CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Avian_NC_016993 (Region: China: Hong Kong;  Strain: Magpie-robin coronavirus HKU18, complete genome.;  Date: 2007)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  replicase polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGGCTAAGAACAAGGAAAAGCGCAGTCCCATTGCACTGCCTGAGGTCGTGCCTCCTCCATTGCAGCTCTTTATCTTTGTCGCTGCAGCCGAGGAAGGGCATCCCAATAACACCACCTACTTGGCTAATTATAACCTGTTCACCACTAAGGCTCCGCCCGGTGTGCAGGCTATAAAGCCCGGAATATCACTTACTGACTTTGAGGCTATCTTGGGAGCACAACCCACTCTGCGAGCCATTCGCAATCTGGTTTGTGAGCGCAACCCCGGTTGGGCCACCTCCAAGGATGAGTTTTACCTCAAGGCTAAAACTCTCTCTTTTTCTGATCCGGTTCTCAGGGCCATGGTTCGCTATGCCCCTCCCAGGATTTCAGCACTTGCATCATTGGCTCTCTTTGACCGGCTGGTTAAGATTGAGCACGATGATCTCCTCCAAGTCGCCCGCGATGTTGCTATCAAGTTGGCCTTCGAGGGTAAAATTGGTACTACTCTGGCTGATGCCAAGTATGTAACACTTATGCACAAGGACTCCTATTTGACTCTCAATGTGGATGTACTTGGTGCCCCTTTCACCTCAACAGTTCTCGCCCAAGCGAGTCCTGTCAATGCTGCCATGAAGTTTCTGAATTTCTACCTATACCCTTCCTCGACGGCTGTTGAGCAAGGCGGTAGACTTCTCCCCGTGGCTTGCAAGACTGTTCCAGTCTTCATCAAGGGTAAACCCCTCCAGGAGGACTGTAACCTGATCCCCGACTACCAGCAGCTGGTCGTGTGCCAGGTTGAAGGTGTCGAGGCCTTTATTGATGGCATTTCCTATGTTAAGACGGACTCTGTACCACCCACCTATTACCCCCGTGTAAAGGGTGGTGCGCTTTTGGTCCCACTTAAACCTCAGGGAACTGCCTCAAAGAAACTCAATGTAGTCTTCCACACTGAACCATCGGATGTGCTGATGGCATTTGTACAATTACAGCAATTTCTCAGTCGCACGGACCAATCCTGGATCGAGGTGACTGACGCGCAGGCATATGATGTTTCTCCTAATGTCACTGTACGTGTAGGAGTTTCTAAGCCTGGCGATATTGTTGTTGCAACTGAGGAAGAGTACCTCAACTGCTTTAATGACCCAACTGTGGCTGAGCTCTACAAGCTCTTTCGCACTGAGTCTTGGGCAAGATTAGAGCGCAAATTTGCTGGCCTTAAGGTCCGCATTTCTGCCGCTCTCTCTGATTTTATAAGCTTTTTGCAGGCTCTTGCGGATCGCTTTAAACCACTCTATAATATTGTTGGCACCATCATCCACAAGCTCCAGAGCCTGTCCCTTGATGTTGCTGCCCGCATTACCGGCGTTCGATTGGTTTACCGCGCCGGTCAGCTTATTGTGGACGCTGCATCTGCTGTTGCAGCCGCAATACAGCCTCTCTGTGACTTTTGTCTGCCCTTCCTCAAGAAGGTTGCAGATTTTGCCACCTATGCAACCGGTGAGTATATGCTTATGTTCACTAGTGCAGGCACCTTTATTCTTAAGAAAGTACCAGCTAAGATACTCAATAAGGTTAAGTACATCTTTGATGTTAACCCTGAGTATCCGGTTGATGTTACTACAAATAAAGTCATCACACAGGACTCACTTGCAATTACTGATGCCGTTCCTACTAGGGCTCTAGAGGCGGTTGATGTAGTTGTGGGATCCACAGTCCTTCAGATGGCTACTGATGGCTTTGTCTACTTTCCTTCGGATGGTACCAATGCCTCCTTACCCGGATTCAAGGCAGGCGCGGATCAGCTCACTGTTAGCTTTTCCTGCGACCTCTTTGACGATCCTACAAATGATGCCATAAACGAGCTCCTAGCCGGTTATGAGCTTAACACTCTTGTGGCGCCTAGTGACTCATCCCCGCGACAGCTTGCAAAACTCGTCGTGGATGCGTTGGTAGATGCTCTCACAGACTACTATCCTGAGAAGGTCATGGATTTACCTGGGGATTACCAGGTATTCTCCACCTTTGATGATCTTCCACTTGCAACCCATCACATTCCTCAATACCTCGCGCTCTATGTACAAGCCATGGAGAGCGATGAGGATGGTGACGAAGATGTTTACGTAGAGGAGGACGACTACGTGCCTGAATCCACTACGGACCCTGATGATGAGGAAGGTGCCATTCCTCAGCAATGGGATCTTCCAGATGTTGACAAATTTTTAGCCAAAATGCGCACGGACCCGGCTGGTGAACCTGCGCAGGCTAACACTGATGATGACTCTTTGAGTGTTACCCAAACCAGGGTCTCAGAACCAGAACCTAAGGAACCGGAGCTTGCCGCCTATGATCCTGAGGATTCGAACTCTGACGAAGAAATTTTCATACCTATAGTGCCTGCGCTGCCGGCTGATTATATGCCGGTAGTCTACACTATTAAGGAGTATAAACAGAAAGACAAGCTTCCTACTATTCAGGAAACTTTATCTAGTCAGGAGTCTATTCAGCCTGAGCTAATGGCGCCTCTTGAGACGCAATCCACCGACGCAGTGACCGACACTCCACCCATTCAGGAGGTCCTTCCTGTGCCTCAAGCTGCATCTTCAACCCCCTCTCCGGCAGCAACTATAGAGGGGGCTGATGATAAACCGCAGGTTCCTCAAATTGAGGAGCTTGTACAGTCAATTGATCAACCTACTTTTGAAGAGGTTGAGACTATTGTCACTGATAGCAGTGGTGGCGAAGTTGACGAGGAGCCTCTTGCTACCATCGTCAACACGCCTACTACTGTTGATAACAACTTACCCCCAGCTGCCATTAAAGCCCCAAGCCCGACTCAGGTTGAGCTTGTGGTTGGCGAGCTGACTAGTATTAAGTATGACAATTCTGTCTTAGTCAATCCAGCCAATTCGGCTCTGTCCAATGGCGGCGGTGCTGCTAGGGCAATTGCCGCGATGGCTGGTCCTAACTATCAGGCTCACTGCAATAGCATTGCGCCTATTGCTGGAAACGTGACTACAGGACCATTTGATGCTGCAAAGTATGGTGTAGCGTGTATTTTGCACGTTGTGCCCCCTCGCGGCACTGACCCGAATGTGCAGGACTTGTTATATCAGGCATACAAGAGTATCCTGACTGAGCCTGCTCATTATGTAATACCTATCTTGGGCGCCGGGATTTTCGGGTGCAATCCTGTGCACTCCCTGGACGCCTTTAAGAAGGCTTGTCCTAATGACATAGGGCGCGTAACCCTTGTCACCTTGGACAAAAACCACCTACAAATTTGGGATGCGCTCAACCGGACGGTTGTTCGCACCACCACAGATTATGATCAGATTACCACGAAAGCGCTAACACCTCAAGGTATACTTGATGCTAACCTCTTCGATGGTACTGAATTTGTCCAGGACCCCAAGCCAGGCCAGGTCTACTTGGAGGTCACTGATGAAGTTCAACAGCAGGCTAAGGAATTAGACCTTACTCTGCAACAATATGCTGCATATCTCAAGCTCTGCCACGCCAGATGGTCCGTAAGGCGCACTAATGGGATTATGCATCTTAAACAACATATGAATAACTGCTTTGTGAGTGCTGGAATTAATTTATTCCAGAACACTCGCTTTCAGTTACGTCCTGCTATTGACCAACTCTACAAAGAGTACCTCAATGGTAACCCCAGCCGCCTCGTTGCGTGGATTTATGCCTCCACCAACCATCAGATTGGTGATTTTGGCTGCCCGCAGGAGGTTACATCCTTGTTCGTTAACAACGCGAACTCTACATTCTCAGCTACCACGGCTTGCTGTGGTACGTACTTTACCCATACAGGAGTCATCTCAGTTTCTGAGAATTATGACCCTCTCATTCCTAAGGTTTATTGCATGAAGTGCGATGTGTGGACGCCTTTTACGTCGTCTAGTGGTGTTGGAGCCGTCGCTATCGGATCTTCTGATGATGAACCTTCTGTTCCTGCCATTAAGTTTGCCCAGTCACATTGCTGGTATACTAATGGCAAAAAGACTATTAATGGCTACAATGTCAAGGCGAAGGTGGTTGCCACCTATCATAACTTTGACGTGGCCAAGCCTCTCGCAAGTGAGGCAGCCGTGCTACCTCTCTCGCCCAACAAGTTCTCTGTGCTACCTGTTCAGGAAGTTGACCAGACGAGCATCCTCTTGCAGGATCCGCCCGCTGCTGCAACGCCACAGGTTCCAGTGCAGTCCAAAGTTGAAGTCTTTGAGAATCCTACACACATAGATCTCATGGACATCTGGATTCGTAAACCAAAATTTATTTTGGTTAAGTCTTGGTCAGTCTTAGGCACTGTGTTCTGTAAAACAGGCTCAGTGGTCTTTTGCAGTGCCAAGCTCCTTCTTCGCTTCTATAACCACCTTGTTGAAATAGGGGCTATAGATGCTACCGTTAGGCTCTCAGTGAGCCTTGCTTGTAAAGTTGCTCGGCAGTTTATACCGAGTGCTAACACTGTGCGCAAGACATGCCTGGGTCTTCTTTATTCCACAAAGACGATCTTCATGGCTCTCGCACCATTCCTTATGCTCCCTGCAGTCACTAGTATCTTTGCTACTGGCTACACTATAGGAGCTTATCTTTATGCTCGTACTGGCTGGCCGTGTGTCTATAACACAACCACCCACTACGACTATAATGCATTTTGTGCTGGCGATTTGATATGCTTAACGTGTTTCAATGGCCAGGACTCCCTACATCTTTACCAGCACTTGCGCGTCAATCAGCAGCCTATTGCAGCTACTGACTACACGCTCTATGCTTTGGCATTTATTTTATTGCTAGCCAATGCTTCACTTGTTGTTGCTGCGCTGGCATTTGCCTTCATTGTCAACATGTATGGTGTTGAAATACCATACTTTGGCATATTACATATAGACTACCAGTCCTTCCTTGTGGTGGCATTTGTGGTCTATTATGTCTACAAGGTCTGCTCCTTCCTACGGCATTTGGCACGTGGTTGTAAATCTCCCACATGCACGCTCTGCTCGAA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Protein
MAKNKEKRSPIALPEVVPPPLQLFIFVAAAEEGHPNNTTYLANYNLFTTKAPPGVQAIKPGISLTDFEAILGAQPTLRAIRNLVCERNPGWATSKDEFYLKAKTLSFSDPVLRAMVRYAPPRISALASLALFDRLVKIEHDDLLQVARDVAIKLAFEGKIGTTLADAKYVTLMHKDSYLTLNVDVLGAPFTSTVLAQASPVNAAMKFLNFYLYPSSTAVEQGGRLLPVACKTVPVFIKGKPLQEDCNLIPDYQQLVVCQVEGVEAFIDGISYVKTDSVPPTYYPRVKGGALLVPLKPQGTASKKLNVVFHTEPSDVLMAFVQLQQFLSRTDQSWIEVTDAQAYDVSPNVTVRVGVSKPGDIVVATEEEYLNCFNDPTVAELYKLFRTESWARLERKFAGLKVRISAALSDFISFLQALADRFKPLYNIVGTIIHKLQSLSLDVAARITGVRLVYRAGQLIVDAASAVAAAIQPLCDFCLPFLKKVADFATYATGEYMLMFTSAGTFILKKVPAKILNKVKYIFDVNPEYPVDVTTNKVITQDSLAITDAVPTRALEAVDVVVGSTVLQMATDGFVYFPSDGTNASLPGFKAGADQLTVSFSCDLFDDPTNDAINELLAGYELNTLVAPSDSSPRQLAKLVVDALVDALTDYYPEKVMDLPGDYQVFSTFDDLPLATHHIPQYLALYVQAMESDEDGDEDVYVEEDDYVPESTTDPDDEEGAIPQQWDLPDVDKFLAKMRTDPAGEPAQANTDDDSLSVTQTRVSEPEPKEPELAAYDPEDSNSDEEIFIPIVPALPADYMPVVYTIKEYKQKDKLPTIQETLSSQESIQPELMAPLETQSTDAVTDTPPIQEVLPVPQAASSTPSPAATIEGADDKPQVPQIEELVQSIDQPTFEEVETIVTDSSGGEVDEEPLATIVNTPTTVDNNLPPAAIKAPSPTQVELVVGELTSIKYDNSVLVNPANSALSNGGGAARAIAAMAGPNYQAHCNSIAPIAGNVTTGPFDAAKYGVACILHVVPPRGTDPNVQDLLYQAYKSILTEPAHYVIPILGAGIFGCNPVHSLDAFKKACPNDIGRVTLVTLDKNHLQIWDALNRTVVRTTTDYDQITTKALTPQGILDANLFDGTEFVQDPKPGQVYLEVTDEVQQQAKELDLTLQQYAAYLKLCHARWSVRRTNGIMHLKQHMNNCFVSAGINLFQNTRFQLRPAIDQLYKEYLNGNPSRLVAWIYASTNHQIGDFGCPQEVTSLFVNNANSTFSATTACCGTYFTHTGVISVSENYDPLIPKVYCMKCDVWTPFTSSSGVGAVAIGSSDDEPSVPAIKFAQSHCWYTNGKKTINGYNVKAKVVATYHNFDVAKPLASEAAVLPLSPNKFSVLPVQEVDQTSILLQDPPAAATPQVPVQSKVEVFENPTHIDLMDIWIRKPKFILVKSWSVLGTVFCKTGSVVFCSAKLLLRFYNHLVEIGAIDATVRLSVSLACKVARQFIPSANTVRKTCLGLLYSTKTIFMALAPFLMLPAVTSIFATGYTIGAYLYARTGWPCVYNTTTHYDYNAFCAGDLICLTCFNGQDSLHLYQHLRVNQQPIAATDYTLYALAFILLLANASLVVAALAFAFIVNMYGVEIPYFGILHIDYQSFLVVAFVVYYVYKVCSFLRHLARGCKSPTCTLCSKVRTSPTITVETIVQGRKYPSVIETNGGFSVCKEHNFYCKNCTAERPGTFIPTEAVESLSRATKLSVKPTAPAFLLARDVECQTDVVVARAMHNQTAHVCISKYSDIRTVDQLLKPTPLFSYTPDVMIAADFDNSGSLKTARELAVVLSMDLKRTIIIIDQAYSKPVNTYDEVASRMEKYFTLQKINPSGDVFSDIKQATAGQATDSAINAAILAVQRGLDFTVDNPNNILPHYAFDFTTLTADDQATIIETGCAKGNLKGTGVGVILSANLVTRLSQSAIRIIANAASRNGVTCAVTPSTLVMRGNIATQPLTRLKAGAMPSRKLLYTFLAIGAVYALAFALSCAAAQLTLHAVPTTKSDIRVSNFYVIRDGVLDTIRSTDNCFANKFLSFDSFHQAPYTDSPACPVVVGVADVKTQSVPGIPAGLVMRDNLVLHIYELSTYERDQRASMVRDALALRTNSIFNLDNRVVVGYTQYEVVVGSSYIRSPALFNAKCTYLQLDGNRTLYCYDAVDRPHKLYSEVLPHVEYQAVDFNGDVVPFKIPEQIIYYPHVVRYVSNSYCRMGHCFNTNPGICVSFTDDFPYSENNVPGVYCADTTFKLASKLLVGTVSGIHVFTSTAALIASTAVIILCVVLVLAIQRLFKEYTTFVMYTCGLAVVNLVGIALMYKCIALAFLFYAIYLYFVFTFPSLKRSVALFYFSVVMLPHISNMQLLAVVVCSILYCFYNYVYAVTKTGGKFSSFLDASKSTFVIDNDKYVLLRDLAGNDFDAYLASYNKYKYFSGTASDKDYDKVCMAFLAKALSSFREGGGSQLYTPPKLAVVQGVVSKLQAGVKLLLHPSGIVERCMVSVVYNGITLNGIWLKNVVYCPRHVIGKYRGTQWAQMVSIADCHDFCVKCPTQGVQLNVQSVKMVGALLQLTVHTSNTLTPDYRFERLTPGSSMTIACAYDGVVRHVYHVVLQLNNLIYASFLNGACGSVGYTLKGKTLCLHYMHHIEFNNKTHSGTDLEGNFYGPYIDEEIAQNQTAFQYYTDNVVAQMYAHLLTVDASPRWLAQAAISVDDFNAWASSNSFASFPCEQTNMAYILGLAQVTRVPLERVLNTIIQLTLNRDGVIIMGAPDFDCDWTPEMVYNQAPIALQSGVVKKTCTWLFHCMSMTAAILLATLHVFPTTLYPVVLPMAAAIAVFLVITIKHTVVFTTTFLLPALIMMVVSANTFWIPNTYLRSFYQYVFGSSISQQLYGYSVAFYLCVYIALAINYTLRAVRYRATSISTFAIQCMQFGYLAHVMYRLCTTTWTEDLVFTAVSMLTSHPMLAGVCWWLAGRVPLPLLIPDVAVRVLLYVVGGYVICMRFGLMWIINRFTALPMGTYSYMVSIEQLKYMMAVKMSPPRNAFEVLLANLRLLGLGGVRNIAISTVQNKILDAKATAVVVANLLEKAGVTNKHAICKKIVKLHNETLKATTFQEAETSLVKLLAHIVEFLPTDQVDVYLSDSERAQHVNNYLDNLLENKTVVQAVADANVNLDSYRIYKEADAAYKRSVEMNESPQEQKKKLKAVNIAKAEWERDAASQRKLEKLADAAMKSMYLAERAEDRRVKLTSGLTAMLYHMLRRLDSDRVKALFECAKQQILPIHAIVGISNDNFKVIFNDKDSYLQYVDGNTLIYKGVRYTIVKKLSLDNAPIEGVPEEYPVVVETVREGVPQLQNNELCLRNVFTAQTTAADINGTETTEKSFYITKTGRKILVAVTSNKDNLRTVTCTTDTGKAVLNLDPPMRFAHTVGGKQNVVYLYFIQNCSSLNRGMVIGHISGTTILQANGTHVEYQENASLLTYLAFAVDPKAAYLKHLAEGGKPIQGCVQMIAAMGPGFAVTIKPQPNEHQNSYGGASICLYCRAHIPHPGVDGRCPYKGRFVQIDKDKEPVSFALTHEPCSSCQRWVAYDCTCGTSLQNSAYLNRVTGSSGARLEPQQPGTTPDAVKRAFHVHNNTTSGIFLSTKTNCARFKTVRNCLPLPNKGDVDLYFVTKQCSAAVFEVEEACYKAFSSDLITTGDTFGVLAKTEFFKFDKIPNVSRQYLTKYTLLDLAYAIRHLSTSRDVIKEILITICGTPESWFDDQWFDPIENPTFYREFHKLGGVLNRCVLNANKFAEACQQVGLVGILTPDNQDLLGQIYDFGDFIQTQPGNGCCDMSSYYSYLMPIMSMTHMLKCECQDSDGNPVEYDGFQYDFTDLKLHWFEKYFKFWDRPYHPNTVECPDDRCVLHCANFNILFAMCIPNTAFGNLCSHATVDGHSVVQTVGVHLKELGIVLNQDVTTHMSNISLNTLLRLVGDPTTIASVSDKCLDLRTPCQTLATMSSGIAKQSVKPGHFNQHFYKHLLDSDILDQLGIDIRHFYYMQDGEAAITDYSYYRYNTPTMVDIKMFLFCLEVADKYLTPYEGGCINAQSVVVSNLDKSAGYPFNKLGKARNYYDMTYVEQNQLFEYTKRNVLPTLTQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIISTMTNRQYHQKILKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWDNMLRRLMHNINNPILVGWDYPKCDRSMPNILRIASSCLLARKHTCCNQSQRFYRLANECCQVLSEVVVSGNNLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVAAFLSTSTTSHSNRDIAELHRALYEDIYRGDSFDSAVIDRFYHHLQTYFGLMILSDDGVACIDLDAAKEGSVADLDGFRDVLFYQNNVYMADSKCWTETDMTVGPHEFCSQHTVLAEHEGKPYYLPYPDVSRILGACIFVDDVNKADPVQNLERYISLAIDAYPLTKVDPIKGKVFYLLLDYIRVLAQELQDGIFDAFQTLTDMSYVNNFLQEAFYAQMYEQSPTLQASGVCVVCASPTILRCGDCIRRPLLCCVCAYQHVTRTTHKRIIAINNYICSIDNCNEDNVEKLYISGTAIYCENHKPTLCIPIVANGSVFGIYRHTARGSDDIDLFNELATSNYDTIEPYQKANRAPLSLMLFAAETIKALEESIKKSYATATVRDVYDQRFIKLVWEQGKKPPPITKNHIFTGYHFNKNGKTQVGDYILAKTDGNETYTYRGTSTYKLQTGDVLVLMAHVVTPLSAPPVLAQTTYVRKSLLPDTVAASFYVQHFKSYNEIAMQRVTTVLGPPGTGKSTFAIGFSKYYPNARICYTASSHAAIDALCEKAFKTLPVGQCSRIVPTRTTVECFQEFVVNNTTAQYIFSTINALPDIKCDIVVVDEVSMLTNYELSSVNARLVYTHIVYVGDPYQLPSPRTMLTSGQLSPADYNVVTDIMVHAGADVMLDMCYRCPREIVDTVSKLVYDNKLKAAKPNSRQCYKTIVNFGPGDIAHEGQSAYNEAQLRFALAFRQQKRWDNVTFISPYNAMNVKASMAGFSTQTVDSSQGSEYDYVIFCVTTDSAHALNMARLNVALTRAKVGILVVFRQANELYNSLQFESIDSQLQAGEPLTSLYKRCSFEYSGQHPAHALTWHDCGAEYRCDEPLAKLVGVADGTLISYKTLVSALGFLPSLKIDTYHNMFLTRDACRAYVQSWIGIDVEAAHAIKPNVGTNLPLQVGFSTGKNFSVVPEGIWVNAHGFCTEPVPAKIPPGDEFKHLKKDMRQARPWKVIRYEIVAHLADVAPQTDYICFVTWAHQLELATMRYFVKLGIEERCYCGRRACFTNGTEFACKAHHALTVPQCDYVYNPFLVDVATWGFSGRLSTNHDAVCTYHSNAHVASADAIMTVCLAIHELFSSVDWALEFPVTPEQSQLNKACRLVQANYLNILLTTTKATVVHDIGNPKGIPIVRRPGVKYHYYDQAPIVKHVQKLKYKPEMEARFIDGLTMFWNCNVDTYPANALVCRYDTHRQKHLIGPNGAALYVNKHAFLTPEMHTYATHKLTLAPLVYYSTTDCSAEQPIVVTYRDCVTRCNTGTTICPTHALEYQDFIAAYNLMARHGFNVYIPRNVNVYNCWLTFTNLQNLENLAYNCYYKNCNAHADGSLDVVINSNAVYAKVDNNLVKLFDNRTNLPVSVAFEHYTNRHTKSLPTTQLLSGLGVTATRNFTVWVDDDTAFTNTVNVSTYTDVDPTNHLVLCDDRYGTDWGQFNQLPNAVFLTATKVKKTEPFVCTALTLNGTAIEGSELYIYKRLNGQLVTFDTICTQGRSVDKFIPKTPMEKDFLEKPADEFISLYQLQDLGVEHIIYGDDATPIIGGTHTLISLVRNKFDYQLVNHIYNPVQNCVVTSPNASSKNVCTILDVLLDDYIDIIRQAHATYTTRSKVFSVVIDNQQVHFMLWHDAKVNTCYPILQSLTNGYQMPSVYKSLITDLQPADIPNYHAYTPKVPGIVKNVIKYRQLFNYIVKKDRLAVPHNMTVLHLGAASAAGTAPGSSVIKQMLPEGTVLIDLDIREFTSDANQIIVSDYRTYMPPHHVDAIFSDLYCCDDTHFFDNLVRIVKERLALGGSIFVKVTEHSFSPELYALAGWFDEYQFYCTAVNAASSEAFLCCFNYLGHAKENVDGYNLHASYIRWRNEIVLTPTYSPLADSPTVACKLKATPIISSKELEKKPILKYLVASGRLLVRPPECGELY

