CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Avian_MN611523 (Region: China;  Strain: Hipposideros pomona bat coronavirus HKU10-related isolate 160942, complete genome.;  Date: 18-Mar)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  orf1ab polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCTAGCAACCAATTGACATTGGCTTTTGCCAATGACTCTGAGATTTCAGCCTATGGCTTTGACACCGTCGCGAATGCCGTGGCACAATATAGTGCTGCCGCAGCTGACGGTTTTGCTCAATGCCGATTTGTCATTACTGGTCTGCAAGACTTGGTTGTAGGTGTTAATGAAGAAGAATTTGTTCTTGTTATCACCGGTTTGAACCAACTCACAGCTCGTATTGGCAGATTCGGTGACCAGCCTCAAAACTTACGTGGCTGGTTGCTGTTCTCTAACTCTAACTACTTTTTGGGAGAGTTGGATTTAGTTTTCGGCAGTCGCGGTGGTGACACCATTTTTGTCGATAACTACTTGTGTGGTGCTAATGGCCTTCCCGTCTGTTCTGAACAAGAATGGGAGTTTAAAGACCATTTTGGTGGTCTTGATGAAGTTACCATTAATGGTACCACCTTTGTTAAAGCATGGAATGTGGACCGTACACCTGGACCATATTCAGCTCAAAATCTGCTTTCCATTAACTCTATATCTTGGTGTGGTGAAGTTCCACACTCACTTGCTGACGGCTCTATACGTAGAGTGGCCAAGCCTGTAAAGAAGAGTAAGAATGTCTTGCTTGGCAAGAATTTTCAACAGCTTTATGACAGTGTTGGTTCTCCTTTCATTACTAATGGTAAAAATCTTAGTGACGTTCTTGTGAAACCAATTTATTGTCATGCTCTTGTGAAATGTCAGTGTGGCAAAACATCTTGGACTGTTGGTGATTGGAGCTGTTATAAATCTATGTGTTGTGGTTTTAACTGCAAACCCCTTGCCATTGTTAACGGAGAAGTTATCCCTGGTGACGTTCTTGTTACTAGCGATAAAGTATCTGCCTCTGGAACTAAGTACTATAATGGTATGGTGCTTAAGTTTGTGGACAAGATTGACAATGCCTGCTTGTGGCGTATTACACAAGTTCAGAGTTGCATGGATGTTGTTGCATCTGGCAATTACACGGGTGATGAGTACATCTATCATACTGATGATGTTTGCAGTCCGACTAATATGTCGAAAACAGCTCATGCTTTTAAATTATGTTACTTCACAGGTTCTTACACAGATGAAGTAAAATCTGCCTTACTCCACGGAGAATTTGATGTTTGCATAAGCATCTGTGATGTTTCTGAACATTCTCTTCACAAACCTTGGTTTGTGCGTGAAATGGAAGAACTTCTTGGAGGGGCATGGGACAGCTTTGTGAATGCTGTTAAATCCCTATCTGTCTTGAACAGTCAACTATTTGACCTTATGAGTGGTCTTTCTAAAGCCACCATTAAGGTTGTGAATGGCTGTATTGAACTCTGTGCTAACGTTCCTGCATGTTTTAATGACGCTTTTGAGTGTCTTAGAGGCTTTGTTGAAACACTCTTTGACCTTACTGTTAATACTGTGACATTTGCTGGTCAGTCTTTTAAGGCTGTTGGCGATTACGTTCTTCTTAACAATGCTATTGTTAAGTTTGTGTCAGTGAAGGTTAAAGGTTTACACCAGGATGGCATTAAGAGTACCATGTATGCCACTACAGTTGTTGGGAAAACAGCTAAAGTTAAGTCCCGCAGAATTGAAACATGCAATGCTAACTTGAGTGTTGTACCTGACCAAACACTTGTCAAGGATGGTGTTACCAAGATTATTGGTGGCCGCTCATTCTTTTGTAGTGGAGGTTGTTACCGCTTGATGAGTGACGTTGACACTGTCATTATGTCACCTGTATACCAAGCTGCTGCACCTGTTGAGGTTGTTTTTAACTGTGTTAAACCTGTTGGTTTTGTAGATCCTGTTTGTAACACGTTGCCTGAACTTATTAGCAACGTAACTAAGCAGTTATTGCCCTTGAATAAACCTTACCGTTTCTACGACGTTAAGGTTAAAGAAGGGGTTTGTACTGTGACACAGGAAACTACATTTAGAGCACCACTTTATATAGCAGACAAAGAACTGTTTGTTCAGCTTTGTGATGAATGCGTAGATGTTCAAGGTTTTGATGATTTCTACGTAAAAGCACATGAAGCTACCAGTTTGAGCCAATTTGAACCTGTGTTTCCAGTTTTTCAACAGTTTGTAAAAATTGTTGATTGTCCTCAAATATTGAAAGATATTGATGGTGGTAGTATCTGGAAAACATTTATTCAGACTGTTGCTGATGCTGTTGAGTTTGTAAAGTCTGTCAAAATAGATTTTGGACTCGATGGTATTATTATTACAGCCACAAAGAGGTTCAAGAGATTTGCAGGCACTCTTCTTAATTTGTACAGAGAGTTTATTGCTTCTGTTACAAATGTGATTAAAATTGGTGGTAAGAGTTTTACTTACTACCTGTTTGAAAAGCCTAAGATGGCAATTGCTGGTGTTTTGCACAACGTGCGTGTACTTAAAGCTAAAGATTGCACTATTGCAGCTGAAAATGTTCTTGTTGAAATGACTGTTTTTGACAGTTTTGAAATACCTATTCAACCATTACGTGTTGAAGTTCAACAAGTTGAATTTGAAGAAGTTGAATTTGTGCAACCACAGGCTGGTGGTGTTCTTGCCGTTATTAATAAACATGTGTTTTACAACAAGGGCGACTACTATTACCCAGCTAATGAAACACATGCTGTGCCTGTATGCTACAAAAGAGGTAGTGGTATTAATGGCACCGTTGTGAAGTTTTCTGAAGTAGTTCAGGTTAAAGAAATTGAGCCTGTCCATCGTGTAAAACTTGAGTATGAGTTTGAAGATGAAACTATTACAGAAGTTTGTAAGAAAGTCATTGGCAAACGTTACAAATTTACAGGCACAGAATGGGAAGAACTGTGTAATTACATTCATAGTGTGATGAAGACAGTTTCAGGACACATTGAAGTGCCTGAGTATTTCATCTACGATGAAGAAGGTGGACAAGACTTTACAAAAATTGTTATGGTTTCTCAGTATTCAATTGCTGAAGAGCAGCCTTGCGAGGATGAGAAGGTGGATCAAGTTCAATTGGATGTTCCTAAAGAGGATCAAACAGTTGAAACACCACTTACATCACAGGTTGTGAAAACAGAGAAACAAGAACCTGTAAAACCACAAAAGTCTCAACTTGATGAAGTTAATGAAGCTCTTAGCTTTATACTTGAACCAGTACAACAGAAACCAAAGGTTAATCCTTTTAATTTTGAGTTCTATGACTATAAAGGTATTAGAGTTCTTAAACAGAAGGATAACAATTGTTGGGTTTCGTCTACATTGGTTCAACTGCAATTATTGGACTGCTATTCAGACCCTGCATTTGATTTGTTCAAGGCAGGCAGTGTTGCACCAATGGTACAAAAGTGTTATGAGCTTACGAGAAACATTATAGGTTCAGCTGGTGATGTTTCTTTTGCACTAGAACAACTTCTCAAAGACAGTCACACAATGTTTATAACATTTGATGTTGTGTGTGGTTGCAATAATGGTGAAAAACGGCAATCAGAGCTTAGTGGTTGTGTGTTTAGGTTTTTGCCTAAGTGTGAACCATTTGCCTATGGTGGTTGTCCATCTTGTGATAAACCTCTTATGCACACTATAACATCCATGCAAGGTACTGGTGTGTTTTGCCAAGACCCTAAAGCATTGGATGTGAATACGTTGTTAGTTCAACCTATGTGTGCTTCAGCCTTCATTGGCAATTGGTTTAACAACACCCTTGGTCATTACAAAACAAATGTTTATGATAAGGGATTTTGTATTGATGGTAATGGATCTTGGCCTATAACTTTGAACACCTTGAACACTATTTGTTACAAGGATATTAGTTATGTTAAACCAAGTCCTGTAGTGTCAAAACAACCAATTGTTGAAGACAAAAGTGTTAAACAAGACAAGTTGAAACCTTTTGCAACTTACAAGAATGTAGAGTTTTACAAGGGTGAGATATCTGACCTTGTGCAACTCAAACATGACTTTGTGGTTAATGCTGCTAATGAAAACTTGGGTCATGGTGGTGGTGTTGCTGCTGCGATAAACAATCTTACTAAGGGTCTGTTGCAAACGTTGTCGGATCATTATGTAAAGAAAAATGGCAAAATAAAAGTTGGACAGGGTGTTATGTTACATTGTGGTAAGGAAAACGTTTTGAACGTTGTTGGACCACGAAAGGGTAAACATTCACCTCAATTGCTTGAGAAAGCCTATAAATTTGTTTTAAAACAAAAAGGCACACCACTTACACCACTTCTTAGTGTAGGTATTTTTAAAGTACCTATTCTGGAGTCTGTTACAGCTTTAAAGAATGTTGTTGGTGACCGTCATGTTAAGTGTTTTTGTTACTCAGATGCAGAAGTTTCTGAGATACAGAAATGTCTTGACAATGATGTGGTTGGACCTAAAGTCACAGCTCCACACGTTGAAGCTGAGGTTATACCTGTGTCACAAAAGACAGAACAACAAGTAGTCTCACCTGTGGACGAAAAAGAACTTAAACCTTACAGAATCGAAGGTAAGTTCTCTTTTTATGATTGCCCTATTGCTGATGTTGCAGCTACGAAACCTGAGAGAGTTGTCTTTTTTACAGATGCTAAACTTAGTTTTTGTGATGTAGCAAAGGCATTGGATAAGCATTACGAAGGTGCTTTGACTAGCTGTGTACAGGCTTATTTGTCTGAAACACCGTTAATTCCTGCTGGTAACTTGTTGACTTTGAAGTGTGAAGGTGCCATTCCTGTAAGCTTTGCTGTGCTGCCAGATATAGATGCAGCAAATTATGACAGGAATGTTAAACGTACTTTGACAAAGATATCAAAGTTGAAGGACAAAGTATTTTGTACAATACCTCCAGTAGGAGTTATGAAACAAATGCTCAAGTGTTGCAACACAAGTTTCATTGTAACTGACACTACTAAAACTCGATTGCCAGAGTGTTTTGAGTCTAAAGTTGTAGAAGTTAAAGTTACTCATGACGGTCGTGATGTACACACCGTTAAAGTTAGAACTGATGTTGTGCTTGATGA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Protein
MASNQLTLAFANDSEISAYGFDTVANAVAQYSAAAADGFAQCRFVITGLQDLVVGVNEEEFVLVITGLNQLTARIGRFGDQPQNLRGWLLFSNSNYFLGELDLVFGSRGGDTIFVDNYLCGANGLPVCSEQEWEFKDHFGGLDEVTINGTTFVKAWNVDRTPGPYSAQNLLSINSISWCGEVPHSLADGSIRRVAKPVKKSKNVLLGKNFQQLYDSVGSPFITNGKNLSDVLVKPIYCHALVKCQCGKTSWTVGDWSCYKSMCCGFNCKPLAIVNGEVIPGDVLVTSDKVSASGTKYYNGMVLKFVDKIDNACLWRITQVQSCMDVVASGNYTGDEYIYHTDDVCSPTNMSKTAHAFKLCYFTGSYTDEVKSALLHGEFDVCISICDVSEHSLHKPWFVREMEELLGGAWDSFVNAVKSLSVLNSQLFDLMSGLSKATIKVVNGCIELCANVPACFNDAFECLRGFVETLFDLTVNTVTFAGQSFKAVGDYVLLNNAIVKFVSVKVKGLHQDGIKSTMYATTVVGKTAKVKSRRIETCNANLSVVPDQTLVKDGVTKIIGGRSFFCSGGCYRLMSDVDTVIMSPVYQAAAPVEVVFNCVKPVGFVDPVCNTLPELISNVTKQLLPLNKPYRFYDVKVKEGVCTVTQETTFRAPLYIADKELFVQLCDECVDVQGFDDFYVKAHEATSLSQFEPVFPVFQQFVKIVDCPQILKDIDGGSIWKTFIQTVADAVEFVKSVKIDFGLDGIIITATKRFKRFAGTLLNLYREFIASVTNVIKIGGKSFTYYLFEKPKMAIAGVLHNVRVLKAKDCTIAAENVLVEMTVFDSFEIPIQPLRVEVQQVEFEEVEFVQPQAGGVLAVINKHVFYNKGDYYYPANETHAVPVCYKRGSGINGTVVKFSEVVQVKEIEPVHRVKLEYEFEDETITEVCKKVIGKRYKFTGTEWEELCNYIHSVMKTVSGHIEVPEYFIYDEEGGQDFTKIVMVSQYSIAEEQPCEDEKVDQVQLDVPKEDQTVETPLTSQVVKTEKQEPVKPQKSQLDEVNEALSFILEPVQQKPKVNPFNFEFYDYKGIRVLKQKDNNCWVSSTLVQLQLLDCYSDPAFDLFKAGSVAPMVQKCYELTRNIIGSAGDVSFALEQLLKDSHTMFITFDVVCGCNNGEKRQSELSGCVFRFLPKCEPFAYGGCPSCDKPLMHTITSMQGTGVFCQDPKALDVNTLLVQPMCASAFIGNWFNNTLGHYKTNVYDKGFCIDGNGSWPITLNTLNTICYKDISYVKPSPVVSKQPIVEDKSVKQDKLKPFATYKNVEFYKGEISDLVQLKHDFVVNAANENLGHGGGVAAAINNLTKGLLQTLSDHYVKKNGKIKVGQGVMLHCGKENVLNVVGPRKGKHSPQLLEKAYKFVLKQKGTPLTPLLSVGIFKVPILESVTALKNVVGDRHVKCFCYSDAEVSEIQKCLDNDVVGPKVTAPHVEAEVIPVSQKTEQQVVSPVDEKELKPYRIEGKFSFYDCPIADVAATKPERVVFFTDAKLSFCDVAKALDKHYEGALTSCVQAYLSETPLIPAGNLLTLKCEGAIPVSFAVLPDIDAANYDRNVKRTLTKISKLKDKVFCTIPPVGVMKQMLKCCNTSFIVTDTTKTRLPECFESKVVEVKVTHDGRDVHTVKVRTDVVLDEQVGVCSLNNCDLTGVKPDDAVVDVVSVAPEVDWIAYYGFPRADLYHTLDHKQYAYENSDVEGKRVLKFSDNNCWVNTICLQLQFAKAIFKTEGLQAMWDEFLTGRVERFVHWLYWYQNIEKGQPGDVEYLLGKISRYLVNSGTVTISKNSVCCNSKRTLTTPVVEASILKSGFDDGVCKHGNACVSRISAVRGTVIVIQTGKPKVYPRAALIEGDTYTTYSGSVEDGHYTVFETKNNRVYDGDVTSTGNDLSTHAVSSVVVTNKLFEDPIEVVENQASSIVGTLDTSAEKFFSFGDIVSRNCVTFLVWLFSMFSLAFKAFKTKDVKVIAQAPQRTGVILSRSLKYNVKATNKFLQSKTKWVVLFSKMMLVLSTLYALWFLLLRFGPLHDTVCKSYVEGYSKSNFDKNAFCDNLSCKMCLYGYEELSDFPHTVTTWTHVGDPLFKTMLPLVYIAFLLIFGGVVVRGFMLYFVAQYVNQFGVALGLQDSVWALQLVPFSIFGDEIVVLFLVVKFMLFLKHVFFGCEKPSCVACSKSARLTRIPMQTIVNGSNRSFYVVANGGRKFCEKHKFFCVNCDSYGQGNTFINDVVAAEVSNVVKTNVIATGPAVVDITKVEFHNGFYYLYGDDGKTFWRYNFDITEGKYSCKEVLKNCNVLADFIVYNNVGSNLAQVKNACVYFSQLLCKPIKLVDATLLATLNVDFNGALHAAFVEVLNESFGKDLKSCSTMADCKTALDIDADDEEFVNGVSNAHRYNTLLSDLSYNNFVTSYAKPEEKLSTHDLAACMRGGAKVVNHNILVKENVPIVWYAKDFNMLSEEGRKYVVKTAKLKGVNFLLTFNDNRMQTQIPVVSVTTKCGSGIRKCYNYIWWICAFILCVFLATGLVDYTSMIVSASDYDFRYIEGGKLKVFETPLKCVHNTFSNFDNWYNSKFGFIPSKDKRCPIVVGVSNEARTIPGVPSGVFLFGKTLVFALQTVFGGSHTCYDMTGPAPVDRCIFDSACTMLNGLGGERVYCYKNGLVEGSSLYTDLQPNSYYSLPMGGYVRLPEVITSGLGFRTVRTQQTTYCRMGECVESKAGICFGANRFLVYSAESGTDFVCGTGLLSLLLNVFNMFSSSFSVLAMSGQIVFNCVLTCVVIMACLLVTKLKRMFGDLSLGVCTVVCVAIMNNLSYIITQNAVMMVVYAVLYFLSTRTFKYGWIWHVGYCIAYLSMAPWWLLFWYMCSALIGLVPSLLKLKVTSQLFDGDKFVGNFETAATGTFVLDMHSYQRIVNSIAPEKIKQHAASYNKYKYYSGAASEADYRLACYAHLAKAVLDYGTNHQDTLYTPPTISYNSTLQSGLRKMAQPSGVVEKCVVRVCYGNMALNGLWLGDVVICPRHVIASNTNALIDYEHEISVMRLHNFSVSVGNVFLGVISATMKGANLYIKVNQTNVNTPEHSFKTIKQGESFNILACYDGMPSGVYGVTMRNNYTIRGSFITGACGSPGYNVNNGKVEFCYLHQLELGSGCHVGSNLEGVMYGCYEDQPTLQIEGVNHLVTPNVIAFLYGALLNGVTWWLNSDKVSVESFNDWALNNGFTTCGNLDCFNMLSAKTGVDVQRLLAAVQRLHNSFGGKNILGYTTLTDEFTVGEVIKQMYGVTLQSNKVVGAFCNLFIVGLFVTMFWSELLQYTAFFWVSPGFVTPVFFALLLVSFLLMCFLKHKVLFLYTFLIPSVTIMASYNFVWDWSVAAELARIFDYHVSIVSFDIQGLLNVAVCLFVTLLHTMRFFKTNTSISTYVLSLAFTVYGFIVGSDVLSIVMTLLFNLTSSWYVGAIVYKMAYYLQYYTAFAQILGSIKAIMLCYIGLGYLCCVYYGFLYWINRFLKLSLGVYDFKVSANEFKFMVANGLQAPRGVFDSLALSIKLMGIGGEKTIKVSSVQSKLTDIKCTNVVLLGCLSSMNIAANTKEWSYCVDLHNKINLCNDPEAAQEMLLALLAFFLSKHKDFGFDDLLDSYFADNSILQSVASMFVNMPSFIAYENARQAYEDAIANDSAPQLVKQLKTAMNIAKSEFDREVSVQKKISRMAEQAAAQMYKEARAVNRKSKVIGAMHSLLMGMLRKLDMSNVDTILNLAKDGVVPLSIIPAACSTKLNVVSADLDSYYKICRDGCVHYAGVIWNVIDIRDNDGKIVHAKEIAPENVESIAWPIFLNCERIVKLQNNEIMPGKLKQRPVKAEGDGVSAEGMALFNNESGKTFMYAFIADKPDLKFVKWEFDNGCSVIELEPPCRFAVQTPTGTTIKYLYFVRNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKQTELAANSPLLTMCAFAVDPAKTYLDAVKRGAKPVGNCIKMLANGSGTGQAVTTGVEANTNQDSYGGASVCLYCRAHVEHPSMDGYCKLKGRYVQVPMGTIDPIRFVLENEACKVCQCWLNNGCACDRVSTSMQAFDNGYLNRARGSSAAQLEPCNGTDTDHCVRAFDIYNKDVACLGKFLKTNCVRFRNKLHKDAYFVIKRCPKSVMEHEQSIYDTLKDSGAIATHDFFIWKDGRMTYGNISRQDLTKYTMMDLVYALRNFDEKNCETLKEILVITGACDQSYFDNKFWFDPVENEDLHRVYATLGKIVANAMLKCVRLGDAMVQHGIVGVITLDNQDLNGNFYDFGDFAKTLPGMGVPLCTSYYSYMMPVMGMTNCLAGECFIKSDIFGSDFKSFDLLHYDFTDHKQALFEKYFKHWDQEYHPNCVDCHDELCIVHCANFNTLFSTTIPITAYGPLCRKVFVDGVPLVATAGYHFKQLGIVWNKDLNTHSTRLTINELLQFVTDPSLLVASSPALVDQRTVCFSVAALGTGMTKQTMQPGHFNKEFYEFLRKQGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAIKDFDYYRYNKPTMLDVCQARVAYKLVSRYFDIYDGGCITAKDVVVTNLNKSAGYPLNKFGKAGLYYESLTYEEQDALYAVTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIVNTRNASVVIGTTKFYGGWDNMLNTLINGVENPCLMGWDYPKCDRALPNMIRMISAMILGSKHTTCCTTDERYYRLCNELAQVLTEVVYSNGGFYFKPGGTTSGDASTAYANSVFNIFQAVSSNINRLLTIDSNVCNNVSVKTLQRELYDNCYRSSSVDEQFIDKYYCYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADISAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEPDISKGPHEFCSQHTMQIVDESGKYYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDAVILLERYVSLAIDAYPLSKHPNPEYRKVFYVLLDWVKHLHNTLNQGVLESFSVTLLEDTSSKFWDESFYANMYEKSAILQSAGLCVVCGSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVIATPHKFILAITPYVCSYSGCNVNDVTQLYLGGLSYYCAEHRPRLSFPLCSAGNVFGLYKASATGSPDVEIFNILATSDWTDVRDYKIANEAKDSLRLFAAETIKAKEESVKSSYACATLKEVIGPKELLLSWECGKVKPPLNRNSVFTCFHITKDSKFQVGEFVFEKVDYGSDAVSYKSTSTSKLSPGMVFVLTSHNVQPLRAPTIANQERYSSIHKLYPSFNIADAYSTLVPYYQMIGKQRITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVFTACSHAAVDSLCVKASTAYVNDRCSRIIPARARVDCFSGFKSNNNSAQYLFSTVNALPECNADIVVVDEVSMCTNYDLSVINQRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTMILRGVLEPKDYNVVTQRMCAVGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSEMVYDNKFVPVHPESKQCFKLFCKGNVHVDNGSSINRKQLDVVKLFLAKNPSWSKAVFISPYNSQNYVASRALGLQIQTVDSSQGSEYDYVIFTQTSDTQHACNVNRFNVAITRAKKGILCIMCDKELFDALKFFEIKLTDLQAGEGCGLFKDCSRKPDLLPPSHATTFMSLSDNFKTSGDLAVQVGVNGVCKYEHVISFMGFRFDTNIPGYHSLFCTRDFAMRHVRGWLGMDVEGAHVVGDNIGTNVPLQVGFSNGVDFVVQPEGCVVNEFGTNIQPVRARAPPGEQFAHLIPLMRRGQPWVVVRKRIVQMCCDYLSGLSDVLVFVLWAGGLELTTMRYFVKVGQVKHCHCSKDATCYNSTTHEYYCFKHALGCDYLYNPFVIDIQQWGYTGSLSLNHHEVCNVHRNEHVASGDAVMTRCLAIHDCFVKSLDWSITYPFIANEREINSGGRIVQRMLMKTAIKLYNPKAIHDIGNPKGIRCAVTDAKWFCYDRQPLNSNVKLFEYDYITHGQLDGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRCRSNLNLEGTNGGSLYVNKHAFHTPAFDKRAFAKLKPAPFFFYDDGPCDRIQEEINYVPLRASNCITRCNIGGAVCSTHAKQYYDYVNAYNSYTQAGFTLWVPNTFDLFNLWQTFADTKLQSLENIAYNVIKKGSFVGESGELPVAIVNDKVFVREGTVDNLVFVNKTSLPANVAFELFAKRKVGLTPPLSVLRNLGVVSTYKFVLWDYEAERPFTSFTKGTCSYTDFDEDVTTCFDNAIAGSFERFTLTRNAVLISNVAIKKLVGMKIAYGLLNGVPVSVCENKPVMWYIYVRKDGQFVDQYDGYYTQGRNIAEFLPRSDMEKDFLEMDMGMFINKYGLEDYAFEHVVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLQKMGVLKIDEFTSSNDGTLKSCTVTYANNPSSKMVCTYMDLLLDDFVAILKNLDLDVVSKVQEVIIDCKVWRWMLWCKGHKVQTFYPQLQSAEWKCGYSMPSIYKIQRMCLEPYNLYNYGASLKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPYNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPSDAIIVDNDVEDYVSDADYSITGDCSTVYLEDKFDLVISDMYDGKTKHCDGENVSKEGFFVYINGVINEKLALGASVAIKVTEYSWNKKLYELIQRFEFWTLFCTSVNTSSSEAFLIGISYLGTFSDKPVIDGNVVHANYIFWRNSTIMSMSYNSVLDLAKFNCKHRATAVIQLKDSDINDMVLGLIKRGKILIRMNGTYMGFSNHLVSTKQK

