Strain
Bat_NC_010438
(Region: Hong Kong; Strain: Bat coronavirus HKU8, complete genome.; Date: 2005)
Gene
ORF1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGTTCTAACCATTTGACCCTGGCTTTTGCCAGTGATTCTGAAATTTCTGCTTCAGGCTGTTCCACCCGTGAAGAGGCCGTCTCACGCTATAGTGAGGCCGCGATTTATGGGTTTGAGAACTGCCGCTTTGTTGCGTCCGGTCTTCAAGAGATCGTTGACGGTGTCAGCGCAGATGATTATGTGCTGTGTTTCTCAGGTGTCACAACACTGAGGGCTTTTGTTGGCAAGTATGGTGACCGTCCTCGCAATTTGCGTGGTTGGTTATTGTTCTCCAACTGTAATTATTTCTTGGAAGAAATCGATGTCATCTTTGGCTTTGGCGGTGGTGATGCCAGTCCCGTATATGTGGATAACTACATGTGCGGTGCTAATGGCAAACCCGTTTTGCCTGCTGATGTTTGGGTTTACCAGGATTATTTTGGTGAGGAGACTGAACTTATTGTTAATGGTGTTAAGCATGTCAAGGTTTGGCATGTTACACGCACTGACATTCCGTATCAATTTCAGTCTCTAGGTGCCATCGAGTCAATTGAGTGGCTCACTGACATTCCTCACACGCTGCGGAATGGTAGTAGACTTTCCGCTGCGCGTGCTGTTAAGCATAGTAAGAATGTTGTTTTGTCTGAACCACTCAAGACTTTGTACCAGGCATGTGGTAGTCCATTTGTTACTAATGGCTCCACCTTGCGTGAAGCTGTGCCAAAACCTGTCTTTGCACATGCATATGTTGCGTGTAAGTGTGGCAGGAAAGCTTGGTCTGTTGGTGACTGGTCCGGCTATAAATCCACATGTTGTGGTGTTTTTGGCAAGCCACAGTGTGTCGTTTTTGGTGAGGTCGTGCCAGGTGACGTCTTTATCACTACCAGCTCAGTTGGTAGTGGTACACGTTACTACAACGGCCTTACTGTGAAGCATGTTGTCACTGTTGATGGACTTGCATGCTGGCGTGTGCTTAAAACTCAGAGTGTTGATGGCTTGACAGCCACTCCATCTTTTGATGATTACTCTGATGCTGCTTTTGATTGCTGTGTTTACCACAACAACACCCAGCTTGCTGTTGCATATAAAATGGGTCTGTTAAGTGGCAACTTTGATGAGACAGTCATCGATGGCGTACTTGCTGGTGCCATTGATGTTGGCTCTGCTGTTTTAGATGTCATTGACAGAATCTGTGATGCGCAACCTTGGTTCATCCAGAAATTTGGCGCGCTGTTTGAATCTGCATGGGCTGCGTTTGTTGCTACTCTTAAAAAGATTCCAGCGCTGTCTTCAGAGTTCGTGCAGCTTTGCAGTGCTTTACAGAAGGCCATCCTTACTGTGCGCGATGGTGTTATTGACTTTTATGTCGAGAATGTAGCACCGAAGTTTGTAGCTGCAGTTGAGGCTTTTAAGATGCTTGTTGTTGGCGTGTTTGATTTTTCTGTTGACACCTATAAGGTTGTGGGTGAAACTTTTAAGCGCGTTGGTGATTACGTTCTTCTTGGTAATGCAGTGGCTAAGTTGGTTACTACAAAAGTCAAGGGAGTTCGTCAGGCCGGCGCAAAGAAAGTCACTTTTGCCACACCTGTTATTGGTGTTGCTAAAAGGGTTACATCCACACGTACAGAAATTGACAGCGTTCAGCTTGTTGCTTGTGCTTCTACACCACTTGTTGAAAATGGGTGTACTGTCATAGTTGATGGCATTGCATTCTTTAAGAGTGGTGGTGTTTACAGGCTTATGGCTGACACAGATCTCGTTTACGAGACACCTGTTTATTGTCAACAAGCCACTTGCAAGCCAGTCTTTAAGTGTGCCAAACCTGATGGTTTTCCTGATGTAACTAGTGTTAACCCCGACACTTTGGCCCATGAGGTCAAGAAGATTTTGGGAGGCATAGCGAGACCATATGACAAGTACACTTGTAGTGTCATTAATGGTGAGTGCCAGGTTGACCATAGTTATAATTTTAAGGCCCCTGCTTATATCACAGACAAGCAGCAGTTTGTTATGCTCTGCAAAGACTTTGTTGTCGATGCCAAGTTTGAAGAGTTTTATGTTAAGGCTCTTGAAGCTAAGTCCCTTGATGGTTTTGAGCCTTATTATGAGGCCTTTACCATCTTTAAGGGAGAGCTTAAATGTCCTGCTGAGTTGATTGAGCTTGATGATGGTGGCTTGTTTAACACCTTTATTAAAACTGTTAACAGTGCTTATGATTTTGTTAAGAATCTTAAAGTTTCTGTTACTGTTAAGGGTGTCATTTGTACAGCTGCCAAGCGTTTTAAGCGTTGGGCTAATGCGCTTGCAAAGATCTATACTGAGTTTATTACTGGTGCCTGTAAGACTGTCGTTATTGGCGGTCTTGAGTTTGCATACTATTGTTTTGCAAAACCTGCTATTGCACTCGGTGACATCTTTGTGCGCGTTTCTAAGAACGCTCTTAGTGCCTTTAATAGACCAACTGAGGCTGGTGCTGTTGATGCTCTCGTCTTTGAAGGCGGTGATATTGAAACTGTCTGTTCGCGCGTTCAGTTTGATACTGTTGCGCTTGAACCTGTGCAGGAAGTACCAGTTCCTAGTGATGGCTATGTTGCTGTTGTTGATGGCTACACTTTCTTTACCGATGGCACTCATTACTTCCCAACTGGACTGTCACGGTGCTACACAACGTGTTTTAAACGTGGTGGTGGTACTGTTGAGTTTTCAGAGGTTGTGGAAGTTAAAGAGATTGATCCAGTCTATAAGGTTCGCCTTGAGTACGAATTTGAGGACGAGAACATTGCCATTGTTTGTAAGAAGGCCATTGGCAAAATTATTACCTTTGAGGGTACTGATTGGTCTGAGTTTGAACAAACTCTTATTAACGCAGTTTCTGTGGTTGGTGAGTTTGTTGACCTTCCTGATTTTTATGTTTATGATGAGGAAGGTGGTACAGATCTTTCTAAGGTTGTGATGGTGTCACAATGGCCTTTGAAGTCGTCACCCGAACCACAAAATTTTGATCCTTCACCACTAGCAGCATTTGTTGTTAGTTGTGGTTTGGAATGTGATTTTAGTGGTTGCGGTGATCCTGTTAGTTGTTTTCAGACTGTTGAAGGTGCAGCTTTGTGCATTTCAATGGAGCGTTCCTGTAAGTGTGGTACTGATCAGGCTGTTTGTGAGGGTTTTTATGTGCCTGTTAAACCTTGTGCTAGCACTGACACTTGTGATGAGTGCGGTTGTGATCGCATTTCCACGATCACTAGCATGGTAGGTACAGGTTTTGTGGACCTTTGTGACAACCCTGTTGTGCCTTTTGATTGCGTTGAGTGTGGTTTTGGTGGCTATAATGGTGTTTGCTTCGTCAATGTTGACGTTGCAATCCCACCTCCAGAAGACTTGCCACCACCACCTGAACCGGAACCTGAGCCTCCTGTTGATGCTATGCAGGAGGTTGCTGAGGCACTGTCGTTTATTGTTGATGAACCATCTGCTTTTGTTGATCCTTTTAAGTTTGAGTATTACGACCACGCTGGTGTTCGTGTGCTTAAGCAGGAGGTTAACAATTGTTGGGTCGCTTCCACCTTGGTACAGTTGCAGCTGTACGGCTTTGACAGTGATGCTATGTCACTTTTCAAAGCTGGTAGCGTTTCGCCTATGGTGCGTAGGTGCTATGAAGCTGTTGGAGCCATTCGTGGTAGTTTAGGCGATGTTTCACAGTGCCTTGAAAAACTTCTTTCTGACAGTCATACTATGTTTATGACTTTCGATGTGAAGTGTGATTGTGGTGCATCTGTGGCTGAAATGAGTGGTGCTGTGTTTCGTTTTATGCCTACTCGTGATTCTTTTAACTATGGTGCTTGTCCTACTTGTAGGAGTGTCATGGTTTATAAGATTAAGAGTATGCAGGGTACTGGCTTCTTTTGTCAGGACCCTAAACCTTTTAATACAGCTCGTTCGCTTGTTCGCCCTGTTAGTGCCAGTGTTTACAGTGGTCGTACTGATGGTGGTCATTACAAAACCAATATCTATGATGCACGTGTTTGCGTTGATGGTTTTGGCGTTACTAGTATTACTACTGGTAATGTTAATGTGATCCTGCTTCACGATGTTAGTTACGGTCTTGTAGAGACTGTGCCTGCCGTCGTTAATGATGTTGTTACAACCACTGTGGAAAGCGTTACCAGCGCTGCTACACCTAGTGTAGAACCATTTGCCACTTTTGGCAGTGTTGAGTTTTACCAGGGTGATGTTAAGGCGTTGTCTGCACTTCCTTGCGACTTTGTGGTTAATGCTGCTAATGAAAATTTGCAGCATGCCGGTGGTGTCGCTAAAGCTATTAATGACCTTACTGGCGGTGTGTTACAGCGTCTTTCAGACGATTACACACGTGCCAATGGTAAGGTTAAAGTAGGTTGTGGTGTTATGCTTGAGTGCCCACTGCGTGTGTTTAATGTGGTTGGGCCTCGTAAAGGCAAACACGCCAGGTCTTTGCTTGTTAAGTGCTATAAGAGTGTTCTTTCAAATCCAGGTGTACCTTTAACACCGTTAGTTAGTGTTGGTATATTTGGTGTGCCTTTGTCTGACTCTTTTATCGCACTTACAAGTGTTGTTGGTGAGAGACGTGTTTTGTGTTTCTGTTATTCAGACACAGAGCGTAAGGCTATTCTTAAGTTGATTGAGCAGCGCTCTAGCGTTGATCAGCCAACTGTGCCAATTGTGCCACCAACAGCAGATGTGGAGGTTGCAACTGTTGTACAGTGTGTTTCAGAAACTGAAGCTGCAACTGTGGTAATGGATGTTGTTGCTGAACCACAGCCTACAGAAGTCATTGCTACACAGCCGTGTGTGCCTGAGGCACTTGAGGTAGTAGGCTCTGTGACTTACTATCCTGTTGATGTAGGTGTTGTAGGTGTTAGACCTGACAACATAATTCTACACACCACGCAAGACCTTGGTCTTTGCGCGTTTGGTAAGTTGCTAGATGAGCAGGCTTGTGGTGCATTGTCAGCTTCTATTGATGCTTATAAGCAAAATAC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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR032505
Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR014829 NSP8
IPR011050 Pectin_lyase_fold/virulence
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
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IPR002589 Macro_dom
IPR036499 NSP9_sf
SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=9e-156 Score= 484 Identity=72.43%
Cov(Q)=7.11% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0019079 P:viral genome replication
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GO:0008242 F:omega peptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4231
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
392.89116
Exp number, first 60 AAs:
0.00016
Total prob of N-in:
0.00026
outside
1 - 2078
TMhelix
2079 - 2101
inside
2102 - 2140
TMhelix
2141 - 2163
outside
2164 - 2217
TMhelix
2218 - 2240
inside
2241 - 2246
TMhelix
2247 - 2264
outside
2265 - 2273
TMhelix
2274 - 2296
inside
2297 - 2640
TMhelix
2641 - 2663
outside
2664 - 2895
TMhelix
2896 - 2918
inside
2919 - 2938
TMhelix
2939 - 2961
outside
2962 - 2970
TMhelix
2971 - 2993
inside
2994 - 3417
TMhelix
3418 - 3440
outside
3441 - 3449
TMhelix
3450 - 3468
inside
3469 - 3472
TMhelix
3473 - 3495
outside
3496 - 3509
TMhelix
3510 - 3532
inside
3533 - 3551
TMhelix
3552 - 3574
outside
3575 - 3583
TMhelix
3584 - 3606
inside
3607 - 3610
TMhelix
3611 - 3633
outside
3634 - 4231
