Strain
Porcine_NC_028806
(Region: Italy; Strain: Swine enteric coronavirus strain Italy/213306/2009, complete genome.; Date: 4-Sep-09)
Gene
replicase polyprotein 1b
Description
Annotated in NCBI,
replicase polyprotein 1b
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
GAGTTATTTAAACGAGTGCGGGGTTCTAGTGCAGCTCGACTAGAACCCTGCAATGGTACTGATCCAGACCATGTTAGTAGAGCTTTTGACATCTATAACAAAGACGTTGCGTGTATTGGTAAATTCCTTAAGACGAATTGTTCAAGATTTAGGAATTTGGACCAACATGATGCCTACTACATTGTCAAACGTTGTACAAAGACCGTTATGGACCATGAGCAAGTCTGTTATAACGATCTTAAAGATTCTGGTGCTGTTGCTGAACATGACTTCTTTACATACAAAGAGGGTAGATGTGAATTCGGTAATGTTGCACGTAGGAATCTTACAAAGTACACAATGATGGATCTTTGTTACGCCATTAGAAATTTTGATGAAAAGAACTGCGAAGTTCTTAAAGAAATACTTGTGACAGTAGGTGCCTGCACTGAAGAATTCTTTGAAAATAAAGATTGGTTTGATCCAGTTGAAAATGAGGCCATACATGAAGTTTATGCAAAACTTGGACCCATTGTAGCCAATGCAATGCTTAAATGTGTTGCCTTTTGCGATGCGATAGTGGAAAAAGGCTATATAGGTGTTATAACACTTGACAACCAAGATCTTAATGGCAATTTCTACGATTTCGGAGATTTCGTGAAGACTGCTCCAGGTTTTGGTTGTGCTTGTGTTACATCATATTATTCTTATATGATGCCTTTAATGGGGATGACTTCATGTTTAGAGTCCGAAAACTTTGTGAAAAGTGAAATCTATGGTTCTGATTATAAGCAGTATGATTTACTAGCTTATGATTTCACTGAACATAAGGAGTATCTTTTCCAAAAATACTTTAAGTACTGGGATCGCACATATCACCCAAATTGTTCTGATTGTACTAGTGACGAGTGCATTATTCATTGTGCCAATTTTAACACATTGTTTTCTATGACAATACCAATGACGGCCTTTGGACCACTTGTTCGTAAAGTTCATATTGATGGTGTACCAGTGGTTGTTACTGCAGGTTACCACTTCAAACAACTTGGTATAGTATGGAATCTTGATGTAAAATTAGACACGGTGAAGTTGAGTATGACTGATCTTCTTAGATTTGTCACAGACCCAACACTTCTTGTAGCATCAAGCCCTGCACTATTAGACCAGCGTACTGTTTGTTTCTCCATTGCAGCTTTGAGTACTGGTGTTACATATCAGACAGTAAAACCAGGTCACTTTAACAAAGATTTCTACGATTTTATAACAGAGCGCGGATTCTTTGAAGAGGGATCTGAGTTAACATTAAAACATTTTTTCTTTGCACAGGGTGGTGAGGCTGCTATGACAGACTTCAATTATTATCGCTACAATAGAGTCACAGTACTTGATATTTGCCAAGCTCAATTTGTTTACAAAATAGTTGGCAAATATTTTGAATGTTATGACGGTGGGTGCATTAGTGCTCGCGAAGTTGTTGTTACAAACTATGATAAGAGTGCTGGCTACCCTTTGAACAAATTTGGTAAAGCTAGACTTTACTATGAAACTCTTTCATATGAAGAGCAGGATGCACTTTTTGCTTTAACAAAGAGAAATGTTTTACCCACAATGACTCAACTGAATTTGAAATACGCTATTTCTGGTAAGGCAAGAGCTCGTACAGTAGGAGGAGTTTCACTTCTTTCTACCATGACTACGAGACAATATCATCAGAAGCATTTGAAGTCAATTGCTGCAACACGCAATGCTACTGTGGTTATTGGTTCAACCAAGTTTTATGGTGGTTGGGACAATATGCTTAAAAATTTAATGCGTGATGTTGATAATGGTTGTTTGATGGGATGGGACTATCCTAAGTGTGACCGTGCTTTACCTAATATGATTAGAATGGCTTCTGCCATGATATTAGGTTCTAAGCATGTTGGTTGTTGTACACATAATGATAGGTTCTACCGCCTTTCCAATGAGTTAGCGCAAGTACTCACAGAAGTTGTGCATTGCACAGGTGGTTTTTATTTTAAACCTGGTGGTACAACTAGCGGTGATGGTACTACGGCATATGCTAACTCTGTTTTTAACATTTTTCAGGCTGTTTCTGCTAATGTTAACAAGCTTTTGGGAGTTGATTCAAACGCTTGTAATAACGTTACAGTAAAATCCATACAACGTAAAGTTTACGATAATTGTTATCGTAGTAGCAGCATTGATGAAGAATTTGTTGTTGAGTACTTTAGTTATTTGAGAAAACACTTTTCTATGATGATTTTATCTGATGATGGAGTTGTATGCTACAACAAAGATTATGCGGATTTAGGTTATGTAGCTGATATTAATGCTTTTAAAGCAACACTCTATTACCAGAATAACGTCTTTATGTCCACCTCCAAGTGTTGGGTAGAACCAGATCTTAGTGTTGGACCACATGAATTTTGTTCACAGCACACATTGCAGATTGTTGGACCTGATGGAGACTACTATCTTCCCTATCCAGACCCCTCCAGAATTTTGTCAGCTGGTGTGTTTGTTGATGACATAGTTAAAACAGACAATGTTATTATGTTAGAACGTTACGTGTCATTGGCTATTGATGCATACCCACTTACAAAACACCCTAAGCCTGCTTATCAAAAAGTGTTTTATACTTTACTAGATTGGGTTAAACATTTACAGAAAAATTTGAATGCAGGTATTCTTGATTCTTTCTCAGTGACAATGTTAGAGGAAGGTCAAGATAAGTTCTGGAGTGAAGAGTTTTACGCTAGCCTCTATGAAAAATCCACTGTCTTGCAAGCTGCAGGCATGTGTGTAGTATGTGGTTCGCAAACTGTACTTCGTTGTGGAGACTGTCTTAGGAGACCACTTTTATGCACGAAATGTGCTTATGACCATGTTATGGGAACAAAGCACAAATTCATTATGTCTATCACACCATATGTGTGTAGTTTTAATGGTTGTAATGTCAATGATGTTACAAAGTTGTTTTTAGGTGGTCTTAGTTATTATTGTATGAACCACAAACCACAGTTGTCATTCCCACTCTGTGCTAATGGTAACGTTTTTGGTTTATATAAAAGTAGTGCGGTCGGTTCAGAGGCTGTTGAAGATTTCAACAAACTTGCAGTCTCTGACTGGACTAATGTAGAAGACTACAAACTTGCTAACAATGTCAAGGAATCTCTGAAAATTTTTGCTGCTGAAACTGTGAAAGCTAAAGAGGAGTCTGTTAAATCTGAATATGCTTATGCTATATTAAAGGAGGTTGTCGGCCCTAAGGAAATTGTACTCCAATGGGAAGCTTCTAAGACTAAGCCTCCACTTAATAGAAATTCAGTTTTCACGTGTTTTCAGATAAGTAAGGATACTAAAATTCAATTAGGTGAATTTGTGTTTGAGCAATCCGAGTACGGTAGTGATTCTGTTTATTATAAGAGCACAAGTACTTATAAATTGATACCAGGTATGATTTTTGTGTTGACTTCTCATAATGTGAGTCCTCTTAAAGCCCCAATTTTGGTCAACCAAGAAAAGTACAATACCATATCTAAGCTATATCCTGTCTTTAATATAGCGGAAGCCTATAACACACTGGTTCCTTACTACCAAATTATAGGTAGGCAAAAATTTACAACTATCCAAGGCCCTCCTGGTAGCGGTAAATCTCATTGTGTTATAGGTTTGGGTCTGTATTATCCTCAGGCGCGAATAGTTTACACCGCATGTTCTCATGCTGCTGTAGACGCTTTATGTGAAAAAGCGGCCAAAAACTTCAATGTTGATAGATGTTCAAGGATAATACCTCAAAGAATCAGAGTTGATTGTTACACTGGCTTTAAGCCTAATAACACCAATGCGCAGTACTTGTTTTGTACTGTCAATGCTTTACCAGAAGTAAGCTGTGACATTGTTGTAGTTGATGAGGTCTCTATGTGTACTAATTATGATCTTAGTGTCATAAATAGCCGACTTAGTTACAAACACATTGTTTATGTTGGAGACCCACAGCAGCTACCAGCTCCTAGAACTTTGATTAATAAGGGTGTACTTCAACCTCAGGATTACAATGTTGTAACCAAAAGAATGTGCACACTAGGACCTGATGTCTTTTTGCATAAATGTTACAGGTGTCCAGCCGAGATTGTTAAGACAGTCTCTGCACTTGTTTATGAAAATAAGTTTGTACCTGTCAACCCAGAATCAAAGCAGTGCTTTAAAATGTTTGTAAAAGGTCAGGTTCAGATTGAGTCTAACTCTTCTATAAACAATAAGCAATTAGAGGTTGTCAAGGCCTTTTTAACACATAATTCAAAATGGCGTAAAGCTGTTTTCATCTCACCCTATAATAGTCAAAATTATGTTGCTCGGCGTCTTCTTGGTTTGCAAACGCAAACCGTGGATTCCGCCCAGGGTAGTGAGTATGATTACGTCATCTACACACAAACCTCTGATACACAGCATGCTACTAATGTTAACAGATTTAATGTTGCCATTACGAGAGCAAAGGTTGGTATACTTTGTGTCATGTGTGATAGAACCATGTATGAGAATCTTGATTTCTATGAGCTCAAAGATTCAAAGGTTGGTTTACAAGGGAAACCTGAAACTTGTGGTTTATTTAAAGATTGTTCGAAGAGCGAACAATACATACCACCTGCTTATGCAACGACATATATGAGCTTATCTGATAGTTTTAAAACAAGTGATGGTTTAGCTGTTAACATTGGCACAAAAGATGTTAAATATGCTAATGTCATCTCATATATGGGATTCCGGTTTGAAGCCAACATACCAGGCTATCACACTCTATTTTGCACGCGGGACTTTGCTATGCGTAATGTTAGAGCATGGCTCGGGTTTGATGTTGAAGGTGCACATGTCTGTGGTGATAATGTTGGCACTAATGTGCCATTACAGCTTGGTTTTTCAAACGGTGTTGATTTTGTAGTGCAAACTGAAGGATGTGTTATTACTGAAAAAGGTAATAGCATAGAGGTTGTAAAAGCAAGAGCACCACCAGGCGAACA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Protein
ELFKRVRGSSAARLEPCNGTDPDHVSRAFDIYNKDVACIGKFLKTNCSRFRNLDQHDAYYIVKRCTKTVMDHEQVCYNDLKDSGAVAEHDFFTYKEGRCEFGNVARRNLTKYTMMDLCYAIRNFDEKNCEVLKEILVTVGACTEEFFENKDWFDPVENEAIHEVYAKLGPIVANAMLKCVAFCDAIVEKGYIGVITLDNQDLNGNFYDFGDFVKTAPGFGCACVTSYYSYMMPLMGMTSCLESENFVKSEIYGSDYKQYDLLAYDFTEHKEYLFQKYFKYWDRTYHPNCSDCTSDECIIHCANFNTLFSMTIPMTAFGPLVRKVHIDGVPVVVTAGYHFKQLGIVWNLDVKLDTVKLSMTDLLRFVTDPTLLVASSPALLDQRTVCFSIAALSTGVTYQTVKPGHFNKDFYDFITERGFFEEGSELTLKHFFFAQGGEAAMTDFNYYRYNRVTVLDICQAQFVYKIVGKYFECYDGGCISAREVVVTNYDKSAGYPLNKFGKARLYYETLSYEEQDALFALTKRNVLPTMTQLNLKYAISGKARARTVGGVSLLSTMTTRQYHQKHLKSIAATRNATVVIGSTKFYGGWDNMLKNLMRDVDNGCLMGWDYPKCDRALPNMIRMASAMILGSKHVGCCTHNDRFYRLSNELAQVLTEVVHCTGGFYFKPGGTTSGDGTTAYANSVFNIFQAVSANVNKLLGVDSNACNNVTVKSIQRKVYDNCYRSSSIDEEFVVEYFSYLRKHFSMMILSDDGVVCYNKDYADLGYVADINAFKATLYYQNNVFMSTSKCWVEPDLSVGPHEFCSQHTLQIVGPDGDYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDNVIMLERYVSLAIDAYPLTKHPKPAYQKVFYTLLDWVKHLQKNLNAGILDSFSVTMLEEGQDKFWSEEFYASLYEKSTVLQAAGMCVVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVMGTKHKFIMSITPYVCSFNGCNVNDVTKLFLGGLSYYCMNHKPQLSFPLCANGNVFGLYKSSAVGSEAVEDFNKLAVSDWTNVEDYKLANNVKESLKIFAAETVKAKEESVKSEYAYAILKEVVGPKEIVLQWEASKTKPPLNRNSVFTCFQISKDTKIQLGEFVFEQSEYGSDSVYYKSTSTYKLIPGMIFVLTSHNVSPLKAPILVNQEKYNTISKLYPVFNIAEAYNTLVPYYQIIGRQKFTTIQGPPGSGKSHCVIGLGLYYPQARIVYTACSHAAVDALCEKAAKNFNVDRCSRIIPQRIRVDCYTGFKPNNTNAQYLFCTVNALPEVSCDIVVVDEVSMCTNYDLSVINSRLSYKHIVYVGDPQQLPAPRTLINKGVLQPQDYNVVTKRMCTLGPDVFLHKCYRCPAEIVKTVSALVYENKFVPVNPESKQCFKMFVKGQVQIESNSSINNKQLEVVKAFLTHNSKWRKAVFISPYNSQNYVARRLLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTQHATNVNRFNVAITRAKVGILCVMCDRTMYENLDFYELKDSKVGLQGKPETCGLFKDCSKSEQYIPPAYATTYMSLSDSFKTSDGLAVNIGTKDVKYANVISYMGFRFEANIPGYHTLFCTRDFAMRNVRAWLGFDVEGAHVCGDNVGTNVPLQLGFSNGVDFVVQTEGCVITEKGNSIEVVKARAPPGEQFAHLIPLMRKGQPWHIVRRRIVQMVCDYFDGLSDILIFVLWAGGLELTTMRYFVKIGRPQKCECGKSATCYSSSQSVYACFKHALGCDYLYNPYCIDIQQWGYTGSLSMNHHEVCNIHRNEHVASGDAIMTRCLAIHDCFVKRVDWSIVYPFIDNEEKINKAGRIVQSHVMKAALKIFNPVAIHDVGNPKGIRCATTPIPWFCYDRDPINNNVRCLDYDYMVHGQMNGLMLFWNCNVDMYPEFSIVCRFDTRTRSKLSLEGCNGGALYVNNHAFHTPAYDRRAFAKLKPMPFFYYDDSNCELVDGQPNYVPLKSNVCITKCNIGGAVCKKHAALYRAYVEDYNIFMQAGFTIWCPQNFDTYMLWHGFVNSKALQSLENVAFNVVKKGAFTGLNGDLPTAVIADKIMVRDGPTDRCIFTNKTSLPTNVAFELYAKRKLGLTPPLTILRNLGVVATYKFVLWDYEAERPFSNFTKQVCSYTDLDSEVVTCFDNSIAGSFERFTTTRDAVLISNNAVKGLSAIKLQYGFLNDLPVSTVGNKPVTWYIYVRKNGEYVEQIDSYYTQGRTFETFKPRSTMEEDFLSMDTTLFIQKYGLEDYGFEHVVFGDVSKTTIGGMHLLISQVRLAKMGLFSVQEFINNSDSTLKSCCITYADDPSSKNVCTYMDILLDDFVTIIKSLDLNVVSKVVDVIVDCKAWRWMLWCENAHIKTFYPQLQSAEWNPGYSMPTLYKIQRMCLERCNLYNYGAQVKLPDGITTNVVKYTQLCQYLNTTTLCVPHKMRVLHLGAAGAAGVAPGSTVLRRWLPDDAILVDNDLRDYVSDADFSVTGDCTSLYIEDKFDLLISDLYDGSTKSIDGENTSKDGFFTYINGFIKEKLSLGGSVAIKITEFSWNKDLYELIQRFEYWTVFCTSVNTSSSEGFLIGINYLGPYCDKAIVDGNIMHANYIFWRNSTIMALSHNSVLDTPKFKCRCNNALIVNLKEKELNEMVIGLLRKGKLLIRNNGKLLNFGNHFVNTP
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Uniprot
EMBL
Proteomes
Interpro
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1118 Identity=58.86%
Cov(Q)=34.55% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0033644 C:host cell membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
Topology
Length:
2680
Number of predicted TMHs:
0
Exp number of AAs in TMHs:
0.14817
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00430
outside
1 - 2680
