CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Hedgehog_NC_022643 (Region: Germany;  Strain: Betacoronavirus Erinaceus/VMC/DEU/2012 isolate ErinaceusCoV/2012-216/GER/2012, complete genome.;  Date: 2012)
Gene
orf1ab
Description
Annotated in NCBI,  orf1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGTCTTCCGCGACTGGTGAGGGTTCTCAAGGTGCGAGGGCCACGTATAGAGCAGCGCTCAACAATGAAAAACGTCATGACCATGTTGCCCTAACTGTGCCATGTTGTGGTACAGGGGCTAAGGTTACAGCTCTTTCACCTTGGTTCATGGATGGCGTAGTAGCCTATGAAACCGTGAAGGAAATGCTATTAAAAGGAGAAAATCTCCTGTTCGCTCCAATTAATTTGAGCGGTTTTATCAAGTTTCTCCCAGGCCCACGTGTTTACCTGGTTGAGAGGCTTACTGGAGGTACTTACTCCGAACCATTTATTGTTAACCAATTGGCTTTTTCCGATGAGCAGGATGGTCCTATGATGGGTACTACTCTGCAGGGCAAACCTATTGGATTTTTCTTTCCTTTTGATGAAGAGCTTGTTACAGGTACTTATACCTTCAAGCTACGTAAGAATGGACTTGGTGGACAATTGTTCCGCGAAGTTCCTCGGTTTGAGAACCATGATTTTCATGGTATTGAAGGTTTTTCTCAGATTGTTGAAGACTTACAGGAGGATCCTAAAGGAAAGTTTTCTAACAAGCTGTATAAGAAGTTGTGTGGTGGTGATGTCACACCTGTGGATCAATACATGTGTGGTTTTGATGGGTCGCCTATCAAACCATATCTGGATCTAGCCAATAAAGAAGGTTTAATAAAGTTGGCAGACGTTGAAGCTGATGTTCGTTCACGTGTGGATAAACATGGTTTTCTCATTTTTAAAGGAACAACATATAGAGTTGTTTGGTTTACTGAGCGCAAGAACGTTGATTATAGTAAACAAACGCTCTTTACAGTGAACTGTGTGGTGCAACGTAATGGTGTTCAAGATGTACCAGCACACCCTTTCACTCTAGGAGGACGAGTGGATCAACTTAAACCGCATGTCGCTAAAGGCAACCTAGTGGGCCTTACATTGAAAGCAAAAATTTTGTATACAATGTATGGTGAAGATGCTGTTGAAGAACCTTCTTATATTTACCACTCTGCCTTTGTGGATTGTGGTAACTGTAATGAAGGTAAGTGGTGTACAGGTAATGCTGTGGCTGGATTTGCATGTGAATGTGGAGCATCTTACACTGCTAGAGATGTGCTCTTACAATCTTCAGGATTAGTAAAACCTAATGCCTTGTTTTGCGCAACATGTCCCTTTGCAGAAGGAGATCGTTGTTCTTCAGAGTGCAAACACACTACACCTCAAATCGTTAGCCATTTGAGCGAAAAGTGTGTTGTTTTTCCATCAGGCAAGAGCTTTGTGCTAGCATTTGGCGGCGCTTTGTTCACATATATGGGTTGTGCAGAGGGTACTATGTATTTTGTACCTAGAGCAAAATCAGTTGTTTCAAGAATTGGCACAGCTTGTTTTACAGGATGTGTTGGTGCTTGGGATAAAGTGCAACAAGTGGCAAATCTCTTTACACAGAAAGCACAGCAGCAGTTGAACTTCGTTAATGAATTTGTTGTCAGTGATGTGGTGTTAGCTATTTTAACTGGCACCACATCTACATTGGATGAGTTACGCAGTCTTTTGCAGGGCATTACCTTTGAAAAGATGCGTGATTATTGTGTCAAACATGGTATTAAGGTTACCATGGGAGATTATGTGGATAGTGCTATTAATGTAGGAGGCGCTAGTGTGAGGTCTGCTGCTATTAATGCACCTTTTGTAGTCTTATCAGCACTTGGTGAGTCCTTTAAGAAAATTGCCGCCGTACCGTTTAAAGTTGGCAGTTCATTTTTAAAGACATGGGAGTATTTGTCAGACTGTATTGTCTATAGAGTACTCCCTTATGAGTTGGAAGATGTGTCTGACTTTGTACAGTTGCTGTTTAATTGTGTTGAAATTTCAGCCGCATCAATGTATTTTGCATCGGTTGTTATTAGAGAAAAAGTTAACACGATGTTTAATGCATTACCCTTGTCTGTTCAAACAGCTGCAGATAACATTATTGATGTTTGTTTGCGTGCTACATTATGCACTGTAAAATTTTTAAATGATCTGTTGAGCCTTGTTAAACTGGTGGTTTGTAAGGCTTTTGTGTACACCAATGCGGGATTCATGTCAACGCTGGAGAAAACTTCACCAGCAGCGCAAAAGTTGCTGGATGTTTTGTCTAAGGCATTTAAATTGCTGCATAAGAAAGTTTCATGGGCTGGTTCAAAAGTCCATGCCGTTATTTATGAAGGTAAAGATGCCTTAGTGTTTTCTTCTGGAACATATCATTGTGTAACAGCACCTGGAAGTGTTGTAGGCGCACATCTTGATGCCACAATACCAGGTGAAGTTGTTAAGAAGCAGCTTTCCATGTTGACTGCTACAAATTATTCAACTACTGTTGATGTTAGGCCTAGGACTAGAAGTGTAGAATTGGTTTATGGCCAATTGGAAACAACTAATATGCATAGTCCAGACGTTGTTGTTGGGGATTATGTTATTATTAGTGATAAGGTTTTTGTACGTAGTGAGGAAGATGGACAATTAGCATTCTATCCTATGTGCACAAATGGCAAGGCAGTACCATGTATGTTTACACTTAAGGGTGGTGCACCTATTAAGAAAGTCTCTTTTGGTAATGATGAAGTTCATGAAATTGACTCTGTTAGAACAGTTACAGTTGAGTATAACATACATCCTGTTTTGGATACTCTTCTTAGTAACACAGAACTTAAGACTTTTGTTGTAGATAAAGATCTTACAGTATCAGAATTTGCATTTGTCGTACAAGAGGCTGTTGCTGATCTGTTAGCTAAGCTTCTTCGCGGCATAGCGTTAGATGATTTTGATTTGGAAGATTTTGTAGATACCAAAGTTTATGTTTTTAATTTAGATGGTGATGAAGTTTGGAAATCTACTATGATTTTCTCTGTTCATCCAGTTGATTGTGATGATGAGGAAATAGATGATGCTCTGGAAGAGGACGATTCTTTCAATGAGGAAGAGGAATCAGATTCTTGGGCTGAAATGGTTGATGCTATATTCCCCTTGAGTGATGAAGCAGAGGGTGATGTAGCTGTAGAAGAACAATCTCTAGTTGATGATGCAGGTGTAGTCTCACCGTCTGCGGCGGCGGAAAAAATAGTGCCAATGCATGATGTAAGTGATGACTCTGCTTCAAACAATGAAGAGAGTGTGTGTGCAGATGTTGAGCCGAAAGGAGTTGCACCGCCAGTAGAGGATGTAATTGTAGAGACTAAAGTACCTACAACGCCAATATTGGAAGAAAGTGACAACCCGGTGCTTGCTGAAGCAGACAGTTCACAGCAGTCAGATTGTGTAGAACATTCTGTGGTAGTAGAAACTACAAACACACCAGAGGTTTGTGTTGATGTAGAACATTGTGGGGTTGATCAAATTAGTGAAGAAGTGCCGAAAGGAGCTGCACCGCCTGCCATGGAAGAGGAAAAGCCAAGTCAGGAAGTAAGTGTGAGCCCAGAGCCATCACTTAAAGAGGATAAACCGCACGAGGATTGCCAGCAACAGTTGGCTGATAAAAAACAACTTGTAGAAGTTGTTAGTGATGATCAAATAGATCCTCTTAAAAATTATAAACATAAAGTTTTGAGTGGCAATGTCACTATTGTATTAGCAGATGCTATTAAATTGGCGAAGTGTTTTTCTACTAGTGTGTTGGTGAATGCTGCTAACAGTCATTTAAAACATGCAGGTGGTATAGCACATGCAATTGATAGTGCATCTAAAGGTGCTGTTCAAAGAGAGTCTGATGACTATATTAAGAATAATGGCGCATTACAAGTTGGTGACGCTGTTTTACTTAAAGGGCATGGCTTAGCGAAGCATATTTTGCATGTAGTGGGCCCTGATGCAAGGCAAGGACAGGATGTAACATTGCTTTCTAAATGCTATAAGGCTATGAATGCGCATCCTTTAGTTGTTACACCATTAGTGTCAGCAGGCATTTTTGGTGTTGACCCTAAAGTCTCTTTGCAAATGTTACAGCAGGTTGCAAAGACTAGGTTTCTGGTCTGTGTAAACTCTGCTAATACATATGAAGAGTTAACAAAGGTGGTAATACCACAAGGTCTAACTTTTTCATTTGAGGGCATGAAGAGTGCTGTTAGTAAGGCCAAAGAATACGGATTCACCATGTTCATTTGTGTTGATAATAAACAGAATCTTAAGCTGTTAAAAACATTAGGTGTTAAAGTTGATAAGAAACAGTCCACTGTGAACGGTGTTAGGTATTATTGCTATACTTCTGAAGACACCGTACCTAATTTAGTGGCTGTAGCTAATAAACAAAAAGGTATTGTAGCTTTACCTTTGGGTTATGTTACTCATGGGTTTGATTTAATGCAAGCAGCTGCGATAGTTAAAATGGTAACAGTGCCATATGTGTGTCTGCTTGCTAATAAAGAGCAATTGGCTATACTTCAAGGTCATGTGTTGAAGAGTACGCCATTTGAAGAATTTGTCAGTGGCATCAAGGATAATGGTTATGCACACTGGCAATTAGTGCAAGGTGAAATAATAGTTAATGGTGTTTCATACAGTAAGTTGTTACAATGGTCTGATCAAACTGTTGTGTACAGTTGTAGTAAATTGTTTGTTTTAAAGAATGGCATTTTATTGCCCTTCAAAAGTGTGGAACAGTGTCGTTCATATTTGAATTCTAGAACGACGCAACAGTTAGACATCGAGGTGCTTGTCACTGTTGATGGTGTTAATTTTAGAACTGTTATTCTAAATAATAAGAACACCTTTAGAAGCCAACTGGGTACAGTGTTTCTAGACGGTGTAGATGTGTCTGATACCATACCAAGTGTGGATAAGAATGGTGCCAGTATGTATATTGCAGATAATTTTTCTAAGGAAGAATTAGCTGCAGTTAAAGAAACGTATGGCGTTGAAGATCCAGCGTTTTTATATAAGTATTATTCCATTCGTGCCAAGGTAATAAAATGGAAAATGGCTATGTGTGAGGGTTCACCTTCTCTCTGTCTTAACAG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Protein
MSSATGEGSQGARATYRAALNNEKRHDHVALTVPCCGTGAKVTALSPWFMDGVVAYETVKEMLLKGENLLFAPINLSGFIKFLPGPRVYLVERLTGGTYSEPFIVNQLAFSDEQDGPMMGTTLQGKPIGFFFPFDEELVTGTYTFKLRKNGLGGQLFREVPRFENHDFHGIEGFSQIVEDLQEDPKGKFSNKLYKKLCGGDVTPVDQYMCGFDGSPIKPYLDLANKEGLIKLADVEADVRSRVDKHGFLIFKGTTYRVVWFTERKNVDYSKQTLFTVNCVVQRNGVQDVPAHPFTLGGRVDQLKPHVAKGNLVGLTLKAKILYTMYGEDAVEEPSYIYHSAFVDCGNCNEGKWCTGNAVAGFACECGASYTARDVLLQSSGLVKPNALFCATCPFAEGDRCSSECKHTTPQIVSHLSEKCVVFPSGKSFVLAFGGALFTYMGCAEGTMYFVPRAKSVVSRIGTACFTGCVGAWDKVQQVANLFTQKAQQQLNFVNEFVVSDVVLAILTGTTSTLDELRSLLQGITFEKMRDYCVKHGIKVTMGDYVDSAINVGGASVRSAAINAPFVVLSALGESFKKIAAVPFKVGSSFLKTWEYLSDCIVYRVLPYELEDVSDFVQLLFNCVEISAASMYFASVVIREKVNTMFNALPLSVQTAADNIIDVCLRATLCTVKFLNDLLSLVKLVVCKAFVYTNAGFMSTLEKTSPAAQKLLDVLSKAFKLLHKKVSWAGSKVHAVIYEGKDALVFSSGTYHCVTAPGSVVGAHLDATIPGEVVKKQLSMLTATNYSTTVDVRPRTRSVELVYGQLETTNMHSPDVVVGDYVIISDKVFVRSEEDGQLAFYPMCTNGKAVPCMFTLKGGAPIKKVSFGNDEVHEIDSVRTVTVEYNIHPVLDTLLSNTELKTFVVDKDLTVSEFAFVVQEAVADLLAKLLRGIALDDFDLEDFVDTKVYVFNLDGDEVWKSTMIFSVHPVDCDDEEIDDALEEDDSFNEEEESDSWAEMVDAIFPLSDEAEGDVAVEEQSLVDDAGVVSPSAAAEKIVPMHDVSDDSASNNEESVCADVEPKGVAPPVEDVIVETKVPTTPILEESDNPVLAEADSSQQSDCVEHSVVVETTNTPEVCVDVEHCGVDQISEEVPKGAAPPAMEEEKPSQEVSVSPEPSLKEDKPHEDCQQQLADKKQLVEVVSDDQIDPLKNYKHKVLSGNVTIVLADAIKLAKCFSTSVLVNAANSHLKHAGGIAHAIDSASKGAVQRESDDYIKNNGALQVGDAVLLKGHGLAKHILHVVGPDARQGQDVTLLSKCYKAMNAHPLVVTPLVSAGIFGVDPKVSLQMLQQVAKTRFLVCVNSANTYEELTKVVIPQGLTFSFEGMKSAVSKAKEYGFTMFICVDNKQNLKLLKTLGVKVDKKQSTVNGVRYYCYTSEDTVPNLVAVANKQKGIVALPLGYVTHGFDLMQAAAIVKMVTVPYVCLLANKEQLAILQGHVLKSTPFEEFVSGIKDNGYAHWQLVQGEIIVNGVSYSKLLQWSDQTVVYSCSKLFVLKNGILLPFKSVEQCRSYLNSRTTQQLDIEVLVTVDGVNFRTVILNNKNTFRSQLGTVFLDGVDVSDTIPSVDKNGASMYIADNFSKEELAAVKETYGVEDPAFLYKYYSIRAKVIKWKMAMCEGSPSLCLNSNNCYLNAAVMMLDCLRDVRFNIPALQSAYMKFKGGDFGDFISLLMAYGNCTYGQPDDASMLLHTALSKAELLVSARMVWREWCDHCGVKDVVITGIKACVYVGVQTLNELRECNHYICQCGGVRFRQLVECVTPWLLLSGPPNEELVANPDFVAFNVFIGHATGVGHFVHARVKKGLLYKYDSGTLTKASDWRCKVTDKLYPGQKYTAECEIVVYSLDGNQKAEKQPDLSAYYVKDGKYYTNKPSLEFTPATFASGVVYTNSCFIVKDDDNIGHAFNKLLGFDKNKPASKQLTYSLLPNEEGDVLLAEFKSYDPMYKNGAAYKGKPILWVNNGLYDSKLNKYNRASLRQIFDIQPVETKNRFASLKVEEVDERPTSLVQEETVVSEKSELKIVKCKGLSKPFVKNGFSFISDDKGILTVEYLTKEDMHTLYVNPKSQIIVLKDNWLSGLFQMHTVQSGDLNVIASSGSLTKKVKLLFKTSSMCKEFLSRTFVATKCVNSVVSSTVRKICCNKDIFLKAFSFIKILCFVPLRHFNKQKECINVDVNALSIAGVVTGNVIKQCCSTGFYLFKQKLRRIDWKASLRWLLFMLTTVVMLFSVYHLYVFNAVLTSDVIKEVNTGIKGVYYRISSYLGVTSVCDGFSNNYRNVSFNRDDYCEKFGYVCHWCLMGQDSLTHYSAIQIVQTNLSHYVLSIDWMWFWIELSVAYLMYTPAFNWVLLVCTLQYFFSQTNHIINWRSYNFVMSGVYLLTTYIPLCGLLRVYNVLATLWYLRRFYNHVINGCKDTACMLCYKRNRLTRVEASTVVCGVKRTFYITANGGISFCSRHNWNCVDCDTTGLGHTFICEEVANDLTTSLRRLVKPTDRSHYYVESVEVKNSVVQLNYTRDGQLCYERVPLCNFSNIDKFKFKEVCKSTTGIPEFNFVIYDSTDRGQENLARSACVYYSQVLCKSILLVDSNLMNTVGDSSAIAIRLLDSFINSFASLYNVSRDKLEKLISTAKDCVKRGEDLQSVLKTFIQAARVHANVESDVETASIVDGIQYAHKNDIELVTDSFNNYIPSYVKPDSIATVDLGCLIDLKAASVNPASMRNANGACVWNIDAYLKLSDSLKRQIRVACRKCSLNFKLTTSKLRAQDNILSVKFSVTKFVGGSLNSKLGSFLFKMYAGFTICLVILAILMYCILPTFNMAKVDFNNDRILGYKVLDNGIVRDIGIDDKCFVNKYNTFDAWYQQEFGNSYDNDYNCPVVVAVIAGISGERVPGVPTSLIWAGNQILFFVSRVFATNSNICYTPSMEIAYEKFSDSGCVLAAECTLFKDAVGSMIPYCYDANVLPGAVPYDTMLPHVRYDLYDSNMFIKFPEVIVEGTLRVVKTLKTQYCRLGSCEWSEAGICVSTNGSWMLNNEHYASKPGVYCGSDYLDMVRRSLMFLFQPITYFQLTTSLFMGLCLCLGIVVIFYYVNKFKRAFADYTQCVLIAVMATGLNGLCLCFVASNPFLIVPYSAFYYYSTFYVTNEPAVVMHASWLIMFLPVASVWVVCSYLAAICFRHCFWVLAYFSRKKVDVFTDGKLNCTFQEAAANIFVVNRDTYVALRNAISQDAYNKYLGMFNKYKYFSGVMDTAAYREASAAHLAKALQVFSENGSDLLYQPPNCSLASSVLQSGLVKMAHPSGAVEQCIVQVTCGSMTLNGLWLDNIVYCPRHVMCPQDQLVDPNYDALLNSMTNHSFTIQRHGRSTANLRCTGHAMHGTLLKLTVDSANPETPAYTFTTIKQGSSFSVLACYNGRPSGTYTVVMRPNSTIKGSFLCGSCGSVGYVKEGNVINFCYMHQMELANGTHTGSSFDGKMYGNFQDRQIYQAQLSDKHCTINVVAWLYAAVLNGCNWFVKPNKTGVAAFNEWALSNQFTEFVSTQALELLAVKTGVQIEQLLYSIQQLNNGFQGNVILGSTMLEDEYTPEDVNMQMMGVVMQSSVRKITYGFTHWLLATCVLTYVVILQLTKFTIWNYLFNVIPLQLTPIMFVVLALAMLCVKHKHAFLTTFLLPGALCLTYANLVYEPNTPVSSFLITFVNWLNPDGTYMRTTHMDLGVYVSLCLALLVAVRRLYKPSVTNCAFALTSLVMWFYSYSIGDASSPIVYLQFVTAATSDYMVTVFLAVNVAKCFAYLTSMYFTTLSVVVPEVKIVLLMYICIGFICTMYFGVFSFLNLKMRAPMGVYSYEVSTQEFRYMNANGLRAPRNSWDAMVLNFKLLGVGGVPCIKIASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWSHCVKLHNDILSATDPSEAFDKFVALLATLMSFSGSVDLDALASELLDNPSVLQSTLTEFSHLASYAELETAQKSYQEAIAAGDASPQMLKALQKAVNVAKNTYEKDKAIARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCVPLSIIPLCASNKLRVVIPDMQIWKQVVTYPVLSYAGALWDITLINNVDGEVVRPSDVVDTNESLTWPLLLECTRAVASAVKLQNNEIKPTGLKTMVVSAGQEQNSCTVKSVAYYEPVQGRKMLMGILSEDAHLKWARVEGQDGFITIELQPPCKFLIAGSKGPEVRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVRLQAGSNTEYASNSSVLSLVNFAVDPARAYTDYVNAGGTPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNLDQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGKFVQIPAQCTRDPVGFCLANVQCNVCQYWVGYGCNCDSLRENTMLHSKDTNFLNRVRGSIVDARIEPCASGLATDVVYRAFDICNYKARVAGIGKHYKTNTCRFVELDDQGHKLDSYFVVKRHTLENYELERHCYDLLKACDSVAAHDFFVFDVDKTKTPHIVRQRLTEYTMMDLVYALRHFDQNNCEVLKTILVRYGCCEESYFDNKLWFDFVENPDVIRVYHKLGELVRRAMLSTVKFCDHMVKSGLVGVLTLDNQDLNGKWYDFGDFVVTQPGAGVAVVDSYYSYLMPVLSMTDALAAETHKDCELSKPLIEWSLLDYDFTDYKLCLFEKYFKHWDQPYHPNCVNCVDDRCILHCANFNVLFSMTLPKTCFGPLVRKVYVDGVPFVVSCGYHYKELGLVMNMDVNMHSHRLSLKELMMYAADPAMHVASSNALLDLRTSCFSVAALATGLTFQTVRPGNFNQDFYDFVVSKGFFKEGSSVTLKHFFYAQDGHAAITDYNYYSYNLPTMCDIKQLLFCLEVVNKYFDIYDGGCLNASEVIVNNLDKSAGYPFNKFGKARVYYESMSYQEQDELFALTKRNVVPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSILSTMTNRQYHQKMLKSMAATRGATCVIGTTKFYGGWDFMLKTLYKDVDNPELMGWDYPKCDRAMPNMCRIFASLVLARKHSTCCTNSDRFYRLANECAQVLSEYVLCGGGYYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNILQAVTSNVGALMGANGNKIIDKEVKDMQFELYVNIYRNSKPDFKFVDKYYAFLNRHFSMMILSDDGVVCYNKDYAARGYIAGIQNFKETLYYQNNVFLSEAKCWVEPDIDKGPHEFCSQHTLLIKEGEDHYFLPYPDPSRILSAGCFVDDIIKTDGTLMVERFVSLAIDAYPLTKHDNIEYQNVFWVYLQYIEKLYKDLTGHMLDTYSVMLCGDNSSKFWEEQFYKDLYSAPTTLQAVGSCVVCHSQTSLRCGTCIRRPFLCCKCCYDHVIATPHKMVLSVSPYVCNAPGCDVSDVTKLYLGGMSYFCVNHKPICSFPLCANGLVFGLYKNMCTGSASIAEFNRLATCDWSESGDYTLANTTTEPLKLFAAETLRATEEASKQSYAIATIKEIVGERELILVWEAGKSKPPLNRNYVFTGYHITKNSKVQLGEYVFERVDYSETVTYKSSTTYKLSIGDIFVLTSHSVATLTAPTVVNQEKYVKIVGLYPTLTVPTEFSTHVVNFQKVGYNKFVTVQGPPGTGKSHFAVGLAIYYPTARIIFTACSHAAVDALCEKAFKYLNIAKCSRIIPAKARVECYDRFKVNETTSQYVFSTINALPETTADILVVDEVSMCTNYDLSIINARVKAKHIVYVGDPAQLPAPRTLLTRGTLEPENFNSVTRFMCNLGPDIFLSTCYRCPKEIVTTVSALVYNNKLLSKKEQSGQCFKLLYKGCVTHDASSAINRPQLVFVKNFIAANPAWSKAVFISPYNSQNAVARSMLGLNTQTVDSSQGSEYPYVIFCQTADTAHANNINRFNVAVTRAQKGILCVMTSQALFDSLQFSELSVNNYKLQSQIVTGLYKDCSREMSGLSPAYAPTYMSVDEKFKTNDELCVNLNIPANVSYSRVISRMGFKLDASIPNYPKLFITKEEAIRQVRSWIGFDVEGAHASRNACGTNVPLQLGFSTGVNFVVQPVGVVDTDWGNMLTNISAKPPPGEQFKHLVPLMHKGAAWPVVRRRIVQMVSDTLDKLSDHCTFVCWAHGFELTSASYFCKIGKEQKCCMCNRRAGAYSSPLHSYACWAHSSGYDYVYNPFFVDVQQWGYVGNLATNHDRYCTLHQGAHVASNDAIMTRCLAVHSCFIERVDWDIEYPYISHEKQLNSFCRIVERNVVRAALLAGGFNHVYDIGNPKGIPIVEDPVVDWHYYDAQPLRKNVKQLFYTEAMASDFSDGLCLFWNCNVPLYPNNAIVCRFDTRVHSEFNLPGCNGGSLYVNKHAFHTPAYDVSAFRNLKPMPFFYYSTTPCEVHGTGSMLEDIDYVPLKSAVCVTACNLGGAVCRKHAIEYREYVEAYNLVSAAGFRLWCYKTFDIYNLWSTFSRVQGLENIAFNVVKHGHFKGVEGELPVAVVNDKIFTKSGVNDVCVFENKTNLPTNVAFELYAKRAVRSHPDFKLLKNLQADVCYKHVLWDYDRSNIYGTATIGVCKYTDIDINASLNICFDIRDQGSLEKFLTLQNGILISDRKIKNYPCVVGPDYAYFNGAIIRDSETIKQPVKFYIYKKLNGEFLQFSDSIYTQGRSCSDFEPCTQMEKDFLSMESNVFIKKYNLEDYAFEHVVYGDFSHTTLGGLHLLIGLYKKSLEGHIIMEEMLKESATIHNYFITETNTASFKAVCSVIDLTLDDFVQILKSLDLGVVSKVVKISIDLTFVEFMLWCREGQVKTFYPRLQASNDWKPGLAMPSLFKVQNVNLEPCQLVNYGQSISMPRGVHMNIAKYMQLAQYLNTCTIAVPANMRVMHFGAGSDKGVSPGTSVLRQWLPSDAVLIDNDINNFVSDADITLFGDCATVRIGQQVDLVISDMYDPSTKNVRESNESKALFFTYLCNFINRNLALGGSVAIKITEHSWSAELYELMGKFAWWTVFCTNANASSSEGFLIGVNYLGTFKEVIDGSAMHANYIFWRNSTPMNLSTYSLFDLSKFCLKLKGTPILQLKESQINELVVSLLSQGKLLIRDNDTLSVSTDVLVNVYKSNPKRGNMYIC

