Strain
Cow_NC_007447
(Region: ; Strain: Breda virus, complete genome.; Date: )
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCCAAGACCTCAAGAGAGCTCACCAACGAAACCGAGCTGCATTTGTGCTCAAGTACCTTGGACCTAATTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGCCCAGTGTTTAGGTACACCACAAAATCTGGTATCTCTTTCAAAGATGGTTCCATCTATCTTGGAGTCACCGACTTTGGAACCCAGATACACATCAACCCACTCCAGCTCTTTACAAAGTTTGCAATTACTTGCCCTGAACACCTCATCCACCCTGTACAAATGGACTACAGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTTCCTTTGAACGATTTTATCCCAAAAGGCAACTATGTGGAGTTATCATTGATGATCCCTTCAGTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAACTACTACTTTACAAGAAATGTGCTCAGATATGGTACAAAGTTGTATCAAGTCAATGGAAACAGACTTATTGAAAGGAGTTCTGGCATTGAAAGATCAGACGTCTTGCCAAGAATACTTTCTGAGTGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACCCCTAGTGAATGCGATGAGGATGTCATCTGTTGTGGATTTGAGTCCCTTGATATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTCAGCCCTTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAGGGAGTTTGTGGATTGTTCTAGACGGGATGAAAAATGTCTTAAGCGCCGTCTAACAAAGAAGCAAAAGAGGCAGGAAGAAGGTAGTTTTGATGCTAACAAGGTTATAACACTTGGTGGTAAAATGTATCGTTACCGGGTGGTTATATTGAAATGTAGTGATGAGGTTGATGATTTAATTGGCTTTGATGGTAAAGTTGGAGAATTTGATTATAATTTTGAGAATGTACCACATTGTTGGAGGGACCTTGTTAAAAGAAGGTGTCTTATTCGGGCAAAGGCCACTTGGAATCTTGCTGGGGGTGTTGATGAGAATTTGGACCATGTCTACATAGATGAAAGCCAGCRGGATTTTCGGTGTGCTGATGGAAGCTCGGATTCACCTAGTGCATGTGTTGAGGACCCTCATTTGGAAGAAAGAATTTTTTCTCGTGTGTGGTTAAAACAGACATCTAGGTTTTTTGGTACAAAGATACAACAGGTGTCCGAGTTGTTCAAGAGCATTGGGTTGCCTGAACTTGAAACTACATATTGTGGTGTTAATCCAGTAAAAGTAGGTAATAAGTGGCTTAGTTTTAGAGATCAAGGTAGATCAAGAGTATTTTTTGTTTATACTGATAGTAATGTATATTTAGCCACAACACGTCAAAAAGTTTGTTGTGACTACATTTTAACTAAATTTAAGAGTGTTAAATGGATTGGCAATAAGCCTGATCAGTGTAGAGTTGTAAAAGTGTTAGCATGGTTGATTTCTGTAAATAAGGTTAAAAATTGTACAAGAGTTATTACACCAATGTTGACTGTTCAGGGTAAGATTAGTCATAGAAGAGTTGATTATTTGGATATAAGTGTTTTAGATAGTTATGTAAGTGATACCGCTGGTTTAAATTGTGTACAGAAGGTTAAAAAGTTTTTATCAATGTATTATAATTGTGGTGCTGATTTGGGTTTGCTAGATAAYTTTTTAACACCTATAGAGTGTGGCACTAAGCAGCTGGTTTTTGAAAGATGTAATTGTCCAAACCATCAGTTCTATGTAGCTCAATTTGACAATCATGTGGTTTTAGGTTTGGGTAGGCCTACAGGAGTTGTATATCCGGAAGAAATACCAAGTTGTGCAAACATTTATGCTGTGGGTTTTGCAACTCAGAAAAGGGTTGTTGAAGTTCATTATTATTCTGAAATGGATCGTCATCAGCTGCCTCAGGACTACTACTATTTTGCTTATGATCAAGAATTTCAGCATGTTGGTGGTGATGATTATGTTAATCACCACCTAGATGATGTTGAAGATCAACCATTCCCACCTGTATTGTTTGATGATGTCTATGATAGTGGTGACTCTTTAGATGATGGTGGAAGTGATTTAGATTGTTTTGATGTTGGTTATGATTTTTTYTGGCCTGAGGCACCCATACCTGTACCATCACCTTATGGTTATTATCAGGGTCAACGATTGAGGGATTTGTGTGTTGCAGGAGGTGATTTTGGCTGTGATTGCCCTCGTTGTGATGGCACATTTATTTATCATCCATTCAGACCACGACACTACCATTCCTTTGATGAGGTTGGTCCATTTATTCAGATGTGTGAATTTACACTAACATATTCAGGACAAAATTACAACTTATTTTATGGTTTAGAACCCAAAGTTTGTCTTCAAGATTTGGTGGAAGCAAGTGATAAACTCTTACAGTTATTGGTGAGGGGACAGTTGGAAAATATATCACTGCCAAATGATATTTTAGCATGTTTATCAAGTTTGAAGTTGGGGGCTAATATCCACCCCTTCTTGTGGCCAGCACCGTTTTTTAATGCTAATGGTGAGTGGGTTGACATTTTTGGTGGTGGTGACTTTACAGTGTTTGGTGAGGATTTCTGCTTAAAGGCCAAGTCTATGGTTGAAAGTGTGTATTTTTTAGTTGAAAATTTCTTTTCTGTGGATTGTCCTATTGGGAATTTATATTGTAATTTGCATCTTGATGGTGATGTTAAGAAGATGCTTTGGTCAACAATTCATATGAAGTATATTTATTTAGCTTTAATACATAGTGAAAAAGTTTTTAATATTATCTTAAATAGTAGACAATTAAGCCATCAAGAGTTAGTTAAGCTGGTTATAATAGGTACCTTTGATGTTTCTATAGTTGCACCCTGTGCTTGTAGTGGTGATTGTAATCATGGTAAGGTATATAATTGGACAAATCTTCTTAGTAGTGTTTATAGATTTGTAACATTAGACCAGTTGGTGGGGCTGTCATATTGTGAGAAAAGGTCACTAGTCCTTAGAAAGGTTCAGCAGTACCTTGAGGTTGAAGAGGGGTACCAACGGCCAGTACAGCTGTTGATGGCACCATTTTATGGTTTTAATGATAATGCCGAACCTGATGAACAGCCCTTGACTGGTGTTTTTCACCAACAGGTAATGCAAATGTTTGATACATGTGTGATGTTAGATGTTATTTGTGGCCTAAAGCGGCCAAGAGCATCAGTGTATAACCTCTTTGGTGTGTTGGCAGATTATTTTAGGAGACCATTTACCTTCCGGTATTATCAAGTGGCTGAGTTTTCGGGCTCAGAATCCACTCAGGTTTTTACAGATGTAACTTCTGCATTGACATCTAAAGACCCCTGCTCTAATCGCCCCTACATTTATCACGATTACGCAGTTTGTAGGGTTGTGGAGCCTAGGACAGCCGCTGTAACAACTAGGGGGGCCATATACCCACCAGAGGTCATAGAGATGATCCGTAGTTATTTACCAATTGAGTTTGATGTAGGTGTTATGAATTATGTTGATGGTAATTGTGATTTTAAATATTGCAATTTAGAGTTTTGCCTTAGTGGTAGAGGTTTGGTTAAGTTGGATACTGGTGAGTTGTTAGATTATAAGACTAATTTGTTTGTTGTTAGGTACAAAACATTACCCTTGCTATATGTTACTAGTAATCCTATTTATTTGAGTGATTTTAGTTTAGATAATGCTGTTTGTCTTACAGGTGATTTTAAGTTAAGTTTTGATGTTGAGCCTGGTAGTACACTCTTTGGCCTCTATTTTACTAATGGTAGGTGTTATAGAGATGTTTGGGAAACTTTACCACGCTTTGGACTTGGTACCCTATCCCCTCCTAAGTGTCATTCTAAGTGTGAACCTTTTGAGAATTTGGCAGAGGTGTTTTTTTTCAAGCGTAGGGTCCAGCTTGTTCCATTGGTAAATAATTATACTCCAGTTTTTAGGCATAGGCCAGACATCCCTAAAGTTTTGACAGTTGAATTGATGCCCTACTACTCATCTATAGGGTACCAAGGCTTTGTAGCCCCCAAATGTGTTTTGCCTGGATGTGTGGCCACTCAGTATTGTAAGTTGAGACATCAATTGGATAGATGTGTTCAGGTTACCAAGTTAGCAGTTGCATATGCATTTTATTTTAAACCACTTAACATAGGCTCACTTTACCATTTAGATCCTATGAGAGGTACTAGTTATGGTAAGCCAGCTGTGGTACAGTTTGAACCCGTTGGGTTGATAAAGGAAGTTAATATACTTGTCTATCAGTTTGGTAAACATGTTGCCATACATTATTTCCCAGAATGTCCCACATATGTAGCCTATGGACACTACCCAAGTCATTCTGTGGGTGTGTGGTTGGGTTACCTACCCTCGGTTGAAGAGTGTGTTATTGCACAACGCAATTATAGGGTATATGTTCCCACATGCTTTAGGCTCTCACGTACTGGTTGCTATCATATTCAACAGGATGAAGATTTTGAAAGAACACATATTACAGTGAGTTACCATTATGCTAGAGATTTTGACACAAAGTCTTTAACACCTATGTTTCAGATGTTTAGTAAAATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGATCTTATTTGTGCATTAAATTCTTTAAGTGAAGAGTCACAGAGTGTTTTAACATTATTTTGTGAGGAGTTTGATTCAGCCTACACCTTGCAAACAATATCTGATGAGGTTTCATTTGAAACATCCACTAGTCCAGAATTGGTAGCGTGTGTGTTGGCTTATGCAATTGGTTATGAGCTTTGCTTAACTGTTAAGACTGATGGTGAGTGTGAAAGTTTAGATGTTGGTTCAAGTTTGGAACAGGTTTATGTTGATTATGATGTAAGCAAAAATGTTTGGGACCTGTCAACTCACCTGCAAGATGATAGTTCTGATGATTTGGAGTTACCATTTAATCAATATTATGAGTTTAAGGTAGGTAGGGCTTCAGTTGTTTTAGTTCAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTGAAGAGTGAGCAAGGTGTTGA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Protein
MSKTSRELTNETELHLCSSTLDLISKSQLLAQCLGTPQNLVSLSKMVPSILESPTLEPRYTSTHSSSLQSLQLLALNTSSTLYKWTTGSISKLRGHLERELCRGLVPLNDFIPKGNYVELSLMIPSVLTGQGTSTTTTLQEMCSDMVQSCIKSMETDLLKGVLALKDQTSCQEYFLSANYQSLIPPQPLVNAMRMSSVVDLSPLILENTRLLLKLSPFHGGTSVSYTSMIREFVDCSRRDEKCLKRRLTKKQKRQEEGSFDANKVITLGGKMYRYRVVILKCSDEVDDLIGFDGKVGEFDYNFENVPHCWRDLVKRRCLIRAKATWNLAGGVDENLDHVYIDESQXDFRCADGSSDSPSACVEDPHLEERIFSRVWLKQTSRFFGTKIQQVSELFKSIGLPELETTYCGVNPVKVGNKWLSFRDQGRSRVFFVYTDSNVYLATTRQKVCCDYILTKFKSVKWIGNKPDQCRVVKVLAWLISVNKVKNCTRVITPMLTVQGKISHRRVDYLDISVLDSYVSDTAGLNCVQKVKKFLSMYYNCGADLGLLDNFLTPIECGTKQLVFERCNCPNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPTGVVYPEEIPSCANIYAVGFATQKRVVEVHYYSEMDRHQLPQDYYYFAYDQEFQHVGGDDYVNHHLDDVEDQPFPPVLFDDVYDSGDSLDDGGSDLDCFDVGYDFFWPEAPIPVPSPYGYYQGQRLRDLCVAGGDFGCDCPRCDGTFIYHPFRPRHYHSFDEVGPFIQMCEFTLTYSGQNYNLFYGLEPKVCLQDLVEASDKLLQLLVRGQLENISLPNDILACLSSLKLGANIHPFLWPAPFFNANGEWVDIFGGGDFTVFGEDFCLKAKSMVESVYFLVENFFSVDCPIGNLYCNLHLDGDVKKMLWSTIHMKYIYLALIHSEKVFNIILNSRQLSHQELVKLVIIGTFDVSIVAPCACSGDCNHGKVYNWTNLLSSVYRFVTLDQLVGLSYCEKRSLVLRKVQQYLEVEEGYQRPVQLLMAPFYGFNDNAEPDEQPLTGVFHQQVMQMFDTCVMLDVICGLKRPRASVYNLFGVLADYFRRPFTFRYYQVAEFSGSESTQVFTDVTSALTSKDPCSNRPYIYHDYAVCRVVEPRTAAVTTRGAIYPPEVIEMIRSYLPIEFDVGVMNYVDGNCDFKYCNLEFCLSGRGLVKLDTGELLDYKTNLFVVRYKTLPLLYVTSNPIYLSDFSLDNAVCLTGDFKLSFDVEPGSTLFGLYFTNGRCYRDVWETLPRFGLGTLSPPKCHSKCEPFENLAEVFFFKRRVQLVPLVNNYTPVFRHRPDIPKVLTVELMPYYSSIGYQGFVAPKCVLPGCVATQYCKLRHQLDRCVQVTKLAVAYAFYFKPLNIGSLYHLDPMRGTSYGKPAVVQFEPVGLIKEVNILVYQFGKHVAIHYFPECPTYVAYGHYPSHSVGVWLGYLPSVEECVIAQRNYRVYVPTCFRLSRTGCYHIQQDEDFERTHITVSYHYARDFDTKSLTPMFQMFSKIFGKSKQDLICALNSLSEESQSVLTLFCEEFDSAYTLQTISDEVSFETSTSPELVACVLAYAIGYELCLTVKTDGECESLDVGSSLEQVYVDYDVSKNVWDLSTHLQDDSSDDLELPFNQYYEFKVGRASVVLVQDDFKSVYDFLKSEQGVDYVVNPANNQLKHGGGIAKVISCMCGPKLTSWSNNYIKQYKKLGVTCAIRSPGFQLGKGVQIIHVVGPKSADSDVVNKLEASWRSVFQNVKPDTTVLTSMLSTGIFGCSVTDSATTLLSNLVDLDKDVVVFVVTNVSDQYIEALGVVESFQSAHGLPNFGNTCWFNALYQLLKSFAVKEQIVQDLVNCFDDFYECPTRQCVEWVCDQLGVVFGEQYDAVEMLVKIFDVFKCNVRVGYDCLARLQQVALGSCREVPADAVLMFFGQDKSGHWVAARKVCGVWYTFDDKVVVKKDPDWSKVVLVLRERGLFKATDFETPRPRRRRVAYRVPRDTISQDAIMFLEERQFSSGTMLAHSCVESVESFHVEGVQPSPLQSVDGLDDVADLSCDNHVCDNSDLQEPQVVVSQPSEVLTTSMSIECPVLENSECSVETDLNPVCEENEQVGESGIKEQDGVTTSDSQQVFSKSLDPIIKQHEVESVEPQDLPVFSQQPQVMLSMTWRDVLFQQYLGFKSDLLSLTHVNKFKIVVYLMVLWFVLLYCFSDFSLLSRFCLYVFLLWLSHVVLVVKKLDLGLVNSGGESYVLRILSSVKVPNCIAFNCDGVHWLILKLLFYSFHFYDFFVKTLVVVFQMPQLRCFTWPLLKLGFADTFLSHHILAFPTKQVSQSCLPVFGDERKYIYVPYWCKESFRTLVARAKQLTATGRTKTLDNWHYQCCSKTVKPSSCFNVRDFVFDDACNNHKHYGFFSALWFYVVFYSGFVSFWLPLMFCYCALFMCTFKNLPVNITRPIRWTVLQQVVDDLLSIITKPLFGRPACPPLSAYLTATTADEAVRASRSLLGRFCTPVGFQQPIMNVENGVAVSSLGFINPLMWPLFIVVLLDNRFVWFFNVLSYIMLPVFVIILFYFYLRKICGCVNVKGVVKNCTRHFQNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQENWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMFIKNYYNLATSPMADTIWCDYVKSVPNMTWANFKFSLFKSNETVMCGPSSHADSMLLSWYAFLHGIRFAVNPSVIDIPSQTQPIYVSSDSDDSLDKGCDVSLRPTKNKGKFKKQSVAYFSAGPVDLWYYVMLIIALGAIFVFMYSCFMVGQYVVMPRDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHASPPVLRNSDGMVLATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVAENECTPPFGAXRLSHEFTCNDFTYILPAHLRIFGRYIMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNIVECLPTFEIISPYVFVVLVAIFTIVFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTVMVLFVVCLPPLVPGVVFVLALWLCDSVVFLLYLAVLSLFILPWFYVMLFVLIVGGFVFWWMMKSSDVVHLTPDGLTFNGTFEQVSKCVFPLNPLIVNRLLLDCRMSHSDLVEKSKLKTTEGKLATEMMKVFMTGETAYYQPSNFSFQSVFSKVVSPFTLHARPPMPMFRLYVYFNGQCVGTTCTGTGFAIDDSTIVTAKHLFECDDLKPTHLSVELSCRSYWCTWKEPNVLSWKFEGENAYISVENLRDFYGIDFKYLPFQQIECEFYKRMEAVTIYSIKYGSEFATQAWQTVNGHFVCCNTEGGDSGAPLVWRDSVIGVHQGLCDSFKTTLASDSKGVMMTEVKGYHVDPPVYYKPIIMSAAYNKFVADSDVSVGECTNYHNFVNEDFFSMHDELEKVSFGDKMFRYCQSLPRYLEPLHYFHVPSFWQPFKKQSVSSNVSWVVENLHFIFSVYFLVCDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFVVQLLSTVVLKNVLFWNTSYLVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGLFSDQIVNRVGLILVVSVMCLFVVVRVVVNVKRAIFVVVVSVLLIVVNVVLGVVQFNSLVAVCMFDIYAVFAALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRVFKNYKFVRVLHNLCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKELYYGVQDVKYEVFSPQAGTYNVRFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFSIVQDKNSQRLVLYSKNVDFLRSQIQHQRVLGANPFIITTLTPKDIAIDNVEVHNPSQFKPEDLQAHMWFYSKSPIFVGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAANLQIQNAALTLSLFEECNRFLESELGDVPTLMWQSEDVVDVKQLEVQIEKLRVVLDGMQLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLAKFLEKVDQQQAITNETAKQLSAFKNLVKQVYESYMSSLKVRVVESNDASCLLTSTDLPRKLVLMRPITGLDNIKIVEKANGCEITAFGDTFTTGLGSNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGIFKQQANIGYKTVECNMSSDNGSVLYKGKIVAVPSEDNPDFVVCGKGYKLDCGINVLMIPSIVRYITLNLTDHLQRQSLKPRRRLQYKQQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISSVGYTTWVSSTVCTDKSHKHPWFVQIPSSEKDPEWFMHNTQVKNNQWVVDAKPTHWLVDADTNEQLFALALTDEEYLKAESILAKWSPITQDVECWFKDLRGYYTVSGLQPLWPVCPKKICSLKIVPIFQSQSVAYADEPTHFLSLPVVNKNFLEAFYELQEGFPGEKQVAPHISLTMLKLTEEDVAKVEDILDEMVLPNTYATITNPHMMGQYYVFEVEGLQALHDEVVSVLRQHGIACDQTRMWKPHLTIGEIKDGSVFNKFKDFGITCKLEDCDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGDLNLLRDVWCACRHLCFQNGAYQSSRSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEYKGQRFMIKRVKDQHEFALARTAFLPSIIPHHMVHQNGEWFLVRGPTTQWSLGDLVYAIWLGDQAYLDECGFVFNPSRDEFLDDANQRSYLANLLEPAILSFCEIFHCVKGCQVPYKITLDNLDLKGQLYDFGDYPCPNKVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPTKFAQVLAKEMNVPADFQMYFQHTLLSGKYFDKAMCLNNVRPLLRDPANLTTTPFFSQHSGVWTHFYNPIYGLVECDLEEFSNLPEVLQQLITVQGPITSAMTPAISIGEGVYAANVPPVAAAKQKIPLYDVGLCQELTDAGVDCGEAFKYFYYLSNPAGALADVCFYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTTCYKTDERFTYEQAKPRKSSMGINITGYQQDAVYRALGPENITKLFEYAQKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFIASTIFRFAHKPVTSKMVEVAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGAIEQFDVFGSDYTKCDRTFPLSFRALTAALLYELGGWEEDSWLYLNEVNSYMLDTMLCDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLSDCNKVMRIAAHNAYTTGDYGVFNTLLEEQFQTNYFLNFLSDDSFIFSKPGALKIFTCENFSNKLQTILHTKVDLTKSWATTGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCESAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRKDYCCDPCPTQLLDRQFYENLVFTSNTEVGLVDCYLENFKLQCEFKQQAGFDRVCFCCPNPAVSVCEECYVPLPLCAYCYYVHVVISSHCKIEDKFKCPCGQDDIRELFIVLNNSICIYQCRSCVESDRLRISLLSDVDQVVRLPGFKANSASIAKNGVAQLLTPVDNVDVSLDWNHQETVQQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVNFSLVRNDGSSAILDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGVLKFTGKGTLTSCYDSNNLTWFKVTCPDFNQPWRLATCFVIQQHDAVYPPIKSTQYENVTFVMGPPGTGKTTFVYNTYLSKASPSNRFVYCAPTHRLVGDMDEKVDGAVVVSAYNDRTYRNPVWKKDDSYDVLLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMIKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILSAFSKPYCDVGVDLVSFNNKPGKFDIIVSKQLANMQDFSVLSVLSKEYPGYVILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCPELYKHFQPILNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIIPEVASLVFCDIEFWHYKADPNSKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDAGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSFEQHAYNMQRLFKFIIDTTCGQPWFILYSCSNDLKSLKFYVEFGTNYFCSCGELAICLMRDGLYKCRNCYGNMSISKLVNCKYLDVQKERIKLQDAHDAICQQFHGDSHEALCDAVMTKCLYLASYDAAFKDTIHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGAMHYFKTPKSPMQNVYRYEVGAHTEYSINICNSYEGCQSFGKTCTKCIHIHCIVEQFMADDRYRDFILVSVVKSDFVEQALSPAAKALMLTVTRVEGKSFYTSNGQRYDLYDYDLSKSVMRVVGASVKPLPLYSVVVGLGINCTVGCVLPNVPMKLKDELLSTDVPLSTLRLDLPTWYYVTWPTLSNRTSRWKLAGAQVYDCSVHIYVEATGEQPLYYLQLGNGESLRELPETLFSTGRLYNLEHDPSKNFNVQQLAIETIPKNHHVFAGDFTDVGTDIGGVHHVVALNGYKGSIIPNYVKPIATGLINVGRSVKRTTLVDVCANQLYEKVKQQIAGVKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFAKGEDDIQTFYPQKEFIRSYYEWPTILPELESHYDLKNYGQDPQFMPQPVNFAKYTQICTFIQEHVKVARNSLIWHVGAAGIDGCSPGDIVLSSFFKECLVYSWDVKDYDTLLEKHNYDCNFRPNLIVSDVYNVSSNVSEVLEDCVHRLALGGTIIFKTTESSRPDIQLSKVTKYFAAVHFFTAGVNTSSSEVFVVLKYKLHSEPIGEELCSPNILRRIAAYRNKLCIVPNFKVFSTSLSYRFSSVKFVQKCFYVSVPRQFCASGLIQEVPLLCQMKH
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR042515
Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009466 NSP11
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
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IPR027352 CV_ZBD
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=2e-22 Score= 107 Identity=23.39%
Cov(Q)=6.92% Cov(P)=48.80%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6733
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
395.399369999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00032
Total prob of N-in:
0.00033
outside
1 - 2181
TMhelix
2182 - 2204
inside
2205 - 2210
TMhelix
2211 - 2230
outside
2231 - 2270
TMhelix
2271 - 2293
inside
2294 - 2405
TMhelix
2406 - 2428
outside
2429 - 2519
TMhelix
2520 - 2542
inside
2543 - 2546
TMhelix
2547 - 2569
outside
2570 - 2765
TMhelix
2766 - 2788
inside
2789 - 2940
TMhelix
2941 - 2963
outside
2964 - 2982
TMhelix
2983 - 3005
inside
3006 - 3011
TMhelix
3012 - 3044
outside
3045 - 3426
TMhelix
3427 - 3449
inside
3450 - 3455
TMhelix
3456 - 3478
outside
3479 - 3509
TMhelix
3510 - 3532
inside
3533 - 3538
TMhelix
3539 - 3561
outside
3562 - 3570
TMhelix
3571 - 3593
inside
3594 - 3597
TMhelix
3598 - 3613
outside
3614 - 6733
