Strain
Porcine_NC_022787
(Region: China; Strain: Porcine torovirus strain SH1, complete genome.; Date: 2010)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,
polyprotein 1ab
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCCAAGATCTCAAAAAAGCCCACCAGCGAAACCGAGCCGCTTTTGTGCTCAAGTATCTTGGACCTAACTTCCAGGTCCCAGTTTTTGGACCAGTGTTTAGGTACACCACAAAACCTGGTATCACTTTCAAAGATGGATCCATCTATCTCGGTGTCACCGACTTTGGGACTCAAGTCCACATCAACCCCCTACAGCTCTTTACAAAGTTTGCAATTACTTGTCCTGAACACCTCATCCACCCAGTTCAAATGGACTACCGGGTCTATCTCGAAACTGAAGGCTCAGTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTGCCTTTGAACGATATTACCCCAGGAAGCAATTATGTGGAACTATCGTTAATGATCCCTTCACTTTTGACTGGGCAGGAAATATCCACAACTACTACTTCACCAGAAATGTACTCAGATACGGTACAAAATTGTATCAAGTTAATGGAAACAAACTTATTGAAAGGTGTTCAGGCATTGAGAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAATGCCAATTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTGCTGAACGCGATGAGGATGTCATCTGTTGCGACTTTGAGTCCCTTGACATTAGAGAGTACCCGGCTCTTGCTGAAACTAAGCCATTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGTTACACCTCAATGATTAAGGGGTTTGCAGATTGTTCTAGACGTGATGAAAAGTGTCTTAAGCGTCGCTTAACAAAGGAACAAAAGAGTCAGGAGGAAGGTAGCTTTGATGCTGGTAGGGTTATCACATTAGGGGGAAGGATGTACCGTTATGAGGTTATAGTCTTGAAATGCAGTGATGAGAATGATGATTTCACTGGTTATGATGACCCAATAGAACAGTTAGAATACGACCTTGAGACTGTGCCACATTGCTGGAAAGAACTTGTTGAAGGTAAGTGTCTTACCCGTGCTAAGGCAACTTGGGATCTTACAGAAGATCTTGATGTTGAGTTAGACCGTATACATATTGAGGAAGTCAAAAGTCTTCAGCGTTCAGGTGCTAGTTGGGATTTATCTAGTGTTGGTGTTGATAGTCAAGATTTAGAGGAAAGAGTCTTTTCACGTGTTTGGTTAAAACAATCTTCCAAGTACTTTGGTACAAAATTACAACAAGTGTCAGAGCTTTTTAAGAGTGAGGGTTTGGCAGAACTTGTATCAACAATGAATGGTATAAATTCAGTTAGGGTTGGTGATAAGTGGTTAAATTTTAGAGATCAAGGCAAATCATGTGTGTTTTTTGTTTATACCAATGATAACGTCTATTTGGCCACAACACGTCAAAGAGTTAGTTGTGATTACATTATTACCAAATTTAAGAGTGTTAAGTGGATTGGTAATAAACCTGATAAGTGTAAAATTACCAAAGTGTTAGCATGGTTGATTTCTGTTAATAGAGTTAAGAATAGCACCAGAGTAATTACACCAATGTTGTGTAAACAGGGTAAAATTAGTCATAAGGAGGTTGATTATTTAGATATGAGTGTTTTAGATAAATATGCAAGTTGTGCTTTTGGACCTACATGTGTACAGAAAGTTAAAAAGTTTTTATTAAGTTATTATAAGTGTGATAGTGATTTTGATTTATTAGATAATTTTTTGACACCTGTTAAATGTGGTAAAAAGAAAATGGTTTTTGAGAAGTGTTCTTGTAAAAATCACCAGTTTTATGTGGCACAGTTTGACAACCATGTTGTTTTGGGTTTGGGACGACCTAATGGCATTTTGTATCCTGAAGAAGTACCAGCTTATGCAAGAGTTTATGCCGTTGGGTTTGCCAATGATAAGCATGGTGTGGAGATTCACTACTATTCTGAGATGGATAACAACCAACTACCACAAGAATACTGCTTTGTTGCCCATGACCAACACCATCAACAGGGGGGTGAAGGTGACTATGTAAACTTTCACCCTGATGATTTTGAGGACGGTCCATTTCCTAACCTTGATTTTGATATTGATTATGATGACTTAATTTGGCCTGATGCACCAATTCCTGTACCTTCACCATATGGTTACCATCAGGGGCAACGTTTGAGAGATCTTTGTGTGGCAGATGGTGGTTTTGGTTGTGACTGCCCACGTTGTGATGGTAGTTATATTTACCACCCAGTTAGACCTCGTCATTATGAATCTTTTGAAGAAGTGGGTCCATTTTTTAAAATGTGTGAATTTAGGTTTACTTTTTCAGGCCAAATTTATAACCAGTTTTATGGGTTGGGGCCAAAAGTTCGTTTACAGGATCTGGTAAAAGCAGGTAACAAGTTGTTACAGCTGTTAATAAGGGGTCAGTTAGAAGAATTAGATTTACCATCTGAAATTTTGAATTGTTTAACATATTTGAAATTGGGTTTGAATATTCATCCATTTGTTTGGCCAGCCCCATTTTTTACTAGTAGTGGTGAGTGGGTTGATATTTTTGATGGTAATGATTTTGCGTTTGGTATAGATTTTAATAAGACAATTGGTATGATAGAGAGTGTGCAGTTTTTATGTGAAAACTTTCTTTCATTAAGTTGCCCATTGGAGAAGTTGTACCAGGATTTACATACTGATGAGGAAGTTAAACAAATGTTTTGGTCAACAACCCACATGAAATATATATATTTGGCATTAATACATAGTGAAAGGTCTTTTAAGGCTATTTTGAATAATACACAATTAAATAATTCTCAATTGGCAAAATTAATTACAATTGGAACTTTAGATGCCCCAATAGTTTCACCTTGTGCGTGTGAGGGTAATTGTGACCATGCTAAACCATATAATTGGACTGGTATATTAAATAAGGTATCTAAATATGCCACATTAAAGCAGTTGATTGGTTTGTCCTACCATGATAAAAGGTTATTGGTTTTAAAAATGACACAACGTTATTTTCAAATAGAAGAAGGATTATTTCAACCAGTTCAATTGTTAATGGCTCCATTTTATAGTTTTAATGACAATGTTGAACCAGATGAACAACCACTAACTGGGATGTTCCATCAAAACGTAATGCAAATGTTTGACACTTGTGTGATGCCTGATGTTATTACTAAACTGAAAAGAACTAGGGCTTCAGCTAATGACCTTTTTTGTATTTTGGCTGATTACTTTAGACGATCATTTGCTTACCGTTATTACCGTGTTGCCGAATTTTCAGATCTTGAAAAGACTCAAGTTTTTACAGATTTAACATCAGCATTGTCTGGTGGAACAAGTAAAATTGGTGCCTATGCTGTGTGTAGAATGGTGGAACCTAGAAGTGTAGCTACAACTTGTGAAAAGTCCATGTTCCCACCTGAAGTTGTACGAGCCATACGGGGTTATTTACCAGTTAGTTTTAATACAGGTGTTATGAATTATATAGATGAAAATTGTGATTTTGATTATTGTAATTTAGAGTTTTGTATTAGTGGTAAAGGTTTAACTAAGTTGAGTCAGAGTGGTTTAATAGAGTGTAAGACTAATTTATTTGTTGTTAGATTTAATACTGTACCTTTATTGTATGTAACCAGTAAACCTATATGCTTGAGTGAGTTTAGTTTAGAAGCTTCAGTGTCCTTGTTAGGTGATTTTAATGTGAATGTAGATATTGTTCCAGGTGCTACACTTTTTGGCTTATACTTTACTAATGGAAAGGCATGTCAAGATGTTTGGGAGACATTACCACGATTTGGACTTGGTTGTTTGTCAACTCCAAAGTTACATCCTAAATTTAAGCCATTTGATAATTTAGCTGAAGTTTGTTTTTTCAAACAAAAGGTTAAACTTGTTTCACTTGTTAATAATTTTACACCAGTTGAAATAGTTAAGCCAGAAGTTCCAAAAACTGTTATAGTGGATTTACTACCATATTATGGCTCAGTTGGGTTCCAAGGTTTTGTTGCACCTAAGTGTGTTCTACCTGGAACTTTAGCAACTCATTATTGTAAGTTGAATAATCAATTGGATAAGTGTGTTCAGGTTACAAAGTTGGCTGTTGCTCATGCATTTTATTTTAAACCCTCAAACATGGGTTCATTATTTCATTTAGATCCAATGTATGGTAAAAGCTATGGTAAACCAGCTGTAGTTCAATTTGAGCCTGTGGGACTTATAAAGGAGGTAAATGTACTTGTTTACCAATTTCGTGAACATGTTGCAATACATTACTTTCCTGAATGCCCCACCTATGTAGCTGATGGTCATTACCCAAGTAAGTTTGTTGGAATATGGCTGGGCTACTTACCATCTGTAGAGGAGTGTAAAATTGCACAACATAATCGGTCAGTTTATGTGCCTGCCTGCTTCAGACTTTCACGGACTGGTGGTTACCACATTCAGCAGAATGAAGATTTTGAAAGGAGTAGTATAACTGTGACTTACCGTTATGCTAAGAATTTTGAGACGAAATCTTTGACACCTATGTTTCAAATGTTTAGTAAAATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGAAATAATGTGTGCATTAAATTCTCTAACACCTGAAGCAAGTAAAGTTTTAACTCTTTTTTGCAACGAATTTGACCCAGCATACACAGTACAAACTTTGTCTGATGAGGTTGCATTTGAAACATCTGCCAGTCCCGAGTTAGTGGCATGTGCTTTAGCTTATATTATTGGTTATGAACTTTGTTTAACCGTAAAAACTGGTGGAAGTTGTGAAAGTTTAGACATTGGTTCAAGTTTGGAACAAGTTTATATTGATTATGATACATGTGAAAATAGTTGGAAGTTATCAACAGATTTGCAGGATGATGATTCTGAGGATTTGGACCTACCATTTGATCAATACCATGAATTTAAGCTTGGTAAAGCATCAGTTGTTTTAGTTAAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTAAAGAATGAACAAGGTATAGATTATGTTGTAAACCCAGCTAATAGCCAGCTTAAACATGGAGGAGGCATTGCTAAAATTATATCCTGTATGTGTGGTCCTAAATT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Protein
MSKISKKPTSETEPLLCSSILDLTSRSQFLDQCLGTPQNLVSLSKMDPSISVSPTLGLKSTSTPYSSLQSLQLLVLNTSSTQFKWTTGSISKLKAQLERELCRGLVPLNDITPGSNYVELSLMIPSLLTGQEISTTTTSPEMYSDTVQNCIKLMETNLLKGVQALRDQTSCQEYFLNANYQSLIPPQLLLNAMRMSSVATLSPLTLESTRLLLKLSHFHGGTSVSYTSMIKGFADCSRRDEKCLKRRLTKEQKSQEEGSFDAGRVITLGGRMYRYEVIVLKCSDENDDFTGYDDPIEQLEYDLETVPHCWKELVEGKCLTRAKATWDLTEDLDVELDRIHIEEVKSLQRSGASWDLSSVGVDSQDLEERVFSRVWLKQSSKYFGTKLQQVSELFKSEGLAELVSTMNGINSVRVGDKWLNFRDQGKSCVFFVYTNDNVYLATTRQRVSCDYIITKFKSVKWIGNKPDKCKITKVLAWLISVNRVKNSTRVITPMLCKQGKISHKEVDYLDMSVLDKYASCAFGPTCVQKVKKFLLSYYKCDSDFDLLDNFLTPVKCGKKKMVFEKCSCKNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPNGILYPEEVPAYARVYAVGFANDKHGVEIHYYSEMDNNQLPQEYCFVAHDQHHQQGGEGDYVNFHPDDFEDGPFPNLDFDIDYDDLIWPDAPIPVPSPYGYHQGQRLRDLCVADGGFGCDCPRCDGSYIYHPVRPRHYESFEEVGPFFKMCEFRFTFSGQIYNQFYGLGPKVRLQDLVKAGNKLLQLLIRGQLEELDLPSEILNCLTYLKLGLNIHPFVWPAPFFTSSGEWVDIFDGNDFAFGIDFNKTIGMIESVQFLCENFLSLSCPLEKLYQDLHTDEEVKQMFWSTTHMKYIYLALIHSERSFKAILNNTQLNNSQLAKLITIGTLDAPIVSPCACEGNCDHAKPYNWTGILNKVSKYATLKQLIGLSYHDKRLLVLKMTQRYFQIEEGLFQPVQLLMAPFYSFNDNVEPDEQPLTGMFHQNVMQMFDTCVMPDVITKLKRTRASANDLFCILADYFRRSFAYRYYRVAEFSDLEKTQVFTDLTSALSGGTSKIGAYAVCRMVEPRSVATTCEKSMFPPEVVRAIRGYLPVSFNTGVMNYIDENCDFDYCNLEFCISGKGLTKLSQSGLIECKTNLFVVRFNTVPLLYVTSKPICLSEFSLEASVSLLGDFNVNVDIVPGATLFGLYFTNGKACQDVWETLPRFGLGCLSTPKLHPKFKPFDNLAEVCFFKQKVKLVSLVNNFTPVEIVKPEVPKTVIVDLLPYYGSVGFQGFVAPKCVLPGTLATHYCKLNNQLDKCVQVTKLAVAHAFYFKPSNMGSLFHLDPMYGKSYGKPAVVQFEPVGLIKEVNVLVYQFREHVAIHYFPECPTYVADGHYPSKFVGIWLGYLPSVEECKIAQHNRSVYVPACFRLSRTGGYHIQQNEDFERSSITVTYRYAKNFETKSLTPMFQMFSKIFGKSKQEIMCALNSLTPEASKVLTLFCNEFDPAYTVQTLSDEVAFETSASPELVACALAYIIGYELCLTVKTGGSCESLDIGSSLEQVYIDYDTCENSWKLSTDLQDDDSEDLDLPFDQYHEFKLGKASVVLVKDDFKSVYDFLKNEQGIDYVVNPANSQLKHGGGIAKIISCMCGPKLTNWSNGYIKQHKKLDVTCAVRSPGFQLGKNVQVIHVVGPKNGDVDVQGKLNSSWRSVFQNIKADSTVLTSMLSTGIFGCSVVSSVSTLLDNLLFLEKDVVVFVVTNDLNQYKEALSVIEGYQDFHGIPNFGNTCWFNAIYQLLKSFATKEQLVQDLVNCFDDFYDCPTKQCVEWVCEQLGVKFGEQHDAVEMLCKIFDVFKCDVRVGYDCLSRLQHVQLGTCKNIPAEAVLMFSGQDKSGHWTAARKLNGEWFVFDDKLVIKKDPDWSKVVLVLRDRGLYRASDFETPRPRRRRVAHRVPRDTLSQDAIVFTEEKRFASGTVLVDTCLESVESFDLEGSHVSFVESVDDCFSDCDQVSSVKSVQDDLEQSCDDKTDIEDEKIVVVEDVSEDVTEESPLQQPTQQQNVVNDVDFEQVQQQNELEVLPSIFISDFKLSFEKRLEPIVKQDNFEDIELQDMANIEQSMPCKAMNWKDVFFQQYIGFKSDFVSLANVSKFQVVLYALSLWLFLVYCFADFSLLGKFCLYVVLLWFSHVLVTARKVDLSVISLGSESYVLRVLSSVKVPNFIVVNCDGIQWLILKLLYYSFYFYDFVVKVVVIIFQMPQLRCFTWPLLRLGFVDTFLSHHILAFSNKQVSQSCLPVYGDDRRYIYVPSWCKESFNTLLQRAKQLTAMGYSKTLDNWYYQCCSKTTKPSSCFNVRDFVFDDDCSSHKQYGFLSSLFVYIVFYTGFVTFWLPLLFFYCALFMCTFKNLPVDTTKPIKWTVLQQVVDDLVSIITKPLFGRPACPPLSAYLTATTAEEAVRSSRSLFGRFCTPVGFQQPIMNVVNGVSVSSLGFINPLMWPLFVVVLLDNRFVWFFNVLSYIMLPIFVVVLFYFYLRKICGCVNIKGVTKNCTKHFQNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQEHWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMYIKNYYNLATAPTADTTWCDYVKTTPTMTWANFKFSLFKPNETVMCGPSSHADAMLLSWYAFLHGVRFTLNPSVIDIPTPVQPIYVSSDSDDSLDRVCDVNLRPTKSKGKFKKQSIAYFSSGPVDLWYYVTLVISLGAIFVFMYSCLMVGQYVVMPKDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHANPPVLRNSDGMVLATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVDENECTPPFGAARLSHEFTCNDFTYVLPAHLRVLNRYIMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNVVECLPTFEIVSPYVFVVIVAIFTILFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTIMVLFVVCLPPLVPGVIFVLALWLCDSVVFLLYLAILSLFILPWFYVMVFILMVGGFSFWWMMKSSDVVHLTPDGLAFNGTFEQISKCVFPLNPLIVNRLLLDCQMSHADLVEKSKLKTTEGKLATEMMKVFMTGDTAYYQPSNFSFQSVFSKVTSPFTIHAKPPMPMFRLYVHFNGQCVGTTCTGTGFAIDDVTIVTARHLFERDDLKPTHLSVELAGKSFWCTWKEPRVESWKFEGENAYILVENLRDFYGQDFKYLPFSKIEDDFYKRMEPATIYSIKYGSEFATQAWQAVNGHFVCSNTEGGDSGAPLVWHDTIIGVHQGICDSFKTTLVSDNSGKMMTEVKGHHVDPPIYYKPVIISAAYNKFVADSDVNVGECTNYHNFGDDDFLPMHDELEKVSFGDKMRRYCQGLPKYLEPLHYFHVPSFWQPFKKQSISTNVSWVVENLHFIFSLYFLVCDFVAYWWLDDPFSVVLPLFFIVQLLSTVVLKNVLFWNTSYLVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGFFSDQIVNRIGLILVVSVMCLFVVVRVVVNVKRAIFVVIVSILLICVNVMVGVVQFSSFVTLVMFDLYAVFTALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRFFRDYRFVKVLHNFCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKEIYYGVQDVKYEVFSPQAGTYNVKFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFSIVQDKHSQRLVLYSKNVEFLRAQIQQQRALGANPFIITTLTAKDIAIDNVEVHNPSQFKPEDMQAHMWFYSKSPVFFGQVPMPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQNAALTLSLFDECRQFLENEIGDVPAIMWQSDDVADVKQLEAQIEKLRVVLDGMRLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLARFLEKVDQQQAITNETQKQLSAFKNLVKQVYESYMASLKVKIVESNDASCLLTSTELPRKLVLMRPVTGIDDIKIVEKANGCEITAFGTTYTTGPGSNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGVFKQQANIGYKTVECNMSSTNGTVLYKGKIVAVPSDDEPDFIVCGKGYKLDCGVNVLLIPSIVRYITINLTDQLQKQSLKPRRRLRYQGVRLGGVNLGEHQAFSNELVSTVGFTTWVSSTICSDKSHKHPWFVQVPINEKDPEWFIHNTLLKDNQWVLDVKPTHWMVNADTDEQLFALSLSDDDYIKAESILSKWSPITQDVECWFKDLKGYYIVSGLQPLWPVCPKKICNLKIVPIYQPQSVRYADQPTHFFSMPVVHKNFLNAFYELQEGFPGKKQVAPHVSLTMLSLTDEEVIKVENILDELELPTTYITITNPHMMGRHYVCEVEGLQSLHDEVVSVLRQHGIACDQSRLWKPHLTIGEVVDGSNFSDFGDFAMTCKVEDLDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGDFKLLRDVWSACRHLCFQNGAYQSSRSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEFVGKRYMIKRVKDQHEFALSRTSFLPSIIPHHMVSYNNEWFLVRGPTTQWSLGDLVYAIWLGDQDYLAECGFVFNPSRDEFFEDAKQRSHLAFLLEPAILSFCDIFSYIKKFGLPYKLTLDNMDLCGNLYDFGDYPCPNVVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPPKFAQVLACEMQVPDDFQLHFQNTLLSGKYFDKAMCLNNVRPFLQDPANLTTTPFFSQHSGVWSHFYNPIYGLVEVDLDEFSNLPEVLQQLITVQDPIANNMLPAISIGDGVFSANVPPVLPAKQKVPLYDVGLCQDLTDAGIDCGEAFNYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTECYQTNERFTYEQAKPRKSSMGVNISGYQQDAVYRALGPENIMKLFEYAQKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFIASTIFRFAHKPVTSKMVEAAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGSIEQFDVFGSDYTKCDRTFPLSFRALTAALLYELGGWEEESWLYLNEVNSYMLDTMICDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLTESNRVMRVTAHNAYTTGNYDVFNTLLEEQFQTNYFLNFLSDDSFIFSEPGALKIFTCENFSNKLQTILHTKVDQTKSWSASGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCEAAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRRDYCCDPCPPQLLDRSFYENLVFTSNTEVGVVDCYLENFKLQCEFEQQSSLDKVCFCCPNPAVSVCCECYVPLPLCAYCYYVHVIISGHSKIEDKFRCPCGNDDIRDLFIVLNDSICIYQCKNCVGSDRLRLSLLSDSDQIVRLPGFRANSASIAKNGVAQLLTSVDNVDISLDWNHQETVLQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVNFNLIRNDGSSAVLDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGSLKFTGKGTLTSCYDNKNLTWFKATCPDFSQPWRQATCFVIQQHDAVYPPLKSTQYDNVTFVMGPPGTGKTTFVYNNYLSKASPSNRFVYCAPTHRLVGDMDEKVDGAVVVSAYNDRTYRNPIWKKDDSYDILLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMVKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILSAFSKPYCDVGVDLVSFNSKPGKFDIIVSKQLANLQDFSVLSVLAKDYPGYTILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCPELYKHFQPIFNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIIPEVSSLVFCDIEFWHYKADPNLKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDTGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSYEQHAYNMQRLFKFIIDTTCGQPCFILYSCSNDLKSLKFYVEFDTNYFCDCGDLAICLMRDGLYKCRNCFDNMLVSKLVNCKYLDVQKERVKLQDAHDAICQQFHGDSHEALCDAVMTKCLYLTSYQAAFKDTLHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGAMYYFRTPRSPMQNVYKYEVGAHAEYCINICNSYEGCQSFGKTCTKCIHIHCVVEQFLADDRFKDFILVSVVKSDYIEQSLSPAARALMLTVTRVEGKNFYTLNGQRYDLYDYDLSQSVMRVVGASVKPLPLYSVVVGLGINCTVGCVLPNVPMKLKDDLLVTDVPLSTVKLDLPTWYYITWPTLSNKTSRWKFAGAQVYDCSVHIYVEATGEQPLYYLQLGNGDNLRELPDTLFSTGRLYNLEHDPSLNFNVHQLPVETIPKNKHVFAGDFTEVGTDIGGVHHVVALNGYKGTIIPNYVKPIGTGLINVGKAVKRTTLVDVCANQLYEKVKQQLVDVKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFAKSDDDIQTFYPQKDFIRSYYEWPQILPALESHYDLKNYGQDPLFMPQPVNFSKYTQICTFIQDHVKVARNSLIWHLGAAGVDGCSPGDIVLSSFFKDCLVYSWDIKDYDTLLEKHSYDCKFRPNLIVSDIYNVSSNVTEVLEDCVNRLALGGTIVFKTTESSRPDIQLSEISKYFAGIQFFSTGVNTSSSEVFVVLKYKLFSEPLGEELCSPNILRRIAAYRNKLCIVPNFKIFSTSLSYKFSGVKFVQKCFYCSVPRQFCASGLVQEVPMLCQMNH
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR014829 NSP8
IPR014827 Viral_protease
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR042515 Nsp15_N
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR017896 4Fe4S_Fe-S-bd
IPR036499 NSP9_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR027352 CV_ZBD
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR037227 EndoU-like
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=8e-25 Score= 115 Identity=23.68%
Cov(Q)=7.37% Cov(P)=51.73%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6705
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
382.286379999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00011
Total prob of N-in:
0.00020
outside
1 - 2164
TMhelix
2165 - 2187
inside
2188 - 2247
TMhelix
2248 - 2270
outside
2271 - 2385
TMhelix
2386 - 2408
inside
2409 - 2493
TMhelix
2494 - 2516
outside
2517 - 2520
TMhelix
2521 - 2543
inside
2544 - 2738
TMhelix
2739 - 2761
outside
2762 - 2914
TMhelix
2915 - 2937
inside
2938 - 2943
TMhelix
2944 - 2966
outside
2967 - 2969
TMhelix
2970 - 2992
inside
2993 - 2996
TMhelix
2997 - 3019
outside
3020 - 3419
TMhelix
3420 - 3442
inside
3443 - 3448
TMhelix
3449 - 3471
outside
3472 - 3483
TMhelix
3484 - 3506
inside
3507 - 3512
TMhelix
3513 - 3535
outside
3536 - 3544
TMhelix
3545 - 3567
inside
3568 - 3571
TMhelix
3572 - 3587
outside
3588 - 6705
