CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Avian_NC_025217 (Region: China;  Strain: Bat Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013, complete genome.;  Date: 29-Apr-13)
Gene
non-structural polyprotein
Description
Annotated in NCBI,  non-structural polyprotein
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGTGTAGCAAGGGGTATGAACTGAATCAGAAAACTCACTTTTCTGTGGAACTGCCATGGATCCAAATTGGTGAGAATCCTATCAAACCTTGGTCGGTTACACCGGCTGAGGCCTTGAACACTGTATATGCTGCCATTGCTGAAGGCAAGGCTGCATTTATCCCACCATTCAAGGGGATGCATAAGTATCTCCCTGAATTGTGTGTCTTTCTAGTGAGAAACCATGGGAACCCAACACGCCCTTTTGACCTGCAAGAACTTGCTGTCCGCGAAGGTGACGTGAACTATGGTCGCTCAGGTGAAACAGTAGGCGCAATTGTACCGCTTGATGGACAGGAGCCCTACGGAACTATAACAATCCAACTCCGCAGACGCGGGAAAAATGCGGGTGGAGTCTATGCCTGGACTAACACCCGTGATACGGTTACAGATGATTTGGTTCATGAACCAATCGATCTGTATACTGAAGATCCTAAAGGGAAACATGCCCAGGGAAACCTGCGCAAATTCCTTACTGGCGGTAACGATTTCCATCGTTACGTCGATAACTACTATTGCACTGGAGACGGGAAACCGCTGCCATGCATAGTGACTTTGCTCGAGAAGGCTGGCCATGCCAATAAGCCTCTCGACGACGCTATGGACTATCTCCGAGGCTTGAACCGTATGGGACAACCTTGTAGAGACCATGACCATGAGCGTGTTTGGGAAGTGGAGCGCGATAATGCTCCTTATCCTGAACAATCTCTCTTCTCAATCAGTGCTATCAAGACCTTGGGTGAAATACCCCACTGTGTCTTTGCACCTGATTGTGCCGTCAAAGTAATGAAACCTCGCAAGGTCAAACGCGGGGCTGACGGCTTTATGACGAAACTCAGAAGAGTGTACAATATCAATGGCTTTGATGAAGTCAAGCCAATGGCGCTCTGTGCACTCCATTACTGTGAGGATTGTGGCATGGAAATGTGGTGTCACTCAAATTTTGAGGAAGCCTACTGTCCATGTGGTAAAATTTACACCAACACACCTTGCACACTAACTTCAGCTGGTTATGTTGTTGAAGGTTCAGTTGTTGCTATGCCGTGCGATGCATGTAAGAGCGATAGCGACCATTCTAATGGGACCTTCTATGACAGCTGTAAGTATCTTGCTGAAGACAAAGCAGAACCTGGTAATAGGGAAAACTTTGTCTATTTTGGAGGATGTTGCTTTGCCTATGTTGGCTGCCGCAATGGTAATGCCATCTGGGTACCCAGAGCACATTCAGATATTGGTAACAATCACTCAGGCATTGTTGGAGCTGATGTTGCTTTGCTTAATGATGACCTCAAGGCCATTGTTGCTCAAGAGGTTATACCTGTTGTGATCCCTGAAGACTTTAAGGTCAATGAGACTGTGGTTGCTCTTGTAGCAGCAGTTTCAGGTTCAGTGGACCAGTTCATTAAGAACTGTAAAGGACTGACAGCTGAAACCTTCAAGTGTTTGCTTGAAGCTTCTGGCAAATTCAGAGTCACTGTTGATCATGTTATTGACGGTTGTATTTGTGTTGCTACAGATAGCGCCGTTACGGCCCTTGAACCAGCATTGGCTTTTTGTACTGCTGCCAATATCATGTACCGCACCCTTGTGGCTACATCTGTTGTCATCAGTGCTCATACTTTAGATGCTTTGGCTCAACGTGTGCGTGATGCTTGTAAACACGTGCACCCTCAGGCTATGCGTCTTCTTAATACTCTTAATGAGTATGTGGATTACAGCACTAACTCCACACTTGTACTGTGCCATGACGTCATTAATTTGCCAATTGTGCTTGGTGATATCCTGGACAGACTTTTCTGTGGATGCAAAAAGATTGTCGAGTCTGTCACAACATGGCTCTACAACTTTAGCATCTCTACTATTGACACAATATTTGACCTTAAGGCTTTTATTAGTCTTATTGTACGTAATAAGTACAAGTTTGTCAAGGGTAAGTTTGTGTTACTTGCTAAAAATGTCAGTTCTGTAGTGCAATCTGTTGTTGCCTACCTAAACAATGTTATCTCAGCTTTTTACCAACAAGTGCAGTTTGCTGGCACCTACGTAGGAGCCTTTGAAATTCATCAAACGTTACTTGAGCTGGGTGGTGCTATCTACACGCGTGTGCAGGTTGCAGCAAACAGTATTCAAGACCTTGTTTTGCCTTCTACAGTGTCCAAAAAGGAATTAACCTTTGTGGATGGACATGCTATTGACACAGAATTGACTTCTGAAGAAGTTACTGTGTTGGAAGGTATAGTTGAACAACTTGACACTGATACCAATAAGATTGCTGGTGACAGTATCAAGGGTGATTTAGTCACGGTGAATAATTGTGTTTTCGTACGCTTTGGCGATGGAAACCTTTCACCGGCTACTACTGACTGTCAAGCCACAAAAGGAGTTTTTAAACTCAAAGGTGGCAACCCTGACAAGGTTAAAACCGTGACCTTCGGTGAAAACGAGGTCAAGGAAATCACTCCATATATTACAGTGAATGTGAAGTACACCGTTCATGACCTTCTTGATAAGATTCTCAATGTGCGGCTTCCATCATTTACTGTTGAAAAGGGCTTAACGCTCCAAGAACTTACTGCAGTTGTTGAAGACGCAGTTGTCACACAATTGGAAGCTATGCGTGCTATCCTACTTGAAGCGGGTGTCGACATTGATATTGACGATCTTATTGACTCGCCATATTATATGTTTGACAACGCAGGTGACTCTGTTATTGGACCTGTGATGTACTTTTCCAACCAACAGCCCGTTGACTCAGATGAGTTGACAACGGCATCAGAGACTGAAGAAGTAGTCGAAGATGCTAAACATGCTGCAACTAAACGTTCAAGTCAAGATTGGCTTGACGATAGTTGTTCTGAAGACGATTGTGAAGAGGAAGACGCAGTCACTGAAGCTGAAAGCGCTGCTGATAGTGCACCAGCGTTGGTTGTGGTTATAGAGGAACCTAAGTCTACTGTTTCGTCAGTTAGCGAGGAACCAAAGTTTCCCTTACCTGAACAGTGTTCTGTTGAAACCCACATAGTCGTGGATGACACAAATAGCAAACGCCTCTTATGGTCGGACATGGTTGAAGCAACTTGTGGGTCTGCCACTGATGGAAACGAAGGAACTGTGGGTGAGGTTGACACGTGTGCGGTAGCTGTAAATCGTGACAACACTCCATCAACGCAGTCCATCGTAACCGTTTCTCCACAGAGAGAAGTGCATCACTATGTCGTAACTGAAGAGAAGTGGGACGAACACGTGTGCGGTAGCTGTAAACCGTGTGAAATCCCCTTGAGCGTAAAAGCTAAGCGTGTGAACCAAAATTCTGTAAATTGTGGTGAAAAGGCTGTCGTTACAGTTAACTCCACTACAGTTTTCAACACGCCTGTTCCACGTGAAGTGGAAGCCAAAACGGCGAATGAACAACCTAAGGTTGATAGTACTACTGTAGCTAAAGTCACTCGTACAAAGAGTGGGCACAGTCAGGAATTCAAACCCAAAGGTTACACCAAGCTTACCGACAATGTGTACATTAAGTGTGCCGACATTGTTGAGGAAGCTCGCAATACAAAACCACCTATTCTTGTAAATGCAGCGAATTGCAAACTCAAGCATGGTGGTGGTGTGGCAGGTGCGATAAGGAAGGCCGTAGGAAACTCCATTCAGGAGGATTCTGACCTTTACATTAAAGAAAATGGTGCTATACCCGTTGGAGGGGCAGCATTACTACCAGGTTATAACTTGGCTACTAATATCCTACATGTAGTAGGACCTAATATTACAATGAATGAGGATTCCTCACTCATCGTTAATGCTTACTCAAACTTGAATAGTTTTAGTACTGTTGTAACACCACTGTTATCAGCTGGTATATTTGGTATGAAGCCTATTGATAGTCTTACTGCCTTACTTTCTACATGTAAGAAGACAGTCTATGTTGTTGTCAACGACAAGACTATTTTCGATGCATGTTGTAGCCACATTAATAACAAGGATGTCAAAACACCATCTAAGCCTGTTTACATGATGGGCGAAGTAGAAGTGTTTTGTAGTACTAAAGTTGCATATTGCAACCAGGATAAAGAATTTTGTCCTGGTACATCTACCTTATTTAAACCTGAGCAGCTTGATGAGATTAGACTTAAGTTGCCAGAAGACTTTCTGATTGGAGATTGCCACAAAGTGGATGATGTCTACGTTTTGTGCATACCTGACCGTAGAAAGGGACAAGACCTTACAGGTTTTAAGGGTCTTAAACAATTAAAGAAAGTCACTGCCGCTTCATGTCTACCAGGACAGGGAAAATTTGGCTTTACTATACAGGATGTGACGCCACTTATGACGGCATGTCCTGATATTTACCTTGTCAAAACTAGTGTTGACAATGATGTTCAATTGTTGTGTCCGACAGTGACATACAATGTTAAACAAATGTTGGCACGCGCTAAGCAAGAAAAATTGCTTATGTGTGTCAATATTGACAACAAGTCTTTTACCAGGAACGTTGTTCATTTGGCAAAAAATTTTCAACACAAACCAGGCTGTCAAACTGTGGACGGCTATGAGTTTTACTGTTACACTGAGAAACAACCATTGAGTTCTATCATTGATGAACTTAATGCGTTGGGCAAGGACATCATAACAACGCCATTAGGTTGTATTACACACCAATTATCCTTACCAGAGTCAGCAGCAAAAATGCGTGCTCTGAAGTGCAAATTTCTCGCAGTGTGTACTTCGCCAGGTGCTGAAAAGCAATTCTGTGCTGCATTCACAGCTGCCTCTAGCTCTACAGAAGAAGAGTTATTTATGGCAGATTGTGTTTCTAACGGTTCCTACATGGATTGGATCGTTATAAACAAAGCCGATGGTGACACAATTCATTTCCTTCAGAGGGATGAAGACATCATCGATTATCACACAAGCACTAACAAGTTCAGTATGAGTGGTGTTAGTGGGCTTGTGTTTAAAGATGT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Protein
MCSKGYELNQKTHFSVELPWIQIGENPIKPWSVTPAEALNTVYAAIAEGKAAFIPPFKGMHKYLPELCVFLVRNHGNPTRPFDLQELAVREGDVNYGRSGETVGAIVPLDGQEPYGTITIQLRRRGKNAGGVYAWTNTRDTVTDDLVHEPIDLYTEDPKGKHAQGNLRKFLTGGNDFHRYVDNYYCTGDGKPLPCIVTLLEKAGHANKPLDDAMDYLRGLNRMGQPCRDHDHERVWEVERDNAPYPEQSLFSISAIKTLGEIPHCVFAPDCAVKVMKPRKVKRGADGFMTKLRRVYNINGFDEVKPMALCALHYCEDCGMEMWCHSNFEEAYCPCGKIYTNTPCTLTSAGYVVEGSVVAMPCDACKSDSDHSNGTFYDSCKYLAEDKAEPGNRENFVYFGGCCFAYVGCRNGNAIWVPRAHSDIGNNHSGIVGADVALLNDDLKAIVAQEVIPVVIPEDFKVNETVVALVAAVSGSVDQFIKNCKGLTAETFKCLLEASGKFRVTVDHVIDGCICVATDSAVTALEPALAFCTAANIMYRTLVATSVVISAHTLDALAQRVRDACKHVHPQAMRLLNTLNEYVDYSTNSTLVLCHDVINLPIVLGDILDRLFCGCKKIVESVTTWLYNFSISTIDTIFDLKAFISLIVRNKYKFVKGKFVLLAKNVSSVVQSVVAYLNNVISAFYQQVQFAGTYVGAFEIHQTLLELGGAIYTRVQVAANSIQDLVLPSTVSKKELTFVDGHAIDTELTSEEVTVLEGIVEQLDTDTNKIAGDSIKGDLVTVNNCVFVRFGDGNLSPATTDCQATKGVFKLKGGNPDKVKTVTFGENEVKEITPYITVNVKYTVHDLLDKILNVRLPSFTVEKGLTLQELTAVVEDAVVTQLEAMRAILLEAGVDIDIDDLIDSPYYMFDNAGDSVIGPVMYFSNQQPVDSDELTTASETEEVVEDAKHAATKRSSQDWLDDSCSEDDCEEEDAVTEAESAADSAPALVVVIEEPKSTVSSVSEEPKFPLPEQCSVETHIVVDDTNSKRLLWSDMVEATCGSATDGNEGTVGEVDTCAVAVNRDNTPSTQSIVTVSPQREVHHYVVTEEKWDEHVCGSCKPCEIPLSVKAKRVNQNSVNCGEKAVVTVNSTTVFNTPVPREVEAKTANEQPKVDSTTVAKVTRTKSGHSQEFKPKGYTKLTDNVYIKCADIVEEARNTKPPILVNAANCKLKHGGGVAGAIRKAVGNSIQEDSDLYIKENGAIPVGGAALLPGYNLATNILHVVGPNITMNEDSSLIVNAYSNLNSFSTVVTPLLSAGIFGMKPIDSLTALLSTCKKTVYVVVNDKTIFDACCSHINNKDVKTPSKPVYMMGEVEVFCSTKVAYCNQDKEFCPGTSTLFKPEQLDEIRLKLPEDFLIGDCHKVDDVYVLCIPDRRKGQDLTGFKGLKQLKKVTAASCLPGQGKFGFTIQDVTPLMTACPDIYLVKTSVDNDVQLLCPTVTYNVKQMLARAKQEKLLMCVNIDNKSFTRNVVHLAKNFQHKPGCQTVDGYEFYCYTEKQPLSSIIDELNALGKDIITTPLGCITHQLSLPESAAKMRALKCKFLAVCTSPGAEKQFCAAFTAASSSTEEELFMADCVSNGSYMDWIVINKADGDTIHFLQRDEDIIDYHTSTNKFSMSGVSGLVFKDVKILKRYLEKTKPMLKEVTVYTTVDGTNVNTKILICSKSFGSQLGTCYIDGEDVTSVFPTKQHEGKIVNITQVDDVTSSQVKEYYGVEDTSFLTRYNSALMHVNRWSFAEVPSTGIFCIKWVANNCYLNAAILMLQQLNVEYETPAVREAAFEMRAGKPQRFVALMIAYLKATIGHTGDAREAVRTMLSHAKVQGERHFVMMCKKCGIRRSQFHGLDAVMCFTTNTQLSDFLSGDEAGCTCGDIVPVYQTHIRVPFLILSTTEPKMQMLNCEDTKFLCANNYMGTLSSGHYTHVFNKTLLYSVNGTRVTKMSETTTAVADAVYKDIKYDTEDQFVTYRLDGVWCHEKNPDLSVYYKSGSDYYTSAPIDLTPTEPLSGAEYDNFHLKLVGTLDDNKVKFVQEFNHMVKYDKTKPTRPVTISFYPEMEGDVVALSADKLQQHFKKGAKFGSKFIVWHTGYKITRDLVKPNMAAMRCITTSKPVTTQNSFQALSVEPLPETKHSEHELATEQKPILKLRTEKPVVTAAVTIIPAPKNADAPVLIESLTTDDALAMYVKGTRDFVVNKANSLSKLFGINTIEQNGVDALNMCYDRLAVFDYVKPFLTVTKTASDVTIKAGKVACSLLQRTVPLLYALVVSYLVPLFTRTKQRVSVKVPMVLTKNTCRSVFGLLMNGVANYFTSPKFKSCVRVFALATCIAAILYMAMFVYLFFDIWLSKANVWTDVQTLKDNFGLGTVCDKFQTAYNNSGIYDATEYCTGKSFMCSLCLRGMDSLNFYTELSTSQKTVSWSSFDFSNINTAAEWCLAYLLYTKMFVVLLATAIFQWFAVYFGLYLTQSSWLMWTMVRVISLVPTSILVRMYIYCASFYFVYRAYVHVVSGCQDTRCLMCYKRNLARRVECHTVVQGSRKSFYVHANGGTGFCEKHAWNCINCDSYGPGNTFICDEVAVDLSTTFKRPVKPTDKSHYFVDSVEVKDTFVHLYYSKNDTRVYDRYPLSVFSSVDFLKLANIKTMPSTNVLVFDASNKTEENTTVAASVYYSQLCCQPMLLIEQKLLSNIGDATEVSKKMLDAYIEKFMSTFGVTMEKLKTFVSAAKNSLNDGVPLEKVLKEFVAAAKQNCAETDVEADSIVNALQLTFKDDVDITKDSYNDFVLTYNKVDSMTPYDLGVCIEVGARHVNANVAKANAAALIWNIDHYLLLSESFRRQIRSSARKNGLQFKLTCSKNRQVTPFLTTKIMFSGGATYTTWLKRLLKVAMVMLLVCCILYCLLPSFKSQPLNMYSDEIIDFKVIEDGSLRDITADDTCFSNKHSSFVSWLSRNGFKMTTTSRHCPITVAVVAKKVGDVIPSLPGVVTRVLVRGQIMHFLARVFSAAANICYTPGTLIEYEDFLTSACVLPAECTIFKDSNGIAVPYCYDVNALQGSLPYSSLKHDVLYQLVDNSFIKFPKVLVEGAFRIVRTMTTQYCRHGVCEDSMAGLCLSLRGSWVLNNPYYTSQSGVYCGNDVVDLLMNILAPMFRPAGGMDITSSIVAGGILSLVITVVAYYILKLRRAFGDYQQVVVVNTLAFLCSFLVLCVSTQYPVLPTVYSILYFYMSLYMANEVSFIMHCSWCVMFVPIVPFWCTAVYITMTCSKHVYWFFQTFCKKNVVVHDATFSSFAEAALSTFMITRDVYVKLRAEAFLSAAQYNRYLSMFNRYKYFSGSMDTESYREAACCHLAKAMKDFSEQGSDILYQPPSCSLASAVLQSGIRKMSCPTGKVERCMVRVTCGTMTLNGLWLDNTVYCPRHVMCTPEELLAPDYDSILLRKATHSFTVQYGTAYLKVVSYKMTGSVLQLGVDQINPETPKYKFVRAKPGATFSVLACYNGMPAGVYQVAMRPNHTIKGSFLNGSCGSVGYTLGYDRVEFCYMHHMELPTGVHTGTDLEGTFYGDFVDRQTSQSAGSDNTLTLNVLAWLYAAVINGERWFIVPQTCALTDFNTAVLKYGYQSLTEDGVAALDPLVAQTGISVQTMCASLKDLLVHGMRGRCILSSPTLEDEFTPFDIVRQCSGVTLQSTVRSVSSKFFQWMLMTALTFTILFLQLWEMSIFSWFAMHATIPVVILLMGVSAFVTMLVKHKHAFTTLFLMPTLAVVFYYNCIYVPEHWLIEMVSKYVDLTDTIQLFYGYSIRELIALFAVVIAMSVLSLRIVYDDNTRRVWLATNVLTWLYRLYAGTTVEKAMAYWALLMSLTTNYSGCVTVIMFAAKGVTTLIYYQFPFLGLLIAEFKFLMLVYTCIGYLCCVYYGIFCMLNKYLRCTFGVYPYLVSTQEFRYMNSQGLTPPTNSWDALKMNIKLSGVGGVPCIKVSNVQSKMSDIKCTSVVLLSVLQQLRIEANSRIWSLCVTLHNDILLAKDATEAFEKLTTLLSVLLSMPGAVDLTKLCDDVFENPAILQAVSNEFNNLPTFVEYECAQKAYDEALANGEGPIVLKQLKKAVNCAKSAFERDAAVARKLERMADLAMTQMYKEARAEDKRARVTSAMQSMLFSMLRRLDNDALNNIITNARDGCVPLNVIPMLASSKLLIVVPDISVYNNTVEGTLLTYAGAVWDVVQVTDADNKPIAMGDITIDTAPTLAWPLVLSAVRRVSATKLQNNELAPQLLNQKAVTGGSEQNICDQPALAYYNTVQGKHVILAVVSDHDGLRWTRVDKSDGNGIVMIELDPPCRFITQTSSGPKVKYLYFIKGLNNLCRGMVLGTVAATVRLQAGKPTEVAANSKCLTFCAFAVDPEKAYFDFVNSGGQPLNNCVRVLCTHTGTGRAITADPEATADQESYGGSSCCLYCRCHISHPSHNGLCKYKGKYVQIPNVCTNDPVGFLLKNTVCNVCACWIGYGCNCDTLRQPVLHAADDSFLNRVRGVSAARLTPCGSGLSTDVVVRAFDLYNSKIGGFGLRYKGNCCRFQEIDEDGKALDSFFIVKRHTEDNFKLEQEMYDLLKDSGVVAVHDFFHFRVEGRMEPHITRQRLTKYTMADLVYAFRHFDENSCEVLKEILVTYNCCGSDYFEKKDWYDYVENPDILNVYARLGERIRCNLLKTVKFCDAMKRHGIVGVLTLDNQDLNGNWCDFGDFVRGFPGNGVPVVDSYYSLLMPLMTMTKMLEAETHVDCDLTKDHVKWDLLQYDYTEHRLNLHQKYFKYWDMPYHPNCQSCPDDRCILHCANFNVLYSTTIPQTSFGPIVKRIYVDGVPFVVSAGYHYKELGVVMNQDIHVHNARLSLRELLVYAADPAMHAASGTLLLDKRTTCFSVASLTNTVSFQTVKPGNFNKDFYDFAVSKGFFKEGSSVDLKHFFFAQDGNAAITDYSYYRYNLPTMCDIKQLLFTMEVVDKYFDCYDGGCLNANQVVVNSLDKSAGFPFNKWGKARLYYESLSYEDQDALFAYTKRNVLPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKMLKSIAATRNVSVVIGTTKFYGGWNNMLKTLYADVDNAQLMGWDYPKCDRAMPNMLRIFASLILARKHNTCCNVSERYYRLANECAQVLSEMVLCGGALYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANISALLAANGNKIVDVYIRDLQRKLYANVYRSVHVDYKFVDEYYAFLRKHFSMMILSDDGVVCYNSDYVARGYIAGIKDFKQVLYYQNNVFMSEAKCWVEPDLTKGPHEFCSQHTMLVEHNGEQVYLPYPDPSRILGACCFVDDVVKTDGTIMIERFVALAIDAYPLTKHENPEYKQVFYLLLQYIKKLHEELTGHLLDMYSVMISGDNAQRYWEEDFYEAMYTQSVTLQAVGACVLCNSQTSLRCGDCIRRPFLCCKCCYDHVLSTPHKLVLSVSPYVCNAPGCEVTDVTQLYLGGMSYFCKSHKPPISFPLCANGQVFGLYKNTCVGSINVADFNAIATCDWSSSGDYVLANTTTERLKLFAAETLKAVEETAKQSYGVAVVREVVSDKEVILRWEADKPRPPLNRNYVFTGYRITKNSKTQIGEYTFEKSDYGDSVLYKASTTYKLQVGDYFVLTSHSVLPLSAPTLLPQETYTRIVGLYPTFNIPDDYAGNVVNYQKIGMAKYTTVQGPPGTGKSHLAIGVAVYYPTARIVYTACSHAAVDALCEKAFRTLPISKCSRIVPAKARVECFDKFKVNDGTAQYVFSTINALPETSTDVLVVDEVSMCTNYDLSIINARVRAKHIVYVGDPAQLPAPRTLLTRGSLEPENFNSVCRLMKTLGPDIFLGVCRRCPKEIVDTVSELVYENKLKAHKPESGQCFKMFYKGTVTHDVSSAINRPQVGVVREFLSRNPQWKKAVFISPYNSQNAVASKILGLQTQTVDSSQGSEYDYVIFAQTTDTAHSCNVNRFNVAITRAKKGILCIMSDPDMFERLKFVELAVPSRSQIRLQATEITGLFKDCSKLITGLSPAMAPTYMAVDDKFKTNGGLCVHLPGIEKEVSYRRLISMMGFKLDYSVQDYPRLFITRDEAIKQVRAWVGFDVEGAHATKDAVGTNVPLQLGFSTGINFVATPTGFVDTETGTECCRIFAKPPPGEQFKHLIPLMHRGMPWNIVRARIVQMMSDTLKGVTDRVVLVTWAHGFELTSMQYFCKLGRERTCCMCAERATCYSSVHDNFGCWHHCTGFDYLYNPFIVDVQQWGYSGNLQSNHDNHCSVHSGAHVASSDAIMTRCLAIYDCFVKEVHWDIEYPFIADEEFINKSCRKVQNMVARAALLGDKFGTIHDIGNPKALKCVLDAEVNWKFYDAKPVAGRAHKVETLYYQYEVHKDQFQDGVCMFWNCNVDHYPKNSIVCRFDTRSLSKLNLPGCDGGSLYVNKHAFHTPAFQKSAFTDLQQLPFFFYSDTECDSTGQQVVADINYVPLKSNVCITRCNLGGAVCKKHANEYREYLTCYNAVIEAGFSLWIYKWFNIYNLWSTFTKLQGLENVAYNVVNKGHFDGTQGEIPTAVIGDKVFVKREGVDVCVFTNNTTLPTNVAFELYAKRNVNPVPEVKLLRNIGVDICNGFTLWDYEQQAPVFNSTIGVCKYTDIAAKFSEKNCKPLTILFDARLSGHIDQFCNADNAVLYSDYPIKRLQGSKGPEHCSINGVIVNSTPDGGEKPAINCTFYFYKRENGQLVNVGNSYFTQSRVKSSFEPRTTMERDFLELDMHGFIQRYNLEKYAFEHIVYGDFSHKQIGGLHLLIGLIKRCNESTIDIEEFLTMDSTIHNYFVTDQNTGSSKAVCSVIDLLLDDFVEIIKSQDLTVVSKVVKVFIDFRDFDFMLWCKDGVVQTFYPRLQSSSEWQPGQSMPRLYKIQTMCMEKCELLNYGQPPKLPNGILMNVAKYTQLCQYLNKTTIAVPAKMRVIHFGAGSEKGIAPGSTVLKQWLPKDAILVDNDLNDFASDADVTIIGNCVTFHTETKWDLLVSDMYDCDFKSTTMGENYSKDSFFPYLCGFIKNKLSIGGSVAIKITEHSWSADLYNLMGHFAWWTAFCTNVNASSSEAYLIGVNYVGKEVEKIDGNIMHANYIFWRNYSPFNVSNYSLFDMSKFALKAKGTPVMSLKKEQINEMVLGLVEKGRLLIRDTNSFVLTNDMMVNC

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Pfam
PF13087   AAA_12
PF11633   SUD-M
PF06471   NSP11
PF01661   Macro
PF08717   nsp8
PF08716   nsp7
PF16251   NAR
PF06478   Corona_RPol_N
