Strain
Hedgehog_NC_039207
(Region: Germany; Strain: Betacoronavirus Erinaceus/VMC/DEU/2012 isolate ErinaceusCoV/2012-174/GER/2012, complete genome.; Date: 2012)
Gene
ORF 1a
Description
Annotated in NCBI,
ORF 1a
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTTCCGCGACTGGTGAGGGTTCTCAAGGTGCGAGGGCCACGTATAGAGCAGCGCTCAACAATGAAAAACGTCATGACCATGTTGCCCTAACTGTGCCATGCTGTGGTACAGAGGCTAAGGTTACAGCTCTTTCACCTTGGTTCATGGATGGCATGTTAGCCTATGAAACCGTGAAGGAAATGCTTTTAAAAGGAGAACAACTCCTGTTCGCTCCAAGTAATTTGAGTGGCTATATTAAGTTTCTCCCAGGCCCACGTGTATACCTGGTTGAGAGACTCACTGGAGGTACTTACTCCGAACCATTTATTGTTAACCAATTGGCTTTTTCCGATGAGCAGGATGGTCCTATGATGGGTACTACTCTGCAGGGCAAACCTATTGGATTTTTCTTTCCTTTTGATGAAGAGCTTGTTACAGGTACTTATACCTTCAAGCTACGTAAGAATGGACTTGGTGGACAATTGTTCCGCGAGGTTCCTTGGTTTGAGAACCATGATTTTCATGGTATTGAAGGCTTTTCGCAGATTGTTGAAGACTTACAGGAGGATCCTAAAGGAAAGTTTTCTAACAAGCTGTATAAGAAGTTGTGTGGTGGTGATGTCATACCTGTGGATCAATATATGTGTGGTTTTGATGGGTCGCCTATCAAACCATATTTGGATCTAGCCAACAAAGAAGGTTTAACAAAGTTGGCAGATGTTGAAGCTGATGTTTGTTCACGTGTGGATAAACAAGGTTTCCTCATTTTTAAAGGAACAACATATAGAGTTGTTTGGTTTACTGAGCGCAAGGACGTTGATTATAGTAAACAAACACTCTTTACAGTGATCTGTGTGATGCAACGTAATGGTGTCCATGATATACCAGCACACCCGTTCACTCTAGGAAGCAAAGTGGAACAACTTAAACCACATGTTGCTAAAGGCAATCTGGTGGGCCTTACATTGAAAGCAAAAATCCTTTACACAATGTATGGCGAGGATGCTGTTGAAGAACCGTCTTATATTTACCACTCTGCGTTTGTAGATTGTGTTAAGTGTAATGAAGGTAAATGGTGTACCGGTAATGCTGTGGCTGGGTTTGCATGTGAATGTGGAGCTGCGTATACTGCTAAACAAGTGCTCCTACAATCATCAGGATTAGTAAAATCTAATGCTTTGTTCTGTGCTACGTGTCCCTTTGCACAAGGAGATCGTTGCTCTTTAGATTGCAAACACACCGTCCCACAGGTAGTTAGTTATCTGAGTGAGAAGTGTGTTGTCTTCCCATCAGGTAAGAGCTTTGTGCTAGCATTTGGTGGTGCATTGTATACATATATGGGTTGTGCAGAGGGTACTATGTATTTTGTACCTAGAGCAAAATCCGTTGTTTCAAGAATTGGCACAGCTTGTTTTACGGGATGTGTTGGTGCTTGGGATAAAGTGCAACAAGTGGCAAATCTGTTTACACAGAAAGCACAGCAGCAGTTGAACTTCGTTAATGAATTTGTTGTCAGTGATGTGGTGTTAGCTATTTTAACTGGCACCACATCTACATTGGATGAGTTACGCAGTCTTTTGCAGGGCATTACCTTTGAAAAGATGCGTGATTATTGTGTCAAACATGGTATTAAGGTTACCATGGGAGATTATGTGGATAGTGCTATTAATGTAGGAGGCGCTAGTGTGAGGTCTGCTGCTATTAATGCACCTTTTGTAGTCTTATCAGCACTTGGTGAGTCCTTTAAGAAAATTGCCGCCGTACCGTTTAAAGTTGGCAGTTCATTTTTAAAGACATGGGAGTATTTGTCAGACTGTATTGTCTATAGAGTACTCCCTTATGAGTTGGAAGATGTGTCTGACTTTGTACAGTTGCTGTTTAATTGTGTTGAAATTTCAGCAGCATCAATGTATTTTGCATCGGTTGTTATTAGAGAAAAAGTTAACACGATGTTTAATGCATTACCCTTGTCTGTTCAAACAGCTGCAAAGAATTTTATTGATGTTTGTTTGCGTGCTACATTATGCACTGTAAAATTCTTAAATGATCTGTTGAGCCTTGTTAAATTAGTTGTTTATAAGGCTTTTGTGTATACCAGTGCAGGATTTGTATCAACACTGGAGAAAACTTCACCTGCAGCTCAAAAGTTGCTTGATGTTTTATCTAAAGCATTTAAATTGCTGCATAAGAAAGTTTCATGGGCTGGTTCGAAAGTCCATGCTGTTATTTATGAAGGTAAAGATGCCTTAGTGTTTTCTTCGGGAACATATCATTGTGTAACAGCACCTGGAAGTGTTGTGGGTGCACATCTTGAAGCCACAATACCAGGTGAGGTTGTTAAGAAGCAGCTTTCTATGTTAACTGCTACAAATTACTCAACAACTGTTGATGTTAGGCCTAAAACTAGAAATGTGGAATTAGTTTATGGCCAATTGGAAACAACTAATATGCATAGTCCAGATGTCGTCGTTGGAGATTATGTTATTGTTAGTGATAAGGTTTTTGTACGTAGTGAGGAAGATGGGCGATTAGCATTCTATCCTATGTGCACAAATGGAAAGGCGGTACCATGTATGTTTACACTTAAAGGTGGTGCACCTATTAAGAAAGTCTCTTTTGGTAATGATGAAATTCATGAAATTGACGCTGTTAGAACCGTTACAGTTGAGTATAACATACATCCTGTTTTGGATACTCTTCTTAGTAACACAGAACTTAAGACTTTTGTTGTAGATAAAGATCTTACAGTATCAGAATTTGCACTTGTCGTACAAGAGGCTGTTGCTGATCTGTTAGCTAAGCTTCTTCGCGGCATAGCGTTAGATGATTTTGATTTGGAAGATTTTATAGATACCAAAGTTTATGTTTTTAATTTAGATGGTGATGAAGTTTGGAAATCTACTATGATTTTCTCCGTTCATCCAGTTGATTGTGATGATGAGGAAATAGATGATGCCCTGGAAGAGGACGATTCTTTCAATGAGGAAGAAGAACCAGATTCTTGGGCTGAAATGGTTGATGCTATATTCCCCTTGAGTGATGAAGCAGAGGGTGATGTAGTTGTAGAAGAACAATCTCTAGTTGATGATGCAGGTGTAGTCTCACCGTCTGCGGCGGCGGAAAAAATAGTGCCAATGCATGATGTAAGTGATGACTCTGCTTCAAACAATGAAGAGAGTTTGTCTGCAGATGTTGAGCCGAAAGGAGTTGCACCGCCAGTGGAGGAAGTAATTGTAGAGACTAAAGTACCTACAACGCTAATATTGGAAGAAAGTGACAACCCAGTGCTTGCTGATGCAGACAGTTCACAACAGTCAGATTGTGTAAAACATGTTGTATTAGGAACCACAAACACATCAGAGGTTTGTGTTGATGTAGAACATTGTGTGGTTGATCAAATTAGTGAAGAAGTGCCGAAAGGAGCTGCACCGCCTGTCATGGAAGAGGAAAAGCCAAGTCAGGAAGTAAGTGGAAGCCCAGAGCCATCACTTAAAGAAGATAAACCGCATAAGGATTGCCAAAAACAGTTGGCTGGTAATGATGATCAAATAGATCCTCTTAAAAATTATAAACATAAAGTTTTGAGTGGCAATGTCACTATTGTATTAGCAGATGCTATTAAATTGGCGAGGTGTTTTTCTTCTAGTGTGTTGGTGAATGCTGCTAACAGTCATTTAAAACATGCTGGTGGTATAGCACATGCAATTGATAGTGCATCTAAAGGTGCTGTTCAAAGAGAGTCTGATGACTATATTAAGAATAATGGTGCATTACAAGTTGGTGATACTGTTTTACTTAAAGGGCATGGCTTAGCGAAGCATATTTTACATGTGGTGGGCCCTGATGCAAGGCAAGGACAGGATGTAACACTGCTTTCTAAATGTTATAAGGCTATGAATGCGCATCCTTTAGTTGTTACACCATTAGTGTCAGCCGGCATCTTTGGTGTTGACCCTAAAGTTTCCTTGCAAATGTTACAGCAGGTTGCAAAGACTAGAGTCTTGGTTTGTGTAAATTCTGCTAATATATATGAAGCGTTGACAGAAGTGGTGGTACCACAAGGTTTAACTTTTTCATTTGAAGGCATGAAGAGTGCAGTTGCTAAGGCTAAGGAATATGGGTTTACCATGTTCATTTGTGTTGATAATAAACAGAATGTTAAGCTGTTGAAAACATTAGGTGTTAAAGCTGATAAGAAACAGTCCACTGTGAATGGTGTTAGGTATTATTGTTATACATCTGAAGACACCGTTCCTAATTTAGTGGCTGTAGCTAATAAACAAAAAGGTATTGTAGCCTTACCTTTGGGTTATGTTACTCATGGGTTTGATTTAATGCAAGCAGCTGCGATAGTTAAAATGGTAACAGTGCCATATGTGTGTCTGCTTGCTAATAAAGAACAATTGGCTATACTTCAAGGTGATGTGTTGAAGAGTACGCCATTTGAAGAATTTGTCACTGGTATTAAAAAGAATGGTTATGCGCATTGGCAATTAGTCCAAGGTGAAATATTGGTTAATGGTGTTTCATATAGTAAGTTGTTACAATGGTCTGATCAAACTGTTGTGTACAGTAGTAATAAATTGTTTGTTTTAAAGAATGGCAATTTATTGCCCTTCACAAGTGTAGAGCAGTGTCGTTCATATTTGAATTCTAGAACGACGCAACAGTTAAATGTCGAAGTGCTTGCCACTGTCGATGGTGTTAATTTTAGAACTGTTATTCTAAATAATAAGAACACCTTTAGAAGTCAACTGGGTACAGTATTTCTAGATGGTGTAGATGTGTCTGATACCATACCAAGTGTGGATAAGAATGGTGCCAGTGTGTATATTGCAGATAATTTTTCCAAGGAAGAATTAGCTGCAGTTAAAGAAATGTATGGCGTTGAGGATCCAACGTTTTTATATAAGTATTATTCCATCCGTGCTAAAGTTGTAAAATGGAAAATGGCTATGTGTGAAGATGCACCTTCTCTCTGTCTTAACAGTAATAACTGCTATTTGAATGCGGCGGT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Protein
MSSATGEGSQGARATYRAALNNEKRHDHVALTVPCCGTEAKVTALSPWFMDGMLAYETVKEMLLKGEQLLFAPSNLSGYIKFLPGPRVYLVERLTGGTYSEPFIVNQLAFSDEQDGPMMGTTLQGKPIGFFFPFDEELVTGTYTFKLRKNGLGGQLFREVPWFENHDFHGIEGFSQIVEDLQEDPKGKFSNKLYKKLCGGDVIPVDQYMCGFDGSPIKPYLDLANKEGLTKLADVEADVCSRVDKQGFLIFKGTTYRVVWFTERKDVDYSKQTLFTVICVMQRNGVHDIPAHPFTLGSKVEQLKPHVAKGNLVGLTLKAKILYTMYGEDAVEEPSYIYHSAFVDCVKCNEGKWCTGNAVAGFACECGAAYTAKQVLLQSSGLVKSNALFCATCPFAQGDRCSLDCKHTVPQVVSYLSEKCVVFPSGKSFVLAFGGALYTYMGCAEGTMYFVPRAKSVVSRIGTACFTGCVGAWDKVQQVANLFTQKAQQQLNFVNEFVVSDVVLAILTGTTSTLDELRSLLQGITFEKMRDYCVKHGIKVTMGDYVDSAINVGGASVRSAAINAPFVVLSALGESFKKIAAVPFKVGSSFLKTWEYLSDCIVYRVLPYELEDVSDFVQLLFNCVEISAASMYFASVVIREKVNTMFNALPLSVQTAAKNFIDVCLRATLCTVKFLNDLLSLVKLVVYKAFVYTSAGFVSTLEKTSPAAQKLLDVLSKAFKLLHKKVSWAGSKVHAVIYEGKDALVFSSGTYHCVTAPGSVVGAHLEATIPGEVVKKQLSMLTATNYSTTVDVRPKTRNVELVYGQLETTNMHSPDVVVGDYVIVSDKVFVRSEEDGRLAFYPMCTNGKAVPCMFTLKGGAPIKKVSFGNDEIHEIDAVRTVTVEYNIHPVLDTLLSNTELKTFVVDKDLTVSEFALVVQEAVADLLAKLLRGIALDDFDLEDFIDTKVYVFNLDGDEVWKSTMIFSVHPVDCDDEEIDDALEEDDSFNEEEEPDSWAEMVDAIFPLSDEAEGDVVVEEQSLVDDAGVVSPSAAAEKIVPMHDVSDDSASNNEESLSADVEPKGVAPPVEEVIVETKVPTTLILEESDNPVLADADSSQQSDCVKHVVLGTTNTSEVCVDVEHCVVDQISEEVPKGAAPPVMEEEKPSQEVSGSPEPSLKEDKPHKDCQKQLAGNDDQIDPLKNYKHKVLSGNVTIVLADAIKLARCFSSSVLVNAANSHLKHAGGIAHAIDSASKGAVQRESDDYIKNNGALQVGDTVLLKGHGLAKHILHVVGPDARQGQDVTLLSKCYKAMNAHPLVVTPLVSAGIFGVDPKVSLQMLQQVAKTRVLVCVNSANIYEALTEVVVPQGLTFSFEGMKSAVAKAKEYGFTMFICVDNKQNVKLLKTLGVKADKKQSTVNGVRYYCYTSEDTVPNLVAVANKQKGIVALPLGYVTHGFDLMQAAAIVKMVTVPYVCLLANKEQLAILQGDVLKSTPFEEFVTGIKKNGYAHWQLVQGEILVNGVSYSKLLQWSDQTVVYSSNKLFVLKNGNLLPFTSVEQCRSYLNSRTTQQLNVEVLATVDGVNFRTVILNNKNTFRSQLGTVFLDGVDVSDTIPSVDKNGASVYIADNFSKEELAAVKEMYGVEDPTFLYKYYSIRAKVVKWKMAMCEDAPSLCLNSNNCYLNAAVMMLDCLRDIKFNIPALQAAYMKFKGGDFGDFISLLMAYGNCTYGQPDDASMLLHTALSKAELLVSARMVWREWCDHCGVKDVVITGIKACVYVGVQSLDELRECNHHICQCGGVRFRQLVECVTPWLLLSGPPNEELVANPDFVAFNVFIGHEAGVGHFVHARVKKGLLYKYDSGTLTKASDWKCKVTDKLYPGQKYTAECEIVVYSLDGNQKAEKQPNFSAYYVKDGKYYTNKPSLEFTPATVSSGVVYTNSCFIVNDGDAIGSAFNKLLGFDKNKPASKQLTYSLLPNEDGDVLLAEFKSYDPMYKNGAAYKGKPILWVNNGLYDSKLNKYNRASLRQIFDIQPVETNNRFAPLKVEEVDERPTSHVQEETLVSEKSELKVVKCKGLSKPFVKNGFSFISDDKGILTVEYLTKEDMHTLYVNPKSQIIVLKDNWLSGLFQMHTVQSGDLNVVASSGSLTKKVKLLFKTSSMCKEFLSRTFVATKCVNSVVSATVRKLCCNKDVFVKLFSFIKMLCFIPLRHFNKQKECVNVDVKTLSIAGVVTGNVIKQCCSTGFYLFKQKLRRIDWKSSLRWLLFMLTTVLMLLSLYHLYVFNAVLTSDVIKEVNTGIKGVYYRISSYLGVTSVCDGFSNNYRNVSFNRDDYCEKFGYVCHWCLMGQDSLTHYSAIQIVQTNLSHYVLSIDWMWFWIELSVAYLMYTPAFNWVLLVCTLQYFFSQTNHIINWRSYNFVMSGVYLLTTYIPLCGLLRVYNVLATLWYLRRFYNHVINGCKDTACMLCYKRNRLTRVEASTVVCGVKRTFYITANGGISFCSRHNWNCVDCDTTGLGHTFICEEVANDLTTSLRRLVKPTDRSHYYVESVEVKNSVVQLNYTRDGQLCYERVPLCNFSNIDKFKFKEVCKSTTGIPEFNFVIYDSTDRGQENLARSACVYYSQVLCKSILLVDSNLMNTVGDSSAIAIRLLDSFINSFASLYNVSRDKLEKLISTAKDCVKRGEDLQSVLKTFIQAARVHANVESDVETASIVDGIQYAHKNDIELVTDSFNNYIPSYVKPDSIATVDLGCLIDLKAASVNPASMRNANGACVWNIDAYLKLSDSLKRQIRVACRKCSLNFKLTTSKLRAQDNILSVKFSVTKFVGGSLNSKLGSFLFKMYAGFTICLVILAILMYCILPTFNMAKVDFNNDRILGYKVLDNGIVRDIGIDDKCFVNKYNTFDAWYQQEFGNSYDNDYNCPVVVAVIAGISGERVPGVPTSLIWAGNQILFFVSRVFATNNNICYTPHMEIAYERFSDSGCVLSAECTLFKDAVGSMVPYCYDANVLPGAVPYDTMLPHVRYDLYDSNMFIKFPEVIVEGTLRVVKTLKTQYCRLGSCEWSEAGICVSTNGSWMLNNEHYASKPGVYCGSDYLDMVRRSFMSVFQPITYFQLTTSLFMGLCLCLGIVVIFYYVNKFKRAFADYTQCVLIAVMATGLNGLCLCFVASNPFLIVPYSAFYYYSTFYVTNEPAVVMHASWLIMFLPVASVWVVCSYLAAICFRHCFWVLAYFSRKKVDVFTDGKLNCTFQEAAANIFVVNRDTYVALRNAISQDAYNKYLGMFNKYKYFSGVMDTAAYREASAAHLAKALQVFSENGSDLLYQPPNCSLASSVLQSGLVKMAHPSGAVEQCIVQVTCGSMTLNGLWLDNIVYCPRHVMCPQDQLVDPNYDALLNSMTNHSFTIQRHGRSTANLRCTGHAMHGTLLKLTVDSANPETPAYTFTTIKQGSSFSVLACYNGRPSGTYTVVMRPNSTIKGSFLCGSCGSVGYVKEGNVINFCYMHQMELSNGTHTGSSFDGNMYGNFQDRQIYQAQLSDKHCTINVVAWLYAAVLNGCNWFVKPNKTGVAAFNEWALSNQFTEFVSTQALELLAVKTGVQIEQLLYSIQQLNNGFQGNVILGSAMLEDEYTPEDVNMQMMGVVMQSSVRKITYGLTHWLLATCVLTYVVILQLTKFTIWNFLFNVIPLQLTPIMFVVLALAMLCVKHKHAFLTTFLLPGALCLTYANLVYEPNTPVSSFLIMCVNWLNPDGTYMRTTHMDLGVYVSLCLALLVVVRRLYKPSVTNCAFALTSLVMWFYSYSIGDASSPIVYLQFVTAATSDYMVTVFLAVNVAKCLTYLTSMYFTTLSVVVPEVKIVLLMYICIGFICTMYFGVFSFLNLKMRAPMGVYSYEVSTQEFRYMNANGLRAPRNSWDAMVLNFKLLGVGGVPCIKIASVQSKLTDLKCTSVVLLSVLQQLHLEANSKAWSHCVKLHNDILSTSDPSEAFEKFVALLATLMSFSGSVDLEALASELLDNISVLQSTLTEFSHLASYAELETAQKSYQEAVASGDASPQMLKALQKAVNVAKNTYEKDKSIARKLERMAEQAMTSMYKQARAEDKKSKIVSAMQTMLFGMIKKLDNDVLNGIISNARNGCVPLSIIPLCASNKLRVVIPDMQIWKQVVTYPVLSYAGALWDITLINNVDGEVVRPSDVIDTNEGLTWPLLLECTRAVASAVKLQNNEIKPTGLKTMVVAAGQEQNSCTVKSVAYYEPVQGRKMLMGILSEDAHLKWARVEGQDGFITIELQPPCKFLIAGSKGPEVRYLYFVKNLNNLHRGQLLGHIAATVRLQAGSNTEYASNSSVLSLVNFAVDPAKAYTDYVNAGGAPLTNCVKMLTPKTGTGIAISVKPESNLDQETYGGASVCLYCRAHIEHPDVSGVCKFKGKFVQIPAQCTRDPVGFCLANVQCNVCQYWVGYGCNCDSLRENTMLHSKDTNFLNESGVLL
