Strain
Murine_NC_026011
(Region: China; Strain: Betacoronavirus HKU24 strain HKU24-R05005I, complete genome.; Date: 17-May-12)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,
spike glycoprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGTTATAATTTTTCTGCTCTTATTCGCCGAGCCTGTTTTTGGTATTATTGGCGATTTTAAGTGCACTCAAAGTTGGATTAATAGTGCCGCCTCACCACAGCCGCCAATTTCCACTGAAGTTGTTGATGTGTCTAATGGTGTTGGCACGTACTATGTTCTAAATCGTGTTTATTTGAATACTAGTTTGTTGCTCACTGGTTATTATCCTGTATCGGGTTCCATCTATCGTAACCTGCTACTTAAGGGAACTCAGTGGTTAAGCACTAACTGGTTTCTTCCACCATTTTTGTCAGAATTTAATTCTGGTATATTTGTTAAAGCTAGAAATAGCAAACCTGTGTTAAATGGCATCACTCATTCTGAGTTCGGAACTATAGTTTTTGGTACCTCTTTTGTGAATACCACTTACACTATAGTTATAGAGCCATCTACACAGATTGTTAATGGTAAGTTAATTGGCACCTTGAGTGCGTCTGTATGCCAATACACTATGTGTGAATACCCTAATACGGCTTGCAATCCTGTCTTGGGTAATGGACGACCTAGTCTATGGCATGCATCTATAGGCATTGTTCCTTGCCTATATCAGCGCAATTTTACATATAATGTGGCTGCTGATAATATTTATTTTCATTTCTATCAAGATGGTGGAACTTTTTATGCGTATGTAGGTGATAAAAGTCCTATTACAACGCTTTTGTTTCAAGTATATTTAGGCACTGTCGTCACACACTACTATGTGTTGCCACTTGTGTGTAACGCCAGGCAAACTTATGAGTATTGGGTCACACCTCTTATCAAGAGGGAATACCTTCTAGTCTTCGATGGCAACGGTGTAATTACCAATGCCGTCGATTGTGCTAGTGATCACATGAGTGAAATTCAGTGTATGACTCAAAATATAAAACCTGTTACAGGAGTATACGAGCTCACTGGATACACTGTTCAACCAATAGCAGATGTGTACAGGCGTATACCCAATCTCCCTGATTGTGAGATCGAACAGTGGTTAAATGATCCACAAGTACCCTCTCCAATCTCATGGGAGCGCAAAACATTTAGTAATTGTAATTTTAATATGAGTAGTCTCCTCAGCAAGGTGAGGGCTACTTCTTTCTCTTGTAATAATATTGATGCTTCCAAGATATATGATATGTGTTTTGGTAGCATAACTATAGATAAATTTGCCATTCCAAATAGTAGAAAGGTTGATCTACAGTTTGGAAGTTCAGGGTACATTCAGAATTACAATTATAGGTTGGACCAGTCCGCTACTTCTTGTCAATTGTATTATGGCATCCCTGCTAATAATGTAACAGTTACCAAGAAGAATCCTAGCGGTTGGAATAATCGCTATGGCTTTGTTGAATTTAAGCCTCTTAATATTGGTCAGAACTATAATAAATATAGTGCGATTTATTCCACTATGTGTTTTAATGTACCCAATGATTATTGTCCTTGCAAACTTGGTTGCCCCACTGGTACTGTTGAAAGACCTCAAATTGGTACATCAACTAGTGGACAACCTATATATGATTGTCCTGGTTATCCTTGGTTGACCAGCTCAGCATGTAAACAAACACCAGCCACTGTGGGTGTTGGACAATATTGCCCTGGTGTGGGCGTTATGGCTGACCAATGTGCGCCATCCATGCCGGGCAATTCCATCCTCACATGTTCGTGTTCTAATACTCAGTATAGTGCAGGCAATAGTCAACCTTATTACTATGCCTGGACTTCTTTTGGAGCTGACACTTGTTTGTCGGGCGGTAATTGTCAAGTCTTTGCAAATGTTCTGCTTAATAATGTAAATAGCGGTACCACATGTGCCACCGATTTACAGAAGGCAAACACTGAAATTATAGTAGGTGTTTGCGTTAAATATGACCTTTATGGCATATCAGGCCAGGGCATTTTTACTGAAGTTAATGCCACCTATTATAATAGTTGGCAAAACCTCCTCTATGATTCTAATGGTGGTCTTTATGGTTTTAAAGACTTTCTCACCAATAGAACTTATATGATACGTAGTTGCTATAGTGGACGTGTTAGCGCCGCTTATCATTCTGACACTGATGAGCCTGCCCTTCTGTACAGAAATCTCAAATGCAGCTACGTGTTTAATAATAATATTTCTATCTCACGCTCAGTCATCAGGTACTTTGATAGTTACCTTGGCTGTGTGGTTAATGCTGATGACGATATCGCTGAAGCTGTTGGTTCTTGCAATCTCACTGTTGGCAGTGGTTATTGCGTGGACTATTCATCTACATGGCGAGCCAAGAGAGATTTAAATACTGGTTATCGGCTTACTAATTTTGAACCTTTCGTTCCTACTCTTGTGAACGATAGTGTTGAATCTGTTGGTGGTCTCTATGAGATCCAAATTCCGACAGAATTTACTATAGGTAACCTAGAGGAATTTGTACAAACAACTTCCCCCAAGGTAACCATTGATTGTGCTGCGTTTGTCTGTGGTGACTATGCGGCTTGTAGAGAACAATTAGTAGAGTATGGTAGTTTCTGTGATAACATTAACACCATACTAAATGAAGTTAATAGCATGATTGATACATCCCAGTATCAATTAGCTAGTACATTAATGAATGGTGTCACACTAAGCAGCAGGCTTAAGGATGGCATCAGTTTCAATCAGGACGACATCAACTTTTCTTCTGTGATGGGCTGTGTTGGTAGCAATTGCATATCACACCGCTCCGCAATAGAAGATATACTTTTTAACAAAGTAAAATTGTCTGATGTTGGTTTTGTGGACGCTTATAACAATTGCACTCAAGGTTCTGAAATTAGAGATCTTGTTTGTGTGCAGAGTTTTAACGGTATTAAGGTACTACCACCTGTTCTATCAGAGTCTCAGATGTCTGGTTACGCTACAGGTGTAGGACTATCCATGCTGTTTCCGCCATTTTCAGCGGCAGCAGGGGTCCCATTCACTATGAGTGTTCAATACAGGATTAATGGTCTTGGTGTCACTATGGATGTTTTGAACCAGAACCAGAAAATGATTGCTAATGCCTTCAACAACGCTCTGACAGCTATTCAGAATGGGTTCGATGCAACCAATTCTGCGCTAGCTAAGATTCAGTCTGTTGTGAATGCAAATGCAGAAGCTTTAAATAACTTGTTGCAGCAGCTCTCTAATAGATTTGGTGCAATTAGTTCATCTTTACAGGAAATTCTATCTAGGCTGGATGCCCTTGAGGCACAAGTCCAAATAGATAGATTAATTAATGGCAGGCTTACTGCCCTCAATGCCTATGTGTCGCAACAACTTAGCGACATAACGCTTGTTAAGTTCAGTGCTTCTCAGGCCATTGAGAAGGTTAATGAATGTGTTAAAAGTCAGTCAACGCGCGTAAATTTCTGTGGCAACGGAAATCATATATTGTCTCTTGTCCAGAACGCGCCATATGGATTATATTTTATTCACTTCAGCTACCAACCAACTAAATACACCACTGCTTACGTGAGCCCTGGCTTATGTTTGGCTGGTGATGTTGGAGTAGCACCTAAAAGTGGGTACTTTATCAAAGTTAATGATAAATGGATGTTCACTGGTAGTGCTTACTACCATCCTGAACCCATTACTAATGATAATGTTATAATGATGAATAATTGCGCTGTGAATTTTACAAAAGCGCCTGATGTAGTCTTGAACACATCAATACCTAATCTCCCCGACTTCAAGGAGGAGTTGGATAAATGGTTTAAAAATCAAAGTTCAGTGGCACCTGACTTGTCGCTGGATCTTGAAAGAATTAATGTTACCTTCCTGGATCTCCAAGAAGAGATGGATAGGATTCAGGATGCAATTAAAAAGTTAAATGACAGTTACATCAACCTAAAGGAGATTGGTACGTACGAGATGTATGTAAAATGGCCTTGGTATGTATGGCTCTTAATTGGCCTTGCAGGTGTAGCTGTCTTAGTACTCCTATTCTTTGTATGCTGTTGTACAGGATGTGGATCTAGTTGTTTTAAGAAGTGTGGAAGTTGCTGTGATGATTATGGTGGTCATCAAGATATTGTGGTTAAAACCAGTCATGATGATTAA
