Strain
Avian_NC_025217
(Region: China; Strain: Bat Hp-betacoronavirus/Zhejiang2013, complete genome.; Date: 29-Apr-13)
Gene
non-structural polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
non-structural polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTGTAGCAAGGGGTATGAACTGAATCAGAAAACTCACTTTTCTGTGGAACTGCCATGGATCCAAATTGGTGAGAATCCTATCAAACCTTGGTCGGTTACACCGGCTGAGGCCTTGAACACTGTATATGCTGCCATTGCTGAAGGCAAGGCTGCATTTATCCCACCATTCAAGGGGATGCATAAGTATCTCCCTGAATTGTGTGTCTTTCTAGTGAGAAACCATGGGAACCCAACACGCCCTTTTGACCTGCAAGAACTTGCTGTCCGCGAAGGTGACGTGAACTATGGTCGCTCAGGTGAAACAGTAGGCGCAATTGTACCGCTTGATGGACAGGAGCCCTACGGAACTATAACAATCCAACTCCGCAGACGCGGGAAAAATGCGGGTGGAGTCTATGCCTGGACTAACACCCGTGATACGGTTACAGATGATTTGGTTCATGAACCAATCGATCTGTATACTGAAGATCCTAAAGGGAAACATGCCCAGGGAAACCTGCGCAAATTCCTTACTGGCGGTAACGATTTCCATCGTTACGTCGATAACTACTATTGCACTGGAGACGGGAAACCGCTGCCATGCATAGTGACTTTGCTCGAGAAGGCTGGCCATGCCAATAAGCCTCTCGACGACGCTATGGACTATCTCCGAGGCTTGAACCGTATGGGACAACCTTGTAGAGACCATGACCATGAGCGTGTTTGGGAAGTGGAGCGCGATAATGCTCCTTATCCTGAACAATCTCTCTTCTCAATCAGTGCTATCAAGACCTTGGGTGAAATACCCCACTGTGTCTTTGCACCTGATTGTGCCGTCAAAGTAATGAAACCTCGCAAGGTCAAACGCGGGGCTGACGGCTTTATGACGAAACTCAGAAGAGTGTACAATATCAATGGCTTTGATGAAGTCAAGCCAATGGCGCTCTGTGCACTCCATTACTGTGAGGATTGTGGCATGGAAATGTGGTGTCACTCAAATTTTGAGGAAGCCTACTGTCCATGTGGTAAAATTTACACCAACACACCTTGCACACTAACTTCAGCTGGTTATGTTGTTGAAGGTTCAGTTGTTGCTATGCCGTGCGATGCATGTAAGAGCGATAGCGACCATTCTAATGGGACCTTCTATGACAGCTGTAAGTATCTTGCTGAAGACAAAGCAGAACCTGGTAATAGGGAAAACTTTGTCTATTTTGGAGGATGTTGCTTTGCCTATGTTGGCTGCCGCAATGGTAATGCCATCTGGGTACCCAGAGCACATTCAGATATTGGTAACAATCACTCAGGCATTGTTGGAGCTGATGTTGCTTTGCTTAATGATGACCTCAAGGCCATTGTTGCTCAAGAGGTTATACCTGTTGTGATCCCTGAAGACTTTAAGGTCAATGAGACTGTGGTTGCTCTTGTAGCAGCAGTTTCAGGTTCAGTGGACCAGTTCATTAAGAACTGTAAAGGACTGACAGCTGAAACCTTCAAGTGTTTGCTTGAAGCTTCTGGCAAATTCAGAGTCACTGTTGATCATGTTATTGACGGTTGTATTTGTGTTGCTACAGATAGCGCCGTTACGGCCCTTGAACCAGCATTGGCTTTTTGTACTGCTGCCAATATCATGTACCGCACCCTTGTGGCTACATCTGTTGTCATCAGTGCTCATACTTTAGATGCTTTGGCTCAACGTGTGCGTGATGCTTGTAAACACGTGCACCCTCAGGCTATGCGTCTTCTTAATACTCTTAATGAGTATGTGGATTACAGCACTAACTCCACACTTGTACTGTGCCATGACGTCATTAATTTGCCAATTGTGCTTGGTGATATCCTGGACAGACTTTTCTGTGGATGCAAAAAGATTGTCGAGTCTGTCACAACATGGCTCTACAACTTTAGCATCTCTACTATTGACACAATATTTGACCTTAAGGCTTTTATTAGTCTTATTGTACGTAATAAGTACAAGTTTGTCAAGGGTAAGTTTGTGTTACTTGCTAAAAATGTCAGTTCTGTAGTGCAATCTGTTGTTGCCTACCTAAACAATGTTATCTCAGCTTTTTACCAACAAGTGCAGTTTGCTGGCACCTACGTAGGAGCCTTTGAAATTCATCAAACGTTACTTGAGCTGGGTGGTGCTATCTACACGCGTGTGCAGGTTGCAGCAAACAGTATTCAAGACCTTGTTTTGCCTTCTACAGTGTCCAAAAAGGAATTAACCTTTGTGGATGGACATGCTATTGACACAGAATTGACTTCTGAAGAAGTTACTGTGTTGGAAGGTATAGTTGAACAACTTGACACTGATACCAATAAGATTGCTGGTGACAGTATCAAGGGTGATTTAGTCACGGTGAATAATTGTGTTTTCGTACGCTTTGGCGATGGAAACCTTTCACCGGCTACTACTGACTGTCAAGCCACAAAAGGAGTTTTTAAACTCAAAGGTGGCAACCCTGACAAGGTTAAAACCGTGACCTTCGGTGAAAACGAGGTCAAGGAAATCACTCCATATATTACAGTGAATGTGAAGTACACCGTTCATGACCTTCTTGATAAGATTCTCAATGTGCGGCTTCCATCATTTACTGTTGAAAAGGGCTTAACGCTCCAAGAACTTACTGCAGTTGTTGAAGACGCAGTTGTCACACAATTGGAAGCTATGCGTGCTATCCTACTTGAAGCGGGTGTCGACATTGATATTGACGATCTTATTGACTCGCCATATTATATGTTTGACAACGCAGGTGACTCTGTTATTGGACCTGTGATGTACTTTTCCAACCAACAGCCCGTTGACTCAGATGAGTTGACAACGGCATCAGAGACTGAAGAAGTAGTCGAAGATGCTAAACATGCTGCAACTAAACGTTCAAGTCAAGATTGGCTTGACGATAGTTGTTCTGAAGACGATTGTGAAGAGGAAGACGCAGTCACTGAAGCTGAAAGCGCTGCTGATAGTGCACCAGCGTTGGTTGTGGTTATAGAGGAACCTAAGTCTACTGTTTCGTCAGTTAGCGAGGAACCAAAGTTTCCCTTACCTGAACAGTGTTCTGTTGAAACCCACATAGTCGTGGATGACACAAATAGCAAACGCCTCTTATGGTCGGACATGGTTGAAGCAACTTGTGGGTCTGCCACTGATGGAAACGAAGGAACTGTGGGTGAGGTTGACACGTGTGCGGTAGCTGTAAATCGTGACAACACTCCATCAACGCAGTCCATCGTAACCGTTTCTCCACAGAGAGAAGTGCATCACTATGTCGTAACTGAAGAGAAGTGGGACGAACACGTGTGCGGTAGCTGTAAACCGTGTGAAATCCCCTTGAGCGTAAAAGCTAAGCGTGTGAACCAAAATTCTGTAAATTGTGGTGAAAAGGCTGTCGTTACAGTTAACTCCACTACAGTTTTCAACACGCCTGTTCCACGTGAAGTGGAAGCCAAAACGGCGAATGAACAACCTAAGGTTGATAGTACTACTGTAGCTAAAGTCACTCGTACAAAGAGTGGGCACAGTCAGGAATTCAAACCCAAAGGTTACACCAAGCTTACCGACAATGTGTACATTAAGTGTGCCGACATTGTTGAGGAAGCTCGCAATACAAAACCACCTATTCTTGTAAATGCAGCGAATTGCAAACTCAAGCATGGTGGTGGTGTGGCAGGTGCGATAAGGAAGGCCGTAGGAAACTCCATTCAGGAGGATTCTGACCTTTACATTAAAGAAAATGGTGCTATACCCGTTGGAGGGGCAGCATTACTACCAGGTTATAACTTGGCTACTAATATCCTACATGTAGTAGGACCTAATATTACAATGAATGAGGATTCCTCACTCATCGTTAATGCTTACTCAAACTTGAATAGTTTTAGTACTGTTGTAACACCACTGTTATCAGCTGGTATATTTGGTATGAAGCCTATTGATAGTCTTACTGCCTTACTTTCTACATGTAAGAAGACAGTCTATGTTGTTGTCAACGACAAGACTATTTTCGATGCATGTTGTAGCCACATTAATAACAAGGATGTCAAAACACCATCTAAGCCTGTTTACATGATGGGCGAAGTAGAAGTGTTTTGTAGTACTAAAGTTGCATATTGCAACCAGGATAAAGAATTTTGTCCTGGTACATCTACCTTATTTAAACCTGAGCAGCTTGATGAGATTAGACTTAAGTTGCCAGAAGACTTTCTGATTGGAGATTGCCACAAAGTGGATGATGTCTACGTTTTGTGCATACCTGACCGTAGAAAGGGACAAGACCTTACAGGTTTTAAGGGTCTTAAACAATTAAAGAAAGTCACTGCCGCTTCATGTCTACCAGGACAGGGAAAATTTGGCTTTACTATACAGGATGTGACGCCACTTATGACGGCATGTCCTGATATTTACCTTGTCAAAACTAGTGTTGACAATGATGTTCAATTGTTGTGTCCGACAGTGACATACAATGTTAAACAAATGTTGGCACGCGCTAAGCAAGAAAAATTGCTTATGTGTGTCAATATTGACAACAAGTCTTTTACCAGGAACGTTGTTCATTTGGCAAAAAATTTTCAACACAAACCAGGCTGTCAAACTGTGGACGGCTATGAGTTTTACTGTTACACTGAGAAACAACCATTGAGTTCTATCATTGATGAACTTAATGCGTTGGGCAAGGACATCATAACAACGCCATTAGGTTGTATTACACACCAATTATCCTTACCAGAGTCAGCAGCAAAAATGCGTGCTCTGAAGTGCAAATTTCTCGCAGTGTGTACTTCGCCAGGTGCTGAAAAGCAATTCTGTGCTGCATTCACAGCTGCCTCTAGCTCTACAGAAGAAGAGTTATTTATGGCAGATTGTGTTTCTAACGGTTCCTACATGGATTGGATCGTTATAAACAAAGCCGATGGTGACACAATTCATTTCCTTCAGAGGGATGAAGACATCATCGATTATCACACAAGCACTAACAAGTTCAGTATGAGTGGTGTTAGTGGGCTTGTGTTTAAAGATGT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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR024375
Nsp3_coronavir
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR032592 NAR_dom
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR009466 NSP11
IPR038400 Nsp3_coronavir_sf
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR042570 NAR_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR036499 NSP9_sf
IPR038030 NSP1_sf
IPR038083 R1a/1ab
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1545 Identity=78.08%
Cov(Q)=12.78% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7247
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
349.671859999997
Exp number, first 60 AAs:
0.00692
Total prob of N-in:
0.00061
outside
1 - 2351
TMhelix
2352 - 2374
inside
2375 - 2468
TMhelix
2469 - 2491
outside
2492 - 2510
TMhelix
2511 - 2533
inside
2534 - 2910
TMhelix
2911 - 2933
outside
2934 - 3183
TMhelix
3184 - 3206
inside
3207 - 3218
TMhelix
3219 - 3241
outside
3242 - 3260
TMhelix
3261 - 3283
inside
3284 - 3719
TMhelix
3720 - 3739
outside
3740 - 3743
TMhelix
3744 - 3766
inside
3767 - 3778
TMhelix
3779 - 3801
outside
3802 - 3825
TMhelix
3826 - 3845
inside
3846 - 3857
TMhelix
3858 - 3880
outside
3881 - 3894
TMhelix
3895 - 3917
inside
3918 - 3921
TMhelix
3922 - 3944
outside
3945 - 7247
