Strain
Bat_NC_022103
(Region: USA: Boulder County, CO; Strain: Bat coronavirus CDPHE15/USA/2006, complete genome.; Date: 7-Aug-06)
Gene
replicase polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCAAGCAATCATCTAACACTGGCTTTTGCCAGTGATATGGAAGTTTCAGCTATAGGCTTTGGGTCCATTAATGAAGCCGTATCATTTTACAGTGATGCCGCCATTGATGGTTTTACCCAATGCCGTTTTGTTGCTGCAGGTCTCGCTAACACTGTCGAGGGTGTTGAACCCTCTGACTTTGTTATGGTTGTGACAGGTGTCACCCAATTGCGAGCCTACATTGACACTTTTGGTAGCCGGCCTGCTAATTTACGCGGCTGGTTGCTGTTTTCTAATTCCAATTATTTCCTTAGTGAGATGGAGCTTATTTTTGGTCGCCGGGGTGGTAATACTATCTATGTTGACCAGTACCTTTGTGGTGCGGATGGTAAGCCTGTCGTCCCTGAGGAATTTTGGGACTTTAAGGACTATTTTGTTGATGATGATCAGGTTGTGGTTAATGGCACCACTTACATTAAGGCTTGGGTGGTTGAACGCGCAAATGTTGCTTATGAAGCTCAGAATGTGACTGCTATCAATGGCATTACATATTGCGCTAAAATCCCTCATACTTTGCCTGACGGGAGTGTTGTCCGTGTGGCCCGTAAACCTAAGATCAAAAAGTCAATAGTTCTCTCAGATGTTTACAAGCCTTTGTTAGAGGGCTTGGGTGCACCATTTGTTAAGAATGGTGATACACTTGCATCTATTCTTACTGAACCTGTGTTTTTGCATGCGCTTGTTAAGTGTACTTGTGGCAAAACCATGTGGACCGTTGGTGACTGGAGTTGCTACAAGTCATTGTGTTGCGGTGTAGTTTGCAAACCACTTTGTAACGTTGCTGGCATTGTTAATCCTGGTTCCGCTGTTGTCACCCGTACTGGATTAGGTTCTGGTATTAAGTACTACTGTGGCATGTTCTTGCGTCACATTCTTGACGTCGATGGCGTTTCTGTGTGGCGTGTGATCAGATTACAGAGTGCAGGTGAGACTGTGACTTCGACCAACTTTGAGGAGTTTGGTGATGTGTGCCCTATGGACACATGTCACTATTCTCTAGATTCAAGGCTGGCTGTCATGTTCAAACTTAACCTGCTTTCAGGTGACTTTTGTGCTGAGGTGCGTCATGCTATTGCTAGCGGTGTTTTCAGCGTTGGTAATTTCATTTGTGACGTTACTGACGATGTGCTTGGAAAACCATGGTTCTTGAAGAAACTTGGTGTTCTAGCAGATGCTGCCTGGACCGCTTTTGTTGCCAGTCTTCGTAAAATTAAAGTTATGAGTTCGCAGCTTGTGGATCTTGCTAAAGCATTAGCGTGTGCTAGTGTTTCTGTTATTAACAGGTGCTTGGTTCTTGCTGCTGATGTGCCTCCTATTTTCAAGGAGTGTTTTGCTAAGTTTGTCAGTGCTATTGCAGCTCTGTTTAAGTCTACTTGTGACACTGTCAAGGTTGCACGTCATTCATATCCAAGGCTTTTTGACTATGTTTTGCTTGATAATCATTTGGTGAAAATGGTTACTCAACGCATTACTGGTAAAAAGCAGGCTGGATTGACTGAGGCTACATTTGCTGATGTAATTCTGGGTGCCACTACTAATGTGACATCAGACCGTACTGAGGCTTGTAATGTTGGCCTTGTGCTTTGTGACTATGACGTGCCCGTTCTGAATACTGGATATACTGCCATTATTGGTGGTAAGGCCTTTTTCTGTAGTGAGGGTTACTATAGGTTTATGGCTACCCCCAATGTTGTGCTTGATGAACCTGTGTTTCGTGCAGCGGCAGAATTGAATCCAGTTTTTGAGTGCGAAAAGCCTGATGGTTTTCCAGTTCTCGTTGCATCCGATGTGGCTGAACTCTGTGTTAAAGTTGATCAGCTCCTGCCCAACTATAGTACCTCATACAAACGTTATGAGAGTGTTATACGTGGTGAGCAGTGCTTTATACGCTGTATTTACGATTTTAGAGCACCATCATTTATTAGGAAAGGTGATGATGCTGAGAAATTTGTGAAACAGTGTGAAGTGCTTGTTAGCAACCCCTTGTTCTTTGAGTTTTATACTCAGGCGCATGAGGCTGTTGACCTTGATCAGTATGTTAATACAGCTTGTACCTTAGAAGGTTTTTCGCATATGGCTCCTGCTGTACCCAAGCCACATCCTTTGTTTTTGCAAATTGATGGCGGTGCCATATGGCGAAGTGTTGTTCGCCGTGTGAGCGCCGTAGCAGATTTTGTCAGAAACCTTAAGGTTAGTTTTGGTTTGGAGGGCATTATTGTCTCAGCAGCTAGGAAATTCAAACAATGGGCTAAACTTTTGGCTCAGATGTATAATGAATTTCTTAACTCTGTTTCAGCTGCCATTCATATTGCAGGGGTTAAGTTTATACATTATGCCACCACTGTGCCACAGCTTGCCTATAATGGTTGCCTCTATGCTCTTAAAAAGACATATGCTGCAACTGTAGGACTTCAAACCGAAGAGGGTGTTGACGGCTTTTATGCTTTTGACCATTGTCAATTACCAGTAACTCCTAGGTTGCTGCAGGTTGAAGATGTCAATTTAGAAGAAGCTGATTTTAAACCCCCAGTAGGTGGTGGTTGTGTGGCAGTGATTAATGGTTACTCATTTTATGTGGAAGGTGATTCTTATTACCCCACTGATTGTAGTGCTATTCATTCACTGCGCTTTAGAAAGCTTGGTGGTGCTGGTGTTGCTTTTTCAGAAGATGTGGCAGTTAAAACTATTGATCCTGTCTACAAGGTTCGACTCGATTTTGAATTCGAAGATGATTCAGTTGTTGCACTTTGCAAGAAGACTATTGGCAAGTCCATTAAGTTTAATGGTACAGAATGGGACAAATTTGTCGCCATTTTGGAAACTGCACTAGGTGTTCTTGCAAAGCATGTTACGTTGCCACCATACTTCATTTATGACGACCATGGTGGCAAGAACTTATCACGCACTGTAGTGGTTTCACAATGGCCACCAGCTGATGTTGATGAGTCTTGTGATGACAGTGACGATGATGATGACTCCGACCATGAAGCAGATGAAGAATCCTCTGCTGAGCATGATGATGATCCTGAAAGTGCATCAACAGATGAACAGTTGATGGGCCAGGATACTGCACCTGATAGTGCATCGACAGATGAAAGTCATGAGACCGAACCTAATGGTGTGTCTTTAGATGAAGATCTGTCTGCAAAACAGGAAGAGGCTCTAAATGCTTTGGACAACGCCATTGGTAGTGCATCAGCTGCCACAGAAGAAGAAGAAGTTAATGATGCACTGTCCTTTATGACCGAGTCATCACCAAAACCTTGTGAGCCTACTAGCGACACATTTGCATATCCTTTTAAGGATTATAATGGTGTCAAGGTGCTAGACCAACAAAGTAACAATTGCTGGGTTAACTCAACTTTACTCCAGTTGCAGTTGCTTGGTGTCATCGGTGATGACTCCGCAATGGCATTGTTTAAAGTTGGTAGAGTTGGACCTATGGTTAAGCGTTGCTACGAAGCTGTTGGCGCAATTAAAGGCTCTTTAGGCGACGTGTCTCAGTGTATGGAAGTTTTGTTACGTGATGTCAAAACTCTTACTGTACACTGTGATACTGTTTGTGACTGTGGGTCTGGCGCTAAGACCTTTGTTGGCTGTGCTTTTAGGTTTGAGCCTACGACGGAACCGTTTCCATATGGTTGTTGTCAGAATTGCAAACAGGTTTTATTGCATACCATTACTTCTATTAGTGGTACTGGTGTGTTTTGTCGTGAACCTACTCCTTTTGACATCAGTGTTATGCCAATTCGACCATTGTGTGCTGCAAATTATGTTGGCGCTGTTGATGGTGGTCATTATATGACTAACATATATACCAACAATGTTGCGGTGGACGGTCATGGTGTACACGTGATTGCAAACACAGGTCTTAACACTATTTGTGTTAAGGATGTGGATTGGTCTAGAGCTATTAAATATGAACCCGTTCGTGTTGAAAAGCCTAAAAAGGATGTCAATCCAGAACCACCAGTTAAACCTTTGAATGCTAAAGTTGATGGTTTGAAACCATTTGTTAGTTACAAAGGTGTTGAGTTCTATCAGGGTGCTTTTAAGGACCTCCTTGATTTGCCATTTGACTTTGTTGTAAACGCAGCAAATGAGCAATTGTCCCATGGTGGTGGTGTTGCACGTGCTATAGATGAACATACTGGTGGTGAACTGCAAAGTTTGTCTGACAGATATGTTAAAGCCGTAGGTCCTCTAAAGGTTGGCACAGGTGCTTACATTAAATGCAAAGCATTTGATGTTTTTAATGTTGTAGGTCCACGCAAGGGTAAACATGCTAAGGATTTGCTTGTCAAGTCTTATGACAGTGTCTTTAGTGTGCCTGGCGTGCCACTTATGCCATTATTGAGCATTGGTATATTTAGGGTACCCATTGAAGATTCTTTGAGTGCTCTATTTGCCTGTGTTGGAGATCGCGTTTGCAAGTGTTTTTGTTATTTGGACGCTGAGCGTGACGCTATTCTGCAATATGTTGCTGGGCTTTCGGTTGTCAACGAGGAGGAAGTTAAGCAGGAAACTGCTTTTACTCCTAGGCGTATGGAGGGCTCATGTAACTTTTATGACTGCAACCCTAAAGCATTGGTTGACAATGGTGTGACAAGGTTTGTTGTTTTTACCAAACCAAGTCTTGATTTTTGTGACACCACCAAAGTGCTAGACACCTACTTTAAAAGTTTGCTAACTAACCTTGTAAAGGATTATGTTAGCACTCTTAAGGGTAAGGTTGTGCCAGCTGGTAACTGTGTTACACTGCGTTGCACTGATAGTGTTAGTGTTACATTTGTTGTTTTGCCTACAGATGATGACCCTAATTTTGAAACTAATGCAAAGCGTGCTTTTCAAAAATGTCTTAAACTTAAAGGTACATGTGTTTATGCGACCACTGATGCCGATGTTTTGAGACGTATTGTCAAGCACTCATGCTTTGGTTTTATCGCTAATGACAATGTTATTAGTGCAGTTTTCACGGATGGTCAATTTAGGGTTGAAGTTACACAAGACCAGCGTACTTACAGTGTTAAATCCTTAGATGCTAGTAAAACAATGGGCGAACAGTTGGGTACATGTAGTGTTGATAACACTAATGTCTCTGATCAGCGTCCAACTAGTGATATTTCTAAGGTTACTGTTGCTCCTGCTGTTGATTGGGACGTGCATTATGGTTTTGTTGGCGCAGCTAGTTTTCATATTTTGAATCATGAAGCATTCGAATATCCTAGCAGCGTGCAAAATGGTAAGCGTGTTCTTAAAACTAGTGACAACAATTGTTGGGTTAATGCTGTATGTTTACAACTACAGTTTGCTAATGCCAAATTTGTTGGAACTGGTCTTCAAACATTGTGGGATGAGTACCTGGTTGGTAATGTTGCTGGCTTTGTACACTGGTTGTATTGGCTAGCAGGCGTTCAGAAGGGGGATCCTGGTGATGCTGAGGACACTTTGAATTTAATTTCTAAGTTTCTTCAGTCTCAGGGACACGTGGTTGTGGACCGCACTACAGTTGATTCTTGCTGTAGTTCCCAGCGCACACTTGTTACACCAGTGGTTAATGGTAGTATTTTGCGCATGGGTGTTGATGATGGTGCGTGTAAACATGGTTCTACTTTTATAAATAAGGTTGTCAGTATTAATGGTACTGTAATCTTAGTTAATGTTGGGCCACCAATCTCTAGTGCACCTACTTCTTTTATACAGGGTCTGTCTTATACATCATTCAACAACACAGTTGGAGGTGTTGGACATTACACTGTATATGATAGTACACAGCATGGCTTTTATGACGGTGATGTCTTTGTACGTGGTGAATTGGCTATGCAACCTGTGACTGCTTTAGTTGCTAGACATAGTCATTATGTTGTTAAAGACCCTGTAAAGTCTTTTGAACAACGTGCTTCTGCAGTTGTTGACAGTCTCAATTTTGCATCTGAGAAGTTTTTCACCTTTGGTGATTTTGTGTCACGTAACGTCATAACAATGTTAGTGTGGTTCTTTAGTTTGCTTTCTTTGCTGCTGAAGTCTGTGCGTCGCAGAGACTTTAGGGTTTTAGCAGGTGCACCAGAGCGTTCTGGTGTTATAATTAGTCGTAGCATTAAATATAATGTTAGAGCATTACGCTACTTTATGAGGCTGAAAGCCAAGTGGGTTTGTATGTTTTTGAAGGCCTGTTTCATATTGTATACATGTTATGCTACATGTTTTATGATTATTAGGTTTTCGTTTGTAAGTGACATCTTTTGTAGTGGCTACGTTGATGGTTATGCTAATTCCTCATTTGACAAAAATGCATACTGTGATGGACAGTTGTGCAAGGTATGTTTGTTTGGTTACGATGAACTAGCAGATTTTCCGCATACCACTGTTGTTTGGGAGCACTTAAAAGACCCATTTGTCATAAATGTCATACCCCTATTTTATCTTGGCTTCTTGGCAATATTTGGTGGAACTGTTACTCGTATAATGGTTTTGTACTTTGTTAGCCAGTATGTTAACATGCTTGGTGCTTACCTTGGTGTACAAGATAGTGTTTGGTTTTTGCAATTCTTTCCATTTGATGTTTTTGGAGATGAGATCGTCGTGCTATTTTTAGTAGTACGCGTGCTTATGTTTCTCAAACACGTGTTGTTTGGTTGCGATAAACCCTCGTGTCTGGCTTGCTCTAAGAGCGCAAGGCTGAAGCGTGTTCCAGTTTCCACTATTGTTTCTGGTGCTAATAAGTCCTTCTATGTCAATGCTAATGGTGGTACGTCCTTCTGTAAGAAGCATAATTTTTATTGTGTTAATTGTGACTCTTATGGTTTGGGTTGTACTTTCATTAATGACGTTGTTGCAGCTGAAGTTGGAAATGTTACTAAGTTAAACGTCCAGGCAACAGGTCCTGCCTTTGTTGAGGTTGACAAAGTCGAATTTAACAATGGCTTTTACTACTTGTATAGTGGTAATACCTTTTGGAAATACAATTATGACATTACTGATAGTCGTTATAGTTGTAAAGAAGCCCTGAAAACGTGTAACGTAGCTGCTGACTTCATAATTTGTAATAACACAGGCTCTAATATGGCGCAAGTAAAGAATGCTTGTGTTTATTTTAGCCAATTGTTGTGTAAACCTATTAAGATTGTAGATTCTACACTTGTGTCAACTTTGGGTGTTGATTTTAGCACATCTATTCATAGTGCTTTTGTTGAAATCCTAACCGATAGTTTCGGCAAAGATCTTTCAAATTGCACTACTATGTCACAGTGTAGGGCTACACTTGGGTTTGATGACATTTCTGATGAGGACTTTACAGGTGCCGTTGCTAATGCCCATAGATATGGCTTGCTTTTAACAGACATTTCATTTAATAACTTTATTACCTCCTATGCTAAGCCAGAGGAGAAGATGTCTGTACATGATTTGGCCATTTGTATGCGTAGCGGTGCTCGTGTTGCTAATCACAACGTGCTTGTCAAGGAAAATGTTCCTGTTGTGTGGTCTGCTGAAGCATTTAACGCATTATCTGAAGAGTCTCGCAAGTATGTTGTTAAGACTTCTAAGGTCAAGGGTTTGACTTTTATGTTGTCTTTTAACAATGTTCGGATGCACACAACTATACCATCTGTTGCCATTTCAGGTAAAAAGGGTGGTAGTACAGTTTCTGCATTTTTTAAAAACTTGCGTAAGATATTGTGGTGTTCATGTACCATTATTTTGTGCTTGTTCTTTGTTACGTCGTTGTGGAACTTTGCAGAAAGTTACCACAGTGGTAGTGAGTTTGGTTATAAGTACATTGAGAATGGTGCACTCAAAGACTTTTCAGGACCACTTGATTGTGTGCACAATATTTTTGATGACTTTATGGCCTGGCATCATGCTAAGTATGGTGTTCAACCTATTAATAGCAGGCGTTGTCCTATTGTTGTTGGCGTTGACGAAAACGTCCGCACAATACCTGGTGTCTCTGCTGGTGTTATGCTTGTTGGTAAAACATTGGTTTTTGCCGTCAAGTCTGTTTATAGTTCTGCAGGTCTATGTTATGATGAGTTTGGAGCGGCCGCACCTGAACAGTGTTTGTTCAATTCCGCTTGTACGACGCTGAAAGGTCTAGGTGGTACTTCTACTTATTGTTACCGTAGTGGTCTGGTCAGTGATAGTGGTCTCTATAGAGATTTGCTGCATGACAGTCATTACTTTTTGCCTGATGGTAACTATGTTAAATTTCCAGAGGTTATATCACGTGGTTTTGGTTTCAGGACAGTACGTACTGCTGCTACAACATACTGCCGTGTTGGTCAATGTGTTGACTCTAAACAAGGTGTATGTTTTGGACTTGATAGGTTCTTGGTTTACAGTGCAGAGTCTGGTTCTGACTTTGTTTGTGGTACAGGTCTTATGTCATTGTTGTACAACGTTTTTGGTATATTTACACGTTCTATACCAGTTGTTGTACTTTCAGGTCAAATTATGTTCAACTGTGTTGTTGCATTTCTTGCTGTCTCTTGCTGCTTTTTGTTTACTAAGTTTAAGAGGCTTTTTGGTGACATGTCTTTTGGTGTGTTCACTGTTTGCTGCTGTGTCTTGGTAAACAACCTTTCCTATATAATAACTCAGAATTATATGGGTCTTGTTTTCTACACTGTTTTGTATTTCTTCTCCACAAAGACCGTGCGTTATGCTTGGATTTGGCACATAGGTTACTTTGTTGCCTACTTCCTTGTAGCACCATGGTGGCTTTTGGGTATGTTTCTTGCTTCTGCTTTGACAGAGTTTTTGCCGTCAATGTTTAAACTTAAAGTTTCTACCCAACTGTTTGATGGAGAGAAATTTGTTGGTAGTTTTGAGACAGCTGCTATGGGTACTTTTGTTTTAGACATGCGTACCTATGAAAAACTTGTTAATTCAACTCCTGGTGATAAAATACGTCAGTATGCAGCCACCTATAATAAATATAAATATTATAGTGGTGGCGCCAATGAGGCTGATTATAGATTGGCATGTTTTGCACATCTAGCCAAAGCCATGATGGACTTTGGTTCAAACCACCAGGACATGTTGTACTCACCTCCTACTGTCAGTTATAATTCAACACTGCAAGCTGGGCTTAAAAAGATGGCACAACCTTCAGGTGTTGTTGAGCGCTGTATAGTCCGTGTTAGTTACGGTAACATGGTGCTCAATGGCCTTTGGTTAGGTGACACAGTTTACTGCCCAAGACATGTGTTGGCTGCATCCACTACTACTCATATTGACTATGAACATGCGCTTGCTATTATGAGGTTACATAATTTTTCTATATCTTATGGTAACACATTTTTAGGCGTTGTTGGTTGTTCTACGAAGGGTGCACTTTTGCTTATTAAGGTTGGTCAAAATAATGTTCACACACCTGGTAGTTATACTTTTAGAACACTTAAGCCTGGCGATTCATTTAACATCTTAGCATGTTATGATGGTACAGCTACTGGCGTTTATGGTGTTAATTTGAGAACCAATCATACCATTAGAGGCTCTTTTATTAATGGAGCTTGTGGTTCACCAGGTTTTAACATACATGGTAGCACTGTAGAATTTTGTTATTTACATCAACTAGAGCTTGGCTCTGGTTGTCATGTGGGTAGCGACATGAATGGTGCTATGTATGGTGGATATGAAGACCAACCCTCTTTCCAGATAGAAGGTGTTAGTAACCTTGTATCTGAGAATGTTGTAGCATTTCTTTATGGTGCATTGCTTAATGGATGTAATTGGTGGTTAGACCAGTGTGGTGTTACTGTTGAGGCCTATAATGATTGGGCTCATAGTAATGGCTGTACTAGTTTATCAAGTACAGATTGTTTCACAATATTGGCAGCTAAGACTGGTGTCGAGGTGTCAAGAGTGTTGGCAGCTATACAGCGTCTTAATGTCAATTTTGGTGGCAAAGCTATACTTGGTTACACATCTTTAACTGACGAGTTTACTGTTGGTGAGATAATTAAGCAGATGTTTGGTGTTAACCTGCAAAGTGGTATTATAAGCCGTTCGGTGCGTAATGTGCTTTTAGTCGGCTTATTTGTTTTACTGTTTTGGTCAGAGTTAGTTATTTATACACCATTTTTCTGGGTTTCTCCAGCTTATATTACACCATTGTTTTTGATTGTCAGTGGTGTTTCTATCTTGTGCATGAGTCTTTTGAAGCATAAAACATTGTTTTTGCAAATGTTTTTGATTCCAGCTGTTATTGCAGTGTCTGCTTACAATCTGGCATATGATTTGGAGATACGCACGTGGATGGCTACTAAGCTGGATTATCATGCCTCTATTCTTAGCTTTAACATTCAGGGTATATTTAACATTATGGTGTGTTGTGTTGTTGTTTGTCTCCATGCATACCGTTGTGTTACTAGATCATCATCTGTTTTCACTATGGTTGTGGCGTGCGTAACGTCGTGCTATAGTTATGTTATATGTGGTGATGCCCTAAGTGCTGCAATGGCTATTATGCTCAACATCACTGGTAATTGGTTTGTTGGTGCAGGTGCTTATAGGTTGGCAACATATATTGTCTTACTAAACCCTGCACTACCTGCTCTTGTCGGTGATGTTAAGGCTATAGTCTTTGTGTACGTTGCTGTTGGCTATGTTTGTTGTGTGTTTTATGGTATTTTGTACTGGGTTAACAGGTTTTGTAAACTTTCACTTGGTGTTTACGATTTTATGGTTAGCCCAGCTGAATTTAAGTACATGGTCGCTAATGGCTTAAGAGCTCCTACTGGTGCATTTGATTCACTATTTTTGTCTGCACGTTTGCTTGGTATTGGTGGTCAGCGTACCATTAAGATATCAACAGTGCAGTCCAAACTTACTGATGTTAAGTGTACCAATGTGGTTCTAATGGGCTGTTTGTCTAGCATGAACATTCAGGCTAACTCTGCTGAGTGGAATTATTGTGTTGATTTGCACAATAAAATAAACTTGTGTAATGATTTAGAACGTGCACAAGAGTATCTTTTGGCATTGTTGGCATTTTTCTTGTCAAAGAATAGTGCCTTTGGCTTAGATGATCTTTTGGACTCTTATTTTGACAATAACACTGTGCTTCAGGCTGTTGCTACTACATATGCTAACATGCCATCATACATTATGTATGAGAATGCAAGACAGGCATATGAGGAAGCAATTTCAAACCGTTCCTCACCCCAGTTAATTAAGCAACTTAAGCATGCTATGAACAGGGCTAAGGGGGAGTTTGACCATGAGGCTGCAACTCAGCGTAAGATTGATCGTATGGCTGAACAAGCAGCTGCGCAGATGTTTAAGGAAGCTAGAGCTGTGAATAAAAAGTCAAAGGTCACTAGTGCTATGCATGCCATGTTATTCAGTATGTTGCGTCGTTTGGATATGTCTAGTGTTGACATTATCCTCAACCTCGCTAGAAATGGCACCGTTCCATTATCCATAATACCTGCTTTGTGTGCTACTAGGTTGTCAATTATTGTCAGTGACTTTGAGTCATATGCCAAACTGTTTAGAGAAGGTTGTATACATTATGCCGGTACTATATGGTCTGTTGCTGACATTAAGAACAACGATGGTAAACCAGTACATCAGAAGGAAGTGACGTCTTCTAATGCTGAGAACTTGAGTTGGCCATTGTGTATTAATGCAGAACGTATAGTTAAGTTACAGAATAACGAAGTTATGCCTGGTAAGCTTAAACAGCGTTCTGTTAAAGCAGAAGGTGACGGTGTCATGGCTGAGGGCAAGGCGCTTTACAATACTGAGAATGGACGTACTTTTATGTACGCATTTCTTGCAGACAAACCTGATCTTAAGGTCGTAAAATGGGAGTCTGATGACGGTGTTAAGGTCATAGAATTGGAACCACCTTGTAAGTTTTTGGTGGACACACCCAACGGACCACATGTAAAATTTTTGTACTTTGTGCGGAATCTTAACACACTTCGACGTGGTGCTGTTCTCGGTTTCGTTGGTGCAACAGTAAGATTACAGGCAGGTAAGCAAACTGAGCAAGTTATGAATTCTTCTCTATTGACTATGTGTGCCTTTTCTACTGATCCAGCTAAGACATATCTTGATGCAGTTAAGAGTGGTGTTAAGCCAATTGGTAACTGTGTTAAAATGTTGGCTAATGGTGCTGGTAACGGACAGGCTATCACTAATGGTGTTGAGGCTAATACTAGTCAAGACTCATATGGTGGTGCGTCTGTTTGTCTGTGGTGTAGAGCTTATGTTGAACATCCAGCTATGGATGGCTTTTGTAAGTATAGAGGCAAGTATGTCCAGGTACCTATTGGAACTGTCGATCCTATTAGGTATTGTCTTGAGAATGAGGTTTGTAAAGTTTGTGGATGCTGGTTGAATAACGGTTGTTCTTGTGATAGGACATCTATTGTCCAAAGCTTTGACAGCAGTTATTTAAACGAGCAAGGGGCTCTAGTGCAGCTCGACTAG
Protein
MASNHLTLAFASDMEVSAIGFGSINEAVSFYSDAAIDGFTQCRFVAAGLANTVEGVEPSDFVMVVTGVTQLRAYIDTFGSRPANLRGWLLFSNSNYFLSEMELIFGRRGGNTIYVDQYLCGADGKPVVPEEFWDFKDYFVDDDQVVVNGTTYIKAWVVERANVAYEAQNVTAINGITYCAKIPHTLPDGSVVRVARKPKIKKSIVLSDVYKPLLEGLGAPFVKNGDTLASILTEPVFLHALVKCTCGKTMWTVGDWSCYKSLCCGVVCKPLCNVAGIVNPGSAVVTRTGLGSGIKYYCGMFLRHILDVDGVSVWRVIRLQSAGETVTSTNFEEFGDVCPMDTCHYSLDSRLAVMFKLNLLSGDFCAEVRHAIASGVFSVGNFICDVTDDVLGKPWFLKKLGVLADAAWTAFVASLRKIKVMSSQLVDLAKALACASVSVINRCLVLAADVPPIFKECFAKFVSAIAALFKSTCDTVKVARHSYPRLFDYVLLDNHLVKMVTQRITGKKQAGLTEATFADVILGATTNVTSDRTEACNVGLVLCDYDVPVLNTGYTAIIGGKAFFCSEGYYRFMATPNVVLDEPVFRAAAELNPVFECEKPDGFPVLVASDVAELCVKVDQLLPNYSTSYKRYESVIRGEQCFIRCIYDFRAPSFIRKGDDAEKFVKQCEVLVSNPLFFEFYTQAHEAVDLDQYVNTACTLEGFSHMAPAVPKPHPLFLQIDGGAIWRSVVRRVSAVADFVRNLKVSFGLEGIIVSAARKFKQWAKLLAQMYNEFLNSVSAAIHIAGVKFIHYATTVPQLAYNGCLYALKKTYAATVGLQTEEGVDGFYAFDHCQLPVTPRLLQVEDVNLEEADFKPPVGGGCVAVINGYSFYVEGDSYYPTDCSAIHSLRFRKLGGAGVAFSEDVAVKTIDPVYKVRLDFEFEDDSVVALCKKTIGKSIKFNGTEWDKFVAILETALGVLAKHVTLPPYFIYDDHGGKNLSRTVVVSQWPPADVDESCDDSDDDDDSDHEADEESSAEHDDDPESASTDEQLMGQDTAPDSASTDESHETEPNGVSLDEDLSAKQEEALNALDNAIGSASAATEEEEVNDALSFMTESSPKPCEPTSDTFAYPFKDYNGVKVLDQQSNNCWVNSTLLQLQLLGVIGDDSAMALFKVGRVGPMVKRCYEAVGAIKGSLGDVSQCMEVLLRDVKTLTVHCDTVCDCGSGAKTFVGCAFRFEPTTEPFPYGCCQNCKQVLLHTITSISGTGVFCREPTPFDISVMPIRPLCAANYVGAVDGGHYMTNIYTNNVAVDGHGVHVIANTGLNTICVKDVDWSRAIKYEPVRVEKPKKDVNPEPPVKPLNAKVDGLKPFVSYKGVEFYQGAFKDLLDLPFDFVVNAANEQLSHGGGVARAIDEHTGGELQSLSDRYVKAVGPLKVGTGAYIKCKAFDVFNVVGPRKGKHAKDLLVKSYDSVFSVPGVPLMPLLSIGIFRVPIEDSLSALFACVGDRVCKCFCYLDAERDAILQYVAGLSVVNEEEVKQETAFTPRRMEGSCNFYDCNPKALVDNGVTRFVVFTKPSLDFCDTTKVLDTYFKSLLTNLVKDYVSTLKGKVVPAGNCVTLRCTDSVSVTFVVLPTDDDPNFETNAKRAFQKCLKLKGTCVYATTDADVLRRIVKHSCFGFIANDNVISAVFTDGQFRVEVTQDQRTYSVKSLDASKTMGEQLGTCSVDNTNVSDQRPTSDISKVTVAPAVDWDVHYGFVGAASFHILNHEAFEYPSSVQNGKRVLKTSDNNCWVNAVCLQLQFANAKFVGTGLQTLWDEYLVGNVAGFVHWLYWLAGVQKGDPGDAEDTLNLISKFLQSQGHVVVDRTTVDSCCSSQRTLVTPVVNGSILRMGVDDGACKHGSTFINKVVSINGTVILVNVGPPISSAPTSFIQGLSYTSFNNTVGGVGHYTVYDSTQHGFYDGDVFVRGELAMQPVTALVARHSHYVVKDPVKSFEQRASAVVDSLNFASEKFFTFGDFVSRNVITMLVWFFSLLSLLLKSVRRRDFRVLAGAPERSGVIISRSIKYNVRALRYFMRLKAKWVCMFLKACFILYTCYATCFMIIRFSFVSDIFCSGYVDGYANSSFDKNAYCDGQLCKVCLFGYDELADFPHTTVVWEHLKDPFVINVIPLFYLGFLAIFGGTVTRIMVLYFVSQYVNMLGAYLGVQDSVWFLQFFPFDVFGDEIVVLFLVVRVLMFLKHVLFGCDKPSCLACSKSARLKRVPVSTIVSGANKSFYVNANGGTSFCKKHNFYCVNCDSYGLGCTFINDVVAAEVGNVTKLNVQATGPAFVEVDKVEFNNGFYYLYSGNTFWKYNYDITDSRYSCKEALKTCNVAADFIICNNTGSNMAQVKNACVYFSQLLCKPIKIVDSTLVSTLGVDFSTSIHSAFVEILTDSFGKDLSNCTTMSQCRATLGFDDISDEDFTGAVANAHRYGLLLTDISFNNFITSYAKPEEKMSVHDLAICMRSGARVANHNVLVKENVPVVWSAEAFNALSEESRKYVVKTSKVKGLTFMLSFNNVRMHTTIPSVAISGKKGGSTVSAFFKNLRKILWCSCTIILCLFFVTSLWNFAESYHSGSEFGYKYIENGALKDFSGPLDCVHNIFDDFMAWHHAKYGVQPINSRRCPIVVGVDENVRTIPGVSAGVMLVGKTLVFAVKSVYSSAGLCYDEFGAAAPEQCLFNSACTTLKGLGGTSTYCYRSGLVSDSGLYRDLLHDSHYFLPDGNYVKFPEVISRGFGFRTVRTAATTYCRVGQCVDSKQGVCFGLDRFLVYSAESGSDFVCGTGLMSLLYNVFGIFTRSIPVVVLSGQIMFNCVVAFLAVSCCFLFTKFKRLFGDMSFGVFTVCCCVLVNNLSYIITQNYMGLVFYTVLYFFSTKTVRYAWIWHIGYFVAYFLVAPWWLLGMFLASALTEFLPSMFKLKVSTQLFDGEKFVGSFETAAMGTFVLDMRTYEKLVNSTPGDKIRQYAATYNKYKYYSGGANEADYRLACFAHLAKAMMDFGSNHQDMLYSPPTVSYNSTLQAGLKKMAQPSGVVERCIVRVSYGNMVLNGLWLGDTVYCPRHVLAASTTTHIDYEHALAIMRLHNFSISYGNTFLGVVGCSTKGALLLIKVGQNNVHTPGSYTFRTLKPGDSFNILACYDGTATGVYGVNLRTNHTIRGSFINGACGSPGFNIHGSTVEFCYLHQLELGSGCHVGSDMNGAMYGGYEDQPSFQIEGVSNLVSENVVAFLYGALLNGCNWWLDQCGVTVEAYNDWAHSNGCTSLSSTDCFTILAAKTGVEVSRVLAAIQRLNVNFGGKAILGYTSLTDEFTVGEIIKQMFGVNLQSGIISRSVRNVLLVGLFVLLFWSELVIYTPFFWVSPAYITPLFLIVSGVSILCMSLLKHKTLFLQMFLIPAVIAVSAYNLAYDLEIRTWMATKLDYHASILSFNIQGIFNIMVCCVVVCLHAYRCVTRSSSVFTMVVACVTSCYSYVICGDALSAAMAIMLNITGNWFVGAGAYRLATYIVLLNPALPALVGDVKAIVFVYVAVGYVCCVFYGILYWVNRFCKLSLGVYDFMVSPAEFKYMVANGLRAPTGAFDSLFLSARLLGIGGQRTIKISTVQSKLTDVKCTNVVLMGCLSSMNIQANSAEWNYCVDLHNKINLCNDLERAQEYLLALLAFFLSKNSAFGLDDLLDSYFDNNTVLQAVATTYANMPSYIMYENARQAYEEAISNRSSPQLIKQLKHAMNRAKGEFDHEAATQRKIDRMAEQAAAQMFKEARAVNKKSKVTSAMHAMLFSMLRRLDMSSVDIILNLARNGTVPLSIIPALCATRLSIIVSDFESYAKLFREGCIHYAGTIWSVADIKNNDGKPVHQKEVTSSNAENLSWPLCINAERIVKLQNNEVMPGKLKQRSVKAEGDGVMAEGKALYNTENGRTFMYAFLADKPDLKVVKWESDDGVKVIELEPPCKFLVDTPNGPHVKFLYFVRNLNTLRRGAVLGFVGATVRLQAGKQTEQVMNSSLLTMCAFSTDPAKTYLDAVKSGVKPIGNCVKMLANGAGNGQAITNGVEANTSQDSYGGASVCLWCRAYVEHPAMDGFCKYRGKYVQVPIGTVDPIRYCLENEVCKVCGCWLNNGCSCDRTSIVQSFDSSYLNEQGALVQLD
Summary
Uniprot
ProteinModelPortal
PDB
5HYO
E-value=6e-154 Score= 479 Identity=72.85%
Cov(Q)=7.26% Cov(P)=100.33%
3D Structure
Ontologies
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
4160
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
386.11504
Exp number, first 60 AAs:
0.00901
Total prob of N-in:
0.00063
outside
1 - 2001
TMhelix
2002 - 2021
inside
2022 - 2063
TMhelix
2064 - 2086
outside
2087 - 2149
TMhelix
2150 - 2172
inside
2173 - 2191
TMhelix
2192 - 2214
outside
2215 - 2825
TMhelix
2826 - 2848
inside
2849 - 2868
TMhelix
2869 - 2891
outside
2892 - 2900
TMhelix
2901 - 2923
inside
2924 - 3354
TMhelix
3355 - 3377
outside
3378 - 3381
TMhelix
3382 - 3401
inside
3402 - 3405
TMhelix
3406 - 3425
outside
3426 - 3444
TMhelix
3445 - 3467
inside
3468 - 3479
TMhelix
3480 - 3502
outside
3503 - 3511
TMhelix
3512 - 3534
inside
3535 - 3540
TMhelix
3541 - 3563
outside
3564 - 4160