Summary
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR014828
NSP7
IPR032592 NAR_dom
IPR036333 NSP10_sf
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
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IPR024375 Nsp3_coronavir
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IPR002589 Macro_dom
IPR014827 Viral_protease
SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
5C3N
E-value=4e-166 Score= 514 Identity=78.64%
Cov(Q)=6.62% Cov(P)=96.41%
3D Structure
Ontologies
GO
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GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
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GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0019082 P:viral protein processing
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Subcellular Location
From MSLVP
Capsid
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
4454
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
350.176959999999
Exp number, first 60 AAs:
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Total prob of N-in:
0.00627
outside
1 - 2239
TMhelix
2240 - 2262
inside
2263 - 2360
TMhelix
2361 - 2383
outside
2384 - 2397
TMhelix
2398 - 2420
inside
2421 - 2817
TMhelix
2818 - 2840
outside
2841 - 3089
TMhelix
3090 - 3112
inside
3113 - 3132
TMhelix
3133 - 3155
outside
3156 - 3174
TMhelix
3175 - 3197
inside
3198 - 3624
TMhelix
3625 - 3642
outside
3643 - 3651
TMhelix
3652 - 3674
inside
3675 - 3680
TMhelix
3681 - 3700
outside
3701 - 3726
TMhelix
3727 - 3746
inside
3747 - 3752
TMhelix
3753 - 3773
outside
3774 - 3792
TMhelix
3793 - 3815
inside
3816 - 3826
TMhelix
3827 - 3849
outside
3850 - 4454
