Strain
Murine_NC_046954
(Region: China; Strain: Rodent coronavirus; Date: 14-Aug)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGCCGAAAGTCAACAAATACGGTCTCGAGCTGCATTGGGCCCCAGAATTTCCGTGGATGTTTGAGGACACAGAGGAGAAGTTGGGTGACCCATGTAGCTCAGAGGTGGGTATGGTTTGCCCCACCACCGAGCAAAAGCTGGGAACAAGTGAAATTTTTTCTAAGAATCACTATATGGCTGATTGTCGCCGCCTAACCACTAGGGATTGTGCGGCGCCGTTGGCCTTGTTTAGTGATATGGTTATTACAACAGGTCCAGATGATATGGTATCTGTAATTGAAGAGGCCTTTAAGTCCCAAAAGGCTGTTTTTGTAGTGCCACCTAGACGCATGTCCTTGGAGGAATGCTATAAAGTTGGGTGTGCACCTAGAGGTTGGTCCATGGGTATGTTTAGCCGTAAGCCAGAGTGTTATACTGGTGTTTGCGGCAAAGGACATAAGCATGTTACCAACGAGCTCTTTGTTATAGACCCAGAAGGTGTCTGCTTTGGTGCAGGCATATTTTTGGGTTGGGTAGTGACTGTTGATGTCATACCTAAGAGAGCTTTGTACAAGTTGGAACCTTGGGTTCTGTACTTGCGCAAGCGTGGTTATAAAGGGGCTCATGTTGCTAGTCATGTAGACTGGTTTCTTCATGGTAGCGAGGTTTATGACCCTTATTATTATGGAGCCATGGACATTGTTCAAGACGATCCGAAAGGAAAGTTTTCGTCCAAGGCTTATGCTATGTTGAGAGGGTATCGTGGTTTAAAACCTATACTCTATGTAGATCAGTATGGTTGTGACTATACTGGTTCTCTTGCAGAGGGATTGACTGATTATGCTGACTTTTCCCTCGCCGAGATGAAGGAACTCTTTCCTGTTTGGAGTCAGAGTTTAGACTATGAGGTTGTTGTTGCTTGGCATACAGTTCGTGATGCACGGTTCGTTATGAAATTGCAAACTTGTGCTACTATTCGTAGCATAGAATATGTTGGAGAGCCTATGGATGATATCCAGGGTTCCGAAATTTTGGTAAAAGAACCTGTGCATGTGTTATCTGCTGATGCCATTGTTAGCAAATTACCTAAATTAATAGATTTGATGCAACAGACAGATGCTGTTTCTGTGGTTGAGTCAATTTATAAAGCCAAGCTTGCAGAGTGTGGTTTTGTTATGCAGTTTGGCTATGTAGAGTGTTGTCAAGATGATTGTACCTTTAGGGGATGGTTGGCTGGCAACATGATTGATGGATTTGCTTGTACTAGTTGCGATCATGTTTATGATGTTGCTGCTTTGCAAGCACAATCTTCTGGTGTGCTGCCAGATAAACCTGTGCTGTACACCCAAAGTACTGCGCTTAGTAGCGCAGATGGATTTAAGCTTTATGGTATGACTGTGGTACCATTTGGCGGTTGTTTGTACTGGACGCCAGGAGCTGGTGTTTGGTTTCCTATAATTAAATCAGCTGTGAAGGCTTATGATAATATGACTTTCACGGGTGTTGTTGGCTGTAAAGCCATAGTTAAAGAGACAGGAGCTGTTTGTAAGGCTTTGTACTTGGATTATGTAGCATTCAAGTGCTCTGACTTGAAACAGCGTGAGCTTTTGGGTGTGCATGATGTTTGGCACAAACAGCTCTTGCTTAACAGGGGTGATTATTCACTTTTGTTAGAAAATGTGGATTATTTTATGATGCGACGTGCCAAATTTAGTTTGGAGACAGGTACTGTCTGTGCAGAAGGGTTTATGCCCTTTTTGTTGGACAATGTGGCCGCACGCGCATATTATTTAAACAAACTCATTAGAGTTGGTCATAAGTTTGGAGATTTATCTGCCAAATTTGGACATAAAGTTGTTAGCTTGAGTCGTAGAATTCTTGTGCTTTCTATAGATTCTGTTCAGGCTGCAGCTTCTTATATAACATTGCACTTGAAGGATTTTCTCAGTGCATTGGTTGTGTATGGTGGTGACTTTTCTAAAAAGTTGCTATCTTATGTTAAGGCTTTTACAACAAAAACTGCCATAGCTGTAGCATGGCTTGTGTTTCATGTTGTTCATGGAGCATATATTGTTGTAGAGAGTTCTATATATTTTGTTGTTAGCACTCCTGATTACGCTCGCACTGTTGTCGAGTCTTTTCAGAAGTTGTTTAGAATGACATTGGATTGTGTCCGGGAGTCATTGTTGAAAGGGTTGTCAGCCTATAGGATAGGTGTTGACAAGTTCTGTTTTGTGGGTAATCAAACCTATAGAGTCTGTAAAGGCATGTTGCAAGGTTTGGTTATGCCTAGTTTATGGACTCATGGTTCAAAAGCTGTCTTTTTAGAAGGCCCTGCAGAGCCAGTGAGAGTTAAGGATTCCGTAGTGGATGTTCTTAAGGAACCTCTCACATCTTGTGGGTTTAGAAAAACCCCGAGTGTTGCGGAAAAGATTTGTATTGTGGATAATGTTTATATGGCCAAATGTGGTGATTATTATCACCCTATAGTGGTGGATGGTGACTACTTTGGTTTGTTAGATCAAGCTTGGAGATTTCCTTGTGCAGGTAAGTCAGTTACTTTTGATAACCAGGATTCTGTTAAGGAGTTCGTGGCTAAAAAGGCTGTTACTGTACATTATGAGCTTGACTCTGATTTTAACAAAATCCTCGATACGGCTTGTGCCACATTCGAGGTTGATCAGAATGTTGATATGGAGGAGTTTACTACTGTTGTTATTGCAGCTATTGAAGAAAAACTCTCTCCATGTCGCGATATGGAGCAGATAGGATCCAAAGTCTGTGCATTTTTGCAGAAGTTGGAGGATAATGACATTTATTTGTTTGATGAAGAGGGTGATTGTAAGTTGTCCTCTAAATTATATTGTACATTTAGTGCTCCAATTGATGAAGATTTTGTATGCTCAGAGGAAGATGAAGATGCTTCTTCTGAGTGTGATGTAGAAGAGGAAACGTCAGTTGATGAAGCTCAGGCCATTATCACTGCACCATTGTCACTGTCCATTCAGGACGAGCAAAGTGTTTGTGTTGCTAGTGGTGAGAATGAAACTGACGAGCCTTTACTTTCTGAGCAACCAGACCAAATCGTACAAGAGTTGGTTATTGTGGCTCAAAATTCTGATGGTCCTGTTGAAGCTGATTCAATTGAATTGGCTGATAATGTGGACCTTGTTTCTATGACTGTTGAGCAAGATGTAGTTGTTCCGCAGGAAAGTGTTTATGTTGAAGTGGGCGGATTATTTGCGCCTAAAGCTGATCGCACTAATTGTTGGTTGCGATCAGTTTTGCTTGTTATGCAGAAATTGCCTTGTGTTTTTAAGGATGCTGCTATGCAAGCTATGTGGATTGCGTACTGTAAATCTTATAGTCAGGATTTTGTGGACGCACTTTTGAAAAATATGCCTGCTAATATACGTGTACCACAAGGTGGTTACGTCGCAGATTTTGCATATTGGTTTTTGACTCAGTGTGAGTGGAAAACGTGCGCTTTTTGGCGTTGTTTAAAATGTGATACAGGACGCTCATTGAGTGGTCTTGATGCCATGTTTTTCTATGGCGATTGTATAGCACACCGCTGTAAATGTGGTAGCTATATGGTTGCTCTTGCCATGCATGTGCCTTTCACAGTGCACTGTGCTATGAAAGACAAGTTGTTTTGTACTTTTGTCTCACAGCGCCGTAATTATCGCGCTGCATGTGTTGTTGATGTTAACAACAGACATTCTATGGCGGTTGTTGACATTTGCGGTTTAAAGCAAATTGATGACAGACTTATTACTGCGGTTGACAGTGATAAGTTTGATTTTATGATAGGCGATAGTCATTCTTTTGGTATGACACCATTTGAAATCGCTCAGTTGTATGGTTCGTGTATAACACCTAATGTGTGTTTTATTAAAGGTGATGTGATAAAAGTGACTCAGTTGTTAGGTGCTGAGTACTTGGTTAACCCAGCCAATGGTCATATGCGCCATGGAGGTGGTGTTGCCAAGGCTATAGCTCAAGCAGCTGGTGCTGAGTTTGTCAATGAGACTGCCAATATGGTTAAGGATAAAGGTGTTTGTCAAGTTGGGCAATGTTACGTTTCAACTGGTGGCAAGCTTTGTAAGAAGGTGCTTAATGTCGTTGGTCCTGATGCACGTAGCACGGGGAAGCAGAGTTATGCACTTTTAGAAAGAGCTTACGCTCATCTTAATGGTTATGATGAGTGTGTGACTACTTTGATATCTGCTGGTATATTTAGTGTGCCATCAGACGTGTCACTCACTTATTTGTTAGGTTCTGTTGATAAGCGAGTTGTTCTCGTTAGCAATAGACAAGAAGATGTTGACATTATAACTAAGTGCACTTTGACATCTGTTGATGGCACTAAGAAGTTGGCAGAGCGTTTGTCCAAGAATGTGGGGCGCCCTATTTTGTATGATACAAATGTTGAGTCGCTCGTTTTTAAGAGTGATCCATTTGTGTCTACATTTGAAGTGCTTCAGACTGTTCAGTCCTTAAGGCATGATATTAAGATTGATGATGATGCACGTGCTTATATTCAAGCAGTGTATGATGCTCCTCCTATGGGGTGGCGAGTTGTCAATAAATATATACAAGTGGGTGGTGTTAGAACCATTAATTATGTTGAATGCCCTGGCAACACATTATTGTGTAGCCAGGGTAATGATTTTGGTTATGTTCAGAATGGTTCATTCAAGAAGGCTACTGTTGCTCAGGTTAAAAGTCTATTTTTAGACCGTATTGAAATTTTGGTTACTGTTGATGGTGTCAATTTTAGCACTAAATATGTGGTGCCTGGTGTCACCTTTGGTAAACAAATTGGCAGTGCATTTTGTGATTTTGTTAATGTCACCAGATGCAAAGTCGATAGTAGTTATGCTGGTAAGGTTTGTTTTGTTTATGATCAATTAACAGCTGCTGATAAACAAGCTGTTAGACAAGCCTTCAATTTTGATGAGAAGCAGTTGCTGACTTATTACAACTTTTTGAGTTGTTGTAAGTGGGAAATCTGTTT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Protein
