Strain
Porcine_NC_028806
(Region: Italy; Strain: Swine enteric coronavirus strain Italy/213306/2009, complete genome.; Date: 4-Sep-09)
Gene
replicase polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGAGTTCCAAACAATTCAAGATCCTCGTCAATGAGGACTACCAAGTCAACGTGCCTAGTCTTCCTATTCGTGACGTGTTACAGGAAATCAAGTACTGTTACCGTAATGGATTTGAGGGCTATGTTTTCGTACCAGAATACTGTCGTGACCTAGTTGATTGCGATCGTAAGGATCACTACGTCATCGGTGTTCTTGGTAACGGAGTAAGTGATCTTAAACCCGTTCTTCTTACCGAACCCTCCGTCATGTTGCAAGGCTTTATTGTTAGAGCTAACTGCAATGGCGTTCTTGAGGACTTTGACCTTAAAATTGCTCGCACTGGCCGAGGTATCATATATGTTGATCAATATATGTGTGGTGCTGATGGAAAACCAGTCATTGAGGGCGATTTTAAGGATTATTTCGGTGATGAAGACATCATTGAATTTGAAGGAGAGGAATACCATTGCGCTTGGACAACTGTGCGCGATGAGAAACCGCTGAATCAGCAAACTCTCTTTACTATTCAGGAAATCCAATACAACATGGACATTCCTCATAAGTTGTCAAACTGTGCTATTAGACATGTAGCACCGCCAGTCAAAAAGAACTCTAAAATAGTTCTGTCTGAAGATTACAAGAAGCTTTATGAAATCTTCGGATCACCCTTTATGGGAAATGGTGACTGTCTTAGCAAATGCTTTAACACTCTCCATTTTATCGTTGCTACTCTTAGATGCCCTTGTGGTTCTGAAAGTAGCGGCGTGGGAGATTGGACAGGTTTTAAGACTGCTTGTTGTGGTCTTTCTGGCAAAGTTAAGGGTGTCACTTTGGGTGATATTAAGCCAGGTGATGCTGTCGTCACTAGTATGAGCGCAGGTAAGGGAGTTAAGTTCTTTGCCAATTGTGTTCTTCAATATGCTGGTGACGTTGAAGGTGTCTCTATATGGAAAGTTATTAAAACTTTTACAGTTGATGATACTGTGTGCACCCCTGGCTTTGAAGGCGAATTGAACGACTTCATCAAACCTGAGAGCAAATCACTACTTGCATGCAGCGTTAAAAGAGCATTCATTACTGGTGAGATTGATGATGCTGTACATGATTGTATCATTACAGGAAAATTGGATCTTAGTACAAACCTTTTTGGTAACGTTGGTCTATTATTTAAGAAGACTCCATGGTTTGTACAAAAGTGTGGTGCACTTTTTGTGGATGCTTGGAAATTAGTAGAAGAACTTTGTGGTTCACTCACACTTACATACAAGCAAATTTATGAAGTTGTAGCATCACTTTGCAATTCTGTTTTTACGATTGTAAACTACAAGCCAACATTTGTGGTTCCAGACAATCGTGTTAAAGACCTTGTAGACAAGTGTGTGCAAGTTTTTGTAAAAGCATTTGATGCTTTTACGCAGGTTATTACAATAGCTGGTATTGAGGCCAAATGTTTTGTTCTTGGTGCTAAATACCTGTTGTTCAATAATGCACTTGTCAAACTTGTCAGTGTTAAAATCCTTGGCAAGAAGCAAAAGGGTCTTGAATGTGCATTCTTTGCTACTAGCTTAGTTGGTGCAACTGTTAATGTGACACCTAAAAGAACAGAGACTGCCACTATCAGCTTGAACAAAGTTGATGATGTTGTAGCACCAGGAGAAGGTTATATCGTCATTGTTGGTGATATGGCTTTCTACAAGAGTGGTGAATATTATTTCATGATGTCTAGTCCTAACTCTGTTCTTACTAGCAATGTTTTTAAAGCAGTTAAAGTTCCATCTTACGACATCGTGTACGATGTTGATAATGATACTAAAAGCAAAATGATTGCAAAACTTGGTTCATCATTTGAATATGATGGTGATATTGATGCTGCTATTGTAAAAGTCAATGAATTACTCACTGAATTTAGGCAGCAAAGTTTGTGCTTCAGAGCTCTTAAGGACGAAAAAAGCATTTTTGTTGAAGCCTACTTTAAAAAGTATAAAATGCCAGCATGCCTTGCAAAACATATTGGTTTGTGGAACATCATAAAGAAGGATTCATGTAAGAGGGGTTTTCTTAATCTCTTCAATCATTTGAATGAATTGGAGGATATTAAAGAGACTAATATCCAGGCTATTAAAAACATTCTTTGTCCTGATCCTCTTCTTGATCTGGATTATGGTGCCATTTGGTATAACTGCATGCCAAGTTGCTCTGATCCTTCAGTTTTGGGGAGCGTTCAACTTTTGATTGGTAATGGTGTGAAAGTGGTTTGTGATGGATGCAAAGGTTTTGCTAATCAACTTTCAAAAGGTTACAACAAGCTCTGTAATGCGGCTCGTAACGATATTGAGATTGGTGGTATACCATTTTCCACTTTTAAAACACCTACAAGTACTTTTATTGAAATGACAGATGCTATCTATTCAGTTGTTGAACAGGGTGAGGCATTATCCTTTAGAGATGCTGATGTACCAGTTGTAGATGATGGTACCACTGCTACTGTTGATTGGTCTGAACCCATTTTGCTTGAACCTGCTGAATATGTAAAACCAAAGAACAATGGTAATGTCATTGTTATTGCAGGTTATACATTTTATAAAGATGAGGATGAACATTTTTATCCCTATGGTTTTGGTAAAATTTTGCAGAGAATGTATAATAAAATGGGTGGTGGTGACAAAACTGTCTCATTTTCAGATGAAGTAGATGTTCAAGAAATTGCACCCGTTACAAGTGTTAAACTTGAATTTGAATTTGACAATGAAATTGTAACTGGTGTTCTTGAACGAGCTATTGGTACTAGATACAAATTTACTGGTACGACTTGGGAAGAATTTGAAGAGTCTATTTCTGAAGAACTTGATGCGATTTTTGATACTTTAGCAAACCAAGGTGTCAAACTTGAAGGTTACTTCATTTATGATACTTGTGGTGGCTTTGATATAAAAAATCCAGATGGTATTATGGTCTCTCAGTATGATATTGATATTACTGTTGATGAAAAATCAGAAGTTAGTGTATCAATTGAAAAAGAAGAAGTTGACTCTGTTGAAGAAAATCCCAGCGATGAAATCGAAGCATTTGAAGGTGCTGAAGGGATTTCTTCTCAAGAAGATGCTGAAACAGTAGACTTTGCAGATCTTACTTCCACAGAAGAAGATGTTGACATTGTTGAAGTAACTGCTAAAGATGACCCTTGGGCTGCAGCTGTTGATGTACAAGAAGCTGAACAATTTAAGCATTCTCCACCACCTTTCAGGACAACGAATCTCAACGGAAAAATTATCCTTAAGCAAGAGGATAATAATTGTTGGATAAATGCTTGTTGCTACCAGCTTCAGGCTTTTGATTTTTTCAACAATGAAGCTTGGGAGAAATTTAAGAAGGGTGATGTCATGGAATTCGTAAACCTTTGCTATGCAGCGACAACACTAGCAAGAGGTCACTCTGGTGATGCAGATTATCTTCTTGAACTTATGCTCAATGATTATAGCACAGCCAAGATAGTACTTGCAGCTAATTGTGGTTGTGGTGAAAAAGAAATTGTTTTGGAAAGAACTGTTTTTAAACTCACCCCACTTAAGGAGAGCTTTAGCTATGGTGTTTGTGGTGATTGCATGCAAGTTAACAACTGTAGGTTTTTAAGTGTTGAAGGCTCGGGTGTTTTTGTTCATGACATATTAAGCAAGCAGACGCCAGAGTCTATGTTTGTTGTCAAACCTGTTATGCATGCAGTTTACACTGGCACAACTCAAAATGGCCATTACATGGTTGATGATATTGAACACGGTTACTGTGTGGATGGTATGGGTATTAAGCCACTTAAGAAACGGTTTTATACATCCACATTGTTCATTAATGCCAATGTAATGACTAGAGCTGAAAAACCAAAACAAGAGTTTAAAGTTGAAAAAGTGGAACAGCAACCTATAGTGGAGGATGATAAATCCTCTATTGAAAAAGAGGAAATTCAAAGTCCTAAAAATGATGACCTTATACTGCCATTTTATAAAGTTGGTAAACTTTCCTTTTATCAGGGTGCTTTGGATGTTTTGATTAATTTTTTGGAACCTGATGTTATTGTTAATGCTGCTAATGGTGATCTTAAACACATGGGTGGTGTCGCAAGAGCCATCGATGTTTTCACTGGTGGTAAATTAACAGAACGTTCTAAGGATTATCTCAAAAAGAACAAATCTATTGCTCCTGGTAATGCAGTTTTCTTTGAAAATGTCATTGAGCATCTTAGTGTTTTGAACGCAGTTGGACCACGTAATGGTGACAGCCGAGTTGAAGCCAAACTTTGTAATGTTTACAAAGCAATTGCAAAGTGTGAAGGAAAAATATTAACACCACTTATTAGTGTTGGTATCTTTAATGTTAGACTTGAAACATCATTGCAGTGCTTACTTAAGACTGTGAATGACAAGGGATTGAATGTCTTCGTATATACCGATCAAGAAAGGCACACTATTGAGAATTTCTTTGCTTGTTCTATCCCTATTAATGTTACTGAGGACAATGTTAATCATGAACGTGTGTCTGTTTCTTTTGATAAAACATATGGTGAACAGCTTAATGGCACCGTTGTCATTAAAGATAAAGATGTTACAAACCAGTTGCCTAGTGCTTTTGATGTTGGTCAAAAAGTTGTCAAGGCTATTGATATAGATTGGCAAGCTTATTATGGTTTCCGTGATGCTGCTGCTTTTAGTGCTAGTAGTCATGATGCTTATAAATTTGAAGTTGTTACACATAGCAATTTCATTGTGCATAAGCAGACTGACAACAACTGCTGGATTAATGCAATTTGTCTTGCATTACAGAGACTCAAGCCACAGTGGAAATTTCCTGGTGTTAGAGGTCTCTGGAATGAATTTCTTGAGCGTAAAACACAAGGTTTTGTACATATGTTGTATCACATTTCTGGAGTAAAGAAAGGTGAGCCAGGTGATGCTGAATTAATGCTTCATAAACTTGGTGACTTGATGGACAATGAGTGTGAAATCATTGTCACACATACTACAGCATGTGACAAGTGCGCAAAAGTAGAAAAGTTTGTTGGACCAGTGGTAGCAGCACCTCTTGCAATTCATGGCATTGACGAAACATGTGTGCATGGTGTTAGTGTCAATGTCAAAGTTACCCAAGTTAGTGGCACTGTTGCCATTACCTCTTTGATTGGTCCTATTATTGGAGAAGTACTAGAAGCAACTGGTTATATTTGTTATAGCGGTTCTAATATGAGTGGTCATTATACCTATTACGACAACCGTAATGGATTAGTGGTTGATGCAGAAAAGGCTTACCATTTTAATAGAGACTTATTACAGGTCACAACAGTTATTGCAAGTAATTTTGTTGTCAAGAAACCACAAGCAGGGGAGAGACCTAAGAATTGTGCTTTTAAAGCTGCAGCATCTCCTAAGATTGTACAGGAACAAAAATTGTTGGCTATTGAAAGTGGCGCTAACTATGCTCTTACTGAATTTGGAAAATATGCTGATATGTTCTTTATGGCTGGAGATAAAATTCTTAGGTTTCTGCTTGAAATCTTTAAATATTTGCTGGTTCTATTTATGTGTCTTAGAAGTACTAAGATGCCTAAAGTTAAAGTCAAACCGCCTTTTGCATTTAAAGATTTTGGTGCTAAGGTCAGAACTCTCAACTACATGAGACAATTGAACAAACCATCTGTTTGGCGTTATGCAAAACTAGTTTTATTGTTGATAGCAATATATAATTTCTTTTATTTGTTTGTTAGTATACCAGTGGTGCATAAATTAACATGTAATGGTGCTGTACAGGCATATAAAAATTCTAGCTTTATAAAGTCAGCAGTCTGTGGCAATTCTATTTTATGCAAAGCCTGTTTGGCTTCTTATGATGAGTTGGCCGATTTTCAACATCTCCAAGTTACTTGGGATTTTAAATCTGACCCATTATGGAACAGACTGGTACAATTGTCTTACTTTGCATTCTTGGCTGTTTTTGGTAGTAACTATGTTAGGTGTTTTCTTATGTATTTTGTATCTCAGTACCTTAACCTTTGGCTTTCTTATTTTGGTTATGTAGAGTACAGTTGGTTTTTGCATGTTGTTAACTTTGAATCTATTTCAGCTGAGTTTGTGATTGTAGTTATAGTGGTTAAGGCAGTTCTCGCTCTTAAACATATTGTCTTTTCATGCTCAAACCCTTCTTGCAAAACGTGCTCTAGAACTGCAAGGCAGACACGTATTCCTATTCAAGTTGTTGTTAATGGTTCAATGAAAACTGTTTATGTTCATGCTAATGGTACTGGTAAATTTTGCAAGAAACACAATTTTTATTGTAAGAACTGTGAGTCTTATGGCTTTGAAAATACATTCATTTGTGACGAAATTGTACGTGATCTCAGTAATAGTGTTAAACAAACTGTTTACGCCACTGATAGATCGCATCAAGAAGTCACAAAAGTTGAATGTTCAGATGGCTTTTACAGATTTTATGTTGGTGATGAATTCACTTCATATGATTACGATGTAAAACACAAGAAATATAGTAGTCAAGAGGTTCTCAAGAACATGCTCTTGCTTGACGATTTTATTGTGTACAGTCCATCTGGCTCTGCTCTTGCAAATGTTAGAAATGCCTGTGTTTACTTTTCACAACTTATTGGTAAGCCTATTAAGATTGTTAACAGTGATTTGCTTGAAGATCTCTCTGTAGATTTTAAAGGGGCACTTTTTAATGCTAAAAAGAATGTAATTAAGAATTCTTTCAATGTTGATGTCTCAGAATGCAAAAATCTTGACGAATGTTACAGGGTTTGCAATCTTAATGTGTCGTTTTCCACATTTGAAATGGCTGTCAACAATGCTCATAGATTTGGTATTCTGATTACTGACCGTTCTTTTAACAATTTCTGGCCATCAAAAGTTAAGCCTGGTTCATCTGGTGTGTCGGCCATGGACATTGGTAAGTGTATGACTTCTGATGCTAAGATTGTTAATGCTAAAGTTTTAACTCAACGTGGTAAAAGTGTTGTTTGGCTTAGCCAGGATTTTGCTGCACTTAGCTCAACTGCTCAGAAAGTTTTGGTTAAAACTTTTGTAGAAGAGGGTGTCAACTTTTCACTCACATTTAATGCTGTAGGTTCAGACGATGATCTTCCTTATGAAAGATTCACTGAATCTGTGTCTCCAAAAAGTGGTTCAGGCTTTTTCGATGTAATTACACAGCTTAAACAAATTGTGATTTTGGTGTTTGTTTTTATTTTTATTTGTGGTTTGTGCTCTGTTTACAGTTTTGCTACACAGTCCTATATTGAATCTGCTGAAGGCTATGATTACATGGTTATTAAGAATGGAATTGTTCAACCTTTTGACGATACCATTTCATGTGTTCATAACACTTATAAAGGATTTAGTGACTGGTTTAAAGCTAAGTATGGTTTTGGCCCTACTTTTGGTAAATCATGTCCAATTGTTGTAGGAACTGTTTTTGATCTTGAAAATATGAGACCAATCCCTGACGTGCCTGCATATGTTTCTATTGTGGATAGATCTCTTGTTTTTGCTATTAATGCTGCCTTTGGTGTTACTAATATGTGCTATGATCATACTGGCAATGCAGTTAGTAAGGACTCTTACTTTGACACTTGTGTGTTTAATACTGCATGCACCACTCTTACAGGTCTTGGTGGTACAATTGTATATTGTGCAAAGCAAGGTTTAGTTGAGGGTGCTAAGCTCTATAGTGATCTTATGCCAGACTATTATTATGAGCATGCTAGTGGTAACATGGTTAAACTGCCAGCAATTATTAGAGGACTTGGTCTACGTTTTGTGAAAACACAGGCTACAACTTATTGTAGAGTGGGAGAGTGCATTGATAGTAAAGCTGGTTTTTGCTTTGGTGGTGATAACTGGTTTGTCTACGATAAAGAGTTTGGTAATGGATACATCTGTGGTAATTCTGTGTTAGGATTCTTTAAGAATGTTTTCAAACTCTTTAACTCTAACATGTCTGTGGTAGCTACATCTGGTGCGATGCTTGTTAATATCATTATTGCATGCTTAGCTATTGCAACGTGTTACGGTATTCTTAAGTTTAAGAAGATTTTTGGTGATTGTACTTTCCTCATTGTTATGATTATTGTCACTCTTATTGTGAATAATGTGTCTTATTTTGTCACTCAAAATACGTTCTTTATGATCATTTATGCCATTGTTTACTATCTTACAACAAGAAAAATTGCATACCCAGGCATTTTTGATGCTGGGTTTATTATTGCTTATATTAATATGGCTCCATGGTACGTGATTACCGCATATGTCATAGTTTTCCTCTATGATTCACTCCCTTCACTGTTTAAACTTAAAGTTTCAACAAATCTCTTTGAAGGTGACAAATTTGTGGGTAACTTTGAATCTGCTGCTATGGGTACTTTTGTTATTGACATGCGTTCATATGAGACTATTGTTAATTCTACTCCTATTGATAGAATTAAATCATATGCTAACAGCTTCAATAAATATAAGTACTACACAGGTTCAATGGGAGAAGCTGACTACAGAATGGCTTGTTATGCTCATCTTGGTAAAGCTCTTATGGACTATTCTGTTAATAGAACCGACATGCTTTACACACCTCCTACTGTTAGTGTTAATTCCACACTTCAGTCAGGTTTACGGAAAATGGCGCAGCCTAGTGGTCTTGTAGAGCCTTGCATTGTAAGAGTCTCCTATGGTAACAATGTGCTTAATGGTTTATGGTTAGGAGATGAAGTCATTTGCCCTAGACATGTTATTGCTAGTGATACCACACGTGTTATCAACTATGAAAATGAAATGTCTAGTGTGAGACTTCACAACTTTTCAGTTTCTAAGCATAATGTGTTTTTGGGTGTTGTGTCTGCCAGATGTAAGGGTGTGAATCTTGTACTTAAAGTCAACCAGGTTAATCCTAATACACCAGAACATAAATTTAAGTCTGTTAAAGCTGGTGAAAGTTTTAACATTCTAGCTTGTTATGAAGGATGTCCTGGCAGTGTTTATGGTGTCAACATGAGAAGTCAAGGTACCATTAAAGGGTCTTTTATAGCTGGTACTTGTGGATCAGTAGGTTATGTGTTAGAAAATGGAATTCTCTATTTTGTATACATGCATCATTTAGAACTCGGAAATGGCTCGCATGTTGGTGCCAATTTTGAAGGAGAAATGTATGGTGGTTATGAAGATCAACCTAGCATGCAATTGGAAGGTACTAATGTCATGTCATCAGATAATGTGGTTGCATTTTTATATGCCGCACTTATCAATGGTGAAAGGTGGTTTATTACAAACACATCGATGTCATTAGAATCGTACAATACATGGGCTAAAACTAACAGTTTCACAGAACTTTCTTCAACTGATGCTTTTAGCATGTTGGCTGCAAAAACTGGTCAAAGTGTTGAGAAATTACTAGATAGTATCGTAAGACTCAACAAGGGTTTTGGAGGTCGTACTATACTGTCTTATGGCTCATTGTGTGACGAGTTCACTCCAACTGAAGTCATAAGGCAGATGTATGGTGTAAATCTTCAGGTTGGTAAAGTAAAATCTTTCTTTTACCCTATTATGACTGCAATGACAATTCTTTTTGCCTTTTGGCTTGAATTCTTTATGTACACACCCTTCACTTGGATTAATCCAACTTTCGTTAGTATTGTGTTGGTTGTTACAACTTTAATCTCGACGGTTCTTGTCTCTGGTATTAAGCATAAAATGTTATTCTTTATGTCTTTTGTTCTTCCTAGTGTTATCCTTGTGACAGCAAACAATTTGTGCTGGGACTTGTCTTACTATGAAGGTCTTCAGTCAATTGTTGAGAATACTAATATTATGTTCTTGCCTGTAGACATGCAAGGTGTCATGCTCACAGTGTTCTGCTTTATTGTTTTTGTTACATATAGTGTTAGATTCTTTACATGTAAACAATCATGGTTCTCACTTGCTGTGACAACTATTTTTGTGATCTTTAACATGGTTAAAGTATTTGGAACATCTGATGAACCGTGGAATGAAAACCAAATTTCTTTCTGCTTTGTGAACATGCTTACTATGATTGTTAGTCTTACTACAAAGGATTGGATGGTTGTCGTTGCATCATACAGAGTTGCATATTATATTGTTGTATGTGTAATGCCACCTGCTTTTGTATCTGACTTCGGGTTTATGAAGTGTATTAGCATTGTTTACATGGCGTGCGGTTACTTGTTTTGTTGCTATTATGGCATTCTTTATTGGATTAATAGATTTACATGCATGACTTGTGGTGTTTATCAATTCACTGTGTCTGCAGCTGAACTTAAATACATGACAGCTAACAATCTTTCTGCACCTAAGAACGCATATGATGCTATGATTCTTAGTGCTAAATTGATTGGTGTTGGAGGTAAGAGAAACATTAAAATTTCAACTGTACAGTCAAAACTTACAGAGATGAAATGTACCAATGTTGTCTTGCTTGGTCTTCTGTCTAAAATGCATGTTGAATCTAATTCAAAAGAGTGGAACTATTGTGTTGGACTACATAATGAGATAAATCTTTGTGAAGATCCTGAAATCGTTCTTGAGAAATTGTTAGCTCTCATTGCATTTTTCTTGTCCAAACATAACACTTGTGACCTTAGCGAACTTATTGACTCATACTTTGAGAACACCACCATACTTCAAAGTGTGGCCTCAGCTTATGCTGCATTGCCTAGTTGGATTGCACTTGAAAAAGCTCGCGCTGATCTTGAAGAGGCTAAGAAAAATGATGTTAGCCCTCAAATTTTGAAGCAGCTTACTAAAGCATTTAACATTGCCAAGAGTGATTTTGAGCGCGAAGCATCAGTGCAAAAGAAGCTTGACAAAATGGCGGAGCAGGCTGCAGCTAGTATGTATAAGGAGGCACGAGCTGTTGACAGAAAGTCAAAGATTGTTTCTGCTATGCATAGTCTACTTTTTGGTATGCTTAAGAAACTTGATATGTCCAGTGTCAACACTATTATTGAACAGGCTCGTAACGGTGTCCTACCTTTAAGTATTATTCCAGCTGCGTCAGCTACAAGACTTGTTGTTATTACACCTAGCCTTGAAGTGTTTTCCAAGATTAGGCAAGAAAACAATGTTCATTATGCTGGTGCCATTTGGACTATTGTTGAAGTTAAAGATGCTAATGGTTCACATGTACATCTTAAGGAAGTTACCGCTGCTAATGAATTAAACCTTACTTGGCCATTGAGCATCACTTGTGAGAGAACCACAAAGCTTCAGAACAATGAAATTATGCCAGGCAAACTTAAAGAGAGAGCTGTCAGAGCGTCAGCTACTCTTGATGGCGAAGCTTTTGGTAGTGGAAAGGCTCTTATGGCCGCTGAAAGTGGAAAAAGTTTTATGTATGCATTTATAGCATCAGACAACAATCTTAAGTATGTTAAGTGGGAGAGCAATAATGATATTATACCTATTGAACTTGAAGCTCCATTGCGTTTCTATGTCGATGGCGCTAATGGTCCTGAAGTTAAGTATTTGTATTTTGTTAAGAATTTAAACACTCTTAGACGTGGTGCCGTTCTTGGTTATATCGGTGCGACAGTTCGTCTGCAAGCTGGTAAACCTACTGAACATCCGTCTAACAGTAGTTTATTGACGTTGTGTGCTTTTGCACCTGATCCTGCTAAAGCATATGTTGACGCTGTTAAGAGAGGTATGCAACCAGTTAATAACTGTGTAAAAATGCTCTCAAATGGTGCTGGTAATGGTATGGCTGTTACAAATGGTGTCGAAGCTAACACGCAACAGGACTCTTATGGTGGTGCTTCAGTTTGCATTTATTGCAGATGCCATGTTGAACATCCCGCTATTGATGGATTGTGCCGCTATAAAGGTAAGTTCGTGCAAGTACCAACTGGCACACAAGATCCAATTCGGTTCTGTATTGAAAATGAGGTTTGTGTTGTCTGTGGTTGTTGGCTTAACAATGGTTGTATGTGCGATCGTACTTCTATGCAGAGTTCTACTGTTGATCAGAGTTATTTAAACGAGTGCGGGGTTCTAGTGCAGCTCGACTAG
Protein
MSSKQFKILVNEDYQVNVPSLPIRDVLQEIKYCYRNGFEGYVFVPEYCRDLVDCDRKDHYVIGVLGNGVSDLKPVLLTEPSVMLQGFIVRANCNGVLEDFDLKIARTGRGIIYVDQYMCGADGKPVIEGDFKDYFGDEDIIEFEGEEYHCAWTTVRDEKPLNQQTLFTIQEIQYNMDIPHKLSNCAIRHVAPPVKKNSKIVLSEDYKKLYEIFGSPFMGNGDCLSKCFNTLHFIVATLRCPCGSESSGVGDWTGFKTACCGLSGKVKGVTLGDIKPGDAVVTSMSAGKGVKFFANCVLQYAGDVEGVSIWKVIKTFTVDDTVCTPGFEGELNDFIKPESKSLLACSVKRAFITGEIDDAVHDCIITGKLDLSTNLFGNVGLLFKKTPWFVQKCGALFVDAWKLVEELCGSLTLTYKQIYEVVASLCNSVFTIVNYKPTFVVPDNRVKDLVDKCVQVFVKAFDAFTQVITIAGIEAKCFVLGAKYLLFNNALVKLVSVKILGKKQKGLECAFFATSLVGATVNVTPKRTETATISLNKVDDVVAPGEGYIVIVGDMAFYKSGEYYFMMSSPNSVLTSNVFKAVKVPSYDIVYDVDNDTKSKMIAKLGSSFEYDGDIDAAIVKVNELLTEFRQQSLCFRALKDEKSIFVEAYFKKYKMPACLAKHIGLWNIIKKDSCKRGFLNLFNHLNELEDIKETNIQAIKNILCPDPLLDLDYGAIWYNCMPSCSDPSVLGSVQLLIGNGVKVVCDGCKGFANQLSKGYNKLCNAARNDIEIGGIPFSTFKTPTSTFIEMTDAIYSVVEQGEALSFRDADVPVVDDGTTATVDWSEPILLEPAEYVKPKNNGNVIVIAGYTFYKDEDEHFYPYGFGKILQRMYNKMGGGDKTVSFSDEVDVQEIAPVTSVKLEFEFDNEIVTGVLERAIGTRYKFTGTTWEEFEESISEELDAIFDTLANQGVKLEGYFIYDTCGGFDIKNPDGIMVSQYDIDITVDEKSEVSVSIEKEEVDSVEENPSDEIEAFEGAEGISSQEDAETVDFADLTSTEEDVDIVEVTAKDDPWAAAVDVQEAEQFKHSPPPFRTTNLNGKIILKQEDNNCWINACCYQLQAFDFFNNEAWEKFKKGDVMEFVNLCYAATTLARGHSGDADYLLELMLNDYSTAKIVLAANCGCGEKEIVLERTVFKLTPLKESFSYGVCGDCMQVNNCRFLSVEGSGVFVHDILSKQTPESMFVVKPVMHAVYTGTTQNGHYMVDDIEHGYCVDGMGIKPLKKRFYTSTLFINANVMTRAEKPKQEFKVEKVEQQPIVEDDKSSIEKEEIQSPKNDDLILPFYKVGKLSFYQGALDVLINFLEPDVIVNAANGDLKHMGGVARAIDVFTGGKLTERSKDYLKKNKSIAPGNAVFFENVIEHLSVLNAVGPRNGDSRVEAKLCNVYKAIAKCEGKILTPLISVGIFNVRLETSLQCLLKTVNDKGLNVFVYTDQERHTIENFFACSIPINVTEDNVNHERVSVSFDKTYGEQLNGTVVIKDKDVTNQLPSAFDVGQKVVKAIDIDWQAYYGFRDAAAFSASSHDAYKFEVVTHSNFIVHKQTDNNCWINAICLALQRLKPQWKFPGVRGLWNEFLERKTQGFVHMLYHISGVKKGEPGDAELMLHKLGDLMDNECEIIVTHTTACDKCAKVEKFVGPVVAAPLAIHGIDETCVHGVSVNVKVTQVSGTVAITSLIGPIIGEVLEATGYICYSGSNMSGHYTYYDNRNGLVVDAEKAYHFNRDLLQVTTVIASNFVVKKPQAGERPKNCAFKAAASPKIVQEQKLLAIESGANYALTEFGKYADMFFMAGDKILRFLLEIFKYLLVLFMCLRSTKMPKVKVKPPFAFKDFGAKVRTLNYMRQLNKPSVWRYAKLVLLLIAIYNFFYLFVSIPVVHKLTCNGAVQAYKNSSFIKSAVCGNSILCKACLASYDELADFQHLQVTWDFKSDPLWNRLVQLSYFAFLAVFGSNYVRCFLMYFVSQYLNLWLSYFGYVEYSWFLHVVNFESISAEFVIVVIVVKAVLALKHIVFSCSNPSCKTCSRTARQTRIPIQVVVNGSMKTVYVHANGTGKFCKKHNFYCKNCESYGFENTFICDEIVRDLSNSVKQTVYATDRSHQEVTKVECSDGFYRFYVGDEFTSYDYDVKHKKYSSQEVLKNMLLLDDFIVYSPSGSALANVRNACVYFSQLIGKPIKIVNSDLLEDLSVDFKGALFNAKKNVIKNSFNVDVSECKNLDECYRVCNLNVSFSTFEMAVNNAHRFGILITDRSFNNFWPSKVKPGSSGVSAMDIGKCMTSDAKIVNAKVLTQRGKSVVWLSQDFAALSSTAQKVLVKTFVEEGVNFSLTFNAVGSDDDLPYERFTESVSPKSGSGFFDVITQLKQIVILVFVFIFICGLCSVYSFATQSYIESAEGYDYMVIKNGIVQPFDDTISCVHNTYKGFSDWFKAKYGFGPTFGKSCPIVVGTVFDLENMRPIPDVPAYVSIVDRSLVFAINAAFGVTNMCYDHTGNAVSKDSYFDTCVFNTACTTLTGLGGTIVYCAKQGLVEGAKLYSDLMPDYYYEHASGNMVKLPAIIRGLGLRFVKTQATTYCRVGECIDSKAGFCFGGDNWFVYDKEFGNGYICGNSVLGFFKNVFKLFNSNMSVVATSGAMLVNIIIACLAIATCYGILKFKKIFGDCTFLIVMIIVTLIVNNVSYFVTQNTFFMIIYAIVYYLTTRKIAYPGIFDAGFIIAYINMAPWYVITAYVIVFLYDSLPSLFKLKVSTNLFEGDKFVGNFESAAMGTFVIDMRSYETIVNSTPIDRIKSYANSFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLGKALMDYSVNRTDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKMAQPSGLVEPCIVRVSYGNNVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTTRVINYENEMSSVRLHNFSVSKHNVFLGVVSARCKGVNLVLKVNQVNPNTPEHKFKSVKAGESFNILACYEGCPGSVYGVNMRSQGTIKGSFIAGTCGSVGYVLENGILYFVYMHHLELGNGSHVGANFEGEMYGGYEDQPSMQLEGTNVMSSDNVVAFLYAALINGERWFITNTSMSLESYNTWAKTNSFTELSSTDAFSMLAAKTGQSVEKLLDSIVRLNKGFGGRTILSYGSLCDEFTPTEVIRQMYGVNLQVGKVKSFFYPIMTAMTILFAFWLEFFMYTPFTWINPTFVSIVLVVTTLISTVLVSGIKHKMLFFMSFVLPSVILVTANNLCWDLSYYEGLQSIVENTNIMFLPVDMQGVMLTVFCFIVFVTYSVRFFTCKQSWFSLAVTTIFVIFNMVKVFGTSDEPWNENQISFCFVNMLTMIVSLTTKDWMVVVASYRVAYYIVVCVMPPAFVSDFGFMKCISIVYMACGYLFCCYYGILYWINRFTCMTCGVYQFTVSAAELKYMTANNLSAPKNAYDAMILSAKLIGVGGKRNIKISTVQSKLTEMKCTNVVLLGLLSKMHVESNSKEWNYCVGLHNEINLCEDPEIVLEKLLALIAFFLSKHNTCDLSELIDSYFENTTILQSVASAYAALPSWIALEKARADLEEAKKNDVSPQILKQLTKAFNIAKSDFEREASVQKKLDKMAEQAAASMYKEARAVDRKSKIVSAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIIEQARNGVLPLSIIPAASATRLVVITPSLEVFSKIRQENNVHYAGAIWTIVEVKDANGSHVHLKEVTAANELNLTWPLSITCERTTKLQNNEIMPGKLKERAVRASATLDGEAFGSGKALMAAESGKSFMYAFIASDNNLKYVKWESNNDIIPIELEAPLRFYVDGANGPEVKYLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKPTEHPSNSSLLTLCAFAPDPAKAYVDAVKRGMQPVNNCVKMLSNGAGNGMAVTNGVEANTQQDSYGGASVCIYCRCHVEHPAIDGLCRYKGKFVQVPTGTQDPIRFCIENEVCVVCGCWLNNGCMCDRTSMQSSTVDQSYLNECGVLVQLD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR036499
NSP9_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR014829 NSP8
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=0.0 Score= 619 Identity=98.02%
Cov(Q)=7.55% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4015
Number of predicted TMHs:
16
Exp number of AAs in TMHs:
407.553329999999
Exp number, first 60 AAs:
0.0002
Total prob of N-in:
0.00026
outside
1 - 1832
TMhelix
1833 - 1851
inside
1852 - 1888
TMhelix
1889 - 1911
outside
1912 - 1973
TMhelix
1974 - 1996
inside
1997 - 2015
TMhelix
2016 - 2038
outside
2039 - 2397
TMhelix
2398 - 2420
inside
2421 - 2656
TMhelix
2657 - 2679
outside
2680 - 2688
TMhelix
2689 - 2711
inside
2712 - 2717
TMhelix
2718 - 2740
outside
2741 - 2743
TMhelix
2744 - 2766
inside
2767 - 3183
TMhelix
3184 - 3206
outside
3207 - 3210
TMhelix
3211 - 3233
inside
3234 - 3239
TMhelix
3240 - 3262
outside
3263 - 3276
TMhelix
3277 - 3299
inside
3300 - 3310
TMhelix
3311 - 3330
outside
3331 - 3361
TMhelix
3362 - 3384
inside
3385 - 3390
TMhelix
3391 - 3413
outside
3414 - 4015
