CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Goat_NC_034976 (Region: China;  Strain: Goat torovirus strain SZ, complete genome.;  Date: 29-Sep-12)
Gene
polyprotein 1a
Description
Annotated in NCBI,  polyprotein 1a
Location
NC_034976(+):876-14210
GenBank Accession
YP_009380536.1
 

Sequence

CDS
ATGTTCAAGACCTTAAGAGAGCTCATCAGCGAAACCGAGCTGCATTTGTGCTCAAGTACCTTGGACCTAGTTTCCAAGTCCCAGCTTTTGGACCAGTGTTTAGGTATACCACAAAACCTGGTATCTCTTTCAAAGATGGTTCCATCTATCTTGGAGTCACCGACTTTGGAACCCAGATTCACATCAACCCACTACAGCTCTTTACAAAGTTTGCAGTTACTTGCCCTGAACACCTCATACACCCTGTACAAATGGACTACAGGGTCTATCTCGAAACTGAGGGGTCATTTGGAGAGAGAATTGTGCAGGGGGTTAGTTCCTTTGAACGATTTTACCCCAAAAGGCAACTATGTGGAATTATCATTGATGATCCCTTCAGTTTTGACTGGGCAGGGAACATCCACAACTACTACTTTACAAGGAATGTGCTCAGATATGGTACAAAGTTGTATCAAGTCAATGGAAACAGACTTATTGAAAGGAGTTCCGGCATTGAAAGATCAGACATCTTGCCAAGAATACTTTCTGAGTGCCAACTACCAATCCTTGATACCACCCCAACTCCTAGTGAACGCGATGAAGATGTCATCTGTTGTGGATTTGAGTCCCTTGATATTAGAGAATACCCGGCTCTTGCTGAAACTCAGCCCTTTCCATGGCGGCACTTCAGTCAGCTACACCTCAATGATTAGGGAGTTTGTTGATTGTTCTAGACGAGATGAAAAATGTCTTAAGCGCCGTCTAACAAAGAAGCAAAAGAGGCAGGAAGAAGGTAGTTTTGATGCTAACAAGGTTATTACACTTGGTGGTAAAATGTACCGTTACCAGGTTGTTATACTGAAATGTAGTGACGAGGTTGATGATTTAATTGGTTTTGATGGTAAGGTTAGAGAAGTTGAATATAATTTTGAGAATGTACCACATTGTTGGGGGGATCTTGTTAAAAGGAAGTGCCTTATCCGGGCAAAGGCCACTTGGAACCTTGTTGATAATGTTGATGAGGATTTGGACCATGTCTACACAGATGAAAGTCAGCAAGGTTTCCATTGTGTTGATGGAAATTCGGGTGTATATAGTGCATGTGTAGAGGACACTCATTTGGAAGAAAGAATTTTTTCGCGTGTTTGGTTAAAACAGACATCCAGGTTTTTTGGCACAAAGATACAGCAGGTGTCCGAGTTGTTTAAGAGTTTTGGTCTGCCTGAACTTGAAACTACATATTGTGGTGTTAATCCAGTAAAAGTAGGCAATAAGTGGCTTAGTTTTAAAGACCAAGGTAGATCAAGAGTGTTTTTTGTTTATACTGATAATAATGTATATTTGGCCACAACACGTAAAAAAGTTAGTTGTGATTATATTTTAACCAAATTTAAGAGTGTTAAATGGATTGGTAATAGGCCTGATAAGTGTAGAGTTGTGAAAGTTTTGGCATGGTTGATTTCTATAAATAAGGCTAAAAATTGTACAAGAGTTACCACCCCAATGTTGACTGTTCAGGGTAAGATTAGCCATAGAAGAGTTGATTATTTGGACATAAGTGTTTTAGATAGTTATGTAAGTGATATTGTTGCTTTGAATTGTGTGCAGAAGGTTAAAAAGTTTTTGTTAGGTCATTATAATTGTGGTGCTGATTTAGGTTTGTTTGATAATTTTTTAACACCCATAGAGTGTGGTACTAAGCAGCTGGTTTTTGAGAGATGCAACTGTCCAAACCATCAGTTTTATGTTGCCCAATTTGATAATCATGTGGTGTTGGGTTTGGGTAGGCCCACAGGTGTTGTGTATCCTGAAGAGATACCAAGTTATGCAAACATTTATGCTGTGGGTTTTGCAACCCCAAGAAGGGTTGTAGAAGTGCACTATTATTCTGAGATGAACCGCCACCAATGGCCGCAGGAGTATTATTATTTTGCTTATGATCAAGAGTACCAGCATGTTGATGGTGACGATTATATTAATCACCACTCAGATGATGTTGAGGATCAACCATTTCCACCTCTACTGTTTGATGATGCCTATGATAGTGGTGACTCTTTGGACGATGGTGGAAGTGATTTAGATTGTTTTGATGTTGATGACCTCTGCTGGCCTGAGGCACCCATACCCGTACCCTCACCTTATGGCTACCACCAAGGCCAACGTTTGAGAGATTTGTGTGTTGCAGGTGGTGATTTTGGTTGTGATTGTCCTCGTTGTGATGGTACATTTGTTTATCATCCATTTAGACCACGACACTACCCTTCTTTCGATGAGGTTGGTCCATTTATTCAGATGTGTGAATTTACATTAACATATTCAGGACAAAATTACAATTTGTTCTATGGTCTAGGACCCAAAGTTTGTCTTCAAGATTTGGTGGAAGCAGGTGATAAGCTTTTGCTGTTATTGATGAGGGGACAGTTAGAAAATACATTACTGCCACATGATATTTTGGCATGTTTGTCAAGTTTGAAGTTGGGGGTTAATATCCATCCCTTCTTGTGGCCTGCACCGTTTTTTAATGCTAATGGTGAGTGGGTTGATATTTTTGACAGTGGTGATTTTACAGTGTTTGGTGAAGATTTTTGTTCAAAAGCTAAGTCCATGGTGGAGAGTGTGTATTTTTTAGTTGAAAATTTTTTTTCTGTGGGTCGTCCTATTGAGAATTTGTATTGTAAGTTGCATCTTGATGGTGATGTTAAGAAGATGCTTTGGTCAACAATTCATATGAAGTATATTTATTTAGCTTTAATACATAGTGAAAAAGTTTTTAATATTATTTTAAATAGTACACAGTTAAGCCACCAAGATTTAGTTAAGTTGGTTACAATAGGTACTTTTGATGTTTCAATAGTTGCACCCTGTGCTTGTAGCGGTGAGTGCAACCATGGCAAAGTGTACAACTGGACAAATCTTCTTAGTAGTGTTTATAGGTTTGCAACATTAGATCAGTTGGTAGGGCTGTCGTACTGTGAGAAAAGGTTATTAGTCCTTAGAAAGGTTCAGCAGTGCCTTGAAGTTGAAGAGGGGTACCGGCAGCCTGTGCAGTTGTTGATGACACCATTTTATAGTTTTAGTGGTATTGCCAAACCTATTGAACAGCCCTTGGCTGGTGTCCTTCACCAACAGGTAATGCAAATGTTTGATACATGTGTGATGTTGGATGTTATTTGTCGCCTAAAGCGACCAAAAGCATCAGTACACAATCTTTTTGGTGTTTTGGCAGATTATTTTAGGAGACCATTCACCTACCGTTACTATCAAGTGGCTGAATTTTTGAGTTCTGAATCCACCCAGGTTTTTACAGATGTAACTTCAGCATTGGCACCTAAAGACCTCTGCTCTGACCGTGGTTACAGTTACCACAATTATGCAGTTGGTAGGGTGGTGGAGCCAAGGACTGCAACTACAACAACCAAAGCGGCCATATACCCACCTGAGATCGTACAGATGATCCGCAGTTTTTTACCAATTGAGTTTGATGTAGGTGTTATGAATTATGTAGATGATAATTGTGATTTTAAATATTGTAATTTAGAGTTTTGTCTTAGTGGTAGGGGGTCGGTTAGGTTGGATAGTGGTGAGTGTTTAGGTTATAAGACTAATTTGTTTGTTATTAGGTATAAAACATTACCCTTGCTATATGCTACTAGTAGTCCTATTTATTTGAGTGATTTTAGTTTAGATAATGCTGTTTGTCTTACAGGTGATTTTAGATTGTGTTTTGATGTTGAGCCTGGTGTTACACTTTTTGGCCTTTATTTTACAAATGGTAGGTGTTATGGTAATGTTTGGGAGACTTTACCACGTTTTGGGCTTGGTACCTTATCTTCACCTAAGTATCATCCTAAGTGTGAACCTTTTGAGAATTTGGCAGAGGTGTTTTTCTTTAAGCGTAGGGTTCAACTTGTTCCACTGGTTAATGATTATACTCCAGTTTTCAGAAACAAACCAGACATTCCTAAAGTTTTGACAGTGGAACTTATGCCCTACTACTCATCTATAGGGTACCAAGGATTTGTTGCCCCTAAATGTATTTTGCCTGGAAGTGTAGCCACTCAGTATTGTAAGTTGAGACATCAATTAGATAGATGTGTTCAAGTTACTAAGTTGGCAGTTGCATATGCCTTTTATTTCAAACCACTTAACATGGGTTCACCATATCATCTAGATCCTATGAGAGGTACCAGTTATGGTAAGCCTGCTGTGATACAGTTTGAACCCGTTGGGTTGATAAAGGAAGTTAACATACTTGTCTATCAGTTTGGTAAACATGTTGCTATACATTATTTTCCTGAATGTCCTACATATGTAGCCTATGGACACTACCCAAGTCATTCTGTGGGTGTGTGGTTGGGGTACTCACCCTCTTTTGAAGAGTGTGTTATTGCACAGCGCAATTATAGGGTTTATGTACCCACCTGTTTTAGGCTATCACGTACTGGTAGTTATCATATCCAACAGGATGAAGATTTAGAGAGAACAAATATTATGGTGAGCTATCATTATGCCAGAGATTTTGGTACAAAATCTTTGACGCCTATGTTTCAGATGTTTAGTAAAATTTTTGGTAAGTCAAAACAAGACCTCATTTTTGCATTAAATTCTCTAAGTGATGAGTCACAGAGTGTCTTAACATTATTTTGTAATGAGTTTGACACAGCCTACACCTTACAAACAATATCAGATGAGGTTGCATTTGAAACATCTACTAGTCCAGAATTGATTGCATGTGTGTTGGCTTATGCAATTGGTTATGAGCTTTGCTTAACTGTTAAGACTGATGGTGAGTGTGAAAGCTTAGATGTTGGTTCAAGTTTGGAACCGGTTTATGTTGATTATGATGTAAGTGGAAATATATGGGACTTGTCAACTAGCCTGCAAGATGAGAGTTCTGATGATTTGGAGCTACCATTTAATCAATATTATGAGTTTAAGGTTGGTAGGGCTTCAGTTGTTTTAGTGCAAGATGATTTTAAGAGTGTTTATGATTTTTTGAAGAGTGAGCAAGGTGTGGATTA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Protein
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Summary