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08710   nsp9
PF09401   NSP10
PF06460   NSP16
PF00680   RdRP_1
PF05409   Peptidase_C30
PF08715   Viral_protease
Interpro
IPR024375   Nsp3_coronavir
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR032592   NAR_dom
IPR027352   CV_ZBD
IPR014828   NSP7
IPR036333   NSP10_sf
IPR009466   NSP11
IPR038400   Nsp3_coronavir_sf
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR042570   NAR_sf
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR041679   DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499   NSP9_sf
IPR038030   NSP1_sf
IPR038083   R1a/1ab
IPR014822   NSP9
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014829   NSP8
IPR037227   EndoU-like
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR037230   NSP8_sf
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR013016   Peptidase_C30/C16
IPR014827   Viral_protease
SUPFAM
SSF160099   SSF160099
SSF50494   SSF50494
SSF143076   SSF143076
SSF142877   SSF142877
SSF140367   SSF140367
SSF53335   SSF53335
SSF159936   SSF159936
SSF144246   SSF144246
SSF101816   SSF101816
SSF52540   SSF52540
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=0.0     Score=1545     Identity=78.08%     Cov(Q)=12.78%     Cov(P)=96.96%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
7247
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
349.671859999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00692
Total prob of N-in:
0.00061
outside
1  -  2351
TMhelix
2352  -  2374
inside
2375  -  2468
TMhelix
2469  -  2491
outside
2492  -  2510
TMhelix
2511  -  2533
inside
2534  -  2910
TMhelix
2911  -  2933
outside
2934  -  3183
TMhelix
3184  -  3206
inside
3207  -  3218
TMhelix
3219  -  3241
outside
3242  -  3260
TMhelix
3261  -  3283
inside
3284  -  3719
TMhelix
3720  -  3739
outside
3740  -  3743
TMhelix
3744  -  3766
inside
3767  -  3778
TMhelix
3779  -  3801
outside
3802  -  3825
TMhelix
3826  -  3845
inside
3846  -  3857
TMhelix
3858  -  3880
outside
3881  -  3894
TMhelix
3895  -  3917
inside
3918  -  3921
TMhelix
3922  -  3944
outside
3945  -  7247
 
 
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