CoVDB Coronavirus Database (v3)   
Strain
Murine_NC_048211 (Region: China;  Strain: Wencheng Sm shrew coronavirus;  Date: 2015)
Gene
spike glycoprotein
Description
Annotated in NCBI,  spike glycoprotein
Location
NC_048211(+):19192-22596
GenBank Accession
YP_009824974.1
 

Sequence

CDS
ATGAAACTTATTATTTTATTTTTAGTTTTACCCTGTGTTGAATGTGTTGAATATATTAAATGTAGTACTACACAATTGGGTTTTTTAGATCTAGAGAAAATAACATATTCTCTCTTTGATCTAGGTGATGTTGGTGTTAATAGTACTACATTGATTAATGGATATTTTCCTAGTAAAGATATTAATAATTGGTTGTGTGAAAAAACAGGTGTTAGTGAGTTGTATTATGGTCAAGCTTTTTATACCATATTAAATAAGGAGGGTAGTGCTAGTTTAAAGTTTTTAATTCAACCTATTGTTTATAGTAATAGTTCTTATGTAGTTTTTATGGTTTATAAGAGTGGTGTGTTGGATTTTAGTATATGTTATAGGAATTATTTTCAATTTGCATGGAACATAGATCCACCGCCACCCATTAGTTGTGCTTTTAATAGACGTATTTATTTTGGAGATAGACATATTTATTTAGGTGTTATTTGGCGTCATGGTTATGTTAAAATTATTACGCCAAATTTTGTGCAACAGTTTGAATTGGATAATATGCATTTAGAAGTTATAAGAGTTGCAACTGGTCGTTATGGTAGTACTAGTAGTTATGTTATAGTAATGCCCTTTCAAATTGTAGATAAAAGATCTATATTTTTAGTTAATTATAATCAAAGTGGTTATGTAAGTAATTTATTAAATTGTTCAGAATCTATTGAAGCACAATTAAAATGTAAAAGTAGAAGTTTTGAACTTCAAAGTGGTGTTTATGAACTTGCATTAGAAGAAAGAGTTGGAGGTTATTATACTGTTGTGACAAATGTTACAGGTGATTGTAATAACATTAAATATCTTTTTAGTAATTTTACTGGAAATAAACAACCGCTTTATGCTGGTAATTTTGCAAGTATGTCTTGTATAGTACCATTTAATTTTTCCATTAATAATGGTTTGTTAAATAATAATTCGCAATTGAGAGGTCCTAATGGTGAGTTTAAACCTTTTATAGATTGTAAGGGTATTAATCCAATTGGTTTATTTGGAAGTAATGGTACTTGTTATTCAGGTATGAAATGGAGGTATTGGACCAGAAGGTTTAGTGGTTATAATATGTCTATTGAAGGTGTAGCTGAAAGTTTTTATGATGGTGGTATAGGTGAAAATGAATGTTATGGTCTTCTTAAAGGTGGGCAGTATAATGACTTATGGCGATTTACAGAGGTCCTTTACTATAAAGTGCGCTTTATGGAAAAAGGATTAGATGTTTGTTATGGTAATTTACCACCAGCACCACAAGTTAATAAGTGTAATGTATGGACTTTTAATGATATTACTTTTGAAGGTGTGTTGTTAGAAACCAATAAAACTTTCAATCCTCAGTTGAAAGCTTTATATAAAGGTAGTATGGTTGTTATGATTAGAATTTTTGGCATTGTGTATGAAGTAGTACCATGTATAAAAACTCGGCTTAGCGTTATTTATAATGCTAATAATAAGAACTATTCAACATTGTATCGTGTTGCTAATTGTAATCAAATAGACACAAAAAGGAGTGTTCATCCAGTTGGATTGTTGTCTAGAGATGGAATTAATACTCCTTGTGGTTGTCTTAGAAATGCAATGTTTTCGCCTAATATAACCGTTGATTCATATAGTTGTAAAACTTTATTGAGTGATGGTTATTGTGTTGTTTTTAATAATGGTAGTACTGAGGTTGTTCCTATTGGTATTGTTGGTGCTAATACCACCTATAATATGCCAATATTAGAAGAATCTTTTGTTGAATTAGCATTAGATCATGTTTTAGTTTCTGAATCTGAATATTTTCAGACAGAAATGCCGGTTTTTGATATAGATTGTGAAAAGTATATTTGTGACAATTCTGAAAGTTGTCGGATGTTATTAGAACAATACGCTGGTTTTTGTTCTAAAATAACATCTGACGTCAAAGGAAATTCACAACTTCTTAATGCTAACACATTGGCTATGTATAAAAACATAGTTCCAAGTGGTAGTATTAAGCCTATAGAAAATTTTGGTGATTTTAATATGTCTATGTTTATTGATAAAAGCGGTAGAAGTGTTTTAGAAGATTTATTGTTTGATAAAATTGTAACCACTGGTCCTGGTTTTTATGATGATTATTATAAATGTCGCACAACAACTGTTAAAGATTTGGTTTGTGCGCAATATTATAATGGTATTATGGTAATACCCCCAATTCAAGATGCTGAAACTATTGGTATGTATGGTGGTATTGTGGCAGCAGGTATGACTATGGGTCTTTTTGGAGGCCAAGCAACCATGGGAACATGGCAAACTGCTATGTCTGCTCGTTTGAATGCTGTTGGTGTTACTCAGGGTATGATTATGGAAGATGTTCAAAAGTTGGCCAATGGTTTTAATACATTGGCTACCTCAGTGTCTAAAATGGCTAGTGTAACAGCTGATGCGCTTAGTCGAATTCAAGGTGTTGTTAATGCTAATGCATTGCAAGTTGAATTATTGGCTAGAGCTACCATGGATAATTTTGGTGCAATTTCATCAAATTTTGAAATTATTGAGAAACGGTTGAAACAAGTGCAGGCTGAACAACAAATGGATCGAGTGATTAATGGGAAAATGAACGCACTTTTGAATTTTGTGTCTAATTATAAGTTGAAAGTGTCAGAGTTGACAAGTATTCAACAGTTGGTTAAGCAGAAAGTTCAAGAATGTGTGCATGCTCAAAGTTTAAGAAATGGATTTTGTGGTTCTGGCTTGCATGTAATGTCAATTCCGCAATTGGTTCCTAATGGTGTAATGTTTTTACATTTTTCATTGGTTAAGAATAATAGTATAATTGTTAAACAAACACCTGGTTTGTGTAAAGAAGATAAGATTAATTGTATTGTACCTAAAAGTGGAATTTTTGTGAGTAAAAATGATTCAAACTGGTACATTACACCAAGGAATAAGTACGTACCTAAGAATATCACGAATAGTGATATTATATTTACTACTTATTCGGAGAATTTTACCGTTATTAATAACACAATTCAATTTCCAGGTATTGAATTTCCACAAGATGGTGATTTTGATGGACAAATTAAAAATGTCACATTAGAATTACAAAGTTTGAAAGATGTGGTTGCTAATATGTCTTATTTAGATTTAAGCAATCACACAGCGTTGTTGAAAAATATTAGTGAAGAAGTGAAAAAAATGAACATCACCGTTTCCCAATTTAAACAATATGTTAAATATGTGAAATGGCCTTGGTATGTTTGGCTTTTGATAGTAATGGCTTTGATTGCTTTTGGTTTGGTGTGTTTTTGGATTTTTATGTGTACTGGTTGTTGTGGTTTGTGTGATTGTATTAGAAGAAGTTGTCGTGATTCTAATACATATGAACCAATCGAAAAAATACACATTCAATAA
Protein
