Strain
Bat_NC_028824
(Region: China; Strain: BtRf-AlphaCoV/YN2012, complete genome.; Date: 2012)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTATCAACCAATTGACACTTGCAGTTGCAAGTGATCAGGAAATTTCAGCTCATGGCTATTCTACTATGTCTGATGCCGTTGAACATTTTAGTTCTTCCGCATCACATGGTTTTAAGGATTGCCGTTTTGTAGCCTTTGGGCTGCAGGACATTGTTATTGGAGTTGAACCCAGTGACTTTGTTGTGGCTTTGGAGGGTGATGAAATTCTCACCGCCTATATAGCCACTTTTGGAGCTAGACCTCGCTGTTTGCGCGGCTGGCTCATACCCTCTAATTCTAATTATGTTTTGGAGGATTTCCAGGTAATTTTCGGCAAGCGCGGCGGTAACGTCGTGTTTGTTGACAATTATATGTGCGGTGCTGATGGTAAGCCTGCAGTTCCTAGAGAACAATGGTCTTTTGAGGAACACTTTGATGATGATACTGAAGATATCATTATTAATGGTGTGACTTACCGCCATGCTTGGAATACCATCCGTGCTGACGACCCTTATGAAAAACAGGGTTTACTTTCTATTAAGTCTATAGAGTATGTCTCTACTATTCCTCACAAGTTGCCTAATGGTTCTGTTCTTAGTGTTGCTGGACCACCTAAGAAACGTAAAGCTGTTGTACTTGATGAAAAGTATAACAAGATTTACAATGCTTGTGGTGTGCCCTTTGTCACTAATGGCAAATCTATTTCTGAAGTTGTCACTAAACCACTCTTCTTGCATGCGCTTGTTAAGTGTAAATGTGGTAATGAGTCTTGGACTGTTGGTGACTGGACCGGTTTTAAAACTACTTGTTGTGGTGCTACTGGTAAGGTCACAACTTTTGCAGTTGGAGATGTTACTCCTGGTGACATTGTTTTTACTACAACTGGTGCAGGTACAGGAACTAAATTTTTCTGTGGTCTTGTTTTGACTCATGTTGATACACTTGAGGGTGTTTCTGCATGGCGTGTTGTCAAGGCATACACTGTTGACACCTTTGTTGCATCATCTAATTTTGATGAGTTTAACCACGTTATGAGCTTGGACCAATGTTCCTTTGACAATTTCAGCTCTATTAGCGTAGCACTGAAGTTTTCACTTTTGCGTGGTAGTTGCTGTGATGATGTTAAGGTTGCCGTTGCAACTGGTGTGATTGACATTGGTCTTGGTGTTTTTGATGTTAATGACACTGTTTTTGAGAATGTACCATGGTTTGTTCAGAAATTTGAGTTTTTGAAACCAGCATGGGATGCTCTAAAGCAGGCAATTATTAATCTTGGTGTAACATCTAAGGCTGTTCTGTCTTTTATTAAATCACTGTGCAGTGCTGCATTTAGTGTTGTTGACGGTGTTCCAGTTATTGTCTGCACTGTTGCTGAGAGATTTTCTAAGGCTTTTACTGATTTTTTGAGTTACACCCGTGAATGCTTTACTGCCCTTTGTGATGACATCGTTGTGTTCGGTGTCAATTGCAAAGCTGTCGGTGATTACATTATTTTTAATAATAGTGTGGTCAAGACTATTAAAGCTAAAGTTAAGGGTGTTAAAGAGGCAGGTCTTAAGAATGTAACTTATACACAGTGTCTTCTTGGACCTACTAAATCTGTTAAGGTTAAGCGCGTTGAAAGTAGTGTTGCTCAGCTTAAAGTTGTTGACACTGCCGTACCACTAAAACAGGAAGGTGAATGTCTTGTTGTCGGTGGCCGTGCTATGTTTAGGTCTGATGGCTATTATAGGTTTATGGCTGATGCTGATGTTGTACTTGAGTCACCTGTTTTTACAGCTGGTTCTCAGTACAATGTTGTGTTTGAAACTGACGCCTTATTTATAGCCCCAGAAATTGGCACTGTGTTTGAAGGTGATAACATTGACACTGTGGTTCAGATTGTTGCCAATAAAGTTCAAGCATTTAACAATAGATTTGTTGTTTATAACACACATATTGTTGATGGTGCTATTACTGTCTTTTGTGACTATAACTTTTCATGCCCAGCGTTCTTGGATGGTTTTCCAGAATGGTTTTCATTTTGTAAGAATCATTTTAAGGATGCTGGATTTGTTGAGTTTTATGACAGCATTATTAATAGTGACAGCAATTTTCAAACCACATTTCAGCCTTATCTTGACCTTAAATCATCTATTGATGCTTACTTAGGTCCTGAAATTGTTAGAGCTGTTGATGGTGGTCGTTTGTGGCGTACAGTTATTAATGGCATTAGTGATGCTGTTAATTTTTGTAAGAATCTTAGGTTACACTTTGAGTTTGGTGAGCTTAAGGGTACTGTGGTCAAGCGTTTTAAGGGTATACTTAGAACTCTTCTTACAGTTTACAATGAGTTTATTCAAACCACTGTTTCTGTTCTTACTATCTGTGGCATTAGTGCCAAGTACTATGCTTTTGATAAGCCTATGCTTTGTATGCATGGTATAACAGAGCGTGTTACTAGTTTTGACATTACTAATCTTGGAAAGCCCATTTTAGATGGTCTTTCTAAGTGTAATGTCTTTGCATGTGGTTCTAATGCAGTTGTAGTTAATTCTGTTGATCATGAATTGCTTGATCTTGAAGAGTGTGAGTTTGTTGAACCTGCTAGTCATGGTGTGCTTGTCATATCAGATGATTATGGTTTTTATTCTTGTGAAACTGGCATTTATCCATATGCCAGCGATGGTAAGGTTTTGCCATTGCGGTTTAGAAAGAAAGCTGGTGGTAAGAATGTTGCCTTTGATGATAATGTTATTGTTACTGAGATAGATCCTGTCTTTAAAGTTAAGCTCAATTTTGAGTTCGATGATGATAAGTTGGTCACAATATGTGAGAAAGTTATTGGTAATAAAATTAAATGTAGTTCCTGGTCTCAATTAGTTGAAATTATTGAAACTGCATTGACTACCATTAAGTCTTACTATAGTGTGCCTATTTATTACATCTATGATGAGGAAGGCGGTGAAGATCTCAGTGTGCCTATTATGATTTCAGAATGGCCTTTGGATAGCACTGGTACTGAAATTGTCGTGGATGTTGAGGACGTTGATGAGCCTGTGTCACAAATTGAAGAAGTTAACAATGCTTTTGCTATTGAACCTTCTCCTAAACGTGATGTCAGTCCATTTGGATTTGATAGCCACGACCTTAATGGTATACGTGTTTTAGTACAGAGCCAGAATAATTGTTGGGTTAATGCAACCTGCTATCAATTGCAAATGCTAGGTTATGATGATACAGCAATGGAACTTTTTAGACATGGTGGTGTTCATAACTTAGTTAAACGATGTTATGAAGTCACTGGTGCGTTTTTAGGTTCTCTAGGTGACGTATCTTTTTGTCTTGAAGAACTTTTGCGGGACGTTAAAATGGCTAAAGTAACTGTTGAAGTTACATGTAATTGTAGTTCTTATATGGATGAATTGCATGGTACATTTTTCCGTTTTATGCCAAGTAAGCAAAAGTTTGAATATGGCGGTTGTGGTGAATGTCATGGTACTAGGTATTACAGAGTCTGCGGTATTGTAGGTTCTGCAATATTTGCTCAACCACTAAAACATCTTAACCTAGATGATTTGGTCTGTGATGTTGCTAGTGCTAGTGTTTTTCTTGGTAATGACTGTGGTCATTATATGATTAATGACTATGTTCATAAGATTTGTGTTGATGGTATGGGTGTTTACAAAATTAAGCACAATACTATTGATACTATTGTTGCTAAAAACGCTAACATTAAGCCCAACATTATTGCACCTTTTACAGAGTACTGTAATATTAAATTTTACCAAGGTGATTTTAAGGACCTTGCTGGTCTTTCTCATGACTTTGTTGTTAACGCAGCAAATTGTAATTTGGCTCATGGTGGTGGTGTAGCAAAGGCTATAAATGACTACACTGATGGCAAGTTACAGAAACTCTCCAACTCTTTTGTTAAGAAAAATGGTAAAGTTGATGTTGGTGAGTGTGTCATGCTGGACACAGGCAAGATTAAAGTTCTTAATGCTGTTGGTCCCCGTAAAGGTAAAGATGCTGAGTCTTTGTTGAATACCGTTTATACTAATATCTTTTCTCGTAAGGGTGTTCCTCTTATGCCTCTTATTAGTTGCGGTATTTTTGGATTTGATCTTAAAGACTCACTTAGAGCATTTTTGGATGCATGTGGTAATAGACATGTTAAGTGCTTTGTATATTCTGACCTCGAAAGAGAGGCAGTTATGAAGTTTTTAACAACGCCTTGCGATGATACTGTTGTATCTGTTGAGACAGTAGGAACACCTTTAATTGAGGAGACAACAGTTAATGTTGTTCCTCCATTTCGCACTATTGGTACTCATAATTTTTATGATTTCAGTGGTGTTGAGCCTATTTTAGGTTTAGGTGTTAAAAACATTGTCCTTTTTACAGATCAGGTATTGTCTGTTAAAGATTTTGGTGTTGTTGTGGATAGGCATCTTAATGGCCTACTATCTGATATGTCTAGTAAGTATGTTAATGATCACAAAGCTGTTCCATTTGGTAATATTTTGTCACTTGATTGTGGCGCTTTTACTGTGGTGGATGCTGTAACACCATTTGAAGGTGCCAGCTTTGAAAAGCAAAGTGGTCGTACTATACGTAAATTGACTAGGTTAGATGGTAGCACATTATGTGTTCTGCCTAATAATAGTGCATTATTTGATAAGCTATTTGCTTTGGGTGACAACTTTTCATTTTTGGTTTTAGATAATGTTAAACCTTTGTTTGAGGATTATCTTAAACCCAAGGATGTTAGAGTTAAAGTCACAGCTGATGGCCGTAATGTTAATGATGTTATAGTTACAACTACAGAGACTTTTGATGCACAATTAGGACCTGTTTCTAATGGTTCTGAATCACTTGTGGGTGTTACACCTACCGTTGCTGATAATGGTAAAGTTGTTAACACTGTACCAGATGTTAATTGGAGTAAGCACTTTGGTTTTTCTGATGCTGCTGCTTTTGCAGTTCTTGACCATAGTAAGTTTGCTTTTGATTCTGAGATAGTGGATGGTAAACG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Protein
MSINQLTLAVASDQEISAHGYSTMSDAVEHFSSSASHGFKDCRFVAFGLQDIVIGVEPSDFVVALEGDEILTAYIATFGARPRCLRGWLIPSNSNYVLEDFQVIFGKRGGNVVFVDNYMCGADGKPAVPREQWSFEEHFDDDTEDIIINGVTYRHAWNTIRADDPYEKQGLLSIKSIEYVSTIPHKLPNGSVLSVAGPPKKRKAVVLDEKYNKIYNACGVPFVTNGKSISEVVTKPLFLHALVKCKCGNESWTVGDWTGFKTTCCGATGKVTTFAVGDVTPGDIVFTTTGAGTGTKFFCGLVLTHVDTLEGVSAWRVVKAYTVDTFVASSNFDEFNHVMSLDQCSFDNFSSISVALKFSLLRGSCCDDVKVAVATGVIDIGLGVFDVNDTVFENVPWFVQKFEFLKPAWDALKQAIINLGVTSKAVLSFIKSLCSAAFSVVDGVPVIVCTVAERFSKAFTDFLSYTRECFTALCDDIVVFGVNCKAVGDYIIFNNSVVKTIKAKVKGVKEAGLKNVTYTQCLLGPTKSVKVKRVESSVAQLKVVDTAVPLKQEGECLVVGGRAMFRSDGYYRFMADADVVLESPVFTAGSQYNVVFETDALFIAPEIGTVFEGDNIDTVVQIVANKVQAFNNRFVVYNTHIVDGAITVFCDYNFSCPAFLDGFPEWFSFCKNHFKDAGFVEFYDSIINSDSNFQTTFQPYLDLKSSIDAYLGPEIVRAVDGGRLWRTVINGISDAVNFCKNLRLHFEFGELKGTVVKRFKGILRTLLTVYNEFIQTTVSVLTICGISAKYYAFDKPMLCMHGITERVTSFDITNLGKPILDGLSKCNVFACGSNAVVVNSVDHELLDLEECEFVEPASHGVLVISDDYGFYSCETGIYPYASDGKVLPLRFRKKAGGKNVAFDDNVIVTEIDPVFKVKLNFEFDDDKLVTICEKVIGNKIKCSSWSQLVEIIETALTTIKSYYSVPIYYIYDEEGGEDLSVPIMISEWPLDSTGTEIVVDVEDVDEPVSQIEEVNNAFAIEPSPKRDVSPFGFDSHDLNGIRVLVQSQNNCWVNATCYQLQMLGYDDTAMELFRHGGVHNLVKRCYEVTGAFLGSLGDVSFCLEELLRDVKMAKVTVEVTCNCSSYMDELHGTFFRFMPSKQKFEYGGCGECHGTRYYRVCGIVGSAIFAQPLKHLNLDDLVCDVASASVFLGNDCGHYMINDYVHKICVDGMGVYKIKHNTIDTIVAKNANIKPNIIAPFTEYCNIKFYQGDFKDLAGLSHDFVVNAANCNLAHGGGVAKAINDYTDGKLQKLSNSFVKKNGKVDVGECVMLDTGKIKVLNAVGPRKGKDAESLLNTVYTNIFSRKGVPLMPLISCGIFGFDLKDSLRAFLDACGNRHVKCFVYSDLEREAVMKFLTTPCDDTVVSVETVGTPLIEETTVNVVPPFRTIGTHNFYDFSGVEPILGLGVKNIVLFTDQVLSVKDFGVVVDRHLNGLLSDMSSKYVNDHKAVPFGNILSLDCGAFTVVDAVTPFEGASFEKQSGRTIRKLTRLDGSTLCVLPNNSALFDKLFALGDNFSFLVLDNVKPLFEDYLKPKDVRVKVTADGRNVNDVIVTTTETFDAQLGPVSNGSESLVGVTPTVADNGKVVNTVPDVNWSKHFGFSDAAAFAVLDHSKFAFDSEIVDGKRTLVDSDNNCWINATCLALQFLKPTFKYVGWEDLWNKFVTGDVSGFVHLLYYIEGVDKGAKGDVESTLSKLDKYIVSSGSVTIKRSTLCEHCDSTVKTMTGAIVEASVILNGHIDGHCQHNFDWRVQVVGVKGDIILLHSGRILEGPYLHGDAYVAFSGDTDNGHYTVFDNKLSKMYDGTKCVKTTLDTLTASSVVIRNGSYAVKSEHVPLIKKLDDSAEKFFNVGDIIAHNIAYFFVWLVTTLSTLYRCWRGGNFKLLSSIPERSGVVLSRSLKYNFRALRSNVVSKQKYCFMFAKLLLLLYTIYAMLFILVRFSFFNDYICGTTVKGYTNSDFDKGKFCNGSLVCKTCLFGYQELSDLQHVGVVWSYVREPLFSSILPLCYFAVIAIFGGVIERFALCYFAAQFINNTLIFFKLQDPFWPVQLVPFDIFGDEILVIFLSYKAICFFKHVVFGCDKPNCIACCKSAKLKRIAMDTIVNGSRRSFYVNANGGAKLCKKHNFFCVACDSYGSGHTYINDHIATELHNITKLHVKPTGPASINIDRVEFSDGFYRIFAGDKFWKYNFDITDKKFSCREVLKNCNILDDFIVFDNNGSNLSQVQNACVYLSQLLCKPIKIIDSTLLSSLNVDFNGALHKAFLDVLHNSFGKDFSSCKTMHDCKELLELDISDEDFVKVVSDAHRFDVLITDTSFNNFCTSYAKPSEKLSSFDLAHCMRSGAKVVNHNVLIKEKMPIVWNCVDFAKLSIDARKYIVKTAKVKGVTFLLTINNNVMETTLPCVSVLQKQGAGKLSSIWKHFWYACGAILALFLLLNCLSFTEYAISLPGYDFKYIEDGQLKPFISGLYCVRNNFDTFMEWHAQKFGFRPSNSDKCPIVVGASDSGRVIPGVASDVYLLGKTLVFTLKTVFGSAGHCYDVNGIADGDKCLFNSACTNLEGLGGTRTYCYKPGLIDGAMTYGDLEHDSYYRLSGDNYVRLPYVVVQGLGFRAVRTQATTYCRVGECVDSKAGMCFGADRWMVYSNDIGSDFICGSSLMDLLRNVLSVFNYNFSTMIMSGQVIFNCVLACVVVFGCYFVMKFRRVFGDMSLAVFTVCAAVVVNNLSYFISLNYVGMVVYSFLYFISTRGLKYCFIWDISYVVAYCLLAPWWLLTWYVCAALIGLIPNLFKLKVSTTLFEGTKFVGTFDAASVGTFVIDARSYERLINSTSIEKIKQYASTFNKYKYYSGSANEADYRCACYAHLAKALIDFSTTRQDTLYTPPTVSINSTLQAGLKKMAQPSGLVEPCVVRVSYGNTVLNGVWLDDKVYCPRHVLASDTTVTIDYDAAYHSMRLHNFSISKGNVFLGVVGAVMQGANLVITVSQANVNTPSYSFRTLKAGECFNILACYDGTPAGVYGVNLRSTHTIKGSFVNGACGSPGFVMNGHKVEFVYMHQIELGNASHVGSDMFGNIYGGFDDQPSIQLEGVATLITENVIAFLYAALINGERWWCSNERCTIDSFNEWALGNGFTNLVTGDGFSMLAAKTGIDVCQILSAIQRLATGLGGKTILGYASLTDEYTLSEVVRQMYGVNIQSTKTSSALKNLLLMGFFFLLFWSEFFMYSTILWINPGLITTFLGLFVMLSMLLASCIKHKMLFLQLFLLPSIIIAACYNFAWDMEVTRMLANQFDYHVSFLNMDIQGAINIIVCFIGISLHTYRFLDTQLRSYSTYVLSMCTVLYTFYYGYDSLSLAIMLLGFGCREWYVGTAAFRLAQFLVPYCPGLITFVGDIKAVLVLYLVFGFIATVYFGLLYWLNRVLKLTLGCYDFKVSAAEFKYMVANGYTAPRGPFDSVLLSLRLLGVGGHKTIKVSTVQSKLTDLKCANVVLLGCLTNMNIAANSREWSYCVNLHNEINLTSDPEEALEKLLALVAFFLSKQQNFGVDDLIDSFFENRNVLQSVASAFANMPSFIAYEKARMNYEDAIANDASPAVIKQLKKAMNTAKGEFDHESSVQKKIQRMADAAAAQMYKDARAVDRKSKVVSAMHSLLFGMLRKLDMSSINQLMELAKDGCIPMAIIPAAAATKLTVITPDLESFSKIRVDNNIYYAGAAWSITDVKDADGRVVILKEVNVDNKDALVWPLHVNCERVVKLQNNEIIPGKLKQRAVKAEGDGFSTDAKALYNTEGGHHFVYALIADKPDLKVVKWEFDGGCKTIELEPPLKFAVEAPTGVQIKYLYYVKNLNNLRRGATLGYIGATVRLQAGKQTEMACNSSLLTICAFAVDPAKAYVNAVKQGAKPVGNCIKMLANGSGSGQAITNGVEASMNQDSYGGASVCIYCRAHVDHPAMDGACRFKGKYVQIPIGVNDPIGFCIENEVCKVCGCWLNNGCSCDRSSVQSTDQAYLNRARGSSAARLEPCNGTEPEHCVRAFDVYNKDVACIGKFLKVNCVRLKNLDKHDAFFVIKRCTKSVMEHEQSMYNKLSGSNALAVHDFFTWKDGRSIYGNVCRQDLSKYTMMDLCYALRNFDERNCETLKEILVLTGCCDQSYFDNKVWYDPVENEDLHRVYALLGQRVANAMLKCVKLCDEMVTKGVVGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFVDVMPGMGIPCCTSYYSYMMPIMTMTNCLACECFMKSDIFGSDFKTYDLLEYDFTDHKVKLFDKYFKYWGQDYHPNCSDCYDDMCLLHCSNFNTLFSTTIPNTAFGPLCRKVFVDGVPLIATAGYHFKQLGLVWNKDINTHNSRLSMTDLLQFVTDPGLLIASSPALVDQRTVCFSIAALSTGITHQTVKPGHFNKEFYDYLLSQGFFDEGSELTLKHFFFAQKGDAAVADFDYYRYNKPTMLDICMARFTYKVVQRYFECYDGGCITAREVVVTNLDKSAGYPLNRFGKARLFYETFSYEEQDALYAMTKRNILPTMTQLNLKYSISGKARARTVGGVSLLATMTTRQFHQKHLKSIVNTRNAPVVIGTTKFYGGWDNMLKNLMNDVDNGALMGWDYPKCDRAMPSMIRMLAAMVLGSKHVTCCTDSDRFYRLSNELAQVLNEVVHSNGGFYVKPGGTTSGDATTAYANSVFNIFQAVSSNINRLLSVDSNVCNNLYVKKLQRSIYDNCYRSSAVDDNVVTEFYNYLKKHFSMMILSDDGVVCYNKEYAALGYVGDISAFKATLYYQNNVFMSTAKCWVEEDLSVGPHEFCSQHTMQIVDSDGEYYLPYPDPSRILSAGVFVDDIVKTDPVILLERYVSLAIDAYPLSKHPNREYRKVFYVLLDWVKHLHNTLNQGILETFSVTLLDDVQSKFWDEAFYAGMYEKSTVLQAAGMCIVCGSQTVLRCGDCLRRPLLCTKCAYDHVVGTTHRFI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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR003593
AAA+_ATPase
IPR027352 CV_ZBD
IPR014828 NSP7
IPR036333 NSP10_sf
IPR009466 NSP11
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR008740 Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR036499 NSP9_sf
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR042515 Nsp15_N
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6NUS
E-value=0.0 Score=1173 Identity=60.15%
Cov(Q)=13.79% Cov(P)=96.96%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0032259 P:methylation
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
6716
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
363.022949999994
Exp number, first 60 AAs:
0.00088
Total prob of N-in:
0.00030
outside
1 - 1894
TMhelix
1895 - 1917
inside
1918 - 1956
TMhelix
1957 - 1979
outside
1980 - 2042
TMhelix
2043 - 2065
inside
2066 - 2461
TMhelix
2462 - 2484
outside
2485 - 2714
TMhelix
2715 - 2737
inside
2738 - 2762
TMhelix
2763 - 2785
outside
2786 - 2804
TMhelix
2805 - 2827
inside
2828 - 3243
TMhelix
3244 - 3266
outside
3267 - 3269
TMhelix
3270 - 3289
inside
3290 - 3293
TMhelix
3294 - 3316
outside
3317 - 3335
TMhelix
3336 - 3358
inside
3359 - 3364
TMhelix
3365 - 3382
outside
3383 - 3401
TMhelix
3402 - 3424
inside
3425 - 3428
TMhelix
3429 - 3451
outside
3452 - 6716
