Strain
Avian_MN611525
(Region: China; Strain: Hipposideros pomona bat coronavirus CHB25 isolate CHB0025, complete genome.; Date: 18-Mar)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGATTTCACTTGCTGTGTTCCTGGCTGAGTTGTTGGTCATTATTAGCAAATTACCTCCTGTTTTATTAAATAGTCCCGCTGACCTGTGCAACTGGAATGCTGGTGAGAAACCTACAATAGATTTAGGTTTACCTCCTAATTCCACCGTGTTTGTTAGTGGCTATTTACCGACGCCTGAAAACCAATGGCATTGTAAGGCAGGCTTAGTTTCCTATAATGATGTACATGGTTTTTTCTGGTCTTACTATGCTCAAGCTGAAAATGTTGCTATTGGCATCTCTAGCGCTGACCAAACTTCTAACAGTGATCAATGGGCAATGTACATTTGGCAGCGTAACAATGGTGGTGGCAACGCACGTCTTAAAATTTGTAAGTGGTCTGGCACTTTTGCACCCACATATAGTCCACATGTTGAGCGTGGTGTTTGCATTGTTAATATTAGGTTTACTATGCAATTTTACCATGCTGGTAAAGAAGTTGTTGGTGTGACCTGGAATGATGACATTGTCACCATTTATGGGTTAAGTAAAACTTACAGGTTTCACCTAGCTAACAAATGGTCTAGAGTTACTGTGCAGTGTCAAACACCACAATCTTGTGGCATCCTACCTGTTTACAATGTAACCACGCTTAACATCACTACTGATGCTAATGGCCGTATTGCCACCTATAGTGTTTGTGATTCATGCGCTGGTTTTCCTGCACACGTTTTTCCTGTTGGTGATGGCGGTTACATACCTATTGACTTTGACTTTACTAATTGGTTTGTCCTAACAAACAAATCAACCATTATTCAAGGTCGCACTACTGCCATTCAACCTTTGCGTTTACTTTGTCTTTGGCCGGTGCCTGTTTTACTCGCAACAGACAACCCTATTTACTTCAATTTGTCCAGAAGTGAAGGTGTTCGCTGTAATGGTTTTAGAACTGAAGGTGTTGCTGATGTCTTAAGGTTTTCCCTTAATTTTACGCAAACACAAGTGCTTAATGGTGTGCACAATATTGTTTTTAACACCGATTACAGCAATTACACTTTCACGTGCACGAACGACACTGTCATAGGCAATGGCCGTTCAATTGTACCATTTGGCTTTCTTGATGAAGTTTATAGATGTTTTGTCCTAACACAAACACCCAATGGAACTATTAGCACTTTTGTTGGTGTTTTACCGCCAGTTACAAGAGAGTTTGTTGTTTCACGTTATGGTGCTGTTTATGTTAATGGTGTCAGGATGATGTCACTTCCACCGCTAGAGAGCGTTATTTTTAATGTTACTAGTAGTGTGGGTTCAGACTTTTGGACTGTTGCATTTGCCAATGATGCTGAAGTTTTACTTGATATTAACGCCACCAATATAGTTGGCTTGCAGTATTGTGACACGCACGTTGACAAACTTAAGTGCTCGCAGCTTTCATACACTCTTAGTGATGGTTTTTACACTGCTGCAAGCTTTGTTAAAGCCACACTAGCACGCACTTATGTTGCCTTGCCGTACCATGCTACTCATACTACTATTGAGTTAAATGTCACCATGCAATTTACTGGCCATAGCATTACACTTAATGGACAAACAGCTGGCAGTGTGTGTGTTAACACATCACAGTTTACCACCTCATTGCATACTAATGACGACCCTGCGTATCATGGAGACGTCACTAATGTTGATTGTCCCTTCAATTTCCATACACTTAACAATTATTTATCCTTTGGCACTATTTGTTTCTCATTGCAACCACTAGCTAGTTCTTGCAGTATGAGTATAGATAGTGTCATTTTAGGGTATCATCAGCCTTTAGGTGTGTTGTACATAAGTCACTCTAGTGGTTCTACAACCACAGGCATGCCACGCTCTACAGGTGGTGTTTATGACTCAAGTGTTGTTTACACAGGTGTTTGTACTGACTATACAATTTATGGTGTGACAGGCAGAGGTATAATTACCGAGCTTAACACCACTATAATTGCTGGTTTGTATTACACTTCTGTGTCAGGTCAATTACTTGGCTTCAAAAATGCTACTAATGGTGTTGTGTATGCTGTACGACCCTGTGATTTGTCTAGTCAGGTTGCTGTTTATGAAGACAATATCATAGGTGTGGTTTCTTCAGAACCTAATGTGACTTTTGGGTTTAATAACACTGTGCAACTGCCTAATTTCTACTATCACTCCAATAGCCTAGACAATTGTTCAGACCCCGTTCTGACGTATGGTTCTATTGGCGTGTGTAGTGATGGCAGTATTACTCAAGTTCAAATCCGCAAATCCGAACCTCAACCTGCCACTCCTATTCTTACTGGACAGATTAACATACCTTCTAATTTCAGCTTGTCTGTACAAGTTGAATATTTGCAAATGCACATGCAACCAGTTAGTGTTGATTGCAGTAGGTATGTTTGTAATGGAAATCCTCATTGTCTCCGATTACTTACGCAATATGTTTCTGCTTGCAAAAACATTGAAGATGCACTGCAACTTAGTGCTCGTTTAGAGTCCATGGAGATTAATAGTGCTATTACTGTTTCTGACAATGCTTTGCAATTGGCCAACGTATCCAACTTTGATCATTTTAACATGTCTGCATTGTTGCCAAGACAAAATGGTAAGAGTGCTATCGAAGACTTGCTGTTTAACAAAGTTGTTACTAGTGGCCTTGGCACTGTTGACCAGGACTATAAGAAGTGTATACAGGATAGTGGTTTGGCAGATGTTGCTGACTTAGCTTGTGCACAGTATTACAATGGCATTATGGTGCTGCCAGGTGTTGTTGACGAAGTTAAGATGGGTTTGTACACCGCCTCATTAACTGGTGCTATGGTGTTAGGTGGCTTTACTGCCGCAGCTGCCATACCATTTTCTTTGGCTGTACAGTCGCGTCTTAACTATGTTGCTTTGCAAACTGATGTTTTGCAGCAAAATCAAAAGATTTTAGCAGATTCTTTTAACAGCGCTATGAGTAATATCACTCTTGCTTTTACAGAAGTTAATGAAGCGCTCAAAGATACCTCTGAAGCAATTAATACTGTTGCACAAGCTCTTAACAAAGTCCAAACTGTTGTCAATGAACAAGGACAGGCACTAGCTCAGCTTACACGTCAATTAGCCTCTAACTTCCAAGCTATTTCATCTTCTATAGAAGATATTTATAATAGACTGGACATTTTGGCTGCTGACGCACAGGTTGACAGGTTGATTTCTGGTCGTCTAAGTGCACTTAATGCTTTTGTAACACAAACGTTAACTAAGTACACAGACGTGCGTGCTAGTCGCCAACTGGCCTTACAGAAAATTAATGAGTGTGTTAAATCCCAATCCTCACGCTATGGATTTTGTGGTAATGGCACTCATTTGTTTTCCATTGCTAATGCAGCGCCCAATGGTATTATGCTATTCCACACTGTTTTGGTTCCAACGCAGTATGTGGCCGTAAATGCTTGGGCTGGAATTTGTGTTTCAGGTTCTGGATTTGTGTTGCGTGATGTTAAAAGTGCTTTGTTTAATGTTAACAACACTTATTACATCACTGCTCGAGATATGTATGAACCTCGTACACCACAATCTAGTGATTTCGTCCGTATTACTGGTTGTATTGTTACTTACCTCAATCTTAGTTCTGATGAGTTGAGCCAAGTTATACCAGATTATATAGACGTTAATAAGACACTTGAGGATTTTGCCCAAAATATGCCTAATTACTCTGTGCCTGACCTAGACCTTGGTGTTTACAATCATACTATTCTCAATCTCACTACTGAAATAGACTTGCTTCAAAACAAGTCTGACCAGCTGCTTGCTTCCACTGTGCGTTTGCAAGAACTTATTGACAACCTTAATAAGACCTATGTGGACCTTGAATGGTTAAATCGCTTCGAGCAATACATTAAATGGCCCTGGTATGTTTGGTTGGCAATTTTCCTGGCTATCATACTTTTCTCCTTTTTAATGCTATATTGTTGTTGCGCCACGGGCTGTTGTGGTTGTTTAAGCTGCTTGTCTAGTTCTTGTGATTGTGGTAAAAATCTTCAACATTACGAAGTAGAAAAAGTCCACATTCAGTGA