Uniprot
A0A0A7UXD3  
Pubmed
25552712   
EMBL
KM349742    AJA91203.1   
Proteomes
UP000153628   
Pfam
PF05213   Corona_NS2A
Interpro
IPR039573   NS2A-like
ProteinModelPortal
A0A0A7UXD3  
PDB
4Z5V     E-value=7e-20     Score=91.3     Identity=33.08%     Cov(Q)=2.99%     Cov(P)=63.94%
3D Structure

Ontologies

KEGG
vg:22807879    

Subcellular Location

From MSLVP
Capsid

Topology

Length:
4444
Number of predicted TMHs:
18
Exp number of AAs in TMHs:
408.390529999999
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.00015
outside
1  -  2180
TMhelix
2181  -  2203
inside
2204  -  2209
TMhelix
2210  -  2229
outside
2230  -  2272
TMhelix
2273  -  2292
inside
2293  -  2406
TMhelix
2407  -  2429
outside
2430  -  2518
TMhelix
2519  -  2541
inside
2542  -  2545
TMhelix
2546  -  2568
outside
2569  -  2764
TMhelix
2765  -  2787
inside
2788  -  2939
TMhelix
2940  -  2962
outside
2963  -  2968
TMhelix
2969  -  2991
inside
2992  -  2995
TMhelix
2996  -  3018
outside
3019  -  3021
TMhelix
3022  -  3044
inside
3045  -  3429
TMhelix
3430  -  3449
outside
3450  -  3452
TMhelix
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inside
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TMhelix
3482  -  3504
outside
3505  -  3508
TMhelix
3509  -  3531
inside
3532  -  3537
TMhelix
3538  -  3560
outside
3561  -  3569
TMhelix
3570  -  3592
inside
3593  -  3596
TMhelix
3597  -  3612
outside
3613  -  4444
 
 
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