Strain
Bat_NC_022103
(Region: USA: Boulder County, CO; Strain: Bat coronavirus CDPHE15/USA/2006, complete genome.; Date: 7-Aug-06)
Gene
replicase polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAGCAATCATCTAACACTGGCTTTTGCCAGTGATATGGAAGTTTCAGCTATAGGCTTTGGGTCCATTAATGAAGCCGTATCATTTTACAGTGATGCCGCCATTGATGGTTTTACCCAATGCCGTTTTGTTGCTGCAGGTCTCGCTAACACTGTCGAGGGTGTTGAACCCTCTGACTTTGTTATGGTTGTGACAGGTGTCACCCAATTGCGAGCCTACATTGACACTTTTGGTAGCCGGCCTGCTAATTTACGCGGCTGGTTGCTGTTTTCTAATTCCAATTATTTCCTTAGTGAGATGGAGCTTATTTTTGGTCGCCGGGGTGGTAATACTATCTATGTTGACCAGTACCTTTGTGGTGCGGATGGTAAGCCTGTCGTCCCTGAGGAATTTTGGGACTTTAAGGACTATTTTGTTGATGATGATCAGGTTGTGGTTAATGGCACCACTTACATTAAGGCTTGGGTGGTTGAACGCGCAAATGTTGCTTATGAAGCTCAGAATGTGACTGCTATCAATGGCATTACATATTGCGCTAAAATCCCTCATACTTTGCCTGACGGGAGTGTTGTCCGTGTGGCCCGTAAACCTAAGATCAAAAAGTCAATAGTTCTCTCAGATGTTTACAAGCCTTTGTTAGAGGGCTTGGGTGCACCATTTGTTAAGAATGGTGATACACTTGCATCTATTCTTACTGAACCTGTGTTTTTGCATGCGCTTGTTAAGTGTACTTGTGGCAAAACCATGTGGACCGTTGGTGACTGGAGTTGCTACAAGTCATTGTGTTGCGGTGTAGTTTGCAAACCACTTTGTAACGTTGCTGGCATTGTTAATCCTGGTTCCGCTGTTGTCACCCGTACTGGATTAGGTTCTGGTATTAAGTACTACTGTGGCATGTTCTTGCGTCACATTCTTGACGTCGATGGCGTTTCTGTGTGGCGTGTGATCAGATTACAGAGTGCAGGTGAGACTGTGACTTCGACCAACTTTGAGGAGTTTGGTGATGTGTGCCCTATGGACACATGTCACTATTCTCTAGATTCAAGGCTGGCTGTCATGTTCAAACTTAACCTGCTTTCAGGTGACTTTTGTGCTGAGGTGCGTCATGCTATTGCTAGCGGTGTTTTCAGCGTTGGTAATTTCATTTGTGACGTTACTGACGATGTGCTTGGAAAACCATGGTTCTTGAAGAAACTTGGTGTTCTAGCAGATGCTGCCTGGACCGCTTTTGTTGCCAGTCTTCGTAAAATTAAAGTTATGAGTTCGCAGCTTGTGGATCTTGCTAAAGCATTAGCGTGTGCTAGTGTTTCTGTTATTAACAGGTGCTTGGTTCTTGCTGCTGATGTGCCTCCTATTTTCAAGGAGTGTTTTGCTAAGTTTGTCAGTGCTATTGCAGCTCTGTTTAAGTCTACTTGTGACACTGTCAAGGTTGCACGTCATTCATATCCAAGGCTTTTTGACTATGTTTTGCTTGATAATCATTTGGTGAAAATGGTTACTCAACGCATTACTGGTAAAAAGCAGGCTGGATTGACTGAGGCTACATTTGCTGATGTAATTCTGGGTGCCACTACTAATGTGACATCAGACCGTACTGAGGCTTGTAATGTTGGCCTTGTGCTTTGTGACTATGACGTGCCCGTTCTGAATACTGGATATACTGCCATTATTGGTGGTAAGGCCTTTTTCTGTAGTGAGGGTTACTATAGGTTTATGGCTACCCCCAATGTTGTGCTTGATGAACCTGTGTTTCGTGCAGCGGCAGAATTGAATCCAGTTTTTGAGTGCGAAAAGCCTGATGGTTTTCCAGTTCTCGTTGCATCCGATGTGGCTGAACTCTGTGTTAAAGTTGATCAGCTCCTGCCCAACTATAGTACCTCATACAAACGTTATGAGAGTGTTATACGTGGTGAGCAGTGCTTTATACGCTGTATTTACGATTTTAGAGCACCATCATTTATTAGGAAAGGTGATGATGCTGAGAAATTTGTGAAACAGTGTGAAGTGCTTGTTAGCAACCCCTTGTTCTTTGAGTTTTATACTCAGGCGCATGAGGCTGTTGACCTTGATCAGTATGTTAATACAGCTTGTACCTTAGAAGGTTTTTCGCATATGGCTCCTGCTGTACCCAAGCCACATCCTTTGTTTTTGCAAATTGATGGCGGTGCCATATGGCGAAGTGTTGTTCGCCGTGTGAGCGCCGTAGCAGATTTTGTCAGAAACCTTAAGGTTAGTTTTGGTTTGGAGGGCATTATTGTCTCAGCAGCTAGGAAATTCAAACAATGGGCTAAACTTTTGGCTCAGATGTATAATGAATTTCTTAACTCTGTTTCAGCTGCCATTCATATTGCAGGGGTTAAGTTTATACATTATGCCACCACTGTGCCACAGCTTGCCTATAATGGTTGCCTCTATGCTCTTAAAAAGACATATGCTGCAACTGTAGGACTTCAAACCGAAGAGGGTGTTGACGGCTTTTATGCTTTTGACCATTGTCAATTACCAGTAACTCCTAGGTTGCTGCAGGTTGAAGATGTCAATTTAGAAGAAGCTGATTTTAAACCCCCAGTAGGTGGTGGTTGTGTGGCAGTGATTAATGGTTACTCATTTTATGTGGAAGGTGATTCTTATTACCCCACTGATTGTAGTGCTATTCATTCACTGCGCTTTAGAAAGCTTGGTGGTGCTGGTGTTGCTTTTTCAGAAGATGTGGCAGTTAAAACTATTGATCCTGTCTACAAGGTTCGACTCGATTTTGAATTCGAAGATGATTCAGTTGTTGCACTTTGCAAGAAGACTATTGGCAAGTCCATTAAGTTTAATGGTACAGAATGGGACAAATTTGTCGCCATTTTGGAAACTGCACTAGGTGTTCTTGCAAAGCATGTTACGTTGCCACCATACTTCATTTATGACGACCATGGTGGCAAGAACTTATCACGCACTGTAGTGGTTTCACAATGGCCACCAGCTGATGTTGATGAGTCTTGTGATGACAGTGACGATGATGATGACTCCGACCATGAAGCAGATGAAGAATCCTCTGCTGAGCATGATGATGATCCTGAAAGTGCATCAACAGATGAACAGTTGATGGGCCAGGATACTGCACCTGATAGTGCATCGACAGATGAAAGTCATGAGACCGAACCTAATGGTGTGTCTTTAGATGAAGATCTGTCTGCAAAACAGGAAGAGGCTCTAAATGCTTTGGACAACGCCATTGGTAGTGCATCAGCTGCCACAGAAGAAGAAGAAGTTAATGATGCACTGTCCTTTATGACCGAGTCATCACCAAAACCTTGTGAGCCTACTAGCGACACATTTGCATATCCTTTTAAGGATTATAATGGTGTCAAGGTGCTAGACCAACAAAGTAACAATTGCTGGGTTAACTCAACTTTACTCCAGTTGCAGTTGCTTGGTGTCATCGGTGATGACTCCGCAATGGCATTGTTTAAAGTTGGTAGAGTTGGACCTATGGTTAAGCGTTGCTACGAAGCTGTTGGCGCAATTAAAGGCTCTTTAGGCGACGTGTCTCAGTGTATGGAAGTTTTGTTACGTGATGTCAAAACTCTTACTGTACACTGTGATACTGTTTGTGACTGTGGGTCTGGCGCTAAGACCTTTGTTGGCTGTGCTTTTAGGTTTGAGCCTACGACGGAACCGTTTCCATATGGTTGTTGTCAGAATTGCAAACAGGTTTTATTGCATACCATTACTTCTATTAGTGGTACTGGTGTGTTTTGTCGTGAACCTACTCCTTTTGACATCAGTGTTATGCCAATTCGACCATTGTGTGCTGCAAATTATGTTGGCGCTGTTGATGGTGGTCATTATATGACTAACATATATACCAACAATGTTGCGGTGGACGGTCATGGTGTACACGTGATTGCAAACACAGGTCTTAACACTATTTGTGTTAAGGATGTGGATTGGTCTAGAGCTATTAAATATGAACCCGTTCGTGTTGAAAAGCCTAAAAAGGATGTCAATCCAGAACCACCAGTTAAACCTTTGAATGCTAAAGTTGATGGTTTGAAACCATTTGTTAGTTACAAAGGTGTTGAGTTCTATCAGGGTGCTTTTAAGGACCTCCTTGATTTGCCATTTGACTTTGTTGTAAACGCAGCAAATGAGCAATTGTCCCATGGTGGTGGTGTTGCACGTGCTATAGATGAACATACTGGTGGTGAACTGCAAAGTTTGTCTGACAGATATGTTAAAGCCGTAGGTCCTCTAAAGGTTGGCACAGGTGCTTACATTAAATGCAAAGCATTTGATGTTTTTAATGTTGTAGGTCCACGCAAGGGTAAACATGCTAAGGATTTGCTTGTCAAGTCTTATGACAGTGTCTTTAGTGTGCCTGGCGTGCCACTTATGCCATTATTGAGCATTGGTATATTTAGGGTACCCATTGAAGATTCTTTGAGTGCTCTATTTGCCTGTGTTGGAGATCGCGTTTGCAAGTGTTTTTGTTATTTGGACGCTGAGCGTGACGCTATTCTGCAATATGTTGCTGGGCTTTCGGTTGTCAACGAGGAGGAAGTTAAGCAGGAAACTGCTTTTACTCCTAGGCGTATGGAGGGCTCATGTAACTTTTATGACTGCAACCCTAAAGCATTGGTTGACAATGGTGTGACAAGGTTTGTTGTTTTTACCAAACCAAGTCTTGATTTTTGTGACACCACCAAAGTGCTAGACACCTACTTTAAAAGTTTGCTAACTAACCTTGTAAAGGATTATGTTAGCACTCTTAAGGGTAAGGTTGTGCCAGCTGGTAACTGTGTTACACTGCGTTGCACTGATAGTGTTAGTGTTACATTTGTTGTTTTGCCTACAGATGATGACCCTAATTTTGAAACTAATGCAAAGCGTGCTTTTCAAAAATGTCTTAAACTTAAAGGTACATGTGTTTATGCGACCACTGATGCCGATGTTTTGAGACGTATTGTCAAGCACTCATGCTTTGGTTTTATCGCTAATGACAATGT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Protein
MASNHLTLAFASDMEVSAIGFGSINEAVSFYSDAAIDGFTQCRFVAAGLANTVEGVEPSDFVMVVTGVTQLRAYIDTFGSRPANLRGWLLFSNSNYFLSEMELIFGRRGGNTIYVDQYLCGADGKPVVPEEFWDFKDYFVDDDQVVVNGTTYIKAWVVERANVAYEAQNVTAINGITYCAKIPHTLPDGSVVRVARKPKIKKSIVLSDVYKPLLEGLGAPFVKNGDTLASILTEPVFLHALVKCTCGKTMWTVGDWSCYKSLCCGVVCKPLCNVAGIVNPGSAVVTRTGLGSGIKYYCGMFLRHILDVDGVSVWRVIRLQSAGETVTSTNFEEFGDVCPMDTCHYSLDSRLAVMFKLNLLSGDFCAEVRHAIASGVFSVGNFICDVTDDVLGKPWFLKKLGVLADAAWTAFVASLRKIKVMSSQLVDLAKALACASVSVINRCLVLAADVPPIFKECFAKFVSAIAALFKSTCDTVKVARHSYPRLFDYVLLDNHLVKMVTQRITGKKQAGLTEATFADVILGATTNVTSDRTEACNVGLVLCDYDVPVLNTGYTAIIGGKAFFCSEGYYRFMATPNVVLDEPVFRAAAELNPVFECEKPDGFPVLVASDVAELCVKVDQLLPNYSTSYKRYESVIRGEQCFIRCIYDFRAPSFIRKGDDAEKFVKQCEVLVSNPLFFEFYTQAHEAVDLDQYVNTACTLEGFSHMAPAVPKPHPLFLQIDGGAIWRSVVRRVSAVADFVRNLKVSFGLEGIIVSAARKFKQWAKLLAQMYNEFLNSVSAAIHIAGVKFIHYATTVPQLAYNGCLYALKKTYAATVGLQTEEGVDGFYAFDHCQLPVTPRLLQVEDVNLEEADFKPPVGGGCVAVINGYSFYVEGDSYYPTDCSAIHSLRFRKLGGAGVAFSEDVAVKTIDPVYKVRLDFEFEDDSVVALCKKTIGKSIKFNGTEWDKFVAILETALGVLAKHVTLPPYFIYDDHGGKNLSRTVVVSQWPPADVDESCDDSDDDDDSDHEADEESSAEHDDDPESASTDEQLMGQDTAPDSASTDESHETEPNGVSLDEDLSAKQEEALNALDNAIGSASAATEEEEVNDALSFMTESSPKPCEPTSDTFAYPFKDYNGVKVLDQQSNNCWVNSTLLQLQLLGVIGDDSAMALFKVGRVGPMVKRCYEAVGAIKGSLGDVSQCMEVLLRDVKTLTVHCDTVCDCGSGAKTFVGCAFRFEPTTEPFPYGCCQNCKQVLLHTITSISGTGVFCREPTPFDISVMPIRPLCAANYVGAVDGGHYMTNIYTNNVAVDGHGVHVIANTGLNTICVKDVDWSRAIKYEPVRVEKPKKDVNPEPPVKPLNAKVDGLKPFVSYKGVEFYQGAFKDLLDLPFDFVVNAANEQLSHGGGVARAIDEHTGGELQSLSDRYVKAVGPLKVGTGAYIKCKAFDVFNVVGPRKGKHAKDLLVKSYDSVFSVPGVPLMPLLSIGIFRVPIEDSLSALFACVGDRVCKCFCYLDAERDAILQYVAGLSVVNEEEVKQETAFTPRRMEGSCNFYDCNPKALVDNGVTRFVVFTKPSLDFCDTTKVLDTYFKSLLTNLVKDYVSTLKGKVVPAGNCVTLRCTDSVSVTFVVLPTDDDPNFETNAKRAFQKCLKLKGTCVYATTDADVLRRIVKHSCFGFIANDNVISAVFTDGQFRVEVTQDQRTYSVKSLDASKTMGEQLGTCSVDNTNVSDQRPTSDISKVTVAPAVDWDVHYGFVGAASFHILNHEAFEYPSSVQNGKRVLKTSDNNCWVNAVCLQLQFANAKFVGTGLQTLWDEYLVGNVAGFVHWLYWLAGVQKGDPGDAEDTLNLISKFLQSQGHVVVDRTTVDSCCSSQRTLVTPVVNGSILRMGVDDGACKHGSTFINKVVSINGTVILVNVGPPISSAPTSFIQGLSYTSFNNTVGGVGHYTVYDSTQHGFYDGDVFVRGELAMQPVTALVARHSHYVVKDPVKSFEQRASAVVDSLNFASEKFFTFGDFVSRNVITMLVWFFSLLSLLLKSVRRRDFRVLAGAPERSGVIISRSIKYNVRALRYFMRLKAKWVCMFLKACFILYTCYATCFMIIRFSFVSDIFCSGYVDGYANSSFDKNAYCDGQLCKVCLFGYDELADFPHTTVVWEHLKDPFVINVIPLFYLGFLAIFGGTVTRIMVLYFVSQYVNMLGAYLGVQDSVWFLQFFPFDVFGDEIVVLFLVVRVLMFLKHVLFGCDKPSCLACSKSARLKRVPVSTIVSGANKSFYVNANGGTSFCKKHNFYCVNCDSYGLGCTFINDVVAAEVGNVTKLNVQATGPAFVEVDKVEFNNGFYYLYSGNTFWKYNYDITDSRYSCKEALKTCNVAADFIICNNTGSNMAQVKNACVYFSQLLCKPIKIVDSTLVSTLGVDFSTSIHSAFVEILTDSFGKDLSNCTTMSQCRATLGFDDISDEDFTGAVANAHRYGLLLTDISFNNFITSYAKPEEKMSVHDLAICMRSGARVANHNVLVKENVPVVWSAEAFNALSEESRKYVVKTSKVKGLTFMLSFNNVRMHTTIPSVAISGKKGGSTVSAFFKNLRKILWCSCTIILCLFFVTSLWNFAESYHSGSEFGYKYIENGALKDFSGPLDCVHNIFDDFMAWHHAKYGVQPINSRRCPIVVGVDENVRTIPGVSAGVMLVGKTLVFAVKSVYSSAGLCYDEFGAAAPEQCLFNSACTTLKGLGGTSTYCYRSGLVSDSGLYRDLLHDSHYFLPDGNYVKFPEVISRGFGFRTVRTAATTYCRVGQCVDSKQGVCFGLDRFLVYSAESGSDFVCGTGLMSLLYNVFGIFTRSIPVVVLSGQIMFNCVVAFLAVSCCFLFTKFKRLFGDMSFGVFTVCCCVLVNNLSYIITQNYMGLVFYTVLYFFSTKTVRYAWIWHIGYFVAYFLVAPWWLLGMFLASALTEFLPSMFKLKVSTQLFDGEKFVGSFETAAMGTFVLDMRTYEKLVNSTPGDKIRQYAATYNKYKYYSGGANEADYRLACFAHLAKAMMDFGSNHQDMLYSPPTVSYNSTLQAGLKKMAQPSGVVERCIVRVSYGNMVLNGLWLGDTVYCPRHVLAASTTTHIDYEHALAIMRLHNFSISYGNTFLGVVGCSTKGALLLIKVGQNNVHTPGSYTFRTLKPGDSFNILACYDGTATGVYGVNLRTNHTIRGSFINGACGSPGFNIHGSTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDMNGAMYGGYEDQPSFQIEGVSNLVSENVVAFLYGALLNGCNWWLDQCGVTVEAYNDWAHSNGCTSLSSTDCFTILAAKTGVEVSRVLAAIQRLNVNFGGKAILGYTSLTDEFTVGEIIKQMFGVNLQSGIISRSVRNVLLVGLFVLLFWSELVIYTPFFWVSPAYITPLFLIVSGVSILCMSLLKHKTLFLQMFLIPAVIAVSAYNLAYDLEIRTWMATKLDYHASILSFNIQGIFNIMVCCVVVCLHAYRCVTRSSSVFTMVVACVTSCYSYVICGDALSAAMAIMLNITGNWFVGAGAYRLATYIVLLNPALPALVGDVKAIVFVYVAVGYVCCVFYGILYWVNRFCKLSLGVYDFMVSPAEFKYMVANGLRAPTGAFDSLFLSARLLGIGGQRTIKISTVQSKLTDVKCTNVVLMGCLSSMNIQANSAEWNYCVDLHNKINLCNDLERAQEYLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLDSYFDNNTVLQAVATTYANMPSYIMYENARQAYEEAISNRSSPQLIKQLKHAMNRAKGEFDHEAATQRKIDRMAEQAAAQMFKEARAVNKKSKVTSAMHAMLFSMLRRLDMSSVDIILNLARNGTVPLSIIPALCATRLSIIVSDFESYAKLFREGCIHYAGTIWSVADIKNNDGKPVHQKEVTSSNAENLSWPLCINAERIVKLQNNEVMPGKLKQRSVKAEGDGVMAEGKALYNTENGRTFMYAFLADKPDLKVVKWESDDGVKVIELEPPCKFLVDTPNGPHVKFLYFVRNLNTLRRGAVLGFVGATVRLQAGKQTEQVMNSSLLTMCAFSTDPAKTYLDAVKSGVKPIGNCVKMLANGAGNGQAITNGVEANTSQDSYGGASVCLWCRAYVEHPAMDGFCKYRGKYVQVPIGTVDPIRYCLENEVCKVCGCWLNNGCSCDRTSIVQSFDSSYLNRARGSSAARLEPCNGTDTDHVYRAFDIYNKDVACIGQFLKVNCVRFRNTDMHDAFYVIKRCTKSVMDHEQSIYDKLAKCDAVAKHDFFTWKEGRSIYGNVCRCNLTKYTMMDLCFALRNFDERNCQTLKEILVLTGACDESYFENKLWFDPVENEDIHRVYAKLGVVVARAMLNCVKLCDAMVKAGIVGVLTLDNQDLNGKFYDFGDFVPSLEGMGVPLCTSYYSYMMPIMGMTNCLASECFMKSDIFGEDFKSYDLLEYDFTAHKQSLFEKYFKYWGQEYHPNCVDCHDDLCVVHCANFNTLFSTTIPNTAFGPLCRKCWIDGVPLVTTAGYHFKQLGIVWNKDFNTHSTRLTINDLLRFVTDPALLVASSPALVDQRTVCFSVAALSTGLVNQTVKPGHFNEEFYNFLRGHGFFEEGSELTLKHFFFAQKGDAAVKDFDFYRYNKTTMLDICQARVVYKLVSRYFEIYEGGCITAKEVVVTNLNKSAGWPLNKIGKAGTYYESLSYEEQDELYALTKRNILPTMTQLNLKYAISGKERARTVGGVALLSTMTTRQFHQKHLKSIVNTRGASVVIGTTKFYGGWDAMLKTLIHGVENPHLMGWDYPKCDRALPNMVRMISAMILGSKHVTCCTASDRFFRLANELAQVLTEVVYSNGGFYLKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSANVNRLLRVDSNLCNNLDVRDLQRRLYECCYRSSTVDDNFVNDYYGFLRKHFSMMILSDDGVVCHNSEYAQLGYVADLNAFKSVLYYQNNVFMSESKCWVEPDVNKGPHEFCSQHTMQITDKDGSYFLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKTDPVILLERYVSLAIDAYPLSKHENPEYQRVFYVLLDWVKHLNKTLNQGVLDAFSIEMLEDSTCKFWDEKFYSNMYERSAVLQSAGLCVVCSSQTVLRCGDCLRRPMLCTKCAYDHVVSTSHKFILAITPYVCCATGCGVNDVTKLYLGGLSYWCIDHKPRLAFPLCSAGNVFGLYKNSAVGSPDVDQFNQLATSDWTDVRDYKLANDVKDSLRLFAAETIKASEENIKSSYACATIREVIGPKELILSWEAGKTKPALNRNSVFTGFHITKNMKSQIGEFTFEKSDYDSDAVIYKSTTTVKLQPGMVFVLTSHNVQSLRAPTIANQERYANLVKLRPAFNVPPDYANLVAYYQMIGHQKITTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPGARIVYTACSHAAVDSLCCKAATAFSADRCSRIIPQRARVECYSGFKPNNTTAQYIFSTVNALPECATDIVVVDEVSMCTNYELSIINQRVSYKHIVYVGDPQQLPAPRIMITRGVLEPSDYNVVTQRMCAIKPDIFLHKCYRCPAEIVDTVSEMVYENQFKPVNKASKQCFKIMCKGNVMVDNGSSINRRQLEVVKMFLAKNPSWRNAVFISPYNSQNYVASRSLGLQIQTVDSSQGSEYDYVIFTQTSDTAHASNVNRFNVAITRAKKGILCVMCDKNLYDLLKFYELKLSDLQAQTDGCGLFKDCSRRDDMLPPSHASTYMALSDNFKTDKELAVQIGVNGPIKYEHVVSFMGFRFDVNIPNNHTLFCTRDFAIRHVRGWLGFDVEGAHVVGENVGTNVPLQLGFSNGIDFVVRPEGCVVTDTGSAIVPVKARAPPGEQFAHLVPLLRKGQPWSVVRKRIVQMCCDHFINLSDIVVFVLWSGGLELTTMRYFVKVGPIKHCECGKLATCYNSVSHSFYCFTHAFGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSSNHHQHCNLHRNEHVASGDAIMTRCLAIYDCFVKNVDWSVTYPFIANENLINKSGRMVQSHVMRAALALYKPKAIHDIGNPKGIRCAVTDVSWYCYDKQPLNNNVKTLEYDYITHGQFDGLCLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRQRSLLNLEGCNGGSLYVNNHAFHTPAFDKRAFAKLKAMPFFYYDTSDCDKLHDSINYVPLKASNCITRCNVGGAVCSRHADQYHSYVAAYNNFTQAGFTIWVPQNFDLYNLWQTLAKPNLQGLENIAFNVVKKGSFVGAEGELPVAIVGDKVLVRENDVDNLVFTNKTSLPTNVAFELYAKRKVGLTPPLTILRNLGVVRTYKFVLWDYEAERPFTSYTKDVCKYTDFDAGVCTCYDNSVQGSFERFTLDPDAVLISLTAVKKLTPIKISYGYLNGVAVSQHEKKPLTWYIYTRKGGKFDDYPEGFYTQGRTSADFKPRSTMEEDFLNMDTGLFISKYGLEDYAFEHVVYGDISKTTLGGLHLLISQVRLSKLGILKIDEFIAAGDSTLKSCTVTFADNPSSKSVCTYMDLLLDDFVTIMKSLDLSVVSKVHEVMVDCKMWRWMLWCKDHKVQTFYPQLQSAEWKCGYSMPALYKIQRMCLEPCNLYNYGAGIKLPDGIMFNVVKYTQLCQYLNSTTMCVPHHMRCLHLGAGSDKGVAPGTAVLKRWLPIDAVIVDNDVNDYVSDADFSYTGDCTTLYLADKFDLVISDMYDGKIKLCDGDNVSKEGFFTYINGVICEKLAIGGTVAIKITEHSWNKRLYELIQRFEYWTMFCTSVNTSSSESFLIGVHYLGDYATTPVIDGNTMHANYIFWRNSTMMTMSYNSVLDLSKFACKHKATVVVNLKENAISDLVVSLVRSGKLLVRGSGPLVNLSNHLVNTK
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR042515
Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009466 NSP11
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR037227 EndoU-like
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR036333 NSP10_sf
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1150 Identity=59.05%
Cov(Q)=13.60% Cov(P)=97.17%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6825
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
386.210349999996
Exp number, first 60 AAs:
0.00901
Total prob of N-in:
0.00063
outside
1 - 2001
TMhelix
2002 - 2021
inside
2022 - 2063
TMhelix
2064 - 2086
outside
2087 - 2149
TMhelix
2150 - 2172
inside
2173 - 2191
TMhelix
2192 - 2214
outside
2215 - 2825
TMhelix
2826 - 2848
inside
2849 - 2868
TMhelix
2869 - 2891
outside
2892 - 2900
TMhelix
2901 - 2923
inside
2924 - 3354
TMhelix
3355 - 3377
outside
3378 - 3381
TMhelix
3382 - 3401
inside
3402 - 3405
TMhelix
3406 - 3425
outside
3426 - 3444
TMhelix
3445 - 3467
inside
3468 - 3479
TMhelix
3480 - 3502
outside
3503 - 3511
TMhelix
3512 - 3534
inside
3535 - 3540
TMhelix
3541 - 3563
outside
3564 - 6825
