CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Bat_NC_009988 (Region: Hong Kong;  Strain: Bat coronavirus HKU2, complete genome.;  Date: 2005)
Gene
orf1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  orf1ab polyprotein
Location
NC_009988(+):297-20479
GenBank Accession
YP_001552234.1
 

Sequence

CDS
ATGTCTATCAACCAATTGACACTTGCAGTTGCAAGTGACCAGGAAATTTCAGCTCATGGCTATCCTACTATGTCTGATGCCGTTGAACATTTTAGTTCCTCCGCATCACACGGTTTTAAGGATTGCCGTTTTGTAGCCTCTGGGCTGCAGGACATCGTTATTGGAGTTGAACCCAGTGACTTTGTCGTGGCTTTGGAGGGTGATGAAATTCTCACTGCCTATATAGCCACTTTTGGAGCTAGACCTCGTTGTTTGCGCGGCTGGCTTATACCTTCTAATTCTAATTATGTTTTGGAGGAATTTCATGTAATTTTTGGCAAGCGCGGCGGTGACGTCGTGCCTGTTGATAATTACATGTGTGGTGCTGATGGTAAACCGGCAGTTCCTAGCGAACAGTGGTCTTTTGTTGAGCACTTTGATGATGATACAGATGAGATCACCGTTAATGGTGTCACTTTTCGCCACGCGTGGAATACCGTTCGTGCCGACGACCCTTATGAAAAACAGGGTCTTCTTTCTATTAAGTTTATAGAGTATATTTCCAATGTTCCTCACAAGTTGCCTAATGGTTCTGTCCTTGGTGTTGCCGGAACTCCTAAGAAGCGTAAGGCTGTTGTGCTTGATGAAAAGTACAGCAAGCTTTATGATGCTTGTGGTGTTCCTTTTGTCACTAATGGCAAATCTATCTCGGAAGTTGTCACTAAACCACTCTTTTTGCATGCTCTTGTTGAGTGCAAGTGCGGTAATGAGTCTTGGACTGTTGGTGACTGGACTGGCTTTAAAACTACTTGTTGTGGTGTTACTGGTAAAGTTATAACTTTAGCAGTTGGTGATGTTACGCCTGGTGACATTGTTTTTACTACACCTGGTGCAGGCAAAGGAACTAAGTTCTTTTGTGGTCTTGTTCTCACCTTTGTTGACACACTTGAGGGTGTTTCCGCATGGCGTGTTGTTAAGGCCTATACAGTTGATAAGTTTGTTGCATCCTCTAACTTTGATGAACACAACCATGTTATGAGCTTGGATCAATGCTCATTTGATAACTTTAGTCCTATTAGCGTAGCACTGAAGTTTTCACTTTTGCGTGGTAATTGTTGTGACGACGTCAAGGTTGCTGTTGCAACTGGTGTGATCGACATTGGTCTTGGTGTTTTTGATGTTAATGATACTGTTTTTGAGAATGTACCATGGTTTGTTCAGAAGTTTGAGTTTTTGAAACCAGCATGGGATGCTCTAAAGCAGGCCATTATCAACCTTGGTGTAACATCTAAGGCTGTTTTGTCTTTTATTAAGTCACTGTGTAGTGCTGCATTCAGTGTTGTTGACGGCGTTCCAGTTATTGTCTGCACTGTTGCTGAGAGATTTTCTAAGGCTTTTACTGATTTTCTGAGTTACACCCGTGAATGCTTTACTGCCCTCTGTGATGACATCGTTGTGTTCGGTGTCAAGTGCAAAGCTGTTGGTGACTACATTATTTTTAATAATAGTGTTGTCAAAACTGTTAAAGCCAAAATAAAGGGTGTTAAAGAAGCTGGTCTTAAGACTATGACCTACACACAGTGTCTACTTGGACCTACCAAGCCTGTTAAGGTTAAGCGCGTTGAACGTAGTGTTGCACAGCTTAAAGTTGTTGACACTGCTGTACCATTAAAACAGGAAGGTGAATGTCTTGTTGTTGGTGGCCGTGCTATGTTTAGGTCTGATGGCTATTATAGGTTTATGGCTGATGCTGATGTTGTACTCGAGTCACCTGTTTTTACAGCTGGCTCTCAATACAATGTTGTGTTCGAAACTGATGCCCTATTCATAGCCCCAGAGATTGGCACTGTGTTTGAAGGTGACAACATTGATACTGTGGTTCAGACTGTTGCCAATAAAGTCCAAGCATTTAACAATAGATTCGTTGTTTATAACGCACATGTTGTTGATGGTGCTATTAATGTGTTTTGTGATTATAAGTTTATTTGTCCTGCTTTCTTGGATGGTTTTCCAGAGTGGTTTTCATTCTGTAAAAATCATTTTAAGGATGCCGGATTTGTTGAGTTTTATGACTGCATTATTAATAGTGATAGTACTTTTCAGACCACTTTTCAGCCTTATTTGGACCTTAAACCATCTGTTGATGCGTATTTAGGTCCTGAGATTGTACGAGCTGTTGATGGTGGTCGTTTGTGGCGTACTGTTATCAATGGCATTGGTGACGCTGTTAATTTCTGTAAGAATCTTAGGTTGCACTTTGAGTTTGGTGAGCTTAAGGGTACTGTTGTTAAGCGTTTTAAGGGTATACTTGGAACTCTTCTTACAGTTTACAATGAGTTTATTCAAACTACTGTGTCTGTTCTTACTATCTGTGGCATTAGTGCCAAGTACTATGCTTTTGACAAGCCTATGCTTTGTATGCATGGTATTACAGAGCGTGTTACTAGTTTTGACATTACTAGTCTTGGAAAGCCTATTTTAGATGGTCTTTCTAGGTGTAATGTCTTTGCACGTGGTTCCAATGCAGTTGTAGTTGATTCTGTTGATCACGAACTTCTTGATCTTGAGGAGTGTGATTTTGTTGAACCTGCTAGTCATGGTGTGCTTGTCGTATCAGATGATTATGGCTTTTATTCTTGTGAAACTGGCATATATCCCTATGCTAGTGATGGTAAAGTTTTGCCATTGCGGTTTAGGAAAAAGGCTGGTGGTAAGAATGTTGCCTTTGATGACAATGTTACAGTTACTGAGATTGACCCTATTTTTAAGGTTAAACTGTCCTTTGAGTTTGAGGATGAAAAATTGATTGAACTTTGTAAGAAGGTTATTGGTAGCAAAGTTAAGTGTAGTTCCTGGTCCCAACTTGTTGAGATCATTGATACTGCTCTTACTGCAACTAAGTCATACTACAATGTTCCAGAATATTTTATCTATGATGAGGAAGGTGGTAATGACCTTAATTTGGATGTCATGATCTCTGAATGGCCTTTGCAGGTTGACGAGGTCAGTGAGTTAGTTAGCACTGATGAAACAGTTGAAGAGCAAGCTGTTGAACAAGTAGAGCCAGTTGTTGAAGATGTAAGTGATATCATTGAGGTAAACAAGGCTTTTGCTATTGATGATTCACCAAAGAGAGCTATTAGTCCATTTGGTTTTGACACAAATGAGATTAATGGACGGCGTGTGCTGTACCAGTCTAACAACAACTGTTGGGTTAATGCTGCTTGTTATCAGTTACAAGTTTTAGGTTTTGACAGCCCAGCTATGGAACTTTATAGAGTTGGTGGCACACATAATCTTGTTAAGCAATGTTACGAGGCCACTGGTGCATTTTTAGGTTCTTTGGGCGATGTTGCACATTGTTTAGAGGTATTGCTTAAGGACGCTAAGACAGCCAAAGTTACTGTTGAAGTTACTTGTGATTGTTCATCTAACTTCGAAGAACTTAGCGGTGCTTTCTTTAGGTTTTTGCCTCTTAGGAGCAAGTTTGAATATGGTAGTTGCTTTGCTTGTCATGGCACTCGTTATTATCGTGTGTGTGGTATTGTTGGCTCTGCAATATTTTCACAGACTCTTAAGCCATTGGATTTCAATGACCTGATCTGTGATGTTGCTAGTGCTAGCGTCTTTCTTGGTGATGATTGTGGTCATTATTTAATTAATGACTACGACAAGAGACTATGTGTCGATGGTATGGGTGTTTACAAGATTAGGCATAACACCATTGACACAATAGTTGTTAAGGACGCTGATATTAAGCCTTCTACTGTGGCACCTTTTACCGAGTACTGTAATGTGAAGTTCTACCAGGGTGATTTTAAAGATCTTGCTGGTTTGTCTCATGACTTTGTAGTTAATGCAGCAAATTGCAACTTGGCCCACGGTGGTGGTGTAGCTAAGGCTATAGATCATCACACTGGTGGCAAGTTACAAAAGCTTTCCACTTCTTTTGTTAAAAAGAACGGTAAGGTTGCAACTGGTGAGTGTGTCATGATTGATACTGGCAAGTTAAAAGTTCTTAATGCAGTTGGTCCTCGTAAGGGCAAGGATGCAGAGTCTCTGTTAAATACTGTTTACACTAATATCTTTGCGCGTAAGGGTGTTCCTCTTATGCCTTTGATTAGTTGTGGTATTTTTGGTTTTGACCTTAAAGACTCACTTAGGGCGTTCTTGGCTGCATGTGGTGATAGGCACGTTAAATGCTTTGTTTATTCTGACTCTGAAAGGGAGTCAGTTATGAAGTTCTTGATGACACCTTTTGAGGAAAATGCTGCAACTAAAGAAGTGCTTGAAACACCTGTGGTTGAAATAACAACTGATGTTGTTGCGCCATTTTACACTATTGGTTCTCATAAGTTTTATGATTGCAATAGTGTTGAGCCTATCTTAGGTCTAGGTGTTAAGAACATTGTTCTTTTTACAGATCAGGTGTTGTCTGTTAAAGATTTTGGTGTTGTTGTGGATAAGCATCTTAATGGCTTGTTATCTGACATGTCCAACAAGTATGTTGGTGATCATAAAGCTGTTCCATTTGGTAACATTTTATCACTTGATTGTGGTGCTTTTACTGTAGTGGATGCTGTGTCGCCGTTTGATGGTGCTAGCTTTGAGAAGCAGAGTGGTCGCACCATACGTAAACTGGCTAGATTGGATGGCAGCACATTGTGTGTCTTACCTAATGCCAGTGCATTATTTGACAAGCTCTTTGCGTTGGGTGACAATTTTTCATTTTTAGTATTAGATAATGTTAGACCTTTGTTTGATAATTATCTTAAACCTAAAGATGTTAAAGTTAAAGTCACAGCGGATGGTCGCAATGTCAATGATGTTGTAGTTACAACTGCGGAAACCTTTGATGCACAGTTGGGACCTTCTGCTAATGGTGTTGAATCACTTGTTGGTGTTGTTCCCACTCCAATGGATAGTGGTAGGGTTGTTAATACAGCACCTGATGTCAATTGGAGTAAGCACTTTGGTTTTTCTGATGCTGCTGCATTTGCCGTTCTTGACCATAGCAAGTT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Protein
MSINQLTLAVASDQEISAHGYPTMSDAVEHFSSSASHGFKDCRFVASGLQDIVIGVEPSDFVVALEGDEILTAYIATFGARPRCLRGWLIPSNSNYVLEEFHVIFGKRGGDVVPVDNYMCGADGKPAVPSEQWSFVEHFDDDTDEITVNGVTFRHAWNTVRADDPYEKQGLLSIKFIEYISNVPHKLPNGSVLGVAGTPKKRKAVVLDEKYSKLYDACGVPFVTNGKSISEVVTKPLFLHALVECKCGNESWTVGDWTGFKTTCCGVTGKVITLAVGDVTPGDIVFTTPGAGKGTKFFCGLVLTFVDTLEGVSAWRVVKAYTVDKFVASSNFDEHNHVMSLDQCSFDNFSPISVALKFSLLRGNCCDDVKVAVATGVIDIGLGVFDVNDTVFENVPWFVQKFEFLKPAWDALKQAIINLGVTSKAVLSFIKSLCSAAFSVVDGVPVIVCTVAERFSKAFTDFLSYTRECFTALCDDIVVFGVKCKAVGDYIIFNNSVVKTVKAKIKGVKEAGLKTMTYTQCLLGPTKPVKVKRVERSVAQLKVVDTAVPLKQEGECLVVGGRAMFRSDGYYRFMADADVVLESPVFTAGSQYNVVFETDALFIAPEIGTVFEGDNIDTVVQTVANKVQAFNNRFVVYNAHVVDGAINVFCDYKFICPAFLDGFPEWFSFCKNHFKDAGFVEFYDCIINSDSTFQTTFQPYLDLKPSVDAYLGPEIVRAVDGGRLWRTVINGIGDAVNFCKNLRLHFEFGELKGTVVKRFKGILGTLLTVYNEFIQTTVSVLTICGISAKYYAFDKPMLCMHGITERVTSFDITSLGKPILDGLSRCNVFARGSNAVVVDSVDHELLDLEECDFVEPASHGVLVVSDDYGFYSCETGIYPYASDGKVLPLRFRKKAGGKNVAFDDNVTVTEIDPIFKVKLSFEFEDEKLIELCKKVIGSKVKCSSWSQLVEIIDTALTATKSYYNVPEYFIYDEEGGNDLNLDVMISEWPLQVDEVSELVSTDETVEEQAVEQVEPVVEDVSDIIEVNKAFAIDDSPKRAISPFGFDTNEINGRRVLYQSNNNCWVNAACYQLQVLGFDSPAMELYRVGGTHNLVKQCYEATGAFLGSLGDVAHCLEVLLKDAKTAKVTVEVTCDCSSNFEELSGAFFRFLPLRSKFEYGSCFACHGTRYYRVCGIVGSAIFSQTLKPLDFNDLICDVASASVFLGDDCGHYLINDYDKRLCVDGMGVYKIRHNTIDTIVVKDADIKPSTVAPFTEYCNVKFYQGDFKDLAGLSHDFVVNAANCNLAHGGGVAKAIDHHTGGKLQKLSTSFVKKNGKVATGECVMIDTGKLKVLNAVGPRKGKDAESLLNTVYTNIFARKGVPLMPLISCGIFGFDLKDSLRAFLAACGDRHVKCFVYSDSERESVMKFLMTPFEENAATKEVLETPVVEITTDVVAPFYTIGSHKFYDCNSVEPILGLGVKNIVLFTDQVLSVKDFGVVVDKHLNGLLSDMSNKYVGDHKAVPFGNILSLDCGAFTVVDAVSPFDGASFEKQSGRTIRKLARLDGSTLCVLPNASALFDKLFALGDNFSFLVLDNVRPLFDNYLKPKDVKVKVTADGRNVNDVVVTTAETFDAQLGPSANGVESLVGVVPTPMDSGRVVNTAPDVNWSKHFGFSDAAAFAVLDHSKFAFDSEVVDGKRALADSDNNCWVNATCLALQFLKPTFKYVGWEDLWNKLRSGDVAGFVHLLYYIEGVDKGAKGDVESTLSKLDKYIVSSGSVTVERSTLCDRCNSTVKTVTGAIAEASVILNGHADGHCPHNFEWRVQVVGVKGDIILLHSGSLLNGPYVYGDAYVAFSGNIDNGHYTVFDNKLSKMYDGIKCVKTTLDTLVASSVVIRNGSYAVKTEHVPLIKKLDDSAEKFFNVGDIVAHNIAYFFVWLLTTLSTLYRCWRGGNFKLLSSIPERSGIVLRRSFKYNFRALRSNVASKQKYCLMFAKLLLLLYTIYAMLFILVRFSFFNDYICGSAVRGYASSDFDKSKFCNGSLVCKTCLFGYQELSEFQHVGVVWSYVREPLFASVLPLCYFAVIAIFGGVVERFALCYFAAQFINNVLSFLKLQDSFWLVQLVPFDIFGDEILVMFLSYKAICFFKHVVFGCDKPSCVACCKSAKLKRIAMDTIVNGSRRSFYVNANGGAKLCKKHNFFCVACDSYGSGHTYINDHIANELHNVTKLHVKPTGPAFINVDRVEFSDGFYRIFSGDKFWKYNFDITDKKFSCKEVLKNCNILDDFIVFDNNGSNLSQVQNACVYLSQLLCKPIKIIDSTLLSSLNVDFNGALHKAFLDVLHNSFGKDFSSCKTMHDCKELLELDVSDDDFIKVVSDAHRFDVLITDTSFNNFCTSYAKPAEKLSSFDLAHCMRSGAKVVNHNVLIKEKMPIVWNCVDFAKLSVDARKYIVKTAKVKGVTFLLTVNNNVMETTLPCVSVLQKQGAGKLSSMWKNFWYACGAILALFVLLNCVGFTEYASSLPGYDFKYIEDGQLKPFVNGLYCVRNTFDTFMDWHAQKFGFKPSNSDKCPIVVGASDSGRVVPGVASDVYLLGKTLIFTLKTVFGSAGHCYDVNGIADGDKCLFNSACTNLEGLGGTRTYCYKTGLIEGAMTYGDLQHDSYYRLSGDNYVRLPYVVVQGLGFRAVRTQATTYCRVGECVDSKAGMCFGADRWMVYSNDIGSDFICGSSLVDLLRNILSVFNYNFSTMIMSGQVIFNCVLACVVVFGCYFVMKFRRVFGDMSLAVFTVCAAVVVNNLSYFVSLNYVGMVVYSFLYFISTRGLKYCFIWDVSYVVAYCLLAPWWLLTWYICAALIGLIPNLFKLKVSTTLFEGTKFVGTFDAASVGTFVIDARSYERLINSTSIEKIKQYASTFNKYKYYSGSANEADYRCACYAHLAKALIDFSTTRQDTLYTPPTVSINSTLQAGLKKMAQPSGLVEPCVVRVSYGNTVLNGVWLDDKVYCPRHVLASDTTVTIDYDAVYHSMRLHNFSISKGNVFLGVVGAVMQGANLVITVSQANVNTPSYSFRTLKAGECFNILACYDGTPAGVYGVNLRSTHTIKGSFVNGACGSPGFVMNGYKVEFVYMHQIELGNASHVGSDMFGNIYGGFEDQPSIQLEGVATLITENVVAFLYAALINGERWWCSNERCTIDSFNEWALGNGFTNLVSGDGFSMLAAKTGVDVCQLLSAIQRLATGLGGKTILGYASVTDEYTLSEVVRQMYGVNIQSTKTSSALKNLFLMGFFFLLFWSEFFMYSTILWINPGLITTFLGLFVMLSMLLASCIKHKMLFLQLFLLPSIIIAACYNFAWDMEVTRMLATQFDYHVSFLNMDIQGAINIIVCFIGISLHTYRFLDTQLRSYSTYVLSMCTVLYTFYYGYDSLSLAIMLLGFGCREWYVGTAAFRLAQFIVPYCPGLISFVGDIKAVLVLYLVFGFVATVYFGLLYWLNRVLKLTLGCYDFKVSAAEFKYMVANGYTAPRGPFDSVLLSLRLLGVGGQKTIKVSTVQSKLTDLKCANVVLLGCLTNMNIAANSREWSYCVNLHNEINLTSDPEEALEKLLALVAFFLSKQQNFGVDDLIDSFFENRNVLQSVASAFANMPSFIAYEKARMNYEDAIANDAAPAVVKQLKKAMNTAKGEFDHEASVQKKIQRMADAAAAQMYKDARAVDRKSKVVSAMHSLLFGMLRKLDMSSINQLMELAKDGCIPMAIIPAAAATKLTVITPDLESFSKIRVDNNIYYAGAAWSITDVQDADGRVTILKEINADNKDALVWPLHVTCERVVKLQNNEIIPGKLKQRAVKAEGDGFSTDAKALYNTEGGHCFVYALIADKPDLKVVKWEYDGGCKTIELEPPLKFAVEAPTGVQIKYLYYVKNLNNLRRGATLGYIGATVRLQAGKQTELACNSSLLTLCAFAVDPAKAYVSAVKQGAKPVGNCVKMLANGSGSGQAVTNGVEANMNQDSYGGASVCIYCRAHVDHPAMDGACRFKGKYVQIPIGVNDPIRFCIENEVCKVCGCWLNNGCSCDRSSVQSTDQAYLNRARGSSAARLEPCNGTEPEHCVRAFDVYNKDVACIGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFFVIKRCTKSVMEHEQSMYNKLSGSNALAVHDFFTWKDGRSIYGNVCRQDLSKYTMMDLCYALRNFDERNCETLKEILVLTGCCDQSYFDNKVWYDPVENEDLHRVYALLGQRVANAMLKCVKLCDEMVTKGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVDVMPGMGIPCCTSYYSYMMPIMTMTNCLACECFMKSDIFGSDFKTYDLLEYDFTDHKVKLFDKYFKYWGQDYHPNCSDCYDDMCLLHCSNFNTLFSTTIPNTAFGPLCRKVFVDGVPLIATAGYHFKQLGLVWNKDINTHNSRLSMTDLLQFVTDPGLLIASSPALVDQRTVCFSIAALSTGITHQTVKPGHFNKEFYDYLLSQGFFDEGSELTLKHFFFAQKGDAAVADFDYYRYNKPTMLDICMARFTYKVVQRYFECYDGGCITAREVVVTNLDKSAGYPLNRFGKARLFYETFSYEEQDALYAMTKRNILPTMTQLNLKYSISGKARARTVGGVSLLATMTTRQFHQKHLKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMNDVDNGALMGWDYPKCDRAMPSMIRMLAAMVLGSKHVTCCTDSDRFYRLSNELAQVLNEVVHSNGGFYVKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSSNINRLLSVDSNVCNNLYVKKLQRSIYDNCYRSSAVDDNVVTDFYNYLKKHFSMMILSDDGVVCYNKEYAALGYVGDISAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEEDLSVGPHEFCSQHTMQIVDSDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDPVILLERYVSLAIDAYPLSKHPNREYRKVFYVLLDWVKHLHNTLNQGILETFSVTLLDDVQSKFWDEAFYAGMYEKSTVLQAAGMCIVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVVGTTHRFILSITPYVCNTSGCNVNDVTKLFLGGLNYYCHDHKPQLSFPLCANGNIFGLYKNSAVGSLDVEVFNKLAMSDWSDVSDYKLANDVKESLRLFAAETIKAREESVKSSYACATLKEIIGPKELLLQWEVGKARPPLNRNSVFTCFQISKDSKWQVGEFTFEKLDYGSDTVCYKSNVTAKLVPGMIFVLTSHNVLSLKAPTIANQERYSTIYKLYPSVNVDDAYSSLVPYYQLIGKQKITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPSARIVFAACSHAAVDSLCHKAAKAYSVDRCSRIIPARARVECYSGFKPNNTSAQYIFSTVNALPEVNADIVVIDEVSMCTNYDLSIVNARVAYKHIVYVGDPQQLPAPRTMITRGVLQPEDYNVVTQRMCGVGPDVFLHKCYRCPAEVVNTVSELVYENKFKPVKDHSKQCFKMFVKGNVQIDNGSSVNKRQLEVVKAFIAKNPKWSRAVFISPYNSQNYVAGRMLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTSHALNVNRFNVAITRTKIGILCIMCDKALYDTLKFFEISQSDLQSTIGGCGLFKDCYKFDQDLPPAHATTYMALSDKFKTDKELAVNIGHSDVRYEHVVSYMGFRFDMNIPNFHSLFCTRDFAMRNVRGWIGMDVEGAHVCGDNIGTNVPLQVGFSNGVDFVVQPEGCVVTNEGNIVKPVKARAPPGEQFTHLVPLMRKGQPWYVVRRRIVQMVCDCLNGLSDVVIFVLWAGGLELTTMKYFVKIGPSQHCDCGKEARCYNSATHAYYCLAHALGCDYLYNPFVIDIQQWGYTGSLSSNHHEVCNVHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKNVDWSITYPFIANENAINKSGRIVQSHIMKAALKVYNPKAVHDIGNPKGIRCAATNVPWYCYDKQPINSNVKMLEYDYMTHGQLDGMCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRCRSHLSLEGVNGGALYVNNHAFHTPAYDKRAFAKLKPMPFFFYDDGECDVSQGQINYVPLRATVCITKCNIGGAVCKRHASLYRAYVEAYNTFTQNGFNIWCPNSFDVYNLWQTLVDTNLQGLENIAYNVVKKGSFVGEPGELPVAVVNDRVSVRDGVSDNVIFVNKTSLPTNVAFELYAKRKIGLTPPLTILKNMGVVATHGFVLWDYDADRPFSNFTKSVCKYTDFDEDVCTCFDNSIQGAFERFTLCKNGVLISNVAIKKLRGIRLNFGYLNGVAVSSITEGETTKPVDWYIYQRKDGSFVEPVDGYYSQGRNASTFLPRSQMEKDFLELDTGLFISKYGLEDFNFEHIVYGDVSKTTLGGLHLLISQVRLARIGVLKVEDFVDSADDTLHSCSVTYANDPSSKSVCTYMDILLDDFVVILRNLDLSVTSKVHDVIVDCKAWRWMLWCKDSKVATFYPQLQSAEWKCGYSMPSLYKIQNMCMDACNLYNYGASIKLPDGIMFNVVKYTQLCQFLNTTTMCVPHNMRVLHLGAGSDKGVAPGTAVLRRWLPDDAIIVDNDVNDYVSDADFSITGDCTHVYVEDKFDLLISDMYDGKIKSIDGDNVSKDGFFTYINGFIREKLALGGAMAVKITEYSWNKQLYEIAQKFEYWTLFCTSVNTSSSEAFLIGINYLGDFSSASVIDGNVMHANYIFWRNSTIMTMSYNSVLDLSKFRCKHKATVIITLKDKDITDMVLGLIKNGKLLIRNSQKLLNFSNHLVTTK

Summary

Uniprot
NA  
ProteinModelPortal
NA  
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1171     Identity=60.04%     Cov(Q)=13.77%     Cov(P)=96.96%
3D Structure

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
6727
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
350.527219999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00017
Total prob of N-in:
0.00030
outside
1  -  1905
TMhelix
1906  -  1928
inside
1929  -  1967
TMhelix
1968  -  1990
outside
1991  -  2051
TMhelix
2052  -  2071
inside
2072  -  2472
TMhelix
2473  -  2495
outside
2496  -  2725
TMhelix
2726  -  2748
inside
2749  -  2773
TMhelix
2774  -  2796
outside
2797  -  2815
TMhelix
2816  -  2838
inside
2839  -  3254
TMhelix
3255  -  3277
outside
3278  -  3280
TMhelix
3281  -  3300
inside
3301  -  3304
TMhelix
3305  -  3327
outside
3328  -  3346
TMhelix
3347  -  3369
inside
3370  -  3375
TMhelix
3376  -  3393
outside
3394  -  3412
TMhelix
3413  -  3435
inside
3436  -  3439
TMhelix
3440  -  3462
outside
3463  -  6727
 
 
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