Strain
Avian_MN512434
(Region: Canada; Strain: Infectious bronchitis virus isolate IBV/Ck/Can/17-035614, complete genome.; Date: 2017)
Gene
1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACCAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAATTATGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACATGACCCCAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCCATTAGGCAGAAGTTTGACCGTAACCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTCTTAAAAGCCACCTCTAGGCTGGCTGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCGCCTCTTGCACGTAAATATCGTGATTTGTTGAAGACAGCATGCCAGTGGTCTCTCACTGTGGAAACACTGGATGCTCGTGCGCAAACTCTTGATGAAATCTTTGACCCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTAGCTTCAAAGATCCAGGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGACTTGTTGGAGAAGTAACTGCAAGAGTCATGGAATCTCTAGGTTCAAATTTGAGCGTTCTTTTTCAAGTTGTTAAAGAACAAATAGTCAAAATCTTTGAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAGAGTGTGAATGATTTACCACAGCGTATTGCAGCACTAAAAATGGCTTTTGCCAAGTGTGCGAGATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGGAAAGACTCTTCTTGTTAAAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCTATTGCAAATGTTTTTGAAGAATTGCCAACTGGCTTTATGGGTGCCAAAATTTTCACAACACTTGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTTCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTATAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCATTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGTGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGTAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAGCAGAAGATATTTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTCAATTTTTGGAAGCTCGCATATGGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAATTTGTTAAGACTCATTATTGTAAGGCTCAAATGTCGATTGTGGTTCTAGCAGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCGCAGGTCATCTATAAACTAGGTGGTCTTTTCACTAAAGTTGTTGATTTCTGTGAGAAACACTGGAAAGGGTTTTGTGCACAGTTGAAAAAGGCTAAGCTTATTGTGACTGAAACTCTTTGTGTTCTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTCCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTCTGTATAAGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTGCTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTTATATGGTTCAAATCGAGGATGATGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAAGGATGACAACATCTATTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACAACAGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTCAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAGATGTGTGATGACCTCAAGTTGTTTCCAGAGGCACCTGAGCCTCCACCATTTGAGAACGTTGCGCTTGTTGATAAGCACGGTAACGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGACTATGAGAGTGATTATGACATCGAGGAGGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACTGACTCAGCTGATGCTGAAGAATGTGACACAGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCGGCAAGTAACAAGTATCCTTTACCGCTTGATGATGATTATAGCGTCTACAATGGTGCAATTGTACATAAGGACGCTCTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTCATTAATAATTGTTTTGAAGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTTTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAACCTACTCAAGTCATACTTCAGGAACCTACTCAAGTCATACTTGAAAAATCAGTTGAGGATTCTACTGGTGGTTGTGAGGCAATGGCTGAACGAGCTGTCGTTGAAGAACAGGAGGTAGTTTCTGTATTTGAAGAAAAGTCTGAGGTGATTGTTTGTACACCTGCAGACCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAATTTGATGAGTTCATTCTCATTTCTGATGTTCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGAGCCACAGATTGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAACCAACCACATGCGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATACAACATGTGTAGGTGACTTAACAGTAGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGAGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGATTATTGTGAGGACTACGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAAACTTGTCACACCTTCATTTGTTAAAGGCATTCAATGTGTGAATAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGATATAGACTTGCCTGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTAGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTTTTTTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGTTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCTAGAAGCAAGACAGTCTTTACAGCAGATGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGATAAGACTGTTCTTGAATACTATGGTTTTGATGCTCAAAAGTATGTAATATATTTGCAGACTCTTGCGCAGAAGTGGAATGTCCAATATAAGGACAATTTTATTATATTAGAGTGGCGTGATGGAAACTGCTGGGTTAGTTCAGTAGTAGTACTTCTTCAAGCTGCAAAAATTAGGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAATTCCTAGGTGGTGATCCTACGGAATTTGTTGCATGGTGTTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTAGGTGATTTCTCAGATGCTAATTGGCTTTTGGCTAATTTAGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAAATGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAAGACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCACTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTATTAATAGTGGCCATTGTTATACGCAAGTTATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTTCAAAGAATTCGCCATACATTACTGCAATGTATACACACTTCTCTCTTAAGGGTGAAAATCCTTTACCTGTTGTTAAACAGAGTAAAGGAAAAACTAAAGTTGTAAAAGAGGATGTTTCTAATCTTGCCACTAGTTCTAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTGATTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTACGAGTGTCTTAGAGTACAGGAAATGCCTGATAATTTTGATGAATATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCATTGACGCTTAAAGTTAGAGGTATTAGATCAGTTGTTGATTTTAAATCAAAGGATGGTTTTACTTACAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAGGCACCAGTATACTACCCTGTCTTAGATGCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGAAGGTACTGCAAATTTTCTTGTTGGTCATCCAAATTACTATAGTAAATCTCTTCGCATTCCCACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAAATAGGAGAAAAAGTTGATGGTGTGACTACTGGTTTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAGAGAAT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Protein
MASSLKQGVSPKPRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHDPKDYADAFAIRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSRLADLEDIFGVSPLARKYRDLLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVASKIQVSAMAMRRLVGEVTARVMESLGSNLSVLFQVVKEQIVKIFEKALAIFESVNDLPQRIAALKMAFAKCARSITVVVVGKTLLVKEFAGTCLASINGAIANVFEELPTGFMGAKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADISVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSYSVSELVAAFKKGEPFKFLGHKFVYVKDAAVSFTLAKAATIVDVLKLFQSARVQAEDIWSAFTEKSFNFWKLAYGKVRNLEEFVKTHYCKAQMSIVVLAAVLGEGIWHLVSQVIYKLGGLFTKVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLIVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYKSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGYMVQIEDDGKNYMFFRFKKDDNIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTTVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKHGNDLDCIKSCHLIYRDYESDYDIEEEDAEECDTDSADAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGAIVHKDALDVVNLPSGEETFVINNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCQQEPTQVILQEPTQVILEKSVEDSTGGCEAMAERAVVEEQEVVSVFEEKSEVIVCTPADLEVVKETAEEFDEFILISDVPKEEVVSQEKEEPQIEQEPIQVVKSQREKKAKKFKVKPTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVDYCEDYVKKHGPQQKLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDIDLPDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSVTVKPGDSLSQFGQVFARSKTVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGFDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYKDNFIILEWRDGNCWVSSVVVLLQAAKIRFRGFLAEAWAKFLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCKCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFKTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSINSGHCYTQVIGKAFDNLAKDRKFSKNSPYITAMYTHFSLKGENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTDFEQWYDSNIYECLRVQEMPDNFDEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIRSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDAISLKAIWVEGTANFLVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGEKVDGVTTGFWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTQCGKLLSKAATFIVDKLGGGVVRNITDRVKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSNPVMFTGIRILDFLFEGSVCGPYNDYGKDTFDVLRYCEDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKSAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCKKVVRSNRQEVSVVVGGRKQLVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDEYGHQNTFMSPEVAGELSDKLKRHVKSTAYAYHVVDDACVVDGFVNLKYKAAIPGKDSASPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQISNDSFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYEQLVVEPVSRCVVDKVCSILSNIISVDTAALNYKAGTLRDCLLSVTKDEEAVDMSIFCHNHDVEYTSDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGGRFFITNSGAKQVFSCHTQKLLVEKKAGGVTSDTFKWLKSCFKWLFIFYILFTACCLSYYYVEMNRSFVHPMYDVNSTLHVEGFKVIDKGVIREIVSEDTCFSNKYVNFDAFWGKPYENNRNCPIVTAVIDGDGTIAAGVPGFVSWVLDGAMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFGSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIFHTPYIVKFVSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATVVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSVLAVVLLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPTWLACVYLGFILYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGSYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEAYLAAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNHEFEITTQNGVALNVVSRRLRGAVLILQTAVANAETPKYKFIKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSFVRKATSWFWSRCILACFLFVLCAIVLFTAVPLRYYVHAAVILLAAVFFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLISRIVVFFSQWYDPVVFDTMVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYSVNSFNTSLLVLYQFLKLGFVIYASSSTLAAYTEGNWDLFFELVHTTVLANVSSNSLIGLFVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIINGFGWLFTCYFGVYWWINKVFGLTLGKYEFKVSVDQYRYMCLHKISPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGMLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVRCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCVSGDNIAWPLKVSLTRNGHNRVDVALQNNELVPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLFCRAHVAHPGGAGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDSLRQPKPSVQSAAGAPDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 651 Identity=88.83%
Cov(Q)=9.04% Cov(P)=99.72%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3962
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
397.51104
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00612
outside
1 - 1726
TMhelix
1727 - 1744
inside
1745 - 1756
TMhelix
1757 - 1774
outside
1775 - 1853
TMhelix
1854 - 1876
inside
1877 - 1895
TMhelix
1896 - 1918
outside
1919 - 2290
TMhelix
2291 - 2309
inside
2310 - 2567
TMhelix
2568 - 2590
outside
2591 - 2594
TMhelix
2595 - 2617
inside
2618 - 2623
TMhelix
2624 - 2641
outside
2642 - 2660
TMhelix
2661 - 2683
inside
2684 - 3105
TMhelix
3106 - 3128
outside
3129 - 3132
TMhelix
3133 - 3152
inside
3153 - 3163
TMhelix
3164 - 3186
outside
3187 - 3205
TMhelix
3206 - 3228
inside
3229 - 3234
TMhelix
3235 - 3257
outside
3258 - 3266
TMhelix
3267 - 3289
inside
3290 - 3308
TMhelix
3309 - 3331
outside
3332 - 3962