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF08715   Viral_protease
PF06460   NSP16
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF13087   AAA_12
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
Interpro
IPR027352   CV_ZBD
IPR014828   NSP7
IPR036333   NSP10_sf
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR037227   EndoU-like
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR009466   NSP11
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499   NSP9_sf
IPR011050   Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014829   NSP8
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR014827   Viral_protease
SUPFAM
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF53335   SSF53335
SSF144246   SSF144246
SSF52540   SSF52540
SSF140367   SSF140367
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
SSF51126   SSF51126
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1157     Identity=59.22%     Cov(Q)=13.66%     Cov(P)=97.07%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6784
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
394.246439999993
Exp number, first 60 AAs:
0.00284
Total prob of N-in:
0.00031
outside
1  -  1963
TMhelix
1964  -  1986
inside
1987  -  2026
TMhelix
2027  -  2049
outside
2050  -  2112
TMhelix
2113  -  2135
inside
2136  -  2154
TMhelix
2155  -  2177
outside
2178  -  2529
TMhelix
2530  -  2549
inside
2550  -  2748
TMhelix
2749  -  2771
outside
2772  -  2785
TMhelix
2786  -  2808
inside
2809  -  2828
TMhelix
2829  -  2851
outside
2852  -  2860
TMhelix
2861  -  2883
inside
2884  -  3305
TMhelix
3306  -  3328
outside
3329  -  3332
TMhelix
3333  -  3355
inside
3356  -  3361
TMhelix
3362  -  3384
outside
3385  -  3398
TMhelix
3399  -  3421
inside
3422  -  3432
TMhelix
3433  -  3450
outside
3451  -  3453
TMhelix
3454  -  3476
inside
3477  -  3496
TMhelix
3497  -  3519
outside
3520  -  6784
 
 
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