Strain
Avian_NC_016995
(Region: China: Hong Kong; Strain: Wigeon coronavirus HKU20, complete genome.; Date: 2008)
Gene
replicase polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCGAATAAAGCACGTCCTAAAGGGATCTTGGTAATCCCTGAGCTATCGAATAATAGCTCTCTTCTTTTATTGTTGGCAGCGGCTAAAAATGGCCGTAGTCTAACTGATCCTACTGCCATACAGTTCCTAGGCAATTATAAACTGAACTTTCGTTCTGCTAGGCCTGGTGAGCATGTTATGGATAAAAACATTTCTTTAGCTGACTTTGAAGGTTTGTTTGGTGTACAACCCTATGCTCGCGTTATAAGGGATCTTATTCGCGATGCTAGTTGGTCTGACACTAAGACTTCTTTGATTGCTAAAGCTAAACAATTACCAGAATTGTTGGATGTTCCGGCTATTAGGGCTTGTGTCATCTATGGTAATGCCCGCATCTCCACCTTAGCCTCACTTGCTACTTTTTATAGTGTGGTTAATGTTGGTGAGCAGGAGTTGTATTCACTTCTTGAGGAAATGATGTTGCAGCGTGCTTACAAATATAATCTGGGTGATGCCTTTGCTTATATACGTAAGCTAAATTGTGTCCAAACTGATGATTTTTTGAAGTTGGGTGTGTCAGCTTTTGATGACGAGTTTTCGACTCGCCTTAAAAAGGCTGCTACTATTGATGGTCCCACATTGCAGATTGGAGACTTAGTTATGTGGAAGTGTGCCACAGCTAAACGTGATGTTGGTGGCTTGACTCACTTTTCTGGTCGAACAAGACCTTTCTTTGTTGAGACTGTTATACAAGAGTCTATAACACTAGTTCCAATGGACTTGCCTAAAGTGTCTGATTCATATTCAGGTGCGGAAGTGACAGTCCATGGATTTACCTATTTGAAGGTTAAGGCTGATATACCTTTTTACCTACCCATCGTAGGGTCAAAGGTTTTATTATCTGCACATCGGGCATCTGGTACACCTATGGCTCCCACTAGGGTTGTTTTTCATACTGAACCTGATGCAGACTTTAAATTGTTTATTGCAGCACAGACACTCTTGAATGATGCTGTGGTAGATTGGGACAATGGTTGTGTTGTTGATGATTATACAACAGTAACAATAGGTGTCTCTCGACCAGGGGACATTGTTGTCACTCAGGAATCCTTTTTTGAGCGATTTCCAAAACTAAAGCGTGCTTATACCGCTTTTAGGGAATCTTCTTATATAGTCTATATGAAGGCACGCAACCACTTGGAAAAGGTTATACCCTGGTTGTCAGAATTGATAACTGTCCTTAATGATTGGGCTCAGAATGTGTCTAGCACGCTGGTGTGGGCCATAACTCGAGTAATTGATGCTATTATGGAAAAAACCATGTTGACTCTTATGAAAGCAGAGAAGTTAGTTCTGTCTGTGGTTGATGGCGCTTTGGTTGCCAACAATAAGTTCTGGAATTTAGTGTTCCAACCATTGCTAACTCTAGCCACGCAAACAGTCTACCAGGTCGAAGACAATGCTATTTTTCTCTTTGAGCAATCTGCATTGTTTGTCGTGGATGGTACGTTTGTGGTTTTGCAGGCTGTTGATGTTGGACTAACTACATGTGCCTATGGAGTAGAGGTAGTTGGTAAATTATACCATAAAACTCTTACAACACTTAAAGTGTCTCAGTTTAAAACATGGGTTAATACACTGGCTCTACATGTTGGAAATTGTATTGTCACTTGCCCATATGATGGTGAAAACATCTTAATTGGTAAGAGAGCTTACAAATTGGGTGGTTCTGATGATGCATTAACTAATCTTGTAGATAAGTTTGCATTTTCAGGTAATTATATAGATGGAGTCTATTTGACTGCACCTACAGAGCATGCTAGAGATTTGTTAAAGAGTAATGTGTGTTTTGACAATGGCGAGCCCGTCTTTAAGGGCCCAGATTGTAAAATTTACACATTTATTAACAAATCAACTTTAAAGCAATTTATGTGCAACTTTATAGGACCAGTGTCTGATCAGTGTTTGAAAACAGCCTTGTCTAAGAAGTTGAATGCACCTATTCAGAATCTCGATGTTAGTGTTACAGGAGATCAAGTTTTGTATGTCATTAAAACCTACACGGTAGTGTCGGAGGCATTTGATGACACTGTTAATGATGTCTTAAACAAAGCCATATGTCGTAAAGTCTTCTATTATGAAACATATGTCGGTTTGTTAAATAAGTTGGCTGCTACGGTAGCTTTGTACACTGGTTGCAAAGACCCTTTTGTGGTCTTTAATGCTTCTACACAGTCAGTGCTTACTGAAGCTGATGTAGAGATGGGTACCTTAACCTTAATCTTACAGGCATCTGATGATGATGCACTCATTGTAGATGATGATGATCAGATGAATGTAGATCAGGATGATACTGATGAAGGCTTTGTACCTTCTATTGACCCTCAGCCCTACTCTAAGCCTTTGTTGCCAACAATAGTAGAGCAGACTGAATCTGAAGATTCTGATTATGTCCCGGCTGTTAACATAAAATCGGACACTGAAACTGAAGTTGTCACTGACTCTGACGAGTGGCAACCGGTTCCTGGTGATGAGTCTGATAATGAAAATCAATGCTCAGTTGATACTGATGACGAAATTGCGTCTCAGATGGAGAAACAACATAATTTAGACCCTGAAGTCGAAGTTGTTACTGATTCTGATGAGCGCCAAGGTGATGAGTCTGATATTCTTGTTGAAGAGACTGATGACTCTAGTGAAACTGATACAGGTGAACCACCTGTAACCACTGTCAATCTACCAAATTTGTCGACACCCTATCCTGTTGTTGGCGTGCCTTCAAATACTACAATATCCATACATGTAGGTGATCTTACCTCTGTAGTGGTTAGAGAGAATGCTATTTTAGTGAACCCTGCAAACCCACAGTTGACTAATGGAGGGGGTGCAGCTAAAGCTATAGCTCAACTTGCAGGTCCTGTGTATCAGAGGTACTGCAATGAAAATGCACCTATAAAAGGTTTATTTGTGACGCCACCATTTGACGCAGTCAAGTATGGGTACTCGTGTATTGCCCATATTGTACCTCCAACTGGAAAGTCTGGTGATGTTAAATCAAAGTTGTACCAGGCATACAAGGATGTCTTAGTTAGTCCTGGCAATTATGTTATACCCATATTAGGCGTAGGCATTTATGGGTGCAATGTAGTAGACTCATTGCAAGCTTTTCGTCAAGCGTGTCCTAATGATATTGGCTATGTAACGCTTGTCACTCTTGACTCTAACCATGCAGATGTTTGGTCTAATCTGAATAAGTCCATTGTTAAAGTTACATTGGATTTTGACCAGGTGACTACCAAACACATGAGTTTAGATGAAATTAAACAAGCTCGTCTATTTGATGGTGAAAAATTCATCACTCAGGCAGGTGACTCAATTTATTTACAAGTCACTAGTGCAACTGAACAGGCTGCATCTAATTTAGGTTTGACTTTAGCACAATATTTTAGGATGCTACAGTATACATCAATTAAGTGGACTGTTGTAAAGAAAAATGGTATTATGGTTTTGAAACAAAGCCATAATAATTGTTATGTAGCATCCGCTATAGCATTCATGCAGATGGTTAATTATAAACCATCAGGAGCTGTTGCAGATCTATTTAATTCTTTTCTCAATGGCAATCCATCAGAATTTGTGGCCTATTGTTATGCCGCCTCAGGTCAAGTACCTGGGCAGATGGGTGATGCAATGTCTGTTTTGGATGTGTTGTTTAAAGACTTTGTAGTTAGGGGCACAACGGCTTGTTGTGGCAATACATTTCAACATGAAGGTCTAATGTATGCACTTACAGTTGATTCTGACGTTATAACTCATTGTTATAAGTGTGATGTCAAGGCACATGCTAAATTTATAACACCAGCTATAATTGCAGGTGGGTCTTCTGACATTATGTATGAAGGTCCAGCAATCTATCATTCTAAGCTGTCGGCTCACTGGGTTGCGAATACAAAACATCCAGGGAGTGACTTTACGTGTGAAGCTATTTACGTATCGAATGTGCAAGCTGCAGTTCAAACTGTAACGATACCAGTGACACCTAATCCATATCAGGTACTTGTAAATGATGTAGTACCACAGGTGGAGTTGCCTAACGTAAATGAGGTAACACCGCAGGTTGAGGTGCCAGATGTAGAGTCTAAAACATTGAGTGTTAATGCGTCTGATGATGGTTGTAACACCTATGTTTTGGAAAATCCTAATGCGCTAGAACTGCTAACAGTTTGGATAGAAAAACCCGTTAGTGTTTTAGTAAAGTCATGGCAAGTTTTAGGCAGAGCCTTGTTCAAGGCTAATATTGTTCTAAAATTTTCTGGCACTGTTGCAACTCGCATATACAATTATTTGTGTAATATTGGTCTTATACACAATCATGTAAAGCTTTCAGCGCAGTTGGCTGTTAAGTATATTAAGGACCGCACACCTTATGTTAAACGGCTTCGTAAGGTTGCAGTGTGGGTGGGTGCAAATGTTGCACATGGCCTTGCTAGTCTTTATCCATTTTATTGGATATATCCAGCAACACTTATATTAAAAGCACTGTTCTTTGTAGGTGTCTTTTTATTGGCTAAAACTGGGCTACCTTGTGATGTAGTAGAACCGCCATATAATATGGCCACGTATTGTGCTGATAAGGGCATATTTTGTCAGCCGTGTCTAAGTGGTTATGATTCTTTACACTTCTATCAGCATCTAAAGGTGCAACAAATACCTGTTAAGGTTGATTTGTTTTGGACATATGCTGTTCACATTGTGGCAACTTTTAGTAACCCCTATTTAGTATTGGGTACACTGTTGTTAGTATTTGTGCTGAATATGTATAATGTTGAGGTAATGTTCTTTGGCGTTATACAGTTGCCATATTGGCCAGTAGTTTATATAGTGTTGGCTTTATTTTACTTGTATAAAGTCTATATGTATTTACAACACATCTCAGTTGGTTGTAAGAAGCCCACATGTAAATTGTGTATTAAGAAGAATATTGCCAAGCGCGTCACTGTAGAGGTGGTTTTGCAGGG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Protein
MANKARPKGILVIPELSNNSSLLLLLAAAKNGRSLTDPTAIQFLGNYKLNFRSARPGEHVMDKNISLADFEGLFGVQPYARVIRDLIRDASWSDTKTSLIAKAKQLPELLDVPAIRACVIYGNARISTLASLATFYSVVNVGEQELYSLLEEMMLQRAYKYNLGDAFAYIRKLNCVQTDDFLKLGVSAFDDEFSTRLKKAATIDGPTLQIGDLVMWKCATAKRDVGGLTHFSGRTRPFFVETVIQESITLVPMDLPKVSDSYSGAEVTVHGFTYLKVKADIPFYLPIVGSKVLLSAHRASGTPMAPTRVVFHTEPDADFKLFIAAQTLLNDAVVDWDNGCVVDDYTTVTIGVSRPGDIVVTQESFFERFPKLKRAYTAFRESSYIVYMKARNHLEKVIPWLSELITVLNDWAQNVSSTLVWAITRVIDAIMEKTMLTLMKAEKLVLSVVDGALVANNKFWNLVFQPLLTLATQTVYQVEDNAIFLFEQSALFVVDGTFVVLQAVDVGLTTCAYGVEVVGKLYHKTLTTLKVSQFKTWVNTLALHVGNCIVTCPYDGENILIGKRAYKLGGSDDALTNLVDKFAFSGNYIDGVYLTAPTEHARDLLKSNVCFDNGEPVFKGPDCKIYTFINKSTLKQFMCNFIGPVSDQCLKTALSKKLNAPIQNLDVSVTGDQVLYVIKTYTVVSEAFDDTVNDVLNKAICRKVFYYETYVGLLNKLAATVALYTGCKDPFVVFNASTQSVLTEADVEMGTLTLILQASDDDALIVDDDDQMNVDQDDTDEGFVPSIDPQPYSKPLLPTIVEQTESEDSDYVPAVNIKSDTETEVVTDSDEWQPVPGDESDNENQCSVDTDDEIASQMEKQHNLDPEVEVVTDSDERQGDESDILVEETDDSSETDTGEPPVTTVNLPNLSTPYPVVGVPSNTTISIHVGDLTSVVVRENAILVNPANPQLTNGGGAAKAIAQLAGPVYQRYCNENAPIKGLFVTPPFDAVKYGYSCIAHIVPPTGKSGDVKSKLYQAYKDVLVSPGNYVIPILGVGIYGCNVVDSLQAFRQACPNDIGYVTLVTLDSNHADVWSNLNKSIVKVTLDFDQVTTKHMSLDEIKQARLFDGEKFITQAGDSIYLQVTSATEQAASNLGLTLAQYFRMLQYTSIKWTVVKKNGIMVLKQSHNNCYVASAIAFMQMVNYKPSGAVADLFNSFLNGNPSEFVAYCYAASGQVPGQMGDAMSVLDVLFKDFVVRGTTACCGNTFQHEGLMYALTVDSDVITHCYKCDVKAHAKFITPAIIAGGSSDIMYEGPAIYHSKLSAHWVANTKHPGSDFTCEAIYVSNVQAAVQTVTIPVTPNPYQVLVNDVVPQVELPNVNEVTPQVEVPDVESKTLSVNASDDGCNTYVLENPNALELLTVWIEKPVSVLVKSWQVLGRALFKANIVLKFSGTVATRIYNYLCNIGLIHNHVKLSAQLAVKYIKDRTPYVKRLRKVAVWVGANVAHGLASLYPFYWIYPATLILKALFFVGVFLLAKTGLPCDVVEPPYNMATYCADKGIFCQPCLSGYDSLHFYQHLKVQQIPVKVDLFWTYAVHIVATFSNPYLVLGTLLLVFVLNMYNVEVMFFGVIQLPYWPVVYIVLALFYLYKVYMYLQHISVGCKKPTCKLCIKKNIAKRVTVEVVLQGRKHYTMVNTNGGTNFCDKHDFFCENCEKGGVDGTYIPIEVIESLSKATGLAPKPTGPAYVISTDVTHQGEFIQARGAVGGRTLTTVFRQSDVVTTNQVAKSTYSPNVVIAANLSDAGALRNAKEYAVLLSIELGRVIFIVDHSYDTKQDNFNAVKAALEKFYVFKDIISTGDLASDVARATDGLVTDDVLNAALVSIERDIEFTVDPPNNTIPHYAFDFASIMPEDQALLKQHECGSGVMKGTGINCVLSANLVKLLAPKTLVKLRNAASRNGIRLCVSPCTRVLRTSIPVVPFGMKGGSKTVNKWALLFLGYLLAIGLSYCFMWMVTPSPPTTLVDVPATDFRLIRNGVFDVIRSTDTCFSNKFVSFSTWLNRPFTNSPDCPVVVGAISTVGAQIAGLPGQVLWRNNLLVHVFDKFSTSVLGDLNLLGHASWNKRNAVGYTASTVVTGNSYLNSIALYNSECVYLRLEGQRELYCYDRVNDQHRLYSDIKPHVTYTVESSDGKLLPLVVPDQIMYTPYIVRFSQVNYCRMGHCFDTKPGICISFIHDFIAYTDNLPPGVFCGDNILHLLTNAVIGSIAAKDAFKSTTALMCSTGAIIVCVLVVLFIQKLFKGYTTFVLIVVLNAIINLILLYTYMYIPVLAILLYGLYCYLILLCTPMARTVAVILIAVTVIPLCTNTFIIAAVVAVLIYAGGYYCYIVFSTGRADFTSFSAASKSTFVIDTKKYVELMNLAGSDFDAYLASYAKYRYYSGAADTSEYSKVCIAFLAKALDSFKAAGGTGSVLYTPPKLAVVQSGIKKLLSPSGQVEQCVVSVAYRGSNLNGLWLHDTIYVPRHILGKYMASQWQDVVNLAECRDFVIFSPLQGVNLTVTSVRMQGAVLQLKVHAKNLKTPAYKFERARPGDPMTIACAYDGIVRSIYHVVLQNNGLIFGSFLNGACGGVGYTIKGTTLIFYYMHHIEFSNRTHGGSTLDGHFYGDYVDEERAQHIPQMAMITDNVLAHIYTHLLTLTTKPNWLASTEISVAEFNEWAQNNSYTSYPGSKSNQDYLEALAATTRVSVLRCLATIVKLHANWGDASILGYNDFECDMTPEMVYNQAPINLQANYTKLFSSLAWIVYSLFYFVILWCVTPQYYTTVTFCVSIILAICTMTLVKHTTVFLLGFICPLVVVTARYSYILFIPNSVVRRVFFYLFEDLFVNLSFFYIVAAVVFVVWLQCIRGLYECMHKRYYITTVLDFIYRAVWAFYVGYELSQACVTNTVDVGHVFHLSLLLSPSPITSHIAFGLSYYIVQPLDDSYIVPIYVVRLFVFYCIGLIITMRYGVFWFINKLTGIPVGTYKFMVSRDELKYMMATRMKPPTNAIEVIWTNFKLLGVGGKREIVVSTVQNRTLDAKATAVLVANMLDKVGALNKHEVSKKIVAHHNATLKAESYEEAETNLVQLMAYLIEYLTPEQIDTFLDSLLDNPVVLQVVSDSAIALDSYRVFKDAEAVYLKSVEDNEPLAEQKRKLKIANIAKSEWDRDAAANRKLEKLADQAMKAMYLAERSEDRRIKLTSGLTSMLYHMLRRVNSDRIAALFECAKSHVVPIHAIAGSSTEGLKLIIDNQETYNKYVINNGVVYRGTCYNIVKVVDLDNANVTLPPTTYPVVVECTAAIRCQNNELCVRNVYTAQALGLDAADRQSDVKSFFVTHNGKKICVAITSDVDNLTSVVLNGDSGKVVLTLEPPLKFSHVVGGKLHLVYLYFVKDIRSIFRGMVIGHISSTTVLQANGTAIEYQQNASLLTYLAFAADPKDAYLKHVQAGGKPLMGAVKMVAPIGEGFAVTTKPQPNANQHSYGGASICVYCRAHVPHNTVNGQCLYKGRFVQIDKDLDPFKFLLEHQPCTSCQRWQSHDCTCGADLQSNAYLNRVKGSSGARLEPMRPGAQPDPLVRAFHVYNSKNVGIFTNIKTNCARHRVADTNYFFVTKQCDEQQFRKEEYFYSVLPQHFKGDIVPQHDFFKFDGTPNVVRQYLTKYTLLDLVYALRHLSDSVELLREILQTHCGTKDDFFEGVWYDPIENVHFYTEFHKLGEIINKCVLKANTFVSTVNKLGFLGVLTPDNQDLEGKIYDFGDYIQSKSVGCVDMESYYSYLMPAMSLTHMLKSECMEGSGFKEYPISQYDFTDYKVMLFKKYFPFWNRTYHPNTIDCQDDRCILHCANFNILFAMCIPSTAFGNLCSQATVDGHPIIQTVGLHSKELGIVFNTDVTTHMTNLNLNTLIRLVGDPTTHTAVADACVDFRTPCQTLASILSGATKQSVRPGHFNQHFYERLLDSGLLDELNLDIRHFYYMQDGEAAIKDYSYYRYNTPTMVDISMFLFCVEVANCYLSVYEGGCISAQNVVVNNLDKSAGFPFNKLGKARNYYDLTYKEQDELFEYTKRNVLPTITQMNLKYAISAKDRARTVAGVSIVSTMTNRQYHQKLLKSISLARNQTIVIGTTKFYGGWNAMLKNLVDGISNPLLFGWDYPKCDRSMPNILRIASSLLLARKHTCCTNRQRFYRLANECCQVLSEVVLSGNVLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQVVSANVATFLSTSTHIFDDENVASLHRMVYETIYRGDSNDLNVIQLYHSHLKKYCGLMILSDDGVACIDQDAAAQHAVATLKDFRDLLFYQNNVYMADSKCWVESDLKVGPHEFCSQHTILTEVDGEPYYLPYPDASRILSACIFVDDYNKADPIQNLERYISLAIDAYPLTKVSPSKGKIFYLLLDYIKYLARELNDGIFESFQTVTDMSYIDGFVQESFYAQMYETAPTLQATGACTVCASPTILRCGDCIRRPLLCCVCCYQHVTRTSHKRVIAINNYICSVEGCNQDNVEFLYISGTSVFCNVHKPTLCVPIVSNGTVFGIYRHTARGSADIDIFNQLAVSDYSTVEPYKLANSAPISLMLFAAETIKAKEEAIKRSYASATVKDAYDGRIVKLIWENGKKIPPITKNHVFTGYHFSKNGKTQVGDYVLQRCDGDSYIYRGTSTYKLQPNDVLVLMAHVVTPLSAPPVVSQTTYTRANLRPDTVSASAYLNHYKSYNEIALRKVTTVLGPPGTGKSTFAIGLACYYPGARVCYTASSHAAIDALCQKALHALPVENCTRIVPTRTTVDCFQEFTVNNTSAKYVFSTINALPDIKCDIVVVDEISMLTNYELSSVNARLSYSHIVYVGDPYQLPSPRTMLTGGQLEPTDYNVVTTIMVNAGADVMLDRCYRCPAEIVSTVSKLVYDNKLSSVKPKSHLCYKVIINNGNGDISYDGLSAYNNPQLEFAIAFRNFKQWSDVTFISPYNAMNTKAAQAG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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR014829 NSP8
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR014827 Viral_protease
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score= 879 Identity=49.68%
Cov(Q)=14.92% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6206
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
360.763469999996
Exp number, first 60 AAs:
0.10984
Total prob of N-in:
0.01341
outside
1 - 1494
TMhelix
1495 - 1517
inside
1518 - 1574
TMhelix
1575 - 1597
outside
1598 - 1606
TMhelix
1607 - 1629
inside
1630 - 1972
TMhelix
1973 - 1995
outside
1996 - 2253
TMhelix
2254 - 2274
inside
2275 - 2280
TMhelix
2281 - 2303
outside
2304 - 2317
TMhelix
2318 - 2340
inside
2341 - 2346
TMhelix
2347 - 2369
outside
2370 - 2599
TMhelix
2600 - 2622
inside
2623 - 2773
TMhelix
2774 - 2791
outside
2792 - 2795
TMhelix
2796 - 2818
inside
2819 - 2822
TMhelix
2823 - 2845
outside
2846 - 2864
TMhelix
2865 - 2887
inside
2888 - 2893
TMhelix
2894 - 2916
outside
2917 - 2930
TMhelix
2931 - 2953
inside
2954 - 2965
TMhelix
2966 - 2988
outside
2989 - 6206
