Strain
Bat_MN611518
(Region: China; Strain: Miniopterus pusillus bat coronavirus HKU8-related isolate 6610, complete genome.; Date: 18-Mar)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGTTCTAACCATTTGACCCTGGCTTTTGCCAGTGATTCTGAAATTTCTGCTTCAGGCTGTTCCACCCGTGAAGAGGCCGTCTCACGCTATAGTGAGGCCGCGATTTATGGGTTTGAGAACTGCCGCTTTGTTGCGTCCGGTCTCCAAGAGATCGTTGACGGTGTCAGCGCAGATGATTATGTGCTGTGTTTCTCAGGTGTCACAACACTGAGGGCTTTTGTTGGTAAGTATGGTGACCGTCCCCGCAATTTGCGTGGTTGGTTATTGTTCTCCAACTGTAATTATTTCTTGGAAGAAATCGATGTCATCTTTGGCTTTGGTGGTGGTGATGCCGGTCCTGTATATGTGGATAACTACATGTGCGGTGCTAATGGCAAACCCGTCTTGCCTGCTGATGTTTGGGTCTTCCAGGACTATTTTGGTGAAGAGACTGAACTTATTGTTAATGGTGTTAAGCATGTCAAGGTTTGGCATGTTACACGCACTGACATTCCGTACCAATTTCAGTCTCTAGGTGCCATTGAGTCAATTGAGTGGCTCACTGACATTCCTCACACGCTGCGAAGCGGGAGTAAACTTTCCGCTGCGCGTGCTGTTAAGCATAGTAAGAATGTCGTCTTGTCTGAACCACTCAAGACTCTGTATCAGGCATGTGGTAGCCCATTTGTTACTAATGGCTCCACCTTGCGTGAAGCTGTGCCAAAACCTGTCTTTGCACATGCATATGTTGCGTGTAAATGTGGCAGGAAATCTTGGTCTGTTGGTGATTGGTCTGGCTATAAATCCACATGTTGTGGTGTTTTTGGCAAGCCACAGTGTGTCGTCTTTGGTGAGGTCGTGCCAGGTGACGTCTTTATCACTACTAGTTCAGTTGGTAGTGGTACACGTTACTATAACGGCCTTACTGTGAAGCATGTTGTCACTGTTGATGGACTTGCATGCTGGCGTGTGCTTAAAACTCAGAGTGTTGATGGCTTGACAGCCACTTCATCTTTTGATGATTACTCTGATGCTGCCTTTGATTGCTGTGTTTACCACAACAACACCCAGCTTGCTGTTGCATATAAAATGGGTCTGTTAAGTGGCAACTTTGATGAGACAGTCATCGATGGCGTACTTGCTGGTGCCATTGATGTTGGCTCTGCTGTCTTAGATGTCATTGACAGAATCTGTGATGCGCAACCTTGGTTCATCCAGAAATTTGGCGCACTGTTTGAATCTGCATGGGCTGCATTTGTTGCCACTCTTAAAAAGATTCCAGCGCTGTCGTCAGAGTTCGTGCAGCTTTGCAGTGCTTTACAGAAAGCCATCCTTACTGTGCGCGATGGTGTTATTGACTTTTACGTCGAGAATGTAGCACCCAAGTTTGCAGCTGCAGTTGAGGCTTTTAAGATGCTTGTTGTTGGCGTGTTTGATTTTTCTGTTGACACCTACAAGGTTGTGGGTGAAACTTTTAAGCGCGTTGGTGATTACGTTCTTCTTGGTAATGCAGTGGCTAAGTTGGTTACTACAAAGGTCAAGGGAGTTCGTCAGGCCGGCGCAAAGAAAGTCACTTTTGCCACACCTGTTATTGGTGTTGCTAAAAGGGTTACATCCACACGTACAGAAATTGACAGCGTTCAGCTTGTTGCTTGTGCTTCTACACCACTTGTTGAAAATGGGTGTACTGTCATAGTTGATGGCATTGCATTCTTTAAGAGTGGTGGTGTTTACAGGCTTATGGCTGACACAGATCTCGTTTACGAGACACCTGTTTACTGTCAACAAGCCGCTTGCAAGCCAGTCTTTAAGTGTGCTAAACCTGATGGTTTTCCTGATGTAACTAGTGTCAACCCCGACACTTTGGCCCATGAGGTCAAGAAGATTTTGGGAGGCATAGCGAGACCATTTGACAAGTACACTTGTAGTGTCATTAATGGTGAGTGCCAGGTTGACCATAGTTATAATTTTAAGGCCCCTGCTTATATCACAGACAAGCAGCAGTTTGTTATGCTCTGCAAAGACTTTGTTGTCGATGCCAAGTTTGAAGAGTTTTATGTTAAGGCTCTTGAAGCTAAGTCCCTTGACGGTTTTGAGCCTTATTATGAGGCCTTTACCATCTTTAAGGGGGAGCTTAAATGTCCTGCTGAGTTGATTGAGCTTGATGATGGTGGCTTGTTTAACACCTTTATCAAAACTGTTAACAGTGCTTATGATTTTGTTAAGAATCTTAAAGTTTCTGTTACTGTTAAGGGTGTCATTTGTACAGCTGCCAAGCGTTTTAAGCGTTGGGCTAATGCGCTTGCAAAGATTTATACTGAGTTTATTACTGGTGCCTGTAAGACTGTCGTTATTGGCGGTCTTGAGTTTGCATACTATTGTTTTGCAAAACCTGCCATTGCACTCGGTGATATTTTTGTGCGCGTTTCTAAGAACGCTCTTAGTGCTTTTAATAGACCAACTGAGGCTGGTGCTGTTGATGCTCTCGTCTTTGAAGGCGGTGATATTGAAACTGTCTGTTCGCGCGTTCAGTTTGATACTGTGGCGCTTGAACCTGTGCAGGAAGTACCAGTTCCTAGTGATGGCTATGTTGCTGTTGTTGATGGCTACACTTTCTTTACCGATGGCACTCATTACTTCCCAACTGGACTGTCACGGTGCTACACAACGTGTTTTAAACGTGGTGGTGGTACTGTTGAGTTTTCAGAGGTTGTGGAAGTTAAAGAGATCGATCCAGTCTATAAGGTTCGTCTTGAGTACGAATTTGAGGACGAGAACATTGCCATTGTTTGTAAGAAGGCCATCGGCAAAACTATCACCTTTGAGGGCACTGATTGGTCTGAGTTTGAACAAACTCTTATTAACGCAGTTTCTGTGGTTGGTGAGTTTGTTGACCTTCCTGATTTTTATGTTTATGATGAGGAAGGTGGGACAGATCTTTCTAAGGTTGTGATGGTGTCACAATGGCCTTTGAAGTCTTCACCCGAACCACAAGATTTTGATCCTTCACCACTAGCAGCATTTGTTGTTAGTTGCGGTTTGGAATGTGATTTTAGTGGTTGTGGTGATCCTGTTAGTTGTTTTCAGACTGTTGAAGGTGCATTTTTGTGCATTTCAATGGAGCGTTTTTGTAAGTGTGGTACTGATCAGGCTGTTTGTGAGGGTTTCTATGTGCCTGTTAAACCTTGTGCTAGCACTGATACTTGTGATGAGTGCGGTTGTGATCGCATTTCCACGATCACTAGCATGGTAGGTACAGGTTTTGTGGACCTTTGTGACAACCCTGTTGTGCCTTTTGACTGTGTTGAGTGTGGTTTTGGTGGTTATAATGGTGTTTGCTTTGTTAATGTTGACGTTGCAATTCCACCTCCAGAGGATTTGCCACCACCACCTGAACCAGAACCAGAGCCTCCTGTTGATGCTGTGCAGGAGGTTGCTGAGGCACTGTCGTTTATTGTTGACGAACCATCTGCTTTTGTTGATCCTTTTAAGTTTGAGTATTACGACCACGCTGGTGTTCGTGTGCTTAAGCAGGAGGTTAACAATTGTTGGGTCGCTTCCACCTTGGTACAATTGCAGCTGTACGGCTTTGACAGTGATGCTATGTCACTTTTCAAAGCTGGTAGCGTTTCGCCTATGGTGCGTAGGTGCTATGAAGCTGTTGGAGCCATTCGTGGTAGTTTAGGTGATGTTTCACAGTGCCTTGAAAAACTTCTTTTTGACAGTCATACTATGTTTATGACTTTCGATGTGAAGTGTGATTGTGGTGCATCTGTGGCTGAAATGAGTGGTGCTGTGTTTCGCTTTATGCCTACTCGTGATTCTTTTAACTATGGTGCTTGTCCTACTTGTAGGAGTGTCATGGTTTATAAGATTAAGAGTATGCAGGGTACTGGCTTCTTTTGTCAGGACCCTAAACCTTTTAATACAGCGCGTTCGCTTGTTCGCCCCGTTAGTGCCAGTGTTTACAGTGGTCGTACTGACGGTGGTCATTACAAAACCAACATCTATGATGCACGTGTTTGCGTTGATGGTTTTGGCGTTACTAGTATTACTACTGGTAATGTTAATGTGGTCCTGCTTCGCGATGTTAGTTACGGTCTTGTAGAGACTGTGCCTGCCGTCGTTAATGATGTCGTTACAACCACTGTGGAAAGTGTTACCAGCGCTGTTATTCCTAGTGTAGAACCATTTGCCACTTTTGGCAGTGTTGAGTTCTACCAGGGTGATGTTAAGGCGCTGTCTGCACTTCCTTGCGACTTTGTGGTTAATGCTGCCAATGAAAATTTGCAGCATGCCGGTGGTGTCGCTAAAGCTATTAATGACCTTACTGGCGGTGTGTTACAGCGTCTTTCAGACGATTACACACGTGCCAATGGTAAGGTTAAAGTAGGTTGTGGTGTTATGCTTGAGTGCCCACTGCGTGTATTCAATGTGGTTGGGCCTCGTAAAGGCAAACACGCCAGGTCTTTGCTTGTTAAGTGCTATAAGAGTGTTCTTTCAAATCCAGGTGTACCTTTAACACCGTTGGTTAGTGTTGGTATATTTGGTGTGCCTTTGTCTGATTCTTTTATTGCACTTACAAGCGTTGTAGGTGAGAGACGCGTTTTGTGTTTCTGTTATTCAGACACAGAGCGTAAGGCTATTCTTAAGTTGATTGAGCAGCGCTCTAGCGTTGAGCAGCCAACTGTCTCAACTGCACCACCAGCAGCAGATGTGGAGGTTGCACCTGTTGTACAGTGTGTTTCAGAAACTGAAGCTGCAACTGTAGTAATGGATGTTGTTGCTGAACCACAGCCTACAGAAGTCATTGTTACACAGCCGTGTGTGCCTGAGGCACTTGAGGTAGTAGGCTCTGTGACTTATTATCCTGTTGATGTAGGTGTTGTAGGTGTTAGACCTGACAACATAATTCTACACACCACGCAAGATCTTGGTCTTTGCGCGTTTGGTAAGTTGCTAGATGAGCAGGCCTGTGGTGCATTGTCAGCTTCTATTGATGCTTATAAGCAAAATAC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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR037204
NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR009466 NSP11
IPR014827 Viral_protease
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1153 Identity=59.72%
Cov(Q)=13.43% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
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GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
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GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6896
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
392.925979999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00018
Total prob of N-in:
0.00029
outside
1 - 2078
TMhelix
2079 - 2101
inside
2102 - 2140
TMhelix
2141 - 2163
outside
2164 - 2217
TMhelix
2218 - 2240
inside
2241 - 2246
TMhelix
2247 - 2264
outside
2265 - 2273
TMhelix
2274 - 2296
inside
2297 - 2640
TMhelix
2641 - 2663
outside
2664 - 2895
TMhelix
2896 - 2918
inside
2919 - 2938
TMhelix
2939 - 2961
outside
2962 - 2970
TMhelix
2971 - 2993
inside
2994 - 3417
TMhelix
3418 - 3440
outside
3441 - 3449
TMhelix
3450 - 3468
inside
3469 - 3472
TMhelix
3473 - 3495
outside
3496 - 3509
TMhelix
3510 - 3532
inside
3533 - 3551
TMhelix
3552 - 3574
outside
3575 - 3583
TMhelix
3584 - 3606
inside
3607 - 3610
TMhelix
3611 - 3633
outside
3634 - 6896