Protein
MVIIFLLLFAEPVFGIIGDFKCTQSWINSAASPQPPISTEVVDVSNGVGTYYVLNRVYLNTSLLLTGYYPVSGSIYRNLLLKGTQWLSTNWFLPPFLSEFNSGIFVKARNSKPVLNGITHSEFGTIVFGTSFVNTTYTIVIEPSTQIVNGKLIGTLSASVCQYTMCEYPNTACNPVLGNGRPSLWHASIGIVPCLYQRNFTYNVAADNIYFHFYQDGGTFYAYVGDKSPITTLLFQVYLGTVVTHYYVLPLVCNARQTYEYWVTPLIKREYLLVFDGNGVITNAVDCASDHMSEIQCMTQNIKPVTGVYELTGYTVQPIADVYRRIPNLPDCEIEQWLNDPQVPSPISWERKTFSNCNFNMSSLLSKVRATSFSCNNIDASKIYDMCFGSITIDKFAIPNSRKVDLQFGSSGYIQNYNYRLDQSATSCQLYYGIPANNVTVTKKNPSGWNNRYGFVEFKPLNIGQNYNKYSAIYSTMCFNVPNDYCPCKLGCPTGTVERPQIGTSTSGQPIYDCPGYPWLTSSACKQTPATVGVGQYCPGVGVMADQCAPSMPGNSILTCSCSNTQYSAGNSQPYYYAWTSFGADTCLSGGNCQVFANVLLNNVNSGTTCATDLQKANTEIIVGVCVKYDLYGISGQGIFTEVNATYYNSWQNLLYDSNGGLYGFKDFLTNRTYMIRSCYSGRVSAAYHSDTDEPALLYRNLKCSYVFNNNISISRSVIRYFDSYLGCVVNADDDIAEAVGSCNLTVGSGYCVDYSSTWRAKRDLNTGYRLTNFEPFVPTLVNDSVESVGGLYEIQIPTEFTIGNLEEFVQTTSPKVTIDCAAFVCGDYAACREQLVEYGSFCDNINTILNEVNSMIDTSQYQLASTLMNGVTLSSRLKDGISFNQDDINFSSVMGCVGSNCISHRSAIEDILFNKVKLSDVGFVDAYNNCTQGSEIRDLVCVQSFNGIKVLPPVLSESQMSGYATGVGLSMLFPPFSAAAGVPFTMSVQYRINGLGVTMDVLNQNQKMIANAFNNALTAIQNGFDATNSALAKIQSVVNANAEALNNLLQQLSNRFGAISSSLQEILSRLDALEAQVQIDRLINGRLTALNAYVSQQLSDITLVKFSASQAIEKVNECVKSQSTRVNFCGNGNHILSLVQNAPYGLYFIHFSYQPTKYTTAYVSPGLCLAGDVGVAPKSGYFIKVNDKWMFTGSAYYHPEPITNDNVIMMNNCAVNFTKAPDVVLNTSIPNLPDFKEELDKWFKNQSSVAPDLSLDLERINVTFLDLQEEMDRIQDAIKKLNDSYINLKEIGTYEMYVKWPWYVWLLIGLAGVAVLVLLFFVCCCTGCGSSCFKKCGSCCDDYGGHQDIVVKTSHDD
Summary
Uniprot
Pubmed
EMBL
ProteinModelPortal
PDB
6OHW
E-value=0.0 Score=1720 Identity=65.43%
Cov(Q)=97.13% Cov(P)=99.77%
3D Structure
Ontologies
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
1358
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
23.64068
Exp number, first 60 AAs:
0.13834
Total prob of N-in:
0.00934
outside
1 - 1302
TMhelix
1303 - 1325
inside
1326 - 1358
