Strain
Murine_NC_048211
(Region: China; Strain: Wencheng Sm shrew coronavirus; Date: 2015)
Gene
ORF1ab polyprotein
Description
Annotated in NCBI,
ORF1ab polyprotein
Location
GenBank Accession
Sequence
CDS
ATGTCTGTGAGCAAAGTAGAGTTGTTAGTACCAATCTCTGATGAAGTCGATGCTACTCACTTTGGAACTTTTGGTGTAGCCGTAGAGGCATATGCCTCTGCCGCTCCAAGTTTTGAAGGAGTTTATTTTGTAGCCTATGGGTTACAGGATATTGTAGAATTAGGCCGTAACTCTTATGTTATGGGAGTTTTTGGAGAGGAAGTGTTGGATTTGGCGGTTGTTCCTTTTGGTTATCGTGATGAGGATCTTAGGGGATGGTTGCTATTTCTTGAAACACCTGTCTCTTATGTTAAACAAGAATTTTTGTTCAGGCTTTTAGGAGGTGAACAAAAAGTGGTTTATGTGGATAATTACCTTTGTGGTAACAATGGTAAACCTGTCGTACCAAAAGACAAATGGAAAATTTTGTCTAAAGGACAGCAAGGTTTGCTAGCAGATAATGTCTATTATAAAGTTGTGTGGGATGTGAAGCGTGACGATGTGCCATATGAGAAGCAAAATATGTCTTCCATTGTGAGCATTCGCTATCTTGTTGATATTCCACACTTCTTAGCTGATGGTGCAGTACGTGAAAAGAAACGTCCACCTCAAGATTATACTACTATGCTTGTGAAAGGTTTTCCTTTCTTGATGGCATATGATTGGAAGTTTGTTAACCATGCTGTTAAGTGTGGTAAGTGTGATAATCATGTAGTTGAAGCTGGAGCCTTTGAGAGTGTGATTACATCTTGTTGTCGTGATGAAATTGTACATCAGGGAGTAGTCACTGCTAAAGCAGGAGAGTTAGTCTTGACACCTTTGAGCAATAAGAAATTAATTCTTGTTGGTTCTACTGTGTTGAGAAACATAGGAACTGCACACAACCTCTCAATTTGGTTTGTTTGTAGTTCTTGTGTTGCTAATGTGAAGGAATTGCATGATTTGAATTTTAGTGTAAAACAGGTTGCTAAATTCTCACTCACTGTTGCAAGTGAAGTGAATTTGGAGGCTTGTGGGATAGAAGATTTGGAAGTTGTTCCTGATGATGGTGATCTTATGGAATATTTGATTCCATCTTGGCTTAGAAATCAGTCCATTGTCTTTTTTGAAGAGGCATTGGATTTGATTGTTAAGTTTTTAGTTAAGAGTGTTGTGGTTTCTTTGAAGGGATTGGTCCTTTTGAAGGAAGCCATCCAACACTTTACATTTAGAATAATAGATGGTGTTGTAGTGTGTAAGACAAAATGCTGTGGTGTTTTGTCTAAGGTGTTTGAGGATTTTGTCAACTTTGTTGTCAAACTTCTCAATAAGTCTAAAGATATTGGAAGTTTCTTGGGTGTTCAATTTAGAACATTCATGAATGTTAATATGATGAATGATTGTCTTTTTACTGTGAAGAATGTGACTGTGAATGGTGTTAGATCTATGGGTCTTACCACCATGAATGTTATTGATTTTTTCTTAGGTAAAAAGTCTAGTGTAGTAGTAAATGAATTTGAAGTTGCTGAATGGTGGAATAATTCTGTTAGTATGGTTTTGTGTGATGCAAAACCAGAAGGCAATGGAAAAGGTGTGGTTATAGCTGGTCAAGCTTTTTATAATGAAGGTCAGTTTTATTGGCCTTTGTTGAAAGGTACTACTGAAGTTGCAGAGACTTTATGCTTTAAAAAAGCGGGAGGTCAGTCTGTTACTTTTAGTGGAAAAGATGATATAAAAGAAGTTGAAAAAGTTTATCGTGTTAAGTATGAACTTGAGTTCGATTCTGAATATGAACTTTTTCAAAAGTTGTTAGGAAAGTTGCTTGTAGAGTCTGAATTTACTTCCTGGAATTCCATGGCTGAGTTTGTCTTTGACAAAGTCGATGAAGTGGAAAATACAGCCGAAGTGCTTGTTCAAACTCTTGATCAAGATAATGTTCATGTTAAAAACTTTATGGAATTTGGAATTCCAGAAGTTTATGTTTATGATGTGGAGGGTGGTGCTGATTTGACTAAGCCAGTGCTTGTTTCTATGTTTAAAATTAAAGATGTTGAATATGATTCAGACGGTGCTGAGATGAATTCGGAAGATGACATCATTGAGGTACCTTTTGATTTAGGCAGCGAAAACCAAGAAGATGACACAGAAGAAATTAAAGTTGAAGAAGTGAAAGATTCTGAAGTGCAAGAGTCAGAAGCTGATTTAACTAAGATTCAAGTTGTGACATCTAAGAAACCTAAGCCGTTGTGTGATACCTTTAAAGGCAGTAATGATATAGTGTTTTTGAAACAAGCTAGTAATAATTGTTGGATTAACACTACTGCATTTGTGTTGCAAGTGTTGGGTTCAAAAGATTCAACAATTCAAAATCTTTATGAAACACCTGATGATTTCATAAATAAAGTTTGTTGGCAAAACAACACCAGGTGGGGTGATAAAGATGATGTAGGAAATACATTGGTGAAATGGTTTGATAATTCTGATGAAGTCTTTGGAACAATGTGCATTTCTTTGAAGTGTGCTTGTGGTTTGACTTATCGGGATTATCTAAACATTTTCTGTGGTAATCTTAGTAAGAATCCAAATCTAGGAAATTGTGGAGTTTGTAATCAGACTTTTCAATGTCAGATTGTCAGTCTTACAGGTAAAATGTGTTTTGCTTTTAGCCCTCAGATGATAAGTGATGATATTCTTAAAGAGTTTGGAGTTGTAGCAGCGGCTGTTTATCATGGAGTTGTGTTTGCTGGACATTGGTTGTGTAGCGATTTTGTAAATCGTATTACAATTGATGGTCATGGTAAACAAGATCTCTTTGTTAAAAGTCCGCTTGCTGTTGTTGTAACAAATGTTGAGATAAAAGAAGAAGAAAAAGTGGAAGTTGAAGAAAAGATTGTGGAACCCTTCCTTGTGAGAAGTCACATAAAATTCTTTCAACTCAATTGTAATCAATTGTTAAAGTTGAAACCTCGTTTAATTGTTAATGCTGCTAATAGTCATTTGCGCCATGGTGGTGGACTTGCAGCCGGTTTGAATGATGTTACAAATGGTGAATTGCAGAAACAGTCTAATGCTTATGTGAAAAAGTATGGACCTGTTCCTGTTGGTGGTTCTGCTTTTATAAGATGTAAGGTAGATAATAATTGTCTGGATATCTTAAATATCGTTGCACCTCGTAAAGGAGATGACGATGTTTATGGAAATTTAATAAAAGCTTATAGCAATGTTAAAGTCGAAGATGCATTTGTGCCCATTTTAGGTTGTGGCATTTTTGGCTTACCATTGATTAAATCCTTACGTTGTCTTATGAAAGTAATTAGAGGAAAAGTTAATGTTTTTGTTTATTTGGATTCTGAAGTGAAAATGATCCTAGATTATTTTGCCAAAGAGTCTAAAGCTGATGTAGTAGATAATGTTTCTGTTATTAAAGCTTCCTCTAAAGATTTGCAATCTGAGACGAAGAAAGATATAGTGCAGAAAGTTGTAGCTTCCAAGGAAGTGAATGTGAAAGAGAGTTCTTTGAATAATAATAGATTTAGTGTATTGTCACAAAAAGACACAGAAGAAAATAATGCTTTGCAAACAGAAGTAGATAAAGTAGAAACTTCTAGTAGCGTTGTAGCACCTGATGTCAGTAGTGTGATGAATGTTGAATCTATTAATGATAATACATCAACTAAAAAAACTACACACAAAGAAAGTGTTGTAGTTGAAAATTTGACTGTAGATATTAGAAATGATGTGAATATTGAAGTTCCTGTAGAAAGTGAACAAAATATACATGTTTCAGATATTGAAGATTCTAAAGAATTAAAAATTATAAATTTGAATGGTCGTGATAGTTATAGAGTTGATTCTAATTATGAAGAAGAGGATGCAGATTGGGAAACCTTTTATGGATTTTCAAATGCAAAAGTCTTTTCTGAAATTGATTATAGCCGCTATAAAACTAAGTTTAAGATTAAACATGGTTATGTGGCTTTGCAAAATGTGGCTAATAATTGTTGGGTTAACTCTGTTGGATTAATGCTTCAAAGAGCTGATGTTGTTTTTAATAGTGAAGGTCTTAATGTTTTGTGGAAAAGATATTTAGAAGGAAAAAATGGTGGTTTTATAGCATTTCTTTATTTTATTATGAATAAAGAGATTGGAGATTTAGGTGATGCAGAACAAGTTCTGTTAGTTCTTAATAAGTATATTAAGTGTGAAAGTAAAGTTATTGTTTCCACAGAATATGAGTGTGATAGTTGTGAAAATAAGGTTGTAACATATGAAGGATTAATTGCACCTGTTTCGTTGATTGAAAGAAATTTTCAATGTGATCATGGTAAGAAAGTTACTACTAAAGTTTTGAAACTTAGTGGTGATATGATTTTTGTAGATGTTAATGGGTTTAATCCATTTGAATCCAATGGATTTAATCTTCAGAGTGCAAATGTGATAGTTGGTGATGAAGAACTTTGTCATTATTGGTATTGGGATAAACAAAAGAATATTGTCTTTACAGGCAAAGGCTGGAGTGATAAATCTGTTAAAGATAAAATTGCTTATTCAGCTTTTGTGAAGAATGATGAATTTAAGAAGAAAAATAAAATGAATGATACAGTGGTGGCCTGCGAAAAAAATGAAAGTTCAGACTATGTGGGTAAATTCTTCAATTATGGAGAAAAATTTTTGAATATTATAGTTTTCTTTCTACAATTGTTTTATCGCCTAGTTATTATGGCTAAAGGCTATATTAATAAAAAGGATTTTCGCGTAGTGGCTATACAAACAACAAGTACATCTAGATTTGTATTTAGATCTCTTGTAGCTAATTTGGCTGGTGTTATGGAGGGAATAAAGAAAAAGAAAAAGAAAATAAGTTTCTGTTATAAAACAGGAATATTATTATTCGGACTCTTTCAATTATTACTTTTAGTATCACAATTGGATCATAGTTATTATGATGAATATAGTCAATCTAATTTTAATAAAAAGGAATTTTGTGGTAAAAATTTTTGGTGTTATTTAACACTTTGGAATGTAGATGGTTTAGAAGATTT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Protein
MSVSKVELLVPISDEVDATHFGTFGVAVEAYASAAPSFEGVYFVAYGLQDIVELGRNSYVMGVFGEEVLDLAVVPFGYRDEDLRGWLLFLETPVSYVKQEFLFRLLGGEQKVVYVDNYLCGNNGKPVVPKDKWKILSKGQQGLLADNVYYKVVWDVKRDDVPYEKQNMSSIVSIRYLVDIPHFLADGAVREKKRPPQDYTTMLVKGFPFLMAYDWKFVNHAVKCGKCDNHVVEAGAFESVITSCCRDEIVHQGVVTAKAGELVLTPLSNKKLILVGSTVLRNIGTAHNLSIWFVCSSCVANVKELHDLNFSVKQVAKFSLTVASEVNLEACGIEDLEVVPDDGDLMEYLIPSWLRNQSIVFFEEALDLIVKFLVKSVVVSLKGLVLLKEAIQHFTFRIIDGVVVCKTKCCGVLSKVFEDFVNFVVKLLNKSKDIGSFLGVQFRTFMNVNMMNDCLFTVKNVTVNGVRSMGLTTMNVIDFFLGKKSSVVVNEFEVAEWWNNSVSMVLCDAKPEGNGKGVVIAGQAFYNEGQFYWPLLKGTTEVAETLCFKKAGGQSVTFSGKDDIKEVEKVYRVKYELEFDSEYELFQKLLGKLLVESEFTSWNSMAEFVFDKVDEVENTAEVLVQTLDQDNVHVKNFMEFGIPEVYVYDVEGGADLTKPVLVSMFKIKDVEYDSDGAEMNSEDDIIEVPFDLGSENQEDDTEEIKVEEVKDSEVQESEADLTKIQVVTSKKPKPLCDTFKGSNDIVFLKQASNNCWINTTAFVLQVLGSKDSTIQNLYETPDDFINKVCWQNNTRWGDKDDVGNTLVKWFDNSDEVFGTMCISLKCACGLTYRDYLNIFCGNLSKNPNLGNCGVCNQTFQCQIVSLTGKMCFAFSPQMISDDILKEFGVVAAAVYHGVVFAGHWLCSDFVNRITIDGHGKQDLFVKSPLAVVVTNVEIKEEEKVEVEEKIVEPFLVRSHIKFFQLNCNQLLKLKPRLIVNAANSHLRHGGGLAAGLNDVTNGELQKQSNAYVKKYGPVPVGGSAFIRCKVDNNCLDILNIVAPRKGDDDVYGNLIKAYSNVKVEDAFVPILGCGIFGLPLIKSLRCLMKVIRGKVNVFVYLDSEVKMILDYFAKESKADVVDNVSVIKASSKDLQSETKKDIVQKVVASKEVNVKESSLNNNRFSVLSQKDTEENNALQTEVDKVETSSSVVAPDVSSVMNVESINDNTSTKKTTHKESVVVENLTVDIRNDVNIEVPVESEQNIHVSDIEDSKELKIINLNGRDSYRVDSNYEEEDADWETFYGFSNAKVFSEIDYSRYKTKFKIKHGYVALQNVANNCWVNSVGLMLQRADVVFNSEGLNVLWKRYLEGKNGGFIAFLYFIMNKEIGDLGDAEQVLLVLNKYIKCESKVIVSTEYECDSCENKVVTYEGLIAPVSLIERNFQCDHGKKVTTKVLKLSGDMIFVDVNGFNPFESNGFNLQSANVIVGDEELCHYWYWDKQKNIVFTGKGWSDKSVKDKIAYSAFVKNDEFKKKNKMNDTVVACEKNESSDYVGKFFNYGEKFLNIIVFFLQLFYRLVIMAKGYINKKDFRVVAIQTTSTSRFVFRSLVANLAGVMEGIKKKKKKISFCYKTGILLFGLFQLLLLVSQLDHSYYDEYSQSNFNKKEFCGKNFWCYLTLWNVDGLEDFPHLNIQWNVFKGGFSFTILPLFYMAIMFCFGSFYLQGFLIAMLFQWFSSVMGLSIEVLDIVNLTQFLEPVFCCFIFVKIFRFFHHVVFGCTKSFCKYCSKAAKQKKFLVSTIVNGSSKSFYVNANGGGKFCNKHNFYCKGCESYGVGNTFINESVADYLSDYVKHRVVATAPASKVVDKVAFENGKWKLYVGDEFISITEDLTSSSYTIESVLKNNLMVSNVVVVSDNSNMGVVDNACVYYSQLFCKPIFVVDRQLLFSLDIDYNTAVFDSLIKVCANSFNKDFTNCKTLEDCKKELDFSVNTQAFVDAVKMAHKYDVLLTDRSYNNFTITYAKIGDKLSKTDQAVCLRANVGIINHNVAVKENISVVWYYKNFLQLSEEGKKYIVKTTKAKGVGFYITFNDIEANTQAPVTRFQKNAGFESSFSWNVLLGFFVLTFMSLMLGFSYWNVNSLSDFNVVGFKYIENGRLKNFEGPVFCLYNNFINFDNWHYTKFNAGFKNDKNCPIVVGTFEDGKVIPNVPANVKLVGNLLYFGLNSVFQSQDNLCFDQFGLTENCVFNSACLKLTGIVGERVYCYSKGLVKDSLLYADILPHLAYQTVDGALLRLPKLIFSILGLKFVQLKDLLYCKMGECVNSQQGYCLGAESFMVYNKEYNKDKYVFCGEGFLGFIRNFYTTFNTNIFSLFLTTQVMINFLVMLIVLFGFWLVMRVRRMFGDFTVSVCYIVVATMVNSLSYLVTGNSIGLLVYGLVYFFVTLRLNYTYIWHMCFIIAYLTIAPMWTIFLYVFGLFYYFVPNVFKLGLAKGLYEGEVFVGTFDSASQATFLLNKDTYVKLVNSLSRDKLEYYASKYNQYKYYQGSGKDGEYLLACKTHLAKALADFANSQVDVVYLPPTVTFTSRMQAGLRKILQPTGVVESCVVKVSYGSLTLNGLWLGNNVYCPRHVIAEDVTKEIDYETCFMMMRKNMLEISYKNSLLKVNGVNMKGSLLVIEVDTNNVLTPDYEFVKFKSGVSFNILVSYDGIPSGVFGVTMRSNGTCKGSFLNGSCGSPGFILRDNKVCFGYMHQMEFNSGVHVGSDMDGNIYGNYKDQPVFQIEGLDVKFADNVIAFLYSALINGDNWWLTTDECTVSAFNDWACTNNFTQVENNFGLFENKTGVKLERILYAIRTYSKGFGNKTVLGFGSLTDEFTSDEIYSQTFGILQASKLKSGIKNVLVTFVFCCMFLSEWLMMSAIYYFSKDLFMLLIPVGVLISFVLSLLVKHKIMFINLYLLPTLIVMMVDNFSLYMYVANFMSDFNMSGFNLNFIVSLVSVVAVFFLHLYRFINAKKDWFNIMVALVGSLWFYMTYNETALLTTVLISVNPDWYIGLVTYHGVKIAFKLMGATFTYKYLALCYVSAGFVITMRFGVLYWINKFTGFTFGKYDYKVSAREFKYIVANGLKTPTGVFETLKLNYNLIGIGGNKNIKVSTVQSKLTDIKCCNVVLLGLLNNLGVSANSKEWNWCVSMHNKICLSNDESVVESLLALVLFFMSKCKNVDLDALLDVYFDNNSILQSVASTFASLPSFVAYETAREAYEKALKEEANAVLLKQLKKAMNIAKSEHEQEVAVQRKLERLAETAAAQMYKDVRASDKKAKVISAMHSMLFSMLRRLDMSSVDNVLNLAKDGVVPLSIVPVTSASRMIVVVPTKDVLDRIVIDNSVIYAGVVWTIIDIKDVDNKVINLKEVMIGDDIAYPLHITVERFVKLQNNEILPGVVKQRVVKAEGGGFNVEGKALYTNEQGKGFVYALIAEKDGLTHIKWDSNNEVITIELERASKFLVDRPNGTPKVMYLYFVKNLNTLRRGAVLGWIGASMRLQAGRPTEFPENSNLLSICAFAVDPAKAYLDAIKSGVKPLANCIKMLSNGSGNGQAVSYTVDAKTNQDSYGGASVCIYCRAYVEHPTVDGLCQFKGRFVQVPLGTKDPVGFCIENSICSVCKCWIGHGCVCDRSNMQTTVVDNNYLNRARGSSGARLEPCGNGTEPDVVVRAFDICNKGNACLAKAYKRNCCRFKNVDLHDAYYIIKRVNVESMEFEKNVFESFKGSNCVAEHDFFKFHHGRQEFGNICRKNLTKYTMMDLCFALRNFDENHCEVLKEILVLIKCCDEKYFENKLWFDPIENEDLYKVYAKLGHIVNTALLKCVEMCDLMVAKGYIGVLTLDNQDLNGNFYDFGDFMRSPPGMGVPVVTSYLSYMMPIMSMTDCLACERYVKSDIYGKDFKTYELLKYDFTDFKLELFSKYFKYWDRVYHPNCVECFDDDCIIHCANFNTLFSMVLPETSFGPLCKKVYIDGVSMLTTAGFHFKQLGVVWNKDLKLANSHLEMTDLMRFVSDPSLLIGSSDALLDFRTDCFSIAALSTGLTHQIVKPGHFNQEFYDYLVAKGFFLEGSMLTLKHFFFVQNGQAAITDFNYYRYNKCIMLDICQALFVKQVVLKYFECYEGGCLAAKDVIVTNLDKSAGYPLNKYGKARLYYETMSYEEQDELYNYTKRNVVPTMTQMNLKYAISGKDRARTVGGVNLVSTMTTRQYHQKVLKSIVNTRGATVVIGTTKFYGGWDDMLKRLIQGVENPCLMGWDYPKCDRSLPNMIRMISAMVLGSKHVTCCTHNEKFYRLSNELAQVLTETAFVQGGLYVKPGGTTSGDASTAYANSVFNIFQSVSSNVQRLLSVNTADIPIVSVKRIQYNLYHNIYRSCVADVNFVQEYYDYLQKHFSLMILSDDGVCCYNKDYASMGYVSDMGAFKALLYYQNGVFMSNSKCWVEEDLEKGPHEFCSQHTLLIKGDNEVYLPYPDPSRILSAGVFVDDVVKSDNVLALERYVSLAIDAYPLVKHENSEYQKVFWVLLDWIKNLYSKFNQGVLDSFSIRVVDDAQSKFWEEDFYKNLYERSTILQSAGCCVVCNSQTILRCGDCIRRPLLCTKCAYDHVCGTSHKFILAITPYVCHTSGCVVNDVTRLYLGGMSYYCFEHKPKLSFPLVSNGHVFGLYKNSAVGSVDCDVFNRIATSDWSNVDDYVLANSCKESLILFAAETIKAFEESSKSSYACAILKEVIGPKEILLSWEPGKIRPPLNHNSVFICYNMVKDTRVQIGEYVFEKVDCSSDSVYFKSNATSKLVPGMIFVLVSHNVQSLKAQTIVSQEIYSKVRLFSTLNVKEDYVNLVPYYTMIGKQRVTTIQGPPGSGKSHCIIGLGLYYPTIKIVFTACSHAAVDSLCNKAFKNYNIVDCSRIIPARARVECFDKFRVNDCSAKYVFSTINALPDVVADVVVVDEVSMLTNYDLSVINSRVKYKHIVYVGDPQQLPSPRILITRGVLKSEDYNCVTRRMCLLGPDVFLNKCYRCPAEVVKTVSALVYENKFLAVNKISGKCFKVFLKGHVQVDNGSSVNRKQLDFVKTFLELNKEWQNAVFISPYNSQNYVASKMLGLQTQTVDSAQGSEYDYVIYTQTSDTAHACNINRFNVAITRTKYGILCIMNNKKMYDELDFGVIDPTVLHSTGLFKSCVRVPYEVGPAYATTFMHLTDRFKVSNDLAVALPSVNPTFEDVVNLMGFKLDVVPDGYNPLFCTKSYAIQHVRGWIGLDVESVHCCTDNIGTNLPLQIGFSNGLNFIVKPEACVMNNNKVYWKNVKTKVPPGEQFTHLIPLMRKTQDWSVVRKRIVSMLCDQFKGVTSEIIILTWAHGMELMTMRYFVKIGVVKRCYCGMEAKFYDSENVEFKCLFHGYGCDYLYNPKLVDVQQWGYVGKLADNHDMYCALHRNAHVASGDAIMTRCLAVYECFVKKVEWNIVYPYIGEEKAINAAGRFVERHIMSVFLKLYKPEAVHDIGNPKGIRCVVYDKSWYCYDKDPVGSNVKELCYDYETHGQFKGLMLFWNCNVSCYPEFSLVCRFDTRVCNKYNLEGVNGGSLYVNKHAFHTDFYDRRAFANLKQIPFFFFDDSECEVICDVVNYVPLSDKNCITKCNIGNAICNKHAKLYQEYLEKYNLFVSNGFNLWGPKSFDVYNLWSLLRGNNSLQALERLAYNVVNSGYDKGLDGSLPVAIFNDRVIVKKDLEDIVVFENKTALPTNVAFELYVRRNVGFTPPLSLLRNLSVVRTDRFCLWDYDDNKPFTNYTSNFCLYTDFDFDVMTCYDNSISGSLERFRSANNAVLFSMTNIRGLKGFSINYAYLNGKSVFSSDGKDIKLYFYIREKGVYVENICSFFTQGRTFDTFVPRSEMEKNFLNMETQDFIVKYGLEDYGFEHVVYGDVSKNVVGGLHLLISQVRLSKMGVLKCEHFGGSVLNTINCCSVIYLDNPSYKHVCTYMDLLLDDFVVILKSQDLSVVSKVVNINVDLKNFRFMLWCKDKKVSTFYPTLQNDWLCGYSMPNVYKMQNMLLERCDLPNYGERLNLPGQIVKNTIKYTQLCQYLNKTTICVPYNMRVVHFGASGNGVSPGTAVLKRWLPQSAILLDNDCRNFASDAVFTIIGSCEVVKISPKVDLIISDMYDCEKVRSLEENKGEDGFFRFLVGFIREKLSVGGTACIKITEFSWNKELYEEIQKFEFWTILCTSVNASSSEAFLIGVNYLGNFCNKDIIKGDVSHSNYTFRRNSTIMKQSYNSVLDLSKFELKLKTTTVVDLKDDKVNDLVLGLIKSGKLIIRDCGKQDFYANKFV
Summary
Catalytic Activity
ATP + H2O = ADP + H(+) + phosphate
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
a ribonucleoside 5'-triphosphate + RNA(n) = diphosphate + RNA(n+1)
Similarity
Belongs to the coronaviruses polyprotein 1ab family.
