CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Goat_NC_034976 (Region: China;  Strain: Goat torovirus strain SZ, complete genome.;  Date: 29-Sep-12)
Gene
polyprotein 1ab
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein 1ab
GenBank Accession
 

Sequence

CDS
ATGTTCAAGACCTTAAGAGAGCTCATCAGCGAAACCGAGCTGCATTTGTGCTCAAGTACCTTGGACCTAGTTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTATACCACAAAACCTGGTATCTCTTTCAAAGATGGTTCCATCTATCTTGGAGTCACCGACTTTGGAACCCAGATTCACATCAACCCACTACAGCTCTTTACAAAGTTTGCAGTTACTTGCCCTGAACACCTCATACACCCTGTACAAATGGACTACAGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTTCCTTTGAACGATTTTACCCCAAAAGGCAACTATGTGGAATTATCATTGATGATCCCTTCAGTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAACTACTACTTTACAAGGAATGTGCTCAGATATGGTACAAAGTTGTATCAAGTCAATGGAAACAGACTTATTGAAAGGAGTTCCGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAGTGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTAGTGAACGCGATGAAGATGTCATCTGTTGTGGATTTGAGTCCCTTGATATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTCAGCCCTTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGCTACACCTCAATGATTAGGGAGTTTGTTGATTGTTCTAGACGAGATGAAAAATGTCTTAAGCGCCGTCTAACAAAGAAGCAAAAGAGGCAGGAAGAAGGTAGTTTTGATGCTAACAAGGTTATTACACTTGGTGGTAAAATGTACCGTTACCAGGTTGTTATACTGAAATGTAGTGACGAGGTTGATGATTTAATTGGTTTTGATGGTAAGGTTAGAGAAGTTGAATATAATTTTGAGAATGTACCACATTGTTGGGGGGATCTTGTTAAAAGGAAGTGCCTTATCCGGGCAAAGGCCACTTGGAACCTTGTTGATAATGTTGATGAGGATTTGGACCATGTCTACACAGATGAAAGTCAGCAAGGTTTCCATTGTGTTGATGGAAATTCGGGTGTATATAGTGCATGTGTAGAGGACACTCATTTGGAAGAAAGAATTTTTTCGCGTGTTTGGTTAAAACAGACATCCAGGTTTTTTGGCACAAAGATACAGCAGGTGTCCGAGTTGTTTAAGAGTTTTGGTCTGCCTGAACTTGAAACTACATATTGTGGTGTTAATCCAGTAAAAGTAGGCAATAAGTGGCTTAGTTTTAAAGACCAAGGTAGATCAAGAGTGTTTTTTGTTTATACTGATAATAATGTATATTTGGCCACAACACGTAAAAAAGTTAGTTGTGATTATATTTTAACCAAATTTAAGAGTGTTAAATGGATTGGTAATAGGCCTGATAAGTGTAGAGTTGTGAAAGTTTTGGCATGGTTGATTTCTATAAATAAGGCTAAAAATTGTACAAGAGTTACCACCCCAATGTTGACTGTTCAGGGTAAGATTAGCCATAGAAGAGTTGATTATTTGGACATAAGTGTTTTAGATAGTTATGTAAGTGATATTGTTGCTTTGAATTGTGTGCAGAAGGTTAAAAAGTTTTTGTTAGGTCATTATAATTGTGGTGCTGATTTAGGTTTGTTTGATAATTTTTTAACACCCATAGAGTGTGGTACTAAGCAGCTGGTTTTTGAGAGATGCAACTGTCCAAACCATCAGTTTTATGTTGCCCAATTTGATAATCATGTGGTGTTGGGTTTGGGTAGGCCCACAGGTGTTGTGTATCCTGAAGAGATACCAAGTTATGCAAACATTTATGCTGTGGGTTTTGCAACCCCAAGAAGGGTTGTAGAAGTGCACTATTATTCTGAGATGAACCGCCACCAATGGCCGCAGGAGTATTATTATTTTGCTTATGATCAAGAGTACCAGCATGTTGATGGTGACGATTATATTAATCACCACTCAGATGATGTTGAGGATCAACCATTTCCACCTCTACTGTTTGATGATGCCTATGATAGTGGTGACTCTTTGGACGATGGTGGAAGTGATTTAGATTGTTTTGATGTTGATGACCTCTGCTGGCCTGAGGCACCCATACCCGTACCCTCACCTTATGGCTACCACCAAGGCCAACGTTTGAGAGATTTGTGTGTTGCAGGTGGTGATTTTGGTTGTGATTGTCCTCGTTGTGATGGTACATTTGTTTATCATCCATTTAGACCACGACACTACCCTTCTTTCGATGAGGTTGGTCCATTTATTCAGATGTGTGAATTTACATTAACATATTCAGGACAAAATTACAATTTGTTCTATGGTCTAGGACCCAAAGTTTGTCTTCAAGATTTGGTGGAAGCAGGTGATAAGCTTTTGCTGTTATTGATGAGGGGACAGTTAGAAAATACATTACTGCCACATGATATTTTGGCATGTTTGTCAAGTTTGAAGTTGGGGGTTAATATCCATCCCTTCTTGTGGCCTGCACCGTTTTTTAATGCTAATGGTGAGTGGGTTGATATTTTTGACAGTGGTGATTTTACAGTGTTTGGTGAAGATTTTTGTTCAAAAGCTAAGTCCATGGTGGAGAGTGTGTATTTTTTAGTTGAAAATTTTTTTTCTGTGGGTCGTCCTATTGAGAATTTGTATTGTAAGTTGCATCTTGATGGTGATGTTAAGAAGATGCTTTGGTCAACAATTCATATGAAGTATATTTATTTAGCTTTAATACATAGTGAAAAAGTTTTTAATATTATTTTAAATAGTACACAGTTAAGCCACCAAGATTTAGTTAAGTTGGTTACAATAGGTACTTTTGATGTTTCAATAGTTGCACCCTGTGCTTGTAGCGGTGAGTGCAACCATGGCAAAGTGTACAACTGGACAAATCTTCTTAGTAGTGTTTATAGGTTTGCAACATTAGATCAGTTGGTAGGGCTGTCGTACTGTGAGAAAAGGTTATTAGTCCTTAGAAAGGTTCAGCAGTGCCTTGAAGTTGAAGAGGGGTACCGGCAGCCTGTGCAGTTGTTGATGACACCATTTTATAGTTTTAGTGGTATTGCCAAACCTATTGAACAGCCCTTGGCTGGTGTCCTTCACCAACAGGTAATGCAAATGTTTGATACATGTGTGATGTTGGATGTTATTTGTCGCCTAAAGCGACCAAAAGCATCAGTACACAATCTTTTTGGTGTTTTGGCAGATTATTTTAGGAGACCATTCACCTACCGTTACTATCAAGTGGCTGAATTTTTGAGTTCTGAATCCACCCAGGTTTTTACAGATGTAACTTCAGCATTGGCACCTAAAGACCTCTGCTCTGACCGTGGTTACAGTTACCACAATTATGCAGTTGGTAGGGTGGTGGAGCCAAGGACTGCAACTACAACAACCAAAGCGGCCATATACCCACCTGAGATCGTACAGATGATCCGCAGTTTTTTACCAATTGAGTTTGATGTAGGTGTTATGAATTATGTAGATGATAATTGTGATTTTAAATATTGTAATTTAGAGTTTTGTCTTAGTGGTAGGGGGTCGGTTAGGTTGGATAGTGGTGAGTGTTTAGGTTATAAGACTAATTTGTTTGTTATTAGGTATAAAACATTACCCTTGCTATATGCTACTAGTAGTCCTATTTATTTGAGTGATTTTAGTTTAGATAATGCTGTTTGTCTTACAGGTGATTTTAGATTGTGTTTTGATGTTGAGCCTGGTGTTACACTTTTTGGCCTTTATTTTACAAATGGTAGGTGTTATGGTAATGTTTGGGAGACTTTACCACGTTTTGGGCTTGGTACCTTATCTTCACCTAAGTATCATCCTAAGTGTGAACCTTTTGAGAATTTGGCAGAGGTGTTTTTCTTTAAGCGTAGGGTTCAACTTGTTCCACTGGTTAATGATTATACTCCAGTTTTCAGAAACAAACCAGACATTCCTAAAGTTTTGACAGTGGAACTTATGCCCTACTACTCATCTATAGGGTACCAAGGATTTGTTGCCCCTAAATGTATTTTGCCTGGAAGTGTAGCCACTCAGTATTGTAAGTTGAGACATCAATTAGATAGATGTGTTCAAGTTACTAAGTTGGCAGTTGCATATGCCTTTTATTTCAAACCACTTAACATGGGTTCACCATATCATCTAGATCCTATGAGAGGTACCAGTTATGGTAAGCCTGCTGTGATACAGTTTGAACCCGTTGGGTTGATAAAGGAAGTTAACATACTTGTCTATCAGTTTGGTAAACATGTTGCTATACATTATTTTCCTGAATGTCCTACATATGTAGCCTATGGACACTACCCAAGTCATTCTGTGGGTGTGTGGTTGGGGTACTCACCCTCTTTTGAAGAGTGTGTTATTGCACAGCGCAATTATAGGGTTTATGTACCCACCTGTTTTAGGCTATCACGTACTGGTAGTTATCATATCCAACAGGATGAAGATTTAGAGAGAACAAATATTATGGTGAGCTATCATTATGCCAGAGATTTTGGTACAAAATCTTTGACGCCTATGTTTCAGATGTTTAGTAAAATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGACCTCATTTTTGCATTAAATTCTCTAAGTGATGAGTCACAGAGTGTCTTAACATTATTTTGTAATGAGTTTGACACAGCCTACACCTTACAAACAATATCAGATGAGGTTGCATTTGAAACATCTACTAGTCCAGAATTGATTGCATGTGTGTTGGCTTATGCAATTGGTTATGAGCTTTGCTTAACTGTTAAGACTGATGGTGAGTGTGAAAGCTTAGATGTTGGTTCAAGTTTGGAACCGGTTTATGTTGATTATGATGTAAGTGGAAATATATGGGACTTGTCAACTAGCCTGCAAGATGAGAGTTCTGATGATTTGGAGCTACCATTTAATCAATATTATGAGTTTAAGGTTGGTAGGGCTTCAGTTGTTTTAGTGCAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTGAAGAGTGAGCAAGGTGTGGATTA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AATATTTTGCGACGAATTGCCGCATATAGAAATAAGTTGTGTATAGTGCCTAATTTTAAGGTTTTTAGTACTAGTTTAAGTTATAGATTTAGTGGTGTTAAGTTTGTGCAAAAATGTTTTTATGTTTCTGTGCCGCGGCAATTTTGTGCCTCTGGATTAATTCAGGAGGTGCCGTTGTTGTGTCAAATGAAACATTAG
Protein
MFKTLRELISETELHLCSSTLDLVSKSQLLDQCLGIPQNLVSLSKMVPSILESPTLEPRFTSTHYSSLQSLQLLALNTSYTLYKWTTGSISKLRGHLERELCRGLVPLNDFTPKGNYVELSLMIPSVLTGQGTSTTTTLQGMCSDMVQSCIKSMETDLLKGVPALKDQTSCQEYFLSANYQSLIPPQLLVNAMKMSSVVDLSPLILENTRLLLKLSPFHGGTSVSYTSMIREFVDCSRRDEKCLKRRLTKKQKRQEEGSFDANKVITLGGKMYRYQVVILKCSDEVDDLIGFDGKVREVEYNFENVPHCWGDLVKRKCLIRAKATWNLVDNVDEDLDHVYTDESQQGFHCVDGNSGVYSACVEDTHLEERIFSRVWLKQTSRFFGTKIQQVSELFKSFGLPELETTYCGVNPVKVGNKWLSFKDQGRSRVFFVYTDNNVYLATTRKKVSCDYILTKFKSVKWIGNRPDKCRVVKVLAWLISINKAKNCTRVTTPMLTVQGKISHRRVDYLDISVLDSYVSDIVALNCVQKVKKFLLGHYNCGADLGLFDNFLTPIECGTKQLVFERCNCPNHQFYVAQFDNHVVLGLGRPTGVVYPEEIPSYANIYAVGFATPRRVVEVHYYSEMNRHQWPQEYYYFAYDQEYQHVDGDDYINHHSDDVEDQPFPPLLFDDAYDSGDSLDDGGSDLDCFDVDDLCWPEAPIPVPSPYGYHQGQRLRDLCVAGGDFGCDCPRCDGTFVYHPFRPRHYPSFDEVGPFIQMCEFTLTYSGQNYNLFYGLGPKVCLQDLVEAGDKLLLLLMRGQLENTLLPHDILACLSSLKLGVNIHPFLWPAPFFNANGEWVDIFDSGDFTVFGEDFCSKAKSMVESVYFLVENFFSVGRPIENLYCKLHLDGDVKKMLWSTIHMKYIYLALIHSEKVFNIILNSTQLSHQDLVKLVTIGTFDVSIVAPCACSGECNHGKVYNWTNLLSSVYRFATLDQLVGLSYCEKRLLVLRKVQQCLEVEEGYRQPVQLLMTPFYSFSGIAKPIEQPLAGVLHQQVMQMFDTCVMLDVICRLKRPKASVHNLFGVLADYFRRPFTYRYYQVAEFLSSESTQVFTDVTSALAPKDLCSDRGYSYHNYAVGRVVEPRTATTTTKAAIYPPEIVQMIRSFLPIEFDVGVMNYVDDNCDFKYCNLEFCLSGRGSVRLDSGECLGYKTNLFVIRYKTLPLLYATSSPIYLSDFSLDNAVCLTGDFRLCFDVEPGVTLFGLYFTNGRCYGNVWETLPRFGLGTLSSPKYHPKCEPFENLAEVFFFKRRVQLVPLVNDYTPVFRNKPDIPKVLTVELMPYYSSIGYQGFVAPKCILPGSVATQYCKLRHQLDRCVQVTKLAVAYAFYFKPLNMGSPYHLDPMRGTSYGKPAVIQFEPVGLIKEVNILVYQFGKHVAIHYFPECPTYVAYGHYPSHSVGVWLGYSPSFEECVIAQRNYRVYVPTCFRLSRTGSYHIQQDEDLERTNIMVSYHYARDFGTKSLTPMFQMFSKIFGKSKQDLIFALNSLSDESQSVLTLFCNEFDTAYTLQTISDEVAFETSTSPELIACVLAYAIGYELCLTVKTDGECESLDVGSSLEPVYVDYDVSGNIWDLSTSLQDESSDDLELPFNQYYEFKVGRASVVLVQDDFKSVYDFLKSEQGVDYVVNPANSQLKHGGGIAKVISCMCGPKLTSWSNNYIKQHKKLGVTCAIRSPGFQLGKGVQIIHVVGPKSADSDVVNKLDASWRSVFQNVKPDTTILTSMLSTGIFGCSVTDSATTLLSNLVDLDKDVVVFVVTNVSDQYIEALGIVEGFQSAHGLPNFGNTCWFNALYQLLKSFAVKEQIVQDLVNCFDDFYECPTKQCVEWVCDQLGVVFGEQYDAVEMLVKIFDVFKCNVRVGYDCLSRLQQFALGSCREIPADAVLMFFGQDKSGHWVAARKVCGVWYTFDDKVVVKKDPDWSKVALVLRERGLFKAADFETPRPRRRRVAHRVPRETVSQDAIMFLEERQFSSGTMLAHSCVESVESFDVEGVQSSLFQSVDGLGDVTDLDCSDCVCDNSDLQELQVVASQPSEVLTTSMSTECLGSENSEYSVEVDLNPVCKKDEQVGESATNGKDGVITSDPQQDFLKSPDPTTKQPETESVEPKDLSVFSKQPQVMLPMTWRDVLFQQYLGFKFDLLSLTHVSKFKIVAYFVALWFVLLYCFSDVSLLSRFCLYVVLLWLSHVVLVVKNLDLGLVNLDGESYVLRILSSVKVPNCIAFNCDGVHWLILKLLYYSFYFYDFFVKMLVVVFQMPQLRCFTWPLLKLGFADTFLSHHILAFPTKQVSQSCLPVFGDERKYIYVPYWCKESFRTLVARAKQLTATGRSRTLDNWYYQCCSKTVKPSSCFNVRDFVFDDACNNHKYYGFFSAFWFYVIFYSGFLSFWLPLIFCYCALFMCTFKNLPVNTTRPIRWTVLQQVVDDLLSIITRPLIGRPACPPLSAYLTATTADEAVRASRSLLGRFCTPVGFQQPIMNVENGVAVSSLGFINPLMWPLFVVVLLDNRFVWFFNVLSYIMLPVFVVVLLYFYLRKICGCVNVRGVVKSCTRHFHNFSKPLVAAGVHGNRTNFTYQPMQENWCDRHSWYCPKEEHYMTPEMAMYIKNYYNLATSPMADTIWCDYVKSVPNMTWANFKFSLFKSSETVMCGPSSHADSMLLSWYAFLHGIRFAVNPSVVDIPSQTQPIYVSSDSDDSLDKGCDVSLRPTKNKGKFKKQSVAYFSAGPVDLWYYVMLIIALGAIFVFMYSCFMVGQYVVMPKDKFFGVNPTGYSYVNAQPYLHASPPVLRNSDGMVLATPLKVPSISYSVYRLLSGHLYFTKLIVAENECTPPFGAARLSHEFTCNDFTYILPAHLRILGRYIMLIHPDQLHMLPFEVEHSTHTRLCYVTGTNIVECLPTFEIISPYVFVVLVAIFTIVFLFLLRMYIVMYSYFKVFTYVVFKLLFVNTVMVLFVVCLPPLVPGVVFVLALWLCDSVVFLLYLAVLSLFILPWFYVMFFMLIVGGFVFWWMMKSSDVVHLTPDGLTFNGTFEQVSKCVFPLNPLIVNRLLLDCQMSHSDLVEKSKLKTTEGKLATEMMKVFMTGETAYYQPSNFSFQSVFSKVTSPFTLHARPPMPMFRLYVYFNGQCVGTTCTGTGFAIDDNTIVTAKHLFECDDLKPTHLSVELSCRSYWCTWKEPNVLSWKFEGENAYISVENLRDFYGIDFKYLPFQQIECEFYKRMESVTIFSIKYGSEFATQAWQTVNGHFVCCNTEGGDSGAPLVWRNSVIGVHQGLCDSFKTTLASDSKGVMMTEVKGHYVDPPVYYKPIIMSAAYNKFVADNDVSIGECTNYHNFVNEDFFPMHDELEKVSFGDKMRRYCQSLPRYLEPLHYFHVPSFWQPFKKQSVSSNVSWVVENLHFIFSVYFLVCDFVAYWWLDDPFSVILPLFFVVQLLSTVVLKNVLFWNTSYLVTLAVTFYVHSEVAESMYLLGLFSDQIVNRVGLILVVSVMCLFVVVRVVVNVKRAVFVVIVSVLLIVVNIMLGVVQFNSFVAVCMFDIYAVFAALLTPQPVVAIMMLILFDTKCLMSFAFVVIVLSFRVFKNYKFVRILHNFCNFDFVLTQLSLFRYRHHNQGNNPSHYEALWLFLKELYYGVQDVKYEVFSPQAGTYNVRFLTDMTEQDQLEAVEQVQRRLQRFSIVQDKNSQRLVLYSKNIEFLRSQIQQQRVLGANPFIITTLTPKDIAIDNVEVHNPSQFKPEDLQAHMWFYSKSPIFVGQVPIPTNVQTAAVLDTTYNCQDLTADEKNNVAATLQIQNAALTLSLFEECNKFLEHELGDVPTLMWQSEDIVDVKQLEVQIEKLRVVLDGMQLGTSEYKATRKQINILQSQLDKALAFERKLAKFLEKVDQQQAITNETAKQLSAFKNLVKQVYESYMSSLKVRVVESNDASCLLTSTDLPRKLVLMRPITGLDNIKIVEKANGCEITAFGDTFTTGPGSNLAGLAYSSTQPLSAYPFIFNLEGIFKQQANIGYKTVECNMSSDNGSVLYKGKIVAVPSEDNPDFVVCGKGYKLDCGINVLMIPSIVRYITLNLTDHLQRQSLKSRRRLQYNQQGVRLGGVNLGEHQAFSNELISSVGFTTWVSSTVCTDKTHKHPWFVQIPSNEKDPEWFMHNTPVKNNQWVVDVKPTHWLVDADTNEQLFALALTDDEYLKAESILAKWSPITQDVECWFKDLRGYYTVSGLQPLWPVCPKKICNLKIVPIYQPQSMAYADEPTHFLSLPVVNKNFLQAFYELQEGFPGKKQVAPHISLTMLKLTEEDVAKVEDILDEMVLPDTYATITTPHMMGQHYVLEVEGLQALHDEVVSVLRQHGIACDQTRMWKPHLTIGEIKDGSVFNKFKDFGITCKLEDCDFVKLGAPKANARYEFIATLPVGDFKLLRDVWCACRHLCFQNGAYQSSRSKHYIDLATEYNAGIVKVNKSNTHSVEYKGQRFMIKRVKDQHEFALAKTAFLPSIIPHHMIHQNGEWFLVRGPTTQWSLGDLVYAIWLGDQAYLDECGFVFNPSRDEFFEDANQRSYLANLLEPAILSFCGIFQCVKDCQVPYKITLDNLDLKGQLYDFGDYPCPNKVDNQSALFVLAEVWSMTRKPFPSKFAQLLAEEMNVPADFQMYFQHTLLSGKYFDKAMCLNNVRPFLRDPANLTTTPFFSQHSGVWTHFYNPIYGLVECDLEEFSNLPEVLQQLITVQGPITSAMTPAISIGEGVYAANVPPAAAAKQKIPLYDVGLCQELTDAGVDCGEAFKYFYYLSNPAGALADVCYYDYQGTGFYSPKLLAGVYDFMKRVTACYKTDERFTYEQAKPRKSSMGINITGYQQDAVYRALGPENIIKLFEYAQKAPLPFCTKIITKFALSAKARARTVSSCSFIASTIFRFAHKPVTSKMVEVAQNSQGFCLIGVSKYGLKFSKFLKDKYGSIEQFDVFGSDYTKCDRTFPLSFRALTAALLYELGGWEEDSWLYLNEVNSYMLDTMLCDGMLLNKPGGTSSGDATTAHSNTFYNYMVHYVVAFKTILSDLSDCNKVMRIAAHNAYTTGDYGVFNTLLEEQFQTNYFLNFLSDDSFIFSKPGALEIFTCENFSNKLQTILHTRVDQTKSWATTGHIEEFCSAHIIKTDGEYHFLPSRGRLLASLLILDKLSDVDIYYMRFVAILCESAVYSRYQPEFFNGLFQVFLDKVQQFRKDYCCDPCPPQLLDRQFYENLVFTSNTEVGLVDCYLENFKLQCEFKQQAGFDKVCFCCPNPAVSVCEECYVPLPLCAYCYYVHVVISNHCKIEDKFKCPCGQDDIRELFIVLNNSICIYQCKSCVESDRLRISLLSDVDQVVRLPGFRSNSASIAKNGVAQLLTPVDNVDVSLDWNHQETVQQNVARIVYHSANMTQMSIEVVYVSFSLVRNDGSSAILDIPNFKCPDTSYCLFYKPGKTGALKFTGKGTLTSCYDSNNLTWFKVTCPDFNQPWRFATCFVIQQHDAVYPPIKSTQYENVTFVMGPPGTGKTTFVYNTYLSKASPSNRFVYCAPTHRLVGDMDERVDGAVVVSAYNDRTYRNPVWKKDDSYDVLLCTHNTLPFIKSAVLIVDEVSLIPPHVMIKILSMGFKKVVLLGDPFQLSPVYKNHKVHFKYDTFYLLQLATQKRYLTACYRCPPQILGAFSKPYCDVGVDLVSFNSKPGKFDIIVSKQLANMQDFSVLSVLSKEYPGYVILVNYRAAVDYAMQNGLGDVTTIDSSQGTTAANHLLVLFGASNFSKTINRVIVGCSRSTTHLVVVCCPELYKHFQPILNWPEPVYRYFGMEKQSDFNIIPEVSSLVFCDIEFWHYKADPNSKTRTVYPGQIAVVTSQTLQLYLGVFDDAGYKSALRGLPKDVFVPPNWVWMRKHYPSFEQHTYNMQRLFKFIIDTTCGQPWFILYSCSNDLKSLKFYVEFDTSYFCSCGELAICLMRDGLYKCRSCYGNMLISKLVNCKYLDVQKERIKLQDAHNAICQQFHGDSHEALCDALMTKCLYLASYDAAFKDTIHVKYKDLCLEIQYKITSPYVRYDGVNKRYLYRDHGAMYYFKTPKSPMQNVYKYEVGAHAEYSINICNSYEGCHSFGKTCTKCIHIHCIVEQFMADDRYKDFILVSVVKSDFVEQALSPAAKALMLTVTRVEGKSFYTSNGQRYDLYDYDLSKSVMRVVCAIVKPLPLYSVVVGLGVNCTVGCVLPNVPMKLKDELLITDVPLSTLRLDLPTWYYVTWPTLSSKTSRWKLAGAQVYDCSVHIYVEATGEQPLYYLQLGNGESLRELPETLFSTGRLYNLEHDPSKNFNVQQLAVETIPKNHHVFAGDFTDVGTDIGGVHHVVALNGYKGSVIPNYVKPVATGLINVGRAVKRTTLVDVCANQLYEKVKQQIVGIKVSKVIFVNIDFQEVQFMVFAKSEEDIQTFYPQKEFLRSYYEWPIILPELESHYDLKNYGQDPQFMPQPVNFAKYTQICTFIQDHVKVARNSLIWHVGAAGVDGCSPGDIVLSSFFKECLVYSWDVKDYDTLLEKHNYDCNFRPNLIVSDIYNVSSIVSEVLEDCVHRLALGGTIIFKTTESSRPDIQLSKITKYFAAVHFFSAGVNTSSSEVFVVLKYKLYSEPIGEELCSPNILRRIAAYRNKLCIVPNFKVFSTSLSYRFSGVKFVQKCFYVSVPRQFCASGLIQEVPLLCQMKH

Summary

Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pfam
PF01661   Macro
PF06471   NSP11
PF08710   nsp9
PF05409   Peptidase_C30
PF16348   Corona_NSP4_C
PF08716   nsp7
PF08717   nsp8
PF09401   NSP10
PF08715   Viral_protease
PF00680   RdRP_1
PF01443   Viral_helicase1
PF06460   NSP16
PF06478   Corona_RPol_N
