Strain
Mink_NC_023760
(Region: USA: Wisconsin; Strain: Mink coronavirus strain WD1127, complete genome.; Date: 1-Jan-98)
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGGATCCAAGCACTTTAAAATCCTTGTTGTTGAGGATTCAGAAATTACCGCACATGGCTACAAATCCTACAACGATTGTAGCAATGCTTTAAAGCTTTGCTGGCATGTAGGATTTGATGGCTATGTTTTTGTACCTGAATACTCTAGAGACCTGCTTACTGGTTGTCGTGAACAGGAGTACGTTTTTGGTGTGTTCGGTGCTAATGATAATGTCATCAAACCCTGTTTCTTGGACGTGCAAACTGCCAATTTACAGGGTTTTATTGTACGTAGTAGTGCTATTGGTGTTGAAGAAGATTTCTATCTTCGTATCAACAATATCGGTGGCACTGTTGTTTACGTAGATCAATTCCTCTGTGGCGCTGATGGTAAGCCTGTCCGCCAAGGCGAGATGAAAGACTACTTCGGTGATCTAGAGGATATTGTTATTGATGACATTACTTACAAGCATGCCTGGGAAGTCGCACGTGATATGGACGTTCCCCATGCTAAACAGACTGCTCTTAATGTTCAGTCTATAATATATCTTATGGATGTAGACCATAAGATTGTTAATGGCGCCACTCGTCAACGTGCTGCGCCTGTGAAGATTAGTTCCAAGGTTTGTTTGACTGAGCCATACAACAGCCTGTATAAACAGTTTGGTTCGCCATACATGCAGAATGGTGGCAACTTGAATGAGTGCTTTTCCAAGCTTAACTTCATAGTTGCTAACGTTAAATGTAAGTGTGGTGGTGAGTCTAGCGGTGTTGGTGATTGGACTGGTTTTAAATCAGCCTGTTGTGGCACACCTGGTAAAGTTATTGGTGTGTCTATAGGCGACGCCAGTGTTGGTGAAGCTGTCATTACATCAAAAGGCTGTGGTACTGGGACTAAGTTTTATGCTGGTGCTGTTCTCAAGTATGTCGGTGATGCTGAAGGTGTTTCTGTGTGGCGTGTCATGGCTACGTATGCCAATGACGTTGTTGCTACAACAACCTTCGACAAGTGTAAATTAGCACTGCTTGATCATGATAGTAACAGTCTTGTTGCTAATAGTGTCAAGAAGTGTTATCTCACTGGTGAACCCGATGCCACTGTGGTTGATGCCATTGTTGCTGGCCATGTTAACTTGTCCAGTAACATTTTTGGTGCAATTCCTGTTCTTTTTGAAAAGACACCTTGGTTTGTTAAGAAATGTGGTGCCTTGTTTGAGACGGCCTGGCAGTCTATTTGTAAGTTTTTAAGTGCTGGTGGTTTTACTTATGTTGCTATAAGGGATGCCATCAACGCAATTTGCTCAATTTGTTTTACTATTAAAGATTCAAAACCTTTGTTCATAGTTTCTAGTGCTGCATCTAGTCTTGTTAGGACGTGTGTGCAGTTTCTTGAATCAGCTTTTGACATCTTTACCCAGACAGTTGAGGTTGTTGGGGTCACTTGCAAATGTGTTGTTCTTGGTTGCAAGTATTTACTTTTTGACAATGCTCTTGTCATGCTTAAGGATTTAAAGCTTAAAGGTAAACGCGAAGCTGGTTTAAACACTGCCACGTTCGCGTCTGCTATTATTGGTGGCACTGCGGAAGTTAATCCTACTCGATTTGAAAATTCAACTGCAAACCTGACACTTGTGAATGATGTTGTTCAACCTGGACCAGGCTATGCCGTTGTTATAGGCGGTATGGCCTTTTATTGCACTGGTGATTACTATTTTATGATGTCATCACCTACCAGTGTTATCACAACATCTGTTTTTAAGGCTTCTACATTCAATGCATTTTGTTTGCGCTATGATGTAGAGGACCCTTACAAAACTAAGCTTGTTGCAAGATTTGGTAATGTGTACTCTGCTAATGGTTGCATTGATGATGCAGTTGAATCTCTTAATGTGGCTCTGAAGGAATTTTACAGTAATGGTGTGTGCTTTAAAGCATATGCAGACAAAGACATCATCGTTATAGAACCATTTTGTCGTAAATATAAAATGCCAAAGTGTCTTAGAGATCACACTGGTCTTTGGGACATCATTCGGTCTAATGCAGGTGAGCCTGGCTTTTTCAATAAGTATAAAAAGCTAGAAGCACTTGAGGATGTTTATGACAGTGATGATTATAAAAATCTGTTGTGTCCTAAAGTTTTGTTTAGGCTAGACAATGGTATTATATGGTATAGACATATCAGGAGTGTTAAAAACTGTAAAATAACACATGTAACGTGTACTTTTACAGGTGGAATCCTTAAGTTGTTATTGGATGGCTATGACGCTCTTGCTGGTATGATAACTCGTGGTTACCAACAACTTTGCAAGGCGAAGCCATTCAAGCTTGATATTGCTGGCGTGACGCTTAATGGTTTTACAACACCAATTGGTCGTGACTTCCTAGATTTTGGTGAGGATGTCGTCGAAATCTTTTGTGGTGGTAAAACACGCTGTTTTTCAGGTGCTAGCATTCCTGTTAGTGTTGAAAAGATTGTTGAAGATGATGTCTGGTCTACAACTATTTTGGAAGAGACTGAGTATCAGCCACCAAAGAATGGAGGTGTTGTGGTAGTTATAGATGGTTACACGTTTTACACTTGTAATCATGAACAATTCTACCCTTTTGGTGACAGTAAAGTTGTCCAGAAATTGTACAACAAATCTGGTGGCGATGTTAAAAATGTGACCTTTAACGACACTGTGGATGTTAGAGAAGTTGATCCTGTTTTCCAGGTGAAAATTACATATGAGTTTGATGATGACACTATTACTAATGTTTTGAAAACAGTTATTGGTACCAGTGTTACAATAGAAGGTAACAACTGGGAGCTATTAGATGATACTCTGACAGAAAAGGTCGATGCTGTGTTTTCACAATTGCAACAAGCTGGCATTGAACTACCATCATATTACATATATGATTGTGCAGGAGGTTTTGATGTTGGTTGCAACGATGGTATAATGATCTCACAGTATGATATTTGTGTTGATGCACCCCTAGAAAATGTTGAAGAAGTTAGTGATGTTGAAGTTGTCGATGACCCATCTACTAATGACACTGTGTCAGAAGTCGTAGAGGAGCATGTTGTAGTTTCTGAAGATGTTGAAGGAGTTGTTGATGAGATTGTTTCTGATGTAGATGATGAACCTATCACAGATGTTATGTCACCATTCGCATTTCCGAATAGCATGATTAATGGCAAAGTGGTGCTTAAACAACACCAGAACAATTGTTGGCTTAATGCTGCAGGTTACCAGTTACAGTGTTTGAAGGCTTTAGAAGATGAATCTTTCAAACAATACTGTGCTGGTGATGTTGCACCATTTGTGCAATTGATGTACGCTGTGACTAACAGGAACATTGGTGACCTTGGTGAGGCGGAGTATGTTTTAGAGCAACTTCTTAGTAGTGCTCAAACTGCCAAAGTGAAGTTGTCAGCTTTATGTAGCTGTGGCACTATGGAAGAATTGATTTCTGGCTGTGTTTTTAGAATGCGCTGTACTAGTGCTACCTTTGACTATGGTGTCTGTGGTGTTTGTAAAACTGTTAAGAAGACAACTATAGTTGGAATTGAAGGCACTGGCGTTTTTGTGCATGATCCTGCTAATTACAAACCACTTGTTAAACCTGTTTGCAAAGCAATTTTTAAAGGTTCAACAACGGGAGGTCATTATATGGTGCATGATGTTCTGGCAAAAGTGTTAGTTGATGGTTTTGGTTTGCATCCGGTTCAGAATTTGCCTTTTACATCTGTATGCTTTGTTAATGCCAAATATGTTAAGGAAATTTCTAAATGTGCACCTAAGGCTAGTGAAGACCCCTGGGCTAAAGCTGTTGACGTACAAGAGAAACAAACTTCTGTTGTTACATCGTTTAGCCAACAAGCATGTGAGGACAAACCTATAACTGTTGAGCAAGGTACAGTACAAACCTCAATTGAGTGCGTAGCAGAACAATCGATTGTTGTTGCAACACGCAATCAGGAGATCACAGAGGACAAATCTATAACTGTTGACCAAGGTACTGTAAAACCCTTAATTACTGCAAAACCAGCAGTTGAACCATTTTTTGTCACAGGTAATATTAAATTTTACAGGGGTGATGTTAAGTCTCTTGTTGAAAACCTTAAACCTAAAGTATTGGTTAATGCAGCTAATTCCCACCTACAACATAAAGGTGGTGTTGCTAAAGCCATAGACGCCTACACAAATGGCGCTCTTACTAGGGAGTCTGTTGAATACTTTAAACAGTACAAACCTATTCCCCCTGGTAACATTGTGGTCTTTAATGATGTTTGGAAAGGTCTTAACATCGCTAATGCTGTGGGACCACGTGTTTCAGAAGAGCGTTGTGCACAAAAATTGGACTCTGTTTATCGCAAAATGACTAAAATTGAAGGTCCCATTTTGACACCACTTATTAGCTGTGGTGTTTTTGGTGTGCCATTGGAACAATCATTACGCTCACTTCTTGCTGCGTTTAAACAAAAACCTATTTGTGTTTTTGTGTACACAGAAGCTGAAGAACGTAAGGTTTTGGATTATTTCAAAACACCTGTGACTGTTGTAGTAAAAGATTGTAACAAAGTCACAAAGAATACTGTTGATGCATCAGCTACTATTGGTGTTCAATTAGGTTCCAGTGTTGTTTTGAACGATCAGGATTATTCCAAATGTGTACCAGATCTGTCAATGGCGCAAGCTACAATTACAAAGGTAGTTGACGTTGATTGGTGTGGTCATTATGGCTTTGAAAATGCTGCCGTTTTTAGTGCGTCTGATCACTCAGATTATAAGTTTGAGAGTGCCATTGTTAATGATAAAATTGTGTTTAAGCAAAGTGATAACAATTGTTGGGTTAACTCCCTATGTTTGTTGTTGCAGGATTATAAACCCACTTGGCGATTTCCTGGCATGGAAGATCTTTGGTCTAAATTTGTTAGTGGTACAACAGAACCATTTGTGCACTTCTTGTATTTTATCACGGGCACTACGAAAGGTCAACCTAATGATGTGGAGCTTGCACTTCATAAATTAGA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Protein
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Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR038634
A-CoV_nsp1_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=1e-157 Score= 490 Identity=74.26%
Cov(Q)=7.54% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
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GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4018
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
372.136290000001
Exp number, first 60 AAs:
0.00109
Total prob of N-in:
0.00032
outside
1 - 1827
TMhelix
1828 - 1850
inside
1851 - 1889
TMhelix
1890 - 1912
outside
1913 - 1975
TMhelix
1976 - 1998
inside
1999 - 2017
TMhelix
2018 - 2040
outside
2041 - 2663
TMhelix
2664 - 2686
inside
2687 - 2698
TMhelix
2699 - 2721
outside
2722 - 2745
TMhelix
2746 - 2768
inside
2769 - 3185
TMhelix
3186 - 3208
outside
3209 - 3212
TMhelix
3213 - 3235
inside
3236 - 3241
TMhelix
3242 - 3264
outside
3265 - 3283
TMhelix
3284 - 3306
inside
3307 - 3312
TMhelix
3313 - 3335
outside
3336 - 3344
TMhelix
3345 - 3367
inside
3368 - 3393
TMhelix
3394 - 3416
outside
3417 - 4018
