Strain
Avian_MN517816
(Region: China; Strain: Avian coronavirus; Date: 2009)
Gene
spike protein
Description
Annotated in NCBI,
spike protein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTTGGTGAAGTCACTGTTTTTAGTGACTCTTTTGTTTGCACTATCTAGTGCTACTTTGTATGACAATGATACTTATGTTTATTACTATCAGAGCGCTTTTAGACCGCCAAATGGTTGGCATTTATATGGTGGTGCTTATGCAGTAGTCAATGTTACTACTCAACTTAACAATGCAGGCAATGCGTCTGTCTGTATTGGTGGTAGTATTCAAGGCGGCTATGTATTTAATGCTTCTTCTGTAGCTATGACCGCTCCGAATAATGGTATGACTTGGTCTACAGCACAATTTTGTACTGCACACTGCAATTTTTCGGACGTTACAGTGTTTGTTACACATTGTTTTAATGCAACTCGAGGCGCTTGTCCTACGGGCTTTGTTCCAAGGAATTATATACGTATTTCTGCTATGAAAAATGGTTCTCTGTTTTATAATTCAACAATTAGTGTATCTAAATACCCTAGATTTATGTCATTTCAGTGTGTTAATAATTTAACATCTGTCTATTTGAATGGTGACCTTGTTTACACTTCTAATGAGACCACAGACGTTACATCTGCAGGTGTTTATTTTAAAGCCGGTGGACCTATAACTTATAAAATTATGAGAGAAGTTAAAGCCTTGGCTTATTTTATTAACGGTACTGCACAAGATGTTATTTTGTGTGATGACACACCTAGAGGTTTGCTAGCATGTCAATATAATACTGGCAATTTCTCAGATGGTTTCTATCCTTTTACTAATAGTAGTTTAGTTAAGCAAAGGTTTGTTGTTTATCGTGAGAATAGTGTTAATACTACTCTTACTTTAACCAACTACACTTTTTATAATGAGACTAATGCCTCACCTAATTCAGGTGGTGTCCATACTATCTCAACTTATCAAACACAAACTGCTCAGAGTGGTTATTATAATTTTAATTTATCATTTCTGAGTAGTTTTGTGTATAGAGAGTCTAATTTCATGTATGGGTCTTACCACCCAGCATGTAATTTTAGACTAGAAACTATTAATAATGGCTTGTGGTTTAACTCACTATCAGTCTCATTAGCTTATGGCCCTCTTCAAGGTGGGTGTAAGCAATCAGTTTTTACAGGTAGAGCTACTTGTTGTTATGCGTACTCCTACAATGGACGTCGCCAGTGTAAAGGAGTTTACAGTGGTGAGTTACAACAAAATTTTGAATGTGGGCTGTTGGTTTATCTTACTAAGAGTGATGGCTCTCGTATACATACAGCCACAGAACCACCGGTTATAACTCAACACAATTATAATAATATTACTTTAAATACTTGTGTTGAGTACAATATATATGGTAGAGTTGGCCAAGGCTTTATAACTAATGTAACCGACTCAGCAGCTAGCTATAATTATTTAGCAGATGCTGGATTGGCAATTTTAGATACTTCAGGTGCCATAGACATTTTCGTTGTACAAGGTGAATATGGTTTCAATTATTATAAGGTTAACCCTTGTGAAGATGTTAATAAGCAGTTTGTAGTGTCAGGAGGCAAGTTAGTAGGCATTCTGACTTCTCGTAATGAAACTGGTTCTCAGCCTCTTGAAAATCAGTTTTATATTAAGTTAACTAATGGAAGTCGTCGTTTTAGACGTTCTATTAGTAGTAATGTTACTAGTTGTCCATATGTTAGTTATGGCAGGTATTGCATTGAACCTGATGGTTCACTTAAACAAATAGTACCACAAGAATTACAACATTTCGTGGCACCTTTACTTAATGTTACAGAATATGTGCTCATACCTAACAGCTTTAATTTGACTGTTACAGATGAGTACATACAAACTCGTATGGATAAAGTTCAAATTAACTGCCTTCAATATGTTTGTGGAAATTCTATTGAATGCAGAAAATTGTTTCAGCAATATGGCTCTGTCTGTGACAACATATTGTCTGTAGTAAATAGTGTTGGTCAGAAAGAAGACATGGAACTTTTACACTTCTATTCTTCTACTAAACCAAAAGGTTTTGATACACCAGTTCTGAGTAATGTTAGTACTGGTGGTTTTAATATTTCACTTTTGTTAACACCACCTAGTAGTCCTAGAAGGCGTTCTTTTATAGAAGATTTGTTATTTACAAGTGTTGAAACAGTTGGGTTGCCAACTGATGCTGAATATAAAAAATGCACAGCGGGACCTTTGGGTACTCTTAAAGATCTTATCTGTGCTAGGGAATATAATGGTTTACTAGTGTTGCCTCCAATTATTACTGCGGATATGCAAACAATGTATACTGCTTCTTTAGTAGGAGCTATGGCTTTTGGTGGTATTACATCAGCTGCAGCTATACCTTTTGCTACACAGATTCAGGCAAGAATTAATCATCTTGGTATTACACAGTCTTTGTTACTGAAAAACCAAGAAAAGATTGCTGCTTCCTTTAATAAGGCCATTGGTCATATGCAGGAAGGTTTTAGAAGCACTTCGCTAGCATTACAACAGGTTCAAGATGTTGTTAATAAGCAGAGTGCTATTCTTATGGAAACTATGAATTCTCTTAATAAGAATTTTGGTGCCATTTCCTCAGTCATTCAAGACATTTATGCGCAACTTGATGCAATTCAAGCAGATGCTCAAGTTGATCGTCTTATCACTGGTAGACTATCGTCTCTTTCAGTGCTAGCCTCTGCTAAGCAGTCTGAATACCTTAGAGTATCACAACAGCGTGAGTTGGCTACTCAAAAAATTAATGAGTGTGTCAAATCACAATCTACTAGGTATGGATTTTGTGGTAGTGGAAGACATGTTCTTTCGATACCACAAAATGCACCTAATGGTATAGTGTTTATACACTTTACATATACTCCAGAGAGTTTTGTTAATGTCACAGCAATAGTTGGCTTTTGTGTAAACCCACCTAATGCTAGTCAGTATGCAATAGTACCTGTTAATGGTAGGGGTGTTTTTATACAAGTTAATGGCACATACTATATTACGTCACGTGACATGTATATGCCAAGAGATATTACAGCAGGAGATATAGTTACCTTGACTTCTTGTCAAGCAAACTATGTTAGTGTTAACAAAACCGTCATTACTACATTTGTGGATAACGATGATTTTGATTTTGAGGATGGATTGTCAAAATGGTGGAATGATACTAAGCATGAGCTACCAGACTTTGACGAATTCAACTACACAGTACCTGTACTTAATATTAGTAGTGAGATTGATCGTATTCAAGGTGTTATACAGGGTCTTAATGACTCTTTGATAGACCTCGAAACACTCTCAATTCTCAAAACTTACATTAAGTGGCCTTGGTATGTGTGGCTTGCCATAGCTTTTGCCATCACTATCTTCATCCTAATATTAGGTTGGGTGTTTTTCATGACTGGTTGTTGTGGTTGTTGTTGTGGATGCTTTGGCATTATTCCATTAATGAGTAAGTGTGGTAAGAAGTCTTCTTACTACACGACTTTTGATAATGATGTGGTAACTGACCTTTACAGACCTAAAAAGTCTGTTTAA
Protein
MLVKSLFLVTLLFALSSATLYDNDTYVYYYQSAFRPPNGWHLYGGAYAVVNVTTQLNNAGNASVCIGGSIQGGYVFNASSVAMTAPNNGMTWSTAQFCTAHCNFSDVTVFVTHCFNATRGACPTGFVPRNYIRISAMKNGSLFYNSTISVSKYPRFMSFQCVNNLTSVYLNGDLVYTSNETTDVTSAGVYFKAGGPITYKIMREVKALAYFINGTAQDVILCDDTPRGLLACQYNTGNFSDGFYPFTNSSLVKQRFVVYRENSVNTTLTLTNYTFYNETNASPNSGGVHTISTYQTQTAQSGYYNFNLSFLSSFVYRESNFMYGSYHPACNFRLETINNGLWFNSLSVSLAYGPLQGGCKQSVFTGRATCCYAYSYNGRRQCKGVYSGELQQNFECGLLVYLTKSDGSRIHTATEPPVITQHNYNNITLNTCVEYNIYGRVGQGFITNVTDSAASYNYLADAGLAILDTSGAIDIFVVQGEYGFNYYKVNPCEDVNKQFVVSGGKLVGILTSRNETGSQPLENQFYIKLTNGSRRFRRSISSNVTSCPYVSYGRYCIEPDGSLKQIVPQELQHFVAPLLNVTEYVLIPNSFNLTVTDEYIQTRMDKVQINCLQYVCGNSIECRKLFQQYGSVCDNILSVVNSVGQKEDMELLHFYSSTKPKGFDTPVLSNVSTGGFNISLLLTPPSSPRRRSFIEDLLFTSVETVGLPTDAEYKKCTAGPLGTLKDLICAREYNGLLVLPPIITADMQTMYTASLVGAMAFGGITSAAAIPFATQIQARINHLGITQSLLLKNQEKIAASFNKAIGHMQEGFRSTSLALQQVQDVVNKQSAILMETMNSLNKNFGAISSVIQDIYAQLDAIQADAQVDRLITGRLSSLSVLASAKQSEYLRVSQQRELATQKINECVKSQSTRYGFCGSGRHVLSIPQNAPNGIVFIHFTYTPESFVNVTAIVGFCVNPPNASQYAIVPVNGRGVFIQVNGTYYITSRDMYMPRDITAGDIVTLTSCQANYVSVNKTVITTFVDNDDFDFEDGLSKWWNDTKHELPDFDEFNYTVPVLNISSEIDRIQGVIQGLNDSLIDLETLSILKTYIKWPWYVWLAIAFAITIFILILGWVFFMTGCCGCCCGCFGIIPLMSKCGKKSSYYTTFDNDVVTDLYRPKKSV
Summary
Uniprot
EMBL
Proteomes
ProteinModelPortal
PDB
6CV0
E-value=0.0 Score=1813 Identity=84.43%
Cov(Q)=90.54% Cov(P)=95.29%
3D Structure
Ontologies
GO
Subcellular Location
From MSLVP
Topology
Length:
1163
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
41.89902
Exp number, first 60 AAs:
2.03607
Total prob of N-in:
0.09431
outside
1 - 1094
TMhelix
1095 - 1117
inside
1118 - 1163
