Strain
Murine_NC_012936
(Region: ; Strain: Rat coronavirus Parker, complete genome.; Date: )
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAAGATGGGCAAATACGGTCTCGGCTTCAAATGGGCCCCAGAATTTCCATGGATGCTTCCGAACGCATCGGAGAAGTTGGGTAACCCTGAGAGGTCAGAGGAGGATGGGTTTTGCCCCTCTGCTGCGCAAGAACCGAAAGTTAAAGGAAGAACTTTGGTTAATCACGTGAGGGTGGATTGTAGCCGGCTTCCAGCTTTGGAGTGCTGTGTTCAGTCTGCCATAATCCGTGATATCTTTGTAGATAAGGATCCCCAGAAGGTGGAGGCCTCAACTATGATGGCATTGCAGTTCGGTAGTGCTGTCTTGATTATGCCATCCAAGCGCTTGTCTATTCAGGCATGGGCTAATTTGGGTGTGCTGCCTAGAACACCAGCCATGGGGTTGTTCAAGCGCGTCTGCCTGTGTAATACCAGGGGGTGTTCTTGTGACGTCCACGTGGCTTTTCAACTCTTTACCGTTCAACCCGATGGCGTATGCCTAGGTAATGGACGTTTTATAGGCTGGTTTGTTCCAGTCACAGCCATACCGGAGTATGCGAAGCAGTGGTTGCAGCCCTGGTCCATCCTTCTTCGTAAGGGTGGTAACAAGGGGTCTGTGACATCCGGCCACCGCCGTGCTGTTACCATGCCTGTGTATGACTTTAATGTGGAGGATGCTTGCGAGGAGGTTCATCTTAACCCGAAGGGTAAGTACTCTCGCAAGGCGTATACTCTTCTTAAGGGCTATCGCGGTGTTAAACCCATCCTTTTTGTGGACCAGTATGGTTGTGACTATACTGGATGTCTCGCCAAGGGTCTTGAGGACTATGGTGACCTTACTTTGAGTGAGATGAAGGAGTTATTCCCTGTGTGGCGTGAATCCTTAGATAATGAAGTAGTTGTGGCCTGGCATGTTGATCGTGACCCGCGGGCTGTTATGCGTCTGCAGACTCTTGCTACTCTACGTAGCATTGATTATGTGGGCCAACCGACAGAGGATGTGGTGGATGGAGATGTGGTAGTGCGTGAGCCTGCTCATCTTCTAGCAGCTGATGCCCTTGTTAAAAGACTCCCCCGTTTGGTGGAGACTATGCTGTATACGGATTCGTCCGTTACAGAATTTTGTTATAAAACCAAGCTGTGTGATTGTGGTTTTATCACGCAGTTTGGCTATGTGGATTGCTGTGGTGACACCTGCGATTTTCGCGGATGGGTACCGGGCAATATGCTGGATGGTTTTCCTTGCCCAGGGTGTAGCAAAAGTTACATGCCATGGGAACTGGAAGCTCAATCATCAGGTGTAATCCCAGAAGGAGGTGTTCTGTTTACTCAGAGCACTGATACGGTGAATCGTGAGGCTTTTAAGCTCTACGGTCATGCTGTTGTGCCTTTTGGTTCTGCTGTGTATTGGAGCCCTTACCCAGGTATGTGGCTTCCAGTAGTTTGGTCTTCTGTTAAGTCATACTCTGGTTTGACTTATACAGGAGTTGTTGGTTGTAAGGCAATTGTTCAGGAGACAGATGCTATATGCCGGTCTCTATATATGGACTACGTTCAGCACAAGTGTGGCAATCTCGATCAGAGAGCTACTCTTGGATTGGACGATGTCTATCATAGACAATTGCTTGTAAATAGAGGTGACTATAGTCTCCTACTTGAAAATGTAGATTTGTTTGTTAAGCGGCGCGCTGAATTTGCTTGCAAATTTGCCACCTGCGGAGATGGTTTTGTACCTCTTCTGCTAGATGGTTTAGTGCCCCGCAGTTATTATTTAATTAAGAGTGGCCAGGCCTACACCTCGATGATGGTTAATTTTAGCCATGAGGTGATTGACATGTGTATGGACATGGCATTATTGTTCATGCATGATGTTAAAGTGGCCACTAAGTATGTTAAGAAGTTTACTGGCAAACTAGCCGTGCGCTTTAAGGCGTTAGGTGTAGCCGTTGTCAGGAAAATTACTGAATGGTTTGATCTTGCCGTGGACATTGCTGCTAGTGCCGCTGGATGGCTTTGCTACCAGCTGGTAAATGGCTTATTCGCAGTGGCCAATGGTGTCATAACATTTGTTCAGGAGGCTCCTGAGCTAGTCAAGAATTTTGTTGCCAAGTTCAGGGCATTTTTCAAGGTTTTGATCGACTCTATGTCGGTTTCTATCTTGTCTGGACTTACTGTTGTCAAGACTGCCTCAAACAGGGTATGTCTGGCTGGCAGTAAGGTTTATGAGGTTGTGCAGAAGTCTTTGTCTGCATATGTTTTGCCTGTTGGTTGCAGTGAGGCCACTTGTTTAGTGGGCGAAAGTGAACCTGCAGTTTTTGAAGATGATGTTGTTGGTGTGGTTAAGACCCCATTAACATATCAAGGCTGTTGTAAGCCACCCACTTCTTTCGAGAAGATTTGTATTGTAGATAAATTATATATGGCCAAGTGTGGTGATCAATTCTACCCCGTGGTTGTTGATAACGACACTGTCGGCGTGTTAGATCAGTGCTGGAGATTCCCCTGTGCGGGCAAGAAAGTCGTGTTTAACGACAAGCCTAAAGTCAAGGAGGTACCCTCCACGCGAAAGATTAAGATTATCTTCGCTCTGGATGCGACCTTTGATAGTGTTCTCTCGAAGGCGTGTTCAGAGTTTGAAGTTGATAAAGATGTTACATTGGATGAGCTGCTTGATGTTGTGCTTGACGCAGTTGAGAGTACGCTTAGTCCTTGTAAGGAGCATGATGTGATAGGCACAAAAGTTTGTGCTTTACTTGATAGGTTGGCAGAAGATTATGTCTATCTTTTTGATGAAGGAGGCGATGAAGTGATTGCCCCGAGGATGTATTGTTCCTTTTCTGCTCCTGATGATGAAGACTGCGTCGCAGCAGATGTTGTAGATGCAGATGAAAACCAAGATGATGATGCTGACGACTCTGTAGTCCTTGTCGCCGATGCACAAGAGGACGGCGTTGCCAAGGAGCAGGTTGAGGTGGATTCTGAAATTTGCGTTGCGCATACTGGTGGTCAAGATGAATTGACTGAGCCAGATGCTGTCGGATCTCAAACTCCCATCGCCTCTGCTGAGAAAACCGAAGTCGGAGAGGCAAGCGACAGGGAAGGGATTGCTGAGGCGAAGGCAACTGTGTGTGCTGATGATTTAGATGCCTGCCCCGATCAAGTGGAGGCATTTGAAATCGAAGAGGTTGAAGACTCTATCTTGGATGAGCTTCAAACTGAACTTAATGCGCCAGCAGACAGGACCTATGAGGATGTTTTGGCATTTGATGCCATATACTCAAAGGCTTTGTCTGCAGTCTATGCTGTGCCGAGTGATGAGACGCACTTTAAAGTGTGTGGATTCTATTCGCCTGCTATAGAGCGCACTAATTGTTGGCTGCGTTCCACTTTGATAGTAATGCAGAGTTTACCTTTGGAATTTAAAGACTTGGAGATGCAAAAGCTCTGGTTGTCTTACAAGGCTGGCTATGATCAATGCTTTGTGGATAAACTAGTTAAGAGCGTGCCCAGGTCGATTATTCTTCCACAAGGTGGTTATGTGGCAGATTTTGCCTATTACTTTTTAAGTCAGTGTAGCTTTAAAGCTCATGCTAACTGGCGTTGTTTAAAGTGTGACATGGCGTCAAAGCTGCAAGGTTTGGATGCCATGTTCTTTTATGGAGACGTTGTGTCTCATATGTGTAAGTGTGGTAGTGGCATGACCTTGTTGTCTGCGGATATACCGTACACTTTGCATTTTGGAGTGCGAGATGATAAGTTTTGCGCTTTTTACACGCCGAGAAAGGTTTTTAGGGCTGCTTGTGCGGTAGATGTTAATGATTGTCATTCCATGGCTGTTGTGGATGGCAAGCTAATTGATGGTAAGAACGTTACCAAATTTACTGGTGACAAATTTGATTTTATGGTGGGTCATGGGATGACATTTAGTATGTCACCCTTTGAGACCGCCCAGTTATACGGTTCATGTATAACGCCAAATGTTTGTTTTGTTAAAGGAGATGTTATAAAGGTTGCTCGCTTGGTTGAGGCCGAAGTCATTGTTAACCCTGCTAATGGGCGGATGGCTCATGGTGCAGGTGTTGCAGGTGCTATAGCTAAGGCGGCGGGCAAGTTTTTTATTAAAGAAACTGCCGATATGGTGAAGAATCAAGGTGTTTGTCTAGTTGGCGAATGCTATGAATCTGCTGGTGGTAAATTATGTAAAAAGGTGCTTAACATTGTGGGACCAGATGCTCGAGGGCAAGGTAGGCAATGTTACTCACTCCTAGAGCGTGCATATCAGCATATTAATAAGTGTGATAATGTTGTTACCACTCTAATATCGGCTGGCATATTTAGTGTGCCTACTGATGTTTCCTTGACTTATTTACTTGGTGTTGTGACTAAGAATGTTATTCTTGTTAGCAACAACAAAGATGATTTTGATGTGATAGAGAAGTGCCAAGTTACTTCTGTGGCTGGTACTAAAGCACTGTCACTTCAATTGGCCAAAAATTTGTGTCGTGATGTAAAGTTTGAGACGAATGCATGTGATACGCTTTTTGGCGCGTCCTGCTTCGTGGCAAGCTATGATGTGTTGCAGGAAGTTGAATTGCTGCGACATGATATACAGTTGGATGATGACGCACGTGTTTTTGTGCAGGCTAATATGGATTGCCTGCCCACAGACTGGCGTCTTGTTAATAAACTTGATGTTGTGGATGGTGTTAGAACCATTAAGTATTTTGAGTGTCCGGGAGAGATTTTTGTATCTAGCCAGGGCAAAAAGTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTTATTTAAAGTGGCGAGTGTTAGTCAAATACGGGCTCTACTTGCTAATAAGGTTGATGTCTTGTGCACTGTTGATGGTGTTAACTTCCGCTCCTGCTGTGTAACAGAGGGTGAAGTTTTTGGCAAGACATTAGGTTCAGTCTTTTGTGATGGCATAAATGTCACCAAAGTTAGGTGTAGTGCCATTCACAAGGGTAAGGTTTTCTTTCAGTACAGTGGTCTGTCTGAGGCCGATCTTGTGGCTGTTAAAGATGCTTTTGGTTTTGATGAACCACAACTGCTGAAGTACTATAATATGCTTGGCATGTGTAAGTGGCCAGTAGTTGTTTGTGGCAATTATTTTGCTTTCAAGCAGTCAAATAATAATTGCTATATAAATGTGGCATGTTTAATGCTGCAGCATTTGAATTTAAAGTTTCCCAAGTGGCAATGGCAGGAGGCCTGGAACGAGTTCCGCTCCGGTAAGCCACTAAGGTTCGTGTCCTTGGTGTTAGCAAAGGGCAGCTTTAAATTTAATGAACCTTCTGATTCCACTGATTTTATACGTGTGGTGCTGCGCGAAGCAGATTTGAGTGGTGCCACATGTGATTTGGAATTTATTTGTAAATGTGGTGTGAAGCAAGATCAGCGCAAAGGTGTTGACGCTGTTATGCATTTTGGTACATTGGATAAAAGTGATCTTGTCAAGGGTTATAATATCGCATGTACATGCGGTAGTAAACTTGTGCATTGCACCCAATTTAATGTACCATTCTTAATTTGCTCCTACACTCCAGAGGGCAGGAAACTGCCTGACGATGTTGTTGCAGCTAATATTTTTACTGGTGGTAGTTTGGGCCATTACACGCATGTGAAATGTAAACCCAAGTACCAACTTTATGATGCTTGTAATGTTAGTAAGGTTTCGGAGGCTAAGGGTAATTTTACCGATTGCCTCTACCTTAAAAATTTAAAGCAAACTTTTTCGTCTGTGTTGACGACTTATTATTTAGATGATGTAAAGTGTGTGGAGTACAAGCCAGATTTATCGCAGTATTACTGTGAGTCTGGTAAATATTATACAAAACCCATTATTAAGGCCCAATTTAGAACATTTGAGAAGGTTGATGGTGTCTATACCAATTTTAAATTGGTGGGACATAGTATAGCTGAAAAACTCAATGCTAAGCTGGGATTTGATTGTGATTCTCCCTTTGTGGAGTATAAAATTACAGAGTGGCCAACAGCTACTGGAGATGTGGTGTTGGCTAGTGATGATTTGTATGTGAGTCGGTACTTAAGCGGGTGCATTACTTTTGGTAAACCGGTTGTCTGGCTTGGCCATGAGGAAGCATCGCTGAAATCGCTCACATATTTTAATAGACCTAGTGTCGTTTGTGAAAATAAATTTAATGTGTTGCCTGTTGATGTCAGTGAACCCACGGATAAGGAGCCTGTGCCGGCTGCAGTCCTTGTTACCGGCGTCCCTAGTGCTGATGCGTCAGCCGATGCCGGTACTGCCAAGGAGCAAAAAGCCTGTGCTTCTGATAATGTGGAGGAGCAGGTTGTTACAGAGGTTCATCAAGAGCCATCTGTTTCAGCTGTTGATGTCAAAGAGGTTAAATTGAATGGTGTTAAAAAGCCTGTTAAGGTGGAAGATAGTGTGGTTGTTAATGACCCCACTAGCGACACCAAAGTTGTTAAAAGTTTGTCTATTGTTGATGATATGTTCCTGACAGGGTGTAAGTATGTGGTCTGGACGGCTAATGAGTTGTCTCGACTAGTAAATTCACCGACTGTTAGAGAGTATGTGAAGTGGGGTAAAATTGTAATACCCACTAAGTTATTGTTATTAAGAGATGAGAGGCAAGAGTTCGTAGCGCCAAAAGTAGTCAAGGCGAAAGCTATTGCCTGCTATGGTGCTGTGAAGTGGTTCTTCTTCTATTGTTTTAGTTGGATAAAGTTTAATACTGATAATAAGGTTATATACACCACAGAATTAGCTTCAAAGCTTACTTTTAAGTTGTGCTGTTTGGCTTTTAAGAATGCCTTACAGACGTTTAATTGGAGTGTTGTGTCTAGGGGCTTTTTCCTAGTGGCAACAGTCTTTTTATTATGGTTTAACTTTTTGTATGCCAATGTTATTTTGAGTGACTTTTATTTGCCTAATATTGGATCTCTCCCTACTTTTGTGGGACAGATTGTTGCGTGGTTTAAGACTACATTTGGCGTGTCAACCATCTGTGATTTCTACCAGGTGACGGATTTGGGCTATAGAAGTTCTTTTTGTAATGGAAGTATGGTATGTGAGCTATGCTTCTCAGGTTTTGATATGCTGGACAGCTATGATGCTATAAATGTTGTTCAACACGTTGTAGATAGGCGTGTGTCTTTTGACTACATTAGCATACTTAAATTAGTGGTCGAGCTTATTATCGGCTACTCTCTCTATACTGTGTGCTTCTATCCACTGTTTGTCCTTATTGGAATGCAGTTGTTGACCACATGGTTGCCTGAATTCTTTATGCTGGAGACTATGCATTGGAGTGCTCGTTTGTTTGTGTTTGTTGCTAATATGCTCCCAGCTTTTACGTTACTGCGATTTTACATCGTGGTGACAGCTATGTATAAGGTCTATTGTCTTTGTAGACATGTTATGTATGGGTGTAGTAATCCTGGTTGCCTGTTTTGTTATAAGAGAAACCGTAGTGTCCGTGTTAAGTGTAGCACCGTTGTTGGTGGTTCACTACGCTATTACGATGTGATGGCTAACGGCGGCACAGGTTTCTGTACAAAGCACCAGTGGAACTGTCTTAATTGCGATTCCTGGAAACCAGGCAATACATTCATAACCCTTGAAGCAGCGGCGGACCTCTCTAAGGAGTTGAAACGCCCTGTGAATCCAACAGACTCTGCTTATTACTCGGTCACAGAGGTTAAACAGGTTGGTTGTTCAATGCGTTTGTTCTATGAGAGAGATGGACAGCGTGTTTATGATGATGTTAGTGCTAGTTTGTTTGTGGACATGAATGGTCTGCTGCATTCTAAAGTGAAAGGTGTGCCTGAAACGCATGTTGTGGTTGTTGAGAATGAAGCTGATAAAGCTGGTTTTCTCGGCGCTGCAGTGTTTTATGCACAATCTCTTTATAGACCTATGTTGATGGTAGAAAAGAAATTAATAACTACCGCCAACACTGGTTTGTCTGTTAGTCAAACTATGTTTGACCTCTATGTAGATTCATTGCTGAACGTCCTTGACGTGGATCGCAAGAGTCTAACAAGTTTTGTAAATGCTGCGCACAATTCTTTAAAGGAGGGTGTGCAGCTTGAACAGGTTATGGACACCTTTGTTGGTTGCGCTCGACGTAAGTGTGCTATAGATTCTGATGTTGAAACCAGGTCTATTACTAAGTCCGTTATGTCGGCAGTAAATGCTGGTGTTGATTTTACGGATGAGAGTTGTAATAATTTGGTTCCCACCTATGTTAAAAGTGATACTATCGTTGCCGCTGATTTGGGTGTCCTTATTCAGAATAATGCTAAGCATGTACAATCTAATGTTGCAAAAGCCGCTAATGTGGCTTGCATATGGTCTGTGGATGCTTTTAATCAGCTGTCTGCTGACTTGCAGCATAGGCTTAGAAAAGCATGTTCAAAAACTGGCTTAAAGATTAAGCTTACCTATAATAAGCAGGAGGCAAATGTTCCTATTTTAACCACACCGTTCTCTCTAAAAGGAGGCGCTGTGTTTAGTAAATTTCTTCAATGGTTGTTTGTTGCTAATTTGATTTGTTTCATTGTATTGTGGGCTCTTATTCCGACTTATGCGGTGCACAAATCAGATATGCAGTTGCCTTTATATGCCAGTTTTAAAGTTATAGAAAATGGTGTGCTAAGAGATGTGTCTGTTACTGATGCATGCTTCGCAAACAAATTTAATCAATTTGATCAATGGTATGAGTCTACATTTGGTCTTGCCTATTACCGTAACTCTAAGGCTTGTCCTGTTGTGGTTGCTGTTATAGACCAAGACATTGGTCATACCTTATTTAATGTTCCTACCAAAGTTTTAAGACATGGATTTCATGTGTTGCATTTTATAACTCATGCATTTGCTACTGATAGCGTGCAGTGTTATACGCCACATATGCAAATTCCTTATGATAACTTTTATGCTAGTGGTTGCGTGTTGTCGTCGCTCTGTACTATGCTAGCGCATGCAGATGGAACCCCGCATCCTTATTGTTATACGGAGGGTGTTATGCATAATGCTTCTCTGTATAGTTCTTTGGTCCCTCATGTCCGTTATAACCTAGCTAGTTCAAATGGTTATATACGTTTTCCTGAAGTTGTTAGTGAGGGTATTGTGCGTGTTGTGCGCACTCGCTCTATGACCTACTGCAGGGTTGGTTTATGTGAGGAGGCCGAGGAGGGTATTTGTTTTAATTTTAATAGTTCATGGGTACTGAATAACCCGTATTATAGGGCTATGCCTGGAACTTTTTGTGGTAGGAATGCTTTTGATTTAATACATCAAGTTTTAGGAGGTTTAGTCCAGCCTATTGATTTCTTTGCTTTAACGGCGAGTTCAGTGGCTGGTGCTATCCTTGCAATTATTGTTGTTTTAGCTTTTTATTATTTAATAAAGCTTAAACGTGCGTTTGGTGACTACACTAGTGTTGTAGTGATCAATGTCATTGTGTGGTGCATAAATTTCATGATGCTATTTGTGTTTCAGGTTTATCCCACCTTGTCTTGTTTATATGCTTGTTTTTATTTTTATACGACGCTCTATTTCCCCTCGGAGATAAGTGTTGTTATGCATTTGCAGTGGCTTGTCATGTATGGTGCTATTATGCCCTTGTGGTTCTGCATTATTTACGTGGCAGTCGTTGTTTCAAACCATGCTTTGTGGTTGTTTTCTTACTGCCGCAAAATTGGTACTGAGGTTCGTAGTGACGGCACATTTGAAGAAATGGCCCTTACTACCTTTATGATTACTAAAGAATCCTATTGTAAGTTGAAAAATTCTGTTTCTGATGTTGCTTTTAACAGGTACTTGAGTCTTTATAACAAGTATCGCTATTTTAGTGGCAAAATGGATACTGCTGCTTACAGAGAGGCTGCCTGTTCGCAACTGGCAAAGGCTATGGAAACTTTTAACCATAACAATGGTAATGATGTTCTCTATCAGCCTCCTACTGCTTCTGTTACTACATCATTTTTACAGTCTGGTATAGTCAAAATGGTGTCTCCCACATCGAAAGTGGAACCTTGTGTAGTTAGTGTTACCTATGGTAATATGACACTTAATGGGTTGTGGTTGGATGATAAAGTTTATTGTCCAAGACATGTTATTTGTTCTTCAGATGACATGACAGACCCTGATTATCCTAATTTGCTTTGTAGAGTGACATCAAGTGACTTTTGTGTTATGTCTGACCGTATGAGCCTTACCGTGATGTCTTACCAAATGCAGGGCAGTCTACTTGTTTTGACTGTAACATTGCAAAATCCTAACACACCAAAGTATTCCTTCGGTGTTGTTAAGCCTGGTGAGACGTTTACTGTTTTGGCTGCATACAATGGCAGACCTCAAGGAGCCTTCCATGTTGTTATGCGTAGCAGCCATACCATAAAGGGCTCCTTTTTGTGTGGATCTTGCGGTTCTGTAGGATATGTTTTAACTGGCGATAGTGTACGATTTGTTTATATGCATCAGCTAGAGTTGAGTACTGGTTGTCATACCGGTACTGACCTTAGCGGGAACTTCTATGGTCCCTATAGAGATGCTCAGGTTGTACAATTGCCAGTTCAAGATTATACGCAGACTGTTAATGTTGTAGCTTGGCTTTACGCTGCTATTCTTAACAGGTGCAATTGGTTTGTGCAAAGTGATAGTTGTTCTCTGGAAGAATTTAATGTTTGGGCTATGACCAATGGTTTTAGCTCAATCAAAGCTGATCTTGTTTTGGATGCGCTTGCTTCTATGACAGGCGTTACAGTTGAACAGGTGCTGGCTGCTATTAAGCGTCTTTATTCTGGATTCCAGGGCAAACAAATTTTAGGTAGTTGTGTGCTAGAAGATGAGTTGACACCCAGCGATGTCTATCAACAACTATCTGGTGTTAAGTTACAGTCAAAGCGCACAAGAGTTATTAAAGGCACATGTTGCTGGATATTGGCTTCAACATTTCTGTTTTGTAGCATTATCGCAGCATTTGTAAAATGGACTATGTTTATGTATGTTACTACCCATATGTTGGGCGTGACATTGTGTGCACTTTGTTTTGTAAGCTTTGCTATGTTGTTGATCAAGCATAAGCATTTGTATTTAACTATGTATATTATGCCTGTGTTATGCACATTGTTTTACACCAACTATTTGGTTGTGTATAAACAGAGTTTTAGAGGCCTTGCTTATGCTTGGCTTTCACATTTTGTCCCTGCTGTAGATTATACATACATGGATGAAGTTTTATATGGTGTTGTGTTGCTAATCGCTATGGTGTTTGTCACCATGCGTAGCATAAATCACGACGTATTCTCTATTATGTTCTTGGTTGGTAGACTTGTCAGCCTGGTATCTATGTGGTATTTTGGTGCCAATTTAGAGGAAGAGGTACTATTGTTCCTCACATCCCTATTTGGCACGTATACATGGACTACCATGTTGTCATTGGCTACGGCCAAGGTCATTGCTAAATGGTTGGCTGTGAATGTCTTGTACTTCACAGACGTACCGCAAATAAAATTAGTTCTTTTGAGCTATTTGTGTATAGGTTATGTGTGTTGTTGTTATTGGGGCGTCTTGTCACTCCTTAATAGCATTTTTAGGATGCCATTGGGCGTCTATAATTATAAAATCTCCGTGCAGGAGTTACGTTATATGAATGCTAATGGCTTGCGCCCACCCAAAAATAGTTTTGAAGCCCTGGTGCTTAATTTTAAGCTGTTGGGAATTGGTGGTGTGCCAGTCATTGAAGTATCTCAGATTCAATCAAGATTGACGGATGTTAAATGTGCTAATGTTGTGTTGCTTAATTGCCTCCAGCACTTGCATATTGCATCTAATTCTAAGTTGTGGCAGTATTGCAGTACTTTGCATAATGAAATACTGGCTACATCTGATTTGAGCGTGGCCTTCGATAAGTTGGCTCAGCTCTTAGTTGTTTTATTTGCTAATCCAGCAGCAGTGGACAGCAAGTGTCTTGCAAGTATTGAAGAGGTGAGCGATGATTACGTTCGCGACAATACTGTCTTGCATGCCCTACAGAGTGAATTTGTTAATATGGCTAGCTTCGTTGAGTATGAACTTGCTAAGAAGAATTTAGATGAGGCCAAGGCTAGCGGCTCTGCTAATCAACAACAGATTAAGCAGCTAGAGAAGGCTTGTAATATTGCTAAGTCAGCATATGAGCGCGATAGAGCTGTTGCTCGTAAGCTGGAACGTATGGCTGATTTAGCTCTTACAAATATGTACAAGGAAGCTAGAATTAATGATAAGAAGAGTAAGGTCGTGTCGGCATTGCAAACCATGCTTTTTAGTATGGTTCGTAAGCTAGATAACCAAGCTCTCAATTCTATCTTAGATAATGCAGTTAAGGGTTGTGTACCTTTGAATGCAATACCATCATTGACTTCAAACACTCTGACTATAATAGTGCCAGATAAGCAGGTTTTTGATCAAGTTGTGGATAATGTGTATGTCACCTATGCTGGGAATGTATGGCATATACAGTCTATTCAAGATGCTGATGGTGCTGTTAAACAATTGAATGAGATTGATGTTAATTCAATCTGGCCCCTAGTCATTGCTGCAAATAGGCATAATGAAGTGTCTACTGTCGTTTTGCAGAACAATGAGTTGATGCCTCAGAAGTTGAGAACTCAGGTAGTCAATAGTGGCTCAGATATGAATTGTAATACTCCTACCCAGTGTTATTATAATACTACTGGCACGGGTAAGATTGTGTATGCTATACTTAGTGACTGTGATGGTCTCAAGTACACTAAGATAGTAAAAGAAGATGGAAATTGTGTTGTTTTGGAATTGGATCCTCCCTGTAAATTTTCAGTTCAGGATGTGAAGGGCCTTAAAATTAAGTACCTTTACTTTGTCAAGGGGTGTAACACATTAGCTAGAGGATGGGTTGTAGGCACCTTATCATCGACAGTGAGATTGCAGGCAGGTACGGCAACTGAGTATGCCTCCAACTCTGCAATACTGTCGTTGTGTGCGTTTTCTGTAGATCCTAAGAAAACTTACTTGGATTATATACAACAGGGTGGAGTTCCTGTTACTAATTGTGTTAAGATGTTATGTGACCATGCTGGCACTGGTATGGCCATTACTATTAAGCCGGAGGCAACCACTAACCAGGATTCTTATGGTGGTGCTTCCGTTTGTATATATTGCCGCTCGCGTGTTGAACATCCAGATGTTGATGGATTGTGCAAATTACGCGGCAAGTTTGTCCAAGTGCCCTTAGGCATAAAAGATCCTGTGTTATATGTGTTGACGCATGATGTTTGTCAGGTTTGTGGCTTTTGGCGAGATGGTAGCTGTTCCTGTGTAGGCACAGGCTCCCAGTTTCAGTCAAAAGACACGAACTTTTTAAACGGGTTCGGGGTACAAGTGTAA
Protein
MAKMGKYGLGFKWAPEFPWMLPNASEKLGNPERSEEDGFCPSAAQEPKVKGRTLVNHVRVDCSRLPALECCVQSAIIRDIFVDKDPQKVEASTMMALQFGSAVLIMPSKRLSIQAWANLGVLPRTPAMGLFKRVCLCNTRGCSCDVHVAFQLFTVQPDGVCLGNGRFIGWFVPVTAIPEYAKQWLQPWSILLRKGGNKGSVTSGHRRAVTMPVYDFNVEDACEEVHLNPKGKYSRKAYTLLKGYRGVKPILFVDQYGCDYTGCLAKGLEDYGDLTLSEMKELFPVWRESLDNEVVVAWHVDRDPRAVMRLQTLATLRSIDYVGQPTEDVVDGDVVVREPAHLLAADALVKRLPRLVETMLYTDSSVTEFCYKTKLCDCGFITQFGYVDCCGDTCDFRGWVPGNMLDGFPCPGCSKSYMPWELEAQSSGVIPEGGVLFTQSTDTVNREAFKLYGHAVVPFGSAVYWSPYPGMWLPVVWSSVKSYSGLTYTGVVGCKAIVQETDAICRSLYMDYVQHKCGNLDQRATLGLDDVYHRQLLVNRGDYSLLLENVDLFVKRRAEFACKFATCGDGFVPLLLDGLVPRSYYLIKSGQAYTSMMVNFSHEVIDMCMDMALLFMHDVKVATKYVKKFTGKLAVRFKALGVAVVRKITEWFDLAVDIAASAAGWLCYQLVNGLFAVANGVITFVQEAPELVKNFVAKFRAFFKVLIDSMSVSILSGLTVVKTASNRVCLAGSKVYEVVQKSLSAYVLPVGCSEATCLVGESEPAVFEDDVVGVVKTPLTYQGCCKPPTSFEKICIVDKLYMAKCGDQFYPVVVDNDTVGVLDQCWRFPCAGKKVVFNDKPKVKEVPSTRKIKIIFALDATFDSVLSKACSEFEVDKDVTLDELLDVVLDAVESTLSPCKEHDVIGTKVCALLDRLAEDYVYLFDEGGDEVIAPRMYCSFSAPDDEDCVAADVVDADENQDDDADDSVVLVADAQEDGVAKEQVEVDSEICVAHTGGQDELTEPDAVGSQTPIASAEKTEVGEASDREGIAEAKATVCADDLDACPDQVEAFEIEEVEDSILDELQTELNAPADRTYEDVLAFDAIYSKALSAVYAVPSDETHFKVCGFYSPAIERTNCWLRSTLIVMQSLPLEFKDLEMQKLWLSYKAGYDQCFVDKLVKSVPRSIILPQGGYVADFAYYFLSQCSFKAHANWRCLKCDMASKLQGLDAMFFYGDVVSHMCKCGSGMTLLSADIPYTLHFGVRDDKFCAFYTPRKVFRAACAVDVNDCHSMAVVDGKLIDGKNVTKFTGDKFDFMVGHGMTFSMSPFETAQLYGSCITPNVCFVKGDVIKVARLVEAEVIVNPANGRMAHGAGVAGAIAKAAGKFFIKETADMVKNQGVCLVGECYESAGGKLCKKVLNIVGPDARGQGRQCYSLLERAYQHINKCDNVVTTLISAGIFSVPTDVSLTYLLGVVTKNVILVSNNKDDFDVIEKCQVTSVAGTKALSLQLAKNLCRDVKFETNACDTLFGASCFVASYDVLQEVELLRHDIQLDDDARVFVQANMDCLPTDWRLVNKLDVVDGVRTIKYFECPGEIFVSSQGKKFGYVQNGLFKVASVSQIRALLANKVDVLCTVDGVNFRSCCVTEGEVFGKTLGSVFCDGINVTKVRCSAIHKGKVFFQYSGLSEADLVAVKDAFGFDEPQLLKYYNMLGMCKWPVVVCGNYFAFKQSNNNCYINVACLMLQHLNLKFPKWQWQEAWNEFRSGKPLRFVSLVLAKGSFKFNEPSDSTDFIRVVLREADLSGATCDLEFICKCGVKQDQRKGVDAVMHFGTLDKSDLVKGYNIACTCGSKLVHCTQFNVPFLICSYTPEGRKLPDDVVAANIFTGGSLGHYTHVKCKPKYQLYDACNVSKVSEAKGNFTDCLYLKNLKQTFSSVLTTYYLDDVKCVEYKPDLSQYYCESGKYYTKPIIKAQFRTFEKVDGVYTNFKLVGHSIAEKLNAKLGFDCDSPFVEYKITEWPTATGDVVLASDDLYVSRYLSGCITFGKPVVWLGHEEASLKSLTYFNRPSVVCENKFNVLPVDVSEPTDKEPVPAAVLVTGVPSADASADAGTAKEQKACASDNVEEQVVTEVHQEPSVSAVDVKEVKLNGVKKPVKVEDSVVVNDPTSDTKVVKSLSIVDDMFLTGCKYVVWTANELSRLVNSPTVREYVKWGKIVIPTKLLLLRDERQEFVAPKVVKAKAIACYGAVKWFFFYCFSWIKFNTDNKVIYTTELASKLTFKLCCLAFKNALQTFNWSVVSRGFFLVATVFLLWFNFLYANVILSDFYLPNIGSLPTFVGQIVAWFKTTFGVSTICDFYQVTDLGYRSSFCNGSMVCELCFSGFDMLDSYDAINVVQHVVDRRVSFDYISILKLVVELIIGYSLYTVCFYPLFVLIGMQLLTTWLPEFFMLETMHWSARLFVFVANMLPAFTLLRFYIVVTAMYKVYCLCRHVMYGCSNPGCLFCYKRNRSVRVKCSTVVGGSLRYYDVMANGGTGFCTKHQWNCLNCDSWKPGNTFITLEAAADLSKELKRPVNPTDSAYYSVTEVKQVGCSMRLFYERDGQRVYDDVSASLFVDMNGLLHSKVKGVPETHVVVVENEADKAGFLGAAVFYAQSLYRPMLMVEKKLITTANTGLSVSQTMFDLYVDSLLNVLDVDRKSLTSFVNAAHNSLKEGVQLEQVMDTFVGCARRKCAIDSDVETRSITKSVMSAVNAGVDFTDESCNNLVPTYVKSDTIVAADLGVLIQNNAKHVQSNVAKAANVACIWSVDAFNQLSADLQHRLRKACSKTGLKIKLTYNKQEANVPILTTPFSLKGGAVFSKFLQWLFVANLICFIVLWALIPTYAVHKSDMQLPLYASFKVIENGVLRDVSVTDACFANKFNQFDQWYESTFGLAYYRNSKACPVVVAVIDQDIGHTLFNVPTKVLRHGFHVLHFITHAFATDSVQCYTPHMQIPYDNFYASGCVLSSLCTMLAHADGTPHPYCYTEGVMHNASLYSSLVPHVRYNLASSNGYIRFPEVVSEGIVRVVRTRSMTYCRVGLCEEAEEGICFNFNSSWVLNNPYYRAMPGTFCGRNAFDLIHQVLGGLVQPIDFFALTASSVAGAILAIIVVLAFYYLIKLKRAFGDYTSVVVINVIVWCINFMMLFVFQVYPTLSCLYACFYFYTTLYFPSEISVVMHLQWLVMYGAIMPLWFCIIYVAVVVSNHALWLFSYCRKIGTEVRSDGTFEEMALTTFMITKESYCKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFLQSGIVKMVSPTSKVEPCVVSVTYGNMTLNGLWLDDKVYCPRHVICSSDDMTDPDYPNLLCRVTSSDFCVMSDRMSLTVMSYQMQGSLLVLTVTLQNPNTPKYSFGVVKPGETFTVLAAYNGRPQGAFHVVMRSSHTIKGSFLCGSCGSVGYVLTGDSVRFVYMHQLELSTGCHTGTDLSGNFYGPYRDAQVVQLPVQDYTQTVNVVAWLYAAILNRCNWFVQSDSCSLEEFNVWAMTNGFSSIKADLVLDALASMTGVTVEQVLAAIKRLYSGFQGKQILGSCVLEDELTPSDVYQQLSGVKLQSKRTRVIKGTCCWILASTFLFCSIIAAFVKWTMFMYVTTHMLGVTLCALCFVSFAMLLIKHKHLYLTMYIMPVLCTLFYTNYLVVYKQSFRGLAYAWLSHFVPAVDYTYMDEVLYGVVLLIAMVFVTMRSINHDVFSIMFLVGRLVSLVSMWYFGANLEEEVLLFLTSLFGTYTWTTMLSLATAKVIAKWLAVNVLYFTDVPQIKLVLLSYLCIGYVCCCYWGVLSLLNSIFRMPLGVYNYKISVQELRYMNANGLRPPKNSFEALVLNFKLLGIGGVPVIEVSQIQSRLTDVKCANVVLLNCLQHLHIASNSKLWQYCSTLHNEILATSDLSVAFDKLAQLLVVLFANPAAVDSKCLASIEEVSDDYVRDNTVLHALQSEFVNMASFVEYELAKKNLDEAKASGSANQQQIKQLEKACNIAKSAYERDRAVARKLERMADLALTNMYKEARINDKKSKVVSALQTMLFSMVRKLDNQALNSILDNAVKGCVPLNAIPSLTSNTLTIIVPDKQVFDQVVDNVYVTYAGNVWHIQSIQDADGAVKQLNEIDVNSIWPLVIAANRHNEVSTVVLQNNELMPQKLRTQVVNSGSDMNCNTPTQCYYNTTGTGKIVYAILSDCDGLKYTKIVKEDGNCVVLELDPPCKFSVQDVKGLKIKYLYFVKGCNTLARGWVVGTLSSTVRLQAGTATEYASNSAILSLCAFSVDPKKTYLDYIQQGGVPVTNCVKMLCDHAGTGMAITIKPEATTNQDSYGGASVCIYCRSRVEHPDVDGLCKLRGKFVQVPLGIKDPVLYVLTHDVCQVCGFWRDGSCSCVGTGSQFQSKDTNFLNGFGVQV
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR018995
RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR036499 NSP9_sf
IPR038083 R1a/1ab
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014828 NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR036499 NSP9_sf
IPR038083 R1a/1ab
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014829 NSP8
IPR002589 Macro_dom
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR014827 Viral_protease
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014828 NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4YPT
E-value=0.0 Score= 769 Identity=94.57%
Cov(Q)=8.67% Cov(P)=100.00%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4464
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
350.733459999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00034
Total prob of N-in:
0.00093
outside
1 - 2278
TMhelix
2279 - 2301
inside
2302 - 2389
TMhelix
2390 - 2412
outside
2413 - 2431
TMhelix
2432 - 2454
inside
2455 - 2839
TMhelix
2840 - 2862
outside
2863 - 3109
TMhelix
3110 - 3132
inside
3133 - 3143
TMhelix
3144 - 3166
outside
3167 - 3201
TMhelix
3202 - 3224
inside
3225 - 3640
TMhelix
3641 - 3663
outside
3664 - 3666
TMhelix
3667 - 3689
inside
3690 - 3693
TMhelix
3694 - 3716
outside
3717 - 3735
TMhelix
3736 - 3758
inside
3759 - 3764
TMhelix
3765 - 3786
outside
3787 - 3800
TMhelix
3801 - 3823
inside
3824 - 3835
TMhelix
3836 - 3858
outside
3859 - 4464