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF05409   Peptidase_C30
PF08710   nsp9
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08717   nsp8
PF01443   Viral_helicase1
PF00680   RdRP_1
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF09401   NSP10
PF06478   Corona_RPol_N
Interpro
IPR009466   NSP11
IPR014829   NSP8
IPR014827   Viral_protease
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR042515   Nsp15_N
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR017896   4Fe4S_Fe-S-bd
IPR036499   NSP9_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR008740   Peptidase_C30
IPR027352   CV_ZBD
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR036333   NSP10_sf
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
SUPFAM
SSF143076   SSF143076
SSF101816   SSF101816
SSF53335   SSF53335
SSF142877   SSF142877
SSF50494   SSF50494
SSF52540   SSF52540
SSF144246   SSF144246
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score= 932     Identity=50.69%     Cov(Q)=15.02%     Cov(P)=98.32%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6253
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
321.371189999998
Exp number, first 60 AAs:
0.06695
Total prob of N-in:
0.04718
outside
1  -  1509
TMhelix
1510  -  1532
inside
1533  -  1590
TMhelix
1591  -  1613
outside
1614  -  1627
TMhelix
1628  -  1650
inside
1651  -  1991
TMhelix
1992  -  2014
outside
2015  -  2280
TMhelix
2281  -  2303
inside
2304  -  2323
TMhelix
2324  -  2346
outside
2347  -  2373
TMhelix
2374  -  2396
inside
2397  -  2812
TMhelix
2813  -  2832
outside
2833  -  2835
TMhelix
2836  -  2853
inside
2854  -  2859
TMhelix
2860  -  2882
outside
2883  -  2901
TMhelix
2902  -  2924
inside
2925  -  2930
TMhelix
2931  -  2953
outside
2954  -  2962
TMhelix
2963  -  2985
inside
2986  -  2997
TMhelix
2998  -  3020
outside
3021  -  6253
 
 
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