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF16251   NAR
PF06478   Corona_RPol_N
PF09401   NSP10
PF06460   NSP16
PF08715   Viral_protease
PF13087   AAA_12
PF11633   SUD-M
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
Interpro
IPR036499   NSP9_sf
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014827   Viral_protease
IPR002589   Macro_dom
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR042515   Nsp15_N
IPR014829   NSP8
IPR024375   Nsp3_coronavir
IPR042570   NAR_sf
IPR038400   Nsp3_coronavir_sf
IPR009466   NSP11
IPR038083   R1a/1ab
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037227   EndoU-like
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR036333   NSP10_sf
IPR014828   NSP7
IPR032592   NAR_dom
IPR027352   CV_ZBD
IPR037204   NSP7_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
SUPFAM
SSF159936   SSF159936
SSF144246   SSF144246
SSF52540   SSF52540
SSF50494   SSF50494
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335
SSF101816   SSF101816
SSF143076   SSF143076
SSF140367   SSF140367
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1440     Identity=71.72%     Cov(Q)=12.99%     Cov(P)=97.38%

Ontologies

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7159
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
353.488909999998
Exp number, first 60 AAs:
0.06086
Total prob of N-in:
0.01836
outside
1  -  2248
TMhelix
2249  -  2271
inside
2272  -  2369
TMhelix
2370  -  2392
outside
2393  -  2406
TMhelix
2407  -  2429
inside
2430  -  2826
TMhelix
2827  -  2849
outside
2850  -  3098
TMhelix
3099  -  3121
inside
3122  -  3141
TMhelix
3142  -  3164
outside
3165  -  3183
TMhelix
3184  -  3206
inside
3207  -  3633
TMhelix
3634  -  3651
outside
3652  -  3660
TMhelix
3661  -  3683
inside
3684  -  3689
TMhelix
3690  -  3709
outside
3710  -  3735
TMhelix
3736  -  3755
inside
3756  -  3761
TMhelix
3762  -  3782
outside
3783  -  3801
TMhelix
3802  -  3824
inside
3825  -  3835
TMhelix
3836  -  3858
outside
3859  -  7159
 
 
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