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Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR027417
P-loop_NTPase
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR036499 NSP9_sf
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR036333 NSP10_sf
IPR002589 Macro_dom
IPR038083 R1a/1ab
IPR002705 Pept_C30/C16_B_coronavir
IPR042570 NAR_sf
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014827 Viral_protease
IPR037204 NSP7_sf
IPR022570 B-CoV_NSP1
IPR014822 NSP9
IPR009466 NSP11
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR001205 RNA-dir_pol_C
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR032592 NAR_dom
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR027352 CV_ZBD
IPR007094 RNA-dir_pol_PSvirus
IPR014828 NSP7
IPR029063 SAM-dependent_MTases
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score=1303 Identity=66.06%
Cov(Q)=13.02% Cov(P)=98.51%
3D Structure
Ontologies
KEGG
GO
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0032259 P:methylation
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0044165 C:host cell endoplasmic reticulum
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0039694 P:viral RNA genome replication
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0016021 C:integral component of membrane
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Host perinuclear region
Host endoplasmic reticulum
Host membrane
Topology
Length:
7128
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
416.277599999994
Exp number, first 60 AAs:
0
Total prob of N-in:
0.06572
outside
1 - 2200
TMhelix
2201 - 2220
inside
2221 - 2323
TMhelix
2324 - 2346
outside
2347 - 2360
TMhelix
2361 - 2383
inside
2384 - 2790
TMhelix
2791 - 2813
outside
2814 - 3060
TMhelix
3061 - 3083
inside
3084 - 3095
TMhelix
3096 - 3118
outside
3119 - 3121
TMhelix
3122 - 3144
inside
3145 - 3148
TMhelix
3149 - 3171
outside
3172 - 3590
TMhelix
3591 - 3613
inside
3614 - 3619
TMhelix
3620 - 3642
outside
3643 - 3646
TMhelix
3647 - 3669
inside
3670 - 3718
TMhelix
3719 - 3738
outside
3739 - 3752
TMhelix
3753 - 3775
inside
3776 - 3787
TMhelix
3788 - 3810
outside
3811 - 7128
