Strain
Murine_NC_034972
(Region: China; Strain: Coronavirus AcCoV-JC34, complete genome.; Date: 11-Oct)
Gene
orf1a polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
orf1a polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGGCTAACCAATATGTCCTGCGTGTAGCAGACTGCACAAACGTTTACTACACTCGGTTGTGGTCCTCGCGTGAGGCAGTGTCGGTTTACGGTGCTGCAGCTGCTTGTGGCTTCACCAACTGTAGGTTTGTAGCTTTTGGACTTGAGCACCTGCTTTACGGGTATGATGATGACCATTGGGTTTTGATCCTTTCCGGTAATCAGGTCCTTAATGTAGAATTAGGACAGTTTAAGGAGCGACCAGCTAACATTCGTGGTTATCTCGTCCTCTCCAACTGTACTTATTATGAAGAAGTCTTTGACCTTTTTCTTGGCAGTGGTCGCGGCACTATAGCGCCTAATCCCATTTTTGTGGATCAGTATCTGTGTGGTGCGGATGGAACACCTGTCAAGCGAGATGTCGAGTTTAAGAATTACTTTACTGATGGTGACACCTATGTTGAGCCTGGCAAAACATACAAACTTGTGTGGAATGTTGAGCGCAAGCCCGGTGATTTAACCCTCAGTGGCATATTAAGCATTAAGTACCTCAGTGACAAACCTCACAAACTTCGTGATGGTGTTGTTCAAGAAGTCGCTGATGCAGTGAGCGAACTTAATGATACAAAACAACTTGTTCGCTTTATTCATGGTTTTGTCTCCTGCCCTTGTGGCAAGAGTGCATTCACTGTTGGTGGGTGGAATGGTTTTGCCACAGTCTGCTGTGGTGTGACCGTGAAGTCCCCAATTTGTGTAAAATTCTCCGGCAAAGCAGGATCCATCTTTGCTTTGCCACTTGGCTCACGCGTCTTTGGCACAAAACGTATTTATGCTGGCGCTGAGTTTCAATACTGCTGTGACTTGTCTGGTGTCGAAATCTGGTGTACTACAAAAACCTTTTCGGTTGATGGTGTCTGCACTGTGGGCGCGCATTTAGTCACAGCAGATGACCCTGTGTATGCAACCCTCTTTCCGACCAATTGTATATTGGGTGATGATGGTTGCACCTCTGATTATGACCTGTGCTATTCTATTGTGGCAGGTTGTGCCAATGATGGTCTAGTGCAGCGCATTGTTAGAGGTTCACTTAATGTCTCAGCCCAGCTGTTTTCTAATGCTGTGGACTTGTTTGTTGCTACCAAAATCTGGTTTATGGAGCATTGTACTCCCATGTTTGCTTCAGCAATGAAGTATTTGTGGGATGCTATAAGGAAGATATCCTGCACCACTAAGGAATTAAAGAAGTTCTGGGATCATCTCTGTGATGCTAAGCTTTATGTTGAAAATCACATTTTACGCTTTAGCATCACAACCTCGGTTAAGTTCAAATCTATAGTGGGCAGGTTTCTTGAAATGCTTCGTATTTCTTTTAACATTCTTTGCATAGAGGCTAGTGAGCGCTACTTTCATTGCAAAGATGTTACAGGCACTAATTTGAAGGTTTTTAAAACACTACTTGTTTCTTGGTGCGAGGCTGCTATTACAGGTGTTAAAGAAGCCGGTTTGACAACTGCTAAATACTTTGTCAGTGTTACTGGTAAGGTATGTAATGTTGTTGTGAAGCGCACTGAGGCTATTAGTGGTGTTTTCTTGGAAGAGGTTGATAACACCATAACACCTCCTTCTACTGGTATATGTCGTCTTATCAACGACTATGCTTTCTTTTATGGTGGTGGTTATTATTTCCCTCTTACTGCTTCCAATGAAGTTGTTGACGGCGCTGTTTTTAAAGCAGCTGGTAGTCCTTTGGCCACTGATGATGAACAACCTGTAGAAAGACCACCTGATGTCACACTTGAGTTTGAGTTTGAGGATGGCTTGGTTTTGTCTTTTCTTAAAAAGTCACTTGGTAATACTTCTAAGGGTTTTCATAATTTTGATGACTTTGAGGAGTATATGCAACAGAAAATTGAACAACTCCGCCAAGCTGTGTCAGCATCAGAGTACGCTTTTGAAATCCCAGATTGTTACATTTATAGTTGTAATGGTACCTATGATATGGAGCCCGTTATGCGCATATCTGAGTTTGCTTTTGAGGACGACACAATTCTGCAAGAATTGGTTAGTGTCTCATGTGATGCATCTCTCGATGGTACTGTAGCTAGTGACACACTTTATCTAGGTCCTAGTACGTTTTGGAAAGAACGCTGGGATTTTGACTGTGTATCAATGGTGTCAGTGGACGTTAAAGGTTCCAATGTGTGGTTTCCAGCTGTTAATAACTGGAATGCATCTATTAGAGCAACCGCTGTCTTTGTAGGCCAGATGTTTAATCTGGCTGCGGGTGATCTGGTTTGGCGTGATACAGAACTACAACAGTTGTGGGATGCCAAGTCACACCACCTGTGGTATAAGCTGGCAGTTGCCGCTTTTCCTAATAAAGATGATGATAACGCATTGGATGTTGATATCCTCCTCAAGTATGTCTTCTCTAAATTGGTCTTGTCTAAAGCACGTGCAAACTGGGTTTGTAAATGTGGTGCAGAAGTCCAATTGAGTGGGCTCGAGGCATGCACTGGTCATTTTGCAGAAGTCTCGTGTTTGTGTGGGCTGCCTATGGTTGCTAAAGAACTTAATGTGCCTTTTGAAATTATAGCACCTGGTTTTGTTATGAGTGTCTTGCAAGAGTCTTCTGCCCACGGTTGTGTGGTTGCTGTGGTTGATAATTCTACGCAAACCTCCTGTGTTATGTTCGATGGTGATCAGCCACTACTTGTAGATGGTGCAGTTAGTAATTTTACCTACCCCCTTTCCAAGCTGTCGGTTGTTGCCATGTTAAAAAGAGGTTATGTTGTGGAGTCTAATGATGTGGAATTTTCCAGCCATACACGTTATAATTTTAGTGTTAGTGTAGCTTGTAAACCTTTTGGTGCACTACACACAAAATATAACCATGTTGTGTTGCCTGGTGTTCATCCAAAGGAAGAAGATACTCAGTGTGATCAGGTGTTAAGTGCTCTTGGTTTAAGTGCTATGAAACCTGCTTTGTTGAATGCCTTTGACAATACTGGTGATTACTGGTGTGATGTTGTACATGGCACTACAACTTATCATTGTCTAGGCAGTTTGCGAGGCTTCAATGCGCGTAATAATTTTAAGAGAGCGTTGGATGCTTGTCCTGATGGTAGTGAGGTTTTGTTGCCTAAGTTGGATCTTTGCATACGTGATGTTGTGGTGGTTTGTGCTAGTAGGAAGCTTTCTTTTGTGTTGGCAGATTATGACACTAATATTGTTGGTAGTCATGTTGCAATAAACGTAAATAAGTTTTCTACAACTCCCCTAGTTGTGCGGGGTGGTTATAAACACCTACAATTGCGTGACAATAATTGCTGGGCAAATGCAGTGTTTGTGGGTTTGCAACTCTGCAATTACTATGATAATGGTAATGTTGAGTGGCAGTGTGCACTTAGCGGTGCTAATTCACGCTTCTTAGAGCATGTTTATGATGCCAATAAAACCTTTTATGGGTCCACTGCTGATGCCGCACAGGCTTTGGAGCGCATGTTAGATGGTGACACCTGTATGACTGTCACACTGCAGTGTTCCTGTGTCTGTGGTGGTGAGACTGTTACTCTCAAGGCCAGTGTTTTTAAATTTAGGCCTGTCAATGGTTTCTTTGACTACGGTGTGTGCCCAGTTTGTGATGCAAAGATTAAGGCTTTGATATTACATATTGATGGCAAAGGTTTCTTTTGCTATACAGCTACTAGGGATAGCAAGTTACTTTTTCCCGGGTGTGTGGGTGAAATTGTTTATACTGGTGCTGATATTGGTGGTCACTACTATATAAAGTATGATGGTGGTTACCATGACGGTACCGGTACTAAGCATTCTGTTAAAGCCCGCAGCCAAGTAGCTGTCTATAATGTTGTTGGTTTGCCTAAGCCTATTTTGGTAAGACAAGGTATTAGATTCTACAGAGCTGCTTTTATTGACATGCTTAAGTTTAAGCCACGTTGTGTTGTCAATGCAGCAAATTCTAACCTGGCTCATGGTGGTGGTATTGCTCGTGCTATAGACCAAGCCACTGGCGGTGAGCTTCAGAGGTTGTCAAATGTCTGTAAAAATAAACCTGGTGTTGGTTGTTGTAATGTTATCAAGTGTAAGGACTTTGAAGTGCTTAATGCTGTTGGACCACAAGTGACTGATGATAATGTTGATGGTCTTCTCTTGAAGGCATACGATGCAGTTAAGAGCTTCAGTCATGGTCTAACAATAACACCTTTACTTAGTGTTGGTATCTTTAGAGTGCCTTTTGACAAATCATTATCTAAGTTTGTTACTACATTTGATGGTTTTTGCAACTTCTATTGTTATGTCTACACAGAGGCTGAGGTTACATCACTTCTGCAGTATTTTGACAATGCCGCTACAGTTGTTGAATTGCCCAACCCCGTTGTGGAAGTTTCAGGTGTTGTGGAATCTAATGAAGAACTTGTCACTGTTCTTGTAACAGAAGATTCTGTTAATTATACTAGTACCACTGTTTCTACGAATTCCACTTTTGGTGAACAGCTCGGTATTTGTGCTGTGGCTAGCAAAGATGTTACTAATGCGCAGCCCACATTGGCTGATGAGGGTTGTGCAGTTGTACTTCCACCTTCTATAGATTATGCTAGTTATTATGGTTTTGATGCCGCTAGTTTTATTGCTGTCGGTCATGGTGATTACAATTTTGAGATTGTAGTTGATGATGGCATAGTGGCTCTCAGTCAAGATCGTAATAATTGTTGGCTTAACGTTGTTTGTTTATCTTTACAAATGCTAAAACCACATTTTAAGTTTGAAGGGCTTAGGAAGTTGTGGGATGAATTTTGTACTGGTGCTGTGGCAGGTTTTTGTCATTTTGTCTATTTTGTGTCCAACATTAGCTTGGGCTCGAAAGCAGATGCGGAAGTTGTTTTACATAAGTTGAACAACTTTATAGAGTCTGACACTACTGTTACACATATGACGTGTACGCAGTGTGTGGACTGTAAAGATGACACTTGTACTGTTACAGGTGCTGTCGTAAATTCTGT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Protein
MANQYVLRVADCTNVYYTRLWSSREAVSVYGAAAACGFTNCRFVAFGLEHLLYGYDDDHWVLILSGNQVLNVELGQFKERPANIRGYLVLSNCTYYEEVFDLFLGSGRGTIAPNPIFVDQYLCGADGTPVKRDVEFKNYFTDGDTYVEPGKTYKLVWNVERKPGDLTLSGILSIKYLSDKPHKLRDGVVQEVADAVSELNDTKQLVRFIHGFVSCPCGKSAFTVGGWNGFATVCCGVTVKSPICVKFSGKAGSIFALPLGSRVFGTKRIYAGAEFQYCCDLSGVEIWCTTKTFSVDGVCTVGAHLVTADDPVYATLFPTNCILGDDGCTSDYDLCYSIVAGCANDGLVQRIVRGSLNVSAQLFSNAVDLFVATKIWFMEHCTPMFASAMKYLWDAIRKISCTTKELKKFWDHLCDAKLYVENHILRFSITTSVKFKSIVGRFLEMLRISFNILCIEASERYFHCKDVTGTNLKVFKTLLVSWCEAAITGVKEAGLTTAKYFVSVTGKVCNVVVKRTEAISGVFLEEVDNTITPPSTGICRLINDYAFFYGGGYYFPLTASNEVVDGAVFKAAGSPLATDDEQPVERPPDVTLEFEFEDGLVLSFLKKSLGNTSKGFHNFDDFEEYMQQKIEQLRQAVSASEYAFEIPDCYIYSCNGTYDMEPVMRISEFAFEDDTILQELVSVSCDASLDGTVASDTLYLGPSTFWKERWDFDCVSMVSVDVKGSNVWFPAVNNWNASIRATAVFVGQMFNLAAGDLVWRDTELQQLWDAKSHHLWYKLAVAAFPNKDDDNALDVDILLKYVFSKLVLSKARANWVCKCGAEVQLSGLEACTGHFAEVSCLCGLPMVAKELNVPFEIIAPGFVMSVLQESSAHGCVVAVVDNSTQTSCVMFDGDQPLLVDGAVSNFTYPLSKLSVVAMLKRGYVVESNDVEFSSHTRYNFSVSVACKPFGALHTKYNHVVLPGVHPKEEDTQCDQVLSALGLSAMKPALLNAFDNTGDYWCDVVHGTTTYHCLGSLRGFNARNNFKRALDACPDGSEVLLPKLDLCIRDVVVVCASRKLSFVLADYDTNIVGSHVAINVNKFSTTPLVVRGGYKHLQLRDNNCWANAVFVGLQLCNYYDNGNVEWQCALSGANSRFLEHVYDANKTFYGSTADAAQALERMLDGDTCMTVTLQCSCVCGGETVTLKASVFKFRPVNGFFDYGVCPVCDAKIKALILHIDGKGFFCYTATRDSKLLFPGCVGEIVYTGADIGGHYYIKYDGGYHDGTGTKHSVKARSQVAVYNVVGLPKPILVRQGIRFYRAAFIDMLKFKPRCVVNAANSNLAHGGGIARAIDQATGGELQRLSNVCKNKPGVGCCNVIKCKDFEVLNAVGPQVTDDNVDGLLLKAYDAVKSFSHGLTITPLLSVGIFRVPFDKSLSKFVTTFDGFCNFYCYVYTEAEVTSLLQYFDNAATVVELPNPVVEVSGVVESNEELVTVLVTEDSVNYTSTTVSTNSTFGEQLGICAVASKDVTNAQPTLADEGCAVVLPPSIDYASYYGFDAASFIAVGHGDYNFEIVVDDGIVALSQDRNNCWLNVVCLSLQMLKPHFKFEGLRKLWDEFCTGAVAGFCHFVYFVSNISLGSKADAEVVLHKLNNFIESDTTVTHMTCTQCVDCKDDTCTVTGAVVNSVLSRSAVTAGNCKHGYCKNVIVKSVSGDCILTSNKPCSADQYVSNVGRILYTGDETNGHYTFYDCTRGRLYDGSTYKVQDVASVSASVSSLVVKIHSYAPVTQPKTVSPSVHGQIDYAKKFEDFSVRFFRFGDYVFSNIIVLFLIVLDILKNCYASFKKKDVKILARIPRRSGMVVTKSLLYNSKVAVDSMYERRNWFYAFGVFASFFYICYAVVSAGLRFSSLCTEWTDGYANSTFVKQDYCNGSLICYECLRGYEELSDFAHIHVRWSFTYNLSEFFIFYHALTFTIMWVFGSKYVKTGLFYFVLQCWNNAMCWFDNTEPIWLLNIVKFSSVSVHFFSLFCVYKLACFVKHVLFGCSKPNCLSCSRSAKYDRVPCDTIVNGVKRSFYVTANGGRKFCDKHQFFCQNCDSLGVGCTFINEHVAKEVSNVTKTNVRATGPAYVEIDKVTFDDGFYYLHAGDQFWKYDFDVSSKKFDSEVCIKDLSLTADFMVFNDSGTARANAVNASVYFSQLLCKPIKLVNKVLLSSLTIDHGGAMHDAYCKVLHNSFNKDFAKCGDLQSCKRCVGVDCRDAVFEQGVKLAHKYDVLLCNDSANNFVTTYAKAGTRVGTADLAVFNRESVREINHAVLTRNKVTVVWSVNVFSKLSTDTQDYIVKTTKAKGLLFLLTFNDHVNTQNLPCNMVNSKNAGIPLGRFNNFGLAKCCYYMLAAACIVYASVCLFNFNFKTATFDSVPEYDFRYIENGAMKFFNKGLPCVYNLYKEFPEWHKQRYGFVPSFSVSCPIIVGASDLNTNVVPNVPSNVVLVGRILVFSYQTYFGHSKLCFSDAYNFNMAKISDGDCARAAVFPSACTTLQGLGGSHVYCFMDGLYPGAKLYSDLVPHLRYYTDANNYIMLPEVVMRGFGFKVTRFLGETYCRVGECVSSNAGVCVGADEWYVFDSNIGDNYVCSEDVRGLVWAFFSFFNANIGTLLLTGQLTLNIVIACCIVCVCYTFVKFKRIFGDMSTLVLMVLAATVINSVSYLFTVNFVFLMLYTCVYFISTRKVYFSMVWDLMYVVAYVFVAPWYVVVGYVIILLCDCMPSITKLKLSTNLLEGDKFVGSFEHASRGTFVLNAQSCAKLVNEIGQEKLDRYAANYARYRHYSGNPNEADYRAACFAWLAKAIKDYQLSPQDKLYCAPTVSYNSVLQSGFRKIAQPSGLVEPCIVRVTYHNSYLNGVWLGDQVYAPRHVIASDTTRVVDYETEQNLVRSHNFSISRGNSFLTVKGFRFEGCNVVINVAEVNPLTPEYKFDTLKPGDNFNILACYDGIPSGVYGVTLRYNSTIKGSFVNGTCGSPGYVVSNGVIKFCYLHQMELGSGAHVGSDFTGKMYGGYQDQAKVQIEGANRLITENVVAFFYAALFNGERWWCSKSSTCITNFNSWAAENNFTQLAATDVFNLVASKTGVSVEQILAAIITYSKGFGHRTLLGYASINDEYTITEVMQQMFGVQLQSGKLKRVFEGFTLFFFFVALFWTQFLMYTSISILHWEVVIAVLAALTCFSAMLIVFIKHKMVFLYGYVIPATLVIVFSNFLWDYVVSAIVTEHAAFMAAYFAFDVQSVFNLFMLCFVLVLHLARFYCSGGALLACLFSCAYTVGLFVYFVKIDVLSAFFMFISGMQCSWALTWSSYKIATYLMSYVSAYYIEVFGYTKILMVIYLGVGYLFCAYYGILYWVNRFTMSNFSLCLGYYDYCVSQAEFKYMVANNLKCPTNPLEALYLNIKLMGVGGPKKIKLSTIQSKLTDLKCTNVVLLSCLSSMNVAVNSKEWSYCVQLHNDINLCDDPETATEKLLALCSFFLSKQQNFNLDVLIDSYFDNKAILHSVASTFASMPSYIAYEKAKMDYEQAKQNGTSDQVVRQLLKAMNIAKSEFDLELSVQRKLNRMADNAAAQMFKDARNVDRKAKVVSSMHGLLVAMLRRLDMSSINELMDLAKDGILPLAVIPAAASNRLVVVTPSIEAFDKIRHDNSICYAGSVWTITAIKDVDGTSVQLAEVCAGCDGALNWPLHIEAERIVKLQNNEITPGKLAQRVVNTDSGTGKALYCNEQGRGFIYALLADASDITYIKWDTGLGDDVVIELEKPVKFSVQTPNGPQIKYLYFVKNLNTLRRGAVLGFIGATVRLQAGKPTEYATDCQILTLCAFAVNPKDAYLTAVKQGHKPLSNCIKMINNGSGNGLAITPRVEANTVQDSYGGASCCLYCRASVEHPSMNGVCNLRGKYVQVPTGTTDPVRFVLENEVCSVCSCWLGHGCVCDRSTVQSNIISQDYLNGCGALVMLN
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR008740
Peptidase_C30
IPR037204 NSP7_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR036333 NSP10_sf
IPR014828 NSP7
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014822 NSP9
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
IPR014829 NSP8
IPR036499 NSP9_sf
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SUPFAM
Gene 3D
ProteinModelPortal
PDB
4F49
E-value=2e-125 Score= 397 Identity=58.75%
Cov(Q)=7.62% Cov(P)=97.74%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
3974
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
344.680790000001
Exp number, first 60 AAs:
4.99977
Total prob of N-in:
0.23618
outside
1 - 1793
TMhelix
1794 - 1816
inside
1817 - 1862
TMhelix
1863 - 1885
outside
1886 - 1943
TMhelix
1944 - 1961
inside
1962 - 1988
TMhelix
1989 - 2011
outside
2012 - 2636
TMhelix
2637 - 2659
inside
2660 - 2670
TMhelix
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outside
2705 - 2718
TMhelix
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inside
2742 - 3163
TMhelix
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outside
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TMhelix
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inside
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TMhelix
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outside
3240 - 3253
TMhelix
3254 - 3276
inside
3277 - 3280
TMhelix
3281 - 3303
outside
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TMhelix
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inside
3346 - 3351
TMhelix
3352 - 3374
outside
3375 - 3974