Protein
MISLAVFLAELLVIISKLPPVLLNSPADLCNWNAGEKPTIDLGLPPNSTVFVSGYLPTPENQWHCKAGLVSYNDVHGFFWSYYAQAENVAIGISSADQTSNSDQWAMYIWQRNNGGGNARLKICKWSGTFAPTYSPHVERGVCIVNIRFTMQFYHAGKEVVGVTWNDDIVTIYGLSKTYRFHLANKWSRVTVQCQTPQSCGILPVYNVTTLNITTDANGRIATYSVCDSCAGFPAHVFPVGDGGYIPIDFDFTNWFVLTNKSTIIQGRTTAIQPLRLLCLWPVPVLLATDNPIYFNLSRSEGVRCNGFRTEGVADVLRFSLNFTQTQVLNGVHNIVFNTDYSNYTFTCTNDTVIGNGRSIVPFGFLDEVYRCFVLTQTPNGTISTFVGVLPPVTREFVVSRYGAVYVNGVRMMSLPPLESVIFNVTSSVGSDFWTVAFANDAEVLLDINATNIVGLQYCDTHVDKLKCSQLSYTLSDGFYTAASFVKATLARTYVALPYHATHTTIELNVTMQFTGHSITLNGQTAGSVCVNTSQFTTSLHTNDDPAYHGDVTNVDCPFNFHTLNNYLSFGTICFSLQPLASSCSMSIDSVILGYHQPLGVLYISHSSGSTTTGMPRSTGGVYDSSVVYTGVCTDYTIYGVTGRGIITELNTTIIAGLYYTSVSGQLLGFKNATNGVVYAVRPCDLSSQVAVYEDNIIGVVSSEPNVTFGFNNTVQLPNFYYHSNSLDNCSDPVLTYGSIGVCSDGSITQVQIRKSEPQPATPILTGQINIPSNFSLSVQVEYLQMHMQPVSVDCSRYVCNGNPHCLRLLTQYVSACKNIEDALQLSARLESMEINSAITVSDNALQLANVSNFDHFNMSALLPRQNGKSAIEDLLFNKVVTSGLGTVDQDYKKCIQDSGLADVADLACAQYYNGIMVLPGVVDEVKMGLYTASLTGAMVLGGFTAAAAIPFSLAVQSRLNYVALQTDVLQQNQKILADSFNSAMSNITLAFTEVNEALKDTSEAINTVAQALNKVQTVVNEQGQALAQLTRQLASNFQAISSSIEDIYNRLDILAADAQVDRLISGRLSALNAFVTQTLTKYTDVRASRQLALQKINECVKSQSSRYGFCGNGTHLFSIANAAPNGIMLFHTVLVPTQYVAVNAWAGICVSGSGFVLRDVKSALFNVNNTYYITARDMYEPRTPQSSDFVRITGCIVTYLNLSSDELSQVIPDYIDVNKTLEDFAQNMPNYSVPDLDLGVYNHTILNLTTEIDLLQNKSDQLLASTVRLQELIDNLNKTYVDLEWLNRFEQYIKWPWYVWLAIFLAIILFSFLMLYCCCATGCCGCLSCLSSSCDCGKNLQHYEVEKVHIQ
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
ProteinModelPortal
PDB
5SZS
E-value=0.0 Score=1122 Identity=47.66%
Cov(Q)=96.52% Cov(P)=98.49%
3D Structure
Ontologies
Subcellular Location
From MSLVP
Single-Pass Membrane
Topology
Length:
1352
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
39.36069
Exp number, first 60 AAs:
0.15563
Total prob of N-in:
0.00751
outside
1 - 1297
TMhelix
1298 - 1320
inside
1321 - 1352
