRLQSAATICSVAYVANPTEDLCDGSVVIKEPVHVYADDSIILRQYNLFDIMSHFYMEADTVVNAFYGVALKDCGFVMQFGYIDCEQDSCDFKGWIPGNMIDGFACTTCGHVYEVGDLIAQSSGVLPVNPVLHTKSAAGYGGFGCKDSFTLYGQTVFYFGGCVYWSPARNIWIPILKSSVKSYDGLVYTGVLGCKAIVKETNLICKALYLDYVQHKCGNLHQRELLGVSDVWHKQLLINRGVYKPLLENIDYFNMRRAKFSLETFTVCADGFMPFLLDDLVPRAYYLAVSGQAFCDYADKLCHAVVSKSKELLDVSLDSLGAAIHYLNSKIVDLAQHFSDFGTSFVSKIVHFFETFTTSTALAFAWVLFHVLHGAYIVVESDIYFVKNIPRYASAVAQAFQSVAKVVLDSLRVTFIDGLSCFKIGRRRICLSGRKIYEVARGLLHSSQLPLDVYDLTMPSQVQKAKQKPIYLKGSGSDFSLADSVVEVVTTSLTPCGYSEPPKVADKICIVDNVYMAKAGDKYYPVVVDDHVGLLDQAWRVPCAGRRVTFKEQPTVKEIISMPKIIKVFYELDNDFNTILNTACGVFEVDDTVDMEEFYAVVIDAIEEKLSPCKELEGVGAKVSAFLQKLEDNPLFLFDEAGEEVFAPKLYCAFTAPEDDDFLEESDVEEDDVEGEETDLTITSAGQPCVASEQDESSEVLEDTLDDGPSVETSDSQVEEDVEMSDFVDLESVIQDYENVCFEFYTTEPEFVKVLGLYVPKATRNNCWLRSVLAVMQKLPCQFKDKNLQDLWVLYKQQYSQLFVDTLVNKIPANIVLPQGGYVADFAYWFLTLCDWQCVAYWKCIKCDLALKLKGLDAMFFYGDVVSHICKCGESMVLIDVDVPFTAHFALKDKLFCAFITKRIVYKAACVVDVNDSHSMAVVDGKQIDDHRITSITSDKFDFIIGHGMSFSMTTFEIAQLYGSCITPNVCFVKGDIIKVSKLVKAEVVVNPANGHMVHGGGVAKAIAVAAGQQFVKETTNMVKSKGVCATGDCYVSTGGKLCKTVLNVVGPDARTQGKQSYVLLERVYKHFNNYDCVVTTLISAGIFSVPSDVSLTYLLGTAKKQVVLVSNNQEDFDLISKCQITAVEGTKKLAARLSFNVGRSIVYETDANKLILINDVAFVSTFNVLQDVLSLRHDIALDDDARTFVQSNVDVLPEGWRVVNKFYQINGVRTVKYFECTGGIDICSQDKVFGYVQQGVFNKATVAQIKALFLDKVDILLTVDGVNFTNRFVSVGESFGKSLGNVFCDGVNVTKHKCDINYKGKVFFQFDNLSSEDLKAVRSSFNFDQKELLAYYNMLVNCFKWQVVVNGNYFTFKQANNNCFVNVSCLMLQSLHLTFKIVQWQEAWLEFRSGRPARFVALVLAKGGFKFGDPADSRDFLRVVFSQVDLTGAICDFEIACKCGVKQEQRTGLDAVMHFGTLSREDLEIGYTVDCSCGKKLIHCVRFDVPFLICSNTPASVKLPKGVGSANIFIGDNVGHYVHVKCEQSYQLYDASNVKKVTDVTGKLSDCLYLKNLKQTFKSVLTTYYLDDVKKIEYKPDLSQYYCDGGKYYTQRIIKAQFKTFEKVDGVYTNFKLIGHTVCDSLNSKLGFDSSKEFVEYKITEWPTATGDVVLAKDDLYVKRYERGCITFGKPVIWLSHEKASLNSLTYFNRPLLVDDNKFDVLKVDDVDDSGDSSESGAKETKEINIIKLSGVKKPFKVEDSVIVNDDTSETKYVKSLSIVDVYDMWLTGCKYVVRTANALSRAVNVPTIRKFIKFGMTLVSIPIDLLNLREIKPAVNVVKAVRNKTSACFNFIKWLFVLLFGWIKISADNKVIYTTEIASKLTCKLVALAFKNAFLTFKWSMVARGACIIATIFLLWFNFIYANVIFSDFYLPKIGFLPTFVGKIAQWIKNTFSLVTICDLYSIQDVGFKNQYCNGSIACQFCLAGFDMLDNYKAIDVVQYEADRRAFVDYTGVLKIVIELIVSYALYTAWFYPLFALISIQILTTWLPELFMFSTLHWSFRLLVALANMLPAHVFMRFYIIIASFIKLFSLFKHVAYGCSKSGCLFCYKRNRSLRVKCSTIVGGMIRYYDVMANGGTGFCSKHQWNCIDCDSYKPGNTFITVEAALDLSKELKRPIQPTDVAYHTVTDVKQVGCSMRLFYDRDGQRIYDDVNASLFVDYSNLLHSKVKSVPNMHVVVVENDADKANFLNAAVFYAQSLFRPILMVDKNLITTANTGTSVTETMFDVYVDTFLSMFDVDKKSLNALIATAHSSIKQGTQIYKVLDTFLSCARKSCSIDSDVDTKCLADSVMSAVSAGLELTDESCNNLVPTYLKSDNIVAADLGVLIQNSAKHVQGNVAKIAGVSCIWSVDAFNQFSSDFQHKLKKACCKTGLKLKLTYNKQMANVSVLTTPFSLKGGAVFSYFVYVCFVLSLVCFIGLWCLMPTYTVHKSDFQLPVYASYKVLDNGVIRDVSVEDVCFANKFEQFDQWYESTFGLSYYSNSMACPIVVAVIDQDFGSTVFNVPTKVLRYGYHVLHFITHALSADGVQCYTPHSQISYSNFYASGCVLSSACTMFTMADGSPQPYCYTDGLMQNASLYSSLVPHVRYNLANAKGFIRFPEVLREGLVRVVRTRSMSYCRVGLCEEADEGICFNFNGSWVLNNDYYRSLPGTFCGRDVFDLIYQLFKGLAQPVDFLALTASSIAGAILAVIVVLVFYYLIKLKRAFGDYTSVVFVNVIVWCVNFMMLFVFQVYPTLSCVYAICYFYATLYFPSEISVIMHLQWLVMYGTIMPLWFCLLYIAVVVSNHAFWVFSYCRKLGTSVRSDGTFEEMALTTFMITKDSYCKLKNSLSDVAFNRYLSLYNKYRYYSGKMDTAAYREAACSQLAKAMDTFTNNNGSDVLYQPPTASVSTSFLQSGIVKMVNPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSASDMTNPDYTNLLCRVTSSDFTVLFDRLSLTVMSYQMRGCMLVLTVTLQNSRTPKYTFGVVKPGETFTVLAAYNGKPQGAFHVTMRSSYTIKGSFLCGSCGSVGYVIMGDCVKFVYMHQLELSTGCHTGTDFNGDFYGPYKDAQVVQLPIQDYIQSVNFLAWLYAAILNNCNWFIQSDKCSVEDFNVWALSNGFSQVKSDLVIDALASMTGVSLETLLAAIKRLKNGFQGRQIMGSCSFEDELTPSDVYQQLAGIKLQSKRTRLFKGTVCWIMASTFLFSCIITAFVKWTMFMYVTTNMFSITFCALCVISLAMLLVKHKHLYLTMYITPVLFTLLYNNYLVVYKHTFRGYVYAWLSYYVPSVEYTYTDEVIYGMLLLVGMVFVTLRSINHDLFSFIMFVGRLISVFFLWYKGSNLEEEILLMLASLFGTYTWTTVLSMAVAKVIAKWVAVNVLYFTDIPQIKIVLLCYLFIGYIISCYWGLFSLMNSLFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPKNSFEALMLNFKLLGIGGVPIIEVSQFQSKLTDVKCANVVLLNCLQHLHVASNSKLWHYCSTLHNEILATSDLSVAFEKLAQLLIVLFANPAAVDSKCLTSIEEVCDDYAKDNTVLQALQSEFVNMASFVEYEVAKKNLDEARFSGSANQQQLKQLEKACNIAKSAYERDRAVAKKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVRGCVPLNAIPSLAANTLNIIVPDKSVYDQIVDNIYVTYAGNVWQIQTIQDSDGTNKQLNEISDDCNWPLVIIANRYNEVSATVLQNNELMPAKLKIQVVNSGPDQTCNTPTQCYYNNSNNGKIVYAILSDVDGLKYTKILKDDGNFVVLELDPPCKFTVQDAKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTISSTVRLQAGTATEYASNSSILSLCAFSVDPKKTYLDFIQQGGTPIANCVKMLCDHAGTGMAITVKPDATTSQDSYGGASVCIYCRARVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPVGIKDPVSYVLTHDVCRVCGFWRDGSCSCVSTDTTVQSKDTNFLNAFGVRV
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR002705
Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR009466 NSP11
IPR036499 NSP9_sf
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014827 Viral_protease
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
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PDB
6JIJ
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
4383
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
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Total prob of N-in:
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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outside
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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TMhelix
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