Strain
Ferret_NC_030292
(Region: Netherlands; Strain: Ferret coronavirus isolate FRCoV-NL-2010, complete genome.; Date: 2010)
Gene
ORF1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGTGTTCAAGCATTTTAGGATCCTCGTCAATGAGGACCAGGAAATTACCCCGCGTGGCTATGAAAACCGCTTGGATTGCCAGCGCGCTCTGAAGCAATGCTGGCTTAGCGGTTTTAATGGCTACGTTTTTGTACCTGAATACTCTAGAGACCTGCTCACTGGTTGTCGTGAACAGTGGTACGTTTTTGGTGTATTCGGTGCTAATGATTATGTCATCAAACCTTGCATGTTAGAAGAACAGTCTGTTAACTTGCAAGGTTTTATCGTACTCTCTGACGCTAATGGTGTAGAGGAGGATTTCTATCTTAGCCTTAGCACCTATGGCGGCATGACTGTGTACGTTGATCAATACATGTGTGGAGCTGACGGTAGGCCTGTTATCTCTGGTGAGATGCGTGACTACTTCGGCGATTTAGATGATATTGTTATTGATGGCATTATATATTCGCATGCGTGGGACGTCGAACGTGATCTTGATGTAACCCACGACAAACAGACTTTTCTCAACATAAAGTCTATAATGTACTTACAGGATAAAGACCACAAGCTTCCTAATGGCGCAATTCGCGTACGTGCTGCGCCAGTAAAGTTAAGTTCTAAGGTTGTACTTTCTCAACCTTTTGCTGACATGTATAAGCACTTTGGTTCACCATATATGCAAAATGGTGACAACCTCCACGGTTGTTTCACCAAACTTAATTTCATTGTTGCCAATGTTAAGTGTAAGTGTGGTGGTGAGTCAAGTGGTGTTGGTGATTGGACTGGGTTTAAGTCGGCATGTTGTGGTTTGCCTGGTAAGGTTATAGGTGTGTCCCTAGGTAATGCTGCAGTTGGTGAGGCTGTTGTTACATCTAAGGGTTGTGGCAATGGTACTAAATTTTATGCTAATGCTGTATTGAAACATGTTGGAGACGCTGATGATGTTTCTATTTGGCGTGTCATGGCTACCTACGCAAAAGACATAGTAGCCACCAACACTTTTGATAAGTGTAGACTAGAATTACTTGATCACACTAGTGACAGCACATTGGCTACTAGTGTGAAGAAGTGCTATCTTACTGGTAAACCGAATAAGGACGTTGTTGACGCCATAGTGGCTGGCCACATCAATGTGTCTAGCAACATTTTTGGTGTTGTTAAGGAATTGTTTGCTAACGTCCCATGGTTGTTAAGAAGTGTGGTGAATTGTTTTCTACAGCATGGCAGTCTATTTGTGAGGTTTCTGAGCAGTGGTGGTCACTCCTACGTCGTTGTTAGAGACACCATCAAAATGCTTTGTAGTGCAGCATTTACCATTCAGGGACTAAAACCTGTTTTTGTTATATCTTCTGCGGCTTCAAGTCTTGTTAAAAGCTGCATTAGTATTCTAGAGTCTGTTTTTGATATGTTTACACAGACTGTAGAATTCTTTGGAGTTACAGCCAAGTTTCTTTTGCTTGGTTGTAAATACATATTGTTTGAAAATGCACTCTTTAAATTAGAAACGCTTAAGCTGTCAGGCAAGCGTGAATCTGGTTTGAAGGATGCTGTTTTTGCATCTGCCATTGTTGGTAGTACGATAGAGGTCAAGCCCTCTAGATTTGAGAAATCTACAGCCAATTTAGTTGTTGTAGAAGATGTTGTTATGCCTGGCGAGGGCCATGCAGTTGTTGTTGGAGACATGGCTTTTTATAGAAGTGGTGATTATTATTTTATGATGACTTCACCTACAAGTGTTTTGACTACTACTGTATTCAAAGCTGAAAAAGCCAATGTCTACAAAGTTGATTACAATGTACCGGATGCGTACAAAGGAAAACTTGTTAGTGCCATCGGTACATCTTACAGTGTTGATGGTTCCATTGATGATGCCGTATCTAAGTTAAACACTGCGTTGCAAGTTTATTATGACAACGCATTGTGTTTTAGAGCTTTTTCATTAAAAGAAACCATCGTTGTTGAACCTTTCCAGCACAAGTATAAAATGCCCAAGTGTCTCAAAAATCACACAGGTCTCTGGGAAATTATTTTGAGTGGTTCTAAAGATTTAGGCTTTTTTGATAAGTACAAAGCTTTAGAATCGTTGGCTGATATTTATGACACAAATGACTATGCCAATTTAGTGTGCCCAAAACTTTTGCACAAGCTCGACAATGGTATAATGTGGTACCGCTGCATGAAGGGTGTTACAGGACCTATTGTAACACGCGCAGCTTGCAGCTTTGTCGGAGGTTGTGTTAAAGTGTGTCTAGAAGGTTTTGATTCCGTTGCTGCTAGGGTTGAAGTCTGCTACCAAAAGCTTTGTGGTATTAAGACTTTTGATTTAAACGTGGCTGGTATTGTATTTGCCGGTTTTAAAACACCAAGTGGCAAAACCTTTCTAGATTTTGGTGATGACGCCATTGAGCTTTTTGATGATGAACCTGTACGTTGTTTTACAGGTGCCACAGTGCCTGTGAACGTTTCTGATTTTGAAGATGACGTTCGGGGTGATGTTGTTTTAGAGGAATGTGAATACCAACCCCCAAGAGATGAAGGTATAGTTGTTAACTTAGGAGGCTACACATTTTACACTACAGATAATGAGAAGTTCTACCCCTTTGGTGATTGTAAAGTTGTGCCAAAGTTGTACAATAAAGCTGGTGGTGGTAAAAACGTAACCTTTAGTGATGATGTGGAAGTCAGAGAAGTTGATCCTGTTTTCAAAGTTAAAGTCACTTTTGAGTTTGATGATGACACTATTACGGGCGTTTTAAACACAGTTATTGGTAACACTATGACTTTTGAAGGTGATAGCTGGGAAACCCTTGAAAACTTGTTAACCACACAGGTTGATGCAGTGTTTAAACAGTTAGCACAAGCAGGTTTAACATTACCTGATTATTACATTTATGATAGCTGTGGTGGTTTTGATGTGCATTGTCCTGAAGGCATCATGGTTTCACAGTATGACCTGTCGGTTGATAGTAATATAGAGTGTGTTGAGGATGCCTGCAACTTGGAATATGTGGAAGAGGTTTCTGACTATTGCCCGTCAGATGATGATGTTGATGAAGACGGGTGTGTTCAAACGGTTTCAGTGTTTGCTTTTGACAACAGTACGATTAATGGTAAAGTTGTACTTAAACAATCACAAAATAACTGCTGGATTAATGCAGCTGGTTACCAATTACAGTGTCTTAACGTTCTCAGTAGTGAAGAGTTCAGACAGTACTGTGTTGGTGATGTTGAAAGTTTAGTACGCCTTATGTATGACATGACTAACAGAAAGGTTGGTGACTTAGGTGAGGCTGAATATGTGTTAGAGCTTTGTCTAGGAGGCCTGGAGACTGCTAAAGTGACATTGTCTGCGCAATGTGATTGTGGCATTGTTGAGGACGTCATTGCGGGTTGTGCTTTTAGAATGTGTTGTACAGATGCAACCTTTGACTATGGAATGTGTGGTACATGTCGTGTTATTAAGAAGACTACCATTGTGAAAGTTGAAGGTACTGGCGTCTTTTTACACGAACCTAAAACCTACAAACCTCTTGTTAAACCAGTTTGCAAAGCAATTTTCAAAGGTGACACTGATGGCGGCCACTACATGGTTCATGATGTAGAAGCCAAAGTGTTGGTTGACGGTTTTGGTTTGCATCCAGTGAAGAACCTACCCTTTACCTCTGTTTGTTTTGTTAATGCTAATTATGTGAGACGTGCTAAAGCCACTAAAAGTGCAGCTAAGAATTACCCGTGGGCCGCTGCAGTTGATAGCCAAGAGATTCTTAGTGTACCAACAGAAACACGTAATGATGTGGAGCTCGTGAGTACAACCAATGATGTTGCGCTTTCAGACGTTACGCCTACGGAGCAAGTTCCCACTATAAAGCCGTTTTTTGAAACGGGTTTGATTAAGTTTTATAGAGGTGATGTTAAAATGCTAGTTGGTGCCATCAAGCCTAAAGTCTTAGTAAATGCTGCTAACCCACATCTGCAACATAAGGGTGGTGTAGCAAAAGCTATTGACGACTTTACGGCTGGTGCGCTCAGTTTGGAATCTACTAATTACTTAAAACATTATAAACCTATACCGTCTGGTAACGTGGTTGTTTTTAATGATGTGTTTGCTGGCCTTAACATTGCCAATGCAGTGGGACCACGTGTGTCTGAGGAGCGGTACGAACAGAAACTTGCTTCTGTCTATCGTAAATTGGCGAAGGTTGAAGGTCCTATGTTAACACCTCTTATTAGTTGTGGCATTTTTGGTGTACCACTTGAGCAATCATTGAAAGCTTTGATTAAGGCCTTTAAATCAATAAGTGTCTCTGTATTCGTATACACAGAAGAGGAGCAGCGTAAAGTTTTACAGTACTTTGAGACACCTGTCACAGTTCTTTTAGAAGACGGCCCTAGTGTTCAAAAAGTAGTTTTAGAGCCAGTAGTAGCTATTGACTCACAACTGGCTTCTAAGGTTGTTAATAAGAATGTGTTATGTGACGGTGTTTACCCTGATGCGAACTTTGATCATGAAGTCTTGACCAAAGTGGATGACGTAGATTGGTCGTCATACTATGGGTTTGCTAATGCTGACACTTTCAGTGCTTTAAACCATGATGAGTTTGTGTTTGAAAGTACGATAGTTGATGGTTTTGTCGTTTTTAAACAAACTGATAATAACTGTTGGGTCAATGCTACGTGTATGTTACTACAAAACTTAAAGCCCACATGGCGCTTTAAGGGTATGGAAGATTTATGGTCTAAGTTTGTTAGTGGCAACACAGCACCGTTTGTACACCTCTTATACTTCATTATTAAGGCAAAAAGAGGTGACCCTAATGATGTTGAGTTTGTTTTGCATAAACTTGAACCATTACTGTGTGAAAGTGGCTCCGTAACTTTAGATAACTTTAAAGGCTGTGATATTTGTTACAAACCAAGTGTTGTCACAGGTGCTGTTGTAGCCGCGCCTCTACAAGCCAAAGGGGATAACATGGTGTGTACCCATGGTAAGAGCGTTACAACACGTGTCACTAAGGTCCA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Protein
MVFKHFRILVNEDQEITPRGYENRLDCQRALKQCWLSGFNGYVFVPEYSRDLLTGCREQWYVFGVFGANDYVIKPCMLEEQSVNLQGFIVLSDANGVEEDFYLSLSTYGGMTVYVDQYMCGADGRPVISGEMRDYFGDLDDIVIDGIIYSHAWDVERDLDVTHDKQTFLNIKSIMYLQDKDHKLPNGAIRVRAAPVKLSSKVVLSQPFADMYKHFGSPYMQNGDNLHGCFTKLNFIVANVKCKCGGESSGVGDWTGFKSACCGLPGKVIGVSLGNAAVGEAVVTSKGCGNGTKFYANAVLKHVGDADDVSIWRVMATYAKDIVATNTFDKCRLELLDHTSDSTLATSVKKCYLTGKPNKDVVDAIVAGHINVSSNIFGVVKELFANVPWLLRSVVNCFLQHGSLFVRFLSSGGHSYVVVRDTIKMLCSAAFTIQGLKPVFVISSAASSLVKSCISILESVFDMFTQTVEFFGVTAKFLLLGCKYILFENALFKLETLKLSGKRESGLKDAVFASAIVGSTIEVKPSRFEKSTANLVVVEDVVMPGEGHAVVVGDMAFYRSGDYYFMMTSPTSVLTTTVFKAEKANVYKVDYNVPDAYKGKLVSAIGTSYSVDGSIDDAVSKLNTALQVYYDNALCFRAFSLKETIVVEPFQHKYKMPKCLKNHTGLWEIILSGSKDLGFFDKYKALESLADIYDTNDYANLVCPKLLHKLDNGIMWYRCMKGVTGPIVTRAACSFVGGCVKVCLEGFDSVAARVEVCYQKLCGIKTFDLNVAGIVFAGFKTPSGKTFLDFGDDAIELFDDEPVRCFTGATVPVNVSDFEDDVRGDVVLEECEYQPPRDEGIVVNLGGYTFYTTDNEKFYPFGDCKVVPKLYNKAGGGKNVTFSDDVEVREVDPVFKVKVTFEFDDDTITGVLNTVIGNTMTFEGDSWETLENLLTTQVDAVFKQLAQAGLTLPDYYIYDSCGGFDVHCPEGIMVSQYDLSVDSNIECVEDACNLEYVEEVSDYCPSDDDVDEDGCVQTVSVFAFDNSTINGKVVLKQSQNNCWINAAGYQLQCLNVLSSEEFRQYCVGDVESLVRLMYDMTNRKVGDLGEAEYVLELCLGGLETAKVTLSAQCDCGIVEDVIAGCAFRMCCTDATFDYGMCGTCRVIKKTTIVKVEGTGVFLHEPKTYKPLVKPVCKAIFKGDTDGGHYMVHDVEAKVLVDGFGLHPVKNLPFTSVCFVNANYVRRAKATKSAAKNYPWAAAVDSQEILSVPTETRNDVELVSTTNDVALSDVTPTEQVPTIKPFFETGLIKFYRGDVKMLVGAIKPKVLVNAANPHLQHKGGVAKAIDDFTAGALSLESTNYLKHYKPIPSGNVVVFNDVFAGLNIANAVGPRVSEERYEQKLASVYRKLAKVEGPMLTPLISCGIFGVPLEQSLKALIKAFKSISVSVFVYTEEEQRKVLQYFETPVTVLLEDGPSVQKVVLEPVVAIDSQLASKVVNKNVLCDGVYPDANFDHEVLTKVDDVDWSSYYGFANADTFSALNHDEFVFESTIVDGFVVFKQTDNNCWVNATCMLLQNLKPTWRFKGMEDLWSKFVSGNTAPFVHLLYFIIKAKRGDPNDVEFVLHKLEPLLCESGSVTLDNFKGCDICYKPSVVTGAVVAAPLQAKGDNMVCTHGKSVTTRVTKVQGSVVLTSTCGVVSNSIKGDGYVCFNGSASSGHYTYSSRNGTVYDADKTYTFKVDDLSVTSVLMLTGYKLPVVHAPSVPKSASNVSKPDTMQKLDEYANMFFSFGDTLLKFCVTIFKYLLCFYFFFLERCTKSKRLKVKIKPPFALKPLDVKLRALNSVKLLTNTKFWFYLKFLLGLLLLYNLLYVIVSVPFIHRFACASYTKAYANSSFVKADVCTRSVLCKACLASYEELSDFDNLKVIWDYKSDPLWSKMLQLVYFGALMVFGNNVLRVAMLYFVAQCLNTWFSYYGLVNYSWLLHIVNFETVAAEIVVLMVVVKGFFFLKHYWYGCDKASCLSCSKTAKQKRIPVSVIVNGSMKTIYVHTNGGSKFCSKHNFYCKNCESNGVGNTFICHEVVRELSNIVKHTVHATDVAFKEVDKVECSEGFYRLYTGDEYTRYNYDITDKKYSCKEVLKSLQLIDDFVVYDPTGTTPANLHNACVYWSQLLGKPIKLVNRDLIQSLTVDFNGVLFDAHRRVISNSFNVDVADCKTLRGCYEACKTDVPYNVFEDVVNNAHKYDVLMTDISYNNIWLTYAKPEENLSTFDIANCIKAGAKVVSHNVLIKENVPIVWYAKDFISLSNEARQLLIKTSKAKGVTIMLSFNNQPMSHTLPTVAIGRKSGSGFFDVYREFKQVIMLIVAVLLAWGLCCIYDGYTPARVSSAPGYDFMVIRSGKIQSFDDSITCVHNVYNEFPSWYLGRYGKSLSYAKNCPIVVGTVFDIIDSMKPVPDVPAYVTLVGRSLVFAINAVFGNTDLCYDHQGVAKSRDSVFDNCVFNAACTQLVGMGGTAVYCFKDGVMLGAHKTYAELIPDTHYMLRDGNTLKLPTIIRGFGLRIVQTLATTYCRVGECTQSKQGFCVGLDNWFVYDKAFGEGYICGDSVFGFVTNVFKLFNQNLSVVATSGYMLTNMLIALFAIAVCYAFLKFKRVFGDCTMFVSMIIVTLFINNLSYFFTHNLVLVVVYAVAYYFLSRRLPYPGVMDAGFMLAYVGMAPWWLFVGYVLLFFYDSIPSFFKLKVSTNLFEGDKFVGNFESAAAGTFVIDMHSYQVLVNSIPMERLRSYASTFNKYKYYTGSMGEADYRMACYAHLAKALMDYGNNRNDMLYTPPTVSVNSTLQSGLRKIAQPSGVVEPCIVRVAYGSTVLNGLWLGDEVICPRHVIASDTSKPINYDTELLGVRLHNFSISKGNDFLGVIGCSYRGVNLIIKVSQNNTLTPKHKFKTVKAGESFNILACYDGKPNGVYGVNMRTQGTIKGSFINGTCGSPGYVLDGDIVNFVYMHHLELGNGSHVGSNLEGAMYGGYEDQPSMQLEGVNVMSTDNVVAFLYAALINGERWFVSNAAVALETYNNWAIANGFTELSSADSFSMLSAKTGVSVEKLLDAVMRLSTSLGGKTILGYGSLSDEFTTTEVVRQMFGVNLQSNSVKSWFYPIAITVVCMFAFWTEFFLYTPFSWFGPASIGCLLLMTVVVSALLTIFVKHKMLYFMSFLLPSVILMTVSNLVWDSLYIAAVQAKLVEVNMSLIAVDMQSVALMVLCLLVAIVHCYRFCTQRQSIPVFVVTLCFVFYNFASQWYYYLRGLDMGVNLQFGYVNLGMMLVCLMTKDWIVVAVAYRVAYYIVLYILSPDVVNDFGLLKCLCVVYMLLGYCSCCYYGVLYWVNRFTHMTCGVYQFAVSAAELKYMTANNLTAPRNAYDAMVLSSKLVGIGGNRNIKIASVQSKLTDMKCTNVVLLGLLSKMHIEANSKEWNYCVNLHNEINLSDDSDVVLNKLLALLAFFLSKHNSCDLSELIESYFDNPSILQSVASAYANLPSWVAYEQARDAYMEGKKNDLAAPVIKQLQKAMNIAKAEFDREASVQKKLDRMAEQAASNMFKEARAVDRKSKIIGAMHSLLFGMLKKLDMSSVNTIMEQARNGCLPLSIIPAASATRLVVVTPNIEVFSKIRLDNNVHYAGVVWSIVEVRDANSAVVHLKEVTQHNEQNMCWPLTVTCERVAQLQNNEIMPGKMKERAVKASATMDGDATVNGKALFAAEGGKHFMYALVSSDGNLKYVKWEGNSDVITIELEQPLRFYVDGPNGPEVKHLYFVKNLNTLRRGAVLGYIGATVRLQAGKQTEHPSNSSLLTLCAFAPEPAKAYVELVKKGMQPVNNCVKMLSNGSGNGMAVTNGVEATPNQDSYGGASVCIYCRSHTAHPSLDGFCRFKGKFVQVPTGTVDPIRFCIENEVCAVCACWLNNGCVCDRTSMQAAVVDQSYLNEYGVLVELD
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR018995
RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR038634 A-CoV_nsp1_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR032039 A-CoV_nsp1
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036499 NSP9_sf
IPR014827 Viral_protease
IPR002589 Macro_dom
IPR014829 NSP8
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IPR002589 Macro_dom
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=1e-157 Score= 490 Identity=75.58%
Cov(Q)=7.66% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0033644 C:host cell membrane
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GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0033644 C:host cell membrane
Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3958
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
371.153709999999
Exp number, first 60 AAs:
0.00076
Total prob of N-in:
0.00032
outside
1 - 1770
TMhelix
1771 - 1793
inside
1794 - 1832
TMhelix
1833 - 1855
outside
1856 - 1918
TMhelix
1919 - 1941
inside
1942 - 1960
TMhelix
1961 - 1983
outside
1984 - 2603
TMhelix
2604 - 2626
inside
2627 - 2646
TMhelix
2647 - 2669
outside
2670 - 2683
TMhelix
2684 - 2706
inside
2707 - 3125
TMhelix
3126 - 3148
outside
3149 - 3152
TMhelix
3153 - 3175
inside
3176 - 3181
TMhelix
3182 - 3204
outside
3205 - 3218
TMhelix
3219 - 3241
inside
3242 - 3252
TMhelix
3253 - 3275
outside
3276 - 3302
TMhelix
3303 - 3322
inside
3323 - 3334
TMhelix
3335 - 3357
outside
3358 - 3958
