Strain
Avian_MN512437
(Region: Canada; Strain: Infectious bronchitis virus isolate IBV/Ck/Can/18-048430, complete genome.; Date: 2017)
Gene
1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTTCAAGCCTAAAACAGGGAGTATCTCCCAAACTAAGGGATGTCATTCTTGTTGCCAAAGACATTCCCGAACAATTATGTGACGCTTTGTTTTTCTATACGTCACATGACCCCAAGGATTACGCTGATGCTTTTGCCATTAGGCAGAAGTTTGACCGTAACCTTCAGACTGGGAAGCAGTTTAAATTTGAAACTGTGTGTGGTCTCTTCCTCTTGAAGGGAGTTGACAAAATAACACCTGGTGTCCCAGCAAAAGTCTTAAAAGCCACCTCTAGGCTGGCTGATTTGGAAGACATCTTTGGTGTCTCGCCTCTTGCACGTAAATATCGTGATTTGTTGAAGACAGCATGCCAGTGGTCTCTCACTGTGGAAACACTGGATGCTCGTGCGCAAACTCTTGATGAAATCTTTGACCCAACTGAAATACTTTGGCTTCAGGTAGCTTCAAAGATCCAGGTTTCAGCTATGGCAATGCGCAGACTTGTTGGAGCAGTAACTGCAAGAGTCATGGAATCTCTAGGTTCAAATTTGAGCGTTCTTTTTCAAGTTGTTAAAGAACAAATAGTCAAAATCTTTGAAAAGGCACTGGCTATTTTTGAGAGTGTGAATGATTTACCACAGCGTATTGCAGCACTAAAAATGGCTTTTGCCAAGTGTGCGAGATCAATTACAGTTGTGGTTGTTGGAAAGACTCTTCTTGTTAAAGAGTTTGCTGGAACTTGTCTTGCAAGCATTAATGGTGCTATTGCAAATGTTTTTGAAGAATTGCCAACTGGCTTTATGGGTGCCAAAATTTTCACAACACTTGCCTTCTTTAAAGAAGCAGCTGTGAAAATTGTGGAAAATATACCAAATGCACCAAGAGGTACTAGAGGTTTTGAAGTCGTTGGTAACGCCAAGGGAACGCAAGTTGTTGTGCGTGGCATGCGAAATGATTTAACTCTGCTCGACCAAAAAGCTGACATTTCTGTTGAGAAAGAAGGTTGGTCTGCAATTCTTGAAGGACATCTGTGTTATGTCTTTAAGAGTGGTGATCGTTTTTATGCGGCACCTCTTTCTGGGAATTTTGCATTGCATGATGTGCATTGTTGTGAGCGTGTTGTCTGTCTGTCTGATGGTGTAACACCAGAGATAAATGATGGACTCATTCTAGCAGCAATCTATTCATCTTATAGTGTCTCAGAACTCGTGGCAGCACTTAAAAAGGGTGAACCATTCAAGTTCTTGGGTCATAAATTTGTGTATGTGAAGGATGCAGCAGTCTCTTTCACTCTTGCAAAAGCAGCCACTATTGTAGATGTACTGAAGCTGTTTCAATCAGCTCGTGTGCAAGCAGAAGATATTTGGTCTGCATTTACTGAAAAGTCTTTCAATTTTTGGAAGCTCGCATATCGAAAAGTGCGTAATCTTGAAGAATTTGTTAAGACTCATTATTGTAAGGCTCAAATGTTGATTGTGGTTTTAGCAGCAGTGCTTGGAGAAGGCATTTGGCATCTTGTCTCGCAGGTCATCTATAAACTAGGTGGTCTTTTCACTAAAGTTGTTGATTTCTGTGAGAAACACTGGAAAGGGTTTTGTGCACAGTTGAAAAAGGCTAAGCTTATTGTGACTGAAACTCTTTGTGTTCTAAAAGGAGTTGCACAGCACTGTTTCCAACTATTGCTGGATGCAATACATTCTCTGTATAAGAGTTTTAAGAAGTGTGCACTTGGTAGAATTCATGGAGACTTGCTCTTCTGGAAAGGGGGTGTACACAAAATTGTTCAAGATGGCGATGAAGTTTGGTTTGACGCCATTGATAGTATTGATGTTGAAGATCTGGGTGTTGTCCAAGAAAAACCCATAGATTTTGAGGTTTGTGAAGACGTAACACTTCCAGAAAATCAACCTGGTTATATGGTTCAAATCGAGGATGACGGAAAGAACTATATGTTCTTCCGCTTCAAAAAGGATGATAACATCTATTATACACCAATGTCTCAACTTGGTGCAATTAATGTAGTTTGCAAAGCAGGCGGTAAAACCGTTACCTTTGGAGACACAACAGTGAAAGAAATACCGCCACCTGATGTTGTGCCTATTAAGGTTAGCATCGAGTGCTGTGGTGAACCATGGAATACAATCTTTAAGAAAGCTTATAAAGAGCCCATTGAAGTTGAGACAGACCTCACAGTTGAACAATTGCTCTCTGTGATCTATGAGAAGATGTGTGATGACCTCAAGTTGTTTCCAGAGGCACCTGAGCCTCCACCATTTGAGAACGTTGCGCTTGTTGATAAGCACGGTAACGACTTGGATTGCATAAAATCATGCCATCTTATCTACCGTGACTATGAGAGTGATTATGACATCGAGGAGGAAGATGCTGAGGAGTGTGATACTGACTCAGCTGATGCTGAAGAATGTGACACAGCCTCAGAATGTGAAGAAGAGGACGAGGATACTAAAGTGTTGGCTCTTATACAAGACCCGGCAAGTAACAAGTATCCTTTACCGCTTGATGATGATTATAGCGTCTACAATGGTGCAATTGTACATAAGGACGCTCTTGATGTTGTGAATCTACCATCTGGTGAAGAAACCTTTGTCATTAATAATTGTTTTGAAGGAGCTGTTAAACCACTCCCACAGAAAGTTATTGATGTTTTAGGTGACTGGGGTGAGGCTGTTGATGCACAAGAACAATTGTGTCAACAGGAACCTACTCAAGTCATACTTGAAAAATCAGTTGAGGATTCTACTGGTGGTTGTGAGGCAATGGCTGAACGAGCTGTCGTTGAAGAACAGGAGGTAGTTTCTGTATTTGAAGAAAAGTCTGAGGTGATTGTTTGTACACCTGCAGACCTAGAAGTTGTTAAAGAAACAGCAGAAGAATTTGATGAGTTCATTCTCATTTCTGATGTTCCTAAAGAAGAAGTTGTGTCTCAAGAGAAAGAGGAGCCGCAGATTGAACAGGAGCCTATTCAAGTTGTTAAATCACAACGTGAAAAGAAGGCTAAAAAGTTCAAGGTTAAACCAACCACATGCGAAAAACCCAAATTTTTGGAGTATACAACATGTGTAGGTGACTTAACAGTAGTAATTGCCAAAGCATTGGATGAGTTTAAAGAGTTCTGCATTGTAAATGCTGCTAATGAGCATATGTCTCACGGAGGCGGCGTTGCTAAGGCAATTGCGGACTTTTGTGGACCTGATTTTGTGGATTATTGTGAGGACTACGTTAAGAAACATGGGCCTCAACAAAAACTTGTCACACCTTCATTTGTTAAAGGCATTCAATGTGTGAATAATGTTGTAGGACCTCGCCATGGAGATATAGACTTGCCTGATAAGCTTGTTGCTGCTTACAAGAATGTTCTTGTAGATGGTGTTGTCAATTATGTAGTGCCAGTCCTCTCATCAGGAATTTTTGGTGTTGATTTTAAGATGTCTATAGACGCTATGCGCAAGGCTTTTGAAGGTTGCGACATACGCGTTCTTCTTTTTTCCTTGTCTCAAGAACACATCGATTATTTCGATGTTACTTGTAAACAGAAGACAATTTATCTTACAGAGGACGGTGTTAAATACCGCTCTGTTACTGTGAAACCAGGTGACTCTTTGAGTCAATTTGGACAGGTTTTTGCTAGAAGCAAGACAGTCTTTACAGCAGATGATGTTGAGGATAAAGAAATTCTCTTCATTCCTACTACTGATAAGACTGTTCTTGAATACTATGGTTTTGATGCTCAAAAGTATGTAATATATTTGCAGACTCTTGCGCAGAAGTGGAATGTCCAATATAAGGACAATTTTATTATATTAGAGTGGCGTGATGGAAACTGCTGGGTTAGTTCAGTAGTAGTACTTCTTCAAGCTGCAAAAATTAGGTTTAGAGGTTTTCTTGCAGAAGCATGGGCTAAATTCCTAGGTGGTGATCCTACGGAATTTGTTGCATGGTGTTATGCAAGTTGCAATGCTAAAGTAGGTGATTTCTCAGATGCTAATTGGCTTTTGGCTAATTTAGCAGAATACTTTGATGCTGATTACACGAATGCATTCCTTAAGAGGCGTGTGTCATGTAAATGTGGGGTTAAGAATTGTGAAGTTAGAGGCCTTGAAGCTTGTATTCAACCAGTAAAGGCACCCAATCTTCTTCATTTTAATACTCAGTACACAAATTGTACAGTGTGTGATGCAAATAGTGTGGATGAGGTGGTAGAAGCCTCATTACCATATCTGTTGCTCCTTGCTACTGATGGTCCTACTACAGTGGATTGTGATGAAAATGCTGTAGGGAATGTTGTTTTCATTGGCTCTATTAATAGTGGCCATTGTTATACGCAAGTTATTGGTAAGGCTTTTGATAATCTTGCTAAGGATAGAAAATTTTCAAAGAATTCGCCATACATTACTGCAATGTATACACACTTCTCTCTTAAGGGTGAAAATCCTTTACCTGTTGTTAAACAGAGTAAAGGAAAAACTAAAGTTGTAAAAGAGGATGTTTCTAATCTTGCCACTAGTTCTAAAGTCAGTTTTGATAATCTTACTGATTTTGAACAGTGGTATGATAGTAACATCTACGAGTGTCTTAGAGTACAGGAAATGCCTGATAATTTTGATGAATATGTGTCATTTACAACAAAGGAAGATTCTAAGTTGCCATTGACGCTTAAAGTTAGAGGTATTAGATCAGTTGTTGATTTTAAATCAAAGGATGGTTTTACTTACAAGTTAACACCTGATACTGATGAAAATTCAAAGGCACCAGTATACTACCCTGTCTTAGATGCTATTAGTCTTAAGGCAATATGGGTTGAAGGTACTGCAAATTTTCTTGTTGGTCATCCAAATTACTATAGTAAATCTCTTCGCATTCCCACTTTTTGGGAAAATGCAGAGAGCTTTGTTAAAATAGGAGAAAAAGTTGATGGTGTGACTACTGGTTTTTGGCGTGCAGAACACCTTAATAAACCTAACTTGGAGAGAATTTTCAACATTGCTAAGAAAGCAAT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Protein
MASSLKQGVSPKLRDVILVAKDIPEQLCDALFFYTSHDPKDYADAFAIRQKFDRNLQTGKQFKFETVCGLFLLKGVDKITPGVPAKVLKATSRLADLEDIFGVSPLARKYRDLLKTACQWSLTVETLDARAQTLDEIFDPTEILWLQVASKIQVSAMAMRRLVGAVTARVMESLGSNLSVLFQVVKEQIVKIFEKALAIFESVNDLPQRIAALKMAFAKCARSITVVVVGKTLLVKEFAGTCLASINGAIANVFEELPTGFMGAKIFTTLAFFKEAAVKIVENIPNAPRGTRGFEVVGNAKGTQVVVRGMRNDLTLLDQKADISVEKEGWSAILEGHLCYVFKSGDRFYAAPLSGNFALHDVHCCERVVCLSDGVTPEINDGLILAAIYSSYSVSELVAALKKGEPFKFLGHKFVYVKDAAVSFTLAKAATIVDVLKLFQSARVQAEDIWSAFTEKSFNFWKLAYRKVRNLEEFVKTHYCKAQMLIVVLAAVLGEGIWHLVSQVIYKLGGLFTKVVDFCEKHWKGFCAQLKKAKLIVTETLCVLKGVAQHCFQLLLDAIHSLYKSFKKCALGRIHGDLLFWKGGVHKIVQDGDEVWFDAIDSIDVEDLGVVQEKPIDFEVCEDVTLPENQPGYMVQIEDDGKNYMFFRFKKDDNIYYTPMSQLGAINVVCKAGGKTVTFGDTTVKEIPPPDVVPIKVSIECCGEPWNTIFKKAYKEPIEVETDLTVEQLLSVIYEKMCDDLKLFPEAPEPPPFENVALVDKHGNDLDCIKSCHLIYRDYESDYDIEEEDAEECDTDSADAEECDTASECEEEDEDTKVLALIQDPASNKYPLPLDDDYSVYNGAIVHKDALDVVNLPSGEETFVINNCFEGAVKPLPQKVIDVLGDWGEAVDAQEQLCQQEPTQVILEKSVEDSTGGCEAMAERAVVEEQEVVSVFEEKSEVIVCTPADLEVVKETAEEFDEFILISDVPKEEVVSQEKEEPQIEQEPIQVVKSQREKKAKKFKVKPTTCEKPKFLEYTTCVGDLTVVIAKALDEFKEFCIVNAANEHMSHGGGVAKAIADFCGPDFVDYCEDYVKKHGPQQKLVTPSFVKGIQCVNNVVGPRHGDIDLPDKLVAAYKNVLVDGVVNYVVPVLSSGIFGVDFKMSIDAMRKAFEGCDIRVLLFSLSQEHIDYFDVTCKQKTIYLTEDGVKYRSVTVKPGDSLSQFGQVFARSKTVFTADDVEDKEILFIPTTDKTVLEYYGFDAQKYVIYLQTLAQKWNVQYKDNFIILEWRDGNCWVSSVVVLLQAAKIRFRGFLAEAWAKFLGGDPTEFVAWCYASCNAKVGDFSDANWLLANLAEYFDADYTNAFLKRRVSCKCGVKNCEVRGLEACIQPVKAPNLLHFNTQYTNCTVCDANSVDEVVEASLPYLLLLATDGPTTVDCDENAVGNVVFIGSINSGHCYTQVIGKAFDNLAKDRKFSKNSPYITAMYTHFSLKGENPLPVVKQSKGKTKVVKEDVSNLATSSKVSFDNLTDFEQWYDSNIYECLRVQEMPDNFDEYVSFTTKEDSKLPLTLKVRGIRSVVDFKSKDGFTYKLTPDTDENSKAPVYYPVLDAISLKAIWVEGTANFLVGHPNYYSKSLRIPTFWENAESFVKIGEKVDGVTTGFWRAEHLNKPNLERIFNIAKKAIVGTSVVTTQCGKLLSKAATFIVDKLSGGVVRNITDRVKGLCGFTRGHFERKLSPQFIKTLIFFFFYFVKASAKSVATSYKRVLCKVVFTTLFILWFMYTSNPVMFTGIRILDFLFEGSVCGPYNDYGKDTFDVLRYCEDDFTCRVCLHDRDSLHLYKHAYSVEQFYKSAVSGISFNWNWLYLVFLILFVKPVAGFVIICYCVKYLVLSSTVLQTGVGFLDWFVQTVFTHFNFMGAGFYFWLFYKIYIQVHHILYCKDITCEVCKKVVRSNRQEVSVVVGGRKQLVHVYTNSGYNFCKRHNWYCRNCDEYGHQNTFMSPEVAGELSDKLKRHVKSTAYAYHVVDDACVVDGFVNLKYKAAIPGKDSASPAVKCFSVTDFLKKAVFLKEALKCEQISNDSFIVCNTQSAHALEEAKNAAIYYAQCLCKPILILDQALYEQLVVEPVSRCVVDKVCSILSNIISVDTAALNYKAGTLRDCLLSVTKDEEAVDMSIFCHNHDVEYTSDGFTNVIPSYGIDTDKLTPRDRGFLINADASIANLRVKNAPPVVWKFSDLIKLSDSCLKYLISATVKSGGRFFITNSGAKQVFSCHTQKLLVEKKAGGVTSDTFKWLKSCFKWLFIFYILFTACCLSYYYVEMNRSFVHPMYDVNSTLHVEGFKVIDKGVIREIVSEDTCFSNKYVNFDAFWGKLYENNRNCPIVTAVIDGDGTIAAGVPGFVSWVLDGAMFVHMTQTERKPWYIPTWFNREIVGYTQDSIITEGSFYTSIALFSARCLYLTASNTPQLYCFNGDNDAPGALPFGSIIPHRVYFQPNGVRLIVPQQIFHTPYIVKFVSDSYCRGSVCEYTKPGYCVSLNSQWVLFNDEYTSKPGVFCGSTVRELMFNMVSTFFTGVNPNIYMQLATMFLILVVVVLIFAMVIKFQGVFKAYATVVFTIMLVWVINAFVLCVHSYNSVLAVVLLVLYCYASLVTSRNTSIIMHCWLVFTFGLIVPTWLACVYLGFILYMYTPLFFWCYGTTKNTRKLYDGNEFVGSYDLAAKSTFVIRGSEFVKLTNEIGDKFEAYLAAYARLKYYSGTGSEQDYLQACRAWLAYALDQYRNSGVEIVYTPPRYSIGVSRLQAGFKKLVSPSSAVERCIVSVSYRGNNLNGLWLGDTIYCPRHVLGKFSGDQWNDVLNLANNHEFEITTQNGVALNVVSRRLRGAVLILQTAVANAETPKYKFIKANCGDSFTIACSYGGTVVGLYPVTMRSNGTIRASFLAGACGSVGFNIEKGVVNFFYMHHLELPNALHTGTDLMGDFYGGYVDEEVAQRVPPDNLVTNNIVAWLYAAIISVKESSFSLPKWLESTTVSVEDYNKWAGDNGFTPFSTSTAITKLSAITGVDVCKLLRTIMVKSSQWGSDPILGQYNFEDELTPESVFNQIGGVRLQSSFVRKATSWFWSRCILACFLFVLCAIVLFTAVPLRYYVHAAVILLAAVFFISFTVKHVMAYMDTFLLPTLLTVIIGVCAEVPFIYNTLISRIVVFFSQWYDPVVFDTMVPWMFLPLVLYTAFKCVQGCYSVNSFNTSLLVLYQFLKLGFVIYASSSTLAAYTEGNWDLFFELVHTTVLANVSSNSLIGLFVFKLAKWMLYYCNATYFNNYVLMAVIINGFGWLFTCYFGVYWWINKVFGLTLGKYEFKVSVDQYRYMCLHKISPPKTVWEVFSTNILIQGIGGDRVLPIATVQSKLSDVKCTTVVLMQLLTKLNVEANSKMHAYLVELHNKILASDDVGECMDNLLGLLITLFCIDSTIDLSEYCDDILKRSTVLQSVTQEFSHIPSYAEYERAKNLYEKVLADSKNGGVTQQELAAYRKAANIAKSVFDRDLAVQKKLDSMAERAMTTMYKEARVTDRRAKLVSSLHALLFSMLKKIDSEKLNVLFDQASSGVVPLATVPIVCSNKLTLVIPDPETWVRCVEGMHVTYSTVVWNIDTVIDADGTELHPTSTGSGLTYCVSGDNIAWPLKVSLTRNGHNRVDVALQNNELVPHGVKTKACVAGVDQAHCSVESKCYYTNISGNSVVAAITSSNPNLKVASFLNEAGNQIYVDLDPPCKFGMKVGDKVEVVYLYFIKNTRSIVRGMVLGAISNVVVLQSKGHETEEVDAVGILSLCSFAVDPADTYCKYVAAGNQPLGNCVKMLTVHNGSGFAITSKPSPTPDQDSYGGASVCLFCRAHVAHPGGVGNLDGRCQFKGSFVQIPTTEKDPVGFCLRNKVCTVCQCWIGYGCQCDSLRQPKPSVQSAAGVPDFDKNYLNGYGVAVRLG
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR040795 Nsp1a_N
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR014829 NSP8
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR036499 NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
3LD1
E-value=0.0 Score= 650 Identity=88.58%
Cov(Q)=9.08% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3954
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
398.55685
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.02246
outside
1 - 1718
TMhelix
1719 - 1736
inside
1737 - 1748
TMhelix
1749 - 1766
outside
1767 - 1845
TMhelix
1846 - 1868
inside
1869 - 1887
TMhelix
1888 - 1910
outside
1911 - 2282
TMhelix
2283 - 2301
inside
2302 - 2559
TMhelix
2560 - 2582
outside
2583 - 2586
TMhelix
2587 - 2609
inside
2610 - 2615
TMhelix
2616 - 2633
outside
2634 - 2652
TMhelix
2653 - 2675
inside
2676 - 3097
TMhelix
3098 - 3120
outside
3121 - 3124
TMhelix
3125 - 3144
inside
3145 - 3155
TMhelix
3156 - 3178
outside
3179 - 3197
TMhelix
3198 - 3220
inside
3221 - 3226
TMhelix
3227 - 3249
outside
3250 - 3258
TMhelix
3259 - 3281
inside
3282 - 3300
TMhelix
3301 - 3323
outside
3324 - 3954