Interpro
IPR042515   Nsp15_N
IPR009461   Coronavirus_NSP16
IPR002589   Macro_dom
IPR014827   Viral_protease
IPR014829   NSP8
IPR036499   NSP9_sf
IPR007094   RNA-dir_pol_PSvirus
IPR027351   (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR009466   NSP11
IPR027417   P-loop_NTPase
IPR038123   NSP4_C_sf
IPR037230   NSP8_sf
IPR009003   Peptidase_S1_PA
IPR014822   NSP9
IPR037227   EndoU-like
IPR018995   RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063   SAM-dependent_MTases
IPR008740   Peptidase_C30
IPR037204   NSP7_sf
IPR032505   Corona_NSP4_C
IPR009469   RNA_pol_N_coronovir
IPR036333   NSP10_sf
IPR001205   RNA-dir_pol_C
IPR027352   CV_ZBD
IPR014828   NSP7
SUPFAM
SSF144246   SSF144246
SSF52540   SSF52540
SSF50494   SSF50494
SSF142877   SSF142877
SSF53335   SSF53335
SSF101816   SSF101816
SSF143076   SSF143076
SSF140367   SSF140367
ProteinModelPortal
PDB
6NUS     E-value=2e-23     Score= 110     Identity=23.71%     Cov(Q)=6.89%     Cov(P)=48.59%

Ontologies

KEGG

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm  
Host perinuclear region  
Host endoplasmic reticulum  
Host membrane  

Topology

Length:
6732
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
408.508759999995
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00015
outside
1  -  2180
TMhelix
2181  -  2203
inside
2204  -  2209
TMhelix
2210  -  2229
outside
2230  -  2272
TMhelix
2273  -  2292
inside
2293  -  2406
TMhelix
2407  -  2429
outside
2430  -  2518
TMhelix
2519  -  2541
inside
2542  -  2545
TMhelix
2546  -  2568
outside
2569  -  2764
TMhelix
2765  -  2787
inside
2788  -  2939
TMhelix
2940  -  2962
outside
2963  -  2968
TMhelix
2969  -  2991
inside
2992  -  2995
TMhelix
2996  -  3018
outside
3019  -  3021
TMhelix
3022  -  3044
inside
3045  -  3429
TMhelix
3430  -  3449
outside
3450  -  3452
TMhelix
3453  -  3475
inside
3476  -  3481
TMhelix
3482  -  3504
outside
3505  -  3508
TMhelix
3509  -  3531
inside
3532  -  3537
TMhelix
3538  -  3560
outside
3561  -  3569
TMhelix
3570  -  3592
inside
3593  -  3596
TMhelix
3597  -  3612
outside
3613  -  6732
 
 
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