Uniprot
Pubmed
EMBL
Proteomes
Pfam
Interpro
IPR009466
NSP11
IPR009469 RNA_pol_N_coronovir
IPR032505 Corona_NSP4_C
IPR037204 NSP7_sf
IPR008740 Peptidase_C30
IPR014828 NSP7
IPR027352 CV_ZBD
IPR036333 NSP10_sf
IPR009003 Peptidase_S1_PA
IPR014822 NSP9
IPR014829 NSP8
IPR037227 EndoU-like
IPR009461 Coronavirus_NSP16
IPR002589 Macro_dom
IPR027417 P-loop_NTPase
IPR038123 NSP4_C_sf
IPR037230 NSP8_sf
IPR042515 Nsp15_N
IPR013016 Peptidase_C30/C16
IPR014827 Viral_protease
IPR018995 RNA_synth_NSP10_coronavirus
IPR029063 SAM-dependent_MTases
IPR027351 (+)RNA_virus_helicase_core_dom
IPR036499 NSP9_sf
IPR041679 DNA2/NAM7-like_AAA
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SUPFAM
ProteinModelPortal
PDB
6M71
E-value=0.0 Score=1137 Identity=57.65%
Cov(Q)=14.67% Cov(P)=98.51%
3D Structure
Ontologies
GO
GO:0033644 C:host cell membrane
GO:0008168 F:methyltransferase activity
GO:0019079 P:viral genome replication
GO:0039520 P:induction by virus of host autophagy
GO:0003724 F:RNA helicase activity
GO:0004197 F:cysteine-type endopeptidase activity
GO:0006351 P:transcription, DNA-templated
GO:0019082 P:viral protein processing
GO:0008270 F:zinc ion binding
GO:0005524 F:ATP binding
GO:0016021 C:integral component of membrane
GO:0008242 F:omega peptidase activity
GO:0044220 C:host cell perinuclear region of cytoplasm
GO:0016896 F:exoribonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters
GO:0003723 F:RNA binding
GO:0003968 F:RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity
GO:0008168 F:methyltransferase activity
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Subcellular Location
From MSLVP
From Uniprot
Host cytoplasm
Host perinuclear region
Host membrane
Host perinuclear region
Host membrane
Topology
Length:
6324
Number of predicted TMHs:
14
Exp number of AAs in TMHs:
354.808879999996
Exp number, first 60 AAs:
0.06421
Total prob of N-in:
0.00245
outside
1 - 1542
TMhelix
1543 - 1565
inside
1566 - 1605
TMhelix
1606 - 1628
outside
1629 - 1679
TMhelix
1680 - 1702
inside
1703 - 2089
TMhelix
2090 - 2112
outside
2113 - 2349
TMhelix
2350 - 2372
inside
2373 - 2397
TMhelix
2398 - 2420
outside
2421 - 2434
TMhelix
2435 - 2457
inside
2458 - 2874
TMhelix
2875 - 2897
outside
2898 - 2901
TMhelix
2902 - 2921
inside
2922 - 2927
TMhelix
2928 - 2950
outside
2951 - 2959
TMhelix
2960 - 2982
inside
2983 - 2990
TMhelix
2991 - 3008
outside
3009 - 3011
TMhelix
3012 - 3029
inside
3030 - 3049
TMhelix
3050 - 3072
outside
3073 - 6324