MKLIILFLVLPCVECVEYIKCSTTQLGFLDLEKITYSLFDLGDVGVNSTTLINGYFPSKDINNWLCEKTGVSELYYGQAFYTILNKEGSASLKFLIQPIVYSNSSYVVFMVYKSGVLDFSICYRNYFQFAWNIDPPPPISCAFNRRIYFGDRHIYLGVIWRHGYVKIITPNFVQQFELDNMHLEVIRVATGRYGSTSSYVIVMPFQIVDKRSIFLVNYNQSGYVSNLLNCSESIEAQLKCKSRSFELQSGVYELALEERVGGYYTVVTNVTGDCNNIKYLFSNFTGNKQPLYAGNFASMSCIVPFNFSINNGLLNNNSQLRGPNGEFKPFIDCKGINPIGLFGSNGTCYSGMKWRYWTRRFSGYNMSIEGVAESFYDGGIGENECYGLLKGGQYNDLWRFTEVLYYKVRFMEKGLDVCYGNLPPAPQVNKCNVWTFNDITFEGVLLETNKTFNPQLKALYKGSMVVMIRIFGIVYEVVPCIKTRLSVIYNANNKNYSTLYRVANCNQIDTKRSVHPVGLLSRDGINTPCGCLRNAMFSPNITVDSYSCKTLLSDGYCVVFNNGSTEVVPIGIVGANTTYNMPILEESFVELALDHVLVSESEYFQTEMPVFDIDCEKYICDNSESCRMLLEQYAGFCSKITSDVKGNSQLLNANTLAMYKNIVPSGSIKPIENFGDFNMSMFIDKSGRSVLEDLLFDKIVTTGPGFYDDYYKCRTTTVKDLVCAQYYNGIMVIPPIQDAETIGMYGGIVAAGMTMGLFGGQATMGTWQTAMSARLNAVGVTQGMIMEDVQKLANGFNTLATSVSKMASVTADALSRIQGVVNANALQVELLARATMDNFGAISSNFEIIEKRLKQVQAEQQMDRVINGKMNALLNFVSNYKLKVSELTSIQQLVKQKVQECVHAQSLRNGFCGSGLHVMSIPQLVPNGVMFLHFSLVKNNSIIVKQTPGLCKEDKINCIVPKSGIFVSKNDSNWYITPRNKYVPKNITNSDIIFTTYSENFTVINNTIQFPGIEFPQDGDFDGQIKNVTLELQSLKDVVANMSYLDLSNHTALLKNISEEVKKMNITVSQFKQYVKYVKWPWYVWLLIVMALIAFGLVCFWIFMCTGCCGLCDCIRRSCRDSNTYEPIEKIHIQ

Summary

Uniprot
A0A1W5YKT9  
Pubmed
28384506   
EMBL
KY770858    KY770859    ARI44799.1    ARI44804.1   
Pfam
PF09408   Spike_rec_bind
PF01601   Corona_S2
Interpro
IPR018548   Spike_rcpt-bd
IPR027400   S_HR2
IPR036326   Spike_rcpt-bd_sf
IPR002552   Corona_S2
SUPFAM
SSF143587   SSF143587
Gene 3D
1.20.5.790    
ProteinModelPortal
A0A1W5YKT9  
PDB
6VXX     E-value=8e-81     Score= 289     Identity=30.03%     Cov(Q)=60.49%     Cov(P)=53.55%
3D Structure

Ontologies

GO
GO:0019031  C:viral envelope
 GO:0016021  C:integral component of membrane
 GO:0061025  P:membrane fusion
 GO:0046813  P:receptor-mediated virion attachment to host cell

Subcellular Location

From MSLVP

Topology

Length:
1134
Number of predicted TMHs:
1
Exp number of AAs in TMHs:
33.60149
Exp number, first 60 AAs:
0.0213
Total prob of N-in:
0.00209
outside
1  -  1080
TMhelix
1081  -  1103
inside
1104  -  1134
 
 
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